View source for Jmol-Application/C4/3D-Models-of-Enzymes/Telugu

{| border=1
|| '''Time'''
|| '''Narration'''

|-
||00:01
|| అందరికీ నమస్కారం 3D మోడల్స్ ఆఫ్ ఎంజైమ్స్ ఇన్ Jmol పై ఈ ట్యుటోరియల్కు స్వాగతం.
|-
||00:08
||ఈ ట్యుటోరియల్ లో, మనము Jmol panel పై Human Pancreatic Hexokinase యొక్క నిర్మాణం ను Load చేయటం,
|-
||00:16
||ద్వితీయ నిర్మాణం యొక్క డిస్ప్లే ను మార్చటం,
|-
||00:20
|| amino acid residues ను యాక్టీవ్ సైట్ వద్ద  హైలైట్ చేయటం,  
|-
||00:25
||ఎంజైమ్ యొక్క substrate మరియు cofactor లను హైలైట్ చేయటం, మరియు
|-
||00:30
||protein కొరకు Ramachandran plot ను చూడటం నేర్చుకుంటాము.
|-
||00:35
||ఈ ట్యుటోరియల్ ను అనుసరించడానికి, మీకు ప్రాథమిక జీవరసాయన శాస్త్రం గురించి మరియు
|-
||00:41
||Jmol అప్లికేషన్ విండో నుండి ప్రాథమిక కార్యకలాపాల గురించి అవగాహన ఉండాలి.
|-
||00:46
||దయచేసి, Jmol అప్లికేషన్ సిరీస్ లో Proteins and Macromolecules ట్యుటోరియల్ ను చుడండి.  
|-
||00:53
||అది ఈ క్రింది లింక్ లో అందుబాటులో ఉంది.
|-
||00:57
||ఈ ట్యుటోరియల్ ను రికార్డ్ చేయడానికి, నేను Ubuntu ఆపరేటింగ్ సిస్టమ్ వర్షన్ 12 .04
|-
||01:05
||| Jmol వర్షన్ 12.2.2
|-
||01:08
||
Java వర్షన్ 7 మరియు Mozilla Firefox browser 22.0 లను ఉపయోగిస్తున్నాను.
|-
||01:16
||Jmol window  ను తెరచి,hexokinase ఎంజైమ్ యొక్క నిర్మాణం ను load చేయండి.
|-
||01:22
|| నేను internet కు కనెక్ట్ అయ్యాను. కాబట్టి, నేను నిర్మాణాన్ని PDB website నుంచి నేరుగా load  చేస్తాను.
|-
||01:28
||అలాచేయుటకు ఫైల్ మెనుని తెరచి, స్క్రోల్ చేసి, Get PDB ఎంపిక పై క్లిక్ చేయండి.  
|-
||01:37
||ఒక Input dialogue-box తెరపై కనిపిస్తుంది. Hexokinase యొక్క నాలుగు అక్షరాల PDB కోడ్ ను అనగా 3IDH  ను టెక్స్ట్ బాక్స్ లో టైప్ చేయండి.  
|-
||01:50
||ఈ కోడ్ ను Protein Data Bank నుండి పొందవచ్చు.
|-
||01:55
|| మీకు ఒక వేళ ఇంటర్నెట్ కనెక్షన్ లేకుంటే, టూల్ బార్ లోని, Open a file ఐకాన్ ను ఉపయోగించి, ఇప్పటికే ఉన్న pdb ఫైల్ ను తెరవండి.
|-
||02:06
||OK బటన్ పై క్లిక్ చేయండి.
|-
||02:09
||glucokinase అని కూడా పిలవబడే hexokinase  యొక్క 3D  నిర్మాణం స్క్రీన్ పైన తెరుచుకుంటుంది

|-
||02:16
|| File మెనూ ను ఉపయోగించి, Console విండో ను తెరవండి.
|-
||02:21
||Console పై చూపినట్లుగా, Human Pancreatic Glucokinase ఉపరితలంతో పాటుగా Glucose కొరకు నిర్మాణం ప్యానెల్ పై ఉంది.


|-
||02:31
||console ను మూసివేయండి.
|-
||02:34
||మనం ప్యానల్ పై, hexokinase యొక్క ball and stick మోడల్ ను కలిగి ఉన్నాము.
|-
||02:40
||ప్యానెల్ పై గల protein model నుండి నీటి అణువులను తొలగించండి.
|-
||02:44
||ఈ తొలగించు పద్దతి Jmol ట్యుటోరియల్ Proteins and macromolecules నందు పూర్తిగా వివరించబడింది.
|-
||02:53
||hexokinase ఎంజైమ్ గురించి చెప్పాలంటే,
|
|-
||02:56
||Hexokinase 465 అమినో ఆసిడ్స్ గల ఒక monomeric protein.
|-
||03:02
||అది రెండు domains ను కలిగి ఉంటుంది. ఒక పెద్ద డొమైన్ మరియు ఒక చిన్న డొమైన్.  
|-
||03:07
|| ఈ enzyme యొక్క active-site, ఈ రెండు డొమైన్ ల మధ్య, cleft నందు ఉంటుంది.
|-
||03:14
|| hexokinase యొక్క ఆక్టివ్-సైట్, 204 వద్ద Aspergine , 231 వద్ద Aspergine మరియు 256 వద్ద Glutamic acid అనే మూడు అమినో యాసిడ్  రెసిడ్యూస్ లను కలిగి ఉంటుంది.
|-
||03:30
||ఈ ఎంజైమ్ కు Alpha-D-Glucose అనేది substrate
|-
||03:34
||ఇప్పుడు Jmol ప్యానెల్ కు తిరిగి వెళ్దాం.
|-
||03:38
||మనం Substrate, Cofactors లేదా Amino acid residues వంటి ఎంజైమ్స్ యొక్క విభాగాలను ఆక్టివ్ సైట్ వద్ద సెలెక్ట్ చేయవచ్చు మరియు హైలైట్ చేయవచ్చు.
|-
|| 03:49
||ఒక నిర్దిష్ఠ విభాగమును ఎంచుకొనుటకు - రైట్-క్లిక్ చేసి, పాప్-అప్ ను తెరవండి. 
|-
||03:55
|Select ఎంపిక వరకు స్క్రోల్ చేసి,
|-
||03:57
||Proteins సబ్-మెనూ నుండి By Residue name ను ఎంచుకోండి.
|-
||04:04
||ఇక్కడ మనం జాబితాచేయబడిన విడివిడి amino acid residues లను కలిగిఉన్నాము.
|-
||04:10
|| దాన్ని ఎంచుకోవడానికి అమినో యాసిడ్ యొక్క పేరు పై క్లిక్ చేయండి.
|-
||04:14
||అలాగే,అమినో యాసిడ్స్ Polar, Non-polar, Basic, Acidic, Uncharged మొదలైనటునవంటి హెడింగ్స్ క్రిందన సమూహం చేయబడ్డాయి.
|-
||04:26
|| Hetero లో జాబితా చేయబడినవి, అయాన్ లోహం potassium మరియు substrate glucose.
|-
||04:34
||substrate binding site ను సులభంగా గుర్తించడానికి, enzyme యొక్క ప్రదర్శనను మనం సవరించవచ్చు.
|-
||04:41
||ప్రోటీన్ యొక్క పరమాణువుల, రంగును మరియు ప్రదర్శనను మార్చుదాం.
|-
||04:46
||పాప్-అప్ మెనూ తెరచి, ఆపై Select కు వెళ్లి, Protein వరకు స్క్రోల్ చేసి, All పై క్లిక్ చేయండి.
|-  
||04:55
||మళ్ళీ పాప్-అప్ మెనూ తెరచి, Style వరకు స్క్రోల్ చేసి, ఆపై Scheme కు వెళ్ళి, Sticks పై క్లిక్ చేయండి.
|-
||05:05
||ఇప్పుడు మనం ప్యానెల్ పై, ప్రోటీన్ ను sticks ప్రదర్శనలో కలిగిఉన్నాము.
|-
||05:11
| ఇప్పుడు రంగును మార్చుటకు, పాప్-అప్ మళ్ళీ తెరచి, Color''' >> '''Atoms కు వెళ్ళి Blue ఎంపిక పై క్లిక్ చేయండి.
|-
||05:23
||స్క్రీన్ పైన మనం, hexokinase యొక్క నమూనాను నీలం రంగులో మరియు sticks ప్రదర్శనలో కలిగిఉన్నాము.
|-
||05:30
||Alfa-D-Glucose ఉపరితలం, క్లెఫ్ట్ లో ball and stick లో ప్రదర్శనను గమనించండి.
|-
||05:38
|| substrate ను హైలైట్ చేయుటకు, పాప్-అప్ మెనూ తెరచి,  Select కు వెళ్ళి, ఆపై  Hetero మరియు GLC-ALFA-D-GLUCOSE పై క్లిక్ చేయండి.
|-
||05:52
||పాప్-అప్ మెనూ ను మళ్ళీ తెరచి, Style >> Scheme వరకు స్క్రోల్ చేసి '''Sticks''' ఎంపికపై క్లిక్ చేయండి.
|-
||06:00
|| రంగును మార్చుటకు, మళ్ళీ పాప్-అప్ తెరచి, Color >> Atoms కు వెళ్ళి, White పై క్లిక్ చేయండి.
||06:12
||ప్యానెల్ పై hexokinase యొక్క నమూనా substrate యొక్క స్థానంతో స్పష్టంగా హైలైట్ చేయబడింది.
|-
||06:20
|| అమినో యాసిడ్స్ ను యాక్టీవ్ సైట్ వద్ద హైలైట్ చేయటానికి మనం వాటి రంగును మార్చవచ్చు.
|-
||06:26
|| అలాచేయటానికి, మనం Console విండో లో కమాండ్స్ ను టైప్ చెయ్యాలి.  
|-
||06:32
||ముందు చెప్పినట్లుగా, యాక్టీవ్-సైట్ వద్ద చేరియున్న అమినో యాసిడ్స్, 204 స్థానం వద్ద Aspergine, 231 స్థానం వద్ద Aspergine మరియు 256 స్థానం వద్ద Glutamic acid.
|-
||06:50
|| File menu ను ఉపయోగించి, console window ను తెరచి, Console పై క్లిక్ చేయండి.
|-
||06:57
|| నేను కన్సోల్ విండో ను మాగ్నిఫై చేయుటకు Kmag స్క్రీన్ మాగ్నిఫైర్ ను ఉపయోగిస్తున్నాను.
|-
||07:03
|| $ ప్రాంప్ట్ వద్ద select స్క్వేర్ బ్రాకెట్ లో aspergine కొరకు Asn  బ్రాకెట్ మూసి, స్థానం గా 204 ను, సెమికోలన్ color atoms orange అని టైప్ చేసి,
|-
||07:25
|| ఎంటర్ నొక్కండి.
|-
||07:27
||aspargine residue యొక్క పరమాణువులు ఇపుడు ఆరెంజ్ రంగులో ఉండటం గమనించండి.
.  
|-
||07:33
||Press up-arrow button on the key board and '''edit''' the command.
| కీ బోర్డ్ నుండి up-arrow బటన్ పై క్లిక్ చేసి, '''edit''' పై క్లిక్ చేయండి.
|-
||07:39
||అమినో యాసిడ్ స్థానం ను 231 కు మార్చి, పరమాణువుల రంగును ఎరుపుకు మార్చండి.
|-
||07:48
||ఎంటర్ నొక్కండి.
|-
||07:51
||అప్ -యారో కీ ని మళ్ళీ నొక్కి, అమినో ఆసిడ్ యొక్క పేరును GLU కు అంటే అది glutamic acid, మరియు స్థానాన్ని 256 కు మార్చండి.  
|-
||08:06
|| మరియు పరమాణువుల రంగును ఆకుపచ్చ కు మార్చి, ఎంటర్ నొక్కండి.  
|-
||08:13
|| మన ప్యానెల్ పై hexokinase యొక్క 3D model, substrate తో పాటు యాక్టీవ్-సైట్ హైలైట్ చేయబడి ఉన్నది.
|-  
||08:23
|| అదేవిధంగా, ఇక్కడ చూపిస్తున్న మోడల్ లో potassium పరమాణువు కూడా ఉదా రంగులో హైలైట్ చేయబడిఉంది.
|-
||08:30
||మనం jmol లో ఒక నిర్ధిష్ట ప్రోటీన్ కొరకు ramachandran plots ను కూడా చూపవచ్చు.
|-
||08:36
||console పై, డాలర్ ప్రాంప్ట్ వద్ద plot ramachandran అని టైప్ చేసి,
|-
||08:45
||ఎంటర్ నొక్కండి.
|-
||08:47
||తెరపై, మనం hexokinase కొరకు ఒక ramachandran plot ను కలిగి ఉన్నాము.
|-
||08:54
||డేటా బేస్ నుండి pdb files ను ఉపయోగించి,వివిధ ఎంజైమ్స్ ను load చేయటానికి ప్రయత్నించండి.
|-
||09:00
|| ద్వితీయ నిర్మాణము యొక్క ప్రదర్శనను మార్చండి.
|-
||09:04
||సారాంశం చూద్దాం. మనం నేర్చుకున్నవి.  Human Pancreatic Hexokinase యొక్క నిర్మాణం ను PDBకోడ్ ను ఉపయోగించి Load చేయటం,
|-
||09:14
|| ద్వితీయ నిర్మాణం యొక్క ప్రదర్శనను మార్చడం,
|-
||09:17
|| యాక్టీవ్-సైట్ వద్ద amino acid residues ను హైలైట్ చేయడం,
|-
||09:21
|| ఎంజైమ్ యొక్క substrate మరియు cofactor  లను హైలైట్ చేయడం,
|-
||09:25
|| ప్రోటీన్స్ కొరకు ramachandran ప్లాట్ ను చూపడం.
|-
||09:30
||అసైన్మెంట్ గా, Jmol ప్యానెల్ పై Lysozyme ఎంజైమ్ యొక్క dot pdb ఫైల్ ను లోడ్ చేయండి.
|-
||09:38
|| ఎంజైమ్ చుట్టూ ఉన్న ఉపరితలాన్ని హైలైట్ చేయండి.
|-
||09:42
|| యాక్టీవ్-సైట్ వద్ద అమినో యాసిడ్స్ ను హైలైట్ చేయండి.
|-
||09:46
||సూచన: Lysozyme యొక్క pdb ఫైల్ ను PDB database నుండి పొందండి.
|-  
||09:52
|| ఈ URL వద్ద ఉన్న వీడియో ను చూడండి.  
|-
||09:56
||అది Spoken Tutorial ప్రాజెక్ట్ కు సారాంశం ను ఇస్తుంది.
|-
||10:00
|| ఒకవేళ మీకు మంచి బ్యాండ్ విడ్త్ లేకపోతే, మీరు దానిని డౌన్లోడ్ చేసి, చూడవచ్చు.
|-
||10:04
||స్పోకెన్ ట్యుటోరియల్ ప్రాజెక్ట్ టీమ్
|-
||10:07
||వర్క్ షాప్ లను నిర్వహిస్తుంది మరియు ప్రశంసాపత్రాలను అందిస్తుంది.
|-
||10:10
||మరిన్ని వివరాలకు మాకు వ్రాయండి.
|-
||10:14
|| Spoken Tutorial ప్రాజెక్ట్ అనేది, Talk to a Teacher అనే ప్రాజెక్ట్ లో ఒక భాగం.  
|-
||10:19
|| దీనికి NMEICT, MHRD సహకారం అందిస్తుంది.
|-
||10:25
|| దీనిపై మరిన్ని వివరాలు ఈ లింక్ పై అందుబాటులో ఉన్నవి.
|-
||10:30
||దీనిని తెలుగులోనికి అనువదించినది స్వామి. మరియు నేను ఉదయలక్ష్మి ధన్యవాదములు.
|-
|}