Biopython/C2/Writing-Sequence-Files/Gujarati

Time	Narration
00:02	Writing Sequence Files પરના ટ્યુટોરીયલમાં તમારું સ્વાગત છે.
00:07	આ ટ્યુટોરીયલમાં આપણે શીખીશું : Sequence Record Objects કેવી રીતે બનાવવું.
00:13	સિકવેન્સ ફાઈલ કેવી રીતે લખવી.
00:15	file formats ને કેવી રીતે રૂપાંતર કરવું.
00:19	અને લાંબી દ્વારા ફાઈલમાં રિકોર્ડસ કેવી રીતે સૉર્ટ કરવા.
00:23	આ ટ્યુટોરીયલના અનુસરણ માટે તમે
00:27	અંડર ગ્રેજ્યુએટ બાયોકેમિસ્ટ્રી અને મૂળભૂત Python પ્રોગ્રામ ની જાણકારી હોવી જોઈએ.
00:34	આપેલ લિંક પર Python ટ્યુટોરીયલને જુઓ.
00:38	આ ટ્યુટોરીયલ રિકોર્ડ કરવા માટે હું ઉપયોગ કરી રહી છું : Ubuntu OS version 14.10
00:45	Python version 2.7.8
00:48	Ipython interpretor version 2.3.0 અને Biopython version 1.64.
00:55	આપણે પહેલાના ફાઈલના કંટેટસ parse અને read functions વિષે શીખ્યા.
01:03	આ ટ્યુટોરીયલમાં આપણે ફાઈલમાં સીકવેંસીસ લખવા માટે write ફંકશન કેવી રીતે વાપરવું તે શીખીશું.
01:09	અને વિવિધ file formats દરમ્યાન inter-conversion માટે Convert ફંકશન વાપરીશું.
01:16	ચાલો હવે write ફંકશન કેવી રીતે વાપરવું તે બાતડુ.
01:20	અહીં એક પ્રોટીન સિકવેન્સ સાથે ટેક્સ્ટ ફાઈલ છે.
01:24	અહીં insulin protein. સિકવેન્સ દર્શાવ્યું છે.
01:28	તેમ જ ફાઈલ પાસે GI accession number અને description તરીકે પણ માહિતી ધરાવે છે.
01:36	હવે આપણે FASTA ફોર્મેટમાં આ સિકવેન્સ માટે એક ફાઈલ બનાવીશું.
01:41	પ્રથમ sequence record object બનાવવાની છે.
01:45	સિકવેન્સ રિકોર્ડ ઓબ્જેક્ટસ વિષે વધુ માહિતી:
01:49	આ sequence input/output interface માટે મૂળભૂત ડેટા ટાઈપ છે.
01:55	સિકવેન્સ રિકોર્ડ ઓબ્જેક્ટમાં એક સિકવેન્સ ઉચ્ચ દરની વિશેષતા થી સંબધીત છે જેમ કે identifiers and descriptions.
02:04	એક સાથે Ctrl, Alt અને t કી દાબીને ટર્મિનલ ખોલો.
02:10	પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો : ipython, એન્ટર દબાવો.
02:15	પ્રોમ્પ્ટ પર આપેલ લાઈન ટાઈપ કરો:
02:18	from Bio dot Seq module import Seq class.
02:24	from Bio dot SeqRecord module import Sequence Record class
02:31	આગળ, from Bio dot Alphabet module import generic protein class.
02:38	આગળ આપણે record1. વેરિયેબલ માં સિકવેન્સ રિકોર્ડ ઓબ્જેક્ટ એવું કરીશ.
02:45	ટેક્સ્ટ ફાઈલમાં થી sequence, id અને description કોપી કરીને ટર્મિનલ પર સંબધીત લાઈનમાં તે પછી પેસ્ટ કરો.
02:56	Enter. દબાવો.
02:58	આઉટપુટ જોવા માટે : record1 ટાઈપ કરો.
03:02	Enter. દબાવો.
03:04	આઉટપુટ sequence record ઓબ્જેક્ટ તરીકે insulin protein સિકવેન્સ દેખાડે છે.
03:10	તે id અને description સાથે સિકવેન્સ દેખાડે છે.
03:13	આપણે FASTA ફાઈલમાં ઉપરના સિકવેન્સ રિકોર્ડ ઓબ્જેક્ટ રૂપાંતરિત કરવા માટે write ફંકશન નો ઉપયોગ કરો.
03:21	Bio package. પરથી SeqIO module ઈમ્પોર્ટ કરો.
03:26	આગળ FASTA ફાઈલમાં સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટને રૂપાંતરિત કરવા માટે write ફંકશન સાથે કમાંડ લાઈન ટાઈપ કરો.
03:40	write ફંકશન 3 arguments સ્વીકારે છે.
03:44	પ્રથમ વેરિયેબલ જે sequence record object ને સંગ્રહિત કરે છે.
03:49	બીજું FASTA ફાઈલ લખવા માટે ફાઈલ નું નામ છે.
03:54	ત્રીજું ફાઈલ ફોર્મેટ લખવા માટે છે. એન્ટર દબાવો.
03:58	આઉટપુટ બતાડે છે કે આપણે FASTA ફાઈલમાં એક sequence record object ને રૂપાંતરિત કર્યું છે.
04:07	FASTA ફોર્મેટમાં ફાઈલ "example.fasta" તરીકે home ફોલ્ડરમાં સેવ કરી છે.
04:13	હું તમને ચેતવણી આપું છું.
04:14	આઉટપુટ તેના નામના કોઈપણ આગળના પૂર્વ અસ્તિત્વ ફાઈલને ઓવર રાઈટ કરશે.
04:18	ફાઈલ જોવા માટે home ફોલ્ડરમાં ફાઈલને નેવિગેટ કરો.
04:24	આ ફાઈલ ટેક્સ્ટ એડિટરમાં ખોલો.
04:27	પ્રોટીન સિકવેન્સ હવે FASTA ફોર્મેટમાં છે.
04:31	text editor. બંધ કરો.
04:33	અનેક bioinformatics ટૂલ્સ વિવિધ ઇનપુટ ફાઈલ ફોર્મેટ્સ લે છે.
04:38	તો ક્યારે ક્યારે સિકવેન્સ ફાઈલ ફોર્મેટસમાં રૂપાંતરિત કરવાની જરૂરિયાત છે.
04:44	આપણે SeqIO module. માં convert ફંકશન વાપરીને ફાઇલ્સને રૂપાંતર કરી શકીએ છીએ.
04:50	ડેમોસ્ટ્રેશનમાટે હું FASTA ફાઈલમાં GenBank ફાઈલને રૂપાંતરિત કરશે.
04:55	મારા હોમ ફોલ્ડરમાં GenBank ફાઈલ છે.
04:59	હું આ ટેક્સ્ટ એડિટરમાં ખોલું.
05:02	GenBank ફોર્મેટ ફાઈલમાં 'HIV genome ધરાવે છે.
05:07	આ GenBank ફાઈલના પ્રથમ ભાગમાં genome માં બધા genesનું વર્ણન છે.
05:14	આ પૂર્ણપણે genome સિક્વેન્સ દ્વારા અનુસરણ કર્યું છે.
05:18	ટેક્સ્ટ એડિટર બંધ કરો.
05:19	ટર્મિનલ પર આપેલ લાઈન ટાઈપ કરો.
05:23	અહીં એક convert ફંકશન છે જે GenBank ફાઈલમાં ઉપસ્થિત genome સિકવેન્સ પૂર્ણપણે FASTA ફાઈલમાં રૂપાંતરિત કરે છે.એન્ટર દબાવો.
05:33	FASTA ફોર્મેટમાં નવી ફાઈલ હોમ ફોલ્ડરમાં HIV.fasta તરીકે સેવ કર્યું છે.
05:39	ફાઈલને નેવિગેટ કરીને ટેક્સ્ટ એડિટરમાં ખોલો.
05:46	ટેક્સ્ટ એડિટરને બંધ કરો.
05:49	તેમ છતાં આપણે સરળ રીતે convert ફંકશન વાપરીને ફાઈલ ફોર્મેટસ રૂપાંતરિત કરી શકે છે, તેમને અમુક મર્યાદા છે.
05:56	અમુક ફોર્મેટ્સ લખતા માહિતી જરૂરી છે, જે અન્ય ફાઈલ ફોર્મેટસમાં નથી હોતા.
06:02	ઉદાહરણ તરીકે: આપણે FASTA ફાઈલમાં GenBank ફાઈલને રૂપાંતર કરી શકીએ છીએ, આપણે તે ઊલટું કરી શકતા નથી.
06:09	તેજ પ્રમાણે આપણે FASTA ફાઈલમાં FASTQ ફાઈલ ચાલુ કરી શકીએ છીએ પણ ઊલટું કરી શકતા નથી.
06:15	convert ફંકશન વિષે વધુ માહિતી માટે help કમાંડ ટાઈપ કરો.
06:21	એન્ટર દબાવો.
06:24	પ્રોમ્પ્ટ પર પાછાં જવા માટે 'q' બટન દબાવો.
06:28	આપણે GenBank ફોર્મેટમાં HIV genome માં પ્રત્યેક genes પણ એક્સટ્રેક્ટ કરી શકીએ છીએ.
06:35	આ પ્રત્યેક genes , FASTA' અથવા કોઈ પણ ફોર્મેટસમાં સેવ કરી શકાય છે.
06:41	આ માટે પ્રોમ્પ્ટ પર આપેલ કોડ ટાઈપ કરો.
06:47	આ કોડ બધા CDS gene સીકવેંસીસ તેના ids અને gene નું નામ એક ફાઈલમાં લખાશે.
06:56	તમારા હોમ ફોલ્ડરમાં ફાઈલ “HIV_geneseq.fasta” તરીકે સેવ કર્યું છે. એન્ટર દબાવો.
07:07	Biopython ટૂલ્સ વાપરીને આપણે લંબાઈ દ્વારા ફાઈલ રિકોર્ડસ સૉર્ટ કરી શકીએ છીએ.
07:12	અહીં મેં FASTA ફાઈલ “hemoglobin.fasta” ખોલી છે જેમાં છ રિકોર્ડ છે.
07:19	પ્રત્યેક રિકોર્ડ જુદી જુદી લંબાઈ ના છે.
07:23	પ્રથમ બધાથી મોટા રિકોર્ડની વ્યવસ્થા કરવા માટે આપેલ લાઈન ટાઈપ કરો.
07:27	સૉર્ટ કરેલ સિકવેન્સ સાથે નવી ફાઈલ તમારા હોમ ફોલ્ડરમાં "sorted_hemoglobin.fasta" તરીકે સેવ થશે.
07:38	પ્રથમ નાના રેકોર્ડ માટે records.sort કમાંડ લાઈન માં આર્ગ્યુમેન્ટ રિવર્સ કરો.
07:45	ચાલો સારાંશ લઈએ
07:46	આ ટ્યુટોરીયલ માં આપણે શીખ્યા સિકવેન્સ રિકોર્ડ ઓબ્જેક્સ્ટ્સ બનાવતા.
07:51	Sequence Input/Output મોડ્યૂલ write ફંકશન વાપરીને સિકવેન્સ ફાઈલ લખતા.
07:58	sequence file formats વાપરીને convert ફંકશન sequence file formats દરમિયાન રૂપાંતરણ કરતા.
08:03	અને લંબાઈ દવારા ફાઈલમાં રિકોર્ડસ સૉર્ટ કરતા.
08:07	અસાઇનમેન્ટ તરીકે:
08:09	HIV ના genomicસિકવેન્સમાં 4587 થી 5165 સ્થિતિ પર gene "HIV1gp3" એક્સટ્રેક્ટ કરો.
08:21	આ ટ્યુટોરીયલના કોડ ફાઈલ માં “HIV.gb” ફાઈલ સમાવિષ્ઠ છે.
08:28	તમારા પૂર્ણ થયેલ અસાઇનમેન્ટ માં આપેલ કોડ હોવા જોઈએ.
08:43	આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ વિડીયો નિહાળો. તે સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે.
08:48	તમે વિડીયો ડાઉનલોડ કરીને જોઈ શકો છો.
08:49	સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટ ટીમ સ્પોકન ટ્યુટોરીયલોનાં ઉપયોગથી વર્કશોપોનું આયોજન કરે છે.જેઓ ઓનલાઈન પરીક્ષા પાસ કરે છે તેઓને પ્રમાણપત્રો આપે છે.
08:57	વધુ વિગતો માટે અમને લખો.
09:00	સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટને આઈસીટી, એમએચઆરડી, ભારત સરકાર મારફતે શિક્ષણ પર નેશનલ મિશન દ્વારા ફાળો અપાયેલ છે.
09:06	આ મિશન પર વધુ માહિતી આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ છે spoken hyphen tutorial dot org slash NMEICT hyphen Intro
09:10	IIT Bombay તરફથી હું, જ્યોતિ સોલંકી વિદાય લઉં છું. જોડાવાબદ્દલ આભાર.

Contributors and Content Editors

Jyotisolanki, Pratik kamble