Difference between revisions of "Biopython/C2/Blast/Gujarati"
From Script | Spoken-Tutorial
PoojaMoolya (Talk | contribs) |
|||
| Line 269: | Line 269: | ||
|- | |- | ||
| 06:26 | | 06:26 | ||
| − | | ચાલો સારાંશ લઈએ. | + | | ચાલો સારાંશ લઈએ. આ ટ્યુટોરીયલમાં આપણે '''GI''' નંબર વાપરીને '''query nucleotide sequence ''' માટે બ્લાસ્ટ રન કરતા.. |
| − | + | ||
| − | + | ||
| − | + | ||
| − | + | ||
|- | |- | ||
Latest revision as of 12:33, 19 April 2017
| |
|
|---|---|
| 00:01 | Biopython ટૂલ્સનો ઉપયોગ કરીને BLAST પરના ટ્યુટોરીયલમાં તમારું સ્વાગત છે. |
| 00:06 | આ ટ્યુટોરીયલમાં આપણે શીખીશું Biopython ટૂલ્સનો ઉપયોગ કરીને query sequence માટે બ્લાસ્ટ રન કરતા. |
| 00:13 | અને , આગળના વિશ્લેષણ. માટે બ્લાસ્ટ આઉટપુટ parse કરતા. |
| 00:17 | આ ટ્યુટોરીયલના અનુસરણ માટે તમને અંડરગ્રેજ્યુએટ બાયોકેમિસ્ટ્રી અથવા બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ અને સામાન્ય Python પ્રોગ્રામિંગ ની જાણ હોવી જોઈએ. |
| 00:27 | આપેલ લિંક પર Python ટ્યુટોરીયલ જુઓ. |
| 00:31 | આ ટ્યુટોરીયલ રિકોર્ડ કરવા માટે હું ઉપયોગ કરી રહી છું Ubuntu ઓપરેટિંગ સિસ્ટમ વર્જન 14.10 |
| 00:37 | Python version 2.7.8 |
| 00:41 | Ipython interpretor version 2.3.0 |
| 00:46 | Biopython version 1.64 અને *કાર્ય કરતું ઇન્ટરનેટ કનેક્શન નો ઉપયોગ કરી રહ્યં છીએ. |
| 00:52 | Basic Local Alignment Search Tool માટે BLAST સંજ્ઞા માં છે. |
| 00:57 | sequence ની માહિતી તુલના કરવા algorithm છે. |
| 01:02 | આ પ્રોગ્રામ nucleotide અથવા protein ના સીકવેંસીસના જે ડેટાબેસ માં સિકવેન્સ છે તેની તુલના કરે છે અને એકસરખા છે તેની આંકડાકીય મહત્વની ગણતરી કરે છે. |
| 01:14 | બ્લાસ્ટ ને રન કરવાના બે પ્રકારો છે. |
| 01:17 | તમારા મશીન પરનું લોકલ બ્લાસ્ટ અથવા BLAST થી NCBI સર્વર દ્વારા બ્લાસ્ટને રન કરવું. |
| 01:24 | Biopython માં બ્લાસ્ટને રન કરવાના બે માર્ગો છે. |
| 01:28 | પ્રથમ તમારી query sequence માટે બ્લાસ્ટને રન કરવું અને અમુક આઉટપુટ મેળવવું. |
| 01:33 | બીજું આગળના અન્વેષણ માટે બ્લાસ્ટ આઉટપુટ પાર્સ કરવું. |
| 01:38 | આપણે nucleotide ' (ન્યુક્લિયોટાઇડ) સિકવેન્સ માટે ટર્મિનલ ખોલીને બ્લાસ્ટ રન કરીશું. |
| 01:43 | ટર્મિનલ ખોલવા માટે Ctrl, Alt અને T કી ને એક સાથે દાબો. |
| 01:48 | પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો ipython અને એન્ટર દબાવો. |
| 01:52 | આ ટ્યુટોરીયલમાં હું બતાવીશ NCBI BLAST સર્વિસ વાપરીને ઇન્ટરનેટ પર બ્લાસ્ટ રન કેવી રીતે કરવું. |
| 02:01 | પેકેજ ઈમ્પોર્ટ કરવા માટે પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો from Bio.Blast Import NCBIWWW એન્ટર દબાવો. |
| 02:14 | આગળ ઇન્ટરનેટ પર બ્લાસ્ટ રન કરવા માટે પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો. |
| 02:20 | આપણે NCBIWWW મોડ્યુલમાં qblast function' નો ઉપયોગ કરીશું. |
| 02:25 | qblast function ત્રણ arguments આર્ગ્યુમેન્ટ લે છે. |
| 02:29 | પ્રથમ આર્ગ્યુમેન્ટ blast program છે જે આપણે સર્ચ કરવા માટે ઉપયોગ કરીએ છીએ. |
| 02:33 | બીજું નિર્દિષ્ટ કરે છે જે ડેટાબેસ શોધવાનું છે. |
| 02:38 | ત્રીજું આર્ગ્યુમેન્ટ એ તમારું query sequence. છે. |
| 02:43 | query sequence માટે ઇનપુટ GI નંબર અથવા FASTA ફાઈલ ના જેવું હોઈ શકે છે.અથવા sequence record object જેવું પણ હોઈ શકે છે. |
| 02:53 | આ પ્રદર્શન હેતુસર હું nucleotide sequence માટે GI number નંબર નો ઉપયોગ કરી રહી છું. |
| 02:58 | GI number એ insulin ના nucleotide sequence માટે છે. |
| 03:03 | qblast function અન્ય વિકલ્પ આર્ગ્યુમેન્ટ્સના પણ નંબર લે છે. |
| 03:09 | આ આર્ગ્યુમેન્ટ જુદા જુદા પેરામીટરસ ના સમાન છે જે તમે BLAST વેબ પેજ પર સેટ કરી શકો છો. |
| 03:15 | qblast function એ xml ફોરમેટમાં બ્લાસ્ટ પરિણામ પાછું આપે છે. |
| 03:20 | ટર્મિનલ પર પાછાં જઈએ. |
| 03:22 | આપણી કવેરી સ્કિવેન્સ કઈ છે nucleotide અથવા protein sequence પર આધારિત યોગ્ય બ્લાસ્ટ પ્રોગ્રામ આપણને ઉપયોગ કરવાનો છે. |
| 03:30 | જેમકે આપણી ક્વેરી nucleotide છે આપણે બ્લાસ્ટ પ્રોગ્રામ નો ઉયોગ કરીશું અને "nt" એ nucleotide ડેટાબેસનો સંદર્ભ લે છે. |
| 03:39 | આ વિષે ની વિગતો NCBI BLAST વેબપેજ પર ઉપલબ્ધ છે. |
| 03:45 | blast output એ xml ફાઈલના ફોર્મમાં વેરિયેબલ રિઝલ્ટમાં સન્ગ્રહયુ છે. |
| 03:51 | Enter દબાવો. |
| 03:53 | તમારી ઇન્ટરનેટની ગતિ ના આધાર પર બ્લાસ્ટ સર્ચ પૂર્ણ કરવા માટે અમુક સમય લેય છે. |
| 03:59 | આગળ વધતા પહેલા ડિસ્ક પર xml ફાઈલ સેવ કરવું મહત્વ નું છે. |
| 04:05 | xml file. ફાઈલને સેવ કરવા માટે આપેલ લાઈન ટાઈપ કરો. |
| 04:09 | આ કોડની લાઈન હોમ ફોલ્ડરમાં blast.xml તરીકે સર્ચ રિઝલ્ટ સેવ કરશે. |
| 04:18 | તમારું હોમ ફોલ્ડર ને શોધી ને ફાઈલને જુઓ. |
| 04:21 | ફાઈલ પર ક્લિક કરો અને ફાઈલની વિષયવસ્તુની તપાસ કરો. |
| 04:30 | જયારે તમને query તરીકે FASTA ફાઈલનો ઉપયોગ કરવો હોય તો ટેક્સ્ટ ફાઈલમાં આપેલ કોડ નો ઉપયોગ કરો. |
| 04:36 | જો તમને FASTA માંથી ક્વેરી તરીકે sequence record object નો ઉપયોગ કરવો છે તો કોડ અહીં છે. |
| 04:42 | ટર્મિનલ પર પાછાં જઈએ. |
| 04:44 | આગળનો સ્ટેપ ડેટાને extract કરવા માટે ફાઈલ ને parse કરો. |
| 04:48 | પારસીંગમાં પ્રથમ સ્ટેપ ઇનપુટ માટે xml ફાઈલ ખોલવાનું છે. |
| 04:53 | પ્રોમ્પ્ટ પર આપેલ ટાઈપ કરો.એન્ટર દબાઓ. |
| 04:57 | આગળ "Bio.Blast" package માંથી NCBIXML મોડ્યુલ ઈમ્પોર્ટ કરો. |
| 05:05 | Enter દબાવો. |
| 05:07 | Blast આઉટપુટ પાર્સ કરવા માટે આપેલ લાઈન ટાઈપ કરો. |
| 05:11 | તમને બ્લાસ્ટ આઉટપુટ થી એક્સ્ટ્રેટ કરવા માટે બ્લાસ્ટ record માં બધી માહિતી સમાવિષ્ટ છે. |
| 05:18 | આપણા બ્લાસ્ટ રિપોર્ટમાં જે કોઈ ચોક્કસ થ્રેશોલ્ડ કરતા મોટા હોય એવી અમુક માહિતીઓને પ્રિન્ટ કરીએ. |
| 05:27 | આપેલ કોડ ટાઈપ કરો. |
| 05:30 | match માટે મહત્વપૂર્ણ અપેક્ષિત score 0.01 કરતા કમી હોવું જોઈએ. |
| 05:37 | દરેક hsp માટે જે ઉચ્ચ સ્કોરિંગ જોડી છે આપણને title, length, hsp score, gaps અને expect value મળે છે. |
| 05:49 | આપણે strings ને પણ પ્રિન્ટ કરીશું જેમાં query સમાવિષ્ટ છે સંરેખિત ડેટાબેસ સિકવેન્સ અને સ્ટ્રીંગ મેચ અને મિસમેચ સ્થાન નિર્દિષ્ટ કરે છે. |
| 06:02 | આઉટપુટ મેળવવા માટે બે વખત એન્ટર દબાવો. |
| 06:05 | આઉટપુટ જુઓ. |
| 06:09 | દરેક અલાઇનમેન્ટ માટે આપણી પાસે length, score, gaps, evalue અને strings છે. |
| 06:16 | તમે Bio.Blast પેકેજમાં ઉપલબ્ધ અન્ય ફંક્શન વાપરીને એક્સ્ટ્રૈક્ટ કરી શકો છો. |
| 06:24 | આપણે આ ટ્યુટોરીયલના આ અંતમાં આવ્યા છે. |
| 06:26 | ચાલો સારાંશ લઈએ. આ ટ્યુટોરીયલમાં આપણે GI નંબર વાપરીને query nucleotide sequence માટે બ્લાસ્ટ રન કરતા.. |
| 06:36 | અને Bio.Blast.Record મોડ્યુલ નો ઉપયોગ કરીને BLAST આઉટપુટ પાર્સ કરતા શીખ્યા. |
| 06:43 | અસાઇનમેન્ટ તરીકે તમારી પસંદગીનું protein સિકવેન્સ માટે BLAST Search રન કરતા. |
| 06:50 | આઉટપુટ ફાઈલ સેવ કરીને ફાઈલમાં સમાવિષ્ટ ડેટા પાર્સ કરો. |
| 06:55 | આ ફાઈલમાં દેખાડ્યા પ્રમાણે તમારા પૂર્ણ થયેલ અસાઇનમેન્ટ માં આપેલ કોડ હોવા જોઈએ. |
| 07:01 | કોડ નું અવલોકન કરો આપણી કવેરી protein સિકવેન્સ છે આપણે BLAST સર્ચ માટે blastp પ્રોગ્રામ અને "nr" એટલેકે non-redundant protein ડેટાબેસ નો ઉપયોગ કરો. |
| 07:16 | આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ વિડીયો નિહાળો. તે સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે. |
| 07:20 | જો તમારી પાસે સારી બેન્ડવિથ ના હોય તો તમે વિડિઓ ડાઉનલોડ કરીને જોઈ શકો છો. |
| 07:22 | અમે વર્કશો આયોજિત કરીએ છીએ અને જેઓ ઓનલાઇન પરીક્ષા પાસ કરે છે તેમને સ્ટ્રિફિકેટ આપીએ છીએ. |
| 07:30 | વધુ જાણકારી માટે અમને સંપર્ક કરો. |
| 07:33 | સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટને આઈસીટી, એમએચઆરડી, ભારત સરકાર મારફતે શિક્ષણ પર નેશનલ મિશન દ્વારા ફાળો અપાયેલ છે. આ મિશન પર વધુ માહિતી આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ છે |
| 07:40 | આ વિષે વધુ જાણકારી આપેલ લિંક પર ઉપલબ્ધ છે. |
| 07:45 | IIT Bombay તરફથી હું, જ્યોતિ સોલંકી વિદાય લઉં છું. જોડાવાબદ્દલ આભાર. |
