Difference between revisions of "Biopython/C2/Parsing-Data/Kannada"
From Script | Spoken-Tutorial
Sandhya.np14 (Talk | contribs) |
Sandhya.np14 (Talk | contribs) |
||
| Line 50: | Line 50: | ||
|- | |- | ||
| 01:25 | | 01:25 | ||
| − | |ಸರ್ಚ್ ಬಾಕ್ಸ್ನಲ್ಲಿ, “human insulin” ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ. Search ಬಟನ್ ಅನ್ನು ಕ್ಲಿಕ್ ಮಾಡಿ. | + | |ಸರ್ಚ್ ಬಾಕ್ಸ್ನಲ್ಲಿ, “human insulin” ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ. '''Search''' ಬಟನ್ ಅನ್ನು ಕ್ಲಿಕ್ ಮಾಡಿ. |
|- | |- | ||
| 01:31 | | 01:31 | ||
| Line 56: | Line 56: | ||
|- | |- | ||
| 01:35 | | 01:35 | ||
| − | | ಇಲ್ಲಿ | + | | ಇಲ್ಲಿ ವಿವರಣೆಗಾಗಿ, ನಾನು Homo sapiens Insulin mRNA ಎಂದು ಹೆಸರಿರುವ 4 ಫೈಲ್ಗಳನ್ನು ಆಯ್ಕೆಮಾಡುತ್ತೇನೆ. |
|- | |- | ||
| 01:43 | | 01:43 | ||
| Line 65: | Line 65: | ||
|- | |- | ||
| 01:56 | | 01:56 | ||
| − | | ಕರ್ಸರ್ ಅನ್ನು ಪೇಜ್ ನ ಮೇಲಿನ ಬಲ ಮೂಲೆಯಲ್ಲಿರುವ Send to ಎಂಬ ಆಯ್ಕೆಗೆ ತನ್ನಿ. | + | | ಕರ್ಸರ್ ಅನ್ನು ಪೇಜ್ ನ ಮೇಲಿನ ಬಲ ಮೂಲೆಯಲ್ಲಿರುವ '''Send to''' ಎಂಬ ಆಯ್ಕೆಗೆ ತನ್ನಿ. |
|- | |- | ||
| 02:02 | | 02:02 | ||
| − | | Send to ಬಟನ್ ನ ಬದಿಯಲ್ಲಿರುವ, ಡೌನ್ ಆರೋ ಇರುವ ಸಣ್ಣ ಸೆಲೆಕ್ಷನ್ ಬಟನ್ ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. | + | | '''Send to''' ಬಟನ್ ನ ಬದಿಯಲ್ಲಿರುವ, ಡೌನ್ ಆರೋ ಇರುವ ಸಣ್ಣ ಸೆಲೆಕ್ಷನ್ ಬಟನ್ ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. |
|- | |- | ||
| 02:09 | | 02:09 | ||
| − | | Choose destination ಎಂಬ ಶೀರ್ಷಿಕೆಯ ಕೆಳಗಿರುವ File ಎಂಬ ಆಯ್ಕೆಯನ್ನು ಒತ್ತಿ. | + | | '''Choose destination''' ಎಂಬ ಶೀರ್ಷಿಕೆಯ ಕೆಳಗಿರುವ '''File''' ಎಂಬ ಆಯ್ಕೆಯನ್ನು ಒತ್ತಿ. |
|- | |- | ||
| 02:13 | | 02:13 | ||
| − | | format ಎಂಬ ಡ್ರಾಪ್-ಡೌನ್ ಲಿಸ್ಟ್ ಬಾಕ್ಸ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಯಾವುದೇ ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮಾಟ್ ನಲ್ಲಿ, ನೀವು ಈ ಫೈಲ್ ಅನ್ನು | + | | '''format''' ಎಂಬ ಡ್ರಾಪ್-ಡೌನ್ ಲಿಸ್ಟ್ ಬಾಕ್ಸ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಯಾವುದೇ ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮಾಟ್ ನಲ್ಲಿ, ನೀವು ಈ ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ಸೇವ್ ಮಾಡಬಹುದು. |
|- | |- | ||
| 02:21 | | 02:21 | ||
| Line 80: | Line 80: | ||
|- | |- | ||
| 02:25 | | 02:25 | ||
| − | | ನಂತರ Create file ಆಯ್ಕೆಯನ್ನು ಒತ್ತಿ. | + | | ನಂತರ '''Create file''' ಆಯ್ಕೆಯನ್ನು ಒತ್ತಿ. |
|- | |- | ||
| 02:29 | | 02:29 | ||
| Line 86: | Line 86: | ||
|- | |- | ||
|02:32 | |02:32 | ||
| − | | Open with ಅನ್ನು ಆಯ್ಕೆಮಾಡಿ, OK ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. | + | | '''Open with''' ಅನ್ನು ಆಯ್ಕೆಮಾಡಿ, '''OK''' ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. |
|- | |- | ||
| 02:36 | | 02:36 | ||
| Line 101: | Line 101: | ||
|- | |- | ||
| 02:53 | | 02:53 | ||
| − | | ಇದರ ನಂತರ sequence ಇರುತ್ತದೆ. | + | | ಇದರ ನಂತರ '''sequence''' ಇರುತ್ತದೆ. |
|- | |- | ||
| 02:56 | | 02:56 | ||
| − | |ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ನಿಮ್ಮ home ಫೋಲ್ಡರ್ ನಲ್ಲಿ, sequence.fasta ಎಂದು Save ಮಾಡಿ. | + | |ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ನಿಮ್ಮ '''home''' ಫೋಲ್ಡರ್ ನಲ್ಲಿ, '''sequence.fasta''' ಎಂದು Save ಮಾಡಿ. |
|- | |- | ||
| 03:01 | | 03:01 | ||
| Line 113: | Line 113: | ||
|- | |- | ||
| 03:12 | | 03:12 | ||
| − | | file format ಅನ್ನು GenBank ಎಂದು ಆಯ್ಕೆಮಾಡಿ. | + | | '''file format''' ಅನ್ನು '''GenBank''' ಎಂದು ಆಯ್ಕೆಮಾಡಿ. |
|- | |- | ||
| 03:16 | | 03:16 | ||
| Line 119: | Line 119: | ||
|- | |- | ||
| 03:21 | | 03:21 | ||
| − | | GenBank ಫಾರ್ಮಾಟ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಫೈಲ್, FASTA ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿ ಇರುವುದಕ್ಕಿಂತ ಹೆಚ್ಚಿನ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವುದನ್ನು ಗಮನಿಸಿ. | + | | '''GenBank''' ಫಾರ್ಮಾಟ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಫೈಲ್, '''FASTA''' ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿ ಇರುವುದಕ್ಕಿಂತ ಹೆಚ್ಚಿನ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವುದನ್ನು ಗಮನಿಸಿ. |
|- | |- | ||
| 03:27 | | 03:27 | ||
| − | | ಈ ಫೈಲ್ ಅನ್ನು, ನಿಮ್ಮ home ಫೋಲ್ಡರ್ ನಲ್ಲಿ, sequence.gb ಎಂದು | + | | ಈ ಫೈಲ್ ಅನ್ನು, ನಿಮ್ಮ '''home''' ಫೋಲ್ಡರ್ ನಲ್ಲಿ, '''sequence.gb''' ಎಂದು ಸೇವ್ ಮಾಡಿ. ಟೆಕ್ಸ್ಟ್ ಎಡಿಟರ್ ಅನ್ನು ಕ್ಲೋಸ್ ಮಾಡಿ. |
|- | |- | ||
| 03:34 | | 03:34 | ||
| − | |ಇಲ್ಲಿ | + | |ಇಲ್ಲಿ ವಿವರಣೆಗಾಗಿ, ನಮಗೆ ಒಂದೇ ಒಂದು ರೆಕಾರ್ಡ್ ಇರುವ FASTA ಫೈಲ್ ನ ಅವಶ್ಯಕತೆ ಇದೆ. |
|- | |- | ||
| 03:39 | | 03:39 | ||
| Line 131: | Line 131: | ||
|- | |- | ||
| 03:48 | | 03:48 | ||
| − | |ಈಗ, Human insulin gene complete cds ಎಂಬ ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಿ. | + | |ಈಗ, '''Human insulin gene complete cds''' ಎಂಬ ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಿ. |
|- | |- | ||
| 03:54 | | 03:54 | ||
| Line 137: | Line 137: | ||
|- | |- | ||
| 03:57 | | 03:57 | ||
| − | |ಮತ್ತು ಫೈಲ್ ಅನ್ನು home ಫೋಲ್ಡರ್ ನಲ್ಲಿ | + | |ಮತ್ತು ಫೈಲ್ ಅನ್ನು '''home''' ಫೋಲ್ಡರ್ ನಲ್ಲಿ ಸೇವ್ ಮಾಡಲು, ಮೊದಲು ತೋರಿಸಿದ ಹಂತಗಳನ್ನು ಅನುಸರಿಸಿ. |
|- | |- | ||
| 04:01 | | 04:01 | ||
| − | |ಫೈಲ್ ಅನ್ನು insulin.fasta ಎಂದು | + | |ಫೈಲ್ ಅನ್ನು '''insulin.fasta''' ಎಂದು ಸೇವ್ ಮಾಡಿ. |
|- | |- | ||
| 04:08 | | 04:08 | ||
| Line 149: | Line 149: | ||
|- | |- | ||
| 04:19 | | 04:19 | ||
| − | | ಡೇಟಾ ಫೈಲ್ಗಳಿಂದ ಡೇಟಾವನ್ನು ಪಡೆಯುವುದನ್ನು Parsing ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ. | + | | ಡೇಟಾ ಫೈಲ್ಗಳಿಂದ ಡೇಟಾವನ್ನು ಪಡೆಯುವುದನ್ನು '''Parsing''' ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ. |
|- | |- | ||
| 04:23 | | 04:23 | ||
| − | |SeqIO ಮಾಡ್ಯೂಲ್ನಲ್ಲಿ ಲಭ್ಯವಿರುವ ಫಂಕ್ಷನ್ ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು, ಹೆಚ್ಚಿನ ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ಗಳನ್ನು ಪಾರ್ಸ್ ಮಾಡಬಹುದು. | + | |'''SeqIO''' ಮಾಡ್ಯೂಲ್ನಲ್ಲಿ ಲಭ್ಯವಿರುವ ಫಂಕ್ಷನ್ ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು, ಹೆಚ್ಚಿನ ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ಗಳನ್ನು ಪಾರ್ಸ್ ಮಾಡಬಹುದು. |
|- | |- | ||
| 04:30 | | 04:30 | ||
| − | | ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುವ, SeqIO ಮಾಡ್ಯೂಲ್ನ ಫಂಕ್ಷನ್ ಗಳು ಹೀಗಿವೆ: parse, read, write ಮತ್ತು convert. | + | | ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುವ, '''SeqIO''' ಮಾಡ್ಯೂಲ್ನ ಫಂಕ್ಷನ್ ಗಳು ಹೀಗಿವೆ: '''parse, read, write''' ಮತ್ತು '''convert'''. |
|- | |- | ||
| 04:38 | | 04:38 | ||
| − | |Ctrl, Alt ಮತ್ತು t ಕೀಗಳನ್ನು ಒಟ್ಟಿಗೆ ಒತ್ತುವ ಮೂಲಕ ಟರ್ಮಿನಲ್ ಅನ್ನು ತೆರೆಯಿರಿ. | + | |'''Ctrl, Alt''' ಮತ್ತು '''t''' ಕೀಗಳನ್ನು ಒಟ್ಟಿಗೆ ಒತ್ತುವ ಮೂಲಕ ಟರ್ಮಿನಲ್ ಅನ್ನು ತೆರೆಯಿರಿ. |
|- | |- | ||
| 04:44 | | 04:44 | ||
| − | | ಪ್ರಾಂಪ್ಟಿನಲ್ಲಿ “ipython” ಅನ್ನು ಟೈಪ್ ಮಾಡುವ ಮೂಲಕ ipython ಅನ್ನು ಪ್ರಾರಂಭಿಸಿ. Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ. | + | | ಪ್ರಾಂಪ್ಟಿನಲ್ಲಿ “ipython” ಅನ್ನು ಟೈಪ್ ಮಾಡುವ ಮೂಲಕ ipython ಅನ್ನು ಪ್ರಾರಂಭಿಸಿ. '''Enter''' ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ. |
|- | |- | ||
| 04:51 | | 04:51 | ||
| − | |ನಂತರ, Bio ಪ್ಯಾಕೇಜ್ನಿಂದ SeqIO ಮಾಡ್ಯೂಲ್ ಅನ್ನು ಇಂಪೋರ್ಟ್ ಮಾಡಿ. | + | |ನಂತರ, '''Bio''' ಪ್ಯಾಕೇಜ್ನಿಂದ '''SeqIO''' ಮಾಡ್ಯೂಲ್ ಅನ್ನು ಇಂಪೋರ್ಟ್ ಮಾಡಿ. |
|- | |- | ||
| 04:56 | | 04:56 | ||
| − | |ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ, “from Bio import SeqIO” ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ. Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ. | + | |ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ, “from Bio import SeqIO” ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ. '''Enter''' ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ. |
|- | |- | ||
| 05:04 | | 05:04 | ||
| − | |ನಾವು ಬಹು ಮುಖ್ಯವಾದ parse ಫಂಕ್ಷನ್ ನಿಂದ ಪ್ರಾರಂಭಿಸೋಣ. | + | |ನಾವು ಬಹು ಮುಖ್ಯವಾದ '''parse''' ಫಂಕ್ಷನ್ ನಿಂದ ಪ್ರಾರಂಭಿಸೋಣ. |
|- | |- | ||
|05:07 | |05:07 | ||
| − | | ಇಲ್ಲಿ | + | | ಇಲ್ಲಿ ವಿವರಣೆಗಾಗಿ, ಡೇಟಾಬೇಸ್ನಿಂದ ಈ ಮೊದಲೇ ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಿದ, ಹಲವಾರು ರೆಕಾರ್ಡ್ ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ FASTA ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ನಾನು ಬಳಸುತ್ತೇನೆ. |
|- | |- | ||
| 05:17 | | 05:17 | ||
| Line 179: | Line 179: | ||
|- | |- | ||
| 05:22 | | 05:22 | ||
| − | |ಇಲ್ಲಿ ನಾವು, sequence.fasta ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿರುವುದನ್ನು ಓದಲು (ರೀಡ್ ಮಾಡಲು), parse ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುತ್ತಿದ್ದೇವೆ. | + | |ಇಲ್ಲಿ ನಾವು, '''sequence.fasta''' ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿರುವುದನ್ನು ಓದಲು (ರೀಡ್ ಮಾಡಲು), '''parse''' ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುತ್ತಿದ್ದೇವೆ. |
|- | |- | ||
| 05:30 | | 05:30 | ||
| Line 185: | Line 185: | ||
|- | |- | ||
| 05:41 | | 05:41 | ||
| − | |ಅಲ್ಲದೆ, ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಡೇಟಾ ವನ್ನು Sequence record objects ನಂತೆ ರೀಡ್ ಮಾಡಲು parse ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಎಂಬುದನ್ನು ಗಮನಿಸಿ. | + | |ಅಲ್ಲದೆ, ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಡೇಟಾ ವನ್ನು Sequence record objects ನಂತೆ ರೀಡ್ ಮಾಡಲು '''parse''' ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಎಂಬುದನ್ನು ಗಮನಿಸಿ. |
|- | |- | ||
| 05:48 | | 05:48 | ||
| − | |ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ, ಇದನ್ನು for ಲೂಪ್ ನೊಂದಿಗೆ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. | + | |ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ, ಇದನ್ನು '''for''' ಲೂಪ್ ನೊಂದಿಗೆ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. |
|- | |- | ||
| 05:52 | | 05:52 | ||
| Line 197: | Line 197: | ||
|- | |- | ||
| 06:02 | | 06:02 | ||
| − | |ಔಟ್ಪುಟ್ ಅನ್ನು ಪಡೆಯಲು, Enter ಕೀಯನ್ನು ಎರಡುಸಲ ಒತ್ತಿ. | + | |ಔಟ್ಪುಟ್ ಅನ್ನು ಪಡೆಯಲು, '''Enter''' ಕೀಯನ್ನು ಎರಡುಸಲ ಒತ್ತಿ. |
|- | |- | ||
| 06:07 | | 06:07 | ||
| Line 203: | Line 203: | ||
|- | |- | ||
| 06:21 | | 06:21 | ||
| − | | FASTA ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್, ಅಲ್ಫಾಬೆಟ್ ಅನ್ನು ಸೂಚಿಸುವುದಿಲ್ಲ ಎಂಬುದನ್ನು ಗಮನಿಸಿ. | + | | '''FASTA''' ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್, ಅಲ್ಫಾಬೆಟ್ ಅನ್ನು ಸೂಚಿಸುವುದಿಲ್ಲ ಎಂಬುದನ್ನು ಗಮನಿಸಿ. |
|- | |- | ||
| 06:26 | | 06:26 | ||
| Line 212: | Line 212: | ||
|- | |- | ||
| 06:36 | | 06:36 | ||
| − | | | + | |ವಿವರಣೆಗಾಗಿ ಗಾಗಿ, ನಾವು ಈ ಮೊದಲು ಡೇಟಾಬೇಸ್ ನಿಂದ ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಿದ '''GenBank''' ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ಉಪಯೋಗಿಸುವೆವು. |
|- | |- | ||
| 06:43 | | 06:43 | ||
| Line 218: | Line 218: | ||
|- | |- | ||
| 06:49 | | 06:49 | ||
| − | |ಫೈಲ್ ನ ಹೆಸರನ್ನು, sequence.gb ಎಂದು ಬದಲಾಯಿಸಿ. | + | |ಫೈಲ್ ನ ಹೆಸರನ್ನು, '''sequence.gb''' ಎಂದು ಬದಲಾಯಿಸಿ. |
|- | |- | ||
| 06:53 | | 06:53 | ||
| − | |ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ಅನ್ನು, genbank ಗೆ ಬದಲಾಯಿಸಿ. | + | |ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ಅನ್ನು, '''genbank''' ಗೆ ಬದಲಾಯಿಸಿ. |
|- | |- | ||
| 06:56 | | 06:56 | ||
| Line 227: | Line 227: | ||
|- | |- | ||
| 06:58 | | 06:58 | ||
| − | |ಔಟ್ಪುಟ್ ಅನ್ನು ಪಡೆಯಲು Enter ಕೀಯನ್ನು ಎರಡು ಬಾರಿ ಒತ್ತಿ. | + | |ಔಟ್ಪುಟ್ ಅನ್ನು ಪಡೆಯಲು '''Enter''' ಕೀಯನ್ನು ಎರಡು ಬಾರಿ ಒತ್ತಿ. |
|- | |- | ||
| 07:03 | | 07:03 | ||
| Line 233: | Line 233: | ||
|- | |- | ||
| 07:12 | | 07:12 | ||
| − | |GenBank ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್, ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು, DNA ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಎಂದು ಸೂಚಿಸುವುದನ್ನು ಗಮನಿಸಿ. | + | |'''GenBank''' ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್, ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು, DNA ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಎಂದು ಸೂಚಿಸುವುದನ್ನು ಗಮನಿಸಿ. |
|- | |- | ||
| 07:19 | | 07:19 | ||
| − | | ಅಂತೆಯೇ, Swiss-prot ಮತ್ತು EMBL ಫೈಲ್ಗಳನ್ನು, ಮೇಲಿನ ಕೋಡ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿ ಪಾರ್ಸ್ ಮಾಡಬಹುದು. | + | | ಅಂತೆಯೇ, '''Swiss-prot''' ಮತ್ತು '''EMBL''' ಫೈಲ್ಗಳನ್ನು, ಮೇಲಿನ ಕೋಡ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿ ಪಾರ್ಸ್ ಮಾಡಬಹುದು. |
|- | |- | ||
| 07:27 | | 07:27 | ||
| Line 242: | Line 242: | ||
|- | |- | ||
| 07:34 | | 07:34 | ||
| − | | ಇಲ್ಲಿ, ನಾವು ಹಿಂದೆ ಸೇವ್ ಮಾಡಿದ, ಒಂದೇ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ FASTA ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುತ್ತೇವೆ. ಉದಾಹರಣೆಗೆ insulin.fasta. | + | | ಇಲ್ಲಿ, ನಾವು ಹಿಂದೆ ಸೇವ್ ಮಾಡಿದ, ಒಂದೇ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ '''FASTA''' ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುತ್ತೇವೆ. ಉದಾಹರಣೆಗೆ insulin.fasta. |
|- | |- | ||
| 07:43 | | 07:43 | ||
| − | | parse ಫಂಕ್ಷನ್ ನ ಬದಲಿಗೆ, ನಾವು read ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿದ್ದೇವೆ ಎಂಬುದನ್ನು ಗಮನಿಸಿ. Enter ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. | + | | parse ಫಂಕ್ಷನ್ ನ ಬದಲಿಗೆ, ನಾವು read ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿದ್ದೇವೆ ಎಂಬುದನ್ನು ಗಮನಿಸಿ. '''Enter''' ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. |
|- | |- | ||
| 07:50 | | 07:50 | ||
| − | | ಔಟ್ಪುಟ್, insulin.fasta ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿರುವುದನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ. | + | | ಔಟ್ಪುಟ್, '''insulin.fasta''' ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿರುವುದನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ. |
|- | |- | ||
| 07:55 | | 07:55 | ||
| Line 260: | Line 260: | ||
|- | |- | ||
| 08:11 | | 08:11 | ||
| − | |ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ ಹೀಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: record dot seq ಮತ್ತು Enter ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. | + | |ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ ಹೀಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: '''record dot seq''' ಮತ್ತು '''Enter''' ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. |
|- | |- | ||
| 08:18 | | 08:18 | ||
| Line 266: | Line 266: | ||
|- | |- | ||
| 08:22 | | 08:22 | ||
| − | |ಈ ರೆಕಾರ್ಡ್ ನ | + | |ಈ ರೆಕಾರ್ಡ್ ನ ಐಡೆಂಟಿಫೈಯರ್ ಗಳನ್ನು ನೋಡಲು, ಹೀಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ : '''record dot id''' ಮತ್ತು '''Enter''' ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ. |
|- | |- | ||
| 08:29 | | 08:29 | ||
| Line 281: | Line 281: | ||
|- | |- | ||
| 08:55 | | 08:55 | ||
| − | | FASTA ಮತ್ತು GenBank ಫೈಲ್ ಗಳಿಂದ, record id, ವಿವರಣೆ, ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಮುಂತಾದ ಡೇಟಾಗಳನ್ನು ಎಕ್ಸ್ಟ್ರಾಕ್ಟ್ ಮಾಡಲು ಕಲಿತಿದ್ದೇವೆ. | + | | '''FASTA''' ಮತ್ತು '''GenBank''' ಫೈಲ್ ಗಳಿಂದ, record id, ವಿವರಣೆ, ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಮುಂತಾದ ಡೇಟಾಗಳನ್ನು ಎಕ್ಸ್ಟ್ರಾಕ್ಟ್ ಮಾಡಲು ಕಲಿತಿದ್ದೇವೆ. |
|- | |- | ||
| 09:03 | | 09:03 | ||
| Line 287: | Line 287: | ||
|- | |- | ||
| 09:06 | | 09:06 | ||
| − | | NCBI ಡಾಟಾಬೇಸ್ ನಿಂದ, ನಿಮ್ಮ ಆಯ್ಕೆಯ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗಾಗಿ, FASTA ಫೈಲ್ ಗಳನ್ನು ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಿ. | + | | '''NCBI''' ಡಾಟಾಬೇಸ್ ನಿಂದ, ನಿಮ್ಮ ಆಯ್ಕೆಯ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗಾಗಿ, FASTA ಫೈಲ್ ಗಳನ್ನು ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಿ. |
|- | |- | ||
| 09:13 | | 09:13 | ||
Revision as of 13:14, 6 July 2018
| |
|
|---|---|
| 00:01 | ಎಲ್ಲರಿಗೂ ನಮಸ್ಕಾರ. Parsing Data ಕುರಿತ ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಗೆ ನಿಮಗೆ ಸುಸ್ವಾಗತ. |
| 00:06 | ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ನಲ್ಲಿ ನಾವು, NCBI ಡೇಟಾಬೇಸ್ ವೆಬ್ಸೈಟ್ ನಿಂದ FASTA ಮತ್ತುGenBank ಫೈಲ್ಗಳನ್ನು ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಲು ಕಲಿಯುವೆವು. |
| 00:14 | ಮತ್ತು, ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಇನ್ಪುಟ್ / ಔಟ್ಪುಟ್ ಮಾಡ್ಯೂಲ್ ನಲ್ಲಿಯ ಫಂಕ್ಷನ್ ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿ, ಡೇಟಾ ಫೈಲ್ಗಳನ್ನು ಪಾರ್ಸ್ ಮಾಡಲು ಕಲಿಯುವೆವು. |
| 00:19 | ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಅನ್ನು ಅರ್ಥ ಮಾಡಿಕೊಳ್ಳಲು, ನೀವು ಪದವಿಪೂರ್ವ ಜೀವರಸಾಯನಶಾಸ್ತ್ರ ಅಥವಾ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್, |
| 00:26 | ಮತ್ತು ಬೇಸಿಕ್ Python ಪ್ರೊಗ್ರಾಮಿಂಗ್ ಇವುಗಳನ್ನು ಅರಿತಿರಬೇಕು. |
| 00:30 | ಲಿಂಕ್ ನಲ್ಲಿ ಕೊಟ್ಟಿರುವ ಪೈಥಾನ್ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಗಳನ್ನು ನೋಡಿ. |
| 00:34 | ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಅನ್ನು ರೆಕಾರ್ಡ್ ಮಾಡಲು, ನಾನು Ubuntu OS ನ 14.10 ನೇ ಆವೃತ್ತಿ, |
| 00:40 | Python ನ 2.7. 8 ನೇ ಆವೃತ್ತಿ, |
| 00:44 | Ipython interpreter ನ 2.3.0 ನೇ ಆವೃತ್ತಿ, |
| 00:48 | Biopython ನ 1.64 ಆವೃತ್ತಿ, ಮತ್ತು Mozilla Firefox ಬ್ರೌಸರ್ ನ 35.0 ನೇ ಆವೃತ್ತಿ, ಇವುಗಳನ್ನು ಉಪಯೋಗಿಸಿದ್ದೇನೆ. |
| 00:56 | ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರದಲ್ಲಿಯ ವೈಜ್ಞಾನಿಕ ಡಾಟಾವನ್ನು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ FASTA, GenBank, EMBL, Swiss-Prot ಮುಂತಾದ ಟೆಕ್ಸ್ಟ್ ಫೈಲ್ಗಳಲ್ಲಿ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. |
| 01:07 | ಡೇಟಾ ಫೈಲ್ಗಳನ್ನು, ಡೇಟಾಬೇಸ್ ವೆಬ್ಸೈಟ್ಗಳಿಂದ ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಬಹುದು. |
| 01:12 | ಯಾವುದೇ ವೆಬ್ ಬ್ರೌಸರ್ನಲ್ಲಿ, ಕೆಳಗೆ ಕೊಟ್ಟ ವೆಬ್ಸೈಟ್ ಲಿಂಕ್ ಅನ್ನು ತೆರೆಯಿರಿ. |
| 01:17 | ಒಂದು ವೆಬ್-ಪೇಜ್ ಓಪನ್ ಆಗುತ್ತದೆ. |
| 01:19 | ನಾವು ಮಾನವನ ಇನ್ಸುಲಿನ್ ಜೀನ್ ಗಾಗಿ, FASTA ಮತ್ತು GenBank ಫೈಲ್ ಗಳನ್ನು ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡೋಣ. |
| 01:25 | ಸರ್ಚ್ ಬಾಕ್ಸ್ನಲ್ಲಿ, “human insulin” ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ. Search ಬಟನ್ ಅನ್ನು ಕ್ಲಿಕ್ ಮಾಡಿ. |
| 01:31 | ಮಾನವನ ಇನ್ಸುಲಿನ್ ಜೀನ್ ಗಾಗಿ, ವೆಬ್ ಪೇಜ್, ಅನೇಕ ಫೈಲ್ಗಳನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ. |
| 01:35 | ಇಲ್ಲಿ ವಿವರಣೆಗಾಗಿ, ನಾನು Homo sapiens Insulin mRNA ಎಂದು ಹೆಸರಿರುವ 4 ಫೈಲ್ಗಳನ್ನು ಆಯ್ಕೆಮಾಡುತ್ತೇನೆ. |
| 01:43 | 500 ಬೇಸ್ ಪೇರ್ ಗಳಿಗಿಂತ ಕಡಿಮೆ ಇರುವ ಫೈಲ್ಗಳನ್ನು ನಾನು ಆಯ್ಕೆಮಾಡುತ್ತೇನೆ. |
| 01:48 | ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಲಿಕ್ಕಾಗಿ ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಲು, ಚೆಕ್-ಬಾಕ್ಸ್ ಮೇಲೆ ಕ್ಲಿಕ್ ಮಾಡಿ. |
| 01:56 | ಕರ್ಸರ್ ಅನ್ನು ಪೇಜ್ ನ ಮೇಲಿನ ಬಲ ಮೂಲೆಯಲ್ಲಿರುವ Send to ಎಂಬ ಆಯ್ಕೆಗೆ ತನ್ನಿ. |
| 02:02 | Send to ಬಟನ್ ನ ಬದಿಯಲ್ಲಿರುವ, ಡೌನ್ ಆರೋ ಇರುವ ಸಣ್ಣ ಸೆಲೆಕ್ಷನ್ ಬಟನ್ ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. |
| 02:09 | Choose destination ಎಂಬ ಶೀರ್ಷಿಕೆಯ ಕೆಳಗಿರುವ File ಎಂಬ ಆಯ್ಕೆಯನ್ನು ಒತ್ತಿ. |
| 02:13 | format ಎಂಬ ಡ್ರಾಪ್-ಡೌನ್ ಲಿಸ್ಟ್ ಬಾಕ್ಸ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಯಾವುದೇ ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮಾಟ್ ನಲ್ಲಿ, ನೀವು ಈ ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ಸೇವ್ ಮಾಡಬಹುದು. |
| 02:21 | ಕೊಟ್ಟಿರುವ ಆಯ್ಕೆಗಳಲ್ಲಿ, FASTA ಅನ್ನು ಆರಿಸಿ. |
| 02:25 | ನಂತರ Create file ಆಯ್ಕೆಯನ್ನು ಒತ್ತಿ. |
| 02:29 | ಸ್ಕ್ರೀನ್ ನ ಮೇಲೆ ಒಂದು ಡೈಲಾಗ್ ಬಾಕ್ಸ್ ಕಾಣುತ್ತದೆ. |
| 02:32 | Open with ಅನ್ನು ಆಯ್ಕೆಮಾಡಿ, OK ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. |
| 02:36 | ಟೆಕ್ಸ್ಟ್-ಎಡಿಟರ್ ನಲ್ಲಿ, ಒಂದು ಫೈಲ್ ಒಪನ್ ಆಗುತ್ತದೆ. |
| 02:39 | ನಾವು ನಾಲ್ಕು ಫೈಲ್ಗಳನ್ನು ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಲು ಆಯ್ಕೆಮಾಡಿದ್ದರಿಂದ, ಈ ಫೈಲ್, 4 ರೆಕಾರ್ಡ್ ಗಳನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ, |
| 02:46 | ಪ್ರತಿಯೊಂದು ರೆಕಾರ್ಡ್ ನಲ್ಲಿ, ಮೊದಲ ಲೈನ್, ಐಡೆಂಟಿಫೈಯರ್ ಲೈನ್ ಆಗಿರುತ್ತದೆ. |
| 02:50 | ಅದು greater than (>) ಚಿಹ್ನೆಯಿಂದ ಆರಂಭವಾಗುತ್ತದೆ. |
| 02:53 | ಇದರ ನಂತರ sequence ಇರುತ್ತದೆ. |
| 02:56 | ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ನಿಮ್ಮ home ಫೋಲ್ಡರ್ ನಲ್ಲಿ, sequence.fasta ಎಂದು Save ಮಾಡಿ. |
| 03:01 | ಟೆಕ್ಸ್ಟ್-ಎಡಿಟರ್ ಅನ್ನು ಕ್ಲೋಸ್ ಮಾಡಿ. |
| 03:03 | ಮೊದಲು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಿದ ಫೈಲ್ ಗಳನ್ನು, GenBank ಫಾರ್ಮಾಟ್ ನಲ್ಲಿ ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಲು, ಮೇಲಿನ ಹಂತಗಳನ್ನೇ ಅನುಸರಿಸಿ. |
| 03:12 | file format ಅನ್ನು GenBank ಎಂದು ಆಯ್ಕೆಮಾಡಿ. |
| 03:16 | ಒಂದು ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ಕ್ರಿಯೇಟ್ ಮಾಡಿ, ಟೆಕ್ಸ್ಟ್ ಎಡಿಟರ್ ನಲ್ಲಿ ಓಪನ್ ಮಾಡಿ. |
| 03:21 | GenBank ಫಾರ್ಮಾಟ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಫೈಲ್, FASTA ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿ ಇರುವುದಕ್ಕಿಂತ ಹೆಚ್ಚಿನ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವುದನ್ನು ಗಮನಿಸಿ. |
| 03:27 | ಈ ಫೈಲ್ ಅನ್ನು, ನಿಮ್ಮ home ಫೋಲ್ಡರ್ ನಲ್ಲಿ, sequence.gb ಎಂದು ಸೇವ್ ಮಾಡಿ. ಟೆಕ್ಸ್ಟ್ ಎಡಿಟರ್ ಅನ್ನು ಕ್ಲೋಸ್ ಮಾಡಿ. |
| 03:34 | ಇಲ್ಲಿ ವಿವರಣೆಗಾಗಿ, ನಮಗೆ ಒಂದೇ ಒಂದು ರೆಕಾರ್ಡ್ ಇರುವ FASTA ಫೈಲ್ ನ ಅವಶ್ಯಕತೆ ಇದೆ. |
| 03:39 | ಇದಕ್ಕಾಗಿ, ಚೆಕ್ ಬಾಕ್ಸ್ ಗಳ ಮೇಲೆ ಪುನಃ ಕ್ಲಿಕ್ ಮಾಡಿ, ಮೊದಲು ಮಾಡಿದ ಆಯ್ಕೆಯನ್ನು ಕ್ಲಿಯರ್ ಮಾಡಿ. |
| 03:48 | ಈಗ, Human insulin gene complete cds ಎಂಬ ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಿ. |
| 03:54 | ಚೆಕ್ ಬಾಕ್ಸ್ ಮೇಲೆ ಕ್ಲಿಕ್ ಮಾಡಿ, |
| 03:57 | ಮತ್ತು ಫೈಲ್ ಅನ್ನು home ಫೋಲ್ಡರ್ ನಲ್ಲಿ ಸೇವ್ ಮಾಡಲು, ಮೊದಲು ತೋರಿಸಿದ ಹಂತಗಳನ್ನು ಅನುಸರಿಸಿ. |
| 04:01 | ಫೈಲ್ ಅನ್ನು insulin.fasta ಎಂದು ಸೇವ್ ಮಾಡಿ. |
| 04:08 | Biopython ಲೈಬ್ರರಿಗಳನ್ನು ಬಳಸಿ, ಈ ಫೈಲ್ಗಳಲ್ಲಿ ಸಂಗ್ರಹ ಮಾಡಿದ ಬಯಲಾಜಿಕಲ್ ಡೇಟಾವನ್ನು ಮರಳಿ ಪಡೆಯಬಹುದು ಮತ್ತು ಮಾರ್ಪಡಿಸಬಹುದು. |
| 04:16 | ಟೆಕ್ಸ್ಟ್ ಎಡಿಟರ್ ಅನ್ನು ಕ್ಲೋಸ್ ಮಾಡಿ. |
| 04:19 | ಡೇಟಾ ಫೈಲ್ಗಳಿಂದ ಡೇಟಾವನ್ನು ಪಡೆಯುವುದನ್ನು Parsing ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ. |
| 04:23 | SeqIO ಮಾಡ್ಯೂಲ್ನಲ್ಲಿ ಲಭ್ಯವಿರುವ ಫಂಕ್ಷನ್ ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು, ಹೆಚ್ಚಿನ ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ಗಳನ್ನು ಪಾರ್ಸ್ ಮಾಡಬಹುದು. |
| 04:30 | ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುವ, SeqIO ಮಾಡ್ಯೂಲ್ನ ಫಂಕ್ಷನ್ ಗಳು ಹೀಗಿವೆ: parse, read, write ಮತ್ತು convert. |
| 04:38 | Ctrl, Alt ಮತ್ತು t ಕೀಗಳನ್ನು ಒಟ್ಟಿಗೆ ಒತ್ತುವ ಮೂಲಕ ಟರ್ಮಿನಲ್ ಅನ್ನು ತೆರೆಯಿರಿ. |
| 04:44 | ಪ್ರಾಂಪ್ಟಿನಲ್ಲಿ “ipython” ಅನ್ನು ಟೈಪ್ ಮಾಡುವ ಮೂಲಕ ipython ಅನ್ನು ಪ್ರಾರಂಭಿಸಿ. Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ. |
| 04:51 | ನಂತರ, Bio ಪ್ಯಾಕೇಜ್ನಿಂದ SeqIO ಮಾಡ್ಯೂಲ್ ಅನ್ನು ಇಂಪೋರ್ಟ್ ಮಾಡಿ. |
| 04:56 | ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ, “from Bio import SeqIO” ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ. Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ. |
| 05:04 | ನಾವು ಬಹು ಮುಖ್ಯವಾದ parse ಫಂಕ್ಷನ್ ನಿಂದ ಪ್ರಾರಂಭಿಸೋಣ. |
| 05:07 | ಇಲ್ಲಿ ವಿವರಣೆಗಾಗಿ, ಡೇಟಾಬೇಸ್ನಿಂದ ಈ ಮೊದಲೇ ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಿದ, ಹಲವಾರು ರೆಕಾರ್ಡ್ ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ FASTA ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ನಾನು ಬಳಸುತ್ತೇನೆ. |
| 05:17 | ಸರಳ FASTA ಪಾರ್ಸಿಂಗ್ ಗಾಗಿ, ಕೆಳಗಿನವುಗಳನ್ನು ಪ್ರಾಂಪ್ಟಿನಲ್ಲಿ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ. |
| 05:22 | ಇಲ್ಲಿ ನಾವು, sequence.fasta ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿರುವುದನ್ನು ಓದಲು (ರೀಡ್ ಮಾಡಲು), parse ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುತ್ತಿದ್ದೇವೆ. |
| 05:30 | ಔಟ್ಪುಟ್ ಗಾಗಿ, record id, ರೆಕಾರ್ಡ್ನಲ್ಲಿ ಇರುವ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಮತ್ತು ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ನ ಉದ್ದವನ್ನು ಪ್ರಿಂಟ್ ಮಾಡಿ. |
| 05:41 | ಅಲ್ಲದೆ, ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಡೇಟಾ ವನ್ನು Sequence record objects ನಂತೆ ರೀಡ್ ಮಾಡಲು parse ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಎಂಬುದನ್ನು ಗಮನಿಸಿ. |
| 05:48 | ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ, ಇದನ್ನು for ಲೂಪ್ ನೊಂದಿಗೆ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. |
| 05:52 | ಇದು 2 ಆರ್ಗ್ಯೂಮೆಂಟ್ ಗಳನ್ನು ಪಡೆಯಲು ಸಾಧ್ಯವಿದೆ. ಮೊದಲನೆಯದು, ಡೇಟಾವನ್ನು ರೀಡ್ ಮಾಡಲು ಬೇಕಾದ ಫೈಲ್ ನೇಮ್. |
| 05:59 | ಎರಡನೇಯದು, ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮಾಟ್ ಅನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. |
| 06:02 | ಔಟ್ಪುಟ್ ಅನ್ನು ಪಡೆಯಲು, Enter ಕೀಯನ್ನು ಎರಡುಸಲ ಒತ್ತಿ. |
| 06:07 | ಔಟ್ಪುಟ್, ಐಡೆಂಟಿಫೈಯರ್ ಲೈನ್, ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಮತ್ತು ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಎಲ್ಲ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಗಳ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗಳ ಉದ್ದ ಇವುಗಳನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ. |
| 06:21 | FASTA ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್, ಅಲ್ಫಾಬೆಟ್ ಅನ್ನು ಸೂಚಿಸುವುದಿಲ್ಲ ಎಂಬುದನ್ನು ಗಮನಿಸಿ. |
| 06:26 | ಹಾಗಾಗಿ, ಔಟ್ಪುಟ್, ಇದನ್ನು DNA ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಎಂದು ಸೂಚಿಸುವುದಿಲ್ಲ. |
| 06:31 | GenBank ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ಪಾರ್ಸ್ ಮಾಡಲು, ಈ ಹಂತಗಳನ್ನೆ ಪುನರಾವರ್ತಿಸಬಹುದು. |
| 06:36 | ವಿವರಣೆಗಾಗಿ ಗಾಗಿ, ನಾವು ಈ ಮೊದಲು ಡೇಟಾಬೇಸ್ ನಿಂದ ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಿದ GenBank ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ಉಪಯೋಗಿಸುವೆವು. |
| 06:43 | ನಾವು ಈಮೊದಲು ಬಳಸಿದ ಕೋಡ್ ನ ಸಾಲುಗಳನ್ನು ಪಡೆಯಲು, up-arrow ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿರಿ. |
| 06:49 | ಫೈಲ್ ನ ಹೆಸರನ್ನು, sequence.gb ಎಂದು ಬದಲಾಯಿಸಿ. |
| 06:53 | ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ಅನ್ನು, genbank ಗೆ ಬದಲಾಯಿಸಿ. |
| 06:56 | ಉಳಿದ ಕೋಡ್, ಮೊದಲಿನಂತೆಯೇ ಇರುತ್ತದೆ. |
| 06:58 | ಔಟ್ಪುಟ್ ಅನ್ನು ಪಡೆಯಲು Enter ಕೀಯನ್ನು ಎರಡು ಬಾರಿ ಒತ್ತಿ. |
| 07:03 | ಇಲ್ಲಿಯೂ, ಔಟ್ಪುಟ್, record id, ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಮತ್ತು ಫೈಲ್ ನ ಎಲ್ಲ ರೆಕಾರ್ಡ್ಗಳ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ನ ಉದ್ದವನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ. |
| 07:12 | GenBank ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್, ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು, DNA ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಎಂದು ಸೂಚಿಸುವುದನ್ನು ಗಮನಿಸಿ. |
| 07:19 | ಅಂತೆಯೇ, Swiss-prot ಮತ್ತು EMBL ಫೈಲ್ಗಳನ್ನು, ಮೇಲಿನ ಕೋಡ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿ ಪಾರ್ಸ್ ಮಾಡಬಹುದು. |
| 07:27 | ನಿಮ್ಮ ಫೈಲ್, ಒಂದೇ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿದ್ದರೆ, ಪಾರ್ಸಿಂಗ್ ಗಾಗಿ ಕೆಳಗಿನ ಸಾಲುಗಳನ್ನು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ. |
| 07:34 | ಇಲ್ಲಿ, ನಾವು ಹಿಂದೆ ಸೇವ್ ಮಾಡಿದ, ಒಂದೇ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ FASTA ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುತ್ತೇವೆ. ಉದಾಹರಣೆಗೆ insulin.fasta. |
| 07:43 | parse ಫಂಕ್ಷನ್ ನ ಬದಲಿಗೆ, ನಾವು read ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿದ್ದೇವೆ ಎಂಬುದನ್ನು ಗಮನಿಸಿ. Enter ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. |
| 07:50 | ಔಟ್ಪುಟ್, insulin.fasta ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿರುವುದನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ. |
| 07:55 | ಇದು ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು, sequence record object ನಂತೆ, |
| 07:59 | ಮತ್ತು ಇತರ ಆಟ್ರಿಬ್ಯೂಟ್ ಗಳಾದ GI, accession number, description ಗಳನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ. |
| 08:06 | ಈ ರೆಕಾರ್ಡ್ ನ ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು, ನಾವು ಕೆಳಗೆ ಹೇಳಿದಂತೆ ನೋಡಬಹುದು. |
| 08:11 | ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ ಹೀಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: record dot seq ಮತ್ತು Enter ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. |
| 08:18 | ಔಟ್ಪುಟ್, ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ. |
| 08:22 | ಈ ರೆಕಾರ್ಡ್ ನ ಐಡೆಂಟಿಫೈಯರ್ ಗಳನ್ನು ನೋಡಲು, ಹೀಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ : record dot id ಮತ್ತು Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ. |
| 08:29 | ಔಟ್ಪುಟ್, GI ನಂಬರ್ ಮತ್ತು ಅಕ್ಸೆಶನ್ ನಂಬರ್ ಮುಂತಾದವುಗಳನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ. |
| 08:34 | ಮೇಲೆ ವಿವರಿಸಿದ ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು, ನಿಮ್ಮ ಆಯ್ಕೆಯ ಡೇಟಾ ಫೈಲ್ ಗಳನ್ನು ಪಾರ್ಸ್ ಮಾಡಲು ಬಳಸಬಹುದು. |
| 08:40 | ಸಂಕ್ಷಿಪ್ತವಾಗಿ, |
| 08:42 | ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ನಲ್ಲಿ ನಾವು: FASTA ಮತ್ತು GenBank ಫೈಲ್ ಗಳನ್ನು NCBI ಡೇಟಾಬೇಸ್ ವೆಬ್ಸೈಟ್ ನಿಂದ ಡೌನ್ ಲೋಡ್ ಮಾಡುವುದು ಮತ್ತು SeqIO ಮಾಡ್ಯೂಲ್ ನ parse ಹಾಗೂ read ಫಂಕ್ಷನ್ ಗಳನ್ನು ಬಳಸುವುದು, |
| 08:55 | FASTA ಮತ್ತು GenBank ಫೈಲ್ ಗಳಿಂದ, record id, ವಿವರಣೆ, ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಮುಂತಾದ ಡೇಟಾಗಳನ್ನು ಎಕ್ಸ್ಟ್ರಾಕ್ಟ್ ಮಾಡಲು ಕಲಿತಿದ್ದೇವೆ. |
| 09:03 | ಈಗ ಅಸೈನ್ಮೆಂಟ್ ಗಾಗಿ - |
| 09:06 | NCBI ಡಾಟಾಬೇಸ್ ನಿಂದ, ನಿಮ್ಮ ಆಯ್ಕೆಯ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗಾಗಿ, FASTA ಫೈಲ್ ಗಳನ್ನು ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಿ. |
| 09:13 | ಈ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗಳ ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ಅದರ ರಿವರ್ಸ್ ಕಾಂಪ್ಲಿಮೆಂಟ್ ಗೆ ಪರಿವರ್ತಿಸಿ. |
| 09:17 | ನಿಮ್ಮ ಪೂರ್ಣಗೊಂಡ ಅಸೈನ್ಮೆಂಟ್ , ಈ ಕೆಳಗಿನ ಕೋಡ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿರಬೇಕು. |
| 09:22 | FASTA ಫೈಲ್ ನಿಂದ, ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ಲೋಡ್ ಮಾಡಲು, parse ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಉಪಯೋಗಿಸಿ. |
| 09:28 | ನಂತರ, ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ನ reverse complement ಎಂಬ ಬಿಲ್ಟ್- ಇನ್ ಮೆಥಡ್ ಅನ್ನು ಉಪಯೋಗಿಸಿ, ರಿವರ್ಸ್ ಕಾಂಪ್ಲಿಮೆಂಟ್ಸ್ ಅನ್ನು ಪ್ರಿಂಟ್ ಮಾಡಿ. |
| 09:37 | ಈ ಲಿಂಕ್ ನಲ್ಲಿರುವ ವೀಡಿಯೋ, ಸ್ಪೋಕನ್ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಪ್ರೊಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು ವಿವರಿಸುತ್ತದೆ. |
| 09:42 | ದಯವಿಟ್ಟು ಇದನ್ನು ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಿ ನೋಡಿ. |
| 09:44 | ಸ್ಪೋಕನ್ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಪ್ರೊಜೆಕ್ಟ್ ಟೀಮ್, ಕಾರ್ಯಶಾಲೆಗಳನ್ನು ನಡೆಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಆನ್ಲೈನ್ ಟೆಸ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ ತೇರ್ಗಡೆಯಾದವರಿಗೆ ಸರ್ಟಿಫಿಕೇಟ್ ಕೊಡುತ್ತದೆ. |
| 09:51 | ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಾಹಿತಿಗಾಗಿ, ದಯವಿಟ್ಟು ನಮ್ಮನ್ನು ಸಂಪರ್ಕಿಸಿ. |
| 09:55 | ಸ್ಪೋಕನ್ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಪ್ರೊಜೆಕ್ಟ್, ರಾಷ್ಟ್ರಿಯ ಸಾಕ್ಷರತಾ ಮಿಷನ್ ICT, MHRD ಮೂಲಕ ಭಾರತ ಸರ್ಕಾರದ ಆಧಾರವನ್ನು ಪಡೆದಿದೆ. |
| 10:01 | ಈ ಮಿಶನ್ ನ ಬಗೆಗೆ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಾಹಿತಿಯು ಇಲ್ಲಿ ಇರುವ ಲಿಂಕ್ ನಲ್ಲಿ ಲಭ್ಯವಿದೆ. |
| 10:06 | ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ನ ಅನುವಾದಕಿ ಚೇತನಾ ಮತ್ತು ಧ್ವನಿ ನವೀನ್ ಭಟ್, ಉಪ್ಪಿನಪಟ್ಟಣ. ಧನ್ಯವಾದಗಳು. |
