Difference between revisions of "Biopython/C2/Parsing-Data/Kannada"

From Script | Spoken-Tutorial
Jump to: navigation, search
(Blanked the page)
Line 1: Line 1:
 +
{| Border=1
 +
! <center>Time</center>
 +
! <center>Narration</center>
  
 +
|-
 +
| 00:01
 +
| ಎಲ್ಲರಿಗೂ ನಮಸ್ಕಾರ. Parsing Data ಕುರಿತ ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಗೆ ನಿಮಗೆ ಸುಸ್ವಾಗತ.
 +
|-
 +
| 00:06
 +
| ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ನಲ್ಲಿ ನಾವು, NCBI ಡೇಟಾಬೇಸ್ ವೆಬ್ಸೈಟ್ ನಿಂದ FASTA ಮತ್ತುGenBank ಫೈಲ್ಗಳನ್ನು ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಲು ಕಲಿಯುವೆವು.
 +
|-
 +
| 00:14
 +
| ಮತ್ತು, ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಇನ್ಪುಟ್ / ಔಟ್ಪುಟ್  ಮಾಡ್ಯೂಲ್ ನಲ್ಲಿಯ ಫಂಕ್ಷನ್ ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿ, ಡೇಟಾ ಫೈಲ್ಗಳನ್ನು ಪಾರ್ಸ್ ಮಾಡಲು ಕಲಿಯುವೆವು.
 +
|-
 +
| 00:19
 +
| ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಅನ್ನು ಅರ್ಥ ಮಾಡಿಕೊಳ್ಳಲು, ನೀವು ಪದವಿಪೂರ್ವ ಜೀವರಸಾಯನಶಾಸ್ತ್ರ ಅಥವಾ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್,
 +
|-
 +
| 00:26
 +
|ಮತ್ತು ಬೇಸಿಕ್ Python ಪ್ರೊಗ್ರಾಮಿಂಗ್  ಇವುಗಳನ್ನು ಅರಿತಿರಬೇಕು.
 +
|-
 +
| 00:30
 +
|ಲಿಂಕ್ ನಲ್ಲಿ ಕೊಟ್ಟಿರುವ ಪೈಥಾನ್ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಗಳನ್ನು ನೋಡಿ.
 +
|-
 +
| 00:34
 +
|ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಅನ್ನು ರೆಕಾರ್ಡ್ ಮಾಡಲು, ನಾನು '''Ubuntu OS''' ನ 14.10 ನೇ ಆವೃತ್ತಿ,
 +
|-
 +
| 00:40
 +
| '''Python''' ನ 2.7. 8 ನೇ ಆವೃತ್ತಿ,
 +
|-
 +
| 00:44
 +
| '''Ipython interpreter''' ನ 2.3.0 ನೇ ಆವೃತ್ತಿ,
 +
|-
 +
| 00:48
 +
| '''Biopython''' ನ 1.64 ಆವೃತ್ತಿ, ಮತ್ತು '''Mozilla Firefox''' ಬ್ರೌಸರ್ ನ 35.0 ನೇ ಆವೃತ್ತಿ, ಇವುಗಳನ್ನು ಉಪಯೋಗಿಸಿದ್ದೇನೆ.
 +
|-
 +
| 00:56
 +
| ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರದಲ್ಲಿಯ ವೈಜ್ಞಾನಿಕ ಡಾಟಾವನ್ನು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ FASTA, GenBank, EMBL, Swiss-Prot ಮುಂತಾದ ಟೆಕ್ಸ್ಟ್ ಫೈಲ್ಗಳಲ್ಲಿ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ.
 +
|-
 +
| 01:07
 +
| ಡೇಟಾ ಫೈಲ್ಗಳನ್ನು, ಡೇಟಾಬೇಸ್ ವೆಬ್ಸೈಟ್ಗಳಿಂದ ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಬಹುದು.
 +
|-
 +
| 01:12
 +
| ಯಾವುದೇ ವೆಬ್ ಬ್ರೌಸರ್ನಲ್ಲಿ, ಕೆಳಗೆ ಕೊಟ್ಟ ವೆಬ್ಸೈಟ್ ಲಿಂಕ್ ಅನ್ನು ತೆರೆಯಿರಿ.
 +
|-
 +
| 01:17
 +
|ಒಂದು ವೆಬ್-ಪೇಜ್ ಓಪನ್ ಆಗುತ್ತದೆ.
 +
|-
 +
| 01:19
 +
| ನಾವು ಮಾನವನ ಇನ್ಸುಲಿನ್ ಜೀನ್ ಗಾಗಿ, FASTA ಮತ್ತು GenBank ಫೈಲ್ ಗಳನ್ನು ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡೋಣ.
 +
|-
 +
| 01:25
 +
|ಸರ್ಚ್ ಬಾಕ್ಸ್ನಲ್ಲಿ, “human insulin” ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ. Search ಬಟನ್ ಅನ್ನು ಕ್ಲಿಕ್ ಮಾಡಿ.
 +
|-
 +
| 01:31
 +
| ಮಾನವನ ಇನ್ಸುಲಿನ್ ಜೀನ್ ಗಾಗಿ, ವೆಬ್ ಪೇಜ್, ಅನೇಕ ಫೈಲ್ಗಳನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
 +
|-
 +
| 01:35
 +
| ಇಲ್ಲಿ ಪ್ರದರ್ಶನಕ್ಕಾಗಿ, ನಾನು Homo sapiens Insulin mRNA ಎಂದು ಹೆಸರಿರುವ 4 ಫೈಲ್ಗಳನ್ನು ಆಯ್ಕೆಮಾಡುತ್ತೇನೆ.
 +
|-
 +
| 01:43
 +
| 500 ಬೇಸ್ ಪೇರ್ ಗಳಿಗಿಂತ ಕಡಿಮೆ ಇರುವ ಫೈಲ್ಗಳನ್ನು ನಾನು ಆಯ್ಕೆಮಾಡುತ್ತೇನೆ.
 +
|-
 +
| 01:48
 +
| ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಲಿಕ್ಕಾಗಿ ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಲು, ಚೆಕ್-ಬಾಕ್ಸ್ ಮೇಲೆ ಕ್ಲಿಕ್ ಮಾಡಿ.
 +
|-
 +
| 01:56
 +
| ಕರ್ಸರ್ ಅನ್ನು ಪೇಜ್ ನ ಮೇಲಿನ ಬಲ ಮೂಲೆಯಲ್ಲಿರುವ Send to ಎಂಬ ಆಯ್ಕೆಗೆ ತನ್ನಿ.
 +
|-
 +
| 02:02
 +
| Send to ಬಟನ್ ನ ಬದಿಯಲ್ಲಿರುವ,  ಡೌನ್ ಆರೋ ಇರುವ ಸಣ್ಣ ಸೆಲೆಕ್ಷನ್ ಬಟನ್ ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ.
 +
|-
 +
| 02:09
 +
| Choose destination ಎಂಬ ಶೀರ್ಷಿಕೆಯ ಕೆಳಗಿರುವ File ಎಂಬ ಆಯ್ಕೆಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
 +
|-
 +
| 02:13
 +
| format ಎಂಬ ಡ್ರಾಪ್-ಡೌನ್ ಲಿಸ್ಟ್ ಬಾಕ್ಸ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಯಾವುದೇ ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮಾಟ್ ನಲ್ಲಿ, ನೀವು ಈ ಫೈಲ್ ಅನ್ನು save ಮಾಡಬಹುದು.
 +
|-
 +
| 02:21
 +
| ಕೊಟ್ಟಿರುವ ಆಯ್ಕೆಗಳಲ್ಲಿ, FASTA ಅನ್ನು ಆರಿಸಿ.
 +
|-
 +
| 02:25
 +
| ನಂತರ Create file ಆಯ್ಕೆಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
 +
|-
 +
| 02:29
 +
|ಸ್ಕ್ರೀನ್ ನ ಮೇಲೆ ಒಂದು ಡೈಲಾಗ್ ಬಾಕ್ಸ್ ಕಾಣುತ್ತದೆ.
 +
|-
 +
|02:32
 +
| Open with ಅನ್ನು ಆಯ್ಕೆಮಾಡಿ, OK ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ.
 +
|-
 +
| 02:36
 +
| ಟೆಕ್ಸ್ಟ್-ಎಡಿಟರ್ ನಲ್ಲಿ, ಒಂದು ಫೈಲ್ ಒಪನ್ ಆಗುತ್ತದೆ.
 +
|-
 +
| 02:39
 +
|ನಾವು ನಾಲ್ಕು ಫೈಲ್ಗಳನ್ನು ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಲು ಆಯ್ಕೆಮಾಡಿದ್ದರಿಂದ, ಈ ಫೈಲ್, 4 ರೆಕಾರ್ಡ್ ಗಳನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ,
 +
|-
 +
| 02:46
 +
|ಪ್ರತಿಯೊಂದು ರೆಕಾರ್ಡ್ ನಲ್ಲಿ, ಮೊದಲ ಲೈನ್, ಐಡೆಂಟಿಫೈಯರ್ ಲೈನ್ ಆಗಿರುತ್ತದೆ.
 +
|-
 +
| 02:50
 +
|ಅದು greater than (>) ಚಿಹ್ನೆಯಿಂದ ಆರಂಭವಾಗುತ್ತದೆ.
 +
|-
 +
| 02:53
 +
| ಇದರ ನಂತರ sequence  ಇರುತ್ತದೆ.
 +
|-
 +
| 02:56
 +
|ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ನಿಮ್ಮ home ಫೋಲ್ಡರ್ ನಲ್ಲಿ, sequence.fasta ಎಂದು Save ಮಾಡಿ.
 +
|-
 +
| 03:01
 +
|ಟೆಕ್ಸ್ಟ್-ಎಡಿಟರ್ ಅನ್ನು ಕ್ಲೋಸ್ ಮಾಡಿ.
 +
|-
 +
| 03:03
 +
|ಮೊದಲು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಿದ ಫೈಲ್ ಗಳನ್ನು, GenBank ಫಾರ್ಮಾಟ್ ನಲ್ಲಿ ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಲು, ಮೇಲಿನ ಹಂತಗಳನ್ನೇ ಅನುಸರಿಸಿ.
 +
|-
 +
| 03:12
 +
| file format ಅನ್ನು GenBank ಎಂದು ಆಯ್ಕೆಮಾಡಿ.
 +
|-
 +
| 03:16
 +
|ಒಂದು ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ಕ್ರಿಯೇಟ್ ಮಾಡಿ, ಟೆಕ್ಸ್ಟ್ ಎಡಿಟರ್ ನಲ್ಲಿ ಓಪನ್ ಮಾಡಿ.
 +
|-
 +
| 03:21
 +
| GenBank ಫಾರ್ಮಾಟ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಫೈಲ್, FASTA ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿ ಇರುವುದಕ್ಕಿಂತ ಹೆಚ್ಚಿನ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವುದನ್ನು ಗಮನಿಸಿ.
 +
|-
 +
| 03:27
 +
| ಈ ಫೈಲ್ ಅನ್ನು, ನಿಮ್ಮ home ಫೋಲ್ಡರ್ ನಲ್ಲಿ, sequence.gb ಎಂದು Save ಮಾಡಿ. ಟೆಕ್ಸ್ಟ್ ಎಡಿಟರ್ ಅನ್ನು ಕ್ಲೋಸ್ ಮಾಡಿ.
 +
|-
 +
| 03:34
 +
|ಇಲ್ಲಿ ಮಾಡಿತೋರಿಸಲು, ನಮಗೆ ಒಂದೇ ಒಂದು ರೆಕಾರ್ಡ್ ಇರುವ FASTA ಫೈಲ್ ನ ಅವಶ್ಯಕತೆ ಇದೆ.
 +
|-
 +
| 03:39
 +
|ಇದಕ್ಕಾಗಿ, ಚೆಕ್ ಬಾಕ್ಸ್ ಗಳ ಮೇಲೆ ಪುನಃ ಕ್ಲಿಕ್ ಮಾಡಿ, ಮೊದಲು ಮಾಡಿದ ಆಯ್ಕೆಯನ್ನು ಕ್ಲಿಯರ್ ಮಾಡಿ.
 +
|-
 +
| 03:48
 +
|ಈಗ, Human insulin gene complete cds ಎಂಬ ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಿ.
 +
|-
 +
| 03:54
 +
|ಚೆಕ್ ಬಾಕ್ಸ್ ಮೇಲೆ ಕ್ಲಿಕ್ ಮಾಡಿ,
 +
|-
 +
| 03:57
 +
|ಮತ್ತು ಫೈಲ್ ಅನ್ನು home ಫೋಲ್ಡರ್ ನಲ್ಲಿ save ಮಾಡಲು, ಮೊದಲು ತೋರಿಸಿದ ಹಂತಗಳನ್ನು ಅನುಸರಿಸಿ.
 +
|-
 +
| 04:01
 +
|ಫೈಲ್ ಅನ್ನು insulin.fasta ಎಂದು save ಮಾಡಿ.
 +
|-
 +
| 04:08
 +
| Biopython ಲೈಬ್ರರಿಗಳನ್ನು ಬಳಸಿ, ಈ ಫೈಲ್ಗಳಲ್ಲಿ ಸಂಗ್ರಹ ಮಾಡಿದ ಬಯಲಾಜಿಕಲ್ ಡೇಟಾವನ್ನು ಮರಳಿ ಪಡೆಯಬಹುದು ಮತ್ತು ಮಾರ್ಪಡಿಸಬಹುದು.
 +
|-
 +
| 04:16
 +
|ಟೆಕ್ಸ್ಟ್ ಎಡಿಟರ್ ಅನ್ನು ಕ್ಲೋಸ್ ಮಾಡಿ.
 +
|-
 +
| 04:19
 +
| ಡೇಟಾ ಫೈಲ್ಗಳಿಂದ ಡೇಟಾವನ್ನು ಪಡೆಯುವುದನ್ನು Parsing ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ.
 +
|-
 +
| 04:23
 +
|SeqIO ಮಾಡ್ಯೂಲ್ನಲ್ಲಿ ಲಭ್ಯವಿರುವ ಫಂಕ್ಷನ್ ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು, ಹೆಚ್ಚಿನ ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ಗಳನ್ನು ಪಾರ್ಸ್ ಮಾಡಬಹುದು.
 +
|-
 +
| 04:30
 +
| ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುವ, SeqIO ಮಾಡ್ಯೂಲ್ನ ಫಂಕ್ಷನ್ ಗಳು ಹೀಗಿವೆ: parse, read, write ಮತ್ತು convert.
 +
|-
 +
| 04:38
 +
|Ctrl, Alt ಮತ್ತು t ಕೀಗಳನ್ನು ಒಟ್ಟಿಗೆ ಒತ್ತುವ ಮೂಲಕ ಟರ್ಮಿನಲ್ ಅನ್ನು ತೆರೆಯಿರಿ.
 +
|-
 +
| 04:44
 +
| ಪ್ರಾಂಪ್ಟಿನಲ್ಲಿ “ipython” ಅನ್ನು ಟೈಪ್ ಮಾಡುವ ಮೂಲಕ ipython ಅನ್ನು ಪ್ರಾರಂಭಿಸಿ. Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
 +
|-
 +
| 04:51
 +
|ನಂತರ, Bio ಪ್ಯಾಕೇಜ್ನಿಂದ SeqIO ಮಾಡ್ಯೂಲ್ ಅನ್ನು ಇಂಪೋರ್ಟ್ ಮಾಡಿ.
 +
|-
 +
| 04:56
 +
|ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ, “from Bio import SeqIO” ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ. Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
 +
|-
 +
| 05:04
 +
|ನಾವು ಬಹು ಮುಖ್ಯವಾದ parse ಫಂಕ್ಷನ್ ನಿಂದ ಪ್ರಾರಂಭಿಸೋಣ.
 +
|-
 +
|05:07
 +
| ಇಲ್ಲಿ ಮಾಡಿತೋರಿಸಲು, ಡೇಟಾಬೇಸ್ನಿಂದ ಈ ಮೊದಲೇ ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಿದ, ಹಲವಾರು ರೆಕಾರ್ಡ್ ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ FASTA  ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ನಾನು ಬಳಸುತ್ತೇನೆ.
 +
|-
 +
| 05:17
 +
| ಸರಳ FASTA ಪಾರ್ಸಿಂಗ್ ಗಾಗಿ, ಕೆಳಗಿನವುಗಳನ್ನು ಪ್ರಾಂಪ್ಟಿನಲ್ಲಿ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ.
 +
|-
 +
| 05:22
 +
|ಇಲ್ಲಿ ನಾವು, sequence.fasta ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿರುವುದನ್ನು ಓದಲು (ರೀಡ್ ಮಾಡಲು), parse ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುತ್ತಿದ್ದೇವೆ.
 +
|-
 +
| 05:30
 +
| ಔಟ್ಪುಟ್ ಗಾಗಿ, record id, ರೆಕಾರ್ಡ್ನಲ್ಲಿ ಇರುವ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಮತ್ತು ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ನ ಉದ್ದವನ್ನು ಪ್ರಿಂಟ್ ಮಾಡಿ.
 +
|-
 +
| 05:41
 +
|ಅಲ್ಲದೆ, ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಡೇಟಾ ವನ್ನು Sequence record objects ನಂತೆ ರೀಡ್ ಮಾಡಲು parse ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಎಂಬುದನ್ನು ಗಮನಿಸಿ.
 +
|-
 +
| 05:48
 +
|ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ, ಇದನ್ನು for ಲೂಪ್ ನೊಂದಿಗೆ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ.
 +
|-
 +
| 05:52
 +
|ಇದು 2 ಆರ್ಗ್ಯೂಮೆಂಟ್ ಗಳನ್ನು ಪಡೆಯಲು ಸಾಧ್ಯವಿದೆ. ಮೊದಲನೆಯದು, ಡೇಟಾವನ್ನು ರೀಡ್ ಮಾಡಲು ಬೇಕಾದ ಫೈಲ್ ನೇಮ್.
 +
|-
 +
| 05:59
 +
|ಎರಡನೇಯದು, ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮಾಟ್ ಅನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ.
 +
|-
 +
| 06:02
 +
|ಔಟ್ಪುಟ್ ಅನ್ನು ಪಡೆಯಲು, Enter ಕೀಯನ್ನು ಎರಡುಸಲ ಒತ್ತಿ.
 +
|-
 +
| 06:07
 +
| ಔಟ್ಪುಟ್, ಐಡೆಂಟಿಫೈಯರ್ ಲೈನ್, ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಮತ್ತು ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಎಲ್ಲ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಗಳ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗಳ ಉದ್ದ ಇವುಗಳನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
 +
|-
 +
| 06:21
 +
| FASTA ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್, ಅಲ್ಫಾಬೆಟ್ ಅನ್ನು ಸೂಚಿಸುವುದಿಲ್ಲ ಎಂಬುದನ್ನು ಗಮನಿಸಿ.
 +
|-
 +
| 06:26
 +
|ಹಾಗಾಗಿ, ಔಟ್ಪುಟ್, ಇದನ್ನು DNA ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಎಂದು ಸೂಚಿಸುವುದಿಲ್ಲ.
 +
|-
 +
| 06:31
 +
| GenBank ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ಪಾರ್ಸ್ ಮಾಡಲು, ಈ ಹಂತಗಳನ್ನೆ ಪುನರಾವರ್ತಿಸಬಹುದು.
 +
|-
 +
| 06:36
 +
|ಡೆಮಾನ್ಸ್ಟ್ರೇಶನ್ ಗಾಗಿ, ನಾವು ಈ ಮೊದಲು ಡೇಟಾಬೇಸ್ ನಿಂದ ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಿದ GenBank ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ಉಪಯೋಗಿಸುವೆವು.
 +
|-
 +
| 06:43
 +
| ನಾವು ಈಮೊದಲು ಬಳಸಿದ ಕೋಡ್ ನ ಸಾಲುಗಳನ್ನು ಪಡೆಯಲು, up-arrow ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿರಿ.
 +
|-
 +
| 06:49
 +
|ಫೈಲ್ ನ ಹೆಸರನ್ನು, sequence.gb ಎಂದು ಬದಲಾಯಿಸಿ.
 +
|-
 +
| 06:53
 +
|ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ಅನ್ನು, genbank ಗೆ ಬದಲಾಯಿಸಿ.
 +
|-
 +
| 06:56
 +
|ಉಳಿದ ಕೋಡ್, ಮೊದಲಿನಂತೆಯೇ ಇರುತ್ತದೆ.
 +
|-
 +
| 06:58
 +
|ಔಟ್ಪುಟ್ ಅನ್ನು ಪಡೆಯಲು Enter ಕೀಯನ್ನು ಎರಡು ಬಾರಿ ಒತ್ತಿ.
 +
|-
 +
| 07:03
 +
| ಇಲ್ಲಿಯೂ, ಔಟ್ಪುಟ್, record id, ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಮತ್ತು ಫೈಲ್ ನ ಎಲ್ಲ ರೆಕಾರ್ಡ್ಗಳ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ನ ಉದ್ದವನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
 +
|-
 +
| 07:12
 +
|GenBank ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್, ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು, DNA ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಎಂದು ಸೂಚಿಸುವುದನ್ನು ಗಮನಿಸಿ.
 +
|-
 +
| 07:19
 +
| ಅಂತೆಯೇ, Swiss-prot ಮತ್ತು EMBL ಫೈಲ್ಗಳನ್ನು, ಮೇಲಿನ ಕೋಡ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿ ಪಾರ್ಸ್ ಮಾಡಬಹುದು.
 +
|-
 +
| 07:27
 +
| ನಿಮ್ಮ ಫೈಲ್, ಒಂದೇ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿದ್ದರೆ, ಪಾರ್ಸಿಂಗ್ ಗಾಗಿ ಕೆಳಗಿನ ಸಾಲುಗಳನ್ನು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ.
 +
|-
 +
| 07:34
 +
| ಇಲ್ಲಿ, ನಾವು ಹಿಂದೆ ಸೇವ್ ಮಾಡಿದ, ಒಂದೇ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ FASTA ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುತ್ತೇವೆ. ಉದಾಹರಣೆಗೆ insulin.fasta.
 +
|-
 +
| 07:43
 +
| parse ಫಂಕ್ಷನ್ ನ ಬದಲಿಗೆ, ನಾವು read ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿದ್ದೇವೆ ಎಂಬುದನ್ನು ಗಮನಿಸಿ. Enter ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ.
 +
|-
 +
| 07:50
 +
| ಔಟ್ಪುಟ್, insulin.fasta ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿರುವುದನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
 +
|-
 +
| 07:55
 +
|ಇದು ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು, sequence record object ನಂತೆ,
 +
|-
 +
| 07:59
 +
|ಮತ್ತು ಇತರ ಆಟ್ರಿಬ್ಯೂಟ್ ಗಳಾದ GI, accession number, description ಗಳನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
 +
|-
 +
| 08:06
 +
| ಈ ರೆಕಾರ್ಡ್ ನ ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು, ನಾವು ಕೆಳಗೆ ಹೇಳಿದಂತೆ ನೋಡಬಹುದು.
 +
|-
 +
| 08:11
 +
|ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ ಹೀಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: record dot seq ಮತ್ತು Enter ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ.
 +
|-
 +
| 08:18
 +
|ಔಟ್ಪುಟ್, ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
 +
|-
 +
| 08:22
 +
|ಈ ರೆಕಾರ್ಡ್ ನ ಐಡೆಂಟಿಫೈರ್ ಗಳನ್ನು ನೋಡಲು, ಹೀಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ : record dot id  ಮತ್ತು Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
 +
|-
 +
| 08:29
 +
|ಔಟ್ಪುಟ್, GI ನಂಬರ್ ಮತ್ತು ಅಕ್ಸೆಶನ್ ನಂಬರ್ ಮುಂತಾದವುಗಳನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
 +
|-
 +
| 08:34
 +
|ಮೇಲೆ ವಿವರಿಸಿದ ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು, ನಿಮ್ಮ ಆಯ್ಕೆಯ ಡೇಟಾ ಫೈಲ್ ಗಳನ್ನು ಪಾರ್ಸ್ ಮಾಡಲು ಬಳಸಬಹುದು.
 +
|-
 +
| 08:40
 +
|ಸಂಕ್ಷಿಪ್ತವಾಗಿ,
 +
|-
 +
| 08:42
 +
|ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ನಲ್ಲಿ ನಾವು: FASTA ಮತ್ತು GenBank ಫೈಲ್ ಗಳನ್ನು NCBI ಡೇಟಾಬೇಸ್ ವೆಬ್ಸೈಟ್ ನಿಂದ ಡೌನ್ ಲೋಡ್ ಮಾಡುವುದು ಮತ್ತು SeqIO ಮಾಡ್ಯೂಲ್ ನ parse ಹಾಗೂ read ಫಂಕ್ಷನ್ ಗಳನ್ನು ಬಳಸುವುದು,
 +
|-
 +
| 08:55
 +
| FASTA ಮತ್ತು GenBank ಫೈಲ್ ಗಳಿಂದ, record id, ವಿವರಣೆ, ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಮುಂತಾದ ಡೇಟಾಗಳನ್ನು ಎಕ್ಸ್ಟ್ರಾಕ್ಟ್ ಮಾಡಲು ಕಲಿತಿದ್ದೇವೆ.
 +
|-
 +
| 09:03
 +
| ಈಗ ಅಸೈನ್ಮೆಂಟ್ ಗಾಗಿ -
 +
|-
 +
| 09:06
 +
| NCBI ಡಾಟಾಬೇಸ್ ನಿಂದ, ನಿಮ್ಮ ಆಯ್ಕೆಯ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗಾಗಿ, FASTA ಫೈಲ್ ಗಳನ್ನು ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಿ.
 +
|-
 +
| 09:13
 +
|ಈ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗಳ ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ಅದರ ರಿವರ್ಸ್ ಕಾಂಪ್ಲಿಮೆಂಟ್ ಗೆ ಪರಿವರ್ತಿಸಿ.
 +
|-
 +
| 09:17
 +
|ನಿಮ್ಮ ಪೂರ್ಣಗೊಂಡ ಅಸೈನ್ಮೆಂಟ್ , ಈ ಕೆಳಗಿನ ಕೋಡ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿರಬೇಕು.
 +
|-
 +
| 09:22
 +
|FASTA ಫೈಲ್ ನಿಂದ, ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ಲೋಡ್ ಮಾಡಲು, parse ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಉಪಯೋಗಿಸಿ.
 +
|-
 +
| 09:28
 +
|ನಂತರ, ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ನ reverse complement ಎಂಬ ಬಿಲ್ಟ್- ಇನ್ ಮೆಥಡ್ ಅನ್ನು ಉಪಯೋಗಿಸಿ, ರಿವರ್ಸ್ ಕಾಂಪ್ಲಿಮೆಂಟ್ಸ್ ಅನ್ನು ಪ್ರಿಂಟ್ ಮಾಡಿ.
 +
|-
 +
| 09:37
 +
| ಈ ಲಿಂಕ್ ನಲ್ಲಿರುವ ವೀಡಿಯೋ, ಸ್ಪೋಕನ್ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಪ್ರೊಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು ವಿವರಿಸುತ್ತದೆ.
 +
|-
 +
| 09:42
 +
| ದಯವಿಟ್ಟು ಇದನ್ನು ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಿ ನೋಡಿ.
 +
|-
 +
| 09:44
 +
|ಸ್ಪೋಕನ್ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಪ್ರೊಜೆಕ್ಟ್ ಟೀಮ್, ಕಾರ್ಯಶಾಲೆಗಳನ್ನು ನಡೆಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಆನ್ಲೈನ್ ಟೆಸ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ ತೇರ್ಗಡೆಯಾದವರಿಗೆ ಸರ್ಟಿಫಿಕೇಟ್ ಕೊಡುತ್ತದೆ.
 +
|-
 +
| 09:51
 +
|ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಾಹಿತಿಗಾಗಿ, ದಯವಿಟ್ಟು ನಮ್ಮನ್ನು ಸಂಪರ್ಕಿಸಿ.
 +
|-
 +
| 09:55
 +
|ಸ್ಪೋಕನ್ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಪ್ರೊಜೆಕ್ಟ್, ರಾಷ್ಟ್ರಿಯ ಸಾಕ್ಷರತಾ ಮಿಷನ್ ICT, MHRD ಮೂಲಕ ಭಾರತ ಸರ್ಕಾರದ ಆಧಾರವನ್ನು ಪಡೆದಿದೆ.
 +
|-
 +
| 10:01
 +
|ಈ ಮಿಶನ್ ನ ಬಗೆಗೆ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಾಹಿತಿಯು ಇಲ್ಲಿ ಇರುವ ಲಿಂಕ್ ನಲ್ಲಿ ಲಭ್ಯವಿದೆ.
 +
|-
 +
| 10:06
 +
|ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ನ ಅನುವಾದಕಿ ಚೇತನಾ ಮತ್ತು ಧ್ವನಿ ನವೀನ್ ಭಟ್, ಉಪ್ಪಿನಪಟ್ಟಣ. ಧನ್ಯವಾದಗಳು.
 +
|}

Revision as of 13:13, 4 July 2018

Time
Narration
00:01 ಎಲ್ಲರಿಗೂ ನಮಸ್ಕಾರ. Parsing Data ಕುರಿತ ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಗೆ ನಿಮಗೆ ಸುಸ್ವಾಗತ.
00:06 ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ನಲ್ಲಿ ನಾವು, NCBI ಡೇಟಾಬೇಸ್ ವೆಬ್ಸೈಟ್ ನಿಂದ FASTA ಮತ್ತುGenBank ಫೈಲ್ಗಳನ್ನು ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಲು ಕಲಿಯುವೆವು.
00:14 ಮತ್ತು, ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಇನ್ಪುಟ್ / ಔಟ್ಪುಟ್ ಮಾಡ್ಯೂಲ್ ನಲ್ಲಿಯ ಫಂಕ್ಷನ್ ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿ, ಡೇಟಾ ಫೈಲ್ಗಳನ್ನು ಪಾರ್ಸ್ ಮಾಡಲು ಕಲಿಯುವೆವು.
00:19 ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಅನ್ನು ಅರ್ಥ ಮಾಡಿಕೊಳ್ಳಲು, ನೀವು ಪದವಿಪೂರ್ವ ಜೀವರಸಾಯನಶಾಸ್ತ್ರ ಅಥವಾ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್,
00:26 ಮತ್ತು ಬೇಸಿಕ್ Python ಪ್ರೊಗ್ರಾಮಿಂಗ್ ಇವುಗಳನ್ನು ಅರಿತಿರಬೇಕು.
00:30 ಲಿಂಕ್ ನಲ್ಲಿ ಕೊಟ್ಟಿರುವ ಪೈಥಾನ್ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಗಳನ್ನು ನೋಡಿ.
00:34 ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಅನ್ನು ರೆಕಾರ್ಡ್ ಮಾಡಲು, ನಾನು Ubuntu OS ನ 14.10 ನೇ ಆವೃತ್ತಿ,
00:40 Python ನ 2.7. 8 ನೇ ಆವೃತ್ತಿ,
00:44 Ipython interpreter ನ 2.3.0 ನೇ ಆವೃತ್ತಿ,
00:48 Biopython ನ 1.64 ಆವೃತ್ತಿ, ಮತ್ತು Mozilla Firefox ಬ್ರೌಸರ್ ನ 35.0 ನೇ ಆವೃತ್ತಿ, ಇವುಗಳನ್ನು ಉಪಯೋಗಿಸಿದ್ದೇನೆ.
00:56 ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರದಲ್ಲಿಯ ವೈಜ್ಞಾನಿಕ ಡಾಟಾವನ್ನು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ FASTA, GenBank, EMBL, Swiss-Prot ಮುಂತಾದ ಟೆಕ್ಸ್ಟ್ ಫೈಲ್ಗಳಲ್ಲಿ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ.
01:07 ಡೇಟಾ ಫೈಲ್ಗಳನ್ನು, ಡೇಟಾಬೇಸ್ ವೆಬ್ಸೈಟ್ಗಳಿಂದ ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಬಹುದು.
01:12 ಯಾವುದೇ ವೆಬ್ ಬ್ರೌಸರ್ನಲ್ಲಿ, ಕೆಳಗೆ ಕೊಟ್ಟ ವೆಬ್ಸೈಟ್ ಲಿಂಕ್ ಅನ್ನು ತೆರೆಯಿರಿ.
01:17 ಒಂದು ವೆಬ್-ಪೇಜ್ ಓಪನ್ ಆಗುತ್ತದೆ.
01:19 ನಾವು ಮಾನವನ ಇನ್ಸುಲಿನ್ ಜೀನ್ ಗಾಗಿ, FASTA ಮತ್ತು GenBank ಫೈಲ್ ಗಳನ್ನು ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡೋಣ.
01:25 ಸರ್ಚ್ ಬಾಕ್ಸ್ನಲ್ಲಿ, “human insulin” ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ. Search ಬಟನ್ ಅನ್ನು ಕ್ಲಿಕ್ ಮಾಡಿ.
01:31 ಮಾನವನ ಇನ್ಸುಲಿನ್ ಜೀನ್ ಗಾಗಿ, ವೆಬ್ ಪೇಜ್, ಅನೇಕ ಫೈಲ್ಗಳನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
01:35 ಇಲ್ಲಿ ಪ್ರದರ್ಶನಕ್ಕಾಗಿ, ನಾನು Homo sapiens Insulin mRNA ಎಂದು ಹೆಸರಿರುವ 4 ಫೈಲ್ಗಳನ್ನು ಆಯ್ಕೆಮಾಡುತ್ತೇನೆ.
01:43 500 ಬೇಸ್ ಪೇರ್ ಗಳಿಗಿಂತ ಕಡಿಮೆ ಇರುವ ಫೈಲ್ಗಳನ್ನು ನಾನು ಆಯ್ಕೆಮಾಡುತ್ತೇನೆ.
01:48 ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಲಿಕ್ಕಾಗಿ ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಲು, ಚೆಕ್-ಬಾಕ್ಸ್ ಮೇಲೆ ಕ್ಲಿಕ್ ಮಾಡಿ.
01:56 ಕರ್ಸರ್ ಅನ್ನು ಪೇಜ್ ನ ಮೇಲಿನ ಬಲ ಮೂಲೆಯಲ್ಲಿರುವ Send to ಎಂಬ ಆಯ್ಕೆಗೆ ತನ್ನಿ.
02:02 Send to ಬಟನ್ ನ ಬದಿಯಲ್ಲಿರುವ, ಡೌನ್ ಆರೋ ಇರುವ ಸಣ್ಣ ಸೆಲೆಕ್ಷನ್ ಬಟನ್ ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ.
02:09 Choose destination ಎಂಬ ಶೀರ್ಷಿಕೆಯ ಕೆಳಗಿರುವ File ಎಂಬ ಆಯ್ಕೆಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
02:13 format ಎಂಬ ಡ್ರಾಪ್-ಡೌನ್ ಲಿಸ್ಟ್ ಬಾಕ್ಸ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಯಾವುದೇ ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮಾಟ್ ನಲ್ಲಿ, ನೀವು ಈ ಫೈಲ್ ಅನ್ನು save ಮಾಡಬಹುದು.
02:21 ಕೊಟ್ಟಿರುವ ಆಯ್ಕೆಗಳಲ್ಲಿ, FASTA ಅನ್ನು ಆರಿಸಿ.
02:25 ನಂತರ Create file ಆಯ್ಕೆಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
02:29 ಸ್ಕ್ರೀನ್ ನ ಮೇಲೆ ಒಂದು ಡೈಲಾಗ್ ಬಾಕ್ಸ್ ಕಾಣುತ್ತದೆ.
02:32 Open with ಅನ್ನು ಆಯ್ಕೆಮಾಡಿ, OK ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ.
02:36 ಟೆಕ್ಸ್ಟ್-ಎಡಿಟರ್ ನಲ್ಲಿ, ಒಂದು ಫೈಲ್ ಒಪನ್ ಆಗುತ್ತದೆ.
02:39 ನಾವು ನಾಲ್ಕು ಫೈಲ್ಗಳನ್ನು ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಲು ಆಯ್ಕೆಮಾಡಿದ್ದರಿಂದ, ಈ ಫೈಲ್, 4 ರೆಕಾರ್ಡ್ ಗಳನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ,
02:46 ಪ್ರತಿಯೊಂದು ರೆಕಾರ್ಡ್ ನಲ್ಲಿ, ಮೊದಲ ಲೈನ್, ಐಡೆಂಟಿಫೈಯರ್ ಲೈನ್ ಆಗಿರುತ್ತದೆ.
02:50 ಅದು greater than (>) ಚಿಹ್ನೆಯಿಂದ ಆರಂಭವಾಗುತ್ತದೆ.
02:53 ಇದರ ನಂತರ sequence ಇರುತ್ತದೆ.
02:56 ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ನಿಮ್ಮ home ಫೋಲ್ಡರ್ ನಲ್ಲಿ, sequence.fasta ಎಂದು Save ಮಾಡಿ.
03:01 ಟೆಕ್ಸ್ಟ್-ಎಡಿಟರ್ ಅನ್ನು ಕ್ಲೋಸ್ ಮಾಡಿ.
03:03 ಮೊದಲು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಿದ ಫೈಲ್ ಗಳನ್ನು, GenBank ಫಾರ್ಮಾಟ್ ನಲ್ಲಿ ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಲು, ಮೇಲಿನ ಹಂತಗಳನ್ನೇ ಅನುಸರಿಸಿ.
03:12 file format ಅನ್ನು GenBank ಎಂದು ಆಯ್ಕೆಮಾಡಿ.
03:16 ಒಂದು ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ಕ್ರಿಯೇಟ್ ಮಾಡಿ, ಟೆಕ್ಸ್ಟ್ ಎಡಿಟರ್ ನಲ್ಲಿ ಓಪನ್ ಮಾಡಿ.
03:21 GenBank ಫಾರ್ಮಾಟ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಫೈಲ್, FASTA ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿ ಇರುವುದಕ್ಕಿಂತ ಹೆಚ್ಚಿನ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವುದನ್ನು ಗಮನಿಸಿ.
03:27 ಈ ಫೈಲ್ ಅನ್ನು, ನಿಮ್ಮ home ಫೋಲ್ಡರ್ ನಲ್ಲಿ, sequence.gb ಎಂದು Save ಮಾಡಿ. ಟೆಕ್ಸ್ಟ್ ಎಡಿಟರ್ ಅನ್ನು ಕ್ಲೋಸ್ ಮಾಡಿ.
03:34 ಇಲ್ಲಿ ಮಾಡಿತೋರಿಸಲು, ನಮಗೆ ಒಂದೇ ಒಂದು ರೆಕಾರ್ಡ್ ಇರುವ FASTA ಫೈಲ್ ನ ಅವಶ್ಯಕತೆ ಇದೆ.
03:39 ಇದಕ್ಕಾಗಿ, ಚೆಕ್ ಬಾಕ್ಸ್ ಗಳ ಮೇಲೆ ಪುನಃ ಕ್ಲಿಕ್ ಮಾಡಿ, ಮೊದಲು ಮಾಡಿದ ಆಯ್ಕೆಯನ್ನು ಕ್ಲಿಯರ್ ಮಾಡಿ.
03:48 ಈಗ, Human insulin gene complete cds ಎಂಬ ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಿ.
03:54 ಚೆಕ್ ಬಾಕ್ಸ್ ಮೇಲೆ ಕ್ಲಿಕ್ ಮಾಡಿ,
03:57 ಮತ್ತು ಫೈಲ್ ಅನ್ನು home ಫೋಲ್ಡರ್ ನಲ್ಲಿ save ಮಾಡಲು, ಮೊದಲು ತೋರಿಸಿದ ಹಂತಗಳನ್ನು ಅನುಸರಿಸಿ.
04:01 ಫೈಲ್ ಅನ್ನು insulin.fasta ಎಂದು save ಮಾಡಿ.
04:08 Biopython ಲೈಬ್ರರಿಗಳನ್ನು ಬಳಸಿ, ಈ ಫೈಲ್ಗಳಲ್ಲಿ ಸಂಗ್ರಹ ಮಾಡಿದ ಬಯಲಾಜಿಕಲ್ ಡೇಟಾವನ್ನು ಮರಳಿ ಪಡೆಯಬಹುದು ಮತ್ತು ಮಾರ್ಪಡಿಸಬಹುದು.
04:16 ಟೆಕ್ಸ್ಟ್ ಎಡಿಟರ್ ಅನ್ನು ಕ್ಲೋಸ್ ಮಾಡಿ.
04:19 ಡೇಟಾ ಫೈಲ್ಗಳಿಂದ ಡೇಟಾವನ್ನು ಪಡೆಯುವುದನ್ನು Parsing ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ.
04:23 SeqIO ಮಾಡ್ಯೂಲ್ನಲ್ಲಿ ಲಭ್ಯವಿರುವ ಫಂಕ್ಷನ್ ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು, ಹೆಚ್ಚಿನ ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ಗಳನ್ನು ಪಾರ್ಸ್ ಮಾಡಬಹುದು.
04:30 ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುವ, SeqIO ಮಾಡ್ಯೂಲ್ನ ಫಂಕ್ಷನ್ ಗಳು ಹೀಗಿವೆ: parse, read, write ಮತ್ತು convert.
04:38 Ctrl, Alt ಮತ್ತು t ಕೀಗಳನ್ನು ಒಟ್ಟಿಗೆ ಒತ್ತುವ ಮೂಲಕ ಟರ್ಮಿನಲ್ ಅನ್ನು ತೆರೆಯಿರಿ.
04:44 ಪ್ರಾಂಪ್ಟಿನಲ್ಲಿ “ipython” ಅನ್ನು ಟೈಪ್ ಮಾಡುವ ಮೂಲಕ ipython ಅನ್ನು ಪ್ರಾರಂಭಿಸಿ. Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
04:51 ನಂತರ, Bio ಪ್ಯಾಕೇಜ್ನಿಂದ SeqIO ಮಾಡ್ಯೂಲ್ ಅನ್ನು ಇಂಪೋರ್ಟ್ ಮಾಡಿ.
04:56 ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ, “from Bio import SeqIO” ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ. Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
05:04 ನಾವು ಬಹು ಮುಖ್ಯವಾದ parse ಫಂಕ್ಷನ್ ನಿಂದ ಪ್ರಾರಂಭಿಸೋಣ.
05:07 ಇಲ್ಲಿ ಮಾಡಿತೋರಿಸಲು, ಡೇಟಾಬೇಸ್ನಿಂದ ಈ ಮೊದಲೇ ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಿದ, ಹಲವಾರು ರೆಕಾರ್ಡ್ ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ FASTA ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ನಾನು ಬಳಸುತ್ತೇನೆ.
05:17 ಸರಳ FASTA ಪಾರ್ಸಿಂಗ್ ಗಾಗಿ, ಕೆಳಗಿನವುಗಳನ್ನು ಪ್ರಾಂಪ್ಟಿನಲ್ಲಿ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ.
05:22 ಇಲ್ಲಿ ನಾವು, sequence.fasta ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿರುವುದನ್ನು ಓದಲು (ರೀಡ್ ಮಾಡಲು), parse ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುತ್ತಿದ್ದೇವೆ.
05:30 ಔಟ್ಪುಟ್ ಗಾಗಿ, record id, ರೆಕಾರ್ಡ್ನಲ್ಲಿ ಇರುವ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಮತ್ತು ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ನ ಉದ್ದವನ್ನು ಪ್ರಿಂಟ್ ಮಾಡಿ.
05:41 ಅಲ್ಲದೆ, ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಡೇಟಾ ವನ್ನು Sequence record objects ನಂತೆ ರೀಡ್ ಮಾಡಲು parse ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಎಂಬುದನ್ನು ಗಮನಿಸಿ.
05:48 ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ, ಇದನ್ನು for ಲೂಪ್ ನೊಂದಿಗೆ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ.
05:52 ಇದು 2 ಆರ್ಗ್ಯೂಮೆಂಟ್ ಗಳನ್ನು ಪಡೆಯಲು ಸಾಧ್ಯವಿದೆ. ಮೊದಲನೆಯದು, ಡೇಟಾವನ್ನು ರೀಡ್ ಮಾಡಲು ಬೇಕಾದ ಫೈಲ್ ನೇಮ್.
05:59 ಎರಡನೇಯದು, ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮಾಟ್ ಅನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ.
06:02 ಔಟ್ಪುಟ್ ಅನ್ನು ಪಡೆಯಲು, Enter ಕೀಯನ್ನು ಎರಡುಸಲ ಒತ್ತಿ.
06:07 ಔಟ್ಪುಟ್, ಐಡೆಂಟಿಫೈಯರ್ ಲೈನ್, ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಮತ್ತು ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಎಲ್ಲ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಗಳ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗಳ ಉದ್ದ ಇವುಗಳನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
06:21 FASTA ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್, ಅಲ್ಫಾಬೆಟ್ ಅನ್ನು ಸೂಚಿಸುವುದಿಲ್ಲ ಎಂಬುದನ್ನು ಗಮನಿಸಿ.
06:26 ಹಾಗಾಗಿ, ಔಟ್ಪುಟ್, ಇದನ್ನು DNA ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಎಂದು ಸೂಚಿಸುವುದಿಲ್ಲ.
06:31 GenBank ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ಪಾರ್ಸ್ ಮಾಡಲು, ಈ ಹಂತಗಳನ್ನೆ ಪುನರಾವರ್ತಿಸಬಹುದು.
06:36 ಡೆಮಾನ್ಸ್ಟ್ರೇಶನ್ ಗಾಗಿ, ನಾವು ಈ ಮೊದಲು ಡೇಟಾಬೇಸ್ ನಿಂದ ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಿದ GenBank ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ಉಪಯೋಗಿಸುವೆವು.
06:43 ನಾವು ಈಮೊದಲು ಬಳಸಿದ ಕೋಡ್ ನ ಸಾಲುಗಳನ್ನು ಪಡೆಯಲು, up-arrow ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿರಿ.
06:49 ಫೈಲ್ ನ ಹೆಸರನ್ನು, sequence.gb ಎಂದು ಬದಲಾಯಿಸಿ.
06:53 ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ಅನ್ನು, genbank ಗೆ ಬದಲಾಯಿಸಿ.
06:56 ಉಳಿದ ಕೋಡ್, ಮೊದಲಿನಂತೆಯೇ ಇರುತ್ತದೆ.
06:58 ಔಟ್ಪುಟ್ ಅನ್ನು ಪಡೆಯಲು Enter ಕೀಯನ್ನು ಎರಡು ಬಾರಿ ಒತ್ತಿ.
07:03 ಇಲ್ಲಿಯೂ, ಔಟ್ಪುಟ್, record id, ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಮತ್ತು ಫೈಲ್ ನ ಎಲ್ಲ ರೆಕಾರ್ಡ್ಗಳ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ನ ಉದ್ದವನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
07:12 GenBank ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್, ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು, DNA ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಎಂದು ಸೂಚಿಸುವುದನ್ನು ಗಮನಿಸಿ.
07:19 ಅಂತೆಯೇ, Swiss-prot ಮತ್ತು EMBL ಫೈಲ್ಗಳನ್ನು, ಮೇಲಿನ ಕೋಡ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿ ಪಾರ್ಸ್ ಮಾಡಬಹುದು.
07:27 ನಿಮ್ಮ ಫೈಲ್, ಒಂದೇ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿದ್ದರೆ, ಪಾರ್ಸಿಂಗ್ ಗಾಗಿ ಕೆಳಗಿನ ಸಾಲುಗಳನ್ನು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ.
07:34 ಇಲ್ಲಿ, ನಾವು ಹಿಂದೆ ಸೇವ್ ಮಾಡಿದ, ಒಂದೇ ರೆಕಾರ್ಡ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ FASTA ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುತ್ತೇವೆ. ಉದಾಹರಣೆಗೆ insulin.fasta.
07:43 parse ಫಂಕ್ಷನ್ ನ ಬದಲಿಗೆ, ನಾವು read ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿದ್ದೇವೆ ಎಂಬುದನ್ನು ಗಮನಿಸಿ. Enter ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ.
07:50 ಔಟ್ಪುಟ್, insulin.fasta ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿರುವುದನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
07:55 ಇದು ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು, sequence record object ನಂತೆ,
07:59 ಮತ್ತು ಇತರ ಆಟ್ರಿಬ್ಯೂಟ್ ಗಳಾದ GI, accession number, description ಗಳನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
08:06 ಈ ರೆಕಾರ್ಡ್ ನ ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು, ನಾವು ಕೆಳಗೆ ಹೇಳಿದಂತೆ ನೋಡಬಹುದು.
08:11 ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ ಹೀಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: record dot seq ಮತ್ತು Enter ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ.
08:18 ಔಟ್ಪುಟ್, ಫೈಲ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
08:22 ಈ ರೆಕಾರ್ಡ್ ನ ಐಡೆಂಟಿಫೈರ್ ಗಳನ್ನು ನೋಡಲು, ಹೀಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ : record dot id ಮತ್ತು Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
08:29 ಔಟ್ಪುಟ್, GI ನಂಬರ್ ಮತ್ತು ಅಕ್ಸೆಶನ್ ನಂಬರ್ ಮುಂತಾದವುಗಳನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
08:34 ಮೇಲೆ ವಿವರಿಸಿದ ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು, ನಿಮ್ಮ ಆಯ್ಕೆಯ ಡೇಟಾ ಫೈಲ್ ಗಳನ್ನು ಪಾರ್ಸ್ ಮಾಡಲು ಬಳಸಬಹುದು.
08:40 ಸಂಕ್ಷಿಪ್ತವಾಗಿ,
08:42 ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ನಲ್ಲಿ ನಾವು: FASTA ಮತ್ತು GenBank ಫೈಲ್ ಗಳನ್ನು NCBI ಡೇಟಾಬೇಸ್ ವೆಬ್ಸೈಟ್ ನಿಂದ ಡೌನ್ ಲೋಡ್ ಮಾಡುವುದು ಮತ್ತು SeqIO ಮಾಡ್ಯೂಲ್ ನ parse ಹಾಗೂ read ಫಂಕ್ಷನ್ ಗಳನ್ನು ಬಳಸುವುದು,
08:55 FASTA ಮತ್ತು GenBank ಫೈಲ್ ಗಳಿಂದ, record id, ವಿವರಣೆ, ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಮುಂತಾದ ಡೇಟಾಗಳನ್ನು ಎಕ್ಸ್ಟ್ರಾಕ್ಟ್ ಮಾಡಲು ಕಲಿತಿದ್ದೇವೆ.
09:03 ಈಗ ಅಸೈನ್ಮೆಂಟ್ ಗಾಗಿ -
09:06 NCBI ಡಾಟಾಬೇಸ್ ನಿಂದ, ನಿಮ್ಮ ಆಯ್ಕೆಯ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗಾಗಿ, FASTA ಫೈಲ್ ಗಳನ್ನು ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಿ.
09:13 ಈ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗಳ ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ಅದರ ರಿವರ್ಸ್ ಕಾಂಪ್ಲಿಮೆಂಟ್ ಗೆ ಪರಿವರ್ತಿಸಿ.
09:17 ನಿಮ್ಮ ಪೂರ್ಣಗೊಂಡ ಅಸೈನ್ಮೆಂಟ್ , ಈ ಕೆಳಗಿನ ಕೋಡ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿರಬೇಕು.
09:22 FASTA ಫೈಲ್ ನಿಂದ, ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ಲೋಡ್ ಮಾಡಲು, parse ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಉಪಯೋಗಿಸಿ.
09:28 ನಂತರ, ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ನ reverse complement ಎಂಬ ಬಿಲ್ಟ್- ಇನ್ ಮೆಥಡ್ ಅನ್ನು ಉಪಯೋಗಿಸಿ, ರಿವರ್ಸ್ ಕಾಂಪ್ಲಿಮೆಂಟ್ಸ್ ಅನ್ನು ಪ್ರಿಂಟ್ ಮಾಡಿ.
09:37 ಈ ಲಿಂಕ್ ನಲ್ಲಿರುವ ವೀಡಿಯೋ, ಸ್ಪೋಕನ್ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಪ್ರೊಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು ವಿವರಿಸುತ್ತದೆ.
09:42 ದಯವಿಟ್ಟು ಇದನ್ನು ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಿ ನೋಡಿ.
09:44 ಸ್ಪೋಕನ್ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಪ್ರೊಜೆಕ್ಟ್ ಟೀಮ್, ಕಾರ್ಯಶಾಲೆಗಳನ್ನು ನಡೆಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಆನ್ಲೈನ್ ಟೆಸ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ ತೇರ್ಗಡೆಯಾದವರಿಗೆ ಸರ್ಟಿಫಿಕೇಟ್ ಕೊಡುತ್ತದೆ.
09:51 ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಾಹಿತಿಗಾಗಿ, ದಯವಿಟ್ಟು ನಮ್ಮನ್ನು ಸಂಪರ್ಕಿಸಿ.
09:55 ಸ್ಪೋಕನ್ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಪ್ರೊಜೆಕ್ಟ್, ರಾಷ್ಟ್ರಿಯ ಸಾಕ್ಷರತಾ ಮಿಷನ್ ICT, MHRD ಮೂಲಕ ಭಾರತ ಸರ್ಕಾರದ ಆಧಾರವನ್ನು ಪಡೆದಿದೆ.
10:01 ಈ ಮಿಶನ್ ನ ಬಗೆಗೆ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಾಹಿತಿಯು ಇಲ್ಲಿ ಇರುವ ಲಿಂಕ್ ನಲ್ಲಿ ಲಭ್ಯವಿದೆ.
10:06 ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ನ ಅನುವಾದಕಿ ಚೇತನಾ ಮತ್ತು ಧ್ವನಿ ನವೀನ್ ಭಟ್, ಉಪ್ಪಿನಪಟ್ಟಣ. ಧನ್ಯವಾದಗಳು.

Contributors and Content Editors

Chetana, Sandhya.np14

Retrieved from "https://script.spoken-tutorial.org/index.php?title=Biopython/C2/Parsing-Data/Kannada&oldid=43643"