Difference between revisions of "Biopython/C2/Introduction-to-Biopython/Marathi"
From Script | Spoken-Tutorial
(Created page with "{| Border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- | 00:01 | '''Introduction to Biopython''' वरील ट्यूटोरियल मध्ये आ...") |
|||
| Line 165: | Line 165: | ||
|- | |- | ||
| 03:27 | | 03:27 | ||
| − | | पुढे, कोडिंग '''DNA''' स्ट्राँडला ''' | + | | पुढे, कोडिंग '''DNA''' स्ट्राँडला '''mRNA''' सारखे ट्रान्स्क्रिपशन करणे. |
|- | |- | ||
Revision as of 13:03, 10 January 2017
| |
|
|---|---|
| 00:01 | Introduction to Biopython वरील ट्यूटोरियल मध्ये आपले स्वागत. |
| 00:05 | या ट्युटोरियलमध्ये आपण शिकणार आहोत Biopython चे महत्वाचे वैशिष्ट्ये. |
| 00:10 | * लिनक्स ऑपरेटिंग सिस्टम वर डाउनलोड व प्रतिष्ठापन संबंधित माहिती. |
| 00:15 | * आणि Biopython टूल्स वापरुन प्रोटीन सीक्वेन्स मध्ये DNA सीक्वेन्सचे ट्रान्स्लेशन. |
| 00:22 | ह्या ट्यूटोरियलचे अनुसरण करण्यासाठी तुम्हाला- |
| 00:25 | * अंडर ग्रॅज्युएट बायोकेमिस्ट्री किंवा बायोइन्फर्मेटिक्स आणि मूलभूत Python प्रोग्रँमिंग माहीत असले पाहिजे. |
| 00:31 | दिलेल्या लिंक वरील Python ट्यूटोरियल्स पहा. |
| 00:35 | हा ट्यूटोरियल रेकॉर्ड करण्यासाठी, मी Ubuntu OS वर्जन 12.04 |
| 00:41 | * Python वर्जन 2.7.3 |
| 00:44 | * Ipython वर्जन 0.12.1 आणि |
| 00:48 | * Biopython वर्जन 1.58 वापरत आहे. |
| 00:51 | Biopython हे कम्प्युटेशनल बायोलॉजी (जीवशास्त्र) साठी मॉड्यूल्सचे एक संग्रह आहे. |
| 00:57 | हे बायोइन्फर्मेटिक्स साठी आवश्यक सर्वात बेसिक ते अड्वॅन्स्ड कार्य करू शकतात. |
| 01:03 | Biopython टूल्स खालील गोष्टींसाठी वापरले जातात: |
| 01:05 | * Parsing म्हणजे विविध फाइल फॉरमॅट्स मधून माहिती एक्सट्रॅक्ट करणे, जसे की FASTA, Genbank इत्यादी. |
| 01:14 | * डेटाबेस वेबसाइट्स मधून डेटा डाउनलोड करणे जसे की NCBI, ExPASY इत्यादी. |
| 01:22 | * Bioinformatic algorithms रन करणे जसे की BLAST. |
| 01:26 | त्यांच्याकडे सीक्वेन्सेस वर सामान्य ऑपरेशन्स कार्य करण्यासाठी टूल्स आहेत. |
| 01:31 | उदाहरणार्थ- प्राप्त करण्यासाठी complements, transcription, translation इत्यादी. |
| 01:38 | अलाइनमेंट्सशी डील करण्यासाठी कोड. |
| 01:40 | आणि वेगळ्या प्रक्रीये मध्ये कार्य विभाजित करण्यासाठी कोड |
| 01:46 | डाउनलोड संबंधित माहिती: |
| 01:48 | Biopython पॅकेज हे Python वितरणाचा भाग नाही; ते स्वतंत्रपणे डाउनलोड करणे आवश्यक आहे. |
| 01:54 | तपशील करीता, खालील लिंक पहा. |
| 01:59 | Linux सिस्टम वर प्रतिष्ठापन: |
| 02:02 | 'सिॅप्टिक पॅकेज मॅनेजर' वापरुन Python, Ipython आणि Biopython पॅकेजस प्रतिष्ठापित करा. |
| 02:08 | पूर्वापेक्षित सॉफ्टवेअर स्वयंचलितपणे प्रतिष्ठापित होईल. |
| 02:13 | graphic outputs आणि plots साठी अतिरिक्त पॅकेजेस प्रतिष्ठापित करणे आवश्यक आहे. |
| 02:18 | Ctrl, Alt आणि T किज दाबून टर्मिनल उघडा. |
| 02:24 | मी आधीच माझ्या सिस्टम वर Python, Ipython आणि Biopython प्रतिष्ठापित केले आहे. |
| 02:30 | "ipython" टाइप करून Ipython इंटर्प्रेटर सुरू करून एंटर दाबा. |
| 02:35 | स्क्रीन वर IPython प्रॉंप्ट दिसेल. |
| 02:38 | Biopython चे प्रतिष्ठापन तपासण्यासाठी – प्रॉंप्ट वर टाइप करा: "import Bio", एंटर दाबा. |
| 02:48 | जर तुम्हाला कोणतीही एरर मेसेज मिळत नसेल, तर ह्याचा अर्थ Biopython प्रतिष्ठापीत झाले आहे. |
| 02:54 | येथे, मी तुम्हाला आठवण करून देते, Python भाषा केस सेन्सेटिव्ह आहे. |
| 02:59 | कीवर्ड्स, वेरियबल्स किंवा फंक्शन्स टाइप करतांना काळजी घ्या. |
| 03:04 | उदाहरणार्थ, वरील ओळ मध्ये import मधील “i” लोअरकेस आणि Bio मधील “B” अप्परकेसमध्ये आहे. |
| 03:12 | या ट्युटोरियलमध्ये, आपण DNA sequence ट्रान्स्लेट करण्यासाठी Biopython मॉड्यूल्सचे वापर करूया. |
| 03:19 | त्यात खालील स्टेप्स समाविष्ट आहे. |
| 03:22 | प्रथम, कोडिंग DNA strand साठी sequence object तयार करा. |
| 03:27 | पुढे, कोडिंग DNA स्ट्राँडला mRNA सारखे ट्रान्स्क्रिपशन करणे. |
| 03:32 | शेवटी, mRNA ला protein सीक्वेन्स सारखे ट्रान्स्लेशन करणे. |
| 03:37 | आपण एक उदाहरण म्हणून, ह्या स्लाइड वरील दर्शविलेले कोडिंगDNA स्ट्राँड वापरुया. |
| 03:42 | ते एक लहान protein सीक्वेन्सला कोड करते. |
| 03:46 | प्रथम स्टेप, वरील कोडिंग DNA स्ट्राँड साठी sequence object तयार करायचे आहे. |
| 03:52 | टर्मिनल वर परत जाऊ. |
| 03:55 | सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट तयार करण्यासाठी, Bio पॅकेज मधून Seq मॉड्यूल इम्पोर्ट करा. |
| 04:02 | Seq मॉड्यूल, सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट्सला संचयित आणि प्रक्रिया करण्यासाठी पद्धती उपलब्ध करून देते. |
| 04:08 | प्रॉंप्ट वर, टाइप करा: from Bio dot Seq import Seq एंटर दाबा. |
| 04:17 | पुढे, तुमचा सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट तयार करतांना, स्पष्टपणे स्ट्राँड मधील अक्षरांना निर्देशीत करा. |
| 04:24 | nucleotides किंवा amino acids साठी अक्षरांचे कोडचे सीक्वेन्स आहे किंवा नाही ते निर्दिष्ट करणे. |
| 04:32 | तसे करण्यासाठी, आपण Alphabet पॅकेज मधून IUPAC मॉड्यूल वापरुया. |
| 04:38 | प्रॉंप्ट वर, टाइप करा: from Bio dot Alphabet import IUPAC. एंटर दाबा. |
| 04:48 | लक्ष्यात द्या की आपण "Seq" आणि "IUPAC" मॉड्यूल्स लोड करण्यासाठी import आणि from स्टेट्मेंट्स वापरले आहेत. |
| 04:56 | cdna नावाच्या वेरियबल मध्ये सीक्वेन्स ऑब्जेक्टला संचित करा. |
| 05:01 | प्रॉंप्ट वर, सामान्य स्ट्रिंग्स मध्ये टाइप करा: cdna equal to Seq. |
| 05:08 | सीक्वेन्सला दुहेरी अवतरण आणि कंसात संलग्न करा. |
| 05:13 | आपल्याला माहीत आहे की सीक्वेन्स हे DNA फ्रॅग्मेंट आहे. त्यामुळे, आर्ग्यूमेंट म्हणून अल्फाबेट ऑब्जेक्ट टाइप करा: unambiguous DNA. |
| 05:21 | आउटपुट साठी, टाइप करा: cdna. एंटर दाबा. |
| 05:26 | आउटपुट, सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट म्हणून DNA sequence दाखवते. |
| 05:30 | संबंधित mRNA मध्ये, कोडिंग DNA स्ट्राँडला ट्रान्स्क्राइब करू. |
| 05:35 | आपण transcribe पद्धती मध्ये निर्मित Seq मॉड्यूलस वापरुया. |
| 05:39 | खालील कोड टाइप करा: |
| 05:41 | वेरियबल mrna मध्ये आउटपुट संचित करा. |
| 05:45 | प्रॉंप्ट वर टाइप करा: mrna equal to cdna dot transcribe कंस उघडून बंद करा, एंटर दाबा. |
| 05:55 | आउटपुट साठी, टाइप करा: mrna एंटर दाबा. |
| 06:01 | आउटपुट पहा. |
| 06:02 | transcribe पद्धत, DNA सीक्वेन्स मध्ये Thiamin ला Uracil मध्ये बदलते. |
| 06:09 | पुढे हे mRNA, संबंधित protein सीक्वेन्स मध्ये ट्रान्स्लेट करण्यासाठी, translate पद्धत वापरा. |
| 06:16 | खालील कोड टाइप करा: protein equal to mrna dot translate कंस उघडून बंद करा, एंटर दाबा. |
| 06:27 | जर RNA किंवा DNA सीक्वेन्स, स्टॅंडर्ड जेनेटिक कोड वापरुन अनिर्दिष्ट असेल, तर translate पद्धत ट्रान्स्लेट करते. |
| 06:36 | आउटपुट, अमीनो एसिड सीक्वेन्स दाखवते. |
| 06:40 | आऊटपुट, ट्रान्स्लेट केलेल्या सीक्वेन्स मध्ये stop codons ची उपस्थिती संबंधित माहिती देखील दर्शविते. |
| 06:47 | प्रोटीन सीक्वेन्सच्या शेवटी एस्टरिक्स पहा. ते stop codon दर्शवते. |
| 06:53 | वरील कोड मध्ये, आपण transcription साठी कोडिंग DNA स्ट्राँड वापरले आहेत. |
| 06:59 | Biopython मध्ये, transcribe पद्धत फक्त कोडिंग DNA स्ट्राँड वर कार्य करते. |
| 07:04 | तथापि, खऱ्या बाइयोलॉजिकल सिस्टम्स मध्ये, template strand सह transcription ची प्रक्रिया सुरू होते. |
| 07:11 | जर तुम्ही template strand ने सुरवात करत असाल तर, टर्मिनल वर दाखवल्याप्रमाणे reverse complement पद्धत वापरुन त्याला कोडिंग स्ट्राँड मध्ये रुपांतरित करा. |
| 07:20 | कोडिंग स्ट्राँड साठी, वरील प्रमाणे उर्वरित कोडचे अनुसरण करा. |
| 07:24 | Biopython मध्ये पद्धतींचा वापर करून आम्ही DNA सीक्वेन्सला protein सीक्वेन्स मध्ये ट्रान्स्लेट केले आहे. |
| 07:31 | हा कोड वापरून कोणत्याही आकाराचे DNA सीक्वेन्स, प्रोटीन सीक्वेन्स मध्ये ट्रान्स्लेट केले जाऊ शकते. |
| 07:37 | थोडक्यात |
| 07:38 | ह्या ट्यूटोरियल मध्ये आपण शिकलो: |
| 07:41 | * Biopython चे महत्वाचे वैशिष्ट्ये |
| 07:43 | * लिनक्स ऑपरेटिंग सिस्टम वर डाउनलोड व प्रतिष्ठापन संबंधित माहिती. |
| 07:48 | * दिलेल्या DNA स्ट्राँड साठी एक सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट तयार करणे. |
| 07:52 | * mRNA मध्ये DNA सीक्वेन्स चे Transcription करणे. |
| 07:56 | * प्रोटीन सीक्वेन्स मध्ये mRNA चे ट्रान्स्लेशन करणे. |
| 08:00 | आता, असाइनमेंट साठी- |
| 08:02 | protein सीक्वेन्स मध्ये दिलेले DNA सीक्वेन्सला ट्रान्स्लेट करा. |
| 08:06 | आउटपुट पहा. |
| 08:08 | प्रोटीन सीक्वेन्सच्या अंतर्गत stop codon आहे. |
| 08:11 | जसे नैसर्गिक होते, तसे DNA ला पहिला फ्रेम stop codon पर्यन्त ट्रॅनस्लेट करा. |
| 08:17 | तुमची पूर्ण झालेल्या असाइनमेंट मध्ये खालील कोड असले पाहिजे. |
| 08:20 | लक्ष्य द्या की आपण translate() पद्धत मध्ये to underscore stop वापरले आहेत. आउटपुट पहा. |
| 08:27 | stop codon स्वतः ट्रान्स्लेट केलेले नाही. |
| 08:31 | तुमच्या प्रोटीन सीक्वेन्सच्या शेवटी स्टॉप सिंबल समाविष्ट केलेले नाही. |
| 08:36 | स्क्रीनवर दिसणार्‍या लिंकवर उपलब्ध असलेल्या व्हिडिओमधे तुम्हाला प्रॉजेक्टचा सारांश मिळेल. |
| 08:39 | जर तुमच्याकडे चांगली बॅंडविड्त नसेल तर तुम्ही डाउनलोड करूनही पाहु शकता. |
| 08:43 | स्पोकन ट्युटोरियल प्रॉजेक्ट टीम, कार्यशाळा चालविते, परीक्षा उत्तीर्ण होणा-या विद्यार्थ्यांना प्रमाणपत्रही देते |
| 08:50 | अधिक माहितीसाठी, आम्हाला लिहा. |
| 08:53 | स्पोकन ट्युटोरियल प्रॉजेक्टला अर्थसहाय्य NMEICT, MHRD, Govt of India ने दिले आहे. |
| 08:59 | यासंबंधी माहिती पुढील साईटवर उपलब्ध आहे. |
| 09:03 | मी रंजना भांबळे आपला निरोप घेते. सहभागासाठी धन्यवाद. |
