Difference between revisions of "Jmol-Application/C3/Structures-from-Database/Gujarati"
From Script | Spoken-Tutorial
Jyotisolanki (Talk | contribs) |
Jyotisolanki (Talk | contribs) |
||
Line 298: | Line 298: | ||
| 05:56 | | 05:56 | ||
| સ્ટ્રક્ચરને બનાવવા અને .મોલ ફોરમેટમાં સેવ કરવા માટે '''Analysis of Compounds ''' ટ્યુટોરિયલ જુઓ. | | સ્ટ્રક્ચરને બનાવવા અને .મોલ ફોરમેટમાં સેવ કરવા માટે '''Analysis of Compounds ''' ટ્યુટોરિયલ જુઓ. | ||
+ | |||
|- | |- | ||
| 06:05 | | 06:05 | ||
Line 344: | Line 345: | ||
|- | |- | ||
|07:03 | |07:03 | ||
− | | '''Hydrogens''' | + | | સ્ટ્રક્ચર પર '''Hydrogens''' ઉમેર્યા છે અને એનર્જી મીનીમાઇઝ કરી છે. |
|- | |- | ||
| 07:08 | | 07:08 | ||
− | | | + | | '''.mol''' ફાઈલની જેમ,આપણે મેનુબાર અને પોપ-અપ મેનુનો પણ ઉપયોગ કરીને ડિસ્પ્લે બદલી શકીએ છીએ. |
|- | |- | ||
| 07:15 | | 07:15 | ||
− | | | + | | અહી '''Jmol.''' માં '''Adenosine.mol ''' નું '''3D''' મોડલ છે. |
|- | |- | ||
| 07:19 | | 07:19 | ||
− | | | + | |અને આ '''Jmol.''' માં '''Alpha-D-glucopyranose.mol ''' નું '''3D''' મોડલ છે. |
|- | |- | ||
| 07:25 | | 07:25 | ||
− | | Let's summarize | + | | Let's summarize ચાલો સારાંશ લઈએ. |
|- | |- | ||
| 07:27 | | 07:27 | ||
− | | | + | | આ ટ્યુટોરીયલ માં આપણે શીખ્યા |
|- | |- | ||
| 07:32 | | 07:32 | ||
− | | * | + | | * '''Pubchem''' ડેટા બેસથી કેમિકલ સ્ટ્રક્ચર લોડ કરતા. |
|- | |- | ||
| 07:34 | | 07:34 | ||
− | | * | + | | * '''Phenol''' અને '''Cholesterol''' ના ડિસ્પ્લે રૂપાંતરણ કરતા. |
|- | |- | ||
| 07:38 | | 07:38 | ||
− | | * | + | | * '''GChemPaint''' માં બનેલ '''2D''' સ્ટ્રક્ચરને જેમોલમાં '''3D''' મોડલ્સમાં બદલતા. |
|- | |- | ||
| 07:44 | | 07:44 | ||
− | | * | + | | * '''Alanine, Adenosine''' અને '''Alpha-D-glucopyranose ''' ના '''2D''' સ્ટ્રક્ચરને '''3D''' મોડેલ્સમાં બદલતા. |
|- | |- | ||
| 07:53 | | 07:53 | ||
− | | | + | | અહી હજુ એક અસાઇનમેન્ટ છે. |
|- | |- | ||
| 07:56 | | 07:56 | ||
− | | # Draw | + | | # Draw structures of the following in '''GChemPaint.''' માં આપેલ '''Amino acids''' ના '''2D''' સ્ટ્રક્ચર બનાવો. |
|- | |- | ||
Line 404: | Line 405: | ||
|- | |- | ||
| 08:06 | | 08:06 | ||
− | | # | + | | # '''.mol ''' ફાઈલ તરીકે સેવ કરો. |
|- | |- | ||
| 08:09 | | 08:09 | ||
− | | # | + | | # '''Jmol''' ફાઈલ ખોલો અને અને ડીસ્લ્પેને રૂપાંતરિત કરતા. |
|- | |- | ||
| 08:12 | | 08:12 | ||
− | | | + | | આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ વિડીયો નિહાળો. |
[http://spoken-tutorial.org/What ttp://spoken-tutorial.org/What]_is_a_Spoken_ Tutorial | [http://spoken-tutorial.org/What ttp://spoken-tutorial.org/What]_is_a_Spoken_ Tutorial | ||
|- | |- | ||
| 08:16 | | 08:16 | ||
− | | | + | | તે સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે. |
|- | |- | ||
| 08:19 | | 08:19 | ||
− | | | + | | જો તમારી પાસે સારી બેન્ડવિડ્થ ન હોય તો, તમે વિડીયો ડાઉનલોડ કરીને જોઈ શકો છો. |
|- | |- | ||
| 08:23 | | 08:23 | ||
− | | | + | | સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટ ટીમ: |
|- | |- | ||
| 08:26 | | 08:26 | ||
− | | | + | | સ્પોકન ટ્યુટોરીયલોનાં ઉપયોગથી વર્કશોપોનું આયોજન કરે છે. |
|- | |- | ||
| 08:29 | | 08:29 | ||
− | | | + | | જેઓ ઓનલાઈન પરીક્ષા પાસ કરે છે તેઓને પ્રમાણપત્રો આપે છે. |
|- | |- | ||
| 08:33 | | 08:33 | ||
− | | | + | | વધુ વિગતો માટે, કૃપા કરી, '''contact@spoken-tutorial.org''' પર લખો. |
|- | |- | ||
| 08:40 | | 08:40 | ||
− | | | + | | સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટ ટોક ટુ અ ટીચર પ્રોજેક્ટનો એક ભાગ છે. |
|- | |- | ||
| 08:45 | | 08:45 | ||
− | | | + | | જેને આઈસીટી, એમએચઆરડી, ભારત સરકાર મારફતે શિક્ષણ પર નેશનલ મિશન દ્વારા આધાર અપાયેલ છે. |
|- | |- | ||
| 08:52 | | 08:52 | ||
− | | | + | | આ મિશન પર વધુ માહિતી આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ છે. [http://spoken-tutorial.org/NMEICT-Intro http://spoken-tutorial.org/NMEICT-][http://spoken-tutorial.org/NMEICT-Intro Intro] ] |
|- | |- | ||
| 08:57 | | 08:57 | ||
− | | | + | | '''IIT Bombay''' તરફથી હું, જ્યોતી સોલંકી વિદાય લઉં છું. જોડાવાબદ્દલ આભાર. |
|} | |} |
Revision as of 10:50, 30 March 2015
Time | Narration |
00:01 | જેમોલ એપ્લીકેશનમાં Structures from Databases પરનાં આ ટ્યુટોરીયલમાં સ્વાગત છે. |
00:07 | આ ટ્યુટોરીયલમાં, આપણે આપેલ શીખીશું, |
00:10 | * PubChem ડેટાબેસ થી રાસાયણિક સ્ટ્રક્ચર લોડ કરવા અને |
00:14 | * GChemPaint માં બનાવેલ 2D સ્ટ્રક્ચર ને Jmol માં 3D માં બદલતા. |
00:21 | આ ટ્યુટોરીયલનાં અનુસરણ માટે તમને Jmol Applicationનું જ્ઞાન હોવું અનિવાર્ય છે. |
00:27 | જો નથી, તો નીચે આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ સંદર્ભિત ટ્યુટોરીયલો નિહાળો. |
00:33 | આ ટ્યુટોરીયલ રેકોર્ડ કરવા માટે, હું વાપરી રહ્યી છું . |
00:35 | * ઉબુન્ટુ લીનક્સ OS આવૃત્તિ. 12.04 |
00:40 | * Jmol આવૃત્તિ 12.2.2 |
00:44 | * Java આવૃત્તિ 7 |
00:46 | * GChemPaint આવૃત્તિ 0.12.10 |
00:51 | * Mozilla Firefox browser 22.0 |
00:56 | મેં એક નવી જેમોલ એપ્લીકેશ વિન્ડો ખોલ્યું છે. |
01:00 | Jmol ડેટાબેસ યાદીબધ્ધ કંપાઉન્ડથી સ્ટ્રક્ચરને લોડ કરવાનું ફીચર ધરાવે છે. |
01:07 | મેનુ બાર પર ફાઈલ મેનુ 'Get MOL'. વિકલ્પ ધરાવે છે. |
01:12 | આ રાસાયણિક સ્ટ્રક્ચર ડેટાબેસ 'PubChem'. થી અણુ ને લોડ કરે છે. |
01:17 | આ Protein Data Bank થી સ્ટ્રક્ચરને લોડ કરવા માટે એક અન્ય વિકલ્પ 'Get PDB' રાખે છે. |
01:26 | આ વિષે વધુ જાણકારી બીજા અન્ય ટ્યુટોરીયલમાં સમજાવ્યું છે. |
01:31 | પેનલ પર રાસાયણિક સ્ટ્રક્ચર લોડ કરવા માટે 'Get Mol' પર ક્લિક કરો. |
01:36 | Andialog box opens on the screen. સ્ક્રીન પર 'Input' ડાઈલોગ બોક્સ ખુલે છે. |
01:40 | ડેટાબેસમાં યાદી બધ્ધ કોઈ પણ અણુ ટેક્સ્ટ બોક્સમાં આપેલ ટાઈપ કરીને લોડ કરી શકાય છે : |
01:48 | કોમન નેમ અથવા IUPAC નેમ |
01:51 | CAS નંબર |
01:54 | CID નંબર |
01:56 | InChi identifier અથવા |
01:58 | SMILES identifier |
02:01 | એક ચોક્કસ કેમિકલ ના આઇડેન્ટિફિકેશન નંબરની જાણકારી માટે Pubchem ડેટાબેસની વેબસાઈટ પર જાઓ. |
02:09 | હવે સ્ક્રીન પર phenol દેખાય છે. |
02:13 | Input text box. તો ઈનપુટ ટેક્સ્ટ બોક્સમાં ટાઈપ કરો 'phenol' . |
02:16 | OK બટન પર ક્લિક કરો. |
02:20 | phenol નું મોડલ પેનલ પર દેખાય છે. |
02:24 | આપણે વિવિધ રેન્ડરીંગ નો ઉપયોગ કરીને phenol ના દેખાવને બદલી શકીએ છીએ. |
02:30 | આ વિકલ્પ Menu bar અને Pop-up menu માં યાદી બધ્ધ કરેલ છે. |
02:36 | આપણે phenol' ના બેન્ઝીન રીંગમાં સ્બ્સીટ્યુઅન્ટસ ઉમેરી શકીએ છીએ. |
02:41 | પ્રથમ મોડલમાં પરમાણુને લેબલ કરે છે. |
02:45 | display મેનુ પર ક્લિક કરો, અને label પસંદ કરો. number વિકલ્પ પર ક્લિક કરો. |
02:52 | હવે કાર્બન પરમાણુ નંબર 4 થી જોડાયેલા હાઇડ્રોજન નંબર 10 ને અમીનો ગ્રુપ થી બદલો. |
03:00 | modelkit મેનુને ખોલો, વિકલ્પ માંથી nitrogen પસંદ કરો. |
03:06 | hydrogen number 10 પર ક્લિક કરો. |
03:09 | પેનલ પર આ Para-Amino Phenol નો અણુ છે. |
03:14 | આપણે ડિસ્પ્લેને Sticks display થી બદલશું. |
03:18 | modelkit મેનુ થી બહાર જાઓ. |
03:21 | પોપ અપ મેનુ ખોલો, સ્ક્રોલ કરી Style પર જાઓ, Scheme પસંદ કરો Sticks વિકલ્પ પર ક્લિક કરો. |
03:30 | પેનલ પર આપણી પાસે સ્ટીક ડિસ્પ્લેમેં Para-Amino-phenol નું મોડેલ છે. |
03:36 | કોમ્પ્લેક્સ સ્ટ્રક્ચર જેને બનાવવું મુશ્કિલ છે,પેનલ પર સરળતાથી લોડ કરી શકાય છે. |
03:42 | ઉદાહરણ તરીકે cholesterol. |
03:45 | File મેનુ પર ક્લિક કરો. |
03:47 | Get Mol વિકલ્પ પર ક્લિક કરો , ટેક્સ્ટ બોક્સમાં ટાઈપ કરો Cholesterol . |
03:54 | OK બટન પર ક્લિક કરો. |
03:57 | પેનલ પર Cholesterol નો અણુ દેખાય છે. |
04:02 | આપણે અણુ માં ફીચરો જેમકે double-bond અને side-chain ને હાઈલાઈટ કરી શકાય છે. |
04:08 | ડબલ -બોન્ડને હાઈલાઈટ કરવા માટે પ્રથમ ડબલ -બોન્ડના કાર્બન પરમાણુના રંગ ને બદલો. |
04:15 | ટૂલબાર માં 'Select atoms' આઇકન પર ક્લિક કરો. |
04:19 | પછી ડબલ-બોન્ડમાં સામેલ થયેલ carbon પરમાણુ પર ક્લિક કરો. |
04:24 | પરમાણુના ચારો તરફે પીળો હેલો દેખાય છે. |
04:28 | Pop-up-મેનુ ને ખોલો. |
04:30 | Color પર સ્કોલ કરો, Atoms પસંદ કરો અને Orange વિકલ્પ પર ક્લિક કરો. |
04:37 | હવે ટૂલબાર પર “Rotate molecule” વિકલ્પ પર ક્લિક કરો. |
04:42 | The double-bond in the cholesterol મોડલમાં ડબલ-બોન્ડ હવે નારંગી રંગ માં છે. |
04:49 | તેજ રીતે આપણે સાઈડ ચેનમાં કાર્બનસ ને હાઈલાઈટ કરી શકીએ છીએ. |
04:54 | Pop-up-મેનુનો ઉપયોગ કરીને જાંબુડી માં બદલીએ. |
04:59 | પેનલ પર આપણી પાસે હાઈલાઈટ કરેલ મહત્વપૂર્ણ ફીચરો સાથે Cholesterol નો મોડલ છે. |
05:06 | અસાઇનમેન્ટ તરીકે, |
05:08 | * ડેટાબેસ થી caffeine નું સ્ટ્રક્ચર લોડ કરો. |
05:11 | * અણુમાં મહ્ત્વપૂર્ણ ફીચરોને હાઈલાઈટ કરો . |
05:15 | * ડિસ્પ્લેને wireframe માં રૂપાંતરિત કરો. |
05:19 | હવે હું Jmol. ના અન્ય મ્હ્ત્વપૂર્ણ ફીચર વિષે બતાવીશ. |
05:24 | આપણે અણુઓ ના 2D સ્ટ્રક્ચરને અન્ય સોફ્ટવેરમાં 3D મોડલમાં બદલી શકીએ છીએ. |
05:31 | અહી પેનલ પર મારી પાસે aminoacid Alanine મોડેલ છે. |
05:36 | આ અણુ નો 2D સ્ટ્રક્ચર GChemPaint. નમક સોફ્ટવેરમાં બનાવ્યો છે. |
05:42 | સ્ટ્રક્ચરને .mol ફાઈલ તરીકે સેવ કરેલ છે. |
05:46 | GchemPaint એ 2D કેમિકલ સ્ટ્રક્ચર બનાવવા માટે ઓપન સોર્સ સોફ્ટવેર છે . |
05:51 | GChemPaint પર ટ્યુટોરિયલ્સ આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ છે. |
05:56 | સ્ટ્રક્ચરને બનાવવા અને .મોલ ફોરમેટમાં સેવ કરવા માટે Analysis of Compounds ટ્યુટોરિયલ જુઓ. |
06:05 | Shown on this આ Gchempaint પર ડિસ્પ્લે એરિયા 2D ડ્રોઈંગ બતાડ્યા પ્રમાણે છે. |
06:10 | * Amino acid -Alanine |
06:12 | * Nuclioside -Adenosine |
06:14 | * Saccharide -Alpha-D glucopyranose |
06:19 | મેં આને .mol ફોરમેટમાં ડેસ્કટોપ પર સેવ કર્યું છે. |
06:24 | પ્રથમ Alanine ના 2D સ્ટ્રક્ચરને Jmol Application માં 3D મોડલમાં જોઈએ છીએ, |
06:32 | તો હું નવો Jmol વિન્ડો ખોલીશ. |
06:36 | ટૂલબારમાં Open a file' આઇકન પર ક્લિક કરો. |
06:40 | હું ડેસ્કટોપDesktop ફોલ્ડર પસંદ કરીશ અને open પર ક્લિક કરીશ.Alanine.mol ફાઈલ પસંદ કરો અને open પર ક્લિક કરો. |
06:51 | સ્ક્રીન પર 'Alanine' નું મોડલ દેખાય છે. |
06:55 | modelkit મેનુ ખોલો અને 'fix hydrogens and minimize' વિકલ્પ પર ક્લિક કરો. |
07:03 | સ્ટ્રક્ચર પર Hydrogens ઉમેર્યા છે અને એનર્જી મીનીમાઇઝ કરી છે. |
07:08 | .mol ફાઈલની જેમ,આપણે મેનુબાર અને પોપ-અપ મેનુનો પણ ઉપયોગ કરીને ડિસ્પ્લે બદલી શકીએ છીએ. |
07:15 | અહી Jmol. માં Adenosine.mol નું 3D મોડલ છે. |
07:19 | અને આ Jmol. માં Alpha-D-glucopyranose.mol નું 3D મોડલ છે. |
07:25 | Let's summarize ચાલો સારાંશ લઈએ. |
07:27 | આ ટ્યુટોરીયલ માં આપણે શીખ્યા |
07:32 | * Pubchem ડેટા બેસથી કેમિકલ સ્ટ્રક્ચર લોડ કરતા. |
07:34 | * Phenol અને Cholesterol ના ડિસ્પ્લે રૂપાંતરણ કરતા. |
07:38 | * GChemPaint માં બનેલ 2D સ્ટ્રક્ચરને જેમોલમાં 3D મોડલ્સમાં બદલતા. |
07:44 | * Alanine, Adenosine અને Alpha-D-glucopyranose ના 2D સ્ટ્રક્ચરને 3D મોડેલ્સમાં બદલતા. |
07:53 | અહી હજુ એક અસાઇનમેન્ટ છે. |
07:56 | # Draw structures of the following in GChemPaint. માં આપેલ Amino acids ના 2D સ્ટ્રક્ચર બનાવો. |
08:01 | * Cysteine |
08:03 | * Histidine |
08:04 | * Phenylalanine |
08:06 | # .mol ફાઈલ તરીકે સેવ કરો. |
08:09 | # Jmol ફાઈલ ખોલો અને અને ડીસ્લ્પેને રૂપાંતરિત કરતા. |
08:12 | આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ વિડીયો નિહાળો.
ttp://spoken-tutorial.org/What_is_a_Spoken_ Tutorial |
08:16 | તે સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે. |
08:19 | જો તમારી પાસે સારી બેન્ડવિડ્થ ન હોય તો, તમે વિડીયો ડાઉનલોડ કરીને જોઈ શકો છો. |
08:23 | સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટ ટીમ: |
08:26 | સ્પોકન ટ્યુટોરીયલોનાં ઉપયોગથી વર્કશોપોનું આયોજન કરે છે. |
08:29 | જેઓ ઓનલાઈન પરીક્ષા પાસ કરે છે તેઓને પ્રમાણપત્રો આપે છે. |
08:33 | વધુ વિગતો માટે, કૃપા કરી, contact@spoken-tutorial.org પર લખો. |
08:40 | સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટ ટોક ટુ અ ટીચર પ્રોજેક્ટનો એક ભાગ છે. |
08:45 | જેને આઈસીટી, એમએચઆરડી, ભારત સરકાર મારફતે શિક્ષણ પર નેશનલ મિશન દ્વારા આધાર અપાયેલ છે. |
08:52 | આ મિશન પર વધુ માહિતી આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ છે. http://spoken-tutorial.org/NMEICT-Intro ] |
08:57 | IIT Bombay તરફથી હું, જ્યોતી સોલંકી વિદાય લઉં છું. જોડાવાબદ્દલ આભાર. |