View source for Biopython/C2/Blast/Gujarati

{| Border=1
! <center>Time</center>
! <center>Narration</center>

|-
| 00:01
| '''Biopython''' ટૂલ્સનો ઉપયોગ કરીને  ''' BLAST'''  પરના ટ્યુટોરીયલમાં તમારું સ્વાગત છે.

|-
| 00:06
| આ ટ્યુટોરીયલમાં આપણે શીખીશું '''Biopython''' ટૂલ્સનો ઉપયોગ કરીને '''query sequence''' માટે બ્લાસ્ટ રન કરતા.

|-
|00:13
| અને , આગળના વિશ્લેષણ. માટે  બ્લાસ્ટ આઉટપુટ  '''parse'''  કરતા.

|-
| 00:17
|આ ટ્યુટોરીયલના અનુસરણ માટે તમને અંડરગ્રેજ્યુએટ બાયોકેમિસ્ટ્રી અથવા બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ અને સામાન્ય '''Python'''  પ્રોગ્રામિંગ ની જાણ હોવી જોઈએ.

|-
|00:27
|આપેલ લિંક પર  '''Python''' ટ્યુટોરીયલ જુઓ.

|-
| 00:31
|આ ટ્યુટોરીયલ રિકોર્ડ કરવા માટે હું ઉપયોગ કરી રહી છું '''Ubuntu'''  ઓપરેટિંગ સિસ્ટમ વર્જન 14.10

|-
|00:37
|'''Python''' version 2.7.8

|-
|00:41
|'''Ipython interpretor''' version 2.3.0

|-
|00:46
|'''Biopython''' version 1.64 અને  *કાર્ય કરતું ઇન્ટરનેટ કનેક્શન નો ઉપયોગ કરી રહ્યં છીએ.

|-
| 00:52
|'''Basic Local Alignment Search Tool'''  માટે  '''BLAST'''  સંજ્ઞા માં છે.

|-
|00:57
|'''sequence''' ની માહિતી તુલના કરવા  '''algorithm''' છે.

|-
| 01:02
|આ પ્રોગ્રામ '''nucleotide''' અથવા '''protein'''  ના સીકવેંસીસના જે ડેટાબેસ માં સિકવેન્સ છે તેની તુલના કરે છે અને એકસરખા છે તેની આંકડાકીય મહત્વની ગણતરી કરે છે.

|-
|01:14
| બ્લાસ્ટ ને રન કરવાના બે પ્રકારો છે.

|-
|01:17
|તમારા મશીન પરનું લોકલ બ્લાસ્ટ અથવા '''BLAST''' થી NCBI સર્વર દ્વારા બ્લાસ્ટને રન કરવું.

|-
| 01:24
|'''Biopython''' માં બ્લાસ્ટને રન કરવાના બે માર્ગો છે.

|-
|01:28
|પ્રથમ તમારી '''query sequence'''  માટે બ્લાસ્ટને રન કરવું અને અમુક આઉટપુટ મેળવવું.

|-
|01:33
|બીજું આગળના અન્વેષણ માટે બ્લાસ્ટ આઉટપુટ પાર્સ કરવું.

|-
| 01:38
|આપણે  ''' nucleotide '''' (ન્યુક્લિયોટાઇડ) સિકવેન્સ માટે ટર્મિનલ ખોલીને બ્લાસ્ટ રન કરીશું.

|-
|01:43
|ટર્મિનલ ખોલવા માટે '''Ctrl, Alt''' અને  '''T'''  કી ને એક સાથે દાબો.

|-
| 01:48
|પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો  '''ipython'''  અને એન્ટર દબાવો.

|-
| 01:52
|આ ટ્યુટોરીયલમાં હું બતાવીશ '''NCBI BLAST''' સર્વિસ વાપરીને ઇન્ટરનેટ પર બ્લાસ્ટ રન કેવી રીતે કરવું.

|-
|02:01
|પેકેજ ઈમ્પોર્ટ કરવા માટે પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો ''' from Bio.Blast Import NCBIWWW''' એન્ટર દબાવો.

|-
| 02:14
|આગળ ઇન્ટરનેટ પર બ્લાસ્ટ રન કરવા માટે પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો.

|-
|02:20
|આપણે ''NCBIWWW ''' મોડ્યુલમાં  '''qblast function''' નો ઉપયોગ કરીશું.

|-
| 02:25
|'''qblast function''' ત્રણ '''arguments''' આર્ગ્યુમેન્ટ લે છે.

|-
|02:29
|પ્રથમ આર્ગ્યુમેન્ટ '''blast program'''  છે જે આપણે સર્ચ કરવા માટે ઉપયોગ કરીએ છીએ.

|-
|02:33 
|બીજું નિર્દિષ્ટ કરે છે જે ડેટાબેસ શોધવાનું છે.

|-
|02:38
|ત્રીજું આર્ગ્યુમેન્ટ એ તમારું   '''query sequence.''' છે.

|-
| 02:43
| '''query sequence''' માટે ઇનપુટ   '''GI''' નંબર અથવા  '''FASTA'''  ફાઈલ ના જેવું હોઈ શકે છે.અથવા '''sequence record object''' જેવું પણ હોઈ શકે છે.

|-
| 02:53
| આ પ્રદર્શન હેતુસર હું   '''nucleotide sequence''' માટે '''GI number'''  નંબર નો ઉપયોગ કરી રહી છું.

|-
|02:58
| '''GI number''' એ '''insulin''' ના  '''nucleotide sequence''' માટે છે.

|-
| 03:03
| '''qblast function''' અન્ય વિકલ્પ આર્ગ્યુમેન્ટ્સના પણ નંબર લે છે.

|-
|03:09
|આ આર્ગ્યુમેન્ટ જુદા જુદા પેરામીટરસ ના સમાન છે જે તમે '''BLAST'''  વેબ પેજ પર સેટ કરી શકો છો.

|-
|03:15
| '''qblast function''' એ '''xml''' ફોરમેટમાં બ્લાસ્ટ પરિણામ પાછું આપે છે.

|-
| 03:20
|ટર્મિનલ પર પાછાં જઈએ.

|-
|03:22
|આપણી કવેરી સ્કિવેન્સ કઈ છે '''nucleotide''' અથવા  '''protein sequence''' પર આધારિત યોગ્ય બ્લાસ્ટ પ્રોગ્રામ આપણને ઉપયોગ કરવાનો છે.

|-
|03:30
|જેમકે આપણી ક્વેરી '''nucleotide''' છે આપણે બ્લાસ્ટ પ્રોગ્રામ નો ઉયોગ કરીશું અને  "nt" એ  '''nucleotide'''  ડેટાબેસનો સંદર્ભ લે છે.

|-
|03:39
|આ વિષે ની વિગતો  '''NCBI BLAST'''  વેબપેજ પર ઉપલબ્ધ છે.

|-
| 03:45
| '''blast output''' એ '''xml'''  ફાઈલના ફોર્મમાં વેરિયેબલ રિઝલ્ટમાં સન્ગ્રહયુ છે.

|-
|03:51
| '''Enter''' દબાવો.

|-
| 03:53
| તમારી ઇન્ટરનેટની ગતિ ના આધાર પર બ્લાસ્ટ સર્ચ પૂર્ણ કરવા માટે અમુક સમય લેય છે.

|-
| 03:59
| આગળ વધતા પહેલા ડિસ્ક પર '''xml''' ફાઈલ સેવ કરવું મહત્વ નું છે.

|-
|04:05
| '''xml file. ''' ફાઈલને સેવ કરવા માટે આપેલ લાઈન ટાઈપ કરો.

|-
|04:09
|આ કોડની લાઈન  હોમ ફોલ્ડરમાં '''blast.xml'''  તરીકે સર્ચ રિઝલ્ટ સેવ કરશે.

|-
| 04:18
| તમારું હોમ ફોલ્ડર ને શોધી ને ફાઈલને જુઓ.

|-
|04:21
|ફાઈલ પર ક્લિક કરો અને ફાઈલની વિષયવસ્તુની તપાસ કરો.

|-
| 04:30
| જયારે તમને  '''query'''  તરીકે  '''FASTA'''  ફાઈલનો ઉપયોગ કરવો હોય તો ટેક્સ્ટ ફાઈલમાં આપેલ કોડ નો ઉપયોગ કરો. 

|-
| 04:36
| જો તમને '''FASTA'''  માંથી ક્વેરી તરીકે '''sequence record object''' નો ઉપયોગ કરવો છે તો કોડ અહીં છે.

|-
| 04:42
|ટર્મિનલ પર પાછાં જઈએ.

|-
|04:44
|આગળનો સ્ટેપ ડેટાને '''extract''' કરવા માટે ફાઈલ ને  '''parse'''  કરો.

|-
|04:48
|પારસીંગમાં પ્રથમ સ્ટેપ ઇનપુટ માટે '''xml'''  ફાઈલ ખોલવાનું છે.

|-
|04:53
|પ્રોમ્પ્ટ પર આપેલ ટાઈપ કરો.એન્ટર દબાઓ.

|-
| 04:57
|આગળ "Bio.Blast" '''package''' માંથી  '''NCBIXML'''  મોડ્યુલ ઈમ્પોર્ટ કરો.

|-
|05:05
| '''Enter''' દબાવો.

|-
| 05:07
| '''Blast'''  આઉટપુટ પાર્સ કરવા માટે આપેલ લાઈન ટાઈપ કરો.

|-
|05:11
|તમને બ્લાસ્ટ આઉટપુટ થી એક્સ્ટ્રેટ કરવા માટે બ્લાસ્ટ  '''record''' માં બધી માહિતી સમાવિષ્ટ છે.

|-
| 05:18
|આપણા બ્લાસ્ટ રિપોર્ટમાં જે કોઈ ચોક્કસ થ્રેશોલ્ડ કરતા મોટા હોય એવી અમુક માહિતીઓને પ્રિન્ટ કરીએ.

|-
|05:27
|આપેલ કોડ ટાઈપ કરો.

|-
|05:30
| '''match''' માટે મહત્વપૂર્ણ અપેક્ષિત  '''score'''  0.01 કરતા કમી હોવું જોઈએ.

|-
| 05:37
| દરેક '''hsp''' માટે જે ઉચ્ચ સ્કોરિંગ જોડી છે આપણને  '''title, length, hsp score, gaps''' અને  '''expect value''' મળે છે.

|-
|05:49
|આપણે '''strings''' ને પણ પ્રિન્ટ કરીશું જેમાં  '''query''' સમાવિષ્ટ છે  સંરેખિત ડેટાબેસ સિકવેન્સ અને સ્ટ્રીંગ મેચ અને મિસમેચ સ્થાન નિર્દિષ્ટ કરે છે.

|-
|06:02
|આઉટપુટ મેળવવા માટે બે વખત એન્ટર દબાવો.

|-
| 06:05
| આઉટપુટ જુઓ.

|-
|06:09
|દરેક અલાઇનમેન્ટ માટે આપણી પાસે  '''length, score, gaps, evalue''' અને  '''strings''' છે.

|-
| 06:16
|તમે '''Bio.Blast''' પેકેજમાં ઉપલબ્ધ અન્ય ફંક્શન વાપરીને  એક્સ્ટ્રૈક્ટ કરી શકો છો.

|-
|06:24
|આપણે આ ટ્યુટોરીયલના આ અંતમાં આવ્યા છે.

|-
| 06:26
| ચાલો સારાંશ લઈએ. આ ટ્યુટોરીયલમાં આપણે '''GI'''  નંબર વાપરીને '''query nucleotide sequence ''' માટે બ્લાસ્ટ રન કરતા..  

|-
|06:36
|અને  '''Bio.Blast.Record'''  મોડ્યુલ નો ઉપયોગ કરીને  '''BLAST'''  આઉટપુટ પાર્સ કરતા શીખ્યા.

|-
| 06:43
| અસાઇનમેન્ટ તરીકે તમારી પસંદગીનું  '''protein'''  સિકવેન્સ માટે '''BLAST Search''' રન કરતા.

|-
|06:50
|આઉટપુટ ફાઈલ સેવ કરીને ફાઈલમાં સમાવિષ્ટ ડેટા પાર્સ કરો.

|-
|06:55
|આ ફાઈલમાં દેખાડ્યા પ્રમાણે તમારા પૂર્ણ થયેલ અસાઇનમેન્ટ માં આપેલ કોડ હોવા જોઈએ.

|-
|07:01
|કોડ નું અવલોકન કરો આપણી કવેરી '''protein'''  સિકવેન્સ છે આપણે  '''BLAST''' સર્ચ માટે '''blastp'''  પ્રોગ્રામ અને "nr" એટલેકે  ''' non-redundant protein '''  ડેટાબેસ નો ઉપયોગ કરો.

|-
| 07:16
| આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ વિડીયો નિહાળો. તે સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે.

|-
|07:20
|જો તમારી પાસે સારી બેન્ડવિથ ના હોય તો તમે વિડિઓ ડાઉનલોડ કરીને જોઈ શકો છો.

|-
| 07:22
| અમે વર્કશો આયોજિત કરીએ છીએ અને  જેઓ ઓનલાઇન પરીક્ષા પાસ કરે છે તેમને સ્ટ્રિફિકેટ આપીએ છીએ.

|-
|07:30
|વધુ જાણકારી માટે અમને સંપર્ક કરો.

|-
| 07:33
| સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટને  આઈસીટી, એમએચઆરડી, ભારત સરકાર મારફતે શિક્ષણ પર નેશનલ મિશન દ્વારા ફાળો અપાયેલ છે. આ મિશન પર વધુ માહિતી આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ છે

|-
|07:40
|આ વિષે વધુ જાણકારી આપેલ લિંક પર ઉપલબ્ધ છે.

|-
| 07:45
| IIT Bombay તરફથી હું, જ્યોતિ સોલંકી વિદાય લઉં છું. જોડાવાબદ્દલ આભાર. 

|}