Difference between revisions of "Jmol-Application/C3/Structures-from-Database/Gujarati"

From Script | Spoken-Tutorial
Jump to: navigation, search
Line 165: Line 165:
 
|-
 
|-
 
|03:14  
 
|03:14  
−
|We will change the display to આપણે ડિસ્પ્લેને '''Sticks display''' થી બદલશું.
+
|  આપણે ડિસ્પ્લેને '''Sticks display''' થી બદલશું.
  
 
|-
 
|-
 
| 03:18
 
| 03:18
−
| Exit the '''modelkit''' મેનુ થી બહાર જાઓ.
+
| '''modelkit''' મેનુ થી બહાર જાઓ.
  
 
|-
 
|-
 
| 03:21
 
| 03:21
−
| Open the Pop-up menu, scroll down to '''Style ''', select '''Scheme''' and click on '''Sticks''' options.
+
| પોપ અપ મેનુ ખોલો, સ્ક્રોલ કરી '''Style ''' પર જાઓ, '''Scheme''' પસંદ કરો '''Sticks''' વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
  
 
|-
 
|-
 
| 03:30
 
| 03:30
−
| On the panel we have a model of '''Para-Amino-phenol''' in sticks display.
+
| પેનલ પર આપણી પાસે સ્ટીક ડિસ્પ્લેમેં '''Para-Amino-phenol''' નું મોડેલ છે.
  
 
|-
 
|-
 
| 03:36
 
| 03:36
−
| Complex structures, which are difficult to create, can easily be loaded on the '''panel'''.
+
| કોમ્પ્લેક્સ સ્ટ્રક્ચર જેને બનાવવું મુશ્કિલ છે,પેનલ પર સરળતાથી લોડ કરી શકાય છે.
  
 
|-
 
|-
 
| 03:42
 
| 03:42
−
| For example '''cholesterol.'''  
+
| ઉદાહરણ તરીકે  '''cholesterol.'''  
  
 
|-
 
|-
 
| 03:45
 
| 03:45
−
| Click on '''File''' menu
+
| '''File''' મેનુ પર ક્લિક કરો.
  
 
|-
 
|-
 
| 03:47
 
| 03:47
−
| Click on '''Get Mol''' option,   in the text box type '''Cholesterol '''.
+
| '''Get Mol''' વિકલ્પ પર ક્લિક કરો , ટેક્સ્ટ બોક્સમાં ટાઈપ કરો '''Cholesterol '''.
  
 
|-
 
|-
 
| 03:54
 
| 03:54
−
| click on '''OK''' button.
+
| '''OK''' બટન પર ક્લિક કરો.
  
 
|-
 
|-
 
| 03:57
 
| 03:57
−
| A molecule of '''Cholesterol '''is displayed on the '''panel'''.  
+
| પેનલ પર  '''Cholesterol ''' નો અણુ દેખાય છે.
  
 
|-
 
|-
 
| 04:02
 
| 04:02
−
| We can highlight the features like '''double-bond''' and '''side-chain '''in the molecule'''.'''
+
|આપણે અણુ માં ફીચરો જેમકે '''double-bond''' અને  '''side-chain ''' ને હાઈલાઈટ કરી શકાય છે.  
  
 
|-
 
|-
 
| 04:08
 
| 04:08
−
| To highlight double-bond,  let us first change the color of '''carbon''' atoms of the double-bond.  
+
| ડબલ -બોન્ડને હાઈલાઈટ કરવા માટે પ્રથમ ડબલ -બોન્ડના કાર્બન પરમાણુના રંગ ને બદલો.
  
 
|-
 
|-
 
| 04:15
 
| 04:15
−
| Click on ''''Select atoms'''' icon in the tool bar.
+
| ટૂલબાર માં  ''''Select atoms'''' આઇકન પર ક્લિક કરો.
  
 
|-
 
|-
 
| 04:19
 
| 04:19
−
| Then click on the '''carbon''' atoms involved in the double-bond.
+
| પછી ડબલ-બોન્ડમાં સામેલ થયેલ '''carbon''' પરમાણુ પર ક્લિક કરો.
  
 
|-
 
|-
 
| 04:24
 
| 04:24
−
| A yellow halo appears around the atoms.
+
| પરમાણુના ચારો તરફે પીળો હેલો દેખાય છે.
  
 
|-
 
|-
 
| 04:28
 
| 04:28
−
| Open the Pop-up-menu.
+
| Pop-up-મેનુ ને ખોલો.
  
 
|-
 
|-
 
| 04:30
 
| 04:30
−
| Scroll down to '''Color''', select '''Atoms''' and click on '''Orange''' option.  
+
| '''Color''' પર સ્કોલ કરો, '''Atoms''' પસંદ કરો  અને  '''Orange''' વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.  
  
 
|-
 
|-
 
| 04:37
 
| 04:37
−
| Now Click on ''' “Rotate molecule”''' option in the tool bar.
+
| હવે ટૂલબાર પર  ''' “Rotate molecule”''' વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
  
 
|-
 
|-
 
| 04:42
 
| 04:42
−
| The double-bond in the '''cholesterol '''model is now in orange color.
+
| The double-bond in the '''cholesterol ''' મોડલમાં  ડબલ-બોન્ડ હવે નારંગી રંગ માં છે.
  
 
|-
 
|-
 
| 04:49
 
| 04:49
−
| Similarly, we can highlight the '''carbons '''in the side-chain.
+
| તેજ રીતે આપણે  સાઈડ ચેનમાં કાર્બનસ ને હાઈલાઈટ કરી શકીએ છીએ.  
  
 
|-
 
|-
 
| 04:54
 
| 04:54
−
| Using '''Pop-up'''-menu change the color to violet.
+
| '''Pop-up'''-મેનુનો ઉપયોગ કરીને જાંબુડી માં બદલીએ.
  
 
|-
 
|-
 
|04:59
 
|04:59
−
| On the '''panel, '''we have a model of '''Cholesterol '''with important features highlighted.  
+
| પેનલ પર આપણી પાસે હાઈલાઈટ કરેલ મહત્વપૂર્ણ ફીચરો સાથે '''Cholesterol ''' નો મોડલ છે.
  
 
|-
 
|-
 
| 05:06
 
| 05:06
−
| As an assignment,
+
| અસાઇનમેન્ટ તરીકે,
  
 
|-
 
|-
 
| 05:08
 
| 05:08
−
| * Load structure of caffeine from '''Pubchem''' database .
+
| * ડેટાબેસ થી '''caffeine''' નું સ્ટ્રક્ચર લોડ કરો.
  
 
|-
 
|-
 
| 05:11
 
| 05:11
−
| * Highlight the important features in the molecule.
+
| * અણુમાં મહ્ત્વપૂર્ણ ફીચરોને હાઈલાઈટ  કરો .
  
 
|-
 
|-
 
| 05:15
 
| 05:15
−
| * Modify the display to '''wireframe'''.
+
| * ડિસ્પ્લેને '''wireframe''' માં રૂપાંતરિત કરો.  
  
 
|-
 
|-
 
| 05:19
 
| 05:19
−
| Now I will discuss another important feature of '''Jmol.'''
+
| હવે હું '''Jmol.''' ના અન્ય મ્હ્ત્વપૂર્ણ ફીચર વિષે બતાવીશ.
  
 
|-
 
|-
 
| 05:24
 
| 05:24
−
| We can convert 2D structures of molecules drawn in another software into 3D models.
+
| આપણે અણુઓ ના '''2D'''  સ્ટ્રક્ચરને અન્ય સોફ્ટવેરમાં  '''3D'''  મોડલમાં બદલી શકીએ છીએ.
  
 
|-
 
|-
 
| 05:31
 
| 05:31
−
| Here I have a model of '''aminoacid Alanine''' on the panel.
+
| અહી પેનલ પર મારી પાસે  '''aminoacid Alanine''' મોડેલ છે.
  
 
|-
 
|-
 
| 05:36
 
| 05:36
−
| 2D structure of this molecule was drawn in software called '''GChemPaint.'''
+
| આ અણુ નો '''2D''' સ્ટ્રક્ચર  '''GChemPaint.''' નમક સોફ્ટવેરમાં બનાવ્યો છે.
  
 
|-
 
|-
 
| 05:42
 
| 05:42
−
| The structure was saved as a '''.mol '''file.  
+
|   સ્ટ્રક્ચરને '''.mol ''' ફાઈલ તરીકે સેવ કરેલ છે.
  
 
|-
 
|-
 
| 05:46
 
| 05:46
−
| '''GchemPaint '''is an Open source software for drawing 2D chemical structures.
+
| '''GchemPaint '''એ '''2D''' કેમિકલ સ્ટ્રક્ચર બનાવવા માટે ઓપન સોર્સ સોફ્ટવેર છે .
  
 
|-
 
|-
 
| 05:51
 
| 05:51
−
| Tutorials on '''GChemPaint '''are available at the following link.
+
|   '''GChemPaint ''' પર  ટ્યુટોરિયલ્સ આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ છે.
  
 
|-
 
|-
 
| 05:56
 
| 05:56
−
| To draw structures and save in .mol format, refer to Analysis of Compounds tutorial.
+
| સ્ટ્રક્ચરને બનાવવા અને  .મોલ ફોરમેટમાં સેવ કરવા માટે '''Analysis of Compounds ''' ટ્યુટોરિયલ જુઓ.  
−
 
+
 
|-
 
|-
 
| 06:05
 
| 06:05
−
| Shown on this Gchempaint display area are 2D drawings of
+
| Shown on this આ '''Gchempaint''' પર ડિસ્પ્લે એરિયા '''2D''' ડ્રોઈંગ બતાડ્યા પ્રમાણે છે.
  
 
|-
 
|-
Line 317: Line 316:
 
|-
 
|-
 
| 06:19
 
| 06:19
−
| I have saved them in '''.mol '''format on my '''Desktop.'''
+
| મેં આને '''.mol ''' ફોરમેટમાં ડેસ્કટોપ પર સેવ કર્યું છે.
  
 
|-
 
|-
 
| 06:24
 
| 06:24
−
| First, let's view the 2D structure of '''Alanine '''as 3D model in '''Jmol Application'''.
+
|   પ્રથમ  '''Alanine ''' ના '''2D''' સ્ટ્રક્ચરને '''Jmol Application''' માં '''3D'''  મોડલમાં જોઈએ છીએ,
  
 
|-
 
|-
 
| 06:32
 
| 06:32
−
| So, I will open a new '''Jmol '''window.
+
| તો હું નવો '''Jmol ''' વિન્ડો ખોલીશ.
  
 
|-
 
|-
 
| 06:36
 
| 06:36
−
| Click on ''''Open a file'''' icon in the tool bar.
+
| ટૂલબારમાં '''Open a file'''' આઇકન પર ક્લિક કરો.
  
 
|-
 
|-
 
| 06:40
 
| 06:40
−
| I will choose '''Desktop''' folder and click on open. Choose the file '''Alanine.mol '''and click on '''Open''' button.
+
| હું ડેસ્કટોપ'''Desktop''' ફોલ્ડર પસંદ કરીશ અને '''open''' પર ક્લિક કરીશ.'''Alanine.mol ''' ફાઈલ પસંદ કરો અને '''open''' પર ક્લિક કરો.
  
 
|-
 
|-
 
| 06:51
 
| 06:51
−
| A 3D model of ''''Alanine'''' opens on screen.
+
| સ્ક્રીન પર  ''''Alanine'''' નું મોડલ દેખાય છે.
  
 
|-
 
|-
 
| 06:55
 
| 06:55
−
| Open the '''modelkit menu '''and click on ''''fix hydrogens and minimize'''' option.
+
| '''modelkit ''' મેનુ ખોલો અને  ''''fix hydrogens and minimize'''' વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
  
 
|-
 
|-

Revision as of 16:17, 26 March 2015

Time Narration
00:01 જેમોલ એપ્લીકેશનમાં Structures from Databases પરનાં આ ટ્યુટોરીયલમાં સ્વાગત છે.
00:07 આ ટ્યુટોરીયલમાં, આપણે આપેલ શીખીશું,
00:10 * PubChem ડેટાબેસ થી રાસાયણિક સ્ટ્રક્ચર લોડ કરવા અને
00:14 * GChemPaint માં બનાવેલ 2D સ્ટ્રક્ચર ને Jmol માં 3D માં બદલતા.
00:21 આ ટ્યુટોરીયલનાં અનુસરણ માટે તમને Jmol Applicationનું જ્ઞાન હોવું અનિવાર્ય છે.
00:27 જો નથી, તો નીચે આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ સંદર્ભિત ટ્યુટોરીયલો નિહાળો.
00:33 આ ટ્યુટોરીયલ રેકોર્ડ કરવા માટે, હું વાપરી રહ્યી છું .
00:35 * ઉબુન્ટુ લીનક્સ OS આવૃત્તિ. 12.04
00:40 * Jmol આવૃત્તિ 12.2.2
00:44 * Java આવૃત્તિ 7
00:46 * GChemPaint આવૃત્તિ 0.12.10
00:51 * Mozilla Firefox browser 22.0
00:56 મેં એક નવી જેમોલ એપ્લીકેશ વિન્ડો ખોલ્યું છે.
01:00 Jmol ડેટાબેસ યાદીબધ્ધ કંપાઉન્ડથી સ્ટ્રક્ચરને લોડ કરવાનું ફીચર ધરાવે છે.
01:07 મેનુ બાર પર ફાઈલ મેનુ 'Get MOL'. વિકલ્પ ધરાવે છે.
01:12 આ રાસાયણિક સ્ટ્રક્ચર ડેટાબેસ 'PubChem'. થી અણુ ને લોડ કરે છે.
01:17 આ Protein Data Bank થી સ્ટ્રક્ચરને લોડ કરવા માટે એક અન્ય વિકલ્પ 'Get PDB' રાખે છે.
01:26 આ વિષે વધુ જાણકારી બીજા અન્ય ટ્યુટોરીયલમાં સમજાવ્યું છે.
01:31 પેનલ પર રાસાયણિક સ્ટ્રક્ચર લોડ કરવા માટે 'Get Mol' પર ક્લિક કરો.
01:36 Andialog box opens on the screen. સ્ક્રીન પર 'Input' ડાઈલોગ બોક્સ ખુલે છે.
01:40 ડેટાબેસમાં યાદી બધ્ધ કોઈ પણ અણુ ટેક્સ્ટ બોક્સમાં આપેલ ટાઈપ કરીને લોડ કરી શકાય છે :
01:48 કોમન નેમ અથવા IUPAC નેમ
01:51 CAS નંબર
01:54 CID નંબર
01:56 InChi identifier અથવા
01:58 SMILES identifier
02:01 એક ચોક્કસ કેમિકલ ના આઇડેન્ટિફિકેશન નંબરની જાણકારી માટે Pubchem ડેટાબેસની વેબસાઈટ પર જાઓ.
02:09 હવે સ્ક્રીન પર phenol દેખાય છે.
02:13 Input text box. તો ઈનપુટ ટેક્સ્ટ બોક્સમાં ટાઈપ કરો 'phenol' .
02:16 OK બટન પર ક્લિક કરો.
02:20 phenol નું મોડલ પેનલ પર દેખાય છે.
02:24 આપણે વિવિધ રેન્ડરીંગ નો ઉપયોગ કરીને phenol ના દેખાવને બદલી શકીએ છીએ.
02:30 આ વિકલ્પ Menu bar અને Pop-up menu માં યાદી બધ્ધ કરેલ છે.
02:36 આપણે phenol' ના બેન્ઝીન રીંગમાં સ્બ્સીટ્યુઅન્ટસ ઉમેરી શકીએ છીએ.
02:41 પ્રથમ મોડલમાં પરમાણુને લેબલ કરે છે.
02:45 display મેનુ પર ક્લિક કરો, અને label પસંદ કરો. number વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
02:52 હવે કાર્બન પરમાણુ નંબર 4 થી જોડાયેલા હાઇડ્રોજન નંબર 10 ને અમીનો ગ્રુપ થી બદલો.
03:00 modelkit મેનુને ખોલો, વિકલ્પ માંથી nitrogen પસંદ કરો.
03:06 hydrogen number 10 પર ક્લિક કરો.
03:09 પેનલ પર આ Para-Amino Phenol નો અણુ છે.
03:14 આપણે ડિસ્પ્લેને Sticks display થી બદલશું.
03:18 modelkit મેનુ થી બહાર જાઓ.
03:21 પોપ અપ મેનુ ખોલો, સ્ક્રોલ કરી Style પર જાઓ, Scheme પસંદ કરો Sticks વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
03:30 પેનલ પર આપણી પાસે સ્ટીક ડિસ્પ્લેમેં Para-Amino-phenol નું મોડેલ છે.
03:36 કોમ્પ્લેક્સ સ્ટ્રક્ચર જેને બનાવવું મુશ્કિલ છે,પેનલ પર સરળતાથી લોડ કરી શકાય છે.
03:42 ઉદાહરણ તરીકે cholesterol.
03:45 File મેનુ પર ક્લિક કરો.
03:47 Get Mol વિકલ્પ પર ક્લિક કરો , ટેક્સ્ટ બોક્સમાં ટાઈપ કરો Cholesterol .
03:54 OK બટન પર ક્લિક કરો.
03:57 પેનલ પર Cholesterol નો અણુ દેખાય છે.
04:02 આપણે અણુ માં ફીચરો જેમકે double-bond અને side-chain ને હાઈલાઈટ કરી શકાય છે.
04:08 ડબલ -બોન્ડને હાઈલાઈટ કરવા માટે પ્રથમ ડબલ -બોન્ડના કાર્બન પરમાણુના રંગ ને બદલો.
04:15 ટૂલબાર માં 'Select atoms' આઇકન પર ક્લિક કરો.
04:19 પછી ડબલ-બોન્ડમાં સામેલ થયેલ carbon પરમાણુ પર ક્લિક કરો.
04:24 પરમાણુના ચારો તરફે પીળો હેલો દેખાય છે.
04:28 Pop-up-મેનુ ને ખોલો.
04:30 Color પર સ્કોલ કરો, Atoms પસંદ કરો અને Orange વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
04:37 હવે ટૂલબાર પર “Rotate molecule” વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
04:42 The double-bond in the cholesterol મોડલમાં ડબલ-બોન્ડ હવે નારંગી રંગ માં છે.
04:49 તેજ રીતે આપણે સાઈડ ચેનમાં કાર્બનસ ને હાઈલાઈટ કરી શકીએ છીએ.
04:54 Pop-up-મેનુનો ઉપયોગ કરીને જાંબુડી માં બદલીએ.
04:59 પેનલ પર આપણી પાસે હાઈલાઈટ કરેલ મહત્વપૂર્ણ ફીચરો સાથે Cholesterol નો મોડલ છે.
05:06 અસાઇનમેન્ટ તરીકે,
05:08 * ડેટાબેસ થી caffeine નું સ્ટ્રક્ચર લોડ કરો.
05:11 * અણુમાં મહ્ત્વપૂર્ણ ફીચરોને હાઈલાઈટ કરો .
05:15 * ડિસ્પ્લેને wireframe માં રૂપાંતરિત કરો.
05:19 હવે હું Jmol. ના અન્ય મ્હ્ત્વપૂર્ણ ફીચર વિષે બતાવીશ.
05:24 આપણે અણુઓ ના 2D સ્ટ્રક્ચરને અન્ય સોફ્ટવેરમાં 3D મોડલમાં બદલી શકીએ છીએ.
05:31 અહી પેનલ પર મારી પાસે aminoacid Alanine મોડેલ છે.
05:36 આ અણુ નો 2D સ્ટ્રક્ચર GChemPaint. નમક સોફ્ટવેરમાં બનાવ્યો છે.
05:42 સ્ટ્રક્ચરને .mol ફાઈલ તરીકે સેવ કરેલ છે.
05:46 GchemPaint એ 2D કેમિકલ સ્ટ્રક્ચર બનાવવા માટે ઓપન સોર્સ સોફ્ટવેર છે .
05:51 GChemPaint પર ટ્યુટોરિયલ્સ આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ છે.
05:56 સ્ટ્રક્ચરને બનાવવા અને .મોલ ફોરમેટમાં સેવ કરવા માટે Analysis of Compounds ટ્યુટોરિયલ જુઓ.
06:05 Shown on this આ Gchempaint પર ડિસ્પ્લે એરિયા 2D ડ્રોઈંગ બતાડ્યા પ્રમાણે છે.
06:10 * Amino acid -Alanine
06:12 * Nuclioside -Adenosine
06:14 * Saccharide -Alpha-D glucopyranose
06:19 મેં આને .mol ફોરમેટમાં ડેસ્કટોપ પર સેવ કર્યું છે.
06:24 પ્રથમ Alanine ના 2D સ્ટ્રક્ચરને Jmol Application માં 3D મોડલમાં જોઈએ છીએ,
06:32 તો હું નવો Jmol વિન્ડો ખોલીશ.
06:36 ટૂલબારમાં Open a file' આઇકન પર ક્લિક કરો.
06:40 હું ડેસ્કટોપDesktop ફોલ્ડર પસંદ કરીશ અને open પર ક્લિક કરીશ.Alanine.mol ફાઈલ પસંદ કરો અને open પર ક્લિક કરો.
06:51 સ્ક્રીન પર 'Alanine' નું મોડલ દેખાય છે.
06:55 modelkit મેનુ ખોલો અને 'fix hydrogens and minimize' વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
07:03 Hydrogens are added to the structure and the energy minimized.
07:08 As with any .mol file, we can change the display using menu bar and also Pop-up menu.
07:15 Here is the 3D model of Adenosine.mol in Jmol.
07:19 And this is a 3D model of Alpha-D-glucopyranose.mol in Jmol.
07:25 Let's summarize
07:27 In this tutorial we have learnt to
07:32 * Load chemical structures from Pubchem data base.
07:34 * Modify the display of Phenol and Cholesterol.
07:38 * Convert 2D structures drawn in GChemPaint to 3D models in Jmol.
07:44 * Convert 2D structures of Alanine, Adenosine and Alpha-D-glucopyranose to 3D models.
07:53 Here is another assignment for you.
07:56 # Draw 2D structures of the following Amino acids in GChemPaint.
08:01 * Cysteine
08:03 * Histidine
08:04 * Phenylalanine
08:06 # Save as .mol files.
08:09 # Open the files in Jmol and modify the display.
08:12 Watch the video available at this URL.

ttp://spoken-tutorial.org/What_is_a_Spoken_ Tutorial

08:16 It summarizes the Spoken Tutorial project
08:19 If you do not have good bandwidth, you can download and watch it
08:23 The Spoken Tutorial Project Team:
08:26 Conducts workshops using spoken tutorials
08:29 Gives certificates to those who pass an on-line test
08:33 For more details, please write to contact@spoken-tutorial.org
08:40 Spoken Tutorial Project is a part of the Talk to a Teacher project
08:45 It is supported by the National Mission on Education through ICT, MHRD, Government of India
08:52 More information on this Mission is available at this link http://spoken-tutorial.org/NMEICT-Intro ]
08:57 This is Snehalatha from IIT Bombay signing off. Thank you for joining.

Contributors and Content Editors

Jyotisolanki, PoojaMoolya

Retrieved from "https://script.spoken-tutorial.org/index.php?title=Jmol-Application/C3/Structures-from-Database/Gujarati&oldid=21115"