Difference between revisions of "UCSF-Chimera/C3/Superimposing-and-Morphing/Hindi"
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Revision as of 01:57, 27 February 2018
| Time | Narration |
| 00:01 | Superimposing and Morphing पर इस ट्यूटोरियल में आपका स्वागत है। |
| 00:06 | इस ट्यूटोरियल में हम सीखेंगे: एक ही प्रोटीन के भिन्न-भिन्न स्ट्रक्चर्स की तुलना और सुपरइम्पोज़ करना। |
| 00:13 | कॉनफॉरमेशन को मॉर्फ़ (रूप) करना और ट्रेजेक्ट्री (वक्र-पाथ) बनाना। |
| 00:17 | इस ट्यूटोरियल के अनुसरण के लिए आपको Chimera इंटरफ़ेस से परिचित होना चाहिए। |
| 00:22 | यदि नहीं तो सम्बंधित ट्यूटोरियल्स के लिए हमारी वेबसाइट पर जाएँ। |
| 00:27 | यहाँ मैं उपयोग कर रही हूँ Ubuntu OS वर्जन 14.04, Chimera वर्जन 1.10.2, Mozilla firefox ब्राउज़र 42.0 और एक कार्यकारी इन्टरनेट कनेक्शन। |
| 00:43 | यहाँ मैंने Chimera विंडो खोल ली है। |
| 00:46 | graphic access इंटरफ़ेस से, 3w7f फाइल पर क्लिक करें। |
| 00:53 | स्क्रीन पर Squalin Synthase का स्ट्रक्चर खुलता है। |
| 00:57 | अब superimposing के लिए इस स्ट्रक्चर को तैयार करते हैं। |
| 01:01 | यह एक ही प्रोटीन के लिए दो कॉपीज़ रखता है। |
| 01:05 | कमांड लाइन उपयोग करके उन में से एक चेन को डिलीट करें। |
| 01:09 | मैं कमांड हिस्ट्री पर क्लिक करके उस कमांड को दोबारा कॉल करुँगी। |
| 01:14 | कमांड हिस्ट्री डायलॉग बॉक्स से “delete:.a” कमांड चुनें। |
| 01:20 | एंटर दबाएँ। |
| 01:22 | आगे स्ट्रक्चर से solvent अणुओं को हटाने के लिए मैं टाइप करुँगी कमांड “del solvent”. एंटर दबाएँ। |
| 01:32 | यह स्ट्रक्चर सब्सट्रेट एनालॉग Farnesyl thiopyrophosphate, शोर्ट में FPS तक सिमित होता है। |
| 01:40 | हम दो समान प्रोटीन्स को उनके सेकेंडरी स्ट्रक्चर्स की तुलना करने के लिए सुपरइम्पोज़ करेंगे। |
| 01:46 | इसके लिए हम बिना ससब्सट्रेट के समान एंजाइम का स्ट्रक्चर ढूँढेंगे। |
| 01:52 | कमांड लाइन पर टाइप करें “open 2zco”, एंटर दबाएँ। |
| 02:02 | नया स्ट्रक्चर नीले रंग में है। |
| 02:05 | अब ये दोनों स्ट्रक्चर्स सुपरइम्पोज़ होने के लिए तैयार हैं। |
| 02:10 | Superimposition या Structural alignment दो या अधिक प्रोटीन स्ट्रक्चर्स के लिए तुलना करने वाला टूल हैं। |
| 02:18 | वह अलाइनमेंट उनकी आकृति और तीन-डाईमेन्शनल कोन्फोरमेशन पर आधारित है। |
| 02:24 | सुपरइम्पोज़िंग शुरू करने से पहले हम टूल बार में कुछ आइकन्स रखते हैं। |
| 02:30 | Favorites मेन्यू पर क्लिक करें। |
| 02:32 | Add to favorites/Tool bar विकल्प तक नीचे जाएँ। |
| 02:37 | Preferences डायलॉग बॉक्स खुलता है। |
| 02:40 | Category ड्राप-डाउन से Tools चुनें। |
| 02:44 | Settings शीर्षक में On Tool bar कॉलम में बॉक्सेस चेक करें। |
| 02:53 | निम्न के लिए बॉक्सेस चेक करें Command line , Model Panel, Side View |
| 02:59 | नीचे जाएँ और MatchMaker और Match-Align पर क्लिक करें। |
| 03:05 | आप अपनी ख़ुद की टूलबार कस्टमाइज़ कर सकते हैं। |
| 03:08 | अपनी ज़रुरत के अनुसार टूल्स चुनें। |
| 03:12 | पैनल का निरिक्षण करें। |
| 03:14 | पैनल में सबसे ऊपर Tool bar पर आइकन्स जुड़ गए हैं। |
| 03:19 | Tool bar की स्थिति बदलने के लिए Toolbar placement बटन पर क्लिक करें। |
| 03:25 | और ड्राप-डाउन मेन्यू से विकल्प चुनें। |
| 03:29 | जब आप टूल बार पर सभी आइकन्स जोड़ लें तो Save बटन पर क्लिक करें। |
| 03:35 | और डायलॉग बॉक्स को बंद करने के लिए Close पर क्लिक करें। |
| 03:39 | अब स्ट्रक्चर्स विभिन्न स्थितियों में हैं। |
| 03:43 | अब हम MatchMaker फंक्शन उपयोग करके उन स्ट्रक्चर्स को सुपरइम्पोज़ करते हैं। |
| 03:48 | Tool bar पर MatchMaker टूल पर क्लिक करें। |
| 03:53 | MatchMaker डायलॉग बॉक्स खुलता है। |
| 03:56 | Reference structure में 3w7f पर क्लिक करें। |
| 04:01 | अभी के लिए डिफ़ॉल्ट सेटिंग्स के साथ जारी रखें। OK बटन दबाएँ। |
| 04:07 | पैनल का निरिक्षण करें। |
| 04:09 | दो स्ट्रक्चर्स एक दूसरे पर सुपरइम्पोज़ होते हैं। |
| 04:13 | दो स्ट्रक्चर्स एक दूसरे पर करीब-करीब पूरी तरह से सुपरइम्पोज़ेबल हैं। |
| 04:19 | एक छोटे से भाग को छोड़कर जो नॉन- सुपरइम्पोज़ेबल है। |
| 04:23 | इस नॉन- सुपरइम्पोज़ेबल भाग में शामिल फ्रेग्मेंट एमिनो एसिड नंबर 53 से एमिनो एसिड नंबर 57 तक शुरू होता है। |
| 04:34 | MatchMaker, रेसीड्यू टाइप्स और सेकेंड्री स्ट्रक्चर उपयोग करके सीक्वेंस अलाइनमेंट बनाता है। |
| 04:40 | और फिर सीक्वेंस-अलाइंड रेसीड्यूज़ को 3D में फिट करता है। |
| 04:44 | अब Match-Align टूल को जाँचें। |
| 04:48 | टूल बार से Match-Align टूल पर क्लिक करें। एक डायलॉग बॉक्स खुलता है। |
| 04:55 | चेन्स को चुनने के लिए उनके pdb Ids पर क्लिक करें। |
| 04:59 | OK बटन पर क्लिक करें। |
| 05:03 | sequence alignment डायलॉग बॉक्स खुलता है। |
| 05:05 | इस बॉक्स में अंतिम बॉक्स में फिट हुए एमिनो एसिड युग्म हलके नारंगी बॉक्सेस जैसे दिखते हैं। |
| 05:13 | रेसीड्यू 52-54 पर लूप को छोड़कर स्ट्रक्चर्स लगभग समान हैं। |
| 05:21 | कर्सर को सम्बंधित एक अक्षर कोड पर रखें। |
| 05:25 | 52 से 54 तक रेसीड्यूज़ सीक्वेंस में अन्तराल होने के कारण शिफ्ट होते हैं। |
| 05:33 | कर्सर उपयोग करके इस भाग को चुनें। |
| 05:38 | पैनल का निरिक्षण करें। |
| 05:41 | सीक्वेंस का वह चयनित भाग हाईलाइट होता है। |
| 05:45 | यह उस संरचना के नॉन-सुपरइम्पोज़ेबल भाग से मेल खाता है। |
| 05:50 | आप Actions मेन्यू उपयोग करके इस नॉन-सुपरइम्पोज़िंग भागों के रंग बदल सकते हैं। |
| 05:55 | Actions मेन्यू पर क्लिक करें। |
| 05:57 | Color तक स्क्रॉल करें। orange-red विकल्प पर क्लिक करें। |
| 06:02 | अब यह भाग हाईलाइट हो गया है। |
| 06:05 | सिलेक्शन को क्लियर करें और डायलॉग बॉक्स बंद करें। |
| 06:10 | अब दिखाते हैं कि कॉनफॉरमेशन को कैसे मॉर्फ़ (रूप) करते हैं और ट्रेजेक्ट्री (वक्र-पाथ) कैसे बनाते हैं। |
| 06:15 | मॉर्फिंग, वास्तविक इनपुट स्ट्रक्चर्स के बीच इंटरमीडिएट स्ट्रक्चर्स की श्रंखला की गणना करने में शामिल होता है। |
| 06:23 | बने हुए इंटरमीडिएट स्ट्रक्चर्स की श्रंखला को Molecular Dynamics Movie शार्ट में MD Movie की तरह सेव किया जा सकता है। |
| 06:32 | पैनल पर वापस जाएँ। |
| 06:34 | Tools मेन्यू से मॉर्फिंग टूल शुरू करें। |
| 06:37 | Tools मेन्यू पर क्लिक करें। Structure Comparison तक स्क्रॉल करें। |
| 06:42 | Morph conformations विकल्प पर क्लिक करें। |
| 06:46 | Morph conformations डायलॉग बॉक्स खुलता है। |
| 06:50 | Add पर क्लिक करें। |
| 06:52 | Models डायलॉग बॉक्स की परिणामी सूची में कॉन्फोरमेशन्स में जोड़ने के लिए मॉडल नंबर ज़ीरो यानि 3w7f पर डबल क्लिक करें। |
| 07:03 | अगला मॉडल नंबर 1 यानि 2zco पर क्लिक करें। |
| 07:10 | फिर 3w7f यानि मॉडल नंबर ज़ीरो पर दोबारा क्लिक करें। |
| 07:16 | यह सीक्वेंस एक लिगेंड के मॉर्फ़ ट्रेजेक्ट्री से सम्बंधित है जो स्ट्रक्चर से खोखले स्ट्रक्चर तक और फिर वापस, से जुड़ा है। |
| 07:26 | model list डायलॉग बंद करें। |
| 07:29 | Morph conformations डायलॉग बॉक्स में Create पर क्लिक करें। |
| 07:34 | कुछ सेकेंड बाद एक MD Movie बनती है। |
| 07:39 | स्क्रीन पर डायलॉग बॉक्स दिखता है। |
| 07:42 | डायलॉग बॉक्स में मूवी को चलाने के लिए प्ले या पॉज़ बटन्स हैं। |
| 07:42 | प्ले करने के लिए एरो पर क्लिक करें। |
| 07:50 | पैनल का निरिक्षण करें। |
| 07:52 | कॉनफोर्मेशन्स की मॉर्फिंग मूवी की तरह प्ले की जा रही है। |
| 07:57 | मूवी को पॉज़ करें और MD movie डायलॉग बॉक्स बंद करें। |
| 08:02 | अब सारांशित करते हैं कि हमने क्या सीखा |
| 08:05 | इस ट्यूटोरियल में हमने सीखा एक ही प्रोटीन के लिए भिन्न-भिन्न स्ट्रक्चर्स को सुपरइम्पोज़ और तुलना करना। |
| 08:12 | कॉनफॉरमेशन को मॉर्फ़ (रूप) करना और ट्रेजेक्ट्री (वक्र-पाथ) बनाना। |
| 08:16 | ट्रेजेक्ट्री को Molecular Dynamics Movie की तरह सेव करना। |
| 08:20 | नियत कार्य में PDB कोड 1TAG और 1TND के साथ GTP बाईंडिंग प्रोटीन्स के स्ट्रक्चर्स खोलें। |
| 08:31 | MatchMaker टूल उपयोग करके स्ट्रक्चर्स को सुपरइम्पोज़ करना। |
| 08:34 | Sequence Alignment टूल उपयोग करके असमान क्षेत्रों का पता लगाएँ। |
| 08:41 | निम्न लिंक पर उपलब्ध विडियो स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट को सारांशित करता है। इसे डाउनलोड करके देखें। |
| 08:48 | स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट टीम कार्यशालाएं आयोजित करती है और ऑनलाइन टेस्ट पास करने वालों को प्रमाणपत्र देती है। अधिक जानकारी के लिए हमें लिखें। |
| 08:57 | स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट NMEICT, MHRD भारत सरकार द्वारा निधिबद्ध है। इस मिशन पर अधिक जानकारी दर्शाए लिंक पर उपलब्ध है। |
| 09:09 | आई आई टी बॉम्बे से मैं श्रुति आर्य आपसे विदा लेती हूँ। हमसे जुड़ने के लिए धन्यवाद। |
