Difference between revisions of "UCSF-Chimera/C2/Surface-Properties/Gujarati"
From Script | Spoken-Tutorial
Shivanigada (Talk | contribs) (Created page with "{| border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- | 00:01 | '''Chimera'''માં '''Surface Properties''' પરના આ સ્પોકન ટ્યુ...") |
Shivanigada (Talk | contribs) |
||
| Line 107: | Line 107: | ||
| 02:59 | | 02:59 | ||
| પ્રોટીનને તેમના મોલેક્યુલર સરફેસ દ્વારા પ્રસ્તુત કરવું એ પ્રોટીન ફોલ્ડિંગના અભ્યાસ માટે | | પ્રોટીનને તેમના મોલેક્યુલર સરફેસ દ્વારા પ્રસ્તુત કરવું એ પ્રોટીન ફોલ્ડિંગના અભ્યાસ માટે | ||
| + | |||
|- | |- | ||
| 03:06 | | 03:06 | ||
| Line 150: | Line 151: | ||
|- | |- | ||
| 03:57 | | 03:57 | ||
| − | | | + | | '''negative potential''' માટે લાલ રંગ. '''positive potential''' માટે ભૂરો રંગ. અને સફેદ ન્યુટ્રલ માટે. |
|- | |- | ||
Revision as of 17:24, 29 November 2017
| |
|
|---|---|
| 00:01 | Chimeraમાં Surface Properties પરના આ સ્પોકન ટ્યુટોરીઅલમાં તમારું સ્વાગત છે. |
| 00:06 | આ ટ્યુટોરીઅલમાં,આપણે શીખીશું કે પ્રોટીન અને DNA સ્ટ્રક્ચર્સ માટેના સરફેસિસ(સપાટીઓ) કેવી રીતે બતાવાય. |
| 00:12 | પ્રોટીન સરફેસની ઈમેજીસ બનાવો જે Amino acid hydrophobicity અને Electrostatic Potential દ્વારા રંગેલા હોય. |
| 00:22 | આ ટ્યુટોરીઅલને અનુસરવા તમે Chimera interfaceના જાણકાર હોવા જરૂરી છો. જો તમે ન હોવ,તો તેને લગતા ટ્યૂટોરિઅલ્સ માટે અમારા વેબસાઈટની મુલાકાત લો. |
| 00:33 | અહીં હું ઉપયોગમાં લઇ રહી છું : Ubuntu OS version 14.04, Chimera 1.10.2 |
| 00:42 | Mozilla firefox browser 42.0 અને કાર્યરત ઇન્ટરનેટ કનેક્શન. |
| 00:49 | અહીં મેં Chimera વિન્ડો ખોલી રાખી છે. |
| 00:52 | કમાન્ડ લાઈનના ઉપયોગથી RTX CPD toxin નું સ્ટ્રક્ચર ખોલો. |
| 00:58 | Favorites મેનુ દ્વારા command line ખોલો. |
| 01:02 | On the command line ટેક્સ્ટ બોક્સ ઉપર ટાઈપ કરો : Open space 3eeb |
| 01:10 | 3eeb એ RTX CPD toxin માટેનો pdb code છે. એન્ટર દબાવો. |
| 01:18 | પેનલ ઉપર તેનું પ્રોટીન સ્ટ્રક્ચર દૃશ્યમાન થાય છે. તે પ્રોટીનની બે કોપીઝ ધરાવે છે. |
| 01:26 | Type on the બંને કોપિઝમાંથી એક, જે છે chain A,એ ને નાબૂદ(ડીલીટ) કરવા command line ઉપર commands દાખલ કરો. |
| 01:33 | કમાન્ડ લાઈન ટેક્સ્ટ બોક્સમાં ટાઈપ કરો delete colon dot a અને એન્ટર દબાવો. |
| 01:43 | પેનલને ધ્યાનથી જુઓ , enzymeની બંને માંથી એક કોપી નાબૂદ થઇ ગઈ છે. |
| 01:48 | પ્રોટીએઝ ડોમેઈન લીગૅન્ડ inositol hexakisphosphateને બાઉન્ડ થયેલ છે
ટુંકાણમાં IHP અને Sodium ion. |
| 01:58 | તે પછી સોલ્વન્ટ મોલેક્યુલ્સને નાબૂદ કરીએ, જે લીગૅન્ડની નજીક લાલ ટપકા તરીકે પ્રસ્તુત થયેલ છે. ટાઈપ કરો : delete space solvent. એન્ટર દબાવો. |
| 02:09 | લીગૅન્ડ સાથે હાજર રહેલ સોડિયમ આયર્નને નાબૂદ કરવા, ટાઈપ કરો : delete ions. એન્ટર દબાવો. |
| 02:19 | હવે આપણે પ્રોટીનના સ્ટ્રકચરને Presets વિકલ્પના ઉપયોગથી દૃશ્યમાન કરી શકીએ. |
| 02:25 | મેનુ બારમાંના Presets વિકલ્પને ક્લિક કરો. |
| 02:29 | Interactive 3સિલેક્ટ કરો, hydrophobicity surface. |
| 02:34 | આ મોલેક્યુલર સરફેસને amino acid hydrophobicityના કલર-કોડ દ્વારા દૃશ્યમાન કરશે. // Daubt |
| 02:41 | મોટા ભાગના polar residues માટે ભૂરો રંગ. |
| 02:45 | મોટા ભાગના hydrophobic માટે કેસરી-લાલ અને neutral residues માટે સફેદ. |
| 02:52 | પ્રોટીન્સ સામાન્ય રીતે અન્ય પ્રોટીન્સ અને મોલેક્યુલ સાથે તેમના સરફેસ રિજિયન્સ દ્વારા પરસ્પર પ્રક્રિયા કરે છે. |
| 02:59 | પ્રોટીનને તેમના મોલેક્યુલર સરફેસ દ્વારા પ્રસ્તુત કરવું એ પ્રોટીન ફોલ્ડિંગના અભ્યાસ માટે |
| 03:06 | biomolecular recognitionના અનુમાન માટે, |
| 03:09 | drug binding cavities અને Molecular Graphicsની તપાસ કરવા માટે મદદરૂપ થાય છે.
|
| 03:15 | Chimera વિન્ડો ઉપર પાછા જઈએ. |
| 03:18 | ત્યાર બાદ પ્રોટીનના electrostatic potential surfaceને દૃશ્યમાન કરવા : |
| 03:24 | ટૂલ્સ મેનુ ઉપર ક્લિક કરો , Surface\Binding Analysis સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો |
| 03:30 | સબ-મેનુ માંથી , 'coulombic surface coloringને પસંદ કરો . |
| 03:36 | Coulombic Surface Coloring ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે. |
| 03:41 | રંગો અને તેની સાથે સંક્યાયેલ કિંમતો બદલી શકાય છે. |
| 03:45 | સામાન્ય રીતે ડિફોલ્ટ સેટિંગ જ કામ આવી જાય છે. OK બટન ઉપર ક્લિક કરો. |
| 03:51 | પેનલ ઉપર આપણી પાસે પ્રોટીન છે જે electrostatic potential surfaceબતાવી રહેલ છે. |
| 03:57 | negative potential માટે લાલ રંગ. positive potential માટે ભૂરો રંગ. અને સફેદ ન્યુટ્રલ માટે. |
| 04:07 | ચાલો હવે જોઈએ કે પબ્લિકેશન, પ્રેઝંટેશન્સ વગેરે માટે ઉચ્ચત્તમ ગુણવત્તાવાળી ઈમેજીસ કેવી રીતે બનાવી શકાય. |
| 04:14 | inositol લીગૅન્ડની સ્ટીક્સને થોડી જાડી બનાવો તે માટે આ કમાન્ડ સેટ એટ્રિબ્યુટનો ઉપયોગ કરો : setattr space m space stickScale 2 અને Press enter દબાવો. |
| 04:35 | ઈમેજના સારા સેટિંગ માટે પબ્લિકેશન પ્રિસેટનો ઉપયોગ કરો. |
| 04:40 | ફરી નીચે Presets મેનુ સુધી સ્ક્રોલ કરો , Publication 1ને સિલેક્ટ કરો. |
| 04:45 | તે એક સફેદ બેકગ્રાઉન્ડ સાથેની ઇમેજ બનાવશે , તેની આઉટલાઇન્સ કાળી અને ખૂણાઓ વધુ સ્મૂધ થયેલ દેખાશે. |
| 04:54 | આ ક્ષણે આપણે બીજા અન્ય પેરામીટર્સ જેવાકે લાઈનની જાડાઈ, લાઇટિંગ વગેરે પણ વ્યવસ્થિત કરી શકીએ છીએ. |
| 05:02 | Tools menu ઉપર ક્લિક કરો , નીચે સ્ક્રોલ કરો અને Viewing Controls ઉપર ક્લિક કરો. |
| 05:08 | સબ-મેનુમાંથી lighting ઉપર ક્લિક કરો. |
| 05:11 | એક Viewing વિન્ડો વ્યૂઇંગ સેટિંગ્સને અલગ-અલગ રીતે બદલવાના ટેબ્સ સાથે ખુલે છે : |
| 05:16 | જેવાકે Camera, Sideview, Rotation, Effects, Lighting. |
| 05:23 | lightings વિકલ્પની નીચે : એક સરળ line drawing દૃશ્યને જોવા ,mode બટન ઉપર ક્લિક કરો ,સુચીમાંથી ambientને સિલેક્ટ કરો. |
| 05:34 | પેનલને ધ્યાનથી જુઓ. |
| 05:36 | ડિફોલ્ટ લાઇટિંગ મોડને પુનઃસ્થાપિત કરવા : Two-point વિકલ્પને સિલેક્ટ કરો. |
| 05:42 | વિન્ડોને બંધ કરવા close બટન ઉપર ક્લિક કરો. |
| 05:46 | ઇમેજને સેવ કરવા File મેનુમાંના Save image વિકલ્પનો ઉપયોગ કરો. |
| 05:51 | ચાલો હવે એક DNA સ્ટ્રકચરના સરફેસ રિપ્રેઝન્ટેશનને જોઈએ. |
| 05:56 | વર્તમાનના સેશનને બંધ કરો. File menu ઉપર ક્લિક કરો નીચે સ્ક્રોલ કરો અને Close Session વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો. |
| 06:04 | ગ્રાફિક્સ વિન્ડોને ખોલો . DNAના સ્ટ્રકચરને command lineનો ઉપયોગ કરી મેળવો. |
| 06:11 | કમાન્ડ લાઈન ટેક્સ્ટ બોક્સ ઉપર ટાઈપ કરો : open 1d86 . એન્ટર દબાવો. |
| 06:20 | આ સ્ટ્રક્ચર double helical DNA, મોલેક્યુઅલ netropsin થી બાઉન્ડ થયેલ છે. |
| 06:27 | Netropsin એ antibiotic અને antiviral જેવા ગુણધર્મો ધરાવતું એક polyamide છે. |
| 06:34 | શરૂઆતમાં આ સ્ટ્રક્ચર ribbons તરીકે બતાવાય છે. |
| 06:39 | nucleic acid sugars અને bases, tube and slab representations તરીકે બતાવાય છે. |
| 06:46 | presets menu માં નીચે સ્ક્રોલ કરો અને interactive 2 વિકલ્પને ક્લિક કરો. |
| 06:53 | આ DNA ને wire તરીકે અને netropsin ને spheres તરીકે દેખાડે છે. |
| 06:59 | સોલ્વન્ટને નાબૂદ કરવા કમાન્ડ ટાઈપ કરો :delete space solvent અને એન્ટર દબાવો. |
| 07:09 | આ સ્ટ્રક્ચર માટેની સરફેસ બતાવવા , Actions menu સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો , સબ-મેનુમાંથી surfaceને સિલેક્ટ કરો,
showને સિલેક્ટ કરો. |
| 07:20 | પેનલને ધ્યાનથી જુઓ. The DNA સ્ટ્રક્ચર હવે surface સાથેનું દેખાય છે. |
| 07:27 | Major groove અને minor groove ચિત્રમાં ચોખ્ખા દેખાય છે. |
| 07:33 | ligand, netropsin એ minor grooveમાં બાઉન્ડ થેયલ દેખાય છે. |
| 07:38 | સરફેસિસને દેખાડવાના 3 જુદા-જુદા માર્ગો રહેલ છે. |
| 07:41 | Action menuમાં નીચે સ્ક્રોલ કરો , Surfaceને સિલેક્ટ કરો. સબ-મેનુ 3 વિકલ્પો ધરાવે છે : Solid, mesh અને dot. |
| 07:52 | મૂળભૂત રીતે સરફેસ solid તરીકે દૃશ્યમાન થાય છે. |
| 07:57 | મેષ સરફેસ બતાવવા mesh ઉપર ક્લિક કરો. |
| 08:02 | ડોટ સરફેસ બતાવવા dot ઉપર ક્લિક કરો. |
| 08:07 | સોલિડ સરફેસ પાછી મેળવવા solid ઉપર ક્લિક કરો. |
| 08:11 | આપણે સોલિડ સરફેસ માટે પારદર્શિતાનું પ્રમાણ પણ ગોઠવી શકીએ. |
| 08:16 | Actions મેનુ ઉપર પાછા જાઓ અને Surface ઉપર ક્લિક કરો. |
| 08:20 | Transparency વિકલ્પને સિલેક્ટ કરો અને percentageવિકલ્પને પસંદ કરો. |
| 08:25 | તે પ્રદર્શિત કરવા હું 50% પસંદ કરીશ. |
| 08:29 | પેનલને ધ્યાનથી જુઓ. |
| 08:31 | સરફેસને જુદો રંગ આપવા : Actions મેનુમાં Color વિકલ્પને ક્લિક કરો,નીચે સ્ક્રોલ કરો અને all options ઉપર ક્લિક કરો. |
| 08:41 | એક color Actions ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે. |
| 08:45 | “coloring applies to” સેટિંગને surfaces.માં બદલો. |
| 08:51 | surfaces પછીના રેડીઓ બટન ઉપર ક્લિક કરો. |
| 08:55 | કલર પેનલમાંના તમને ગમતા કોઈ પણ રંગ ઉપર ક્લિક કરો. હું પસંદ કરીશ dim gray. |
| 09:02 | પેનલને ધ્યાનથી જુઓ . સરફેસનો રંગ હવે dim gray.માં બદલાય ગયો છે. ડાયલોગ બોક્સને બંધ કરો. |
| 09:11 | File મેનુમાંના Save Image વિકલ્પનો ઉપયોગ કરી ઇમેજને સેવ કરો. |
| 09:16 | ચાલો હવે સારાંશ જોઈએ . આ ટ્યુટોરીઅલમાં આપણે પ્રોટીન અને DNA સ્ટ્રક્ચર્સ માટેના Amino acid hydrophobicity સરફેસ અને Electrostatic Potential સરફેસને બતાવતા શીખ્યા. |
| 09:30 | વિભિન્ન વ્યૂઇંગ સેટિંગ્સનો ઉપયોગ કરી પબ્લિકેશન માટે ઉચ્ચત્તમ ગુણવત્તાવાળી ઈમેજીસ બનાવતા શીખ્યા. |
| 09:37 | હવે અભ્યાસ માટે : human hemoglobin (pdb code: 2dn1) સ્ટ્રક્ચર માટે amino acid hydrophobicity surface અને electrostatic potential surface બતાવો. |
| 09:51 | hem ligand ને લીલા રંગમાં ફેરવો. તમારો પૂર્ણ થયેલ અભ્યાસ આ મુજબ દેખાશે. |
| 10:11 | આ નીચેની લિંક ઉપરનો વિડિઓ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે.તેને ડાઉલોડ કરો અને નિહાળો. |
| 10:18 | સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલની ટીમ આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ્સ દ્વારા વર્કશોપ્સનું સંચાલન કરે છે અને જેઓ આ ઓનલાઇન પરીક્ષા પાસ કરે છે તેઓને સર્ટિફિકેટ્સ પણ આપે છે.વધુ માહિતી માટે, આ લિંક contact@spoken-tutorial.org ઉપર લખો. |
| 10:28 | સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટને NMEICT, MHRD, ભારત સરકાર તરફથી ભંડોળ પૂરું પાડવામાં આવે છે. આ પ્રોજેક્ટ માટેની વધુ માહિતી આ લિંક "સ્પોકન હાઈફન ટ્યુટોરીયલ ડોટ ઓઆરજી સ્લેશ NMEICT હાઈફન ઇનટ્રો" ઉપર ઉપલબ્ધ છે. |
| 10:39 | ભાષાંતર કરનાર હું શિવાની ગડા વિદાય લઉં છું.અમારી સાથે જોડાવા આભાર. |
