Difference between revisions of "Biopython/C2/Blast/Malayalam"
From Script | Spoken-Tutorial
PoojaMoolya (Talk | contribs) |
|||
| Line 135: | Line 135: | ||
|- | |- | ||
| 03:09 | | 03:09 | ||
| − | | ' | + | | 'BLAST' 'വെബ്ബ് പേജിൽ നിങ്ങൾക്ക് സജ്ജമാക്കാൻ കഴിയുന്ന വിവിധ പാരാമീറ്ററുകൾക്ക് സമാനമാണ് ഈ വാദങ്ങൾ. |
|- | |- | ||
Latest revision as of 13:05, 13 February 2018
| |
|
|---|---|
| 00:01 | Biopython ടൂൾസ് 'BLAST' 'ബയോപിത്തോൺ' ഉപയോഗിച്ചു് ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിലേക്ക് സ്വാഗതം. |
| 00:06 | ഈ ട്യൂട്ടോറിയലില് നമ്മള് പഠിക്കുംBiopython ടൂൾസ് ഉപയോഗിച്ച്' ക്വറി ക്വിസ് 'നുള്ള' "BLAST"'റൺ ചെയുന്നത് |
| 00:13 | കൂടുതൽ വിശകലനത്തിനായി ബ്ലാസ്റ്റ് ഔട്ട്പുട്ട് parse ചെയുന്നത് |
| 00:17 | ഈ ട്യൂട്ടോറിയൽ പിന്തുടരുന്നതിന്, നിങ്ങൾ അണ്ടർഗ്രഡ്യൂട്ട് ബയോകെമിസ്ട്രി അല്ലെങ്കിൽ ബയോ ഇൻഫർമാറ്റിക്സ് പരിചയത്തിലായിരിക്കണം |
| 00:24 | basic Python പ്രോഗ്രാമിങ്ങും. |
| 00:27 | Python ട്യൂട്ടോറിയലുകൾ തന്നിരിക്കുന്ന ലിങ്ക് കാണുക. |
| 00:31 | ഈ ട്യൂട്ടോറിയൽ രേഖപ്പെടുത്താൻ ഞാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു: 'ഉബുണ്ടു' ഓപ്പറേറ്റിംഗ് സിസ്റ്റം പതിപ്പ് 14.10 |
| 00:37 | 'പൈഥൺ' പതിപ്പ് 2.7.8 |
| 00:41 | 'Ipython interpretorപതിപ്പ് 2.3.0 |
| 00:46 | Biopythonപതിപ്പ് 1.64, * ഒരു വർക്കിംഗ് ഇൻറർനെറ്റ് കണക്ഷൻ. |
| 00:52 | BLAST അടിസ്ഥാന ലോക്കൽ അലൈൻമെന്റ് ടൂൾ ടൂളിനുള്ള ചുരുക്കപ്പേരാണ്. ' |
| 00:57 | ഇത് sequence വിവരങ്ങളെ താരതമ്യം ചെയ്യുന്നതിനുള്ള ഒരുalgorithmആണ്. |
| 01:02 | ഡാറ്റാബേസുകളിലെ ശ്രേണികളിലേക്ക് 'ന്യൂക്ലിയോടൈഡ്' അല്ലെങ്കിൽ പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസ് താരതമ്യം ചെയ്ത്, മാഷെ ലെ ലെ സ്റ്റാറ്റിസ്റ്റിക്കൽ സിഗ്നിഫിക്കൻസ് കണക്കുകൂട്ടുന്നു. |
| 01:14 | 'BLAST:' 'റൺ ചെയ്യാൻ രണ്ട് വഴികളുണ്ട്: |
| 01:17 | നിങ്ങളുടെ മെഷീനിൽ ലോക്കൽBLAST അല്ലെങ്കിൽ' BLAST 'ഇന്റർനെറ്റ് NCBI സെർവറിലൂടെ ഇന്റർനെറ്റ് ഉപയോഗിക്കുന്നു. |
| 01:24 | 'ബ്ലെയ്പ്പോത്തനിൽBLAST രണ്ട് ഘട്ടങ്ങളുണ്ട്. |
| 01:28 | ആദ്യം, നിങ്ങളുടെr query sequenceലെBLAST ചില ഔട്ട്പുട്ട് ലഭിക്കുക. |
| 01:33 | രണ്ടാമത്, BLAST ഔട്ട്പുട്ട്.കൂടുതൽ വിശകലനത്തിനായിparse ചെയുക |
| 01:38 | ഒരു ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് അനുപാതത്തിനായി 'ടെർമിനൽ തുറന്ന്' BLASTതുറക്കും. |
| 01:43 | 'Ctrl, Alt' , 'ടി' 'എന്നീ കീകളും ഒരേസമയം അമർത്തി ടെർമിനൽ തുറക്കൂ. |
| 01:48 | 'പ്രോംപ്റ്റിൽ' ടൈപ്പ് ചെയ്യുക: 'ipython' അമർത്തുക 'Enter' അമർത്തുക. |
| 01:52 | ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിൽ, 'BLAST' ഇന്റർനെറ്റ് ഉപയോഗിക്കുന്ന NCBI BLAST സർവീസ് എങ്ങനെ പ്രവർത്തിക്കുമെന്ന് കാണിച്ചു തരാം. |
| 02:01 | പ്രോംപ്റ്റിൽ ഇനിപ്പറയുന്നവ ടൈപ്പ് ചെയ്യുക:'ipython .Enter അമർത്തുക . |
| 02:14 | അടുത്തതായി, 'ബ്ലാസ്റ്റ് ഇന്റർനെറ്റിൽ റൺ ചെയ്യുന്നതിനായി പ്രോംപ്റ്റിൽ താഴെ ടൈപ്പ് ചെയ്യുക. result= NCBIWWW.qblast("blastn","nt","186429"). |
| 02:20 | 'NCBIWWW' മൊഡ്യൂളിലെ 'qblast ഫംഗ്ഷൻ' 'ഉപയോഗിക്കും. |
| 02:25 | 'qblast ഫംഗ്ഷൻ' മൂന്നു arguments:ഏറ്റെടുക്കുന്നു: |
| 02:29 | തിരച്ചിലിന് ഉപയോഗിക്കാനായി ആദ്യത്തെ argument blast program എന്നതാണ്. |
| 02:33 | രണ്ടാമതായി, തിരയാനായി ഡാറ്റബേസുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നു. |
| 02:38 | മൂന്നാമത്തെ argument നിങ്ങളുടെquery sequence. |
| 02:43 | query sequence ലെ ഇന്പുട് GI നമ്പർ അല്ലെങ്കിൽ FASTA ഫയൽ ആകാം അല്ലെങ്കിൽ sequence record object.ആകാം |
| 02:53 | ഈ പ്രദർശനത്തിനായി ഞാൻ ഒരുnucleotide sequenceനായി 'GI numberഉപയോഗിക്കുന്നു. |
| 02:58 | GI number insulin. ന്റെ ന്യൂnucleotide sequence നു വേണ്ടിയുള്ളതാണ്. |
| 03:03 | 'Qblast ഫംഗ്ഷൻ' മറ്റ് നിരവധി ഓപ്റ്റ് ആർഗ്യുമെന്റുകളും എടുക്കുന്നു. |
| 03:09 | 'BLAST' 'വെബ്ബ് പേജിൽ നിങ്ങൾക്ക് സജ്ജമാക്കാൻ കഴിയുന്ന വിവിധ പാരാമീറ്ററുകൾക്ക് സമാനമാണ് ഈ വാദങ്ങൾ. |
| 03:15 | qblast function BLAST റിസൾട്ട് 'xml' ഫോർമാറ്റിൽ ലഭിക്കും. |
| 03:20 | terminal. എന്നതിലേക്ക് തിരികെ പോകുക. |
| 03:22 | നമ്മൾ ഉചിതമായ Blast' പ്രോഗ്രാം ഉപയോഗിക്കണം, |
| 03:25 | ഞങ്ങളുടെ ക്യുറി സെക്യുഎൻസ് nucleotide അല്ലെങ്കിൽ protein sequence. ആണെന്നതിനെ ആശ്രയിച്ച്. |
| 03:30 | നമ്മുടെ അന്വേഷണം ഒരു'nucleotide,ആയതുകൊണ്ട്, ഞങ്ങൾblastn പ്രോഗ്രാം ഉപയോഗിക്കും,' nt nucleotide ഡാറ്റാബേസ് നെ സൂചിപ്പിക്കുന്നു. |
| 03:39 | ഇതിനെക്കുറിച്ചുള്ള വിശദാംശങ്ങൾ NCBI BLAST 'വെബ്പേജിൽ ലഭ്യമാണ്. |
| 03:45 | blast output xml 'ഫയലിന്റെ രൂപത്തില് വേരിയബിള്' resultൽ ആണ്. |
| 03:51 | 'Enter' അമർത്തുക. |
| 03:53 | നിങ്ങളുടെ ഇന്റർനെറ്റ് വേഗതയെ ആശ്രയിച്ച്, 'BLAST' തിരയൽ പൂർത്തിയാക്കാൻ കുറച്ച് മിനിറ്റുകൾ എടുത്തേക്കാം. |
| 03:59 | കൂടുതൽ പ്രവർത്തനത്തിനു മുമ്പ് ഡിസ്കിൽ 'xml' ഫയൽ സംരക്ഷിക്കേണ്ടത് പ്രധാനമാണ്. |
| 04:05 | 'Xml ഫയൽ' സേവ് ചെയുക ഈ വരികളിൽ ടൈപ്പ് ചെയ്യുക. |
| 04:09 | ഈ കോഡിന്റെ വരികൾ 'home' ഫോൾഡറിൽ 'blast.xml' എന്ന പേരിൽ തിരയൽ ഫലത്തെ സംരക്ഷിക്കും. |
| 04:18 | നിങ്ങളുടെ 'HOME' ഫോൾഡറിലേക്ക് നാവിഗേറ്റുചെയ്യുക, ഫയൽ കണ്ടെത്തുക. |
| 04:21 | ഫയലിൽ ക്ലിക്കുചെയ്ത് ഫയലിന്റെ ഉള്ളടക്കം പരിശോധിക്കുക. |
| 04:30 | താങ്കള് 'FASTA' ഫയല് ഒരുquery. ആയി പയോഗിയ്ക്കാന് ആഗ്രഹിക്കുന്നുണ്ടെങ്കില് ഈ ടെക്സ്റ്റ് ഫയലില് കാണിച്ചിരിക്കുന്ന കോഡ് ഉപയോഗിക്കുക. |
| 04:36 | നിങ്ങൾ 'FASTA' ഫയലിൽ നിന്നും ഒരു ക്വാറിയിൽ sequence record object' ഉപയോഗിക്കണമെങ്കിൽ കോഡ് ഇവിടെയുണ്ട്. |
| 04:42 | ടെർമിനൽ എന്നതിലേക്ക് തിരികെ പോകുക. |
| 04:44 | അടുത്ത പടി extract ഡാറ്റ ഫയല് parse ചെയ്യുക എന്നതാണ്. |
| 04:48 | 'Xml' ഇൻപുട്ടിനായി ഫയൽ തുറക്കുന്നതാണ് ആദ്യപാഠം. |
| 04:53 | പ്രോംപ്റ്റിൽ താഴെ ടൈപ്പ് ചെയ്യുക. എന്റർ അമർത്തുക. |
| 04:57 | "Bio.Blast" package.ൽ നിന്ന് മൊഡ്യൂൾ NCBIXML ഇമ്പോര്ട ചെയുക |
| 05:05 | അമർത്തുക 'Enter' . |
| 05:07 | BLASTറ്' ഔട്ട്പുട്ടിന് parse ചെയ്യാൻ താഴെപ്പറയുന്ന വരികൾ ടൈപ്പ് ചെയ്യുക. |
| 05:11 | 'BLAST' ഔട്പുട്ടിൽ നിന്ന് extract നു വേണ്ട എല്ലാ വിവരങ്ങളും blast record ൽ ഉണ്ട്. |
| 05:18 | ഒരു പ്രത്യേക ത്രെഷോൾഡ് നു മുകളിൽ ഉള്ള ' blast report ലെ hit ന്റെ എല്ലാ വിവരങ്ങളും പ്രിന്റ് ചെയ്യട്ടെ. |
| 05:27 | താഴെ പറയുന്ന കോഡ് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക. |
| 05:30 | matchപ്രധാനമായിരിക്കണമെങ്കിൽ, score 0.01 ൽ കുറവായിരിക്കണം. |
| 05:37 | ഓരോ 'hsp' , അതായത്, ഹൈ സ്കോറിംഗ് പെയർ നു title, length, hsp score, gaps' and expect value. |
| 05:49 | stringൽ അടങ്ങിയിരിക്കുന്ന queryഅലൈന്ഡ് ഡാറ്റാബേസ് സീക്വൻസ്, സ്ട്രിംഗ് എന്നിവ മാച്ച് മിസ്മാച് പൊസിഷൻസ് വ്യക്തമാക്കുന്നു. |
| 06:02 | ഔട്ട്പുട്ട് ലഭിക്കുന്നതിന് 'Enter' കീ രണ്ടുതവണ അമർത്തുക. |
| 06:05 | ഔട്ട്പുട്ട് നിരീക്ഷിക്കുക. |
| 06:09 | നമുക്ക് length, score, gaps, evalue strings ഉണ്ട്. |
| 06:16 | 'Bio.Blast' പാക്കേജിൽ ലഭ്യമായ മറ്റ്functions ഉപയോഗിച്ച് നിങ്ങൾക്ക് ആവശ്യമായ വിവരങ്ങൾ പുറത്തെടുക്കാൻ കഴിയും. |
| 06:24 | ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിന്റെ അവസാന ഭാഗത്ത് എത്തിയിരിക്കുന്നു. |
| 06:26 | സംഗ്രഹിക്കാം. ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിൽ,BLAST ക്വിക്ക് ന്യൂക്ലിയോഡിഡ് സീക്വൻസിനു GI 'നമ്പർ ഉപയോഗിച്ചുകൊണ്ടാണ് ഞങ്ങൾ പഠിച്ചത്. |
| 06:36 | കൂടാതെ, 'BLAST' ഔട്ട്പുട്ട് Bio.Blast.Record 'മൊഡ്യൂൾ ഉപയോഗിച്ച് പാഴ്സ് ചെയ്യുക. |
| 06:43 | അസൈൻമെന്റിനായി ഒരു 'പ്രോട്ടീൻ' സീക്വൻസ് നായി BLAST Search റൺ ചെയുക |
| 06:50 | 'ഔട്ട്പുട്ട് ഫയല് സേവ് ചെയ്യുക, ഫയല് ഉള്ക്കൊള്ളുന്ന ഡാറ്റ പാഴ്സ് ചെയ്യുക. |
| 06:55 | നിങ്ങളുടെ പൂർത്തിയാക്കിയ അസൈൻമെന്റിൽ താഴെ കൊടുത്തിരിക്കുന്ന കോഡ് രേഖകൾ ഉണ്ടായിരിക്കണം, ഈ ഫയലിൽ കാണിച്ചിരിക്കുന്നത് പോലെ. |
| 07:01 | കോഡ് നിരീക്ഷിക്കുക. നമ്മുടെ query' protein സെക്യുഎൻസ് ആയതിനാൽ, blastp പ്രോഗ്രാം "nr", BLAST സെർച്ച് നു ഉള്ള നോൺ റീഡന്റാണ്ട് പ്രോടീൻ ടാറ്റ ബസ് |
| 07:16 | താഴെയുള്ള ലിങ്കിലുളള വീഡിയോ സ്പോക്കൺ ട്യൂട്ടോറിയൽ പ്രൊജക്റ്റിനെ സംഗ്രഹിക്കുന്നു. |
| 07:20 | ഇത് ഡൌൺലോഡ് ചെയ്ത് കാണുക. |
| 07:22 | സ്പോക്കൺ ട്യൂട്ടോറിയൽ പ്രോജക്ട് ടീം വർക്ക്ഷോപ്പുകൾ നടത്തുന്നു. ഓൺലൈൻ ടെസ്റ്റ് പാസാകുന്നവർക്ക് സർട്ടിഫിക്കറ്റുകൾ നൽകുന്നു. |
| 07:30 | കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക്, ദയവായി ഞങ്ങൾക്ക് എഴുതുക. |
| 07:33 | സ്പോകെൻ ട്യൂട്ടോറിയൽ പ്രൊജക്റ്റ് ഫണ്ട്, NMEICT, MHRD, ഗവർമെന്റ് ഓഫ് ഇന്ത്യ. |
| 07:40 | ഈ ദൗത്യത്തെക്കുറിച്ചുള്ള കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾ കാണിച്ചിരിക്കുന്ന ലിങ്കിൽ ലഭ്യമാണ്. |
| 07:45 | ഇത് ഐ.ഐ.ടി ബോംബേ ൽ നിന്ന് വിജി നായർ ആണ്. പങ്കുചേർന്നതിന് നന്ദി. |
