Difference between revisions of "Jmol-Application/C4/3D-Models-of-Enzymes/Nepali"
From Script | Spoken-Tutorial
PoojaMoolya (Talk | contribs) |
|||
| Line 10: | Line 10: | ||
|- | |- | ||
||00:16 | ||00:16 | ||
| − | || | + | ||सेकन्डरी संरचनाको डिस्प्ले बदल्न |
|- | |- | ||
||00:20 | ||00:20 | ||
| − | || | + | || एक्टिभ साइटमा '''amino acid residue''' हाइलाइट गर्न |
|- | |- | ||
||00:25 | ||00:25 | ||
| − | || | + | ||इन्जाइमको '''substrate''' र '''cofactor''' हरु हाइलाइट गर्न |
|- | |- | ||
||00:30 | ||00:30 | ||
| − | || | + | || र प्रोटिनको '''Ramachandran plot''' हेर्न |
|- | |- | ||
| Line 40: | Line 40: | ||
|- | |- | ||
||01:05 | ||01:05 | ||
| − | || | + | || '''Jmol''' संस्करण '''१२.२.२''' |
|- | |- | ||
||01:08 | ||01:08 | ||
| − | || | + | || '''Java''' संस्करण '''७''' र * '''मोजिल्ला फायरफक्स ब्राउजर''' '''२२.०''' |
|- | |- | ||
||01:16 | ||01:16 | ||
| Line 235: | Line 235: | ||
|- | |- | ||
||09:14 | ||09:14 | ||
| − | || | + | || सेकन्डरी संरचनाको डिस्प्ले परिवर्तन गर्न |
|- | |- | ||
||09:17 | ||09:17 | ||
| − | || | + | || एक्टिभ साइटको '''एमिनो एसिड रेसिड्यु''' हरु हाइलाइट गर्न |
|- | |- | ||
||09:21 | ||09:21 | ||
| − | || | + | || '''इन्जाइम''' को '''सब्सट्रेट''' र '''cofactor''' हाइलाइट गर्न |
|- | |- | ||
||09:25 | ||09:25 | ||
Revision as of 14:47, 21 April 2017
| Time | Narration |
| 00:01 | नमस्कार सबैलाई, 3D Models of Enzymes in Jmol ट्युटोरियलमा स्वागत छ |
| 00:08 | यो ट्युटोरियलमा हामी सिक्ने छौं: * जेमोल प्यानल मा Human Pancreatic Hexokinase को संरचना लोड गर्न |
| 00:16 | सेकन्डरी संरचनाको डिस्प्ले बदल्न |
| 00:20 | एक्टिभ साइटमा amino acid residue हाइलाइट गर्न |
| 00:25 | इन्जाइमको substrate र cofactor हरु हाइलाइट गर्न |
| 00:30 | र प्रोटिनको Ramachandran plot हेर्न |
| 00:35 | यो ट्युटोरियल अनुसरण गर्न तपाईसँग बायोकेमिस्ट्रीको आधारभूत ज्ञान हुनुपर्छ |
| 00:41 | र Jmol Application window का कार्यहरुसँग परिचित हुनुपर्छ |
| 00:46 | जेमोल एप्लिकेसन शृंखलाको Proteins and Macromolecules ट्युटोरियल हेर्नुहोस् |
| 00:53 | यो तलको लिंकमा उपलब्ध छ |
| 00:57 | यो ट्युटोरियल रेकर्ड गर्न, म प्रयोग गर्दैछुँ: * उबुन्टु अपरेटिंग सिस्टम संस्करण १२.०४ |
| 01:05 | Jmol संस्करण १२.२.२ |
| 01:08 | Java संस्करण ७ र * मोजिल्ला फायरफक्स ब्राउजर २२.० |
| 01:16 | जेमोल विन्डो खोलौं र hexokinase इन्जाइमको संरचना लोड गरौँ |
| 01:22 | मसँग इन्टरनेट उपलब्ध छ, त्यसैले संरचना सिधै PDB website बाट लोड गर्दैछुँ |
| 01:28 | यसो गर्न File मेनु खोलौं र तल स्क्रोल गरी Get PDB विकल्पमा क्लिक गरौँ |
| 01:37 | स्क्रिनमा एउटा Input डाइलग-बक्स देखापर्छ, टेक्स्टबक्समा hexokinase को चार अक्षरको PDB code पढौं जुन, 3IDH रहेको छ |
| 01:50 | यो कोड Protein Data Bank वेबसाइटबाट लिइएको हो |
| 01:55 | यदि तपाईसँग राम्रो इन्टरनेट जडान छैन भने टूलबारको Open a file आइकन प्रयोग गरी हालको pdb फाइल प्रयोग गरौँ |
| 02:06 | OK बटनमा क्लिक गरौँ |
| 02:09 | स्क्रिनमा देखिएको hexokinase को 3D संरचनालाई glucokinase पनि भनिन्छ |
| 02:16 | File मेनु प्रयोग गरी Console विन्डो खोलौं |
| 02:21 | Console मा देखाए झैँ प्यानलमा रहेको संरचना Human Pancreatic Glucokinase को साथै सब्स्ट्रेट Glucose को हो |
| 02:31 | कन्सोल बन्द गरौँ |
| 02:34 | प्यानलमा, हामीसँग hexokinase को ball and stick मोडल छ |
| 02:40 | प्यानलको protein modelबाट वाटर मलिक्युल हटाउ |
| 02:44 | यो प्रक्रिया जेमोल ट्युटोरियल Proteins and macromolecules मा अझ बिस्तृत रुपमा बर्णन गरिएको छ |
| 02:53 | hexokinase इन्जाइमको बारेमा- |
| 02:56 | Hexokinase ४६५ एमिनो एसिडको एउटा monomeric protein हो |
| 03:02 | यसमा दुई डोमेन हरु हुन्छन, एउटा ठुलो डोमेन र एउटा सानो डोमेन |
| 03:07 | यो इन्जाइमको एक्टिभ-साइट दुई डोमेन बीचको cleft मा रहेको हुन्छ |
| 03:14 | hexokinase को एक्टिभ साइटमा ३ एमिनो एसिड रेसिड्युहरु हुन्छन्: 204 मा Aspergine, 231 मा Aspergine र 256 मा Glutamic acid |
| 03:30 | यो इन्जाइमको सब्सट्रेट Alpha-D-Glucose हो |
| 03:34 | अब, जेमोल प्यानलमा फर्कौं |
| 03:38 | हामी इन्जाइमहरु छान्न र त्यसका कम्पोनेन्टहरु हाइलाइट गर्न सक्छौं जस्तै: एक्टिभ साइटको Substrate, Cofactors वा Amino acid residues |
| 03:49 | कुनै निश्चित कम्पोनेन्ट छान्न राइट-क्लिक गरी पप-अप मेनु खोलौं |
| 03:55 | तल Select विकल्पमा जाऊ |
| 03:57 | सब-मेनु Proteins मा By Residue name छानौं |
| 04:04 | यहाँ हामीसँग हरेक एमिनो एसिड रेसिड्युहरु सुचिकृत रहेका छन् |
| 04:10 | एमिनो एसिड छान्न यसको नाममा क्लिक गरौँ |
| 04:14 | एमिनोएसिडहरु यी शिर्षकमा सुचिकृत हुन्छन्: Polar, Non-polar, Basic, Acidic, Uncharged आदि |
| 04:26 | Hetero मेनुमा मेटल आयोन potassium र substrate glucose सुचिकृत छन् |
| 04:34 | हामी सब्सट्रेट बाइन्डिंग साइट सजिलै पत्ता लगाउन इन्जाइम को डिस्प्ले परिवर्तन गर्न सक्छौं |
| 04:41 | अब प्रोटिनको डिस्प्ले र एटमहरुको रंग बदलौं |
| 04:46 | पप-अप मेनु खोलौं, Select मा जाऊ र Protein विकल्पमा स्क्रोल गरी All मा क्लिक गरौँ |
| 04:55 | पुन: पप-अप मेनु क्लिक गरौँ, Style मा स्क्रोल गरौँ अनि Scheme र Sticks विकल्पमा क्लिक गरौँ |
| 05:05 | अब हामीसँग प्यानलमा प्रोटिन sticks डिस्प्लेमा छ |
| 05:11 | अब, रंग परिवर्तन गर्न- पुन: पप-अप मेनु खोलौं र Color, Atoms र Blue विकल्पमा क्लिक गरौँ |
| 05:23 | स्क्रिनमा हामीसँग निलो रंगमा hexokinase को मोडल sticks डिस्प्लेमा छ |
| 05:30 | क्लेफ्टमा Alfa-D-Glucose सब्सट्रेट ball and stick डिस्प्लेमा हेरौं |
| 05:38 | सब्सट्रेट हाइलाइट गर्न – पप-अप मेनु खोलौं र Select मा जाऊ अनि Hetero मा गएर GLC-ALFA-D-GLUCOSE क्लिक गरौँ |
| 05:52 | पप-अप मेनुमा जाऊ र Style अनि Scheme मा स्क्रोल गरी Sticks विकल्पमा क्लिक गरौँ |
| 06:00 | रंग बदल्न – पप-अप मेनु खोलौं र Color मा जाऊ अनि Atoms र White विकल्पमा क्लिक गरौँ |
| 06:12 | प्यानलमा hexokinase को मोडल छ र substrate को स्थान प्रष्ट रुपमा हाइलाइट गरिएको छ |
| 06:20 | हामी एमिनो एसिडको एक्टिभ साइटहरु बदली तिनीहरुको रंग बदल्न सक्छौं |
| 06:26 | यसो गर्न, हामीले Console विन्डोमा कमाण्डहरु टाइप गर्नुपर्छ |
| 06:32 | पहिले उल्लेख गरे अनुसार, एक्टिभ साइटमा संलग्न एमिनो एसिडहरु हुन्: Aspergine 204 मा, Aspergine 231 मा र Glutamic acid 256 मा |
| 06:50 | File मेनु प्रयोग गरी कन्सोल विन्डो खोलौं, Console मा क्लिक गरौँ |
| 06:57 | म कन्सोल विन्डो ठुलो पर्न Kmag स्क्रिन म्याग्नीफायर प्रयोग गर्दैछुँ |
| 07:03 | $ (डलर)प्रम्प्टमा टाईप गरौँ: "select" दोहोरो उद्दरण भित्र ब्राकेट "Asn" एस्परजिनको लागि ब्राकेट बन्द गरौँ, "204" मतलब स्थान सेमिकोलन "color atoms orange" |
| 07:25 | Enter थिचौं |
| 07:27 | अहिले सुन्तला रंगमा रहेको aspargine residue एटमहरु हेरौं |
| 07:33 | किबोर्डको अप-एरो बटन थिचौं र कमाण्ड एडिट गरौँ |
| 07:39 | एमिनो एसिडको स्थान 231 मा बदलौं र एटमको रंग रातोमा बदलौं |
| 07:48 | इन्टर थिचौं |
| 07:51 | पुन: अप एरो कि थिचौं र एमिनो एसिडको नाम GLU मतलब, glutamic acid मा बदलौं र स्थानमा 256 राखौं |
| 08:06 | एटमको रंग हरियोमा बदलौं र Enter थिचौं |
| 08:13 | हामीसँग प्यानलमा सब्सट्रेट सहितको hexokinase को 3D मोडल छ र एक्टिभ साइट हाइलाइट गरिएको छ |
| 08:23 | यहाँ देखाए झैँ मोडलमा potassium एटम प्याजी रंगमा देखिन्छ |
| 08:30 | हामी जेमोलमा कुनै निश्चित प्रोटिनको लागि ramachandran plot पनि देखाउन सक्छौं |
| 08:36 | कन्सोलमा डलर($) प्रम्प्टमा टाइप गरौँ: plot ramachandran |
| 08:45 | इन्टर थिचौं |
| 08:47 | हामीसँग hexokinase को ramachandran plot छ |
| 08:54 | डेटाबेसको pdb फाइलहरु प्रयोग गरी विभिन्न इन्जाइमहरु लोड गरौँ |
| 09:00 | सेकेण्डरी संरचनाको डिस्प्ले परिवर्तन गरौँ |
| 09:04 | संक्षेपमा हेरौं, यो ट्युटोरियलमा हामीले * PDB कोड प्रयोग गरी Human Pancreatic Hexokinase को संरचना लोड गर्न सिक्यौं |
| 09:14 | सेकन्डरी संरचनाको डिस्प्ले परिवर्तन गर्न |
| 09:17 | एक्टिभ साइटको एमिनो एसिड रेसिड्यु हरु हाइलाइट गर्न |
| 09:21 | इन्जाइम को सब्सट्रेट र cofactor हाइलाइट गर्न |
| 09:25 | र प्रोटिनहरुको लागि ramachandran प्लट कोर्न |
| 09:30 | कार्यको रुपमा: जेमोल प्यानलमा Lysozyme इन्जाइमको डट pdb फाइल लोड गर्नुहोस् |
| 09:38 | इन्जाइममा रहेको सब्सट्रेट हाइलाइट गर्नुहोस् |
| 09:42 | एक्टिभ साइटको एमिनो एसिड हाइलाइट गर्नुहोस् |
| 09:46 | हिन्ट: PDB database बाट Lysozyme को pdb फाइल प्राप्त गरौँ |
| 09:52 | तलको लिंकमा उपलब्ध भिडियो हेर्नुहोस् |
| 09:56 | यसले स्पोकन ट्युटोरियल प्रोजेक्टको सार दिन्छ |
| 10:00 | यदि तपाईसँग राम्रो ब्याण्डविड्थ छैन भने डाउनलोड गरी हेर्न सक्नुहुन्छ |
| 10:04 | स्पोकन ट्युटोरियल प्रोजेक्ट टिमले |
| 10:07 | कार्यशाला संचालन गर्छ र प्रमाणपत्र वितरण गर्छ |
| 10:10 | बिस्तृत जानकारीको लागि हामीलाई सम्पर्क गर्नुहोस् |
| 10:14 | स्पोकन ट्युटोरियल प्रोजेक्ट टक टु अ टिचर प्रोजेक्टको एक भाग हो |
| 10:19 | यसलाई नेशनल मिसन अन एजुकेसन थ्रु आइसीटी, MHRD, भारत सरकारको सहयोग रहेको छ |
| 10:25 | यो मिसन सम्बन्धि थप जानकारी तलको लिंकमा उपलब्ध छ |
| 10:30 | म मन्दिरा थापा बिदा हुदैछुँ, सहभागिताको लागि धन्यवाद, नमस्कार |
