Difference between revisions of "Biopython/C2/Writing-Sequence-Files/Malayalam"
From Script | Spoken-Tutorial
PoojaMoolya (Talk | contribs) |
|||
| Line 2: | Line 2: | ||
|'''Time''' | |'''Time''' | ||
|'''Narration''' | |'''Narration''' | ||
| − | |||
|- | |- | ||
Latest revision as of 16:58, 15 February 2018
| Time | Narration |
| 00:01 | ഹലോ എല്ലാവരും Writing Sequence Files.ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിലേക്ക് സ്വാഗതം. |
| 00:07 | ഈ ട്യൂട്ടോറിയലില് നമ്മള് പഠിക്കും:Sequence Record Objectsഎങ്ങിനെ സൃഷ്ടിക്കാം? |
| 00:13 | സീക്വൻസുകളുടെ ഫയലുകൾ എഴുതുക |
| 00:15 | 'ഫയൽ ഫോർമാറ്റിനുമിടയിൽ പരിവർത്തനം ചെയ്യുക |
| 00:19 | കൂടാതെ, ഒരു ഫയലിൽ ലെങ്ത് അനുസരിച്ച record ക്രമീകരിക്കുക |
| 00:23 | ഈ ട്യൂട്ടോറിയൽ പിന്തുടരുന്നതിന്, നിങ്ങൾ പരിചയത്തിലായിരിക്കണം |
| 00:27 | ബിരുദാനന്തര ബയോകെമിസ്ട്രി അല്ലെങ്കിൽ ബയോ ഇൻഫർമാറ്റിക്സ് |
| 00:31 | ബേസിക് പൈത്തൺ പ്രോഗ്രാമിങ്. |
| 00:34 | തന്നിരിക്കുന്ന ലിങ്ക് Python ട്യൂട്ടോറിയലുകൾ കാണുക. |
| 00:38 | ഈ ട്യൂട്ടോറിയൽ രേഖപ്പെടുത്താൻ ഞാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു:* 'ഉബുണ്ടു ഓസ്' 'പതിപ്പ് 14.10 |
| 00:45 | Python പതിപ്പ് 2.7.8 |
| 00:48 | Ipython interpretor പതിപ്പ് 2.3.0 ഉംBiopython' പതിപ്പ് 1.64. |
| 00:55 | ഒരു ഫയലിന്റെ ഉള്ളടക്കം വായിക്കാൻ parse read function' |
| 01:03 | ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിൽ, ഒരു ഫയലിലേക്ക് സീക്വൻസുകൾ എഴുതാൻ write ഫങ്ഷൻ' 'എങ്ങനെ ഉപയോഗിക്കണമെന്ന് പഠിക്കും. |
| 01:09 | കൂടാതെ, വിവിധ 'ഫയൽ ഫോർമാറ്റ്' കൾ തമ്മിലുള്ള ഇന്റർ-കൺവേർഷൻ വേണ്ടിConvertഫങ്ഷൻ ഉപയോഗിക്കുക. |
| 01:16 | 'Write' ഫങ്ഷൻ എങ്ങനെയാണ് ഉപയോഗിക്കേണ്ടതെന്ന് ഇപ്പോൾ എനിക്ക് കാണിച്ചു തരാം. |
| 01:20 | പ്രോട്ടീൻസീക്വൻസ് ഉള്ള ഒരു ടെക്സ്റ്റ് ഫയൽ ഇവിടെയുണ്ട്. |
| 01:24 | ഇൻസുലിൻ പ്രോട്ടീൻ ഇവിടെ കാണിച്ചിരിക്കുന്നു. |
| 01:28 | GI accession numberകൂടാതെ description.തുടങ്ങിയ വിവരങ്ങളും ഇതിനുണ്ട്. |
| 01:36 | 'FASTA' 'ഫോര്മാറ്റില് ഈ സീക്വന്സിനായി നമ്മള് ഒരു ഫയല് സൃഷ്ടിക്കും. |
| 01:41 | sequence record object.സൃഷ്ടിക്കുന്നതിനാണ് ആദ്യത്തെ ഘട്ടം' '. |
| 01:45 | സീക്വൻ റിക്കോർഡ് ഒബ്ജക്റ്റ് സംബന്ധിച്ച കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾ: |
| 01:49 | sequence input/output interface.എന്ന അടിസ്ഥാന ഡേറ്റാ ടൈപ്പ് ആണ് ഇത്. |
| 01:55 | സീക്വൻസസ് റെക്കോഡ് ഒബ്ജക്റ്റിൽ, ഐഡന്റിഫയർ , ഡിസ്ക്രിപ്ഷൻസ് .എന്നീ ഉയർന്ന നിലവാരമുള്ള സവിശേഷതകളുമായി ബന്ധപ്പെട്ടിരിക്കുന്നു. |
| 02:04 | 'Ctrl, Alt' , 't' കീകളിലൊന്ന് അമർത്തി ടെർമിനൽ തുറക്കുക. |
| 02:10 | പ്രോംപ്റ്റിൽ, ടൈപ്പ് ചെയ്യുക: 'ipython' 'Enter' അമർത്തുക. |
| 02:15 | പ്രോംപ്റ്റില്, താഴെ പറയുന്ന വരികള് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക: |
| 02:18 | from Bio dot Seq module import Seq class. |
| 02:24 | from Bio dot SeqRecord module import Sequence Record class |
| 02:31 | അടുത്തതു , from Bio dot Alphabet module import generic protein class. |
| 02:38 | അടുത്തതായി, റിക്കോർഡ് 1 എന്ന വേരിയബിളിൽ സീക്വൻസി റിക്കോർഡ് ഒബ്ജക്റ്റ് ഞാൻ സംരക്ഷിക്കും. |
| 02:45 | sequence, id description എന്നിവ ടെക്സ്റ്റ് ഫയൽ ൽ നിന്ന് ടെർമിനലിൽ പേസ്റ്റ് ചെയുക |
| 02:56 | അമർത്തുക 'Enter.' |
| 02:58 | ഔട്ട്പുട്ട് കാണുന്നതിന്: 'record1' എന്ന് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക. |
| 03:02 | അമർത്തുക 'Enter.' |
| 03:04 | insulin protein സീക്വൻസ്'sequence record ഒബ്ജക്ട് കാണിക്കുന്നു. |
| 03:10 | id description.എന്നിവയുമായുള്ള സീക്വൻസ് കാണിക്കുന്നു. |
| 03:13 | 'FASTA' എന്ന ഫയലിലേക്ക് മുകളിലുള്ള സീക്വൻസി റിക്കോർഡ് ഒബ്ജക്റ്റ് പരിവർത്തനം ചെയ്യുന്നതിന് 'write' ഫങ്ഷൻ ഉപയോഗിക്കും. |
| 03:21 | Bio package.'ൽ നിന്നുംImport SeqIO module |
| 03:26 | അടുത്തതായി, കമാസ്ഡ് ലൈന്' ഒരുwrite എന്ന ഫംഗ്ഷന് ഉപയോഗിച്ച് 'FASTA' ഫയലിലേക്ക് പ്രദര്ശിപ്പിക്കുക. |
| 03:40 | 'Write' ഫംഗ്ഷൻ 3 'ആർഗ്യുമെന്റ്' എടുക്കുന്നു |
| 03:44 | ആദ്യത്തേത് sequence record object.സൂക്ഷിക്കുന്ന വേരിയബിൾ ആണ്. |
| 03:49 | രണ്ടാമത്തേത് 'FASTA' ഫയല് എഴുതാനുള്ള ഫയലിന്റെ പേരു്. |
| 03:54 | മൂന്നാമത്തേത് എഴുതാനുള്ള ഫയൽ ഫോർമാറ്റാണ്. എന്റർ അമർത്തുക. |
| 03:58 | ഔട്ട്പുട്ട് ഒന്ന് കാണിക്കുന്നു, അതായത്, ഒരു sequence record object ഒരു 'FASTA' ഫയലിലേക്ക് പരിവർത്തനം ചെയ്തു. |
| 04:07 | ഫയൽ FASTA ഫോർമാറ്റ്'ൽ ഹോം ഫോൾഡറിൽ "example.fasta" ആയി സേവ് ചെയ്തിരിക്കുന്നു. |
| 04:13 | ഞാൻ നിങ്ങൾക്ക് മുന്നറിയിപ്പ് നൽകട്ടെ, ഔട്ട്പുട്ട് ഇതേ പേരിലുള്ള ഏത് മുൻപ് നിലവിലുണ്ടെന്നതും ഓവർ-റൈറ്റ് ചെയ്യും. |
| 04:18 | ഫയൽ കാണുന്നതിന്, home ഫോൾഡറിൽ ഫയൽ നാവിഗേറ്റുചെയ്യുക. |
| 04:24 | text editor.ൽ ഈ ഫയൽ തുറക്കുക.' |
| 04:27 | പ്രോട്ടീൻ ശ്രേണി ഇപ്പോൾ 'FASTA' ഫോർമാറ്റിലാണ്. |
| 04:31 | ടെക്സ്റ്റ് എഡിറ്റർ അടയ്ക്കുക. |
| 04:33 | പലതരം bioinformatics ടൂളുകൾ വിവിധ ഇൻപുട്ട് ഫയൽ ഫോർമാറ്റുകൾ എടുക്കുന്നു. |
| 04:38 | അതിനാൽ, ചിലപ്പോൾ ക്രമം ഫയൽ ഫോർമാറ്റുകൾക്കിടയിൽ ഇന്റർ-കൺവർ ചെയ്യേണ്ട ആവശ്യമുണ്ട്. |
| 04:44 | SeqIO module.' ലെ convert ഫങ്ക്ഷന് ഉപയോഗിച്ച് ഫയൽ കണ്വേര്ഷന് ചെയാം |
| 04:50 | പ്രകടനത്തിനായി, ഒരു 'GenBank' ഫയൽ ഒരു 'FASTA' ഫയലാക്കി മാറ്റും. |
| 04:55 | എന്റെ homeഫോൾഡറിൽ ഒരു 'Genbank' ഫയൽ ഉണ്ടോ? |
| 04:59 | ഞാൻ ഇത് ഒരു ടെക്സ്റ്റ് എഡിറ്ററിൽ തുറക്കാം. |
| 05:02 | HIV genome' 'GenBank' ഫോർമാറ്റിലുണ്ട്. |
| 05:07 | ഈ 'GenBank' ഫയലിൽ ആദ്യ ഭാഗത്ത് genomeലെ' genes ന്റെ വിവരണം ഉണ്ട്. |
| 05:14 | തുടർന്ന് ഒരു പൂർണ്ണമായ genome സെക്യുഎൻസ് |
| 05:18 | ടെക്സ്റ്റ് എഡിറ്റർ അടയ്ക്കുക. ടെർമിനലിൽ ഈ വരികൾ ടൈപ്പ് ചെയ്യുക. |
| 05:23 | convert ഫംഗ്ഷൻ 'GenBank' ഫയൽ 'FASTA' ഫയലിൽ നിലവിൽ വരുന്ന genome സീക്വൻസ് കന്വേര്റ്റ് ചെയ്യുന്നു. എന്റർ അമർത്തുക. |
| 05:33 | 'FASTA' ഫോർമാറ്റിലുള്ള പുതിയ ഫയൽ ഇപ്പോൾ home ഫോൾഡറിൽ HIV.fasta 'ആയി സേവ് ചെയ്തിരിക്കുന്നു. |
| 05:39 | ഫയലിൽ നാവിഗേറ്റുചെയ്യുക, ടെക്സ്റ്റ് എഡിറ്ററിൽ തുറക്കുക. |
| 05:46 | ടെക്സ്റ്റ് എഡിറ്റർ അടയ്ക്കുക. |
| 05:49 | 'Convert' 'ഫങ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ച് നമുക്ക് ഫയൽ ഫോർമാറ്റുകൾ എളുപ്പത്തിൽ പരിവർത്തനം ചെയ്യാമെങ്കിലും അതിന് പരിമിതികളുണ്ട്. |
| 05:56 | ചില ഫോർമാറ്റുകൾ എഴുതുന്നത് മറ്റ് ഫയൽ ഫോർമാറ്റുകളിൽ അടങ്ങിയിട്ടില്ലാത്ത വിവരങ്ങൾ ആവശ്യമാണ്. |
| 06:02 | ഉദാഹരണത്തിന്:നമുക്ക് 'GenBank' ഫയൽ ഒരു 'FASTA' ഫയലായി പരിവർത്തനം ചെയ്യാൻ കഴിയും, ഞങ്ങൾക്ക് റിവേഴ്സ് ചെയ്യാൻ കഴിയില്ല. |
| 06:09 | അതുപോലെ തന്നെ FASTQ 'ഫയൽ ഒരു' FASTA 'ഫയലാക്കി മാറ്റാൻ കഴിയും, പക്ഷേ റിവേഴ്സ് ചെയ്യാൻ കഴിയില്ല. |
| 06:15 | convert ഫംഗ്ഷനെ സംബന്ധിച്ച കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക്, 'help' കമാൻഡ് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക. |
| 06:21 | അമർത്തുക 'Enter' . |
| 06:24 | പ്രോംപ്റ്റിൽ ലഭ്യമാകുന്നതിനായി കീ ബോർഡിൽ 'q' അമർത്തുക. |
| 06:28 | GenBank 'ഫോർമാറ്റിൽHIV genome യില് നിന്നും ഇന്ടവിജെൽ 'ജീനുകള് നമുക്കും ലഭ്യമാക്കാം. |
| 06:35 | ഈ ഇന്ടവിജെൽ 'ജീനുകള് FASTA അല്ലെങ്കിൽ മറ്റേതെങ്കിലും ഫോർമാറ്റുകളിൽ സംരക്ഷിക്കാവുന്നതാണ്. |
| 06:41 | ഇതിനായി, 'പ്രോംപ്റ്റിൽ' ഇനിപ്പറയുന്ന കോഡ് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക. |
| 06:47 | ഈ കോഡ് എല്ലാ സിഡ്പ്ട് CDS ജീനുകൾ, അവരുടെ ഐഡികളും ഒരു ഫയലിലെ 'ജീൻ' ഉം എഴുതുന്നു. |
| 06:56 | ഫയൽ നിങ്ങളുടെ 'ഹോം' ഫോൾഡറിൽ "HIV_geneseq.fasta" ആയി സംരക്ഷിക്കുന്നു. എന്റർ അമർത്തുക. |
| 07:07 | Biopythonടൂളുകൾ ഉപയോഗിച്ചു നമുക്ക് ഒരു ഫയൽ റെക്കോർഡുകൾ നീളം കൊണ്ട് അടുക്കാൻ കഴിയും. |
| 07:12 | ആറ് റെക്കോർഡുകളുള്ള ഒരു FASTA ഫയൽ "hemoglobin.fasta" ഞാൻ തുറന്നു. |
| 07:19 | ഓരോ റെക്കോർഡ് വിവിധ ലെങ്ത് ഉള്ളതാണ് |
| 07:23 | ഏറ്റവും ദൈർഘ്യമേറിയ റെക്കോർഡ് ആദ്യം ക്രമീകരിക്കാൻ ഇനിപ്പറയുന്ന വരികൾ ടൈപ്പ് ചെയ്യുക. |
| 07:27 | ക്രമപ്പെടുത്തിയ സീക്വൻസുകളുള്ള പുതിയ ഫയൽ നിങ്ങളുടെ 'ഹോം' ഫോൾഡറിൽ "sorted_hemoglobin.fasta" ആയി സംഭരിക്കും |
| 07:38 | ചുരുക്കത്തിൽ ചുരുക്കത്തിൽ, 'records.sort' കമാൻഡ് ലൈനിൽ ആർഗ്യുമെന്റുകൾ റിവേഴ്സ് ചെയ്യുക. |
| 07:45 | സംഗ്രഹിക്കാം. ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിൽ, ഞങ്ങൾ മനസ്സിലാക്കിയത്:* സീക്വൻസി റിക്കോർഡ് ഒബ്ജക്റ്റ് സൃഷ്ടിക്കാൻ |
| 07:51 | 'sequence input /output ' മൊഡ്യൂൾ എന്ന ഫംഗ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ച് സീക്വൻസ് ഫയലുകൾ എഴുതുക. |
| 07:58 | 'കൺവേർഷൻ' ഫംഗ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ച് 'സീക്വൻസ് ഫയൽ ഫോർമാറ്റിനുമിടയിൽ പരിവർത്തനം ചെയ്യുക. |
| 08:03 | കൂടാതെ, ഒരു ഫയൽ ദൈർഘ്യത്തിൽ നീളം വെയ്ക്കുക. |
| 08:07 | അസൈൻമെന്റിനായി: |
| 08:09 | എച്ച്.ഐ.വി.യുടെ ജീനോമിക് ശ്രേണിയിൽ നിന്ന് "HIV1gp3" യുടെ 4587 മുതൽ 5165 വരെയുള്ള സ്ഥാനങ്ങൾ എക്സ്ട്രാക്റ്റ്" ചെയുക |
| 08:21 | "HIV.gb" എന്ന ഫയൽ ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിന്റെ കോഡ് ഫയലുകളിൽ ഉൾപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട്. |
| 08:28 | നിങ്ങളുടെ പൂർത്തിയാക്കിയ അസ്സൈൻഡിന് ഇനിപ്പറയുന്ന കോഡ് ഉണ്ടായിരിക്കും. |
| 08:43 | സ്പോകെൻ ട്യൂട്ടോറിയൽ പ്രൊജക്റ്റിനെ താഴെയുള്ള ലിങ്കിലുളള വീഡിയോ സംഗ്രഹിക്കുന്നു. |
| 08:48 | ഇത് ഡൌൺലോഡ് ചെയ്ത് കാണുക. സ്പോക്കൺ ട്യൂട്ടോറിയൽ പ്രോജക്ട് ടീം വർക്ക്ഷോപ്പുകൾ നടത്തുന്നു. ഓൺലൈൻ ടെസ്റ്റ് പാസാകുന്നവർക്ക് സർട്ടിഫിക്കറ്റുകൾ നൽകുന്നു. |
| 08:57 | കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക്, ദയവായി ഞങ്ങൾക്ക് എഴുതുക. |
| 09:00 | സ്പോകെൻ ട്യൂട്ടോറിയൽ പ്രൊജക്റ്റ് NMEICT , MHRD ഗവർൺമെൻറ് ഓഫ് ഇന്ത്യ എന്നിവയുടെ പിന്തുണയോട് കൂടിനടത്തുന്നു |
| 09:06 | ഈ ദൗത്യത്തെക്കുറിച്ചുള്ള കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾ കാണിച്ചിരിക്കുന്ന ലിങ്കിൽ ലഭ്യമാണ്. |
| 09:10 | ഇത് 'ഐഐടി ബോംബെ'യിൽ നിന്ന് വിജി നായർ ആണ്. പങ്കുചേർന്നതിന് നന്ദി. |
