UCSF-Chimera/C2/Surface-Properties/Gujarati

Time	Narration
00:01	Chimera માં Surface Properties પરના આ સ્પોકન ટ્યુટોરીઅલમાં તમારું સ્વાગત છે.
00:06	આ ટ્યુટોરીઅલમાં,આપણે શીખીશું કે પ્રોટીન અને DNA સ્ટ્રક્ચર્સ માટેના સરફેસિસ(સપાટીઓ) કેવી રીતે બતાવાય.
00:12	પ્રોટીન સરફેસની ઈમેજીસ બનાવો જે Amino acid hydrophobicity અને Electrostatic Potential દ્વારા રંગેલા હોય.
00:22	આ ટ્યુટોરીઅલને અનુસરવા તમે Chimera interfaceના જાણકાર હોવા જરૂરી છો. જો તમે ન હોવ, તો તેને લગતા ટ્યુટોરિયલ્સ માટે અમારા વેબસાઈટની મુલાકાત લો.
00:33	અહીં હું ઉપયોગમાં લઇ રહી છું : Ubuntu OS version 14.04, Chimera 1.10.2
00:42	Mozilla firefox browser 42.0 અને કાર્યરત ઇન્ટરનેટ કનેક્શન.
00:49	અહીં મેં Chimera વિન્ડો ખોલી રાખી છે.
00:52	કમાંડ લાઈનના ઉપયોગથી RTX CPD toxin નું સ્ટ્રક્ચર ખોલો.
00:58	Favorites મેનુ દ્વારા command line ખોલો.
01:02	On the command line ટેક્સ્ટ બોક્સ ઉપર ટાઈપ કરો : Open space 3eeb
01:10	3eeb એ RTX CPD toxin માટેનો pdb code છે. એન્ટર દબાવો.
01:18	પેનલ ઉપર તેનું પ્રોટીન સ્ટ્રક્ચર દૃશ્યમાન થાય છે. તે પ્રોટીનની બે કોપીઝ ધરાવે છે.
01:26	બંને કોપિઝમાંથી એક, જે છે chain A,એ ને નાબૂદ(ડીલીટ) કરવા command line ઉપર commands દાખલ કરો.
01:33	કમાન્ડ લાઈન ટેક્સ્ટ બોક્સમાં ટાઈપ કરો delete colon dot a અને એન્ટર દબાવો.
01:43	પેનલને ધ્યાનથી જુઓ , enzymeની બંને માંથી એક કોપી નાબૂદ થઇ ગઈ છે.
01:48	પ્રોટીએઝ ડોમેઈન લીગૅન્ડ inositol hexakisphosphateને બાઉન્ડ થયેલ છે ટુંકાણમાં IHP અને Sodium ion.
01:58	તે પછી સોલ્વન્ટ મોલેક્યુલ્સને નાબૂદ કરીએ, જે લીગૅન્ડની નજીક લાલ ટપકા તરીકે પ્રસ્તુત થયેલ છે. ટાઈપ કરો : delete space solvent. એન્ટર દબાવો.
02:09	લીગૅન્ડ સાથે હાજર રહેલ સોડિયમ આયર્નને નાબૂદ કરવા, ટાઈપ કરો : delete ions. એન્ટર દબાવો.
02:19	હવે આપણે પ્રોટીનના સ્ટ્રકચરને Presets વિકલ્પના ઉપયોગથી દૃશ્યમાન કરી શકીએ.
02:25	મેનુ બારમાંના Presets વિકલ્પને ક્લિક કરો.
02:29	Interactive 3સિલેક્ટ કરો, hydrophobicity surface.
02:34	આ મોલેક્યુલર સરફેસને amino acid hydrophobicityના કલર-કોડ દ્વારા દૃશ્યમાન કરશે. // Daubt
02:41	મોટા ભાગના polar residues માટે ભૂરો રંગ.
02:45	મોટા ભાગના hydrophobic માટે કેસરી-લાલ અને neutral residues માટે સફેદ.
02:52	પ્રોટીન્સ સામાન્ય રીતે અન્ય પ્રોટીન્સ અને મોલેક્યુલ સાથે તેમના સરફેસ રિજિયન્સ દ્વારા પરસ્પર પ્રક્રિયા કરે છે.
02:59	પ્રોટીનને તેમના મોલેક્યુલર સરફેસ દ્વારા પ્રસ્તુત કરવું એ પ્રોટીન ફોલ્ડિંગના અભ્યાસ માટે
03:06	biomolecular recognitionના અનુમાન માટે,
03:09	drug binding cavities અને Molecular Graphicsની તપાસ કરવા માટે મદદરૂપ થાય છે.
03:15	Chimera વિન્ડો ઉપર પાછા જઈએ.
03:18	ત્યાર બાદ પ્રોટીનના electrostatic potential surfaceને દૃશ્યમાન કરવા :
03:24	ટૂલ્સ મેનુ ઉપર ક્લિક કરો , Surface\Binding Analysis સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો
03:30	સબ-મેનુ માંથી , 'coulombic surface coloringને પસંદ કરો .
03:36	Coulombic Surface Coloring ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.
03:41	રંગો અને તેની સાથે સંક્યાયેલ કિંમતો બદલી શકાય છે.
03:45	સામાન્ય રીતે ડિફોલ્ટ સેટિંગ જ કામ આવી જાય છે. OK બટન ઉપર ક્લિક કરો.
03:51	પેનલ ઉપર આપણી પાસે પ્રોટીન છે જે electrostatic potential surfaceબતાવી રહેલ છે.
03:57	negative potential માટે લાલ રંગ. positive potential માટે ભૂરો રંગ. અને સફેદ ન્યુટ્રલ માટે.
04:07	ચાલો હવે જોઈએ કે પબ્લિકેશન, પ્રેઝંટેશન્સ વગેરે માટે ઉચ્ચત્તમ ગુણવત્તાવાળી ઈમેજીસ કેવી રીતે બનાવી શકાય.
04:14	inositol લીગૅન્ડની સ્ટીક્સને થોડી જાડી બનાવો તે માટે આ કમાન્ડ સેટ એટ્રિબ્યુટનો ઉપયોગ કરો : setattr space m space stickScale 2 અને Press enter દબાવો.
04:35	ઈમેજના સારા સેટિંગ માટે પબ્લિકેશન પ્રિસેટનો ઉપયોગ કરો.
04:40	ફરી નીચે Presets મેનુ સુધી સ્ક્રોલ કરો , Publication 1ને સિલેક્ટ કરો.
04:45	તે એક સફેદ બેકગ્રાઉન્ડ સાથેની ઇમેજ બનાવશે , તેની આઉટલાઇન્સ કાળી અને ખૂણાઓ વધુ સ્મૂધ થયેલ દેખાશે.
04:54	આ ક્ષણે આપણે બીજા અન્ય પેરામીટર્સ જેવાકે લાઈનની જાડાઈ, લાઇટિંગ વગેરે પણ વ્યવસ્થિત કરી શકીએ છીએ.
05:02	Tools menu ઉપર ક્લિક કરો , નીચે સ્ક્રોલ કરો અને Viewing Controls ઉપર ક્લિક કરો.
05:08	સબ-મેનુમાંથી lighting ઉપર ક્લિક કરો.
05:11	એક Viewing વિન્ડો વ્યૂઇંગ સેટિંગ્સને અલગ-અલગ રીતે બદલવાના ટેબ્સ સાથે ખુલે છે :
05:16	જેવાકે Camera, Sideview, Rotation, Effects, Lighting.
05:23	lightings વિકલ્પની નીચે : એક સરળ line drawing દૃશ્યને જોવા ,mode બટન ઉપર ક્લિક કરો ,સુચીમાંથી ambientને સિલેક્ટ કરો.
05:34	પેનલને ધ્યાનથી જુઓ.
05:36	ડિફોલ્ટ લાઇટિંગ મોડને પુનઃસ્થાપિત કરવા : Two-point વિકલ્પને સિલેક્ટ કરો.
05:42	વિન્ડોને બંધ કરવા close બટન ઉપર ક્લિક કરો.
05:46	ઇમેજને સેવ કરવા File મેનુમાંના Save image વિકલ્પનો ઉપયોગ કરો.
05:51	ચાલો હવે એક DNA સ્ટ્રકચરના સરફેસ રિપ્રેઝન્ટેશનને જોઈએ.
05:56	વર્તમાનના સેશનને બંધ કરો. File menu ઉપર ક્લિક કરો નીચે સ્ક્રોલ કરો અને Close Session વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો.
06:04	ગ્રાફિક્સ વિન્ડોને ખોલો . DNAના સ્ટ્રકચરને command lineનો ઉપયોગ કરી મેળવો.
06:11	કમાન્ડ લાઈન ટેક્સ્ટ બોક્સ ઉપર ટાઈપ કરો : open 1d86 . એન્ટર દબાવો.
06:20	આ સ્ટ્રક્ચર double helical DNA, મોલેક્યુઅલ netropsin થી બાઉન્ડ થયેલ છે.
06:27	Netropsin એ antibiotic અને antiviral જેવા ગુણધર્મો ધરાવતું એક polyamide છે.
06:34	શરૂઆતમાં આ સ્ટ્રક્ચર ribbons તરીકે બતાવાય છે.
06:39	nucleic acid sugars અને bases, tube and slab representations તરીકે બતાવાય છે.
06:46	presets menu માં નીચે સ્ક્રોલ કરો અને interactive 2 વિકલ્પને ક્લિક કરો.
06:53	આ DNA ને wire તરીકે અને netropsin ને spheres તરીકે દેખાડે છે.
06:59	સોલ્વન્ટને નાબૂદ કરવા કમાન્ડ ટાઈપ કરો :delete space solvent અને એન્ટર દબાવો.
07:09	આ સ્ટ્રક્ચર માટેની સરફેસ બતાવવા , Actions menu સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો , સબ-મેનુમાંથી surfaceને સિલેક્ટ કરો,showને સિલેક્ટ કરો.
07:20	પેનલને ધ્યાનથી જુઓ. The DNA સ્ટ્રક્ચર હવે surface સાથેનું દેખાય છે.
07:27	Major groove અને minor groove ચિત્રમાં ચોખ્ખા દેખાય છે.
07:33	ligand, netropsin એ minor grooveમાં બાઉન્ડ થેયલ દેખાય છે.
07:38	સરફેસિસને દેખાડવાના 3 જુદા-જુદા માર્ગો રહેલ છે.
07:41	Action menuમાં નીચે સ્ક્રોલ કરો , Surfaceને સિલેક્ટ કરો. સબ-મેનુ 3 વિકલ્પો ધરાવે છે : Solid, mesh અને dot.
07:52	મૂળભૂત રીતે સરફેસ solid તરીકે દૃશ્યમાન થાય છે.
07:57	મેષ સરફેસ બતાવવા mesh ઉપર ક્લિક કરો.
08:02	ડોટ સરફેસ બતાવવા dot ઉપર ક્લિક કરો.
08:07	સોલિડ સરફેસ પાછી મેળવવા solid ઉપર ક્લિક કરો.
08:11	આપણે સોલિડ સરફેસ માટે પારદર્શિતાનું પ્રમાણ પણ ગોઠવી શકીએ.
08:16	Actions મેનુ ઉપર પાછા જાઓ અને Surface ઉપર ક્લિક કરો.
08:20	Transparency વિકલ્પને સિલેક્ટ કરો અને percentageવિકલ્પને પસંદ કરો.
08:25	તે પ્રદર્શિત કરવા હું 50% પસંદ કરીશ.
08:29	પેનલને ધ્યાનથી જુઓ.
08:31	સરફેસને જુદો રંગ આપવા : Actions મેનુમાં Color વિકલ્પને ક્લિક કરો,નીચે સ્ક્રોલ કરો અને all options ઉપર ક્લિક કરો.
08:41	એક color Actions ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.
08:45	“coloring applies to” સેટિંગને surfaces.માં બદલો.
08:51	surfaces પછીના રેડીઓ બટન ઉપર ક્લિક કરો.
08:55	કલર પેનલમાંના તમને ગમતા કોઈ પણ રંગ ઉપર ક્લિક કરો. હું પસંદ કરીશ dim gray.
09:02	પેનલને ધ્યાનથી જુઓ . સરફેસનો રંગ હવે dim gray.માં બદલાય ગયો છે. ડાયલોગ બોક્સને બંધ કરો.
09:11	File મેનુમાંના Save Image વિકલ્પનો ઉપયોગ કરી ઇમેજને સેવ કરો.
09:16	ચાલો હવે સારાંશ જોઈએ . આ ટ્યુટોરીઅલમાં આપણે પ્રોટીન અને DNA સ્ટ્રક્ચર્સ માટેના Amino acid hydrophobicity સરફેસ અને Electrostatic Potential સરફેસને બતાવતા શીખ્યા.
09:30	વિભિન્ન વ્યૂઇંગ સેટિંગ્સનો ઉપયોગ કરી પબ્લિકેશન માટે ઉચ્ચત્તમ ગુણવત્તાવાળી ઈમેજીસ બનાવતા શીખ્યા.
09:37	હવે અભ્યાસ માટે : human hemoglobin (pdb code: 2dn1) સ્ટ્રક્ચર માટે amino acid hydrophobicity surface અને electrostatic potential surface બતાવો.
09:51	hem ligand ને લીલા રંગમાં ફેરવો. તમારો પૂર્ણ થયેલ અભ્યાસ આ મુજબ દેખાશે.
10:11	આ નીચેની લિંક ઉપરનો વિડિઓ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે.તેને ડાઉલોડ કરો અને નિહાળો.
10:18	સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલની ટીમ આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ્સ દ્વારા વર્કશોપ્સનું સંચાલન કરે છે અને જેઓ આ ઓનલાઇન પરીક્ષા પાસ કરે છે તેઓને સર્ટિફિકેટ્સ પણ આપે છે.વધુ માહિતી માટે, આ લિંક contact@spoken-tutorial.org ઉપર લખો.
10:28	સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટને NMEICT, MHRD, ભારત સરકાર તરફથી ભંડોળ પૂરું પાડવામાં આવે છે. આ પ્રોજેક્ટ માટેની વધુ માહિતી આ લિંક "સ્પોકન હાઈફન ટ્યુટોરીયલ ડોટ ઓઆરજી સ્લેશ NMEICT હાઈફન ઇનટ્રો" ઉપર ઉપલબ્ધ છે.
10:39	ભાષાંતર કરનાર હું શિવાની ગડા વિદાય લઉં છું.અમારી સાથે જોડાવા આભાર.

Contributors and Content Editors

Jyotisolanki, Shivanigada