Difference between revisions of "Biopython/C2/Manipulating-Sequences/Tamil"
From Script | Spoken-Tutorial
(Created page with "{| Border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- |00:01 | '''Sequenceகளை கையாளுவது''' குறித்த இந்த ட...") |
|||
Line 17: | Line 17: | ||
|- | |- | ||
|00:17 | |00:17 | ||
− | | ஒரு புது sequenceஐ உருவாக்க, இரண்டு sequenceகளை ஒன்றாக இணைக்க, | + | | ஒரு புது sequenceஐ உருவாக்க, இரண்டு sequenceகளை ஒன்றாக இணைக்க, |
|- | |- | ||
Line 81: | Line 81: | ||
|- | |- | ||
|01:35 | |01:35 | ||
− | | Biopythonஐ பயன்படுத்தி, | + | | Biopythonஐ பயன்படுத்தி, ஒரு குறிப்பிட்ட நீளத்தை உடைய ஒரு random DNA sequenceக்கு, ஒரு '''sequence object'''ஐ உருவாக்கலாம். |
|- | |- | ||
Line 117: | Line 117: | ||
|- | |- | ||
|02:38 | |02:38 | ||
− | | Variable ''' | + | | Variable '''dna1'''ன் உள், sequence ஐ சேமிக்கவும். |
|- | |- | ||
Line 125: | Line 125: | ||
|- | |- | ||
|02:50 | |02:50 | ||
− | | Outputக்கு, டைப் செய்க: "' | + | | Outputக்கு, டைப் செய்க: "'dna1'". பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும். |
|- | |- | ||
Line 137: | Line 137: | ||
|- | |- | ||
|03:11 | |03:11 | ||
− | | Outputக்கு, variableன் பெயரை, டைப் செய்க: "' | + | | Outputக்கு, variableன் பெயரை, டைப் செய்க: "'dna1'". பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும். |
|- | |- | ||
Line 201: | Line 201: | ||
|- | |- | ||
|04:31 | |04:31 | ||
− | | '''String1 equal to dna1 | + | | '''String1 equal to dna1 bracketகளில் 0 colon 6.''' |
|- | |- | ||
Line 221: | Line 221: | ||
|- | |- | ||
|05:01 | |05:01 | ||
− | | Outputஐ காண, டைப் செய்க: "' string1'". | + | | Outputஐ காண, டைப் செய்க: "' string1'". |
|- | |- | ||
Line 245: | Line 245: | ||
|- | |- | ||
|05:34 | |05:34 | ||
− | | இப்போது, | + | | இப்போது, இணைப்போம், அதாவது, இரண்டு '''string'''களையும் ஒன்றாகச் சேர்த்து, ஒரு புது fragmentஐ வடிவமைப்போம். |
|- | |- | ||
Line 261: | Line 261: | ||
|- | |- | ||
|05:59 | |05:59 | ||
− | | அதாவது, ஒரு புது sequenceஐ வடிவமைக்க, ஒரு DNA sequenceஐயும், ஒரு protein sequenceஐயும், நாம் | + | | அதாவது, ஒரு புது sequenceஐ வடிவமைக்க, ஒரு DNA sequenceஐயும், ஒரு protein sequenceஐயும், நாம் இணைக்க முடியாது. |
|- | |- | ||
Line 281: | Line 281: | ||
|- | |- | ||
|06:29 | |06:29 | ||
− | | டைப் செய்க: "len" | + | | டைப் செய்க: "len" parenthesisகளில் "dna2". பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும். |
|- | |- | ||
Line 297: | Line 297: | ||
|- | |- | ||
|06:47 | |06:47 | ||
− | | உதாரணத்திற்கு, sequenceல் உள்ள alanineகளின் எண்ணிக்கையை கண்டுபிடிக்க, பின்வரும் command ஐ டைப் செய்யவும்: '''dna2 dot count''' | + | | உதாரணத்திற்கு, sequenceல் உள்ள alanineகளின் எண்ணிக்கையை கண்டுபிடிக்க, பின்வரும் command ஐ டைப் செய்யவும்: '''dna2 dot count''' parenthesisகளில் இரட்டை மேற்கோள்களில் alphabet A. |
|- | |- | ||
Line 313: | Line 313: | ||
|- | |- | ||
|07:16 | |07:16 | ||
− | | டைப் செய்க: '''dna2 dot find''' | + | | டைப் செய்க: '''dna2 dot find''' parenthesisகளில் இரட்டை மேற்கோள்களில் "GC". பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும். |
|- | |- | ||
Line 333: | Line 333: | ||
|- | |- | ||
|07:52 | |07:52 | ||
− | | Outputக்கு, டைப் செய்க: "'dna3'". | + | | Outputக்கு, டைப் செய்க: "'dna3'". |
|- | |- | ||
Line 345: | Line 345: | ||
|- | |- | ||
|08:01 | |08:01 | ||
− | | உதாரணத்திற்கு- 5ஆவது positionல் இருக்கும் ஒரு baseக்கு பதிலாக alanineஐ வைக்க, டைப் செய்க: '''dna3 | + | | உதாரணத்திற்கு- 5ஆவது positionல் இருக்கும் ஒரு baseக்கு பதிலாக alanineஐ வைக்க, டைப் செய்க: '''dna3 bracketகளில் 5 equal to இரட்டை மேற்கோள்களில் alphabet A'''. பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும். |
− | |- | + | |- |
|08:19 | |08:19 | ||
| Outputக்கு, டைப் செய்க: "'dna3'". பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும். | | Outputக்கு, டைப் செய்க: "'dna3'". பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும். | ||
Line 361: | Line 361: | ||
|- | |- | ||
|08:35 | |08:35 | ||
− | | '''Dna3 | + | | '''Dna3 bracketகளில் 6 semicolon 10 equal to இரட்டை மேற்கோள்களில் ATGC'''. பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும். |
|- | |- | ||
Line 377: | Line 377: | ||
|- | |- | ||
|09:07 | |09:07 | ||
− | | பின்வருவனவற்றை டைப் செய்க: '''dna4 equal to dna3 dot to seq open | + | | பின்வருவனவற்றை டைப் செய்க: '''dna4 equal to dna3 dot to seq open மற்றும் close parenthesis'''. பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும். |
|- | |- | ||
Line 397: | Line 397: | ||
|- | |- | ||
|09:36 | |09:36 | ||
− | | ஒரு புது sequenceஐ உருவாக்க, இரண்டு sequenceகளை இணைத்தல், | + | | ஒரு புது sequenceஐ உருவாக்க, இரண்டு sequenceகளை இணைத்தல், |
|- | |- | ||
Line 449: | Line 449: | ||
|- | |- | ||
|10:43 | |10:43 | ||
− | | இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ. குரல் கொடுத்தது . | + | | இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ. குரல் கொடுத்தது ஐஐடி பாம்பேவில் இருந்து பிரியா. நன்றி. |
|} | |} |
Latest revision as of 12:22, 28 April 2017
|
|
---|---|
00:01 | Sequenceகளை கையாளுவது குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு. |
00:06 | இந்த டுடோரியலில் நாம் Biopython toolகளை பின்வருவனவற்றிற்கு பயன்படுத்துவோம்: random DNA sequenceஐ உருவாக்க. |
00:13 | குறிப்பிட்ட இடங்களில், DNA sequenceஐ slice செய்ய. |
00:17 | ஒரு புது sequenceஐ உருவாக்க, இரண்டு sequenceகளை ஒன்றாக இணைக்க, |
00:22 | Sequenceன் நீளத்தை கண்டுபிடிக்க. |
00:26 | தனிப்பட்ட baseகள் அல்லது, stringன் பகுதியின் எண்ணிக்கையை எண்ண. |
00:31 | குறிப்பிட்ட base அல்லது ஒரு stringன் பகுதியை கண்டுபிடிக்க. |
00:35 | ஒரு sequence objectஐ, ஒரு mutable sequence objectஆக மாற்ற. |
00:40 | இந்த டுடோரியலை புரிந்து கொள்ள, இளங்கலை Biochemistry அல்லது Bioinformatics , |
00:47 | மற்றும் அடிப்படை Python programming பற்றி தெரிந்திருக்க வேண்டும். |
00:51 | இல்லையெனில், கொடுக்கப்பட்டுள்ள இணைப்பில் உள்ள Python டுடோரியல்களை பார்க்கவும். |
00:56 | இந்த டுடோரியலை பதிவு செய்ய, நான் பயன்படுத்துவது: Ubuntu OS பதிப்பு 14.10 |
01:03 | Python பதிப்பு 2.7.8 |
01:07 | Ipython interpreter பதிப்பு 2.3.0 |
01:12 | Biopython பதிப்பு 1.64. |
01:16 | Terminalஐ திறந்து, ipython interpreterஐ தொடங்குகிறேன். |
01:21 | Ctrl, Alt மற்றும் t keyகளை ஒன்றாக அழுத்தவும். |
01:26 | Promptல் டைப் செய்க: ipython", பின் Enterஐ அழுத்தவும். |
01:31 | Ipython prompt, திரையில் தோன்றும். |
01:35 | Biopythonஐ பயன்படுத்தி, ஒரு குறிப்பிட்ட நீளத்தை உடைய ஒரு random DNA sequenceக்கு, ஒரு sequence objectஐ உருவாக்கலாம். |
01:44 | இப்போது, 20 baseகள் உடைய ஒரு DNA sequenceக்கு, ஒரு sequence objectஐ உருவாக்கலாம். |
01:50 | Promptல் டைப் செய்க: import random", பின் Enterஐ அழுத்தவும். |
01:56 | அடுத்து, Bio packageல் இருந்து,Seq moduleஐ import செய்யவும். |
02:01 | Seq, seek எனவும் உச்சரிக்கப்படுகிறது. |
02:06 | Promptல் டைப் செய்க: From Bio dot Seq import Seq'". பின் Enterஐ அழுத்தவும். |
02:15 | DNA sequenceல், alphabetகளை குறிப்பிட, Bio.Alphabet moduleஐ நாம் பயன்படுத்துவோம். |
02:22 | டைப் செய்க: from Bio dot Alphabet import generic underscore dna'". பின் Enterஐ அழுத்தவும். |
02:32 | Random DNA sequenceக்கு, ஒரு sequence objectஐ உருவாக்க பின்வரும் commandஐ டைப் செய்யவும். |
02:38 | Variable dna1ன் உள், sequence ஐ சேமிக்கவும். |
02:42 | கவனிக்கவும்: இந்த commandல், ஒரு இரட்டை மேற்கோளுக்கு பதிலாக இரண்டு ஒற்றை மேற்கோள்களை பயன்படுத்தவும். பின் Enterஐ அழுத்தவும். |
02:50 | Outputக்கு, டைப் செய்க: "'dna1'". பின் Enterஐ அழுத்தவும். |
02:55 | Random DNA sequenceக்கான, sequence objectஐ, output காட்டுகிறது. |
03:00 | உங்களுக்கு புது sequence வேண்டுமெனில், மேலுள்ள அதே commandஐ பெற, up-arrow keyஐ அழுத்தவும். பின் Enterஐ அழுத்தவும். |
03:11 | Outputக்கு, variableன் பெயரை, டைப் செய்க: "'dna1'". பின் Enterஐ அழுத்தவும். |
03:17 | முதல் ஒன்றிலிருந்து மாறுபட்ட ஒரு புது DNA sequenceஐ, output காட்டுகிறது. |
03:23 | Sequence Objectகள் பற்றி காண்போம்: |
03:25 | Sequence Objectகள், வழக்கமாக, சாதாரண Python stringகள் போல் செயல்படும். |
03:30 | அதனால், Python stringகளுக்கு செய்வது போல், வழக்கமான மரபுகளை பின்பற்றவும். |
03:35 | Pythonல், stringல் உள்ள characterகளை, 1க்கு பதிலாக, 0ல் இருந்து எண்ணுகிறோம். |
03:41 | Sequenceல் உள்ள முதல் character, zero position ஆகும். |
03:45 | Terminalக்கு திரும்பவும். |
03:47 | பலநேரம், sequenceன் ஒரு பகுதியுடன் மட்டுமே, நீங்கள் வேலை செய்வதாக இருக்கும். |
03:52 | இப்போது, stringன் பகுதிகளை extract செய்து, மேலும், அவற்றை, sequence objectகளாக, சேமிக்கக் கற்போம். |
03:58 | உதாரணத்திற்கு, DNA sequenceஐ இரண்டு positionகளில் slice செய்வோம். |
04:04 | முதலில், baseகள் 6 மற்றும் 7க்கு இடையே. |
04:08 | இது, sequenceன் தொடக்கத்திலிருந்து, 6ஆவது baseற்குள், ஒரு fragmentஐ extract செய்யும். |
04:15 | இரண்டாவது slice, baseகள் 11 மற்றும் 12க்கு இடையே இருக்கும். |
04:20 | இரண்டாவது fragment, 12ஆவது baseல் இருந்து, sequenceன் இறுதி வரை இருக்கும். |
04:26 | முதல் fragmentஐ extract செய்ய, promptல், பின்வரும் commandஐ டைப் செய்யவும். |
04:31 | String1 equal to dna1 bracketகளில் 0 colon 6. |
04:39 | முதல் fragmentஐ , string1 variable, சேமிக்கிறது. |
04:43 | வழக்கமான pythonல் உள்ளது போல், அடுத்து வரும் commandகள் பின்பற்றப்படுகின்றன. |
04:47 | இந்த bracketகளினுள் இருக்கும், start மற்றும் stop positionகள், ஒரு colonஆல் பிரிக்கப்பட்டிருக்கின்றன. |
04:53 | இந்த இடங்கள், start positionஐ சேர்த்தும், stop positionஐ சேர்க்காமலும் இருக்கும். Enterஐ அழுத்தவும். |
05:01 | Outputஐ காண, டைப் செய்க: "' string1'". |
05:04 | Output, முதல் fragmentஐ, sequence objectஆக காட்டும். |
05:10 | Sequenceல் இருந்து, இரண்டாவது stringஐ extract செய்ய, up-arrow keyஐ அழுத்தி, பின்வருமாறு commandஐ edit செய்யவும்: |
05:17 | Variableன் பெயரை string2க்கும், positionகளை, 11 மற்றும் 20க்கு மாற்றவும். |
05:24 | Outputக்கு, டைப் செய்க: "'string2'". பின் Enterஐ அழுத்தவும். |
05:30 | இப்போது, 2ஆவது fragmentஉம், ஒரு sequence objectஆக நம்மிடம் இருக்கிறது. |
05:34 | இப்போது, இணைப்போம், அதாவது, இரண்டு stringகளையும் ஒன்றாகச் சேர்த்து, ஒரு புது fragmentஐ வடிவமைப்போம். |
05:42 | Variable dna2ன் உள், புது sequence ஐ சேமிக்கவும். |
05:46 | டைப் செய்க: "'dna2 equal to string1 plus string2'". பின் Enterஐ அழுத்தவும். |
05:53 | கவனிக்கவும்: மாறுபாடான alphabetகளுடன், sequenceகளை நாம் சேர்க்க முடியாது. |
05:59 | அதாவது, ஒரு புது sequenceஐ வடிவமைக்க, ஒரு DNA sequenceஐயும், ஒரு protein sequenceஐயும், நாம் இணைக்க முடியாது. |
06:07 | இரண்டு sequenceகளும், ஒரே alphabet பண்பை கொண்டிருக்க வேண்டும். |
06:12 | Outputஐ காண, டைப் செய்க: "'dna2'". பின் Enterஐ அழுத்தவும். |
06:17 | string1 மற்றும் string2ன், கலவையை கொண்டுள்ள ஒரு புது sequenceஐ output காட்டும். |
06:23 | புது sequenceன் நீளத்தை கண்டுபிடிக்க, len functionஐ நாம் பயன்படுத்துவோம். |
06:29 | டைப் செய்க: "len" parenthesisகளில் "dna2". பின் Enterஐ அழுத்தவும். |
06:34 | 15 baseகள் நீளமுள்ள sequenceஐ output காட்டுகிறது. |
06:39 | Sequenceல் இருக்கும், தனிப்பட்ட baseகளின் எண்ணிக்கையையும் நாம் எண்ண முடியும். |
06:44 | அதற்கு, count() functionஐ நாம் பயன்படுத்துவோம். |
06:47 | உதாரணத்திற்கு, sequenceல் உள்ள alanineகளின் எண்ணிக்கையை கண்டுபிடிக்க, பின்வரும் command ஐ டைப் செய்யவும்: dna2 dot count parenthesisகளில் இரட்டை மேற்கோள்களில் alphabet A. |
07:02 | Enterஐ அழுத்தவும். |
07:04 | dna2 sequenceல் உள்ள alanineகளின் எண்ணிக்கையை, output காட்டுகிறது. |
07:10 | ஒரு குறிப்பிட்ட base அல்லது, stringன் பகுதியை கண்டுபிடிக்க, find() functionஐ நாம் பயன்படுத்துவோம். |
07:16 | டைப் செய்க: dna2 dot find parenthesisகளில் இரட்டை மேற்கோள்களில் "GC". பின் Enterஐ அழுத்தவும். |
07:26 | Stringல், GC தோற்றத்தின் முதல் instanceன் positionஐ output குறிக்கிறது. |
07:32 | சாதாரணமாக, ஒரு sequence objectஐ edit செய்ய முடியாது. |
07:35 | ஒரு sequenceஐ edit செய்ய, அதை ஒரு mutable sequence objectஆக மாற்ற வேண்டும். |
07:41 | அதற்கு, டைப் செய்க: dna3 equal to dna2 dot to mutable open மற்றும் close parenthesis. பின் Enterஐ அழுத்தவும். |
07:52 | Outputக்கு, டைப் செய்க: "'dna3'". |
07:55 | இப்போது, sequence objectஐ edit செய்யலாம். |
07:59 | Sequenceல் இருந்து, ஒரு baseஐ இடம் மாற்றுவோம். |
08:01 | உதாரணத்திற்கு- 5ஆவது positionல் இருக்கும் ஒரு baseக்கு பதிலாக alanineஐ வைக்க, டைப் செய்க: dna3 bracketகளில் 5 equal to இரட்டை மேற்கோள்களில் alphabet A. பின் Enterஐ அழுத்தவும். |
08:19 | Outputக்கு, டைப் செய்க: "'dna3'". பின் Enterஐ அழுத்தவும். |
08:24 | Output ஐ கவனிக்கவும். position 5ல் இருக்கும் cytosineக்கு பதிலாக alanine வைக்கப்படுகிறது. |
08:31 | Stringன் ஒரு பகுதியை இடம் மாற்ற, பின்வருமாறு commandஐ டைப் செய்யவும். |
08:35 | Dna3 bracketகளில் 6 semicolon 10 equal to இரட்டை மேற்கோள்களில் ATGC. பின் Enterஐ அழுத்தவும். |
08:45 | Outputக்கு, டைப் செய்க: "'dna3'". பின் Enterஐ அழுத்தவும். |
08:52 | Position 6ல் இருந்து 9 வரை உள்ள, 4 baseகளுக்கு பதிலாக, ATGC என்ற புது baseகள் வைக்கப்பட்டிருப்பதை output காட்டுகிறது. |
09:01 | உங்கள் sequence objectஐ edit செய்த பிறகு, அதை “read only” formக்கு மாற்றவும். |
09:07 | பின்வருவனவற்றை டைப் செய்க: dna4 equal to dna3 dot to seq open மற்றும் close parenthesis. பின் Enterஐ அழுத்தவும். |
09:19 | Outputக்கு, டைப் செய்க: "'dna4'". பின் Enterஐ அழுத்தவும். |
09:25 | சுருங்கசொல்ல, |
09:27 | இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது: random DNA sequenceஐ உருவாக்குதல் |
09:32 | குறிப்பிட்ட இடங்களில், DNA sequenceஐ slice செய்தல் |
09:36 | ஒரு புது sequenceஐ உருவாக்க, இரண்டு sequenceகளை இணைத்தல், |
09:43 | மேலும்: len, count மற்றும் find functionகளை பயன்படுத்துதல், |
09:49 | ஒரு sequence objectஐ, ஒரு mutable sequence objectஆக மாற்றவும், ஒரு stringன் base அல்லது பகுதியை இடம் மாற்றவும் கற்றுக் கொண்டோம். |
09:57 | பயிற்சியாக, 30 baseகள் உடைய, ஒரு random DNA sequenceஐ உருவாக்கவும். |
10:02 | Biopython toolகளை பயன்படுத்தி, sequenceன் GC percentage மற்றும் molecular weightஐ கணக்கிடவும். |
10:09 | நீங்கள் செய்த பயிற்சி பின்வருமாறு இருக்கும். |
10:13 | Output, GCன் contentஐ, percentageஆக காட்டுகிறது. |
10:18 | Output, DNA sequenceன், molecular weightஐ காட்டுகிறது. |
10:23 | இந்த வீடியோ ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது. |
10:26 | உங்கள் இணைய இணைப்பு வேகமாக இல்லையெனில், அதை தரவிறக்கி காணவும். |
10:30 | நாங்கள் செய்முறை வகுப்புகள் நடத்தி, சான்றிதழ்கள் தருகிறோம். |
10:32 | எங்களை தொடர்பு கொள்ளவும். |
10:35 | இந்திய அரசாங்கத்தின் National Mission on Education through ICT, MHRD, இதற்து ஆதரவு அளிக்கிறது. |
10:43 | இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ. குரல் கொடுத்தது ஐஐடி பாம்பேவில் இருந்து பிரியா. நன்றி. |