Jmol-Application/C4/3D-Models-of-Enzymes/Nepali

From Script | Spoken-Tutorial
Jump to: navigation, search
Time Narration
00:01 नमस्कार सबैलाई, 3D Models of Enzymes in Jmol ट्युटोरियलमा स्वागत छ
00:08 यो ट्युटोरियलमा हामी सिक्ने छौं: * जेमोल प्यानल मा Human Pancreatic Hexokinase को संरचना लोड गर्न
00:16 सेकन्डरी संरचनाको डिस्प्ले बदल्न
00:20 एक्टिभ साइटमा amino acid residue हाइलाइट गर्न
00:25 इन्जाइमको substratecofactor हरु हाइलाइट गर्न
00:30 र प्रोटिनको Ramachandran plot हेर्न
00:35 यो ट्युटोरियल अनुसरण गर्न तपाईसँग बायोकेमिस्ट्रीको आधारभूत ज्ञान हुनुपर्छ
00:41 Jmol Application window का कार्यहरुसँग परिचित हुनुपर्छ
00:46 जेमोल एप्लिकेसन शृंखलाको Proteins and Macromolecules ट्युटोरियल हेर्नुहोस्
00:53 यो तलको लिंकमा उपलब्ध छ
00:57 यो ट्युटोरियल रेकर्ड गर्न, म प्रयोग गर्दैछुँ: * उबुन्टु अपरेटिंग सिस्टम संस्करण १२.०४
01:05 Jmol संस्करण १२.२.२
01:08 Java संस्करण र * मोजिल्ला फायरफक्स ब्राउजर २२.०
01:16 जेमोल विन्डो खोलौं र hexokinase इन्जाइमको संरचना लोड गरौँ
01:22 मसँग इन्टरनेट उपलब्ध छ, त्यसैले संरचना सिधै PDB website बाट लोड गर्दैछुँ
01:28 यसो गर्न File मेनु खोलौं र तल स्क्रोल गरी Get PDB विकल्पमा क्लिक गरौँ
01:37 स्क्रिनमा एउटा Input डाइलग-बक्स देखापर्छ, टेक्स्टबक्समा hexokinase को चार अक्षरको PDB code पढौं जुन, 3IDH रहेको छ
01:50 यो कोड Protein Data Bank वेबसाइटबाट लिइएको हो
01:55 यदि तपाईसँग राम्रो इन्टरनेट जडान छैन भने टूलबारको Open a file आइकन प्रयोग गरी हालको pdb फाइल प्रयोग गरौँ
02:06 OK बटनमा क्लिक गरौँ
02:09 स्क्रिनमा देखिएको hexokinase को 3D संरचनालाई glucokinase पनि भनिन्छ
02:16 File मेनु प्रयोग गरी Console विन्डो खोलौं
02:21 Console मा देखाए झैँ प्यानलमा रहेको संरचना Human Pancreatic Glucokinase को साथै सब्स्ट्रेट Glucose को हो
02:31 कन्सोल बन्द गरौँ
02:34 प्यानलमा, हामीसँग hexokinase को ball and stick मोडल छ
02:40 प्यानलको protein modelबाट वाटर मलिक्युल हटाउ
02:44 यो प्रक्रिया जेमोल ट्युटोरियल Proteins and macromolecules मा अझ बिस्तृत रुपमा बर्णन गरिएको छ
02:53 hexokinase इन्जाइमको बारेमा-
02:56 Hexokinase ४६५ एमिनो एसिडको एउटा monomeric protein हो
03:02 यसमा दुई डोमेन हरु हुन्छन, एउटा ठुलो डोमेन र एउटा सानो डोमेन
03:07 यो इन्जाइमको एक्टिभ-साइट दुई डोमेन बीचको cleft मा रहेको हुन्छ
03:14 hexokinase को एक्टिभ साइटमा ३ एमिनो एसिड रेसिड्युहरु हुन्छन्: 204 मा Aspergine, 231 मा Aspergine256 मा Glutamic acid
03:30 यो इन्जाइमको सब्सट्रेट Alpha-D-Glucose हो
03:34 अब, जेमोल प्यानलमा फर्कौं
03:38 हामी इन्जाइमहरु छान्न र त्यसका कम्पोनेन्टहरु हाइलाइट गर्न सक्छौं जस्तै: एक्टिभ साइटको Substrate, Cofactors वा Amino acid residues
03:49 कुनै निश्चित कम्पोनेन्ट छान्न राइट-क्लिक गरी पप-अप मेनु खोलौं
03:55 तल Select विकल्पमा जाऊ
03:57 सब-मेनु Proteins मा By Residue name छानौं
04:04 यहाँ हामीसँग हरेक एमिनो एसिड रेसिड्युहरु सुचिकृत रहेका छन्
04:10 एमिनो एसिड छान्न यसको नाममा क्लिक गरौँ
04:14 एमिनोएसिडहरु यी शिर्षकमा सुचिकृत हुन्छन्: Polar, Non-polar, Basic, Acidic, Uncharged आदि
04:26 Hetero मेनुमा मेटल आयोन potassiumsubstrate glucose सुचिकृत छन्
04:34 हामी सब्सट्रेट बाइन्डिंग साइट सजिलै पत्ता लगाउन इन्जाइम को डिस्प्ले परिवर्तन गर्न सक्छौं
04:41 अब प्रोटिनको डिस्प्ले र एटमहरुको रंग बदलौं
04:46 पप-अप मेनु खोलौं, Select मा जाऊ र Protein विकल्पमा स्क्रोल गरी All मा क्लिक गरौँ
04:55 पुन: पप-अप मेनु क्लिक गरौँ, Style मा स्क्रोल गरौँ अनि SchemeSticks विकल्पमा क्लिक गरौँ
05:05 अब हामीसँग प्यानलमा प्रोटिन sticks डिस्प्लेमा छ
05:11 अब, रंग परिवर्तन गर्न- पुन: पप-अप मेनु खोलौं र Color, AtomsBlue विकल्पमा क्लिक गरौँ
05:23 स्क्रिनमा हामीसँग निलो रंगमा hexokinase को मोडल sticks डिस्प्लेमा छ
05:30 क्लेफ्टमा Alfa-D-Glucose सब्सट्रेट ball and stick डिस्प्लेमा हेरौं
05:38 सब्सट्रेट हाइलाइट गर्न – पप-अप मेनु खोलौं र Select मा जाऊ अनि Hetero मा गएर GLC-ALFA-D-GLUCOSE क्लिक गरौँ
05:52 पप-अप मेनुमा जाऊ र Style अनि Scheme मा स्क्रोल गरी Sticks विकल्पमा क्लिक गरौँ
06:00 रंग बदल्न – पप-अप मेनु खोलौं र Color मा जाऊ अनि AtomsWhite विकल्पमा क्लिक गरौँ
06:12 प्यानलमा hexokinase को मोडल छ र substrate को स्थान प्रष्ट रुपमा हाइलाइट गरिएको छ
06:20 हामी एमिनो एसिडको एक्टिभ साइटहरु बदली तिनीहरुको रंग बदल्न सक्छौं
06:26 यसो गर्न, हामीले Console विन्डोमा कमाण्डहरु टाइप गर्नुपर्छ
06:32 पहिले उल्लेख गरे अनुसार, एक्टिभ साइटमा संलग्न एमिनो एसिडहरु हुन्: Aspergine 204 मा, Aspergine 231 मा र Glutamic acid 256 मा
06:50 File मेनु प्रयोग गरी कन्सोल विन्डो खोलौं, Console मा क्लिक गरौँ
06:57 म कन्सोल विन्डो ठुलो पर्न Kmag स्क्रिन म्याग्नीफायर प्रयोग गर्दैछुँ
07:03 $ (डलर)प्रम्प्टमा टाईप गरौँ: "select" दोहोरो उद्दरण भित्र ब्राकेट "Asn" एस्परजिनको लागि ब्राकेट बन्द गरौँ, "204" मतलब स्थान सेमिकोलन "color atoms orange"
07:25 Enter थिचौं
07:27 अहिले सुन्तला रंगमा रहेको aspargine residue एटमहरु हेरौं
07:33 किबोर्डको अप-एरो बटन थिचौं र कमाण्ड एडिट गरौँ
07:39 एमिनो एसिडको स्थान 231 मा बदलौं र एटमको रंग रातोमा बदलौं
07:48 इन्टर थिचौं
07:51 पुन: अप एरो कि थिचौं र एमिनो एसिडको नाम GLU मतलब, glutamic acid मा बदलौं र स्थानमा 256 राखौं
08:06 एटमको रंग हरियोमा बदलौं र Enter थिचौं
08:13 हामीसँग प्यानलमा सब्सट्रेट सहितको hexokinase को 3D मोडल छ र एक्टिभ साइट हाइलाइट गरिएको छ
08:23 यहाँ देखाए झैँ मोडलमा potassium एटम प्याजी रंगमा देखिन्छ
08:30 हामी जेमोलमा कुनै निश्चित प्रोटिनको लागि ramachandran plot पनि देखाउन सक्छौं
08:36 कन्सोलमा डलर($) प्रम्प्टमा टाइप गरौँ: plot ramachandran
08:45 इन्टर थिचौं
08:47 हामीसँग hexokinase को ramachandran plot
08:54 डेटाबेसको pdb फाइलहरु प्रयोग गरी विभिन्न इन्जाइमहरु लोड गरौँ
09:00 सेकेण्डरी संरचनाको डिस्प्ले परिवर्तन गरौँ
09:04 संक्षेपमा हेरौं, यो ट्युटोरियलमा हामीले * PDB कोड प्रयोग गरी Human Pancreatic Hexokinase को संरचना लोड गर्न सिक्यौं
09:14 सेकन्डरी संरचनाको डिस्प्ले परिवर्तन गर्न
09:17 एक्टिभ साइटको एमिनो एसिड रेसिड्यु हरु हाइलाइट गर्न
09:21 इन्जाइम को सब्सट्रेटcofactor हाइलाइट गर्न
09:25 र प्रोटिनहरुको लागि ramachandran प्लट कोर्न
09:30 कार्यको रुपमा: जेमोल प्यानलमा Lysozyme इन्जाइमको डट pdb फाइल लोड गर्नुहोस्
09:38 इन्जाइममा रहेको सब्सट्रेट हाइलाइट गर्नुहोस्
09:42 एक्टिभ साइटको एमिनो एसिड हाइलाइट गर्नुहोस्
09:46 हिन्ट: PDB database बाट Lysozyme को pdb फाइल प्राप्त गरौँ
09:52 तलको लिंकमा उपलब्ध भिडियो हेर्नुहोस्
09:56 यसले स्पोकन ट्युटोरियल प्रोजेक्टको सार दिन्छ
10:00 यदि तपाईसँग राम्रो ब्याण्डविड्थ छैन भने डाउनलोड गरी हेर्न सक्नुहुन्छ
10:04 स्पोकन ट्युटोरियल प्रोजेक्ट टिमले
10:07 कार्यशाला संचालन गर्छ र प्रमाणपत्र वितरण गर्छ
10:10 बिस्तृत जानकारीको लागि हामीलाई सम्पर्क गर्नुहोस्
10:14 स्पोकन ट्युटोरियल प्रोजेक्ट टक टु अ टिचर प्रोजेक्टको एक भाग हो
10:19 यसलाई नेशनल मिसन अन एजुकेसन थ्रु आइसीटी, MHRD, भारत सरकारको सहयोग रहेको छ
10:25 यो मिसन सम्बन्धि थप जानकारी तलको लिंकमा उपलब्ध छ
10:30 म मन्दिरा थापा बिदा हुदैछुँ, सहभागिताको लागि धन्यवाद, नमस्कार

Contributors and Content Editors

Mandira, PoojaMoolya