Difference between revisions of "Jmol-Application/C4/Proteins-and-Macromolecules/Marathi"
From Script | Spoken-Tutorial
| Line 372: | Line 372: | ||
| पॅनलवर आपण '''हायड्रोजन बॉन्ड्सची जाडी पाहू शकतो. | | पॅनलवर आपण '''हायड्रोजन बॉन्ड्सची जाडी पाहू शकतो. | ||
| − | |||
|- | |- | ||
|09:06 | |09:06 | ||
Revision as of 12:11, 20 March 2015
| Time | Narration |
| 00:01 | Proteins and Macromolecules वरील ट्यूटोरियलमध्ये आपले स्वागत. |
| 00:06 | ह्या ट्युटोरियलमध्ये आपण शिकणार आहोत, |
| 00:09 | * Protein Data Bank (PDB) मधून प्रोटीन्सचे स्ट्रक्चर्स लोड करणे. |
| 00:13 | * PDB डेटाबेसमधून .pdb files डाऊनलोड करणे. |
| 00:18 | * प्रोटीन्सचे सेकेंडरी स्ट्रक्चर्स विविध स्वरुपात दाखवणे. |
| 00:24 | * 'हायड्रोजन बॉन्ड्स' आणि 'डायसल्फाईड बॉन्ड्स' हायलाईट करणे. |
| 00:29 | हा पाठ समजण्यासाठी तुम्हाला, Jmol अप्लिकेशन विंडोमधील मूलभूत ऑपरेशन्सची माहिती असावी. |
| 00:37 | नसल्यास, संबधित पाठांसाठी आपल्या वेबसाईटला भेट द्या. |
| 00:42 | हे ट्युटोरियल रेकॉर्ड करण्यासाठी, मी वापरत आहे |
| 00:46 | * 'उबंटू' OS वर्जन 12.04 |
| 00:50 | * 'Jmol' वर्जन 12.2.2 |
| 00:54 | * Java वर्जन 7 |
| 00:57 | * Mozilla Firefox ब्राउजर 22.0 |
| 01:02 | लार्ज 'बायोमॉलिक्यूल्स'चा स्ट्रक्चर अनॅलिसिस जसे |
| 01:06 | * 'प्रोटिन्स' आणि 'मॅक्रोमॉलिक्यूल्स' |
| 01:10 | * न्यूक्लिक एसिड्स DNA आणि RNA |
| 01:13 | * 'क्रिस्टल स्ट्रक्चर्स आणि पॉलिमर्स' Jmol अप्लिकेशन वापरून केले जाऊ शकते. |
| 01:19 | येथे मी एक नवीन Jmol विंडो उघडली आहे. |
| 01:24 | biomolecules चे 3D स्ट्रक्चर्स डेटाबेसमधून थेट डाऊनलोड करून पाहिले जाऊ शकतात. |
| 01:29 | हे करण्यासाठी, File मेनूवर क्लिक करा, Get PDB पर्यंत खाली स्क्रोल करा. |
| 01:36 | स्क्रीनवर एक इनपुट डायलॉग बॉक्स दिसतो. |
| 01:40 | आपल्याला इनपूट बॉक्समध्ये विशिष्ट प्रोटीनसाठी PDB कोडचे चार अक्षर टाईप करणे आवश्यक आहे. |
| 01:48 | हा कोड प्रोटीन डेटा बॅंक(PDB) वेबसाईटवरून मिळू शकतो. |
| 01:53 | प्रोटीन डेटा बॅंकचे हे वेब पेज आहे. |
| 01:57 | यावर बायोमॉलिक्यूल्स जसे प्रोटीन्स आणि न्यूक्लिक एसिडसबद्दलची माहिती आहे. |
| 02:04 | उदाहरण म्हणून : आपण PDB' वेबसाईटमधून Pancreatic Enzyme Insulin साठी PDB कोड शोधण्याचा प्रयत्न करू. |
| 02:13 | सर्च बॉक्समध्ये Human Insulin म्हणून प्रोटीनचे नाव टाईप करा. कीबोर्डवरील एंटर की दाबा. |
| 02:24 | आता, वेब-पेज वर हे प्रदर्शित झाले आहे, खाली स्क्रोल करा. |
| 02:28 | स्क्रीनवर PDB कोड्ससोबत Human Insulin ची माहिती असलेल्या संरचनांची यादी दिसते. |
| 02:36 | उदाहरण म्हणून, Human Insulin सह कोड 4EX1 निवडा. |
| 02:44 | प्रोटीनच्या नावावर क्लिक करा. |
| 02:47 | संरचनेच्या सर्व माहितीसह विंडो उघडते. |
| 02:52 | माहिती जशी |
| 02:54 | * Primary Citation |
| 02:56 | * Molecular Description आणि |
| 02:58 | * Structure Validation ह्या पेजवर उपलब्ध आहेत. |
| 03:02 | Jmol मध्ये प्रोटीन्सच्या संरचनांना आपण .pdb म्हणून सेव्ह करू शकतो आणि त्यांना 3D मोडमध्ये पाहू शकतो. |
| 03:12 | पेजच्या वरच्या उजव्या कोपर्‍यात Download Files लिंकवर क्लिक करा. |
| 03:20 | ड्रॉप डाऊन मेनूमधून, PDB file (gz) पर्याय निवडा. |
| 03:28 | स्क्रीनवर एक डायलॉग बॉक्स उघडतो. |
| 03:32 | Save file पर्यायवर क्लिक करा. |
| 03:35 | OK बटणावर क्लिक करा. |
| 03:39 | डाऊनलोड्स फोल्डरमध्ये प्रोटीन्सची संरचना 4EX1.pdb.gz म्हणून सेव्ह केली जाईल. |
| 03:51 | त्याचप्रमाणे आपण आपल्याला हव्या असलेल्या विविध प्रोटीन्सच्या फाईल्स डाऊनलोड करून त्या स्वतंत्र फाईली म्हणून सेव्ह करू शकता. |
| 04:02 | आता, Insulin ची 3D संरचना पाहण्यासाठी Jmol विंडोवर जाऊ. |
| 04:09 | आपण इंटरनेटशी जुडला असाल तर, पॅनलवर प्रोटीन संरचना थेट डाऊनलोड करू शकता. |
| 04:15 | चार अक्षरी PDB कोड “4EX1” टेक्स्टबॉक्समध्ये टाईप करून OK बटणावर क्लिक करा. |
| 04:25 | जर तुम्ही इंटरनेटशी जुडला नसाल तर, नंतर टूलबारवरील Open a File आयकॉनवर क्लिक करा. |
| 04:34 | पॅनलवर एक डायलॉग बॉक्स उघडते. |
| 04:38 | 4EX1.pdb.gz फाईलच्या स्थानावर जा जो Downloads फोल्डर आहे. |
| 04:47 | Downloads फोल्डर निवडून open बटणावर क्लिक करा. |
| 04:52 | 4EX1.pdb.gz फाईल निवडून open बटणावर क्लिक करा. |
| 05:00 | स्क्रीनवर Insulin ची 3D संरचना उघडते. |
| 05:05 | पॅनलवर प्रोटीनची डिफॉल्ट डिसप्ले, बॉल आणि स्टिक आहे. |
| 05:12 | पॅनेलवर प्रोटीनचे मॉडेल हायड्रोजन अणूंशिवाय दर्शविले जाते. |
| 05:17 | हायड्रोजन अणूसह मॉडेल दर्शविण्यासाठी, modelkit मेनू उघडा. |
| 05:23 | add hydrogens पर्यायपर्यंत खाली स्क्रोल करून त्यावर क्लिक करा. |
| 05:28 | आता पॅनलवर मॉडेल हायड्रॉजन अणूसह प्रदर्शित झाला आहे. |
| 05:33 | 'प्रोटीन' स्ट्रक्चर जल रेणूंसाहित देखील दाखवले गेले आहे. |
| 05:38 | जल रेणू लपविण्यासाठी, दर्शविलेल्या स्टेप्सचे अनुसरण करा. |
| 05:43 | प्रथम पॉप-अप मेनू उघडा आणि Select वर जा. |
| 05:48 | सब-मेनूमधून, Hetero निवडा आणि All Water पर्यायवर क्लिक करा. |
| 05:55 | पुन्हा पॉप-आप मेनू उघडा, Style, Scheme वर जा आणि CPK spacefill वर क्लिक करा. |
| 06:05 | हे सर्व जल रेणू CPK Spacefill डिसप्लेमध्ये बदलून टाकेल. |
| 06:11 | पुन्हा पॉप-आप मेनू उघडा आणि Style वर जा खाली स्क्रोल करून Atoms वर जा आणि Off पर्यायवर क्लिक करा. |
| 06:22 | आता आपल्याकडे पॅनलवर जल रेणूंशिवाय 'इन्सुलिन' स्ट्रक्चर आहे. |
| 06:27 | पुढे, आपण 'प्रोटीन'चे सेकेंडरी स्ट्रक्चर विविध स्वरुपात प्रदर्शित करणे शिकू. |
| 06:35 | पॉप-अप मेनू उघडा. |
| 06:37 | Select पर्यायवर जा. |
| 06:39 | खाली Protein पर्यंत स्क्रोल करून All पर्यायवर क्लिक करा. |
| 06:44 | पॉप-अप मेनू पुन्हा उघडा आणि खाली Style पर्यंत स्क्रोल करून नंतर Scheme वर जा. |
| 06:50 | CPK Spacefill, Ball and Stick, Sticks, Wireframe, cartoon, trace इत्यादी सारख्या पर्यायांसोबत एक सब-मेनू उघडते. |
| 07:02 | सब-मेनूमधून Cartoon पर्यायवर क्लिक करा. |
| 07:07 | हा डिसप्ले प्रोटीन्सचे सेकेंडरी स्ट्रक्चर्स जसे helices, random coils, strands, sheets इत्यादी दर्शवतो. |
| 07:17 | अधिक डिसप्ले पर्यायांसाठी, |
| 07:19 | पॉप-अप मेनू उघडून खाली Style पर्यंत स्क्रोल करून नंतर Structures वर जा. |
| 07:25 | येथे आपण 'प्रोटीनचे सेकेंडरी स्ट्रक्चर प्रदर्शित करण्याचे अनेक पर्याय पाहू. |
| 07:31 | उदाहरणार्थ, Strands पर्यायवर क्लिक करा. |
| 07:35 | पॅनलवर प्रोटीन्स Strands म्हणून प्रदर्शित आहे. |
| 07:40 | डिस्पलेचा रंग बदलण्यासाठी, पॉप-अप-मेनू उघडा. Color पर्यंत खाली स्क्रोल करून Atoms निवडून Blue पर्यायवर क्लिक करा. |
| 07:52 | पॅनलवरील रंगात बदल पहा. |
| 07:56 | स्ट्रक्चर पुन्हा Ball-and-stick मध्ये बदलण्यासाठी, |
| 07:59 | पॉप-अप मेनू उघडा, Style निवडा, नंतर Scheme आणि Ball and stick पर्यायवर क्लिक करा. |
| 08:08 | आपण प्रोटीन मॉडेलमध्ये hydrogen bonds आणि di-sulpfide bonds देखील हाईलाइट करू शकतो. |
| 08:14 | 'हायड्रोजन बॉन्ड्स' दर्शविण्यासाठी: पॉप-अप मेनू उघडून Style पर्यंत खाली स्क्रोल करून नंतर Hydrogen Bonds निवडा. |
| 08:25 | पोप-अप मेनूमधील 'हायड्रोजन बॉन्ड्स' पर्यायला काही वैशिष्ट्ये आहेत जसे की: |
| 08:30 | Calculate, Set Hydrogen Bonds Side Chain. |
| 08:35 | Set Hydrogen Bonds in the Backbone.
आणि बॉन्ड्सची जाडी बदलण्यास देखील पर्याय आहेत. |
| 08:42 | मॉडेलमधील 'हायड्रोजन बॉन्ड्स' दाखविण्यास Calculate पर्यायवर क्लिक करा. |
| 08:47 | hydrogen bonds पांढरे आणि लाल लांब डॅशस म्हणून दाखविले जाते. |
| 08:53 | 'हायड्रोजन बॉन्ड्स' ची जाडी बदलण्यास, 'पॉप-अप' मेनूमधील 0.10 A पर्यायवर क्लिक करा. |
| 09:02 | पॅनलवर आपण हायड्रोजन बॉन्ड्सची जाडी पाहू शकतो. |
| 09:06 | आपण 'हायड्रोजन बॉन्ड्स' चे रंगदेखील बदलू शकतो. |
| 09:11 | पॉप-अप-मेनूमधून Color पर्यंत खाली स्क्रोल करून नंतर हायड्रोजन बॉन्ड्स आणि नंतर orange पर्यायवर क्लिक करा. |
| 09:20 | पॅनलवर, सर्व हायड्रोजन बॉन्ड्स नारंगी रंगात दिसत आहेत. |
| 09:25 | मॉडेलमध्ये 'डायसल्फाईड बॉन्ड्स' आणि सल्फर अणू पिवळ्या रंगात दर्शविले आहेत. |
| 09:31 | डायसल्फाईड बॉन्ड्स रुपांतरित करण्यास, पॉप-अप मेनूमधील 'डायसल्फाईड बॉन्ड्स' पर्याय उघडा. |
| 09:38 | आकार आणि रंग इत्यादी आपल्याला बदलायचे असल्यास त्या वैशिष्ट्यांवर क्लिक करा. |
| 09:44 | त्याचप्रमाणे विविध enzymes च्या .pdb फाईल्स उघडण्याचा प्रयत्न करा आणि त्याचे 3D स्ट्रक्चर्स पहा. |
| 09:51 | थोडक्यात, या ट्युटोरियलमध्ये आपण शिकलो: |
| 09:57 | * Protein Data Bank (PDB) मधून प्रोटीन्सचे स्ट्रक्चर्स लोड करणे. |
| 10:00 | * डेटाबेसमधून .pdb फाईल्स डाऊनलोड करणे. |
| 10:05 | * PDB कोड वापरून इन्सुलिनचे 3D स्ट्रक्चर पाहणे. |
| 10:10 | * जल रेणूंशिवाय 'प्रोटीन' स्ट्रक्चर पाहणे. |
| 10:14 | * सेकेंडरी स्ट्रक्चर्स विविध स्वरुपात दाखवणे. |
| 10:17 | * 'हायड्रोजन बॉन्ड्स' आणि 'डायसल्फाईड बॉन्ड्स' हायलाईट करणे. |
| 10:22 | तुमच्यासाठी असाइनमेंट. |
| 10:24 | * PDB डेटाबेसमधून Human Hemoglobin चे .pdb फाईल डाऊनलोड करा. |
| 10:31 | * cartoon डिस्प्लेमध्ये सेकेंडरी स्ट्रक्चर दाखवा. |
| 10:35 | * प्रोटीन चे 'Porphyrin' यूनिट्स हायलाईट करा. |
| 10:39 | * PDB code साठी खालील लिंक पहा. |
| 10:42 | स्क्रीनवर दिसत असलेल्या लिंकवर उपलब्ध असलेला व्हिडिओ बघा. |
| 10:46 | ज्यामध्ये तुम्हाला प्रॉजेक्टचा सारांश मिळेल. |
| 10:50 | जर तुमच्याकडे चांगली Bandwidth नसेल तर आपण व्हिडिओ download करूनही पाहू शकता. |
| 10:55 | स्पोकन ट्युटोरियल प्रॉजेक्ट टीम, |
| 10:57 | Spoken Tutorial च्या सहाय्याने कार्यशाळा चालविते. |
| 11:01 | परीक्षा उत्तीर्ण होणा-या विद्यार्थ्यांना प्रमाणपत्रही दिले जाते. |
| 11:06 | अधिक माहितीसाठी कृपया contact [at] spoken hyphen tutorial dot org वर लिहा. |
| 11:13 | "स्पोकन ट्युटोरियल प्रॉजेक्ट" हे "टॉक टू टीचर" या प्रॉजेक्टचा भाग आहे. |
| 11:18 | यासाठी अर्थसहाय्य National Mission on Education through ICT, MHRD, Government of India यांच्याकडून मिळालेले आहे. |
| 11:25 | यासंबंधी माहिती पुढील साईटवर उपलब्ध आहे. |
| 11:31 | मी रंजना भांबळे आपला निरोप घेते. धन्यवाद. |
