Difference between revisions of "Biopython/C2/Manipulating-Sequences/Marathi"
From Script | Spoken-Tutorial
(Created page with "{| Border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- | 00:01 | '''Manipulating Sequences''' वरील ट्यूटोरियल मध्ये आप...") |
|||
| Line 173: | Line 173: | ||
|- | |- | ||
| 03:58 | | 03:58 | ||
| − | | उदाहरणार्थ, आपण | + | | उदाहरणार्थ, आपण DNA सीक्वेन्सला दोन स्थितींवर भागू. |
|- | |- | ||
| Line 343: | Line 343: | ||
| 08:01 | | 08:01 | ||
| उदाहरणार्थ – एलनिन मध्ये 5 व्या स्थिती वर उपस्थित बेस पुनर्स्थित करण्यासाठी, टाइप करा: | | उदाहरणार्थ – एलनिन मध्ये 5 व्या स्थिती वर उपस्थित बेस पुनर्स्थित करण्यासाठी, टाइप करा: | ||
| − | + | dna3 कंसात 5 ईक्वल टू डबल कोट्स मध्ये alphabet A. एंटर दाबा. | |
|- | |- | ||
| Line 359: | Line 359: | ||
|- | |- | ||
| 08:35 | | 08:35 | ||
| − | | | + | | Dna3 कंसात 6 सेमिकॉलन 10 ईक्वल टू डबल कोट्स मध्ये ATGC. एंटर दाबा. |
|- | |- | ||
| Line 375: | Line 375: | ||
|- | |- | ||
| 09:07 | | 09:07 | ||
| − | | खालील टाइप करा | + | | खालील टाइप करा dna4 ईक्वल टू dna3 dot to seq कंस उघडून बंद करा. एंटर दाबा. |
|- | |- | ||
Revision as of 13:01, 10 January 2017
| |
|
|---|---|
| 00:01 | Manipulating Sequences वरील ट्यूटोरियल मध्ये आपले स्वागत. |
| 00:06 | या ट्युटोरियलमध्ये आपण एक यादृच्छिक DNA सीक्वेन्स निर्माण करण्यासाठी Biopython टूल्स वापरणार आहोत. |
| 00:13 | * विशिष्ट ठिकाणी DNA सीक्वेन्सला भागणे. |
| 00:17 | * एक नवीन सीक्वेन्स तयार करण्यासाठी दोन सीक्वेन्सला एकत्र करणे जे की कंकॅटेनेट आहे. |
| 00:22 | * सीक्वेन्सची लांबी शोधणे. |
| 00:26 | * प्रत्येक बेसेसची संख्या किंवा स्ट्रिँगचे भाग मोजणे. |
| 00:31 | * एक विशिष्ट बेस किंवा स्ट्रिँगचे भाग शोधणे. |
| 00:35 | * sequence object ला म्यूटबल सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट मध्ये रुपांतरित करणे. |
| 00:40 | ह्या ट्यूटोरियलचे अनुसरण करण्यासाठी तुम्हाला अंडरग्रॅज्युएट बायोकेमिस्ट्री किंवा बायोइन्फर्मेटिक्स आणि मूलभूत Python प्रोग्रँमिंग माहीत असले पाहिजे. |
| 00:51 | जर नसल्यास, दिलेल्या लिंक वरील Python ट्यूटोरियल्स पहा. |
| 00:56 | हा ट्यूटोरियल रेकॉर्ड करण्यासाठी, मी Ubuntu OS वर्जन 14.10 |
| 01:03 | * Python वर्जन 2.7.8 |
| 01:07 | * Ipython interpreter वर्जन 2.3.0 |
| 01:12 | * Biopython वर्जन 1.64 वापरत आहे. |
| 01:16 | मी टर्मिनल उघडून ipython interpreter ला सुरवात करते. |
| 01:21 | एकाच वेळी Ctrl, Alt आणि t किज दाबा. |
| 01:26 | प्रॉंप्ट वर टाइप करा: "ipython" आणि एंटर दाबा. |
| 01:31 | स्क्रीन वर Ipython प्रॉंप्ट दिसेल. |
| 01:35 | Biopython वापरुन, आपण कोणत्याही विशिष्ट लांबीची यादृच्छिक DNA सीक्वेन्स साठी एक sequence object निर्माण करू शकतो. |
| 01:44 | आता 20 बेसेसच्या DNA सीक्वेन्स साठी एक सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट निर्माण करू. |
| 01:50 | प्रॉंप्ट वर टाइप करा: "import random", एंटर दाबा. |
| 01:56 | पुढे, Bio पॅकेज मधून Seq मॉड्यूल इम्पोर्ट करा. |
| 02:01 | अनेकदा Seq ला seek म्हणून उच्चारले जाते. |
| 02:06 | प्रॉंप्ट वर टाइप करा: From Bio dot Seq import Seq. एंटर दाबा. |
| 02:15 | DNA सीक्वेन्स मध्ये अक्षरे निर्देशीत करण्यासाठी Bio.Alphabet मॉड्यूल वापरुया. |
| 02:22 | टाइप करा: from Bio dot Alphabet import generic underscore dna. एंटर दाबा. |
| 02:32 | यादृच्छिक DNA सीक्वेन्स साठी एक सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट तयार करण्यासाठी खालील कमांड टाइप करा. |
| 02:38 | वेरियबल dna1 मध्ये सीक्वेन्स संचित करा. |
| 02:42 | कृपया लक्ष द्या: ह्या कमांड मध्ये, डबल कोट्सच्या एवजी दोन सिंगल कोट्स वापरा. एंटर दाबा |
| 02:50 | आउटपुट साठी, टाइप करा: dna1. एंटर दाबा. |
| 02:55 | आउटपुट, यादृच्छिक DNA सीक्वेन्स साठी sequence object दाखवते. |
| 03:00 | जर तुम्हाला नवीन सीक्वेन्स पाहिजे असेल, तर वरीलप्रमाणे कमांड मिळविण्यासाठी अप-एरो की दाबा. एंटर दाबा. |
| 03:11 | आउटपुट साठी, वेरियबलचे नाव टाइप करा dna1. एंटर दाबा. |
| 03:17 | आउटपुट दाखवते की एक नवीन DNA सीक्वेन्स जे पहिल्या पेक्षा वेगळे आहे. |
| 03:23 | Sequence Objects: बद्दल |
| 03:25 | sequence objects सहसा Python strings सारखे सामान्य कार्य करते. |
| 03:30 | पायथन स्ट्रिंग साठी जे सामान्य कनवेन्शन्स तुम्ही करतात तेच अनुसरा. |
| 03:35 | पायथन मध्ये, आपण स्ट्रिँग मधील 1 च्या एवजी 0 पासून सुरू होणारे अक्षरे मोजू. |
| 03:41 | सीक्वेन्स मधील प्रथम अक्षराची स्थिती शून्य आहे. |
| 03:45 | टर्मिनल वर परत जा. |
| 03:47 | अनेकदा तुम्हाला सीक्वेन्सच्या फक्त एका भागाशी कार्य करण्याची आवश्यकता आहे. |
| 03:52 | आता, सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट्स म्हणून स्ट्रिँगच्या भागांना कसे एक्सट्रॅक्ट करून त्यांना संचित करू ते पाहु. |
| 03:58 | उदाहरणार्थ, आपण DNA सीक्वेन्सला दोन स्थितींवर भागू. |
| 04:04 | प्रथम, 6 आणि 7 बेसेसच्या दरम्यान. |
| 04:08 | हे सीक्वेन्स मधील 6व्या बेस वर सीक्वेन्सच्या सुरवाती पासून एक फ्रॅग्मेंटला एक्सट्रॅक्ट करेल. |
| 04:15 | दुसरा भाग बेसेस 11 आणि 12 च्या दरम्यान असेल. |
| 04:20 | दुसरा फ्रॅग्मेंट सीक्वेन्सच्या 12व्या बेस पासून ते शेवट पर्यंत असेल. |
| 04:26 | प्रॉंप्ट वर, प्रथम फ्रॅग्मेंट एक्सट्रॅक्ट करण्यासाठी खालील कमांड टाइप करा. |
| 04:31 | String1 ईक्वल टू dna1 कंसात 0 सेमिकॉलन 6. |
| 04:39 | प्रथम फ्रॅग्मेंट संचित करण्यासाठी string1 हे वेरियबल आहे. |
| 04:43 | सामान्य पायथन मध्ये उर्वरित कमांड अनुसरण करतात. |
| 04:47 | ह्या कंसात ठेवलेले सुरवाती आणि रद्द स्थिती आहेत जे कोलन ने विभागली जाते. |
| 04:53 | सुरवातची स्थिती इंक्लूसिव (समावेशक) आहेत पण रद्दचि स्थिती एक्सक्लूसिव(विशेष) आहेत. एंटर दाबा. |
| 05:01 | आउटपुट पाहण्यासाठी, टाइप करा: "string1", एंटर दाबा. |
| 05:04 | आउटपुट, सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट म्हणून पहिला फ्रॅग्मेंट दाखवते. |
| 05:10 | सीक्वेन्स मधून दुसरी स्ट्रिँग एक्सट्रॅक्ट करण्यासाठी, अप-एरो की दाबून खालील प्रमाणे कमांड एडिट करा. |
| 05:17 | वेरियबलचे नाव बदलून string2 करा आणि स्थिती 11 आणि 20 करा. |
| 05:24 | आउटपुट साठी, टाइप करा: "string2". एंटर दाबा. |
| 05:30 | आता आपल्याकडे सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट म्हणून 2 रा फ्रॅग्मेंट देखील आहे. |
| 05:34 | आपण एकत्र जुळवू, जसे की, एक नवीन फ्रॅग्मेंट तयार करण्यासाठी दोन स्ट्रिंग्सना जोडु. |
| 05:42 | वेरियबल dna2 मध्ये नवीन सीक्वेन्स संचित करूया. |
| 05:46 | टाइप करा: dna2 equal to string1 plus string2. एंटर दाबा. |
| 05:53 | कृपया लक्षात घ्याः आपण विजोड मूळाक्षरांसह सीक्वेन्सेस जोडू शकत नाही. |
| 05:59 | म्हणून, आपण एक नवीन सीक्वेन्स तयार करण्यासाठी DNA सीक्वेन्स आणि प्रोटीन सीक्वेन्स एकत्र जुळवू शकत नाही. |
| 06:07 | दोन्ही सीक्वेन्सेसना समान अक्षरांचे गुणधर्म असणे आवश्यक आहे. |
| 06:12 | आउटपुट पाहाण्यसाठी, टाइप करा: "dna2". एंटर दाबा. |
| 06:17 | आउटपुट एक नवीन सीक्वेन्स दाखवते जे string1 आणि string2 चे एकीकरण आहे. |
| 06:23 | नवीन सीक्वेन्सची लांबी काढण्यास, आपण len फंक्शन वापरुया. |
| 06:29 | टाइप करा: "len" कंसात "dna2". एंटर दाबा. |
| 06:34 | आउटपुट, 15 बेसेस लांब म्हणून सीक्वेन्स दाखवते. |
| 06:39 | आपण सीक्वेन्स मधील उपस्थित प्रत्येक बेसेसची संख्या देखील मोजू शकतो. |
| 06:44 | हे करण्यासाठी, आपण count() फंक्शन वापरुया. |
| 06:47 | उदाहरणार्थ – सीक्वेन्स मधील उपस्थित alanines ची संख्या मोजण्यासाठी, खालील कमांड टाइप करा:
dna2 dot count कंसात डबल कोट्स मध्ये alphabet A. |
| 07:02 | एंटर दाबा. |
| 07:04 | आउटपुट, सीक्वेन्स dna2 मधील उपस्थित alanines ची संख्या दाखवते. |
| 07:10 | विशिष्ट बेस किंवा स्ट्रिँगचे भाग शोधण्यासाठी, आपण find() फंक्शन वापरुया. |
| 07:16 | टाइप करा: dna2 dot find कंसात डबल कोट्स मध्ये "GC". एंटर दाबा. |
| 07:26 | आउटपुट, स्ट्रिँग मधील GC चा देखावा पहिल्या टप्प्याच्या स्थितीत दर्शवितात. |
| 07:32 | साधारणपणे सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट एडिट केले जाऊ शकत नाही. |
| 07:35 | सीक्वेन्स एडिट करण्यासाठी, आपल्याला ते म्यूटबल (अस्थिरता) सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट मध्ये रुपांतर करावे लागेल. |
| 07:41 | हे करण्यासाठी, टाइप करा: dna3 equal to dna2 dot to mutable कंस उघडून बंद करा. एंटर दाबा. |
| 07:52 | आउटपुट साठी, टाइप करा: dna3. एंटर दाबा. |
| 07:55 | आता सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट एडिट केले जाऊ शकते. |
| 07:59 | आता सीक्वेन्स मधून बेस पुनर्स्थित करू. |
| 08:01 | उदाहरणार्थ – एलनिन मध्ये 5 व्या स्थिती वर उपस्थित बेस पुनर्स्थित करण्यासाठी, टाइप करा:
dna3 कंसात 5 ईक्वल टू डबल कोट्स मध्ये alphabet A. एंटर दाबा. |
| 08:19 | आउटपुट साठी, टाइप करा: dna3. एंटर दाबा. |
| 08:24 | आउटपुट पहा. 5 च्या स्थिती वर cytosine ला alanine शी पुनर्स्थित केले आहे. |
| 08:31 | स्ट्रिँगचे भाग पुनर्स्थित करण्यासाठी, खालील कमांड टाइप करा. |
| 08:35 | Dna3 कंसात 6 सेमिकॉलन 10 ईक्वल टू डबल कोट्स मध्ये ATGC. एंटर दाबा. |
| 08:45 | आउटपुट साठी, टाइप करा: dna3. एंटर दाबा. |
| 08:52 | आउटपुट दाखवते की 6 ते 9 स्थितीतून 4 बेसेस, नवीन बेसेस ATGC सह पुनर्स्थित केले आहेत. |
| 09:01 | एकदा का तुम्ही सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट एडिट केले, तर त्याला परत “read only” फॉर्म मध्ये रुपांतरित करा. |
| 09:07 | खालील टाइप करा dna4 ईक्वल टू dna3 dot to seq कंस उघडून बंद करा. एंटर दाबा. |
| 09:19 | आउटपुट साठी, टाइप करा: dna4. एंटर दाबा. |
| 09:25 | थोडक्यात. |
| 09:27 | ह्या ट्यूटोरियल मध्ये आपण यादृच्छिक DNA सीक्वेन्स निर्माण करणे शिकलो. |
| 09:32 | * विशिष्ट ठिकाणी DNA सीक्वेन्स भागणे. |
| 09:36 | * एक नवीन सीक्वेन्स तयार करण्यासाठी दोन सीक्वेन्सला एकत्र करणे जे की कंकॅटीनेट आहे. |
| 09:43 | आपण len, count आणि find फंक्शन्स कसे वापरणे हे देखील शिकलो. |
| 09:49 | * सीक्वेन्स ऑब्जेक्टला, म्यूटबल सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट मध्ये रुपांतरित करणे आणि स्ट्रिँगचे भाग किंवा बेस पुनर्स्थित करणे. |
| 09:57 | असाइनमेंट साठी, 30 बेसेसचा यदृशिक DNA sequence निर्माण करा. |
| 10:02 | Biopython टूल्स वापरुन, GC पर्सेंटेज आणि सीक्वेन्सच्या आण्विक वजनाची गणना करा. |
| 10:09 | तुमची पूर्ण झालेली असाइनमेंट खालील प्रमाणे असेल. |
| 10:13 | आउटपुट, पर्सेंटेज म्हणून GC कॉंटेंट दाखवते. |
| 10:18 | आउटपुट, DNA सीक्वेन्स चे आण्विक वजन दाखवते. |
| 10:23 | स्क्रीनवर दिसणार्‍या लिंकवर उपलब्ध असलेल्या व्हिडिओमधे तुम्हाला प्रॉजेक्टचा सारांश मिळेल. |
| 10:26 | जर तुमच्याकडे चांगली बॅंडविड्त नसेल तर तुम्ही वीडियो डाउनलोड करूनही पाहु शकता. |
| 10:30 | कार्यशाळा चालविते, विद्यार्थ्यांना प्रमाणपत्रही देते. |
| 10:32 | कृपया आम्हाला संपर्क करा. |
| 10:35 | स्पोकन ट्युटोरियल प्रॉजेक्टला अर्थसहाय्य NMEICT, MHRD, Govt of India ने दिले आहे. |
| 10:43 | मी रंजना भांबळे आपला निरोप घेते. सहभागासाठी धन्यवाद. |
