Difference between revisions of "Jmol-Application/C3/Proteins-and-Macromolecules/Gujarati"

From Script | Spoken-Tutorial
Jump to: navigation, search
(Created page with "{| border=1 |'''Time''' | '''Narration''' |- | 00:01 | '''Proteins and Macromolecules.''' પરનાં આ ટ્યુટોરીયલમાં સ્વાગત છ...")
 
Line 111: Line 111:
 
|-
 
|-
 
|02:13
 
|02:13
−
| In the search box type name of the protein as '''Human''' '''Insulin.'''Press Enter key on the keyboard.
+
|   સર્ચ બોક્સમાં પ્રોટીનનું નામ '''Human''' ''' ઇન્સ્યુલીન ટાઈપ કરો.કીબોર્ડ પર એન્ટર દબાઓ.
  
 
|-
 
|-
 
| 02:24
 
| 02:24
−
| Now, on the web-page that is displayed, scroll down.
+
| હવે,પ્રદશિત વેબ પુષ્ઠ પર નીચે સ્ક્રોલ કરો.
  
 
|-
 
|-
 
| 02:28
 
| 02:28
−
| A list of known structures of '''Human Insulin''' along with the '''PDB codes '''appear on screen.
+
|   ''''''PDB'''  કોડસના  સાથે  '''Human''' ''' ઇન્સ્યુલીન જાણીતા સ્ટ્રક્ચરની યાદી સ્ક્રીન પર દેખાય છે.
  
 
|-
 
|-
 
| 02:36
 
| 02:36
−
| As an example, let's select''' Human Insulin''' with a code '''4EX1.'''
+
| ઉદાહરણ તરીકે, ''' Human Insulin''' with a code '''4EX1.''' કોડ સાથે  '''Human''' ''' ઇન્સ્યુલીન ને પસંદ કરો.
  
 
|-
 
|-
 
|  02:44
 
|  02:44
−
|Click on the name of the protein.
+
| પ્રોટીનના નામ પર ક્લિક કરો.
  
 
|-
 
|-
 
| 02:47
 
| 02:47
−
| A window opens with all the details of the structure.
+
| સ્ટ્રક્ચરની બધી વિગતો સાથે  વિન્ડો ખુલે છે.  
  
 
|-
 
|-
 
| 02:52
 
| 02:52
−
| Information like
+
| માહિતીઓ જેવી કે
  
 
|-
 
|-
 
| 02:54
 
| 02:54
−
|* '''Primary Citation'''
+
|* '''Primary Citation''' (પ્રાયમરી સાઇટેશન)
  
 
|-
 
|-
 
| 02:56
 
| 02:56
−
|* '''Molecular Description '''and
+
|* '''Molecular Description '''અને (મોલેક્યૂલર ડીસ્કરીપશન)
  
 
|-
 
|-
 
|02:58
 
|02:58
−
|* '''Structure Validation'''are available on this page.
+
|* '''Structure Validation''' (સ્ટ્રક્ચર વેલિડેશન) આ પુષ્ઠ પર ઉપલબ્ધ છે.
  
 
|-
 
|-
 
| 03:02
 
| 03:02
−
| We can save the structures of proteins as '''.pdb '''files and view them in 3D mode in '''Jmol.'''
+
|આપણે પ્રોટીનના સ્ટ્રક્ચરને '''.pdb ''' ફાઈલમાં સેવ કરીને તેને જેમોલમાં  3D મોડમાં જોઈ શકીએ છીએ.
  
 
|-
 
|-
 
|  03:12
 
|  03:12
−
| Click on the '''Download Files''' link, located at the top right hand corner of the page.  
+
| પુષ્ઠના ટોચે જમણીબાજુમા  '''Download Files''' લીંક પર ક્લિક કરો.  
  
 
|-
 
|-
 
| 03:20
 
| 03:20
−
| From the drop down menu, select '''PDB file (gz) '''option'''. '''
+
| ડ્રોપ ડાઉન મેનુ માંથી  '''PDB''' ફાઈલ  '''(gz) ''' વિકલ્પ પસંદ કરો.
  
 
|-
 
|-
 
| 03:28
 
| 03:28
−
|A dialog box opens on the screen.  
+
| સ્ક્રીન પર ડાઈલોગ બોક્સ ખુલે છે.
  
 
|-
 
|-
 
|  03:32
 
|  03:32
−
|Select '''Save file''' option.  
+
| '''Save file''' વિકલ્પ પસંદ કરો.  
  
 
|-
 
|-
 
|03:35
 
|03:35
−
|Click on '''OK''' button.
+
| '''OK''' બટન પર ક્લિક કરો.
  
 
|-
 
|-
 
| 03:39
 
| 03:39
−
| The structure of protein will be saved as '''4EX1.pdb.gz,''' in the '''Downloads '''folder.
+
| '''Downloads '''ફોલ્ડરમા પ્રોટીન સ્ટ્રક્ચર  '''4EX1.pdb.gz,''' તરીકે સંગ્રહિત થશે.  
  
 
|-
 
|-
 
|  03:51
 
|  03:51
−
| Similarly, you can download the required '''.pdb '''files of various proteins and save them in separate files.  
+
| તેજ રીતે તમે જોઈતી વિવિધ પ્રોટીન્સની '''.pdb ''' ફાઈલો ડાઉનલોડ કરીને તેને અલગ ફાઈલમાં સેવ કરી શકો છો.
  
 
|-
 
|-
 
| 04:02
 
| 04:02
−
| Now, lets switch to '''Jmol''' window to view the 3D structure of '''Insulin'''.
+
|હવે ઇન્સ્યુલીનના 3D સ્ટ્રક્ચરને જોવા માટે ચાલો જેમોલ વિન્ડો પર જઈએ.
  
 
|-
 
|-
 
|04:09  
 
|04:09  
−
| If you are connected to Internet, you can directly download the protein structure on Jmol panel.
+
| જો તમે ઈન્ટરનેટ સાથે જોડાયેલ હોય તો તમે જેમોલ પેનલ પર  સીધુ પ્રોટીન સ્ટ્રક્ચર  ડાઉનલોડ કરી શકો છો.
  
 
|-
 
|-
 
|  04:15
 
|  04:15
−
| Type the 4 letter '''PDB code “4EX1” '''in the text box and click on '''OK''' button.  
+
| ટેક્સ્ટ બોક્સમાં  ચાર અક્ષર '''PDB code “4EX1” ''' ટાઈપ કરો અને  '''OK''' બટન પર ક્લિક કરો.
  
 
|-
 
|-
 
| 04:25
 
| 04:25
−
| If you are not connected to Internet, then click on '''Open a File''' icon on the tool bar.
+
| જો તમે ઈન્ટરનેટ થી જોડાયેલા નથી તો ટૂલ બાર પર '''Open a File''' આઇકન પર ક્લિક કરો.
  
 
|-
 
|-
 
| 04:34
 
| 04:34
−
| A dialog box opens on the panel.
+
| પેનલ પર ડાઈલોગ બોક્સ ખુલે છે.
  
 
|-
 
|-
 
|  04:38
 
|  04:38
−
|Navigate to the location of '''4EX1.pdb.gz''' file i.e. to '''Downloads '''folder.
+
| '''4EX1.pdb.gz''' નું સ્થાન એટલેકે  '''Downloads '''ફોલ્ડર પર જાઓ.
  
 
|-
 
|-
 
|  04:47
 
|  04:47
−
|Select '''Downloads''' folder and click on '''open '''button.  
+
| '''Downloads''' ફોલ્ડર પસંદ કરો અને  '''open ''' બટન પર ક્લિક કરો.  
  
 
|-
 
|-
 
|  04:52
 
|  04:52
−
|Select '''4EX1.pdb.gz''' file and click on '''open''' button.
+
| '''4EX1.pdb.gz''' fપસંદ કરો અને  '''open''' બટન પર ક્લિક કરો.
  
 
|-
 
|-
 
| 05:00
 
| 05:00
−
| 3D Structure of Insulin opens on screen.
+
| ઇન્સ્યુલીનનું 3D સ્ટ્રક્ચર સ્ક્રીન પર ખુલે છે.
  
 
|-
 
|-
 
| 05:05
 
| 05:05
−
| The default display of the '''protein''' on the panel, is '''ball and stick.'''
+
| પેનલ પર પ્રોટીન નું મૂળભૂત દેખવ '''ball and stick.''' છે.
  
 
|-
 
|-
 
| 05:12
 
| 05:12
−
| The model of protein on the panel is shown without hydrogens atoms.
+
| પેનલ પર પ્રોટીનના  મોડલ હાઇડ્રોજન પરમાણુ વગર દેખાડ્યું છે.
  
 
|-
 
|-
 
| 05:17
 
| 05:17
−
| To show the model with hydrogen atoms, open the '''modelkit''' menu.
+
| હાઇડ્રોજન પરમાણુ સાથે મોડેલ દેખાડવા માટે '''modelkit''' મેનુ  ખોલો.
  
 
|-
 
|-
 
|  05:23
 
|  05:23
−
|Scroll down to '''add hydrogens''' option and click on it.
+
| સ્ક્રોલ ડાઉન કરીને  '''add hydrogens''' વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
  
 
|-
 
|-
 
| 05:28
 
| 05:28
−
| The model on the panel is now displayed with hydrogen atoms.
+
| હવે પેનલના મોડેલ હાઇડ્રોજન પરમાણુ સાથે દેખાય છે.
  
 
|-
 
|-
 
| 05:33
 
| 05:33
−
| The '''protein''' structure is also shown with water molecules.
+
| પ્રોટીન સ્ટ્રક્ચરને પણ પાણીના અણુ સાથે બતાડ્યું છે.
  
 
|-
 
|-
 
| 05:38
 
| 05:38
−
| To hide the water molecules, follow the steps as shown.
+
| પાણીના અણુ ને સંતાડવા માટે આપેલ પગલા અનુસરો.
  
 
|-
 
|-
 
| 05:43
 
| 05:43
−
| First open the pop-up menu and go to '''Select.'''
+
| પ્રથમ પોપ અપ ને ખોલો અને  '''Select.''' પર જાઓ.
  
 
|-
 
|-
 
| 05:48
 
| 05:48
−
| From the sub-menu,choose '''Hetero'''and click on '''“All Water''' option.
+
| સબ મેનુમાંથી  '''Hetero''' (હેટરો) પસંદ કરો '''“All Water''' વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
  
 
|-
 
|-
 
| 05:55
 
| 05:55
−
| Open the pop-up menu again, go to '''Style''', '''Scheme '''and click on '''CPK spacefill '''option.
+
| ફરીથી પોપ અપ ને ખોલો  '''Style''', '''Scheme ''' પર જાઓ અને  '''CPK spacefill ''' વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
  
 
|-
 
|-
 
| 06:05
 
| 06:05
−
|This will convert all the water molecules to '''CPK Spacefill '''display.
+
| આ બધા પાણીના અણુઓને  '''CPK Spacefill ''' ડિસ્પ્લે માં  રૂપાંતર કરશે.
  
 
|-
 
|-

Revision as of 12:48, 5 December 2014

Time Narration
00:01 Proteins and Macromolecules. પરનાં આ ટ્યુટોરીયલમાં સ્વાગત છે.
00:06 આ ટ્યુટોરીયલમાં, હું આપેલ વિશે સમજાવીશ:
00:09 * Protein Data Bank (PDB). થી પ્રોટીનસ સ્ટ્રક્ચર લોડ કરતા.
00:13 * .pdb ડેટાબેસ થી PDB ફાઈલ્સ ડાઉનલોડ કરતા.


00:18 * પ્રોટીન્સના સેકેન્ડરી સ્ટ્રક્ચર વિવિધ ફોર્મેટ્સમાં બતાવવા.
00:24 * હાઇડ્રોજન બોન્ડસ અને ડાઈસલ્ફાઇડ બોન્ડને હાઈલાઈટ કરતા.


00:29 આ ટ્યુટોરીયલનાં અનુસરણ માટે, તમે Jmol Application window. બેસિક ઓપરેશન શાથે પરિચિત હોવા જોઈએ.
00:37 જો નથી તો અમારી વેબ સાઈટ પર ઉપલબ્ધ ટ્યુટોરીયલનો સંદર્ભ લો.
00:42 આ ટ્યુટોરીયલ રેકોર્ડ કરવા માટે હું વાપરી રહ્યી છું,
00:46 * ઉબુન્ટુ ઓપરેટીંગ સીસ્ટમ આવૃત્તિ 12.04
00:50 * Jmol આવૃત્તિ 12.2.2
00:54 * Java આવૃત્તિ 7
00:57 * Mozilla Firefox બ્રાઉઝર 22.0
01:02 મોટા જૈવિકઅણુઓ ના સ્ટ્રક્ચરના વિશ્લેષણ જેવા
01:06 * Proteins (પ્રોટીન્સ)અને Macromolecules (મેક્રોમોલેક્યુલ્સ)
01:10 * Nucleic acids, (ન્યુક્લીક એસીડ) DNA અને RNA
01:13 * ક્રિસ્ટલ સ્ટ્રક્ચર અને પોલીમર્સ જેમોલ એપ્લીકેશન નો ઉપયોગ કરીને કરી શકાય છે.
01:19 મેં નવી Jmol વિન્ડો ખોલી છે.
01:24 જૈવિકઅણુઓના 3D સ્ટ્રક્ચરસ ને ડેટાબેસ થી ડાયરેક્ટ ડાઉનલોડ કરીને જોઈ શકાય છે.
01:29 આ કરવા માટે File મેનુ પર ક્લોઈક કરો Get PDB. મેળવવા માટે સ્ક્રોલડાઉન કરો.
01:36 ઈનપુટ ડાઈલોગ બોક્સ સ્ક્રીન પર દેખાય છે.
01:40 ચોક્કસ પ્રોટીન માટે આપણે ઈનપુટ બોક્સમાં ચાર અક્ષર ના PDB code કરવા પડશે.
01:48 ' આ કોડ 'Protein Data Bank (PDB) વેબસાઈટ થી મેળવી શકીએ છીએ.
01:53 આ Protein Data Bank. નું વેબ પુષ્ઠ છે.
01:57 આ જૈવિકઅણુઓ વિષે માહિતી ધરવે છે જેમ કે proteins (પ્રોટીન્સ) અને nucleic acids. (ન્યુક્લીક એસીડ)
02:04 દાહરણ તરીકે:હવેPDB વેબસાઈટ થી Pancreatic Enzyme Insulin (પેનક્રીએટીક એન્ઝાઈમ ઇન્સ્યુઇન) માટે PDB code મેળવવાની કોશિશ કરે છે.
02:13 સર્ચ બોક્સમાં પ્રોટીનનું નામ Human ઇન્સ્યુલીન ટાઈપ કરો.કીબોર્ડ પર એન્ટર દબાઓ.
02:24 હવે,પ્રદશિત વેબ પુષ્ઠ પર નીચે સ્ક્રોલ કરો.
02:28 'PDB' કોડસના સાથે Human ઇન્સ્યુલીન જાણીતા સ્ટ્રક્ચરની યાદી સ્ક્રીન પર દેખાય છે.
02:36 ઉદાહરણ તરીકે, Human Insulin with a code 4EX1. કોડ સાથે Human ઇન્સ્યુલીન ને પસંદ કરો.
02:44 પ્રોટીનના નામ પર ક્લિક કરો.
02:47 સ્ટ્રક્ચરની બધી વિગતો સાથે વિન્ડો ખુલે છે.
02:52 માહિતીઓ જેવી કે
02:54 * Primary Citation (પ્રાયમરી સાઇટેશન)
02:56 * Molecular Description અને (મોલેક્યૂલર ડીસ્કરીપશન)
02:58 * Structure Validation (સ્ટ્રક્ચર વેલિડેશન) આ પુષ્ઠ પર ઉપલબ્ધ છે.
03:02 આપણે પ્રોટીનના સ્ટ્રક્ચરને .pdb ફાઈલમાં સેવ કરીને તેને જેમોલમાં 3D મોડમાં જોઈ શકીએ છીએ.
03:12 પુષ્ઠના ટોચે જમણીબાજુમા Download Files લીંક પર ક્લિક કરો.
03:20 ડ્રોપ ડાઉન મેનુ માંથી PDB ફાઈલ (gz) વિકલ્પ પસંદ કરો.
03:28 સ્ક્રીન પર ડાઈલોગ બોક્સ ખુલે છે.
03:32 Save file વિકલ્પ પસંદ કરો.
03:35 OK બટન પર ક્લિક કરો.
03:39 Downloads ફોલ્ડરમા પ્રોટીન સ્ટ્રક્ચર 4EX1.pdb.gz, તરીકે સંગ્રહિત થશે.
03:51 તેજ રીતે તમે જોઈતી વિવિધ પ્રોટીન્સની .pdb ફાઈલો ડાઉનલોડ કરીને તેને અલગ ફાઈલમાં સેવ કરી શકો છો.
04:02 હવે ઇન્સ્યુલીનના 3D સ્ટ્રક્ચરને જોવા માટે ચાલો જેમોલ વિન્ડો પર જઈએ.
04:09 જો તમે ઈન્ટરનેટ સાથે જોડાયેલ હોય તો તમે જેમોલ પેનલ પર સીધુ પ્રોટીન સ્ટ્રક્ચર ડાઉનલોડ કરી શકો છો.
04:15 ટેક્સ્ટ બોક્સમાં ચાર અક્ષર PDB code “4EX1” ટાઈપ કરો અને OK બટન પર ક્લિક કરો.
04:25 જો તમે ઈન્ટરનેટ થી જોડાયેલા નથી તો ટૂલ બાર પર Open a File આઇકન પર ક્લિક કરો.
04:34 પેનલ પર ડાઈલોગ બોક્સ ખુલે છે.
04:38 4EX1.pdb.gz નું સ્થાન એટલેકે Downloads ફોલ્ડર પર જાઓ.
04:47 Downloads ફોલ્ડર પસંદ કરો અને open બટન પર ક્લિક કરો.
04:52 4EX1.pdb.gz fપસંદ કરો અને open બટન પર ક્લિક કરો.
05:00 ઇન્સ્યુલીનનું 3D સ્ટ્રક્ચર સ્ક્રીન પર ખુલે છે.
05:05 પેનલ પર પ્રોટીન નું મૂળભૂત દેખવ ball and stick. છે.
05:12 પેનલ પર પ્રોટીનના મોડલ હાઇડ્રોજન પરમાણુ વગર દેખાડ્યું છે.
05:17 હાઇડ્રોજન પરમાણુ સાથે મોડેલ દેખાડવા માટે modelkit મેનુ ખોલો.
05:23 સ્ક્રોલ ડાઉન કરીને add hydrogens વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
05:28 હવે પેનલના મોડેલ હાઇડ્રોજન પરમાણુ સાથે દેખાય છે.
05:33 પ્રોટીન સ્ટ્રક્ચરને પણ પાણીના અણુ સાથે બતાડ્યું છે.
05:38 પાણીના અણુ ને સંતાડવા માટે આપેલ પગલા અનુસરો.
05:43 પ્રથમ પોપ અપ ને ખોલો અને Select. પર જાઓ.
05:48 સબ મેનુમાંથી Hetero (હેટરો) પસંદ કરો “All Water વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
05:55 ફરીથી પોપ અપ ને ખોલો Style, Scheme પર જાઓ અને CPK spacefill વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
06:05 આ બધા પાણીના અણુઓને CPK Spacefill ડિસ્પ્લે માં રૂપાંતર કરશે.
06:11 Open the pop-up menu again and go to Style scroll down to Atoms and click on Off option.
06:22 Now on panel we have Insulinstructure without any water molecules.
06:27 Next, let us learn to display the secondary structure of the protein in various formats.
06:35 Open the pop-up menu.
06:37 Go to Select option.
06:39 Scroll down to Protein and click on All option.
06:44 Open the pop-up menu again and scroll down to Style, then Scheme.
06:50 A sub-menu opens with options like CPK Spacefill, Ball and Stick, Sticks, Wireframe, cartoon, trace, etc.
07:02 Click on Cartoon option from the sub-menu.
07:07 This display shows the secondary structure of protein as helices, random coils, strands, sheets etc.
07:17 For more display options,
07:19 Open the pop-up menu and scroll down to Style, then to Structures.
07:25 Here we see many more options to display secondary structure of protein.
07:31 For example click on Strands option.
07:35 The protein is now displayed as Strands on the panel.
07:40 To change the color of display, open the Pop-up-menu. Scroll down to Color select Atoms and click on Blue option.
07:52 Observe the change in color on the panel.
07:56 To convert the structure back to Ball-and-stick display,
07:59 Open the pop-up menu, select Style, then Scheme and click on Ball and stick option.
08:08 We can also highlight hydrogen bonds and di-sulpfide bonds in the protein model.
08:14 To display hydrogen bonds: Open the pop-up menu and scroll down to Style and then to Hydrogen Bonds option.
08:25 The Hydrogen Bonds option in the Pop-up menu has features such as:
08:30 Calculate, Set Hydrogen Bonds Side Chain.
08:35 Set Hydrogen Bonds in the Backbone.

And also has options to change the thickness of the bonds.

08:42 Click on Calculate option to show the hydrogen bonds in the model.
08:47 The hydrogen bonds are displayed as white and red long dashes.
08:53 To change the thickness of hydrogen bonds, Click on 0.10 A option from the pop-up-menu.
09:02 Now on the panel we can see thicker hydrogen bonds.
09:06 We can also change the color of hydrogen bonds.
09:11 From the Pop-up-menu scroll down to Color then Hydrogen Bonds then click on orange option.
09:20 On the panel, we have all the hydrogen bonds in orange color.
09:25 Disulfide bonds, and sulphur atoms are shown in the model in yellow colour.
09:31 To modify disulfide bonds open the option disulfide bonds in pop menu
09:38 Click on the features you may want to change like size and color etc.
09:44 Similarly try to open .pdb files of different enzymes and view their 3D structures.
09:51 Let us summarize, in this tutorial we have learnt to:
09:57 * To Load structures of protein from Protein Data Bank (PDB).
10:00 * Download .pdb files from the database.
10:05 * View 3D structure of Insulin using PDB code.
10:10 * View Protein structure without water molecules.
10:14 * Display secondary structure in various formats.
10:17 * Highlight hydrogen bonds and disulfide bonds.
10:22 Here is an assignment for you.
10:24 * Download the .pdb file of Human Hemoglobin from PDB database.
10:31 * Show secondary structure in cartoon display.
10:35 * Highlight the “porphyrin” units of the protein.
10:39 * Refer the following link for the PDB code.
10:42 Watch the video available at this URL.

http://spoken-tutorial.org/What_is_a_Spoken_ Tutorial

10:46 It summarizes the Spoken Tutorial project
10:50 If you do not have good bandwidth, you can download and watch it
10:55 The Spoken Tutorial Project Team:
10:57 Conducts workshops using spoken tutorials
11:01 Gives certificates to those who pass an on-line test
11:06 For more details, please write to contact@spoken-tutorial.org
11:13 Spoken Tutorial Project is a part of the Talk to a Teacher project
11:18 It is supported by the National Mission on Education through ICT, MHRD, Government of India
11:25 More information on this Mission is available at this link http://spoken-tutorial.org/NMEICT-Intro ]
11:31 This is Snehalatha from IIT Bombay signing off. Thank you for joining.

Contributors and Content Editors

Jyotisolanki

Retrieved from "https://script.spoken-tutorial.org/index.php?title=Jmol-Application/C3/Proteins-and-Macromolecules/Gujarati&oldid=18421"