Difference between revisions of "Biopython/C2/Introduction-to-Biopython/Kannada"
From Script | Spoken-Tutorial
Sandhya.np14 (Talk | contribs) |
Sandhya.np14 (Talk | contribs) |
||
| Line 5: | Line 5: | ||
|- | |- | ||
| 00:01 | | 00:01 | ||
| − | | Introduction to Biopython ಎಂಬ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಗೆ ಸ್ವಾಗತ. | + | | '''Introduction to Biopython''' ಎಂಬ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಗೆ ಸ್ವಾಗತ. |
|- | |- | ||
| 00:05 | | 00:05 | ||
| Line 14: | Line 14: | ||
|- | |- | ||
| 00:15 | | 00:15 | ||
| − | | ಮತ್ತು ಬಯೋಪೈಥನ್ ನ ಟೂಲ್ಸ್ ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿ, DNA ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ಪ್ರೊಟೀನ್ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗೆ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಲೇಶನ್ (translation) ಮಾಡುವುದು ಇವುಗಳನ್ನು ಕಲಿಯುವೆವು. | + | | ಮತ್ತು ಬಯೋಪೈಥನ್ ನ ಟೂಲ್ಸ್ ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿ, '''DNA''' ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ಪ್ರೊಟೀನ್ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗೆ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಲೇಶನ್ (translation) ಮಾಡುವುದು ಇವುಗಳನ್ನು ಕಲಿಯುವೆವು. |
|- | |- | ||
| 00:22 | | 00:22 | ||
| Line 29: | Line 29: | ||
|- | |- | ||
| 00:35 | | 00:35 | ||
| − | |ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಅನ್ನು ರೆಕಾರ್ಡ್ ಮಾಡಲು, ನಾನು: Ubuntu OS ನ 12.04 ನೇ ಆವೃತ್ತಿ, | + | |ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಅನ್ನು ರೆಕಾರ್ಡ್ ಮಾಡಲು, ನಾನು: '''Ubuntu OS''' ನ '''12.04''' ನೇ ಆವೃತ್ತಿ, |
|- | |- | ||
| 00:41 | | 00:41 | ||
| − | | | + | | '''Python''' ನ '''2.7.3''' ನೇ ಆವೃತ್ತಿ, |
|- | |- | ||
| 00:44 | | 00:44 | ||
| − | | Ipython ನ 0.12.1 ನೇ ಆವೃತ್ತಿ ಮತ್ತು | + | | '''Ipython''' ನ '''0.12.1''' ನೇ ಆವೃತ್ತಿ ಮತ್ತು |
|- | |- | ||
| 00:48 | | 00:48 | ||
| − | | | + | | '''Biopython''' ನ '''1.58''' ನೇ ಆವೃತ್ತಿ, ಇವುಗಳನ್ನು ಬಳಸಿದ್ದೇನೆ. |
|- | |- | ||
| 00:51 | | 00:51 | ||
| Line 50: | Line 50: | ||
|- | |- | ||
| 01:05 | | 01:05 | ||
| − | |ಪಾರ್ಸಿಂಗ್- ಎಂದರೆ, FASTA, Genbank ಮುಂತಾದ ವಿವಿಧ ರೀತಿಯ ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ಗಳಿಂದ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಪಡೆಯಲು, | + | |ಪಾರ್ಸಿಂಗ್- ಎಂದರೆ, '''FASTA, Genbank''' ಮುಂತಾದ ವಿವಿಧ ರೀತಿಯ ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ಗಳಿಂದ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಪಡೆಯಲು, |
|- | |- | ||
| 01:14 | | 01:14 | ||
| − | | NCBI, ExPASY ಗಳಂತಹ ಡೇಟಾಬೇಸ್ ವೆಬ್ಸೈಟ್ ಗಳಿಂದ, ಡೇಟಾ ಅನ್ನು ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಲು ಮತ್ತು | + | | '''NCBI, ExPASY''' ಗಳಂತಹ ಡೇಟಾಬೇಸ್ ವೆಬ್ಸೈಟ್ ಗಳಿಂದ, ಡೇಟಾ ಅನ್ನು ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಲು ಮತ್ತು |
|- | |- | ||
| 01:22 | | 01:22 | ||
| − | | BLAST ನಂತಹ ಬಯೊ-ಇನ್ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ ಅಲ್ಗಾರಿದಮ್ ಅನ್ನು ರನ್ ಮಾಡಲು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. | + | | '''BLAST''' ನಂತಹ ಬಯೊ-ಇನ್ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ ಅಲ್ಗಾರಿದಮ್ ಅನ್ನು ರನ್ ಮಾಡಲು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. |
|- | |- | ||
| 01:26 | | 01:26 | ||
| Line 77: | Line 77: | ||
|- | |- | ||
| 01:59 | | 01:59 | ||
| − | | Linux ಸಿಸ್ಟಮ್ ನಲ್ಲಿ ಇನ್ಸ್ಟಲೇಶನ್ ಮಾಡುವ ಬಗ್ಗೆ ಮಾಹಿತಿ: | + | | '''Linux''' ಸಿಸ್ಟಮ್ ನಲ್ಲಿ ಇನ್ಸ್ಟಲೇಶನ್ ಮಾಡುವ ಬಗ್ಗೆ ಮಾಹಿತಿ: |
|- | |- | ||
| 02:02 | | 02:02 | ||
| − | | Synaptic Package Manager (ಸಿನಾಪ್ಟಿಕ್ ಪ್ಯಾಕೇಜ್ ಮ್ಯಾನೇಜರ್) ಅನ್ನು ಉಪಯೋಗಿಸಿ Python ( ಪೈಥನ್), Ipython (ಐ ಪೈಥನ್) ಮತ್ತು Biopython ಪ್ಯಾಕೇಜ್ ಗಳನ್ನು ಇನ್ಸ್ಟಾಲ್ ಮಾಡಿ. | + | | '''Synaptic Package Manager''' (ಸಿನಾಪ್ಟಿಕ್ ಪ್ಯಾಕೇಜ್ ಮ್ಯಾನೇಜರ್) ಅನ್ನು ಉಪಯೋಗಿಸಿ '''Python''' ( ಪೈಥನ್), '''Ipython''' (ಐ ಪೈಥನ್) ಮತ್ತು '''Biopython''' ಪ್ಯಾಕೇಜ್ ಗಳನ್ನು ಇನ್ಸ್ಟಾಲ್ ಮಾಡಿ. |
|- | |- | ||
| 02:08 | | 02:08 | ||
| Line 89: | Line 89: | ||
|- | |- | ||
| 02:18 | | 02:18 | ||
| − | |Ctrl, Alt ಮತ್ತು T ಕೀಗಳನ್ನು ಒಟ್ಟಿಗೇ ಒತ್ತಿ, ಟರ್ಮಿನಲ್ ಅನ್ನು ಓಪನ್ ಮಾಡಿ. | + | |'''Ctrl, Alt''' ಮತ್ತು '''T''' ಕೀಗಳನ್ನು ಒಟ್ಟಿಗೇ ಒತ್ತಿ, ಟರ್ಮಿನಲ್ ಅನ್ನು ಓಪನ್ ಮಾಡಿ. |
|- | |- | ||
| 02:24 | | 02:24 | ||
| − | | ನಾನು ಈಗಾಗಲೇ ನನ್ನ ಸಿಸ್ಟಮ್ ನಲ್ಲಿ Python, Ipython ಮತ್ತು Biopython ಗಳನ್ನು ಇನ್ಸ್ಟಾಲ್ ಮಾಡಿದ್ದೇನೆ. | + | | ನಾನು ಈಗಾಗಲೇ ನನ್ನ ಸಿಸ್ಟಮ್ ನಲ್ಲಿ '''Python, Ipython''' ಮತ್ತು '''Biopython''' ಗಳನ್ನು ಇನ್ಸ್ಟಾಲ್ ಮಾಡಿದ್ದೇನೆ. |
|- | |- | ||
| 02:30 | | 02:30 | ||
| − | | Ipython ಇಂಟರ್ಪ್ರಿಟರ್ ಅನ್ನು (interpreter) ಆರಂಭಿಸಲು ipython ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ. | + | | '''Ipython''' ಇಂಟರ್ಪ್ರಿಟರ್ ಅನ್ನು (interpreter) ಆರಂಭಿಸಲು ipython ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ '''Enter''' ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ. |
|- | |- | ||
| 02:35 | | 02:35 | ||
| − | | ಸ್ಕ್ರೀನ್ ನ ಮೇಲೆ IPython ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ಕಾಣಿಸಿಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ. | + | | ಸ್ಕ್ರೀನ್ ನ ಮೇಲೆ '''IPython''' ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ಕಾಣಿಸಿಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ. |
|- | |- | ||
| 02:38 | | 02:38 | ||
| − | |Biopython ನ ಇನ್ಸ್ಟಲೇಶನ್ ಅನ್ನು ಪರೀಕ್ಷಿಸಲು, ಪ್ರಾಮ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ import Bio ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ. | + | |'''Biopython''' ನ ಇನ್ಸ್ಟಲೇಶನ್ ಅನ್ನು ಪರೀಕ್ಷಿಸಲು, ಪ್ರಾಮ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ '''import Bio''' ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ '''Enter''' ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ. |
|- | |- | ||
| 02:48 | | 02:48 | ||
| Line 113: | Line 113: | ||
|- | |- | ||
| 03:04 | | 03:04 | ||
| − | |ಉದಾಹರಣೆಗೆ- ಮೇಲಿನ ಸಾಲಿನಲ್ಲಿ, import ನಲ್ಲಿಯ i ಲೋವರ್ ಕೇಸ್ ನಲ್ಲಿ ಮತ್ತು Bio ದಲ್ಲಿನ B ಅಪ್ಪರ್ ಕೇಸ್ ನಲ್ಲಿ ಇವೆ. | + | |ಉದಾಹರಣೆಗೆ- ಮೇಲಿನ ಸಾಲಿನಲ್ಲಿ, '''import''' ನಲ್ಲಿಯ '''i''' ಲೋವರ್ ಕೇಸ್ ನಲ್ಲಿ ಮತ್ತು '''Bio''' ದಲ್ಲಿನ '''B''' ಅಪ್ಪರ್ ಕೇಸ್ ನಲ್ಲಿ ಇವೆ. |
|- | |- | ||
| 03:12 | | 03:12 | ||
| − | |ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ನಲ್ಲಿ ನಾವು, DNA ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ಟ್ರಾನ್ಸ್ಲೇಟ್ ಮಾಡಲು, Biopython ನ ಮಾಡ್ಯೂಲ್ ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಳ್ಳುತ್ತೇವೆ. | + | |ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ನಲ್ಲಿ ನಾವು, '''DNA'''-ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ಟ್ರಾನ್ಸ್ಲೇಟ್ ಮಾಡಲು, '''Biopython''' ನ ಮಾಡ್ಯೂಲ್ ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಳ್ಳುತ್ತೇವೆ. |
|- | |- | ||
| 03:19 | | 03:19 | ||
| Line 122: | Line 122: | ||
|- | |- | ||
| 03:22 | | 03:22 | ||
| − | |ಮೊದಲು, ಕೋಡಿಂಗ್ DNA ಸ್ಟ್ರ್ಯಾಂಡ್ ಗಾಗಿ (DNA strand), ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ (sequence object) ಅನ್ನು ರಚಿಸಿ. | + | |ಮೊದಲು, 'ಕೋಡಿಂಗ್ DNA ಸ್ಟ್ರ್ಯಾಂಡ್' ಗಾಗಿ (DNA strand), 'ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್' (sequence object) ಅನ್ನು ರಚಿಸಿ. |
|- | |- | ||
| 03:27 | | 03:27 | ||
| − | |ನಂತರ, ಕೋಡಿಂಗ್ DNA strand ಅನ್ನು mRNA ಗೆ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಶನ್ (transcription) ಮಾಡುವುದು. | + | |ನಂತರ, 'ಕೋಡಿಂಗ್ DNA strand' ಅನ್ನು '''mRNA''' ಗೆ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಶನ್ (transcription) ಮಾಡುವುದು. |
|- | |- | ||
| 03:32 | | 03:32 | ||
| − | |ಕೊನೆಯದಾಗಿ, mRNA ಅನ್ನು ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗೆ (protein sequence) ಟ್ರಾನ್ಸ್ಲೇಶನ್ (translation) ಮಾಡುವುದು. | + | |ಕೊನೆಯದಾಗಿ, '''mRNA''' ಅನ್ನು ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗೆ (protein sequence) ಟ್ರಾನ್ಸ್ಲೇಶನ್ (translation) ಮಾಡುವುದು. |
|- | |- | ||
| 03:37 | | 03:37 | ||
| − | |ನಾವು, ಈ ಸ್ಲೈಡ್ ನಲ್ಲಿ ತೋರಿಸಿದ ಕೋಡಿಂಗ್ DNA ಸ್ಟ್ರ್ಯಾಂಡ್ ಅನ್ನು ಉದಾಹರಣೆಯಾಗಿ ಬಳಸುವೆವು. | + | |ನಾವು, ಈ ಸ್ಲೈಡ್ ನಲ್ಲಿ ತೋರಿಸಿದ ಕೋಡಿಂಗ್ '''DNA''' ಸ್ಟ್ರ್ಯಾಂಡ್ ಅನ್ನು ಉದಾಹರಣೆಯಾಗಿ ಬಳಸುವೆವು. |
|- | |- | ||
| 03:42 | | 03:42 | ||
| − | |ಇದು, ಒಂದು ಸಣ್ಣ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗಾಗಿ ಕೋಡ್ ಮಾಡುತ್ತದೆ. | + | |ಇದು, ಒಂದು ಸಣ್ಣ 'ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್' ಗಾಗಿ ಕೋಡ್ ಮಾಡುತ್ತದೆ. |
|- | |- | ||
| 03:46 | | 03:46 | ||
| − | |ಮೊದಲನೇ ಹಂತವು, ಮೇಲಿನ ಕೋಡಿಂಗ್ DNA ಸ್ಟ್ರ್ಯಾಂಡ್ ಗಾಗಿ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು ರಚಿಸುವುದಾಗಿದೆ. | + | |ಮೊದಲನೇ ಹಂತವು, ಮೇಲಿನ 'ಕೋಡಿಂಗ್ DNA ಸ್ಟ್ರ್ಯಾಂಡ್' ಗಾಗಿ 'ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್' ಅನ್ನು ರಚಿಸುವುದಾಗಿದೆ. |
|- | |- | ||
| 03:52 | | 03:52 | ||
| Line 143: | Line 143: | ||
|- | |- | ||
| 03:55 | | 03:55 | ||
| − | |ಒಂದು ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು ಕ್ರಿಯೇಟ್ ಮಾಡಲು, Bio (ಬಯೊ) ಪ್ಯಾಕೇಜ್ ನಿಂದ Seq (ಎಸ್ ಇ ಕ್ಯು) ಎಂಬ ಮಾಡ್ಯೂಲ್ ಅನ್ನು ಇಂಪೋರ್ಟ್ ಮಾಡಿಕೊಳ್ಳಿ. | + | |ಒಂದು ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು ಕ್ರಿಯೇಟ್ ಮಾಡಲು, '''Bio''' (ಬಯೊ) ಪ್ಯಾಕೇಜ್ ನಿಂದ '''Seq''' (ಎಸ್ ಇ ಕ್ಯು) ಎಂಬ ಮಾಡ್ಯೂಲ್ ಅನ್ನು ಇಂಪೋರ್ಟ್ ಮಾಡಿಕೊಳ್ಳಿ. |
|- | |- | ||
| 04:02 | | 04:02 | ||
| − | | Seq ಮಾಡ್ಯೂಲ್, ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಗಳನ್ನು ಸ್ಟೋರ್ ಮಾಡಲು ಮತ್ತು ಪ್ರೊಸೆಸ್ ಮಾಡಲು ಮೆಥಡ್ ಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. | + | | '''Seq''' ಮಾಡ್ಯೂಲ್, ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಗಳನ್ನು ಸ್ಟೋರ್ ಮಾಡಲು ಮತ್ತು ಪ್ರೊಸೆಸ್ ಮಾಡಲು ಮೆಥಡ್ ಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. |
|- | |- | ||
| 04:08 | | 04:08 | ||
| − | |ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ ಹೀಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: from Bio dot Seq import Seq ಮತ್ತು Enter ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. | + | |ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ ಹೀಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: '''from Bio dot Seq import Seq''' ಮತ್ತು '''Enter''' ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. |
|- | |- | ||
| 04:17 | | 04:17 | ||
| Line 155: | Line 155: | ||
|- | |- | ||
| 04:24 | | 04:24 | ||
| − | |ಅಂದರೆ, ಈ ಅಲ್ಫಾಬೆಟ್ ಗಳ ಸಾಲು, nucleotides (ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಸ್) ಗಾಗಿ ಅಥವಾ amino acids (ಅಮೈನೊ ಅಸಿಡ್ಸ್) ಗಾಗಿ ಕೋಡ್ ಮಾಡುತ್ತದೆ ಎಂಬುದನ್ನು ಸೂಚಿಸಬೇಕು. | + | |ಅಂದರೆ, ಈ ಅಲ್ಫಾಬೆಟ್ ಗಳ ಸಾಲು, '''nucleotides''' (ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಸ್) ಗಾಗಿ ಅಥವಾ '''amino acids''' (ಅಮೈನೊ ಅಸಿಡ್ಸ್) ಗಾಗಿ ಕೋಡ್ ಮಾಡುತ್ತದೆ ಎಂಬುದನ್ನು ಸೂಚಿಸಬೇಕು. |
|- | |- | ||
| 04:32 | | 04:32 | ||
| − | | ಇದನ್ನು ಮಾಡಲು, ನಾವು Alphabet (ಅಲ್ಫಾಬೆಟ್) ಪ್ಯಾಕೇಜ್ ನಿಂದ IUPAC (ಐಯುಪಿಎಸಿ) ಎಂಬ ಮೊಡ್ಯೂಲ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುವೆವು. | + | | ಇದನ್ನು ಮಾಡಲು, ನಾವು '''Alphabet''' (ಅಲ್ಫಾಬೆಟ್) ಪ್ಯಾಕೇಜ್ ನಿಂದ '''IUPAC''' (ಐಯುಪಿಎಸಿ) ಎಂಬ ಮೊಡ್ಯೂಲ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುವೆವು. |
|- | |- | ||
| 04:38 | | 04:38 | ||
| − | | ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ, ಹೀಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: from Bio dot Alphabet import IUPAC | + | | ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ, ಹೀಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: '''from Bio dot Alphabet import IUPAC'''ಮತ್ತು '''Enter''' ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. |
|- | |- | ||
| 04:48 | | 04:48 | ||
| − | | ನಾವು Seq ಮತ್ತು IUPAC ಮಾಡ್ಯೂಲ್ ಗಳನ್ನು | + | | ನಾವು '''Seq''' ಮತ್ತು '''IUPAC''' ಮಾಡ್ಯೂಲ್ ಗಳನ್ನು ಲೋಡ್ ಮಾಡಲು, '''import''' ಮತ್ತು '''from''' ಸ್ಟೇಟ್ಮೆಂಟ್ ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿದ್ದೇವೆ ಎಂಬುದನ್ನು ಗಮನಿಸಿ. |
|- | |- | ||
| 04:56 | | 04:56 | ||
| − | |ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು, cdna ಎಂಬ ವೇರಿಯೇಬಲ್ ನಲ್ಲಿ ಸ್ಟೋರ್ ಮಾಡಿ. | + | |ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು, '''cdna''' ಎಂಬ ವೇರಿಯೇಬಲ್ ನಲ್ಲಿ ಸ್ಟೋರ್ ಮಾಡಿ. |
|- | |- | ||
| 05:01 | | 05:01 | ||
| − | |ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ, ಒಂದು ಸಾಮಾನ್ಯ ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್ ನಂತೆ ಇದನ್ನು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: cdna equal to Seq. | + | |ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ, ಒಂದು ಸಾಮಾನ್ಯ ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್ ನಂತೆ ಇದನ್ನು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: '''cdna equal to Seq'''. |
|- | |- | ||
| 05:08 | | 05:08 | ||
| Line 176: | Line 176: | ||
|- | |- | ||
| 05:13 | | 05:13 | ||
| − | |ನಮ್ಮ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್, ಒಂದು DNA ದ | + | |ನಮ್ಮ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್, ಒಂದು '''DNA''' ದ ಭಾಗವಾಗಿದೆ ಎಂದು ನಮಗೆ ಗೊತ್ತಿದೆ. ಆದ್ದರಿಂದ, ಹೀಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: '''unambiguous DNA'''. ಅಲ್ಫಾಬೆಟ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್, ಒಂದು ಆರ್ಗ್ಯುಮೆಂಟ್ ಆಗಿದೆ. |
|- | |- | ||
| 05:21 | | 05:21 | ||
| Line 182: | Line 182: | ||
|- | |- | ||
| 05:26 | | 05:26 | ||
| − | | ಔಟ್ಪುಟ್, DNA ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು, ಒಂದು ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ನಂತೆ ತೋರಿಸುತ್ತದೆ. | + | | ಔಟ್ಪುಟ್, '''DNA''' ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು, ಒಂದು 'ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್' ನಂತೆ ತೋರಿಸುತ್ತದೆ. |
|- | |- | ||
| 05:30 | | 05:30 | ||
| − | | “ಕೋಡಿಂಗ್ DNA ಸ್ಟ್ರ್ಯಾಂಡ್” ಅನ್ನು ಅದಕ್ಕೆ ಅನುಗುಣವಾದ mRNA ಗೆ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರೈಬ್ (transcribe) ಮಾಡೋಣ. | + | | “ಕೋಡಿಂಗ್ DNA ಸ್ಟ್ರ್ಯಾಂಡ್” ಅನ್ನು ಅದಕ್ಕೆ ಅನುಗುಣವಾದ '''mRNA''' ಗೆ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರೈಬ್ (transcribe) ಮಾಡೋಣ. |
|- | |- | ||
| 05:35 | | 05:35 | ||
| − | | ನಾವು Seq ಮಾಡ್ಯೂಲ್ ನ ಒಂದು ಭಾಗವಾದ | + | | ನಾವು '''Seq''' ಮಾಡ್ಯೂಲ್ ನ ಒಂದು ಭಾಗವಾದ '''transcribe''' ಎಂಬ ವಿಧಾನವನ್ನು ಬಳಸುವೆವು. |
|- | |- | ||
| 05:39 | | 05:39 | ||
| Line 194: | Line 194: | ||
|- | |- | ||
| 05:41 | | 05:41 | ||
| − | | ಔಟ್ಪುಟ್ ಅನ್ನು mrna ಎಂಬ ವೇರಿಯೇಬಲ್ ನಲ್ಲಿ ಸ್ಟೋರ್ ಮಾಡಿ. | + | | ಔಟ್ಪುಟ್ ಅನ್ನು '''mrna''' ಎಂಬ ವೇರಿಯೇಬಲ್ ನಲ್ಲಿ ಸ್ಟೋರ್ ಮಾಡಿ. |
|- | |- | ||
| 05:45 | | 05:45 | ||
| − | |ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ ಹೀಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: mrna equal to cdna dot transcribe open and close parentheses ಮತ್ತು Enter ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. | + | |ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ ಹೀಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: '''mrna equal to cdna dot transcribe open and close parentheses''' ಮತ್ತು '''Enter''' ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. |
|- | |- | ||
| 05:55 | | 05:55 | ||
| − | |ಔಟ್ಪುಟ್ ಗಾಗಿ, mrna ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ, Enter ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. | + | |ಔಟ್ಪುಟ್ ಗಾಗಿ, '''mrna''' ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ, '''Enter''' ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. |
|- | |- | ||
| 06:01 | | 06:01 | ||
Revision as of 11:22, 23 December 2017
| |
|
|---|---|
| 00:01 | Introduction to Biopython ಎಂಬ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಗೆ ಸ್ವಾಗತ. |
| 00:05 | ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ನಲ್ಲಿ ನಾವು: ಬಯೋಪೈಥನ್ ನ ಮುಖ್ಯ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳು, |
| 00:10 | ಲಿನಕ್ಸ್ ಆಪರೇಟಿಂಗ್ ಸಿಸ್ಟಂ ನಲ್ಲಿ ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಿ, ಇನ್ಸ್ಟಾಲ್ ಮಾಡುವ ಬಗ್ಗೆ ಮಾಹಿತಿ, |
| 00:15 | ಮತ್ತು ಬಯೋಪೈಥನ್ ನ ಟೂಲ್ಸ್ ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿ, DNA ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ಪ್ರೊಟೀನ್ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗೆ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಲೇಶನ್ (translation) ಮಾಡುವುದು ಇವುಗಳನ್ನು ಕಲಿಯುವೆವು. |
| 00:22 | ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಅನ್ನು ಅರ್ಥ ಮಾಡಿಕೊಳ್ಳಲು, ನೀವು: |
| 00:25 | ಪದವಿಪೂರ್ವ ಮಟ್ಟದ ಬಯೋಕೆಮಿಸ್ಟ್ರಿ ಅಥವಾ ಬಯೋ-ಇನ್ಫರ್ಮೆಟಿಕ್ಸ್ (Bioinformatics) |
| 00:29 | ಮತ್ತು ಬೇಸಿಕ್ ಪೈಥಾನ್ ಪ್ರೊಗ್ರಾಮಿಂಗ್ ಇವುಗಳನ್ನು ತಿಳಿದಿರಬೇಕು. |
| 00:31 | ಪೈಥಾನ್ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಗಳಿಗಾಗಿ ಇಲ್ಲಿ ಕೊಟ್ಟಿರುವ ಲಿಂಕ್ ಅನ್ನು ನೋಡಿ. |
| 00:35 | ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಅನ್ನು ರೆಕಾರ್ಡ್ ಮಾಡಲು, ನಾನು: Ubuntu OS ನ 12.04 ನೇ ಆವೃತ್ತಿ, |
| 00:41 | Python ನ 2.7.3 ನೇ ಆವೃತ್ತಿ, |
| 00:44 | Ipython ನ 0.12.1 ನೇ ಆವೃತ್ತಿ ಮತ್ತು |
| 00:48 | Biopython ನ 1.58 ನೇ ಆವೃತ್ತಿ, ಇವುಗಳನ್ನು ಬಳಸಿದ್ದೇನೆ. |
| 00:51 | ಬಯೋಪೈಥನ್, ಕಾಂಪ್ಯುಟೇಶನಲ್ ಬಯಾಲಜಿಗಾಗಿ ಇರುವ ಮೊಡ್ಯೂಲ್ ಗಳ ಒಂದು ಸಂಗ್ರಹವಾಗಿದೆ. |
| 00:57 | ಇದು ಬಯೋ-ಇನ್ಫರ್ಮೆಟಿಕ್ಸ್ ಗೆ ಬೇಕಾಗುವ, ಮೂಲಭೂತ ಮತ್ತು ಸುಧಾರಿತ ಕಾರ್ಯಗಳನ್ನು ಮಾಡಬಲ್ಲದು. |
| 01:03 | ಬಯೋಪೈಥನ್ ಟೂಲ್ ಗಳನ್ನು: |
| 01:05 | ಪಾರ್ಸಿಂಗ್- ಎಂದರೆ, FASTA, Genbank ಮುಂತಾದ ವಿವಿಧ ರೀತಿಯ ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ಗಳಿಂದ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಪಡೆಯಲು, |
| 01:14 | NCBI, ExPASY ಗಳಂತಹ ಡೇಟಾಬೇಸ್ ವೆಬ್ಸೈಟ್ ಗಳಿಂದ, ಡೇಟಾ ಅನ್ನು ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಲು ಮತ್ತು |
| 01:22 | BLAST ನಂತಹ ಬಯೊ-ಇನ್ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ ಅಲ್ಗಾರಿದಮ್ ಅನ್ನು ರನ್ ಮಾಡಲು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. |
| 01:26 | ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗಳ ಮೇಲೆ, ಸಾಮಾನ್ಯ ಕಾರ್ಯಾಚರಣೆಗಳನ್ನು ನಿರ್ವಹಿಸಲು, ಇದು ಟೂಲ್ ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ. |
| 01:31 | ಉದಾಹರಣೆಗೆ - ಕಾಂಪ್ಲಿಮೆಂಟ್ಸ್, ಟ್ರ್ಯಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಷನ್ (transcription), ಟ್ರ್ಯಾನ್ಸ್ಲೇಶನ್ ಇತ್ಯಾದಿಗಳನ್ನು ಪಡೆಯುವುದು. |
| 01:38 | ಅಲೈನ್ಮೆಂಟ್ ಗಳನ್ನು ಮಾಡಲು ಮತ್ತು ಕಠಿಣವಾದ ಕಾರ್ಯಗಳನ್ನು ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಪ್ರೊಸೆಸ್ ಗಳನ್ನಾಗಿ ವಿಭಾಗಿಸುವ ಕೋಡ್ ನ್ನು ಸಹ ಇದು ಹೊಂದಿದೆ. |
| 01:46 | ಡೌನ್ಲೋಡ್ ನ ಬಗೆಗೆ ಮಾಹಿತಿ: |
| 01:48 | ಬಯೋಪೈಥನ್ ಪ್ಯಾಕೇಜ್, ಪೈಥಾನ್ ಡಿಸ್ಟ್ರಿಬ್ಯೂಶನ್ ನ ಭಾಗವಲ್ಲ. ಇದನ್ನು ಪ್ರತ್ಯೇಕವಾಗಿ ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಬೇಕು. |
| 01:54 | ಇದರ ಬಗ್ಗೆ ವಿವರಗಳಿಗಾಗಿ ಕೆಳಗಿನ ಲಿಂಕ್ ಅನ್ನು ನೋಡಿ. |
| 01:59 | Linux ಸಿಸ್ಟಮ್ ನಲ್ಲಿ ಇನ್ಸ್ಟಲೇಶನ್ ಮಾಡುವ ಬಗ್ಗೆ ಮಾಹಿತಿ: |
| 02:02 | Synaptic Package Manager (ಸಿನಾಪ್ಟಿಕ್ ಪ್ಯಾಕೇಜ್ ಮ್ಯಾನೇಜರ್) ಅನ್ನು ಉಪಯೋಗಿಸಿ Python ( ಪೈಥನ್), Ipython (ಐ ಪೈಥನ್) ಮತ್ತು Biopython ಪ್ಯಾಕೇಜ್ ಗಳನ್ನು ಇನ್ಸ್ಟಾಲ್ ಮಾಡಿ. |
| 02:08 | ಇದಕ್ಕೆ ಅಗತ್ಯವಿರುವ ಸಾಫ್ಟ್ ವೇರ್ ಗಳು ತಾವಾಗಿಯೇ ಇನ್ಸ್ಟಾಲ್ ಆಗುತ್ತವೆ. |
| 02:13 | ’ಗ್ರಾಫಿಕ್ ಔಟ್ಪುಟ್’ ಮತ್ತು ‘ಪ್ಲಾಟ್’ ಗಳಿಗಾಗಿ, ಇನ್ನೂ ಹಲವು ಪ್ಯಾಕೇಜ್ ಗಳನ್ನು ಇನ್ಸ್ಟಾಲ್ ಮಾಡಬೇಕು. |
| 02:18 | Ctrl, Alt ಮತ್ತು T ಕೀಗಳನ್ನು ಒಟ್ಟಿಗೇ ಒತ್ತಿ, ಟರ್ಮಿನಲ್ ಅನ್ನು ಓಪನ್ ಮಾಡಿ. |
| 02:24 | ನಾನು ಈಗಾಗಲೇ ನನ್ನ ಸಿಸ್ಟಮ್ ನಲ್ಲಿ Python, Ipython ಮತ್ತು Biopython ಗಳನ್ನು ಇನ್ಸ್ಟಾಲ್ ಮಾಡಿದ್ದೇನೆ. |
| 02:30 | Ipython ಇಂಟರ್ಪ್ರಿಟರ್ ಅನ್ನು (interpreter) ಆರಂಭಿಸಲು ipython ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ. |
| 02:35 | ಸ್ಕ್ರೀನ್ ನ ಮೇಲೆ IPython ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ಕಾಣಿಸಿಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ. |
| 02:38 | Biopython ನ ಇನ್ಸ್ಟಲೇಶನ್ ಅನ್ನು ಪರೀಕ್ಷಿಸಲು, ಪ್ರಾಮ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ import Bio ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ. |
| 02:48 | ನಿಮಗೆ ಯಾವುದೇ ಎರರ್ ಮೆಸೇಜ್ ಸಿಗದಿದ್ದಲ್ಲಿ, ಬಯೋಪೈಥನ್ ಇನ್ಸ್ಟಾಲ್ ಆಗಿದೆ ಎಂದುಕೊಳ್ಳಿ. |
| 02:54 | ಪೈಥನ್ ಲ್ಯಾಂಗ್ವೇಜ್, ಕೇಸ್ ಸೆನ್ಸಿಟಿವ್ ಆಗಿದೆ ಎಂದು ಇಲ್ಲಿ ನಿಮಗೆ ನೆನಪಿಸುತ್ತಿದ್ದೇನೆ. |
| 02:59 | ಕೀವರ್ಡ್ ಗಳು, ವೇರಿಯೇಬಲ್ ಗಳು ಅಥವಾ ಫಂಕ್ಷನ್ ಗಳನ್ನು ಟೈಪ್ ಮಾಡುವಾಗ ಇದನ್ನು ನೆನಪಿನಲ್ಲಿಡಿ. |
| 03:04 | ಉದಾಹರಣೆಗೆ- ಮೇಲಿನ ಸಾಲಿನಲ್ಲಿ, import ನಲ್ಲಿಯ i ಲೋವರ್ ಕೇಸ್ ನಲ್ಲಿ ಮತ್ತು Bio ದಲ್ಲಿನ B ಅಪ್ಪರ್ ಕೇಸ್ ನಲ್ಲಿ ಇವೆ. |
| 03:12 | ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ನಲ್ಲಿ ನಾವು, DNA-ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ಟ್ರಾನ್ಸ್ಲೇಟ್ ಮಾಡಲು, Biopython ನ ಮಾಡ್ಯೂಲ್ ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಳ್ಳುತ್ತೇವೆ. |
| 03:19 | ಇದು, ಈ ಕೆಳಗಿನ ಹಂತಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುತ್ತದೆ. |
| 03:22 | ಮೊದಲು, 'ಕೋಡಿಂಗ್ DNA ಸ್ಟ್ರ್ಯಾಂಡ್' ಗಾಗಿ (DNA strand), 'ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್' (sequence object) ಅನ್ನು ರಚಿಸಿ. |
| 03:27 | ನಂತರ, 'ಕೋಡಿಂಗ್ DNA strand' ಅನ್ನು mRNA ಗೆ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಶನ್ (transcription) ಮಾಡುವುದು. |
| 03:32 | ಕೊನೆಯದಾಗಿ, mRNA ಅನ್ನು ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗೆ (protein sequence) ಟ್ರಾನ್ಸ್ಲೇಶನ್ (translation) ಮಾಡುವುದು. |
| 03:37 | ನಾವು, ಈ ಸ್ಲೈಡ್ ನಲ್ಲಿ ತೋರಿಸಿದ ಕೋಡಿಂಗ್ DNA ಸ್ಟ್ರ್ಯಾಂಡ್ ಅನ್ನು ಉದಾಹರಣೆಯಾಗಿ ಬಳಸುವೆವು. |
| 03:42 | ಇದು, ಒಂದು ಸಣ್ಣ 'ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್' ಗಾಗಿ ಕೋಡ್ ಮಾಡುತ್ತದೆ. |
| 03:46 | ಮೊದಲನೇ ಹಂತವು, ಮೇಲಿನ 'ಕೋಡಿಂಗ್ DNA ಸ್ಟ್ರ್ಯಾಂಡ್' ಗಾಗಿ 'ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್' ಅನ್ನು ರಚಿಸುವುದಾಗಿದೆ. |
| 03:52 | ನಾವು ಟರ್ಮಿನಲ್ ಗೆ ಹಿಂದಿರುಗೋಣ. |
| 03:55 | ಒಂದು ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು ಕ್ರಿಯೇಟ್ ಮಾಡಲು, Bio (ಬಯೊ) ಪ್ಯಾಕೇಜ್ ನಿಂದ Seq (ಎಸ್ ಇ ಕ್ಯು) ಎಂಬ ಮಾಡ್ಯೂಲ್ ಅನ್ನು ಇಂಪೋರ್ಟ್ ಮಾಡಿಕೊಳ್ಳಿ. |
| 04:02 | Seq ಮಾಡ್ಯೂಲ್, ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಗಳನ್ನು ಸ್ಟೋರ್ ಮಾಡಲು ಮತ್ತು ಪ್ರೊಸೆಸ್ ಮಾಡಲು ಮೆಥಡ್ ಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. |
| 04:08 | ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ ಹೀಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: from Bio dot Seq import Seq ಮತ್ತು Enter ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. |
| 04:17 | ನಂತರ, ನಿಮ್ಮ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು ರಚಿಸುವಾಗ, ಸ್ಟ್ರ್ಯಾಂಡ್ ನಲ್ಲಿಯ ಅಲ್ಫಾಬೆಟ್ ಗಳನ್ನು ಸ್ಪಷ್ಟವಾಗಿ ಸೂಚಿಸಿ. |
| 04:24 | ಅಂದರೆ, ಈ ಅಲ್ಫಾಬೆಟ್ ಗಳ ಸಾಲು, nucleotides (ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಸ್) ಗಾಗಿ ಅಥವಾ amino acids (ಅಮೈನೊ ಅಸಿಡ್ಸ್) ಗಾಗಿ ಕೋಡ್ ಮಾಡುತ್ತದೆ ಎಂಬುದನ್ನು ಸೂಚಿಸಬೇಕು. |
| 04:32 | ಇದನ್ನು ಮಾಡಲು, ನಾವು Alphabet (ಅಲ್ಫಾಬೆಟ್) ಪ್ಯಾಕೇಜ್ ನಿಂದ IUPAC (ಐಯುಪಿಎಸಿ) ಎಂಬ ಮೊಡ್ಯೂಲ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುವೆವು. |
| 04:38 | ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ, ಹೀಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: from Bio dot Alphabet import IUPACಮತ್ತು Enter ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. |
| 04:48 | ನಾವು Seq ಮತ್ತು IUPAC ಮಾಡ್ಯೂಲ್ ಗಳನ್ನು ಲೋಡ್ ಮಾಡಲು, import ಮತ್ತು from ಸ್ಟೇಟ್ಮೆಂಟ್ ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿದ್ದೇವೆ ಎಂಬುದನ್ನು ಗಮನಿಸಿ. |
| 04:56 | ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್ ಅನ್ನು, cdna ಎಂಬ ವೇರಿಯೇಬಲ್ ನಲ್ಲಿ ಸ್ಟೋರ್ ಮಾಡಿ. |
| 05:01 | ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ, ಒಂದು ಸಾಮಾನ್ಯ ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್ ನಂತೆ ಇದನ್ನು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: cdna equal to Seq. |
| 05:08 | ಈ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು, ಡಬಲ್-ಕೋಟ್ಸ್ ಮತ್ತು ಬ್ರ್ಯಾಕೆಟ್ಸ್ ಒಳಗೆ ಇರಿಸಿ. |
| 05:13 | ನಮ್ಮ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್, ಒಂದು DNA ದ ಭಾಗವಾಗಿದೆ ಎಂದು ನಮಗೆ ಗೊತ್ತಿದೆ. ಆದ್ದರಿಂದ, ಹೀಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: unambiguous DNA. ಅಲ್ಫಾಬೆಟ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್, ಒಂದು ಆರ್ಗ್ಯುಮೆಂಟ್ ಆಗಿದೆ. |
| 05:21 | ಔಟ್ಪುಟ್ ಗಾಗಿ, “cdna” ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ ಮತ್ತು Enter ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. |
| 05:26 | ಔಟ್ಪುಟ್, DNA ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು, ಒಂದು 'ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್' ನಂತೆ ತೋರಿಸುತ್ತದೆ. |
| 05:30 | “ಕೋಡಿಂಗ್ DNA ಸ್ಟ್ರ್ಯಾಂಡ್” ಅನ್ನು ಅದಕ್ಕೆ ಅನುಗುಣವಾದ mRNA ಗೆ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರೈಬ್ (transcribe) ಮಾಡೋಣ. |
| 05:35 | ನಾವು Seq ಮಾಡ್ಯೂಲ್ ನ ಒಂದು ಭಾಗವಾದ transcribe ಎಂಬ ವಿಧಾನವನ್ನು ಬಳಸುವೆವು. |
| 05:39 | ಈ ಕೆಳಗಿನ ಕೋಡ್ ಅನ್ನು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ. |
| 05:41 | ಔಟ್ಪುಟ್ ಅನ್ನು mrna ಎಂಬ ವೇರಿಯೇಬಲ್ ನಲ್ಲಿ ಸ್ಟೋರ್ ಮಾಡಿ. |
| 05:45 | ಪ್ರಾಂಪ್ಟ್ ನಲ್ಲಿ ಹೀಗೆ ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: mrna equal to cdna dot transcribe open and close parentheses ಮತ್ತು Enter ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. |
| 05:55 | ಔಟ್ಪುಟ್ ಗಾಗಿ, mrna ಎಂದು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ, Enter ಅನ್ನು ಒತ್ತಿ. |
| 06:01 | ಔಟ್ಪುಟ್ ಅನ್ನು ಗಮನಿಸಿ. transcribe ಮೆಥಡ್, DNA ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ನಲ್ಲಿರುವ Thiamin ಅನ್ನು (ಥಯಾಮಿನ್), Uracil (ಯುರಸಿಲ್) ನಿಂದ ಬದಲಾಯಿಸಿದೆ. |
| 06:09 | ನಂತರ, ಈ mRNA ಯನ್ನು ಅದರ protein ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗೆ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಲೇಟ್ ಮಾಡಲು, translate ಮೆಥಡ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿ. |
| 06:16 | ಈ ಕೆಳಗಿನ ಕೋಡ್ ಅನ್ನು ಟೈಪ್ ಮಾಡಿ: protein equal to mrna dot translate open and close parentheses. Enter ಕೀಯನ್ನು ಒತ್ತಿ. |
| 06:27 | ಸ್ಪಷ್ಟವಾಗಿ ಸೂಚಿಸದಿದ್ದರೆ, translate ಮೆಥಡ್, RNA ಅಥವಾ DNA ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ‘ಸ್ಟ್ಯಾಂಡರ್ಡ್ ಜನೆಟಿಕ್ ಕೋಡ್’ ಅನ್ನು ಉಪಯೋಗಿಸಿ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಲೇಟ್ ಮಾಡುತ್ತದೆ. |
| 06:36 | ಔಟ್ಪುಟ್, ಒಂದು ‘ಅಮೈನೊ ಆಸಿಡ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್’ ಅನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ. |
| 06:40 | ಔಟ್ಪುಟ್, ಟ್ರಾನ್ಸ್ಲೇಟ್ ಮಾಡಲಾದ ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ನಲ್ಲಿ, stop codons (ಸ್ಟಾಪ್ ಕೋಡಾನ್ಸ್) ನ ಇರುವಿಕೆಯ ಬಗ್ಗೆ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಸಹ ತೋರಿಸುತ್ತದೆ. |
| 06:47 | ‘ಪ್ರೊಟೀನ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್’ ನ ಕೊನೆಯಲ್ಲಿರುವ ಆಸ್ಟೆರಿಸ್ಕ್ ಅನ್ನು (*) ಗಮನಿಸಿ. ಇದು 'ಸ್ಟಾಪ್ ಕೋಡಾನ್' ಅನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. |
| 06:53 | ಮೇಲಿನ ಕೋಡ್ ನಲ್ಲಿ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಷನ್ ಗಾಗಿ, ನಾವು ‘ಕೋಡಿಂಗ್ DNA ಸ್ಟ್ರಾಂಡ್’ ಅನ್ನು ಬಳಸಿದ್ದೇವೆ. |
| 06:59 | ಬಯೋಪೈಥನ್ ನಲ್ಲಿ, ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರೈಬ್ (transcribe) ಮೆಥಡ್, ‘ಕೋಡಿಂಗ್ DNA ಸ್ಟ್ರಾಂಡ್’ ನ ಮೇಲೆ ಮಾತ್ರ ಕೆಲಸ ಮಾಡುತ್ತದೆ. |
| 07:04 | ಆದಾಗ್ಯೂ, ನೈಜ ಜೈವಿಕ ಸಿಸ್ಟಂ ಗಳಲ್ಲಿ, ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಷನ್ (transcription) ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯು ‘ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್ ಸ್ಟ್ರಾಂಡ್’ ನೊಂದಿಗೆ ಆರಂಭವಾಗುತ್ತದೆ. |
| 07:11 | ಒಂದುವೇಳೆ, ನೀವು ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್ ಸ್ಟ್ರ್ಯಾಂಡ್ ನೊಂದಿಗೆ ಆರಂಭಿಸುತ್ತಿದ್ದರೆ, ಅದನ್ನು ಟರ್ಮಿನಲ್ನಲ್ಲಿ ತೋರಿಸಿರುವಂತೆ, ‘ರಿವರ್ಸ್ ಕಾಂಪ್ಲಿಮೆಂಟ್ ಮೆಥಡ್’ ಅನ್ನು ಬಳಸಿ, ‘ಕೋಡಿಂಗ್ ಸ್ಟ್ರಾಂಡ್’ ಗೆ ಪರಿವರ್ತಿಸಿ. |
| 07:20 | ‘ಕೋಡಿಂಗ್ ಸ್ಟ್ರ್ಯಾಂಡ್’ ಗಾಗಿ, ಮೇಲೆ ತೋರಿಸಿದಂತೆ ಉಳಿದ ಕೋಡ್ ಅನ್ನು ಅನುಸರಿಸಿ. |
| 07:24 | ಬಯೊಪೈಥಾನ್ ನಲ್ಲಿಯ ಮೆಥಡ್ ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿ, ನಾವು ಒಂದು ‘ಡಿಎನ್ಎ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್’ ಅನ್ನು ‘ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್’ ಗೆ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಲೇಟ್ ಮಾಡಿದ್ದೇವೆ. |
| 07:31 | ಈ ಕೋಡ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿ, ಯಾವುದೇ ಅಳತೆಯ ‘ಡಿಎನ್ಎ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್’ ಅನ್ನು, ‘ಪ್ರೊಟೀನ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್’ ಗೆ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಲೇಟ್ ಮಾಡಬಹುದು. |
| 07:37 | ಸಂಕ್ಷಿಪ್ತವಾಗಿ, ಈ ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ನಲ್ಲಿ ನಾವು: |
| 07:41 | ಬಯೋಪೈಥನ್ ನ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳು, |
| 07:43 | Linux OS ನಲ್ಲಿ, ಇದನ್ನು ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮತ್ತು ಇನ್ಸ್ಟಾಲ್ ಮಾಡುವ ಬಗ್ಗೆ ಮಾಹಿತಿ, |
| 07:48 | ಕೊಟ್ಟಿರುವ ‘DNA ಸ್ಟ್ರ್ಯಾಂಡ್’ ಗಾಗಿ, ಒಂದು ‘ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್’ ಅನ್ನು ರಚಿಸುವುದು, |
| 07:52 | DNA ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್ ನಿಂದ, mRNA ಗೆ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಷನ್ (transcription) ಮಾಡುವುದು |
| 07:56 | mRNA ನಿಂದ, ಪ್ರೊಟೀನ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಗೆ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಲೇಟ್ ಮಾಡುವುದು ಇವುಗಳನ್ನು ಕಲಿತಿದ್ದೇವೆ. |
| 08:00 | ಈಗ, ಅಸೈನ್ಮೆಂಟ್ ಗಾಗಿ - |
| 08:02 | ಕೊಟ್ಟಿರುವ ‘DNA ಸಿಕ್ವೆನ್ಸ್’ ಅನ್ನು, ‘ಪ್ರೊಟೀನ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್’ ಗೆ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಲೇಟ್ ಮಾಡಿ. |
| 08:06 | ಔಟ್ಪುಟ್ ಅನ್ನು ಗಮನಿಸಿ. |
| 08:08 | ಪ್ರೊಟೀನ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್, ತನ್ನೊಳಗೆ ಒಂದು stop codon ಅನ್ನು (ಸ್ಟಾಪ್ ಕೋಡಾನ್) ಹೊಂದಿದೆ. |
| 08:11 | ಪ್ರಕೃತಿಯಲ್ಲಿ ಆಗುವಂತೆ, ಮೊದಲನೆಯ ‘ಇನ್- ಫ್ರೇಮ್ ಸ್ಟಾಪ್ ಕೋಡಾನ್’ ವರೆಗೆ, DNA ಅನ್ನು ಟ್ರಾನ್ಸ್ಲೇಟ್ ಮಾಡಿ. |
| 08:17 | ನಿಮ್ಮ ಪೂರ್ಣಗೊಂಡ ಅಸೈನ್ಮೆಂಟ್, ಈ ಕೆಳಗಿನ ಕೋಡ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿರಬೇಕು. |
| 08:20 | ನಾವು translate() ಮೆಥಡ್ ನಲ್ಲಿ, ‘to underscore stop’ ಎಂಬ ಆರ್ಗ್ಯುಮೆಂಟ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿರುವುದನ್ನು ಗಮನಿಸಿ. ಔಟ್ಪುಟ್ ಅನ್ನು ಗಮನಿಸಿ. |
| 08:27 | ‘stop codon’ (ಸ್ಟಾಪ್ ಕೋಡಾನ್), ಟ್ರ್ಯಾನ್ಸ್ಲೇಟ್ ಆಗಿಲ್ಲ. |
| 08:31 | ನಿಮ್ಮ ‘ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್’ ನ ಕೊನೆಯಲ್ಲಿ, stop ಚಿಹ್ನೆಯನ್ನು ಸೇರಿಸಲಾಗಿಲ್ಲ. |
| 08:36 | ಈ ವೀಡಿಯೋ, ಸ್ಪೋಕನ್-ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಪ್ರೊಜೆಕ್ಟ್ ನ ಸಾರಾಂಶವಾಗಿದೆ. |
| 08:39 | ನಿಮಗೆ ಒಳ್ಳೆಯ ಬ್ಯಾಂಡ್ವಿಡ್ತ್ ಸಿಗದಿದ್ದರೆ, ನೀವು ಇದನ್ನು ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಿ ನೋಡಬಹುದು. |
| 08:43 | ಸ್ಪೋಕನ್-ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಪ್ರೊಜೆಕ್ಟ್ ತಂಡವು:
|
| 08:50 | ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಾಹಿತಿಗಾಗಿ, ದಯವಿಟ್ಟು ನಮಗೆ ಬರೆಯಿರಿ. |
| 08:53 | ಸ್ಪೋಕನ್-ಟ್ಯುಟೋರಿಯಲ್ ಪ್ರೊಜೆಕ್ಟ್, NMEICT, MHRD, ಭಾರತ ಸರ್ಕಾರದ ಆಧಾರವನ್ನು ಪಡೆದಿದೆ. |
| 08:59 | ಈ ಮಿಶನ್ ನ ಬಗ್ಗೆ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಾಹಿತಿಯು ಕೆಳಗಿನ ಲಿಂಕ್ ನಲ್ಲಿ ದೊರೆಯುತ್ತದೆ. |
| 09:03 | ಈ ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟ್ ನ ಅನುವಾದಕಿ ಚೇತನಾ ಮತ್ತು ಧ್ವನಿ --------.
ಧನ್ಯವಾದಗಳು. |
