Difference between revisions of "Biopython/C2/Manipulating-Sequences/Kannada"

From Script | Spoken-Tutorial
Jump to: navigation, search
(Blanked the page)
Line 1: Line 1:
 +
(reviewed on 26th /27th March2018, to be uploaded after corrections. Corrected again & uploaded on 1st April, 2018)
  
 +
{| Border=1
 +
|'''Time'''
 +
|'''Narration'''
 +
 +
|-
 +
| 00:01
 +
|'''Manipulating Sequences''' ಎಂಬ ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಗೆ  ನಿಮಗೆ ಸ್ವಾಗತ.
 +
|-
 +
| 00:06
 +
| ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ನಲ್ಲಿ ನಾವು ಬಯೋಪೈಥಾನ್ ಟೂಲ್ ಗಳನ್ನು: ಯಾವುದೋ ಒಂದು DNA ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ಸೃಷ್ಟಿಸಲು,
 +
|-
 +
| 00:13
 +
| ನಿಗದಿತ ಸ್ಥಳಗಳಲ್ಲಿ ಡಿಎನ್ಎ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ಸ್ಲೈಸ್ ಮಾಡಲು,
 +
|-
 +
| 00:17
 +
|ಎರಡು ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗಳನ್ನು ಸೇರಿಸಿ ಹೊಸದೊಂದು ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ರಚಿಸುವುದು ಎಂದರೆ ಕಾಂಕ್ಯಾಟಿನೇಟ್ (concatenate) ಮಾಡಲು,
 +
|-
 +
| 00:22
 +
|ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ನ ಉದ್ದವನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯಲು,
 +
|-
 +
| 00:26
 +
| ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಬೇಸ್ ಗಳನ್ನು ಅಥವಾ ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್ ನ ಭಾಗವನ್ನು ಎಣಿಸಲು,
 +
|-
 +
| 00:31
 +
| ಒಂದು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಬೇಸ್ ಅಥವಾ ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್ ನ ಭಾಗವನ್ನು ಹುಡುಕಲು,
 +
|-
 +
| 00:35
 +
| ಒಂದು ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು ಮ್ಯುಟೇಬಲ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ (ಬದಲಾಯಿಸಬಹುದಾದ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್) ಆಗಿ ಪರಿವರ್ತಿಸಲು ಬಳಸುತ್ತೇವೆ.
 +
|-
 +
| 00:40
 +
|ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಅನ್ನು ಅರ್ಥ ಮಾಡಿಕೊಳ್ಳಲು, ನೀವು ಪದವಿಪೂರ್ವ ಮಟ್ಟದ ಬಯೋಕೆಮಿಸ್ಟ್ರಿ ಅಥವಾ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್
 +
|-
 +
| 00:47
 +
|ಮತ್ತು ಬೇಸಿಕ್ ಪೈಥಾನ್ ಪ್ರೊಗ್ರಾಮಿಂಗ್ ಗಳನ್ನು ತಿಳಿದಿರಬೇಕು.
 +
|-
 +
|  00:51
 +
|ಇಲ್ಲದಿದ್ದಲ್ಲಿ, ಕೆಳಗೆ ಕೊಟ್ಟಿರುವ ಲಿಂಕ್ ನಲ್ಲಿ ಪೈಥಾನ್ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಗಳನ್ನು ನೋಡಿ.
 +
|-
 +
| 00:56
 +
|ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಅನ್ನು ರೆಕಾರ್ಡ್ ಮಾಡಲು, ನಾನು Ubuntu OS ನ 14.10 ನೇ ಆವೃತ್ತಿ,
 +
|-
 +
| 01:03
 +
| ಪೈಥಾನ್ ನ 2.7. 8 ನೇ ಆವೃತ್ತಿ,
 +
|-
 +
| 01:07
 +
| Ipython interpreter ನ 2.3.0 ನೇ ಆವೃತ್ತಿ,
 +
|-
 +
| 01:12
 +
| ಬಯೋಪೈಥಾನ್ ನ 1.64 ನೇ ಆವೃತ್ತಿ, ಇವುಗಳನ್ನು ಉಪಯೋಗಿಸುತ್ತಿದ್ದೇನೆ.
 +
|-
 +
| 01:16
 +
|ಟರ್ಮಿನಲ್ ಅನ್ನು ನಾನು ಓಪನ್ ಮಾಡುತ್ತೇನೆ ಮತ್ತು ipython interpreter ಅನ್ನು ಆರಂಭಿಸುತ್ತೇನೆ.
 +
|-
 +
| 01:21
 +
| Ctrl, Alt ಮತ್ತು t ಕೀಗಳನ್ನು ಒಟ್ಟಿಗೇ ಒತ್ತಿ.
 +
|-
 +
|01:26
 +
|ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ, ipython ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ ಮತ್ತು Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
 +
|-
 +
| 01:31
 +
| ಸ್ಕ್ರೀನ್ ನ ಮೇಲೆ, Ipython ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ಕಾಣಿಸಿಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ.
 +
|-
 +
| 01:35
 +
|ಬಯೋಪೈಥಾನ್ ಅನ್ನು ಉಪಯೋಗಿಸಿ, ಒಂದು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಉದ್ದದ, ಯಾವುದೇ DNA ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗೆ, ನಾವು ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು ರಚಿಸಬಹುದು.
 +
|-
 +
| 01:44
 +
|ಈಗ ನಾವು, ೨೦ ಬೇಸ್ ಗಳ DNA ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗಾಗಿ, ಒಂದು ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು ರಚಿಸೋಣ.
 +
|-
 +
|01:50
 +
|ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ, ಹೀಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: import random, ಮತ್ತು Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
 +
|-
 +
| 01:56
 +
|ನಂತರ, Bio ಪ್ಯಾಕೇಜ್ ನಿಂದ, Seq ಮಾಡ್ಯೂಲ್ ಅನ್ನು ಇಂಪೋರ್ಟ್ ಮಾಡಿಕೊಳ್ಳಿ.
 +
|-
 +
| 02:01
 +
| ಆಗಾಗ್ಗೆ Seq ಅನ್ನು seek ಎಂದು ಸಹ ಉಚ್ಚರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ.
 +
|-
 +
| 02:06
 +
|ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ, ಹೀಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: '''From Bio dot Seq import Seq''', Enter ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ.
 +
|-
 +
| 02:15
 +
| DNA ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಅಕ್ಷರಗಳನ್ನು ಸೂಚಿಸಲು, ನಾವು Bio.Alphabet ಮಾಡ್ಯೂಲ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುತ್ತೇವೆ.
 +
|-
 +
| 02:22
 +
| ಹೀಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: '''from Bio dot Alphabet import generic underscore dna'''. Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
 +
|-
 +
| 02:32
 +
|ಯಾವುದೇ DNA ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗೆ, ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು ರಚಿಸಲು, ಈ ಕೆಳಗಿನ ಕಮಾಂಡ್ ಅನ್ನು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ.
 +
|-
 +
| 02:38
 +
|ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ ಅನ್ನು, '''dna1''' ಎಂಬ ವೇರಿಯೇಬಲ್ ನಲ್ಲಿ ಸ್ಟೋರ್ ಮಾಡಿ.
 +
|-
 +
| 02:42
 +
|ದಯವಿಟ್ಟು ಗಮನಿಸಿ : ಈ ಕಮಾಂಡ್ ನಲ್ಲಿ, ಡಬಲ್ ಕೋಟ್ಸ್ ನ ಬದಲು, ಎರಡು ಸಿಂಗಲ್ ಕೋಟ್ ಗಳನ್ನು ಬಳಸಬೇಕು. Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
 +
|-
 +
| 02:50
 +
|ಔಟ್ಪುಟ್ ಗಾಗಿ, '''dna1''' ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ, Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
 +
|-
 +
| 02:55
 +
|ಔಟ್ಪುಟ್, ಸೂಚಿಸಿದ DNA ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗಾಗಿ, ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
 +
|-
 +
| 03:00
 +
|ನಿಮಗೆ ಹೊಸ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಬೇಕಿದ್ದರೆ, ಮೇಲಿನದೆ ಕಮಾಂಡ್ ಅನ್ನು ಪಡೆಯಲು, ಅಪ್-ಆರೋ (up-arrow) ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ. Enter ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ.
 +
|-
 +
| 03:11
 +
|ಔಟ್ಪುಟ್ ಗಾಗಿ, ವೇರಿಯೇಬಲ್ ನ ಹೆಸರನ್ನು dna1 ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ. Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
 +
|-
 +
| 03:17
 +
| ಔಟ್ ಪುಟ್, ಒಂದು ಹೊಸ DNA ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ. ಇದು ಮೊದಲನೆಯ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗಿಂತ ಭಿನ್ನವಾಗಿರುತ್ತದೆ.
 +
|-
 +
| 03:23
 +
| ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಗಳ ಕುರಿತು:
 +
|-
 +
| 03:25
 +
| ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಗಳು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಇತರ ಪೈಥಾನ್ ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್ ಗಳಂತೆ ವರ್ತಿಸುತ್ತವೆ.
 +
|-
 +
| 03:30
 +
|ಹಾಗಾಗಿ, ಇತರ ಪೈಥಾನ್ ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್ ಗಳಿಗೆ ಅನುಸರಿಸುವ ಪದ್ಧತಿಗಳನ್ನು ಅನುಸರಿಸಿ.
 +
|-
 +
| 03:35
 +
|ಪೈಥಾನ್ ನಲ್ಲಿ, ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಕ್ಯಾರೆಕ್ಟರ್(ಅಕ್ಷರ) ಗಳನ್ನು ೧ ರ ಬದಲಾಗಿ ೦ ಇಂದ ಎಣಿಸುತ್ತೇವೆ.
 +
|-
 +
| 03:41
 +
|ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಮೊದಲ ಅಕ್ಷರದ ಸ್ಥಾನ ೦ (ಸೊನ್ನೆ) ಆಗಿರುತ್ತದೆ.
 +
|-
 +
| 03:45
 +
|ಟರ್ಮಿನಲ್ ಗೆ ಹಿಂತಿರುಗಿ.
 +
|-
 +
| 03:47
 +
|ಅನೇಕ ಬಾರಿ, ನೀವು,  ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ನ ಒಂದು ಭಾಗದೊಂದಿಗೆ ಮಾತ್ರ ಕೆಲಸ ಮಾಡಬೇಕಾಗಬಹುದು.
 +
|-
 +
| 03:52
 +
|ಈಗ, ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್ ನ ಭಾಗಗಳನ್ನು ತೆಗದು, ಅವುಗಳನ್ನು ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಆಗಿ ಸ್ಟೋರ್ ಮಾಡುವುದು ಹೇಗೆಂದು ನೋಡೋಣ.
 +
|-
 +
| 03:58
 +
|ಉದಾಹರಣೆಗೆ, ನಾವು DNA ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ಎರಡು ಸ್ಥಾನದಲ್ಲಿ ಸ್ಲೈಸ್ ಮಾಡುವೆವು.
 +
|-
 +
| 04:04
 +
|ಮೊದಲನೆಯದು, 6 ಮತ್ತು 7 ಬೇಸ್ ಗಳ ನಡುವೆ ಇದೆ.
 +
|-
 +
| 04:08
 +
|ಇದು ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ನ ಪ್ರಾರಂಭದಿಂದ 6ನೇ ಬೇಸ್ ವರೆಗೂ ಇರುವ ಒಂದು ಭಾಗವನ್ನು ತೆಗೆಯುತ್ತದೆ.
 +
|-
 +
| 04:15
 +
|ಎರಡನೇ ಸ್ಲೈಸ್, 11 ಮತ್ತು 12 ನೇ ಬೇಸ್ ಗಳ ನಡುವೆ ಇರುವುದು.
 +
|-
 +
| 04:20
 +
|ಎರಡನೇ ಭಾಗವು, ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ನ 12 ನೇ ಬೇಸ್ ನಿಂದ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ನ ಕೊನೆಯವರೆಗೂ ಇರುತ್ತದೆ.
 +
|-
 +
| 04:26
 +
|ಮೊದಲನೇ ಭಾಗವನ್ನು ತೆಗೆಯಲು, ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ ಈ ಕೆಳಗಿನ ಕಮಾಂಡ್ ಅನ್ನು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ.
 +
|-
 +
| 04:31
 +
| '''String1 equal to dna1 within brackets 0 colon 6'''.
 +
|-
 +
| 04:39
 +
| '''string1''', ಮೊದಲನೆಯ ಭಾಗವನ್ನು ಸ್ಟೋರ್ ಮಾಡಲು ಇರುವ ವೇರಿಯೇಬಲ್ ಆಗಿದೆ.
 +
|-
 +
| 04:43
 +
| ಕಮಾಂಡ್ ನ ಉಳಿದ ಭಾಗವು, ಸಾಮಾನ್ಯ ಪೈಥಾನ್ ನಲ್ಲಿ ಇರುವಂತೆಯೇ ಇರುತ್ತದೆ.
 +
|-
 +
| 04:47
 +
|ಈ ಬ್ರಾಕೆಟ್ ನ ಒಳಗೆ ಇರುವುದು, ಕೋಲನ್ ನಿಂದ ಬೇರ್ಪಡಿಸಲ್ಪಟ್ಟ, ಪ್ರಾರಂಭದ ಮತ್ತು ಕೊನೆಯ ಸ್ಥಾನಗಳಾಗಿವೆ.
 +
|-
 +
| 04:53
 +
|ಈ ಸ್ಥಾನಗಳು, ಮೊದಲನೆಯ ಸ್ಥಾನವನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ ಆದರೆ ಕೊನೆಯ ಸ್ಥಾನವನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿಲ್ಲ. Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
 +
|-
 +
| 05:01
 +
|ಔಟ್ಪುಟ್ ಅನ್ನು ನೋಡಲು, '''string1''' ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ. Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
 +
|-
 +
| 05:04
 +
| ಔಟ್ಪುಟ್, ಮೊದಲ ಭಾಗವನ್ನು ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್-ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ನಂತೆ ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
 +
|-
 +
| 05:10
 +
|ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ ನಿಂದ ಎರಡನೇ ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್ ಅನ್ನು ತೆಗೆಯಲು, ಅಪ್-ಆರೋ (up-arrow) ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ ಮತ್ತು ಕಮಾಂಡ್ ಅನ್ನು ಹೀಗೆ edit ಮಾಡಿ.
 +
|-
 +
| 05:17
 +
|ವೇರಿಯೇಬಲ್ ನ ಹೆಸರನ್ನು '''string2''' ಎಂದೂ ಮತ್ತು ಸ್ಥಾನಗಳನ್ನು 11 ಮತ್ತು 20 ಎಂದೂ ಬದಲಾಯಿಸಿ.
 +
|-
 +
| 05:24
 +
|ಔಟ್ಪುಟ್ ಗಾಗಿ, '''string2''' ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ, Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
 +
|-
 +
| 05:30
 +
|ಈಗ ನಾವು ಎರಡನೇ ಭಾಗವನ್ನೂ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್-ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಆಗಿ ಹೊಂದಿದ್ದೇವೆ.
 +
|-
 +
| 05:34
 +
|ಈಗ ನಾವು ಕಾಂಕ್ಯಾಟಿನೇಟ್ (concatenate) ಮಾಡೋಣ. ಎಂದರೆ, ಈ ಎರಡು ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್ ಗಳನ್ನೂ ಸೇರಿಸಿ ಒಂದು ಹೊಸ ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಮಾಡೋಣ.
 +
|-
 +
| 05:42
 +
|ಹೊಸ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು, '''dna2''' ಎಂಬ ವೇರಿಯೇಬಲ್ ನಲ್ಲಿ ಸ್ಟೋರ್ ಮಾಡೋಣ.
 +
|-
 +
| 05:46
 +
| ಹೀಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: '''dna2 equal to string1 plus string2''', Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
 +
|-
 +
| 05:53
 +
|ದಯವಿಟ್ಟು ಗಮನಿಸಿ: ಹೊಂದಾಣಿಕೆಯಾಗದ ಅಲ್ಫಾಬೆಟ್ಸ್ ಗಳಿರುವ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗಳನ್ನು ನಾವು ಸೇರಿಸಲಾಗುವುದಿಲ್ಲ.
 +
|-
 +
| 05:59
 +
|ಎಂದರೆ, ನಾವು DNA ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಮತ್ತು ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ಕಾಂಕ್ಯಾಟಿನೇಟ್ ಮಾಡಿ ಹೊಸ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ಮಾಡಲಾಗುವುದಿಲ್ಲ.
 +
|-
 +
| 06:07
 +
|ಎರಡು ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗಳೂ ಒಂದೇ ರೀತಿಯ ಅಲ್ಫಾಬೆಟ್ ಅಟ್ರಿಬ್ಯೂಟ್ ಗಳನ್ನು (ಗುಣಲಕ್ಷಣ) ಹೊಂದಿರಬೇಕು.
 +
|-
 +
| 06:12
 +
|ಔಟ್ಪುಟ್ ಅನ್ನು ನೋಡಲು, '''dna2''' ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ, Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತ್ತಿ.
 +
|-
 +
| 06:17
 +
|ಔಟ್ಪುಟ್, string1 ಮತ್ತು string2 ಗಳ ಸಂಯೋಜನೆಯಾದ ಒಂದು ಹೊಸ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
 +
|-
 +
| 06:23
 +
|ಹೊಸ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ನ ಉದ್ದವನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯಲು, ನಾವು '''len''' ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಉಪಯೋಗಿಸುವೆವು.
 +
|-
 +
| 06:29
 +
| ಹೀಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: "len" within parenthesis "dna2" ಮತ್ತು '''Enter''' ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
 +
|-
 +
| 06:34
 +
| ಔಟ್ಪುಟ್, ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು 15 ಬೇಸ್ ಗಳಷ್ಟು ಉದ್ದವಾಗಿ ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
 +
|-
 +
| 06:39
 +
|ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಬೇಸ್ ಗಳ ಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು ಸಹ ನಾವು ಎಣಿಸಬಹುದು.
 +
|-
 +
| 06:44
 +
|ಹಾಗೆ ಮಾಡಲು, ನಾವು '''count()''' ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಉಪಯೋಗಿಸುತ್ತೇವೆ.
 +
|-
 +
| 06:47
 +
|ಉದಾಹರಣೆಗೆ – ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಅಲನೈನ್ ಗಳ ಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು ಎಣಿಸಲು, ಕೆಳಗಿನ ಕಮಾಂಡ್ ಅನ್ನು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: '''dna2 dot count within parenthesis within double quotes alphabet A'''.
 +
|-
 +
| 07:02
 +
| Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
 +
|-
 +
| 07:04
 +
|ಔಟ್ ಪುಟ್, '''dna2''' ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಅಲನೈನ್ ಗಳ ಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
 +
|-
 +
| 07:10
 +
|ಒಂದು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಬೇಸ್ ಅಥವಾ ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್ ನ ಭಾಗವನ್ನು ಹುಡುಕಲು, ನಾವು '''find()''' ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಉಪಯೋಗಿಸುತ್ತೇವೆ.
 +
|-
 +
| 07:16
 +
| ಹೀಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: '''dna2 dot find''' within parenthesis within double quotes "GC". Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
 +
|-
 +
| 07:26
 +
|ಔಟ್ಪುಟ್, ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್ ನಲ್ಲಿ ಮೊದಲಬಾರಿಗೆ GC ಎಂದು ಕಂಡುಬರುವ ಸ್ಥಾನವನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
 +
|-
 +
| 07:32
 +
|ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ, ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು ಎಡಿಟ್ ಮಾಡಲು ಸಾಧ್ಯವಿಲ್ಲ.
 +
|-
 +
| 07:35
 +
|ಒಂದು ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ಎಡಿಟ್ ಮಾಡಲು, ನಾವು ಅದನ್ನು ಮ್ಯೂಟೇಬಲ್ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಆಗಿ ಪರಿವರ್ತಿಸಬೇಕು.
 +
|-
 +
| 07:41
 +
|ಅದನ್ನು ಮಾಡಲು, ಹೀಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: '''dna3 equal to dna2 dot to mutable''' open and close parenthesis. Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
 +
|-
 +
| 07:52
 +
|ಔಟ್ಪುಟ್ ಗಾಗಿ, '''dna3''' ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ. Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
 +
|-
 +
| 07:55
 +
|ಈಗ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು ಎಡಿಟ್ ಮಾಡಬಹುದು.
 +
|-
 +
| 07:59
 +
|ನಾವು ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಬೇಸ್ ಅನ್ನು ಬದಲಿಸಿ ಇಡೋಣ.
 +
|-
 +
| 08:01
 +
|ಉದಾಹರಣೆಗೆ – 5 ನೇ ಸ್ಥಾನದಲ್ಲಿರುವ ಬೇಸ್ ಅನ್ನು ಅಲನೈನ್ ನಿಂದ ರಿಪ್ಲೇಸ್ ಮಾಡಲು, ಹೀಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: '''dna3 within brackets 5 equal to within double quotes alphabet A'''. Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
 +
|-
 +
| 08:19
 +
|ಔಟ್ಪುಟ್ ಗಾಗಿ, '''dna3''' ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ, Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
 +
|-
 +
| 08:24
 +
|ಔಟ್ಪುಟ್ ಅನ್ನು ಗಮನಿಸಿ. 5 ನೇ ಸ್ಥಾನದಲ್ಲಿರುವ “ಸೈಟೋಸಿನ್” (cytosine) ಅನ್ನು, “ಅಲನಿನ್” (alanine) ನಿಂದ ಬದಲಾಯಿಸಲಾಗಿದೆ.
 +
|-
 +
| 08:31
 +
|ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್ ನ ಒಂದು ಭಾಗವನ್ನು ಬದಲಾಯಿಸಲು, ಈ ಕೆಳಗಿನ ಕಮಾಂಡ್ ಅನ್ನು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ.
 +
|-
 +
| 08:35
 +
| '''Dna3 within brackets 6 colon 10 equal to within double quotes ATGC'''. Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
 +
|-
 +
| 08:45
 +
|ಔಟ್ಪುಟ್ ಗಾಗಿ, '''dna3''' ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ. Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
 +
|-
 +
| 08:52
 +
|6 ನೇಸ್ಥಾನದಿಂದ 9 ನೇ ಸ್ಥಾನದವರೆಗಿನ 4 ಬೇಸ್ ಗಳ ಬದಲಾಗಿ, ಹೊಸ ಬೇಸ್ ಗಳಾದ  ATGC ಬಂದಿರುವುದನ್ನು ಔಟ್ಪುಟ್ ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
 +
|-
 +
| 09:01
 +
|ನಿಮ್ಮ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್-ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು ಒಂದು ಬಾರಿ ನೀವು ಎಡಿಟ್ ಮಾಡಿದ ನಂತರ, ಅದನ್ನು read only ಫಾರ್ಮ್ ಗೆ ಪುನಃ ಬದಲಾಯಿಸಿ.
 +
|-
 +
| 09:07
 +
|ಹೀಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: '''dna4 equal to dna3 dot to seq open and close parenthesis'''. Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
 +
|-
 +
| 09:19
 +
|ಔಟ್ಪುಟ್ ಗಾಗಿ '''dna4''' ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ, Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
 +
|-
 +
| 09:25
 +
| ಸಂಕ್ಷಿಪ್ತವಾಗಿ,
 +
|-
 +
| 09:27
 +
|ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ನಲ್ಲಿ, ನಾವು ಕಲಿತ ಅಂಶಗಳು : ಯಾವುದೋ ಒಂದು DNA ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ರಚಿಸುವುದು,
 +
|-
 +
| 09:32
 +
| ನಿಗದಿತ ಸ್ಥಾನಗಳಲ್ಲಿ, DNA ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ಸ್ಲೈಸ್ ಮಾಡುವುದು,
 +
|-
 +
| 09:36
 +
| ಒಂದು ಹೊಸ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ರೂಪಿಸಲು, ಎರಡು ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗಳನ್ನು ಒಟ್ಟಿಗೆ ಸೇರಿಸುವುದು ಅರ್ಥಾತ್ ಕಾಂಕ್ಯಾಟಿನೇಟ್ (concatenate) ಮಾಡುವುದು.
 +
|-
 +
| 09:43
 +
| ಅಲ್ಲದೆ, '''len, count''' ಮತ್ತು '''find''' ಫಂಕ್ಷನ್ ಗಳನ್ನು ಬಳಸುವುದು,
 +
|-
 +
| 09:49
 +
|ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್-ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು, ಮ್ಯೂಟೆಬಲ್ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್-ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಆಗಿ ಬದಲಾಯಿಸುವುದು ಮತ್ತು ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್ ನ ಬೇಸ್ ಅಥವಾ ಒಂದು ಭಾಗವನ್ನು ಬದಲಾಯಿಸುವುದು ಇವುಗಳನ್ನು ಸಹ ನಾವು ಕಲಿತಿದ್ದೇವೆ.
 +
|-
 +
| 09:57
 +
|ಅಸೈನ್ಮೆಂಟ್ ಗಾಗಿ, 30 ಬೇಸ್ ಗಳ ಯಾವುದೋ ಒಂದು DNA ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ರಚಿಸಿ.
 +
|-
 +
| 10:02
 +
|ಬಯೋಪೈಥಾನ್ ಟೂಲ್ ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿ, GC ಪರ್ಸೆಂಟೇಜ್ ಮತ್ತು ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ನ ಅಣುತೂಕವನ್ನು (molecular weight) ಅನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯಿರಿ.
 +
|-
 +
| 10:09
 +
|ನಿಮ್ಮ ಪೂರ್ಣಗೊಂಡ ಅಸೈನ್ಮೆಂಟ್ ಹೀಗಿರುತ್ತದೆ.
 +
|-
 +
| 10:13
 +
| ಔಟ್ ಪುಟ್, GC  ಕಂಟೆಂಟ್ ಅನ್ನು  ಪರ್ಸೆಂಟೇಜ್ ನಲ್ಲಿ ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
 +
|-
 +
| 10:18
 +
|ಔಟ್ಪುಟ್, DNA ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ನ ಅಣುತೂಕವನ್ನು (molecular weight) ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
 +
|-
 +
| 10:23
 +
|ಈ ವೀಡಿಯೋ, ಸ್ಪೋಕನ್ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಪ್ರೊಜೆಕ್ಟ್ ನ ಸಾರಾಂಶವಾಗಿದೆ.
 +
|-
 +
| 10:26
 +
|ನಿಮಗೆ ಒಳ್ಳೆಯ ಬ್ಯಾಂಡ್ವಿಡ್ತ್ ಸಿಗದಿದ್ದಲ್ಲಿ, ನೀವು ಇದನ್ನು ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಿ ನೋಡಬಹುದು.
 +
|-
 +
| 10:30
 +
|ನಾವು ಕಾರ್ಯಶಾಲೆಗಳನ್ನು ನಡೆಸುತ್ತೇವೆ ಮತ್ತು ಸರ್ಟಿಫಿಕೇಟ್ ಕೊಡುತ್ತೇವೆ.
 +
|-
 +
| 10:32
 +
|ದಯವಿಟ್ಟು ನಮ್ಮನ್ನು ಸಂಪರ್ಕಿಸಿ.
 +
|-
 +
| 10:35
 +
|ಸ್ಪೋಕನ್ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಪ್ರೊಜೆಕ್ಟ್,  ರಾಷ್ಟ್ರಿಯ ಸಾಕ್ಷರತಾ ಮಿಷನ್ ICT, MHRD ಮೂಲಕ ಭಾರತ ಸರ್ಕಾರದಿಂದ ಬೆಂಬಲಿತವಾಗಿದೆ.
 +
|-
 +
| 10:43
 +
|ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ನ ಅನುವಾದಕಿ ಚೇತನಾ ಮತ್ತು ಧ್ವನಿ ಗ್ಲೋರಿಯಾ ಅವರದು.
 +
ಧನ್ಯವಾದಗಳು.
 +
|}

Revision as of 16:51, 1 April 2018

(reviewed on 26th /27th March2018, to be uploaded after corrections. Corrected again & uploaded on 1st April, 2018)

Time Narration
00:01 Manipulating Sequences ಎಂಬ ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಗೆ ನಿಮಗೆ ಸ್ವಾಗತ.
00:06 ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ನಲ್ಲಿ ನಾವು ಬಯೋಪೈಥಾನ್ ಟೂಲ್ ಗಳನ್ನು: ಯಾವುದೋ ಒಂದು DNA ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ಸೃಷ್ಟಿಸಲು,
00:13 ನಿಗದಿತ ಸ್ಥಳಗಳಲ್ಲಿ ಡಿಎನ್ಎ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ಸ್ಲೈಸ್ ಮಾಡಲು,
00:17 ಎರಡು ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗಳನ್ನು ಸೇರಿಸಿ ಹೊಸದೊಂದು ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ರಚಿಸುವುದು ಎಂದರೆ ಕಾಂಕ್ಯಾಟಿನೇಟ್ (concatenate) ಮಾಡಲು,
00:22 ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ನ ಉದ್ದವನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯಲು,
00:26 ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಬೇಸ್ ಗಳನ್ನು ಅಥವಾ ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್ ನ ಭಾಗವನ್ನು ಎಣಿಸಲು,
00:31 ಒಂದು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಬೇಸ್ ಅಥವಾ ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್ ನ ಭಾಗವನ್ನು ಹುಡುಕಲು,
00:35 ಒಂದು ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು ಮ್ಯುಟೇಬಲ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ (ಬದಲಾಯಿಸಬಹುದಾದ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್) ಆಗಿ ಪರಿವರ್ತಿಸಲು ಬಳಸುತ್ತೇವೆ.
00:40 ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಅನ್ನು ಅರ್ಥ ಮಾಡಿಕೊಳ್ಳಲು, ನೀವು ಪದವಿಪೂರ್ವ ಮಟ್ಟದ ಬಯೋಕೆಮಿಸ್ಟ್ರಿ ಅಥವಾ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್
00:47 ಮತ್ತು ಬೇಸಿಕ್ ಪೈಥಾನ್ ಪ್ರೊಗ್ರಾಮಿಂಗ್ ಗಳನ್ನು ತಿಳಿದಿರಬೇಕು.
00:51 ಇಲ್ಲದಿದ್ದಲ್ಲಿ, ಕೆಳಗೆ ಕೊಟ್ಟಿರುವ ಲಿಂಕ್ ನಲ್ಲಿ ಪೈಥಾನ್ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಗಳನ್ನು ನೋಡಿ.
00:56 ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಅನ್ನು ರೆಕಾರ್ಡ್ ಮಾಡಲು, ನಾನು Ubuntu OS ನ 14.10 ನೇ ಆವೃತ್ತಿ,
01:03 ಪೈಥಾನ್ ನ 2.7. 8 ನೇ ಆವೃತ್ತಿ,
01:07 Ipython interpreter ನ 2.3.0 ನೇ ಆವೃತ್ತಿ,
01:12 ಬಯೋಪೈಥಾನ್ ನ 1.64 ನೇ ಆವೃತ್ತಿ, ಇವುಗಳನ್ನು ಉಪಯೋಗಿಸುತ್ತಿದ್ದೇನೆ.
01:16 ಟರ್ಮಿನಲ್ ಅನ್ನು ನಾನು ಓಪನ್ ಮಾಡುತ್ತೇನೆ ಮತ್ತು ipython interpreter ಅನ್ನು ಆರಂಭಿಸುತ್ತೇನೆ.
01:21 Ctrl, Alt ಮತ್ತು t ಕೀಗಳನ್ನು ಒಟ್ಟಿಗೇ ಒತ್ತಿ.
01:26 ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ, ipython ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ ಮತ್ತು Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
01:31 ಸ್ಕ್ರೀನ್ ನ ಮೇಲೆ, Ipython ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ಕಾಣಿಸಿಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ.
01:35 ಬಯೋಪೈಥಾನ್ ಅನ್ನು ಉಪಯೋಗಿಸಿ, ಒಂದು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಉದ್ದದ, ಯಾವುದೇ DNA ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗೆ, ನಾವು ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು ರಚಿಸಬಹುದು.
01:44 ಈಗ ನಾವು, ೨೦ ಬೇಸ್ ಗಳ DNA ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗಾಗಿ, ಒಂದು ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು ರಚಿಸೋಣ.
01:50 ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ, ಹೀಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: import random, ಮತ್ತು Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
01:56 ನಂತರ, Bio ಪ್ಯಾಕೇಜ್ ನಿಂದ, Seq ಮಾಡ್ಯೂಲ್ ಅನ್ನು ಇಂಪೋರ್ಟ್ ಮಾಡಿಕೊಳ್ಳಿ.
02:01 ಆಗಾಗ್ಗೆ Seq ಅನ್ನು seek ಎಂದು ಸಹ ಉಚ್ಚರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ.
02:06 ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ, ಹೀಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: From Bio dot Seq import Seq, Enter ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ.
02:15 DNA ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಅಕ್ಷರಗಳನ್ನು ಸೂಚಿಸಲು, ನಾವು Bio.Alphabet ಮಾಡ್ಯೂಲ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುತ್ತೇವೆ.
02:22 ಹೀಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: from Bio dot Alphabet import generic underscore dna. Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
02:32 ಯಾವುದೇ DNA ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗೆ, ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು ರಚಿಸಲು, ಈ ಕೆಳಗಿನ ಕಮಾಂಡ್ ಅನ್ನು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ.
02:38 ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ ಅನ್ನು, dna1 ಎಂಬ ವೇರಿಯೇಬಲ್ ನಲ್ಲಿ ಸ್ಟೋರ್ ಮಾಡಿ.
02:42 ದಯವಿಟ್ಟು ಗಮನಿಸಿ : ಈ ಕಮಾಂಡ್ ನಲ್ಲಿ, ಡಬಲ್ ಕೋಟ್ಸ್ ನ ಬದಲು, ಎರಡು ಸಿಂಗಲ್ ಕೋಟ್ ಗಳನ್ನು ಬಳಸಬೇಕು. Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
02:50 ಔಟ್ಪುಟ್ ಗಾಗಿ, dna1 ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ, Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
02:55 ಔಟ್ಪುಟ್, ಸೂಚಿಸಿದ DNA ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗಾಗಿ, ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
03:00 ನಿಮಗೆ ಹೊಸ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಬೇಕಿದ್ದರೆ, ಮೇಲಿನದೆ ಕಮಾಂಡ್ ಅನ್ನು ಪಡೆಯಲು, ಅಪ್-ಆರೋ (up-arrow) ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ. Enter ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ.
03:11 ಔಟ್ಪುಟ್ ಗಾಗಿ, ವೇರಿಯೇಬಲ್ ನ ಹೆಸರನ್ನು dna1 ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ. Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
03:17 ಔಟ್ ಪುಟ್, ಒಂದು ಹೊಸ DNA ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ. ಇದು ಮೊದಲನೆಯ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗಿಂತ ಭಿನ್ನವಾಗಿರುತ್ತದೆ.
03:23 ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಗಳ ಕುರಿತು:
03:25 ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಗಳು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಇತರ ಪೈಥಾನ್ ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್ ಗಳಂತೆ ವರ್ತಿಸುತ್ತವೆ.
03:30 ಹಾಗಾಗಿ, ಇತರ ಪೈಥಾನ್ ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್ ಗಳಿಗೆ ಅನುಸರಿಸುವ ಪದ್ಧತಿಗಳನ್ನು ಅನುಸರಿಸಿ.
03:35 ಪೈಥಾನ್ ನಲ್ಲಿ, ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಕ್ಯಾರೆಕ್ಟರ್(ಅಕ್ಷರ) ಗಳನ್ನು ೧ ರ ಬದಲಾಗಿ ೦ ಇಂದ ಎಣಿಸುತ್ತೇವೆ.
03:41 ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಮೊದಲ ಅಕ್ಷರದ ಸ್ಥಾನ ೦ (ಸೊನ್ನೆ) ಆಗಿರುತ್ತದೆ.
03:45 ಟರ್ಮಿನಲ್ ಗೆ ಹಿಂತಿರುಗಿ.
03:47 ಅನೇಕ ಬಾರಿ, ನೀವು, ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ನ ಒಂದು ಭಾಗದೊಂದಿಗೆ ಮಾತ್ರ ಕೆಲಸ ಮಾಡಬೇಕಾಗಬಹುದು.
03:52 ಈಗ, ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್ ನ ಭಾಗಗಳನ್ನು ತೆಗದು, ಅವುಗಳನ್ನು ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಆಗಿ ಸ್ಟೋರ್ ಮಾಡುವುದು ಹೇಗೆಂದು ನೋಡೋಣ.
03:58 ಉದಾಹರಣೆಗೆ, ನಾವು DNA ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ಎರಡು ಸ್ಥಾನದಲ್ಲಿ ಸ್ಲೈಸ್ ಮಾಡುವೆವು.
04:04 ಮೊದಲನೆಯದು, 6 ಮತ್ತು 7 ಬೇಸ್ ಗಳ ನಡುವೆ ಇದೆ.
04:08 ಇದು ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ನ ಪ್ರಾರಂಭದಿಂದ 6ನೇ ಬೇಸ್ ವರೆಗೂ ಇರುವ ಒಂದು ಭಾಗವನ್ನು ತೆಗೆಯುತ್ತದೆ.
04:15 ಎರಡನೇ ಸ್ಲೈಸ್, 11 ಮತ್ತು 12 ನೇ ಬೇಸ್ ಗಳ ನಡುವೆ ಇರುವುದು.
04:20 ಎರಡನೇ ಭಾಗವು, ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ನ 12 ನೇ ಬೇಸ್ ನಿಂದ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ನ ಕೊನೆಯವರೆಗೂ ಇರುತ್ತದೆ.
04:26 ಮೊದಲನೇ ಭಾಗವನ್ನು ತೆಗೆಯಲು, ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ ಈ ಕೆಳಗಿನ ಕಮಾಂಡ್ ಅನ್ನು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ.
04:31 String1 equal to dna1 within brackets 0 colon 6.
04:39 string1, ಮೊದಲನೆಯ ಭಾಗವನ್ನು ಸ್ಟೋರ್ ಮಾಡಲು ಇರುವ ವೇರಿಯೇಬಲ್ ಆಗಿದೆ.
04:43 ಕಮಾಂಡ್ ನ ಉಳಿದ ಭಾಗವು, ಸಾಮಾನ್ಯ ಪೈಥಾನ್ ನಲ್ಲಿ ಇರುವಂತೆಯೇ ಇರುತ್ತದೆ.
04:47 ಈ ಬ್ರಾಕೆಟ್ ನ ಒಳಗೆ ಇರುವುದು, ಕೋಲನ್ ನಿಂದ ಬೇರ್ಪಡಿಸಲ್ಪಟ್ಟ, ಪ್ರಾರಂಭದ ಮತ್ತು ಕೊನೆಯ ಸ್ಥಾನಗಳಾಗಿವೆ.
04:53 ಈ ಸ್ಥಾನಗಳು, ಮೊದಲನೆಯ ಸ್ಥಾನವನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ ಆದರೆ ಕೊನೆಯ ಸ್ಥಾನವನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿಲ್ಲ. Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
05:01 ಔಟ್ಪುಟ್ ಅನ್ನು ನೋಡಲು, string1 ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ. Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
05:04 ಔಟ್ಪುಟ್, ಮೊದಲ ಭಾಗವನ್ನು ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್-ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ನಂತೆ ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
05:10 ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ ನಿಂದ ಎರಡನೇ ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್ ಅನ್ನು ತೆಗೆಯಲು, ಅಪ್-ಆರೋ (up-arrow) ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ ಮತ್ತು ಕಮಾಂಡ್ ಅನ್ನು ಹೀಗೆ edit ಮಾಡಿ.
05:17 ವೇರಿಯೇಬಲ್ ನ ಹೆಸರನ್ನು string2 ಎಂದೂ ಮತ್ತು ಸ್ಥಾನಗಳನ್ನು 11 ಮತ್ತು 20 ಎಂದೂ ಬದಲಾಯಿಸಿ.
05:24 ಔಟ್ಪುಟ್ ಗಾಗಿ, string2 ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ, Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
05:30 ಈಗ ನಾವು ಎರಡನೇ ಭಾಗವನ್ನೂ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್-ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಆಗಿ ಹೊಂದಿದ್ದೇವೆ.
05:34 ಈಗ ನಾವು ಕಾಂಕ್ಯಾಟಿನೇಟ್ (concatenate) ಮಾಡೋಣ. ಎಂದರೆ, ಈ ಎರಡು ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್ ಗಳನ್ನೂ ಸೇರಿಸಿ ಒಂದು ಹೊಸ ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಮಾಡೋಣ.
05:42 ಹೊಸ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು, dna2 ಎಂಬ ವೇರಿಯೇಬಲ್ ನಲ್ಲಿ ಸ್ಟೋರ್ ಮಾಡೋಣ.
05:46 ಹೀಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: dna2 equal to string1 plus string2, Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
05:53 ದಯವಿಟ್ಟು ಗಮನಿಸಿ: ಹೊಂದಾಣಿಕೆಯಾಗದ ಅಲ್ಫಾಬೆಟ್ಸ್ ಗಳಿರುವ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗಳನ್ನು ನಾವು ಸೇರಿಸಲಾಗುವುದಿಲ್ಲ.
05:59 ಎಂದರೆ, ನಾವು DNA ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಮತ್ತು ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ಕಾಂಕ್ಯಾಟಿನೇಟ್ ಮಾಡಿ ಹೊಸ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ಮಾಡಲಾಗುವುದಿಲ್ಲ.
06:07 ಎರಡು ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗಳೂ ಒಂದೇ ರೀತಿಯ ಅಲ್ಫಾಬೆಟ್ ಅಟ್ರಿಬ್ಯೂಟ್ ಗಳನ್ನು (ಗುಣಲಕ್ಷಣ) ಹೊಂದಿರಬೇಕು.
06:12 ಔಟ್ಪುಟ್ ಅನ್ನು ನೋಡಲು, dna2 ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ, Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತ್ತಿ.
06:17 ಔಟ್ಪುಟ್, string1 ಮತ್ತು string2 ಗಳ ಸಂಯೋಜನೆಯಾದ ಒಂದು ಹೊಸ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
06:23 ಹೊಸ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ನ ಉದ್ದವನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯಲು, ನಾವು len ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಉಪಯೋಗಿಸುವೆವು.
06:29 ಹೀಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: "len" within parenthesis "dna2" ಮತ್ತು Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
06:34 ಔಟ್ಪುಟ್, ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು 15 ಬೇಸ್ ಗಳಷ್ಟು ಉದ್ದವಾಗಿ ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
06:39 ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಬೇಸ್ ಗಳ ಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು ಸಹ ನಾವು ಎಣಿಸಬಹುದು.
06:44 ಹಾಗೆ ಮಾಡಲು, ನಾವು count() ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಉಪಯೋಗಿಸುತ್ತೇವೆ.
06:47 ಉದಾಹರಣೆಗೆ – ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಅಲನೈನ್ ಗಳ ಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು ಎಣಿಸಲು, ಕೆಳಗಿನ ಕಮಾಂಡ್ ಅನ್ನು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: dna2 dot count within parenthesis within double quotes alphabet A.
07:02 Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
07:04 ಔಟ್ ಪುಟ್, dna2 ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಅಲನೈನ್ ಗಳ ಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
07:10 ಒಂದು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಬೇಸ್ ಅಥವಾ ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್ ನ ಭಾಗವನ್ನು ಹುಡುಕಲು, ನಾವು find() ಫಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಉಪಯೋಗಿಸುತ್ತೇವೆ.
07:16 ಹೀಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: dna2 dot find within parenthesis within double quotes "GC". Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
07:26 ಔಟ್ಪುಟ್, ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್ ನಲ್ಲಿ ಮೊದಲಬಾರಿಗೆ GC ಎಂದು ಕಂಡುಬರುವ ಸ್ಥಾನವನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
07:32 ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ, ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು ಎಡಿಟ್ ಮಾಡಲು ಸಾಧ್ಯವಿಲ್ಲ.
07:35 ಒಂದು ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ಎಡಿಟ್ ಮಾಡಲು, ನಾವು ಅದನ್ನು ಮ್ಯೂಟೇಬಲ್ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಆಗಿ ಪರಿವರ್ತಿಸಬೇಕು.
07:41 ಅದನ್ನು ಮಾಡಲು, ಹೀಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: dna3 equal to dna2 dot to mutable open and close parenthesis. Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
07:52 ಔಟ್ಪುಟ್ ಗಾಗಿ, dna3 ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ. Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
07:55 ಈಗ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು ಎಡಿಟ್ ಮಾಡಬಹುದು.
07:59 ನಾವು ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ನಲ್ಲಿರುವ ಬೇಸ್ ಅನ್ನು ಬದಲಿಸಿ ಇಡೋಣ.
08:01 ಉದಾಹರಣೆಗೆ – 5 ನೇ ಸ್ಥಾನದಲ್ಲಿರುವ ಬೇಸ್ ಅನ್ನು ಅಲನೈನ್ ನಿಂದ ರಿಪ್ಲೇಸ್ ಮಾಡಲು, ಹೀಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: dna3 within brackets 5 equal to within double quotes alphabet A. Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
08:19 ಔಟ್ಪುಟ್ ಗಾಗಿ, dna3 ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ, Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
08:24 ಔಟ್ಪುಟ್ ಅನ್ನು ಗಮನಿಸಿ. 5 ನೇ ಸ್ಥಾನದಲ್ಲಿರುವ “ಸೈಟೋಸಿನ್” (cytosine) ಅನ್ನು, “ಅಲನಿನ್” (alanine) ನಿಂದ ಬದಲಾಯಿಸಲಾಗಿದೆ.
08:31 ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್ ನ ಒಂದು ಭಾಗವನ್ನು ಬದಲಾಯಿಸಲು, ಈ ಕೆಳಗಿನ ಕಮಾಂಡ್ ಅನ್ನು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ.
08:35 Dna3 within brackets 6 colon 10 equal to within double quotes ATGC. Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
08:45 ಔಟ್ಪುಟ್ ಗಾಗಿ, dna3 ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ. Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
08:52 6 ನೇಸ್ಥಾನದಿಂದ 9 ನೇ ಸ್ಥಾನದವರೆಗಿನ 4 ಬೇಸ್ ಗಳ ಬದಲಾಗಿ, ಹೊಸ ಬೇಸ್ ಗಳಾದ ATGC ಬಂದಿರುವುದನ್ನು ಔಟ್ಪುಟ್ ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
09:01 ನಿಮ್ಮ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್-ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು ಒಂದು ಬಾರಿ ನೀವು ಎಡಿಟ್ ಮಾಡಿದ ನಂತರ, ಅದನ್ನು read only ಫಾರ್ಮ್ ಗೆ ಪುನಃ ಬದಲಾಯಿಸಿ.
09:07 ಹೀಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: dna4 equal to dna3 dot to seq open and close parenthesis. Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
09:19 ಔಟ್ಪುಟ್ ಗಾಗಿ dna4 ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ, Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ.
09:25 ಸಂಕ್ಷಿಪ್ತವಾಗಿ,
09:27 ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ನಲ್ಲಿ, ನಾವು ಕಲಿತ ಅಂಶಗಳು : ಯಾವುದೋ ಒಂದು DNA ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ರಚಿಸುವುದು,
09:32 ನಿಗದಿತ ಸ್ಥಾನಗಳಲ್ಲಿ, DNA ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ಸ್ಲೈಸ್ ಮಾಡುವುದು,
09:36 ಒಂದು ಹೊಸ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ರೂಪಿಸಲು, ಎರಡು ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗಳನ್ನು ಒಟ್ಟಿಗೆ ಸೇರಿಸುವುದು ಅರ್ಥಾತ್ ಕಾಂಕ್ಯಾಟಿನೇಟ್ (concatenate) ಮಾಡುವುದು.
09:43 ಅಲ್ಲದೆ, len, count ಮತ್ತು find ಫಂಕ್ಷನ್ ಗಳನ್ನು ಬಳಸುವುದು,
09:49 ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್-ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು, ಮ್ಯೂಟೆಬಲ್ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್-ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಆಗಿ ಬದಲಾಯಿಸುವುದು ಮತ್ತು ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್ ನ ಬೇಸ್ ಅಥವಾ ಒಂದು ಭಾಗವನ್ನು ಬದಲಾಯಿಸುವುದು ಇವುಗಳನ್ನು ಸಹ ನಾವು ಕಲಿತಿದ್ದೇವೆ.
09:57 ಅಸೈನ್ಮೆಂಟ್ ಗಾಗಿ, 30 ಬೇಸ್ ಗಳ ಯಾವುದೋ ಒಂದು DNA ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ರಚಿಸಿ.
10:02 ಬಯೋಪೈಥಾನ್ ಟೂಲ್ ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿ, GC ಪರ್ಸೆಂಟೇಜ್ ಮತ್ತು ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ನ ಅಣುತೂಕವನ್ನು (molecular weight) ಅನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯಿರಿ.
10:09 ನಿಮ್ಮ ಪೂರ್ಣಗೊಂಡ ಅಸೈನ್ಮೆಂಟ್ ಹೀಗಿರುತ್ತದೆ.
10:13 ಔಟ್ ಪುಟ್, GC ಕಂಟೆಂಟ್ ಅನ್ನು ಪರ್ಸೆಂಟೇಜ್ ನಲ್ಲಿ ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
10:18 ಔಟ್ಪುಟ್, DNA ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ನ ಅಣುತೂಕವನ್ನು (molecular weight) ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
10:23 ಈ ವೀಡಿಯೋ, ಸ್ಪೋಕನ್ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಪ್ರೊಜೆಕ್ಟ್ ನ ಸಾರಾಂಶವಾಗಿದೆ.
10:26 ನಿಮಗೆ ಒಳ್ಳೆಯ ಬ್ಯಾಂಡ್ವಿಡ್ತ್ ಸಿಗದಿದ್ದಲ್ಲಿ, ನೀವು ಇದನ್ನು ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಿ ನೋಡಬಹುದು.
10:30 ನಾವು ಕಾರ್ಯಶಾಲೆಗಳನ್ನು ನಡೆಸುತ್ತೇವೆ ಮತ್ತು ಸರ್ಟಿಫಿಕೇಟ್ ಕೊಡುತ್ತೇವೆ.
10:32 ದಯವಿಟ್ಟು ನಮ್ಮನ್ನು ಸಂಪರ್ಕಿಸಿ.
10:35 ಸ್ಪೋಕನ್ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಪ್ರೊಜೆಕ್ಟ್, ರಾಷ್ಟ್ರಿಯ ಸಾಕ್ಷರತಾ ಮಿಷನ್ ICT, MHRD ಮೂಲಕ ಭಾರತ ಸರ್ಕಾರದಿಂದ ಬೆಂಬಲಿತವಾಗಿದೆ.
10:43 ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ನ ಅನುವಾದಕಿ ಚೇತನಾ ಮತ್ತು ಧ್ವನಿ ಗ್ಲೋರಿಯಾ ಅವರದು.

ಧನ್ಯವಾದಗಳು.

Contributors and Content Editors

Chetana, Sandhya.np14

Retrieved from "https://script.spoken-tutorial.org/index.php?title=Biopython/C2/Manipulating-Sequences/Kannada&oldid=42916"