UCSF-Chimera/C4/Axes-and-Planes/Tamil

Time	Narration
00:01	Chimera ஐ பயன்படுத்தி, Axisகள், மற்றும், Planeகள், குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு.
00:06	இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்கப்போவது: Axesகள், Planeகள் மற்றும்Centroidகளை காட்டுவது.
00:12	2D Labelகள், மற்றும்Per-Model clipping.
00:17	இந்த டுடோரியலை பின்பற்ற, உங்களுக்கு, Chimera interface பரீட்சயமாக இருக்க வேண்டும்.
00:23	இல்லையெனில், அதற்கான டுடோரியல்களுக்கு, எங்கள் வலைத்தளத்தை பார்க்கவும்.
00:28	இந்த டுடோரியலை பதிவு செய்வதற்கு நான்: Ubuntu OS பதிப்பு14.04 ,
00:34	Chimera பதிப்பு 1.10.1 ,
00:38	Mozilla firefox browser 42.0, மற்றும், ஒரு இணைய இணைப்பை பயன்படுத்துகிறேன்.
00:45	இங்கு, ஒரு Chimera windowஐ நான் திறந்துள்ளேன்.
00:48	Command text boxல், டைப் செய்க: Open 1EMA. Enterஐ அழுத்தவும்.
00:55	Panelலில், green fluorescent proteinனின் structure, திறக்கிறது.
01:00	Tools menuஐ க்ளிக் செய்யவும்.
01:02	Structure Analysis optionக்கு scroll செய்யவும். Sub-menuவில் இருந்து, Axes, Planes, Centroidsஐ க்ளிக் செய்யவும்.
01:11	Structure Measurements dialog box திறக்கிறது.
01:15	இங்கு, Define axes, Define plane, Define centroid tabகள் இருக்கின்றன.
01:24	Define axes tabஐ க்ளிக் செய்யவும். இது, Define axes dialog boxஐ திறக்கிறது.
01:31	இங்கு, atom setகள், மற்றும், மற்ற axis parameterகளை நாம், குறிப்பிடலாம்.
01:37	Panelலில், structureனின் நடுவில் இருந்து, உங்களுக்கு விருப்பமான சில residueக்களை தேர்ந்தெடுக்கவும்.
01:43	residueக்களை தேர்ந்தெடுக்க; CTRL மற்றும்shift keyகளை ஒன்றாக அழுத்திக் கொண்டே, residueக்களை க்ளிக் செய்யவும்.
01:55	Define Axes dialog boxல், “Selected atoms” radio பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
02:02	Axisன் பெயரை, axis1. என டைப் செய்யவும்.
02:06	color wellஐ க்ளிக் செய்யவும். color editorல் இருந்து, ஒரு நிறத்தை தேர்ந்தெடுக்கவும்.color editorஐ மூடவும்.
02:14	Axisன் தடிப்பை மாற்ற; angstroms radio பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
02:19	Text boxல் உள்ள எண்ணை, 0.25க்கு மாற்றவும். OK பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
02:27	Panelஐ கவனிக்கவும். தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட atomகளுக்கு, Axis, வரையப்படுகிறது.
02:33	Select menuஐ பயன்படுத்தி, தேர்ந்தெடுப்பைclear செய்யவும்.
02:37	இந்த axisக்கான, ஒரு object, Structure Measurement dialog boxல் உருவாக்கப்படுகிறது.
02:43	Axisஐ நீக்க, அந்தrowஐ க்ளிக் செய்யவும். Dialog-boxன் கடைசியில் உள்ள, Delete பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
02:51	இப்போது, structureக்கு planeஐ சேர்க்க, Define plane tab.ஐ க்ளிக் செய்யவும்.
02:57	Define Plane dialog-boxல், planeனின் பெயரை, plane1க்கு மாற்றவும்.
03:03	இங்கு, தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட atomகளுக்கு மட்டுமே, ஒரு plane, உருவாக்கப்படுகிறது.
03:08	Panelலில், structureனின் நடுவில் இருந்து, உங்களுக்கு விருப்பமான சில residueக்களை தேர்ந்தெடுக்கவும்.
03:14	CTRL மற்றும்shift keyகளை ஒன்றாக அழுத்திக் கொண்டே, residueக்களை க்ளிக் செய்யவும்.
03:23	Define Plane dialog-boxல், color well.ஐ க்ளிக் செய்யவும்.
03:28	color editorல் இருந்து, ஒரு நிறத்தை தேர்வு செய்யவும். color editorஐ மூடவும்.
03:34	OK பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். Panelஐ கவனிக்கவும்.
03:39	தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட atomகளின் அடிப்படையில், ஒரு plane உருவாக்கப்படுகிறது.
03:44	Select menuஐ பயன்படுத்தி, தேர்ந்தெடுப்பைclear செய்யவும்.
03:48	Planeஐ நீக்கவும், Structure Measurements dialog boxல் உள்ள, plane IDஐ க்ளிக் செய்யவும்.
03:55	Delete பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
03:58	centroidஐ காட்ட, Define centroid tab.ஐ க்ளிக் செய்யவும்.
04:03	Define centroid dialog box திறக்கிறது.
04:07	ஒரு centriodஐ உருவாக்க, structureல், 64 மற்றும்68, residueக்களை தேர்ந்தெடுக்கவும்.
04:14	Define Centroid dialog boxல்; centriodன் பெயரை, centroid1 என டைப் செய்யவும்.
04:21	முன்பு காட்டியபடி, color wellல் இருந்து, ஒரு நிறத்தை தேர்ந்தெடுக்கவும்.
04:26	color editorஐ மூடவும். OK பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
04:31	தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட atomகளுக்கான centriod, panelலில் காட்டப்படுகிறது.
04:36	தேர்ந்தெடுப்பைclear செய்து, centroidஐ நீக்கவும்.
04:42	Structure Measurements dialog boxஐ மூடவும்.
04:45	Text மற்றும், arrowக்கள், போன்ற 2D-Labelகளையும், structureல் சேர்க்கலாம்.
04:52	Tools menuல் இருந்து, Utilities optionஐ பயன்படுத்தி, 2D labels toolஐ தொடங்கவும்.
04:59	Labelகள், Arrowக்கள் மற்றும், color keyக்கான tabகளுடன், 2D-Labels dialog-box திறக்கிறது.
05:07	Labelகளை சேர்க்க, Labels tabஐ க்ளிக் செய்யவும்.
05:11	முன்னிருப்பாக, dialog box கடைசியின் அருகில் உள்ள, use mouse for label placement option தேர்ந்தெடுக்கப்படுகிறது.
05:20	color wellஐ க்ளிக் செய்யவும். Labelக்கு, ஒரு நிறத்தை தேர்ந்தெடுக்கவும். color editorஐ மூடவும்.
05:28	Panelலில், labelஐ நீங்கள் வைக்க விரும்புகின்ற இடத்தை க்ளிக் செய்யவும்.
05:32	X மற்றும்Y coordinateகளுடன் கூடிய, Label id, dialog-boxல் தோன்றுகிறது.
05:38	இப்போது, Text பகுதியில், label textஐ டைப் செய்யவும்.
05:42	டைப் செய்க: Green Fluorescent Protein. Enterஐ அழுத்தவும்.
05:49	உருவாக்கப்படுகின்றlabelஐ , இடது mouse பட்டனை இழுத்து, இடம் மாற்றலாம்.
05:56	Labelஐ நீக்க, dialog-box ல், label idஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். Delete பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
06:05	Arrowக்களை சேர்க்க, dialog-box ல், Arrows tabஐ க்ளிக் செய்யவும்.
06:10	Dialog-boxகடைசியில், Arrow weight fieldல்;
06:15	arrowன் தடிப்பை மாற்ற, எண்ணை மாற்றவும்.
06:19	மெல்லிய arrowஐ உருவாக்க, நான், 0.5 என டைப் செய்கிறேன்.
06:24	Arrow head style பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். Drop-down menuவில் இருந்து, ஒரு optionஐ தேர்வு செய்யவும்.
06:30	நான் Pointyஐ தேர்வு செய்கிறேன்.
06:33	Panelலில் cursorஐ வைக்கவும், mouse பட்டனை அழுத்திக் கொண்டே இருக்கவும்.
06:39	Arrowஐ நீட்டிக்க, இழுக்கவும். Mouse பட்டனை விடவும்.
06:46	அதன் நீளத்தை தகவமைப்படுத்த, அல்லது, மாற்ற, arrowன் இறுதி முனையை இழுக்கவும்.
06:54	அதை நடுவில் இருந்து இழுத்து, arrowஐ நகர்த்தவும்.
06:58	Arrow id க்கு பக்கத்தில் இருக்கின்ற, color well ஐ க்ளிக் செய்து, arrowன் நிறத்தை மாற்றவும்.
07:04	ஒரு நிறத்தை தேர்ந்தெடுக்கவும். color editorஐ மூடவும்.
07:08	2D-Labels dialog-boxஐ மூடவும். File menuஐ பயன்படுத்தி, sessionஐ மூடவும்.
07:15	ஒரு புது sessionஐ திறக்கவும்.
07:18	per-model clipping;ஐ விளக்க, myoglobinனின் structureஐ நான் உதாரணமாக பயன்படுத்துகிறேன்.
07:25	Command text boxல், டைப் செய்க: open 1mbo. Enterஐ அழுத்தவும்.
07:32	Tools menuவில், கீழ் scroll செய்து, Depictionஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
07:37	Sub-menuவில் இருந்து, Per-Model clippingஐ க்ளிக் செய்யவும்.
07:42	Per-Model clipping dialog-box திறக்கிறது.
07:46	Per-Model Clipping, வெவ்வேறு modelகளை, வெவ்வேறு வழிகளில் clip செய்ய அனுமதிக்கிறது.
07:52	அது, modelன், கண்ணுக்கு புலப்படுகின்ற, மற்றும் புலப்படாத, பாகங்களை பிரிக்கின்ற, ஒரு, ஒற்றை plane ஆகும்.
07:59	ஒவ்வொரு modelஉம், ஒரே ஒரு, Per-Model Clipping planeஐ மட்டுமே கொண்டிருக்க முடியும்.
08:04	ஒரு model, மற்றும், அதன் surface உம், தனித்தனி modelகளாக கருதப்படுகின்றன.
08:09	Panelக்கு திரும்பச் செல்லவும். Per-Model Clipping dialog-boxல் இருக்கின்ற, Model drop-down menu, தற்போதைய modelஐ காட்டுகிறது.
08:18	Enable clippingஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். இது, clipping planeகளை செயல்படுத்துகிறது.
08:25	Modelன், கண்ணுக்கு புலப்படுகின்ற பாகம், planeக்கு பின்புறம் இருக்கிறது. Enable clipping.ஐ uncheck செய்யவும்.
08:33	Modelக்கு, ஒரு surfaceஐ உருவாக்கவும். Actions menuஐ க்ளிக் செய்யவும். Surfaceக்கு scroll செய்யவும். Showஐ க்ளிக் செய்யவும்.
08:43	இப்போது, Heme group, இறுக்கமாக கட்டுண்ட, ஒரு pocketஐ , structure, காட்டுகிறது.
08:50	Dialog-boxல், Model drop-down menu, இரண்டு modelகளை காட்டுகிறது. Model (1mbo), மற்றும், surface உடன் கூடிய model.
09:00	Surface உடன் கூடிய modelஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். Enable clippingஐ க்ளிக் செய்யவும்.
09:06	Panelஐ கவனிக்கவும்.
09:10	Modelன், surface மட்டும், clip செய்யப்படுகிறது.
09:14	Use slab mode with thicknessஐ க்ளிக் செய்யவும்.
09:18	Slabன் தடிப்பிற்கு ஏற்ப, modelன் பாகத்தை பார்க்க, இது அனுமதிக்கிறது.
09:24	Slabன் தடிப்பை, 0.5 க்கு மாற்றவும்.
09:28	Text boxல், 0.5 என டைப் செய்து, enterஐ அழுத்தவும். Panelஐ கவனிக்கவும்.
09:37	Dialog-boxல், Adjust clipping with mouseஐ க்ளிக் செய்யவும்.
09:43	Translationக்கு, பட்டன் 2ஐயும், rotationக்கு, பட்டன் 3ஐயும், ஒதுக்கவும்.
09:51	Surface capping பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
09:55	Surface capping dialog-box, Cap surfaces at clip planesஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
10:02	Use cap colorஐ க்ளிக் செய்யவும்.
10:05	color wellல் இருந்து, ஒரு நிறத்தை தேர்ந்தெடுக்கவும்.
10:09	color editorஐ மூடவும். Cap styleஆக, solidஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். Dialog-boxஐ மூடவும்.
10:18	Chimera windowவில், Actions menuஐ பயன்படுத்தி, surfaceஐ , 20%வரை transparentஆக வைக்கவும்.
10:26	Panelஐ கவனிக்கவும். Slab இப்போது, வண்ணம் பூசப்பட்டு, வெளிப்படையாக தெரிகிறது.
10:33	நடு mouse பட்டனை, அழுத்திக் கொண்டே இருக்கவும். Clipping planeஐ , ஒரே திசையில் நகர்த்த, mouseஐ இழுக்கவும்.
10:42	Clipping planeஐ இடம் பெயர்க்க, வலது mouse பட்டனை, அழுத்திக் கொண்டே, mouseஐ இழுக்கவும்.
10:50	Panelஐ கவனிக்கவும். Heme groupஐ கொண்டிருக்கின்றpocket, இப்போது மிகத் தெளிவாக தெரிகிறது.
10:57	சுருங்கச் சொல்ல, இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது, Axisகள், Planeகள் மற்றும்Centroidகளை காட்டுவது.
11:05	2D Labelகளை காட்டுவது. Arrowக்களை வரைவது.
11:09	Per-Model clipping toolஐ பயன்படுத்தி, modelஐ clip செய்வது.
11:13	பயிற்சியாக, Chymotrypsinனின், ஒரு modelஐ திறக்கவும்.
11:18	Planeகளை வரையவும். Per-Model clipping toolஐ பயன்படுத்தி, structureஐ clip செய்யவும்.
11:24	இந்த வீடியோ, ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது. உங்கள் இணைய இணைப்பு வேகமாக இல்லையெனில், அதை தரவிறக்கிக் காணவும்.
11:32	நாங்கள், ஸ்போகன் டுடோரியல்களை பயன்படுத்தி, செய்முறை வகுப்புகள் நடத்தி, சான்றிதழ்கள் தருகிறோம். எங்களுக்கு மின்னஞ்சல் செய்யவும்.
11:39	ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்திற்கு ஆதரவு, இந்திய அரசாங்கத்தின், NMEICT, MHRD மூலம் கிடைக்கிறது.
11:45	இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ.

Contributors and Content Editors

Jayashree, Venuspriya