Difference between revisions of "Jmol-Application/C3/Proteins-and-Macromolecules/Gujarati"
From Script | Spoken-Tutorial
Jyotisolanki (Talk | contribs) |
Jyotisolanki (Talk | contribs) |
||
| Line 123: | Line 123: | ||
|- | |- | ||
| 02:36 | | 02:36 | ||
| − | | ઉદાહરણ તરીકે, | + | | ઉદાહરણ તરીકે, '''4EX1.''' કોડ સાથે '''Human''' ''' ઇન્સ્યુલીન ને પસંદ કરો. |
|- | |- | ||
| Line 211: | Line 211: | ||
|- | |- | ||
| 04:52 | | 04:52 | ||
| − | | '''4EX1.pdb.gz''' | + | | '''4EX1.pdb.gz''' પસંદ કરો અને '''open''' બટન પર ક્લિક કરો. |
|- | |- | ||
| Line 231: | Line 231: | ||
|- | |- | ||
| 05:23 | | 05:23 | ||
| − | | સ્ક્રોલ ડાઉન કરીને '''add hydrogens''' વિકલ્પ | + | | સ્ક્રોલ ડાઉન કરીને '''add hydrogens''' વિકલ્પ ક્લિક કરો. |
|- | |- | ||
Revision as of 15:57, 29 December 2014
| Time | Narration |
| 00:01 | Proteins and Macromolecules. પરનાં આ ટ્યુટોરીયલમાં સ્વાગત છે. |
| 00:06 | આ ટ્યુટોરીયલમાં, હું આપેલ વિશે સમજાવીશ: |
| 00:09 | * Protein Data Bank (PDB). થી પ્રોટીનસ સ્ટ્રક્ચર લોડ કરતા. |
| 00:13 | * .pdb ડેટાબેસ થી PDB ફાઈલ્સ ડાઉનલોડ કરતા.
|
| 00:18 | * પ્રોટીન્સના સેકેન્ડરી સ્ટ્રક્ચર વિવિધ ફોર્મેટ્સમાં બતાવવા. |
| 00:24 | * હાઇડ્રોજન બોન્ડસ અને ડાઈસલ્ફાઇડ બોન્ડને હાઈલાઈટ કરતા.
|
| 00:29 | આ ટ્યુટોરીયલનાં અનુસરણ માટે, તમે Jmol Application window. બેસિક ઓપરેશન શાથે પરિચિત હોવા જોઈએ. |
| 00:37 | જો નથી તો અમારી વેબ સાઈટ પર ઉપલબ્ધ ટ્યુટોરીયલનો સંદર્ભ લો. |
| 00:42 | આ ટ્યુટોરીયલ રેકોર્ડ કરવા માટે હું વાપરી રહ્યી છું, |
| 00:46 | * ઉબુન્ટુ ઓપરેટીંગ સીસ્ટમ આવૃત્તિ 12.04 |
| 00:50 | * Jmol આવૃત્તિ 12.2.2 |
| 00:54 | * Java આવૃત્તિ 7 |
| 00:57 | * Mozilla Firefox બ્રાઉઝર 22.0 |
| 01:02 | મોટા જૈવિકઅણુઓ ના સ્ટ્રક્ચરના વિશ્લેષણ જેવા |
| 01:06 | * Proteins (પ્રોટીન્સ)અને Macromolecules (મેક્રોમોલેક્યુલ્સ) |
| 01:10 | * Nucleic acids, (ન્યુક્લીક એસીડ) DNA અને RNA |
| 01:13 | * ક્રિસ્ટલ સ્ટ્રક્ચર અને પોલીમર્સ જેમોલ એપ્લીકેશન નો ઉપયોગ કરીને કરી શકાય છે. |
| 01:19 | મેં નવી Jmol વિન્ડો ખોલી છે. |
| 01:24 | જૈવિકઅણુઓના 3D સ્ટ્રક્ચરસ ને ડેટાબેસ થી ડાયરેક્ટ ડાઉનલોડ કરીને જોઈ શકાય છે. |
| 01:29 | આ કરવા માટે File મેનુ પર ક્લોઈક કરો Get PDB. મેળવવા માટે સ્ક્રોલડાઉન કરો. |
| 01:36 | ઈનપુટ ડાઈલોગ બોક્સ સ્ક્રીન પર દેખાય છે. |
| 01:40 | ચોક્કસ પ્રોટીન માટે આપણે ઈનપુટ બોક્સમાં ચાર અક્ષર ના PDB code કરવા પડશે. |
| 01:48 | ' આ કોડ 'Protein Data Bank (PDB) વેબસાઈટ થી મેળવી શકીએ છીએ. |
| 01:53 | આ Protein Data Bank. નું વેબ પુષ્ઠ છે. |
| 01:57 | આ જૈવિકઅણુઓ વિષે માહિતી ધરવે છે જેમ કે proteins (પ્રોટીન્સ) અને nucleic acids. (ન્યુક્લીક એસીડ) |
| 02:04 | દાહરણ તરીકે:હવેPDB વેબસાઈટ થી Pancreatic Enzyme Insulin (પેનક્રીએટીક એન્ઝાઈમ ઇન્સ્યુઇન) માટે PDB code મેળવવાની કોશિશ કરે છે. |
| 02:13 | સર્ચ બોક્સમાં પ્રોટીનનું નામ Human ઇન્સ્યુલીન ટાઈપ કરો.કીબોર્ડ પર એન્ટર દબાઓ. |
| 02:24 | હવે,પ્રદશિત વેબ પુષ્ઠ પર નીચે સ્ક્રોલ કરો. |
| 02:28 | 'PDB' કોડસના સાથે Human ઇન્સ્યુલીન જાણીતા સ્ટ્રક્ચરની યાદી સ્ક્રીન પર દેખાય છે. |
| 02:36 | ઉદાહરણ તરીકે, 4EX1. કોડ સાથે Human ઇન્સ્યુલીન ને પસંદ કરો. |
| 02:44 | પ્રોટીનના નામ પર ક્લિક કરો. |
| 02:47 | સ્ટ્રક્ચરની બધી વિગતો સાથે વિન્ડો ખુલે છે. |
| 02:52 | માહિતીઓ જેવી કે |
| 02:54 | * Primary Citation (પ્રાયમરી સાઇટેશન) |
| 02:56 | * Molecular Description અને (મોલેક્યૂલર ડીસ્કરીપશન) |
| 02:58 | * Structure Validation (સ્ટ્રક્ચર વેલિડેશન) આ પુષ્ઠ પર ઉપલબ્ધ છે. |
| 03:02 | આપણે પ્રોટીનના સ્ટ્રક્ચરને .pdb ફાઈલમાં સેવ કરીને તેને જેમોલમાં 3D મોડમાં જોઈ શકીએ છીએ. |
| 03:12 | પુષ્ઠના ટોચે જમણીબાજુમા Download Files લીંક પર ક્લિક કરો. |
| 03:20 | ડ્રોપ ડાઉન મેનુ માંથી PDB ફાઈલ (gz) વિકલ્પ પસંદ કરો. |
| 03:28 | સ્ક્રીન પર ડાઈલોગ બોક્સ ખુલે છે. |
| 03:32 | Save file વિકલ્પ પસંદ કરો. |
| 03:35 | OK બટન પર ક્લિક કરો. |
| 03:39 | Downloads ફોલ્ડરમા પ્રોટીન સ્ટ્રક્ચર 4EX1.pdb.gz, તરીકે સંગ્રહિત થશે. |
| 03:51 | તેજ રીતે તમે જોઈતી વિવિધ પ્રોટીન્સની .pdb ફાઈલો ડાઉનલોડ કરીને તેને અલગ ફાઈલમાં સેવ કરી શકો છો. |
| 04:02 | હવે ઇન્સ્યુલીનના 3D સ્ટ્રક્ચરને જોવા માટે ચાલો જેમોલ વિન્ડો પર જઈએ. |
| 04:09 | જો તમે ઈન્ટરનેટ સાથે જોડાયેલ હોય તો તમે જેમોલ પેનલ પર સીધુ પ્રોટીન સ્ટ્રક્ચર ડાઉનલોડ કરી શકો છો. |
| 04:15 | ટેક્સ્ટ બોક્સમાં ચાર અક્ષર PDB code “4EX1” ટાઈપ કરો અને OK બટન પર ક્લિક કરો. |
| 04:25 | જો તમે ઈન્ટરનેટ થી જોડાયેલા નથી તો ટૂલ બાર પર Open a File આઇકન પર ક્લિક કરો. |
| 04:34 | પેનલ પર ડાઈલોગ બોક્સ ખુલે છે. |
| 04:38 | 4EX1.pdb.gz નું સ્થાન એટલેકે Downloads ફોલ્ડર પર જાઓ. |
| 04:47 | Downloads ફોલ્ડર પસંદ કરો અને open બટન પર ક્લિક કરો. |
| 04:52 | 4EX1.pdb.gz પસંદ કરો અને open બટન પર ક્લિક કરો. |
| 05:00 | ઇન્સ્યુલીનનું 3D સ્ટ્રક્ચર સ્ક્રીન પર ખુલે છે. |
| 05:05 | પેનલ પર પ્રોટીન નું મૂળભૂત દેખવ ball and stick. છે. |
| 05:12 | પેનલ પર પ્રોટીનના મોડલ હાઇડ્રોજન પરમાણુ વગર દેખાડ્યું છે. |
| 05:17 | હાઇડ્રોજન પરમાણુ સાથે મોડેલ દેખાડવા માટે modelkit મેનુ ખોલો. |
| 05:23 | સ્ક્રોલ ડાઉન કરીને add hydrogens વિકલ્પ ક્લિક કરો. |
| 05:28 | હવે પેનલના મોડેલ હાઇડ્રોજન પરમાણુ સાથે દેખાય છે. |
| 05:33 | પ્રોટીન સ્ટ્રક્ચરને પણ પાણીના અણુ સાથે બતાડ્યું છે. |
| 05:38 | પાણીના અણુ ને સંતાડવા માટે આપેલ પગલા અનુસરો. |
| 05:43 | પ્રથમ પોપ અપ ને ખોલો અને Select. પર જાઓ. |
| 05:48 | સબ મેનુમાંથી Hetero (હેટરો) પસંદ કરો “All Water વિકલ્પ પર ક્લિક કરો. |
| 05:55 | ફરીથી પોપ અપ મેનુ ને ખોલો Style, Scheme પર જાઓ અને CPK spacefill વિકલ્પ પર ક્લિક કરો. |
| 06:05 | આ બધા પાણીના અણુઓને CPK Spacefill ડિસ્પ્લે માં રૂપાંતર કરશે. |
| 06:11 | પોપ અપ મેનુ ને ફરીથી ખોલો અને Style પર જાઓ Atoms માટે સ્ક્રોલ કરો અને Off વિકલ્પ પર ક્લિક કરો. |
| 06:22 | હવે પેનલ પર આપણી પાસે પાણીના અનુ વગર ઇન્સ્યુલીન સ્ટ્રક્ચર છે. |
| 06:27 | આગળ આપણે વિવિધ ફોરમેટસ મા પ્રોટીનના સેકેન્ડરી સ્ટ્રક્ચર દેખાડવાનું શીખીશું. |
| 06:35 | પોપ-અપ મેનુ ખોલો. |
| 06:37 | Select વિકલ્પ પસંદ કરો. |
| 06:39 | પ્રોટીન માટે સ્ક્રોલ કરો અને All વિકલ્પ પસંદ કરો. |
| 06:44 | પોપ અપ મેનુ ને ફરીથી ખોલો અને 'Style, માટે સ્ક્રોલ કરો અને Scheme. પર જાઓ. |
| 06:50 | સબ મેનુ આપેલ વિકલ્પો સાથે ખુલે છે જેમકે CPK Spacefill, Ball and Stick, Sticks, Wireframe, cartoon, trace, etc. |
| 07:02 | સબ મેનુ માંથી Cartoon વિકલ્પ પસંદ કરો. |
| 07:07 | આ ડિસ્પ્લે પ્રોટીન ના સ્ટ્રક્ચર જેમકે helices, random coils, strands, sheets વગેરે દેખાડે છે. |
| 07:17 | વધુ ડિસ્પ્લેના વિકલ્પો માટે, |
| 07:19 | પોપ અપ મેનુ ને ખોલો અને Style, માટે સ્ક્રોલ કરી Structures પસંદ કરો. |
| 07:25 | અહી આપણે પ્રોટીનના સેકેન્ડરી સ્ટ્રક્ચરને ડિસ્પ્લે કરવા માટે બીજા ઘણા વિકલ્પો દેખાય છે. |
| 07:31 | ઉદાહરણ તરીકે Strands વિકલ્પ પર ક્લિક કરો. |
| 07:35 | હવે પેનલ પ્રોટીન Strands ના જેમ દેખાય છે. |
| 07:40 | ડિસ્પ્લે નો રંગ બદલવા માટે પોપ -અપ મેનુ ખોલો Color માટે સ્કોલ કરી Atoms પસંદ કરો અને Blueવિકલ્પ પર ક્લિક કરો. |
| 07:52 | પેનલ પર થતા રંગના ફેરફાર નું અવલોકન કરો. |
| 07:56 | સ્ટ્રક્ચરને ફરી Ball-and-stick મા પાછુ રૂપાંતર કરવા માટે, |
| 07:59 | પોપ -અપ મેનુ ખોલો Style પસંદ કરો,અને પછી Scheme અને Ball and stick વિકલ્પ પર ક્લિક કરો. |
| 08:08 | આપણે પ્રોટીન મોડેલમા hydrogen bonds અને di-sulpfide bonds હાઈલાઈટ પણ કરી શકીએ છીએ. |
| 08:14 | hydrogen bonds ને ડીસ્લ્પે કરવા માટે પોપ -અપ મેનુ ખોલો Style માટે સ્ક્રોલ કરો અને પછી Hydrogen Bonds વિકલ્પ પસંદ કરો. |
| 08:25 | પોપ -અપ મેનુમા The Hydrogen Bonds વિકલ્પ ઘણા ફીચર ધરાવે છે જેમકે |
| 08:30 | Calculate, Set Hydrogen Bonds Side Chain. |
| 08:35 | Set Hydrogen Bonds in the Backbone.
અને બોન્ડ્સની જડાઈ બદલવા માટે પણ વિકલ્પ ધરાવે છે. |
| 08:42 | મોડેલ મા hydrogen bonds દેખાડવા માટે Calculate વિકલ્પ પર ક્લિક કરો. |
| 08:47 | The hydrogen bonds સફેદ અને લાલ લાંબા ડેશેસ ના જેવું દેખાય છે. |
| 08:53 | hydrogen bonds ની જડાઈ બદલવા માટે , પોપ -અપ મેનુ માંથી 0.10 A વિકલ્પ પર ક્લિક કરો. |
| 09:02 | હવે પેનલ પર આપણે જાળા hydrogen bonds. ફરી જોઈ શકીએ છીએ. |
| 09:06 | આપણે hydrogen bonds ના રંગો પણ બદલી શકીએ છીએ. |
| 09:11 | પોપ -અપ મેનુમા સ્ક્રોલ કરી Color અને પછી Hydrogen Bonds પસંદ કરીને orange વિકલ્પ પસંદ કરો. |
| 09:20 | પેનલ પર આપણી પાસે બધા hydrogen bonds નારંગી રંગ મા છે. |
| 09:25 | ડિસલ્ફાઇડ બોન્ડ્સ અને સલ્ફર પરમાણુ મોડેલમાં પીડા રંગમા દેખાય છે. |
| 09:31 | ડિસલ્ફાઇડ બોન્ડમા સુધારા કરવા માટે પોપ-અપ મેનુમાં disulfide bonds વિકલ્પને ખોલો |
| 09:38 | એવા ફીચર પર ક્લિક કરો જેને તમે બદલવા ઇચ્છતા હોય જેમકે માપ અને રંગ વગેરે. |
| 09:44 | તેજ પ્રકારે વિવિધ enzymes 'ની ફાઈલોને .pdb ફોરમેટમા ખોલવાનો પ્રયત્ન કરો અને 3D સ્ટ્રક્ચર મા તેને જુઓ. |
| 09:51 | ચાલો સારાંશ લઈએ આ ટ્યુટોરીયલ માં આપણે શીખ્યા: |
| 09:57 | * Protein Data Bank (PDB). થી પ્રોટીનસ સ્ટ્રક્ચર લોડ કરતા |
| 10:00 | * .pdb ડેટાબેસ થી PDB ફાઈલ્સ ડાઉનલોડ કરતા. |
| 10:05 | * PDB code. વાપરીને ઇન્સ્યુલીનના 3D સ્ટ્રક્ચર ને જોતા. |
| 10:10 | * પાણીના પરમાણુ વગર પ્રોટીન સ્ટ્રક્ચરને જોતા |
| 10:14 | * સેકેન્ડરી સ્ટ્રક્ચર વિવિધ ફોર્મેટ્સમાં બતાવવા. |
| 10:17 | * hydrogen bonds અને disulfide bonds. ને હાઈલાઈટ કરતા. |
| 10:22 | અહીં તમારા માટે અસાઇનમેન્ટ છે. |
| 10:24 | * PDB ડેટાબેસ પરથી Human Hemoglobin ની .pdbફાઈલ ડાઉન લોડ કરો . |
| 10:31 | * cartoon ડિસ્પ્લેમા સેકેન્ડરી સ્ટ્રક્ચર બતાઓ. |
| 10:35 | * પ્રોટીનના “porphyrin” યુનિટને હાઈલાઈટ કરો. |
| 10:39 | * PDB code.' માટે આપેલ લીનક નો સંદર્ભ લો |
| 10:42 | આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ વિડીયો નિહાળો.
http://spoken-tutorial.org/What_is_a_Spoken_ Tutorial |
| 10:46 | તે સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે. |
| 10:50 | જો તમારી પાસે સારી બેન્ડવિડ્થ ન હોય તો, તમે વિડીયો ડાઉનલોડ કરીને જોઈ શકો છો. |
| 10:55 | Tસ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટ ટીમ: |
| 10:57 | સ્પોકન ટ્યુટોરીયલોનાં ઉપયોગથી વર્કશોપોનું આયોજન કરે છે. |
| 11:01 | જેઓ ઓનલાઈન પરીક્ષા પાસ કરે છે તેઓને પ્રમાણપત્રો આપે છે. |
| 11:06 | વધુ વિગતો માટે, કૃપા કરી, contact@spoken-tutorial.org પર લખો. |
| 11:13 | સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટ ટોક ટુ અ ટીચર પ્રોજેક્ટનો એક ભાગ છે. |
| 11:18 | જેને આઈસીટી, એમએચઆરડી, ભારત સરકાર મારફતે શિક્ષણ પર નેશનલ મિશન દ્વારા આધાર અપાયેલ છે. |
| 11:25 | આ મિશન પર વધુ માહિતી આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ છે. http://spoken-tutorial.org/NMEICT-Intro |
| 11:31 | IIT Bombay તરફથી હું, જ્યોતી સોલંકી વિદાય લઉં છું. જોડાવાબદ્દલ આભાર. |
