Difference between revisions of "Jmol-Application/C3/Structures-from-Database/Gujarati"

From Script | Spoken-Tutorial
Jump to: navigation, search
(Created page with "{| border=1 | '''Time''' | '''Narration''' |- | 00:01 | જેમોલ એપ્લીકેશનમાં '''Structures from Databases ''' પરનાં આ ટ્યુ...")
 
Line 65: Line 65:
 
|-
 
|-
 
| 01:12
 
| 01:12
−
| This loads molecules from chemical structure data base ''''PubChem'.'''
+
| આ રાસાયણિક સ્ટ્રક્ચર ડેટાબેસ ''''PubChem'.''' થી અણુ ને લોડ  કરે છે.
  
 
|-
 
|-
 
| 01:17
 
| 01:17
−
| It also has another option ''''Get PDB'''' to load protein structures from '''Protein Data Bank'''.  
+
| આ '''Protein Data Bank''' થી સ્ટ્રક્ચરને લોડ કરવા માટે એક અન્ય વિકલ્પ ''''Get PDB'''' રાખે છે.
  
 
|-
 
|-
 
| 01:26
 
| 01:26
−
| This feature will be explained in detail in another tutorial.
+
| આ વિષે વધુ જાણકારી બીજા અન્ય ટ્યુટોરીયલમાં સમજાવ્યું છે.
  
 
|-
 
|-
 
| 01:31
 
| 01:31
−
| To load a chemical structure on the panel, click on ''''Get Mol''''.
+
| પેનલ પર રાસાયણિક સ્ટ્રક્ચર લોડ કરવા માટે  ''''Get Mol'''' પર ક્લિક કરો.
  
 
|-
 
|-
 
| 01:36
 
| 01:36
−
| An ''''Input'''' dialog box opens on the screen.
+
| Andialog box opens on the screen. સ્ક્રીન પર  ''''Input'''' ડાઈલોગ બોક્સ ખુલે છે.
  
 
|-
 
|-
 
| 01:40
 
| 01:40
−
| Any molecule listed in the database can be loaded by typing the following in the text box:
+
| ડેટાબેસમાં યાદી બધ્ધ કોઈ પણ અણુ ટેક્સ્ટ બોક્સમાં આપેલ ટાઈપ કરીને લોડ કરી શકાય છે :
  
 
|-
 
|-
 
| 01:48
 
| 01:48
−
| Common name or '''IUPAC''' name
+
| કોમન નેમ અથવા  '''IUPAC''' નેમ 
  
 
|-
 
|-
 
| 01:51
 
| 01:51
−
|  '''CAS '''number
+
|  '''CAS ''' નંબર
  
 
|-
 
|-
 
| 01:54
 
| 01:54
−
|  '''CID''' number
+
|  '''CID''' નંબર
  
 
|-
 
|-
 
|01:56
 
|01:56
−
|  '''InChi identifier'''  or
+
|  '''InChi identifier'''  અથવા
  
 
|-
 
|-
Line 109: Line 109:
 
|-
 
|-
 
| 02:01
 
| 02:01
−
| Please visit '''Pubchem''' database website for information on identification numbers for a particular chemical
+
|એક  ચોક્કસ કેમિકલ ના આઇડેન્ટિફિકેશન નંબરની જાણકારી માટે  '''Pubchem''' ડેટાબેસની વેબસાઈટ પર જાઓ.
  
 
|-
 
|-
 
| 02:09
 
| 02:09
−
| let us display '''phenol''' on screen.
+
| હવે સ્ક્રીન પર '''phenol''' દેખાય છે.
  
 
|-
 
|-
 
| 02:13
 
| 02:13
−
| So type ''''phenol'''' in the '''Input '''text box.
+
| '''Input '''text box. તો ઈનપુટ ટેક્સ્ટ બોક્સમાં ટાઈપ કરો  ''''phenol'''' .
  
 
|-
 
|-
 
| 02:16
 
| 02:16
−
| click on '''OK''' button.
+
| '''OK''' બટન પર ક્લિક કરો.  
  
 
|-
 
|-
 
| 02:20
 
| 02:20
−
| A Model of '''phenol''' is displayed on the panel.
+
| '''phenol''' નું મોડલ પેનલ પર દેખાય છે.
  
 
|-
 
|-
 
| 02:24
 
| 02:24
−
|We can modify the display of '''phenol''' using various rendering options.
+
| આપણે વિવિધ રેન્ડરીંગ નો ઉપયોગ કરીને  '''phenol''' ના દેખાવને બદલી શકીએ છીએ.
  
 
|-
 
|-
 
|02:30  
 
|02:30  
−
| These options are listed in the '''Menu bar '''and '''Pop'''-'''up menu'''.  
+
| આ વિકલ્પ '''Menu bar '''અને  '''Pop'''-'''up menu''' માં યાદી બધ્ધ કરેલ છે.
  
 
|-
 
|-
 
| 02:36
 
| 02:36
−
| We can add substituents to the '''benzene''' '''ring''' of '''phenol'''.
+
| આપણે ''phenol''' ના બેન્ઝીન રીંગમાં  સ્બ્સીટ્યુઅન્ટસ ઉમેરી શકીએ છીએ.
  
 
|-
 
|-
 
| 02:41
 
| 02:41
−
| First let us label the atoms in the model.
+
| પ્રથમ મોડલમાં પરમાણુને લેબલ કરે છે.
  
 
|-
 
|-
 
| 02:45
 
| 02:45
−
| Click on the '''display''' menu, and select''' label'''. Click on '''number '''option.  
+
| '''display''' મેનુ પર ક્લિક કરો, અને  ''' label''' પસંદ કરો. '''number ''' વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.  
  
 
|-
 
|-
 
| 02:52
 
| 02:52
−
| Now, let's replace a '''hydrogen number 10 '''attached to the '''carbon atom number 4 '''with an amino group'''.'''
+
| હવે કાર્બન પરમાણુ નંબર ''' 4 ''' થી જોડાયેલા હાઇડ્રોજન નંબર '''10 ''' ને અમીનો ગ્રુપ થી બદલો.
  
 
|-
 
|-
 
|03:00
 
|03:00
−
| Open the '''modelkit menu''',  select '''nitrogen''' from the options.  
+
| '''modelkit ''' મેનુને ખોલો,  વિકલ્પ માંથી  '''nitrogen''' પસંદ કરો.
  
 
|-
 
|-
 
| 03:06
 
| 03:06
−
| Click on '''hydrogen number 10'''.
+
| '''hydrogen number 10''' પર ક્લિક કરો.
  
 
|-
 
|-
 
| 03:09
 
| 03:09
−
| This is a molecule of '''Para-Amino Phenol''' on the '''panel'''.
+
| પેનલ પર આ '''Para-Amino Phenol''' નો અણુ છે.
  
 
|-
 
|-
 
|03:14  
 
|03:14  
−
|We will change the display to '''Sticks display'''.
+
|We will change the display to આપણે ડિસ્પ્લેને '''Sticks display''' થી બદલશું.
  
 
|-
 
|-
 
| 03:18
 
| 03:18
−
| Exit the '''modelkit''' menu.
+
| Exit the '''modelkit''' મેનુ થી બહાર જાઓ.
  
 
|-
 
|-

Revision as of 12:50, 26 March 2015

Time Narration
00:01 જેમોલ એપ્લીકેશનમાં Structures from Databases પરનાં આ ટ્યુટોરીયલમાં સ્વાગત છે.
00:07 આ ટ્યુટોરીયલમાં, આપણે આપેલ શીખીશું,
00:10 * PubChem ડેટાબેસ થી રાસાયણિક સ્ટ્રક્ચર લોડ કરવા અને
00:14 * GChemPaint માં બનાવેલ 2D સ્ટ્રક્ચર ને Jmol માં 3D માં બદલતા.
00:21 આ ટ્યુટોરીયલનાં અનુસરણ માટે તમને Jmol Applicationનું જ્ઞાન હોવું અનિવાર્ય છે.
00:27 જો નથી, તો નીચે આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ સંદર્ભિત ટ્યુટોરીયલો નિહાળો.
00:33 આ ટ્યુટોરીયલ રેકોર્ડ કરવા માટે, હું વાપરી રહ્યી છું .
00:35 * ઉબુન્ટુ લીનક્સ OS આવૃત્તિ. 12.04
00:40 * Jmol આવૃત્તિ 12.2.2
00:44 * Java આવૃત્તિ 7
00:46 * GChemPaint આવૃત્તિ 0.12.10
00:51 * Mozilla Firefox browser 22.0
00:56 મેં એક નવી જેમોલ એપ્લીકેશ વિન્ડો ખોલ્યું છે.
01:00 Jmol ડેટાબેસ યાદીબધ્ધ કંપાઉન્ડથી સ્ટ્રક્ચરને લોડ કરવાનું ફીચર ધરાવે છે.
01:07 મેનુ બાર પર ફાઈલ મેનુ 'Get MOL'. વિકલ્પ ધરાવે છે.
01:12 આ રાસાયણિક સ્ટ્રક્ચર ડેટાબેસ 'PubChem'. થી અણુ ને લોડ કરે છે.
01:17 આ Protein Data Bank થી સ્ટ્રક્ચરને લોડ કરવા માટે એક અન્ય વિકલ્પ 'Get PDB' રાખે છે.
01:26 આ વિષે વધુ જાણકારી બીજા અન્ય ટ્યુટોરીયલમાં સમજાવ્યું છે.
01:31 પેનલ પર રાસાયણિક સ્ટ્રક્ચર લોડ કરવા માટે 'Get Mol' પર ક્લિક કરો.
01:36 Andialog box opens on the screen. સ્ક્રીન પર 'Input' ડાઈલોગ બોક્સ ખુલે છે.
01:40 ડેટાબેસમાં યાદી બધ્ધ કોઈ પણ અણુ ટેક્સ્ટ બોક્સમાં આપેલ ટાઈપ કરીને લોડ કરી શકાય છે :
01:48 કોમન નેમ અથવા IUPAC નેમ
01:51 CAS નંબર
01:54 CID નંબર
01:56 InChi identifier અથવા
01:58 SMILES identifier
02:01 એક ચોક્કસ કેમિકલ ના આઇડેન્ટિફિકેશન નંબરની જાણકારી માટે Pubchem ડેટાબેસની વેબસાઈટ પર જાઓ.
02:09 હવે સ્ક્રીન પર phenol દેખાય છે.
02:13 Input text box. તો ઈનપુટ ટેક્સ્ટ બોક્સમાં ટાઈપ કરો 'phenol' .
02:16 OK બટન પર ક્લિક કરો.
02:20 phenol નું મોડલ પેનલ પર દેખાય છે.
02:24 આપણે વિવિધ રેન્ડરીંગ નો ઉપયોગ કરીને phenol ના દેખાવને બદલી શકીએ છીએ.
02:30 આ વિકલ્પ Menu bar અને Pop-up menu માં યાદી બધ્ધ કરેલ છે.
02:36 આપણે phenol' ના બેન્ઝીન રીંગમાં સ્બ્સીટ્યુઅન્ટસ ઉમેરી શકીએ છીએ.
02:41 પ્રથમ મોડલમાં પરમાણુને લેબલ કરે છે.
02:45 display મેનુ પર ક્લિક કરો, અને label પસંદ કરો. number વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
02:52 હવે કાર્બન પરમાણુ નંબર 4 થી જોડાયેલા હાઇડ્રોજન નંબર 10 ને અમીનો ગ્રુપ થી બદલો.
03:00 modelkit મેનુને ખોલો, વિકલ્પ માંથી nitrogen પસંદ કરો.
03:06 hydrogen number 10 પર ક્લિક કરો.
03:09 પેનલ પર આ Para-Amino Phenol નો અણુ છે.
03:14 We will change the display to આપણે ડિસ્પ્લેને Sticks display થી બદલશું.
03:18 Exit the modelkit મેનુ થી બહાર જાઓ.
03:21 Open the Pop-up menu, scroll down to Style , select Scheme and click on Sticks options.
03:30 On the panel we have a model of Para-Amino-phenol in sticks display.
03:36 Complex structures, which are difficult to create, can easily be loaded on the panel.
03:42 For example cholesterol.
03:45 Click on File menu
03:47 Click on Get Mol option, in the text box type Cholesterol .
03:54 click on OK button.
03:57 A molecule of Cholesterol is displayed on the panel.
04:02 We can highlight the features like double-bond and side-chain in the molecule.
04:08 To highlight double-bond, let us first change the color of carbon atoms of the double-bond.
04:15 Click on 'Select atoms' icon in the tool bar.
04:19 Then click on the carbon atoms involved in the double-bond.
04:24 A yellow halo appears around the atoms.
04:28 Open the Pop-up-menu.
04:30 Scroll down to Color, select Atoms and click on Orange option.
04:37 Now Click on “Rotate molecule” option in the tool bar.
04:42 The double-bond in the cholesterol model is now in orange color.
04:49 Similarly, we can highlight the carbons in the side-chain.
04:54 Using Pop-up-menu change the color to violet.
04:59 On the panel, we have a model of Cholesterol with important features highlighted.
05:06 As an assignment,
05:08 * Load structure of caffeine from Pubchem database .
05:11 * Highlight the important features in the molecule.
05:15 * Modify the display to wireframe.
05:19 Now I will discuss another important feature of Jmol.
05:24 We can convert 2D structures of molecules drawn in another software into 3D models.
05:31 Here I have a model of aminoacid Alanine on the panel.
05:36 2D structure of this molecule was drawn in software called GChemPaint.
05:42 The structure was saved as a .mol file.
05:46 GchemPaint is an Open source software for drawing 2D chemical structures.
05:51 Tutorials on GChemPaint are available at the following link.
05:56 To draw structures and save in .mol format, refer to Analysis of Compounds tutorial.
06:05 Shown on this Gchempaint display area are 2D drawings of
06:10 * Amino acid -Alanine
06:12 * Nuclioside -Adenosine
06:14 * Saccharide -Alpha-D glucopyranose
06:19 I have saved them in .mol format on my Desktop.
06:24 First, let's view the 2D structure of Alanine as 3D model in Jmol Application.
06:32 So, I will open a new Jmol window.
06:36 Click on 'Open a file' icon in the tool bar.
06:40 I will choose Desktop folder and click on open. Choose the file Alanine.mol and click on Open button.
06:51 A 3D model of 'Alanine' opens on screen.
06:55 Open the modelkit menu and click on 'fix hydrogens and minimize' option.
07:03 Hydrogens are added to the structure and the energy minimized.
07:08 As with any .mol file, we can change the display using menu bar and also Pop-up menu.
07:15 Here is the 3D model of Adenosine.mol in Jmol.
07:19 And this is a 3D model of Alpha-D-glucopyranose.mol in Jmol.
07:25 Let's summarize
07:27 In this tutorial we have learnt to
07:32 * Load chemical structures from Pubchem data base.
07:34 * Modify the display of Phenol and Cholesterol.
07:38 * Convert 2D structures drawn in GChemPaint to 3D models in Jmol.
07:44 * Convert 2D structures of Alanine, Adenosine and Alpha-D-glucopyranose to 3D models.
07:53 Here is another assignment for you.
07:56 # Draw 2D structures of the following Amino acids in GChemPaint.
08:01 * Cysteine
08:03 * Histidine
08:04 * Phenylalanine
08:06 # Save as .mol files.
08:09 # Open the files in Jmol and modify the display.
08:12 Watch the video available at this URL.

ttp://spoken-tutorial.org/What_is_a_Spoken_ Tutorial

08:16 It summarizes the Spoken Tutorial project
08:19 If you do not have good bandwidth, you can download and watch it
08:23 The Spoken Tutorial Project Team:
08:26 Conducts workshops using spoken tutorials
08:29 Gives certificates to those who pass an on-line test
08:33 For more details, please write to contact@spoken-tutorial.org
08:40 Spoken Tutorial Project is a part of the Talk to a Teacher project
08:45 It is supported by the National Mission on Education through ICT, MHRD, Government of India
08:52 More information on this Mission is available at this link http://spoken-tutorial.org/NMEICT-Intro ]
08:57 This is Snehalatha from IIT Bombay signing off. Thank you for joining.

Contributors and Content Editors

Jyotisolanki, PoojaMoolya

Retrieved from "https://script.spoken-tutorial.org/index.php?title=Jmol-Application/C3/Structures-from-Database/Gujarati&oldid=21102"