View source for Avogadro/C4/File-Extensions/Tamil

{| border=1
| <center>Time</center>
| <center>Narration</center>

|-
|00:01
| வணக்கம் '''File Extensions''' குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு.
|-
|00:05
| இந்த டுடோரியலில், :<br/> '''GAMESS, Gaussian, MOPAC, NWChem''' முதலிய '''computational chemistry''' programmeகளுக்கு எப்படி input file களை உருவாக்குவது என்பது குறித்தும்,
|-
|00:18
|மேலும், '''GAMESS''' மற்றும் '''Gaussian''' ஆகிய softwareகளில் கிடைக்கும் output file களை வைத்து '''Molecular orbitals ''' மற்றும் '''calculated IR spectrum''' ஆகியவற்றை எப்படி காண்பது என்றும் கற்கலாம்.
|-
|00:28
| நான் பயன்படுத்துவது, '''Ubuntu Linux '''OS version 14.04.
'''Avogadro''' version 1.1.1.
|-
|00:38
| இந்த டுடோரியலைப் பின்தொடர '''Avogadro''' interface குறித்த பரிச்சயம் இருக்க வேண்டும்.
|-
|00:43
| அது தொடர்பான டுடோரியல்களுக்கு எங்கள் இணையதளத்திற்கு செல்லவும்.
|-
|00:49
| இந்த டுடோரியலில் காட்டப்படும் எடுத்துக்காட்டுகளின் fileகள், code files ஆக கொடுக்கப்பட்டுள்ளன. 
|-
|00:55
| அவற்றை desktop இல் ஒரு folder இல் பதிவிறக்கி சேமித்துக்கொள்ளவும்.
|-
|01:00
| ஒரு புதிய '''Avogadro''' விண்டோவைத் திறந்துள்ளேன்.
|-
|01:04
| '''Build''' மெனுவில் இருந்து '''Insert fragment''' library ஐப் பயன்படுத்தி ஒரு benzene மூலக்கூறை load செய்யவும்.
|-
|01:12
| வடிவமைப்பை, tool bar இல் உள்ள '''Auto-optimization tool''' ஐப் பயன்படுத்தி optimize செய்யவும்.

|-
|01:20
| '''Extensions''' மெனுவை கிளிக் செய்யவும்.
|-
|01:23
| '''Avogadro''' வைப் பயன்படுத்தி நன்கு அறியப்பட்ட, 
'''GAMESS,'''
'''Gaussian'''
'''MOLPRO'''
'''MOPAC'''
'''Q-CHEM''' 
போன்ற quantum code களுக்கு  input file களை உருவாக்கலாம்.
|-
|01:36
|'''Gaussian''' option ஐ கிளிக் செய்யவும். ஒரு graphical data input dialog box தோன்றும்.

|-
|01:43
|'''Gaussian''' programக்கு எவ்வாறு input file ஐ உருவாக்குவது என்று காட்டுகிறேன்.
|-
|01:49
| dialog box இல் தோன்றும் தேவையான அம்சங்களை நிரப்ப வேண்டும்.
|-
| 01:55
| '''Avogadro'''வால் தானாகவே '''molecular orbital'''களை கணக்கிட முடியாது.
|-
| 01:59
| எனவே நாம் '''benzene''' மூலக்கூறின் '''molecular orbital'''களைக் காண உதவும் Input file ஐ உருவாக்கலாம்.
|-
|02:05
| '''Gaussian''' input dialog box இல், '''Benzene hyphen MO'''என்று டைப் செய்து தலைப்பிடவும்.
|-
|02:11
| '''Calculation''' drop down இல்  '''Frequencies''' ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
'''Processors'''க்கு '''1''' ,
'''Theory''' க்கு '''B3LYP''' ,
'''6-31G(d)''' என '''Basis set'''க்கு  ,
'''Charge க்கு zero''' ,
'''Multiplicity க்கு 1''' ,
'''Output''' க்கு '''Standard.''' ,
'''Format''' க்கு '''cartesian''' என  தேர்வு செய்து
'''checkpoint check box''' ஐ செக் செய்யவும்.
|-
|02:40
| input file இன் preview வை dialog box இன் கீழே காண முடியும்.
|-
|02:45
| இது option களை மாற்றினால் update செய்யப்படும்.
|-
|02:49
| '''Generate''' button ஐ கிளிக் செய்யவும்.
|-
|02:52
| '''Save input Deck''' dialog box திறக்கிறது.
|-
|02:56
|உருவாக்கப்படும் '''Gaussian input file''' ஆனது, ஒரு '''dot com''' extension ஆக சேமிக்கப்படும்.
|-
|03:02
| File name ஐ '''Benzene''' என டைப் செய்து location ஐ '''Desktop''' என தேர்வு செய்து '''Save''' button ஐ கிளிக் செய்யவும்.
|-
|03:10
| File '''Benzene.com''' என desktop இல் சேமிக்கப்படும். அதனை '''gedit''' ஐ கொண்டு திறக்கவும்.
|-
|03:18
| இப்பொழுது இந்த file ஐ, '''Gaussian'''  software programmeல் input file ஆகப் பயன்படுத்தலாம்.
|-
|03:24
| '''Gaussian''' software பற்றி ஒரு அறிமுகம்.
|-
|03:28
|'''Gaussian''' என்பது '''computational chemistry'''க்கான ஒரு computer programme.
|-
|03:32
| இதனை '''Gaussian Inc''' எனும் நிறுவனம் தயாரித்து, உரிமம் வழங்குகிறது.
மேல் அதிக தகவல்கள் இந்த தளத்தில் உள்ளது. http://www.gaussian.com/
|-
|03:41
| '''Avogadro''' விண்டோவுக்கு திரும்பி dialog box ஐ மூடவும்.
|-
|03:46
| இனி '''GAMESS''' programmeக்கு ஏற்றவாறு எப்படி ஒரு input file ஐ உருவாக்குவது என்று காணலாம்.
|-
|03:51
|ஒரு புதிய விண்டோவைத் திறக்கவும். '''Tools''' மெனுவில் “'''New'''”ஐ கிளிக் செய்யவும்.
|-
|03:56
| '''Draw tool''' மூலம்  நீர் மூலக்கூறை வரைந்து Element ஐ '''Oxygen''' என மாற்றவும்.
|-
|04:01
| panel இல் கிளிக் செய்து '''auto-optimization tool'''ஐப் பயன்படுத்தி வடிவமைப்பை Optimize செய்யவும்.
|-
|04:08
|  '''Extensions மெனுவை கிளிக் செய்து  sub-menu வில்  '''GAMESS, Input generator''' ஐ தேர்வு செய்யவும்.
|- 
|04:16
| '''GAMESS''' input dialog box திறக்கிறது.  இதில் '''Basic setup''' மற்றும் '''Advanced setup''' என இரண்டு tab கள் உள்ளன.
|-
|04:24
| '''Gaussian '''input file இல் செய்தது போலவே, தேவையான தகவல்களை நிரப்பவும். 
|-
|04:29
| '''Basic Setup'''இன் கீழே, '''Calculate''' field இல் '''Equilibrium Geometry ஐ தேர்வு செய்யவும்.
|-
|04:36
| '''RHF''', என்றால் '''Restricted Hartee Fock'''. இது'''wave function''' களை தீர்மானிக்கும் ஒரு '''method of approximation ''' ஆகும்
|-
|04:44
| நீர் ஒரு சிறிய மூலக்கூறு, எனவே நாம் '''6-31G (d,p)''' ஐ  '''Basis set''' என தேர்ந்தெடுக்கலாம். 
|-
|04:52
| ''' Gas''' phase இல் '''singlet''', ஏனெனில் எல்லா electron களும் pair ஆகி இருக்கும்.
|-
|04:58
| நீர் சம மின்விசை உடையது எனவே, ''' charge''' ஐ '''neutral''' என தேர்ந்தெடுக்கவும்.
|-
|05:02
| '''Advanced Setup ''' இன் மீது கிளிக் செய்து optimization ஐக் கட்டுப்படுத்தும் மேலும் சில parameter களை சேர்க்கவேண்டும்.
|-
|05:08
| '''Basis ''' இன் செயல்பாட்டை மாற்ற விரும்பினால் கிளிக் செய்யவும்.
|-
|05:12
| '''Data'''வை கிளிக் செய்யவும்
|-
|05:14
| '''Title''' ஐ '''water-MO''' என டைப் செய்யவும்.
|-
|05:18
| '''Point Group''' ஐ '''CnV''' என மாற்றவும்.
|-
|05:21
|'''Order of Principal Axis''' ஐ '''2''' என மாற்றவும்.
|-
|05:24
| தற்போதைக்கு நாம் முன்னிருப்பாக இருக்கும் parameter களை அப்படியே வைப்போம்.

|-
|05:29
|'''Generate''' ஐ கிளிக் செய்யவும். ஒரு '''Save Input deck''' திறக்கிறது.
|-
|05:34
|முன்னிருப்பாக, file extension '''dot inp''' என இருக்கும்.
|-
|05:38
|file name ஐ '''Water''' என டைப் செய்யவும்.
|-
|05:42
| File location ஐ '''Desktop''' என தேர்வு செய்து, '''Save button''' ஐ கிளிக் செய்யவும்
|-
|05:48
|  '''GAMESS''' input file '''Desktop'''இல் '''Water.inp''' என சேமிக்கப்பட்டிருக்கும்.
|-
|05:55
| '''GAMESS'''ஐப் பற்றி ஒரு அறிமுகம்
|-
|05:57
| '''GAMESS''' என்பது:  '''General Atomic and Molecular Electronic Structure System'''.
இது ஒரு பொதுவான ab initio quantum chemistry package ஆகும்.  
|-
|06:08
| இது கல்வி நிலைய பயனர்களுக்கும், தொழில் நிறுவனங்களுக்கும் இலவசமாக கிடைக்கிறது.
|-
|06:14
| இதை பதிவிறக்கி நிறுவுதல் பற்றி பின்வரும் வலைத்தளத்தில் உள்ளது.       http://www.msg.ameslab.gov/gamess/download.html
|-
|06:20
| நாம் இப்பொழுது '''GAMESS''' மற்றும் '''Gaussian''' programmeகளுக்கான input file களை உருவாக்கியுள்ளோம்.
|-
|06:26
|இவை அந்தந்த programmeகளில் load செய்ய தயாராக உள்ளன.
|-
|06:31
| பார்வையாளர்கள் கவனத்திற்கு, '''Gaussian''' ஒரு வணிக மென்பொருள் ஆகும். எனவே என்னால் load செய்யப்படும் interface ஐ காட்ட முடியாது.
|-
|06:41
| முன் சொன்னது போல '''GAMESS''' ஒரு இலவச மென்பொருள் ஆகும்.
|-
|06:45
| விருப்பமுள்ளவர்கள் '''GAMESS''' softwareஐபின்வரும் link இல் இருந்து பதிவிறக்கி,
input file ஐ load செய்து output file ஐ உருவாக்கலாம். 
http://www.msg.ameslab.gov/gamess/download.htm

|-
|06:53
| என்னிடம் சில '''Gaussian மற்றும் GAMESS''' output fileகள் desktop இல் உள்ளன.
|-
|06:58
|அவற்றை இந்த டுடோரியலுடன் code files ஆக இணைத்துள்ளேன்.
|-
|07:03
|இந்த output fileகளை '''Avogadro''' வில் காணலாம். 
|-
|07:07
| ஒரு புதிய Avogadro விண்டோவைத் திறக்கவும்.
|-
|07:10
| Tool bar இல் '''open''' icon ஐ திறக்கவும்.
|-
|07:13
| File locationக்கு சென்று, '''Benzene.log'''ஐ தேர்வு செய்யவும்
|-
|07:18
| File திறக்கிறது, '''benzene''' இன் வடிவமைப்பை panelஇல் காணமுடிகிறது.
|-
|07:24
| '''Benzene.log''' ஆனது '''Gaussian''' ஆல் உருவாக்கப்பட்டது. 
|-
|07:28
|இதில் '''molecular orbitals''', '''C-C''' மற்றும் '''C-H '''bond stretching குறித்த தகவல்கள் உள்ளன.
|-
|07:36
| சிலநேரம் log file இல் orbital informationகள் இருக்காது.
|-
|07:40
|அதுபோன்ற நேரங்களில் code file களில் கொடுக்கப்பட்டிருக்கும்'''.fchk '''file ஐத் திறக்கவும்,
|-
|07:47
| '''orbitals,'''களை காண்பதற்கு list இல்  '''orbital''' இல் கிளிக் செய்யவும். 
|-
|07:54
|  '''orbitals'''களின் தோற்றத்தை மாற்ற விரும்பினால், display types இல் surfaces option க்கு அடுத்து உள்ள '''spanner''' symbol இல் கிளிக் செய்யவும். 
|-
|08:02
| '''Surface Setting''' dialog box இல்,  '''slider''' ஐ இழுத்து opacity ஐ மாற்றவும். Panel இல் பாருங்கள்.
|-
|08:10
| '''Render''' drop-down இல், '''fill''', '''lines''' மற்றும் '''points''' என மூன்று optionகள் உள்ளன. 

|-
|08:17
| முன்னிருப்பாக, '''orbitals '''கள் '''fill''' என render செய்யப்பட்டிருக்கும்.
|-
|08:21
| lobeகளின் வண்ணத்தை மாற்றும் வசதி உள்ளது.
|-
|08:25
| '''Positive''' மற்றும் '''Negative''' option களுக்கு அடுத்துள்ள '''Color''' tabs ஐ கிளிக் செய்யவும்
|-
|08:30
| '''Select Color''' dialog box தோன்றுகிறது.
|-
|08:33
| ஏதேனும் ஒரு வண்ணத்தை தேர்ந்தெடுத்து '''OK'''பட்டனை கிளிக் செய்யவும். 
|-
|08:38
| panel இல் பாருங்கள், இப்போது orbital களின் வண்ணங்கள் மாறியிருக்கிறது. Dialog boxஐ மூடவும்.
|-
|08:45
| Orbital களை வடிவமைப்பில் இருந்து நீக்க; '''Display Types''' ல்  '''Surfaces''' option ஐ Un-check செய்யவும்.
|-
|08:51
| '''Vibrations''' ல் கிளிக் செய்து '''vibrational frequencies ''' ஐ காண முடியும்.
|-
|08:56
| '''Vibration''' window வில், லிஸ்ட்டில் காணும் ஏதேனும் ஒரு frequency ஐ கிளிக் செய்யவும்.
|-
|09:01
|விண்டோவின் கீழே இருக்கும் '''Start Animation''' button ஐ கிளிக் செய்யவும்.
|-
|09:06
| Panel இல் பாருங்கள். '''C-C''' மற்றும் '''C-H''' பிணைப்புகளின் stretching கள் animate செய்யப்படுகிறது.
|-
|09:13
| வடிவமைப்பின் IR spectrum ஐ காண முடியும்.
|-
|09:17
| '''Show Spectra''' ஐ கிளிக் செய்யவும்
|-
|09:20
| ஒரு '''Spectra Visualization''' விண்டோ திறக்கிறது. இதில் '''Benzene''' இன் calculated''' IR spectrum''' உள்ளது.
|-
|09:27
| ஒரு புதிய விண்டோவைத் திறக்கவும். '''GAMESS''' programmeல் உருவாக்கப்பட்ட நீர் மூலக்கூறின் '''log''' file ஐத் திறக்கவும்.  
|-
|09:35
| நீர் மூலக்கூறின் வடிவமைப்பு மற்றும் Molecular orbital information உடன் '''log''' file திறக்கிறது.
|-
|09:41
| List இல் இருந்து '''orbital''' இன் பெயர் மீது கிளிக் செய்யவும். Panel இல் Orbital காட்டப்படுகிறது.
|-
|09:47
| அனைத்தையும் நினைவு கூறலாம். 
|-
|09:49
| இந்த டுடோரியலில், '''GAMESS மற்றும் Gaussian''' முதலிய '''computational chemistry''' programmeகளுக்கு input files ஐ உருவாக்குவது, 
|-
|09:58
| '''Benzene''' மற்றும் '''water''' மூலக்கூறுகளின் '''Molecular orbital''' களைக் காண்பது,
|-
|10:04
| '''Gaussian''' இல் உருவாக்கிய log file களைக் கொண்டு மூலக்கூறுகளின் '''IR spectrum''' ஐ காண்பது, ஆகியவற்றைக் கற்றுள்ளோம்.
|-
|10:11
| பயிற்சிக்காக, code files ல் கொடுக்கப்பட்டிருக்கும் '''benzene''' மூலக்கூறின் log file ஐத் திறந்து, 
|-
|10:18
| List இல் இருந்து ஏதேனும் ஒரு '''Molecular Orbital''' ஐக் காட்டவும்.
|-
|10:22
| Lobe களின் தோற்றத்தையும், வண்ணத்தையும் மாற்றவும். image ஐ '''JPEG '''format இல் சேமிக்கவும்.
|-
|10:29
| இந்த வீடியோ ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது.  உங்களிடம் நல்ல bandwidth இல்லை எனில் இதை download செய்து பார்த்துக்கொள்ளலாம்.
|-
|10:35
| Spoken Tutorialகளை பயன்படுத்தி பயிற்சி வகுப்புகள் நடத்தி சான்றிதழ் அளிக்கிறோம். எங்களைத் தொடர்பு கொள்ளவும்.
|-
|10:42
| இந்திய அரசின் NMEICT, MHRD இந்த spoken tutorial திட்டத்திற்க்கு தேவையான நிதியுதவியை அளிக்கிறது. 
|-
|10:48
| இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது பாலசுப்பிரமணியம்.குரல்கொடுத்தது IIT Bombayஇல் இருந்து சண்முகப் பிரியா , நன்றி .