https://script.spoken-tutorial.org/index.php?title=UCSF-Chimera/C4/Axes-and-Planes/Bengali&feed=atom&action=history
UCSF-Chimera/C4/Axes-and-Planes/Bengali - Revision history
2024-03-28T09:59:44Z
Revision history for this page on the wiki
MediaWiki 1.23.17
https://script.spoken-tutorial.org/index.php?title=UCSF-Chimera/C4/Axes-and-Planes/Bengali&diff=45008&oldid=prev
Kaushik Datta at 09:32, 31 October 2018
2018-10-31T09:32:31Z
<p></p>
<a href="https://script.spoken-tutorial.org/index.php?title=UCSF-Chimera/C4/Axes-and-Planes/Bengali&diff=45008&oldid=42398">Show changes</a>
Kaushik Datta
https://script.spoken-tutorial.org/index.php?title=UCSF-Chimera/C4/Axes-and-Planes/Bengali&diff=42398&oldid=prev
Satarupadutta: Created page with " {| border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- | | 00:01 | | Chimera দ্বারা Axes and Planes এর টিউটোরিয়ালে..."
2018-02-16T06:38:06Z
<p>Created page with " {| border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- | | 00:01 | | Chimera দ্বারা Axes and Planes এর টিউটোরিয়ালে..."</p>
<p><b>New page</b></p><div><br />
{| border=1<br />
! <center>Time</center><br />
! <center>Narration</center><br />
<br />
|-<br />
| | 00:01<br />
| | Chimera দ্বারা Axes and Planes এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।<br />
<br />
|-<br />
| |00:06<br />
| | এখানে আমরা Chimera উইন্ডোতে কাঠামো খোলা শিখব।<br />
<br />
|-<br />
| |00:12<br />
| | কাঠামো সরানো, ঘোরানো এবং জুম করা। স্কেল এবং ক্লিপ করা এবং ডিসপ্লে বদলানো।<br />
<br />
|-<br />
| |00:20<br />
| | টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে স্নাতক স্তরের Biochemistry বা Structural Biology এর সাথে পরিচিত হতে হবে। <br />
<br />
|-<br />
| | 00:29<br />
| | টিউটোরিয়ালটি রেকর্ড করতে ব্যবহার করছি উবুন্টু লিনাক্স OS সংস্করণ 14.04 এবং Chimera সংস্করণ 1.10.2, <br />
<br />
মোজিলা ফায়ারফক্স ব্রাউজার 35.0 এবং কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ।<br />
<br />
|-<br />
| | 00:47<br />
| |UCSF Chimera আণবিক কাঠামোর বিশ্লেষণ এবং ইন্টারেক্টিভ ভিজুয়ালাইজেশনের জন্য একটি সফটওয়্যার।<br />
<br />
|-<br />
| | 00:55<br />
| |Chimera সান ফ্রান্সিস্কোতে ক্যালিফোর্নিয়া ইউনিভার্সিটির Resource for Biocomputing, Visualization and Informatics দ্বারা বিকশিত।<br />
<br />
|-<br />
| |01:05<br />
| | অধিক তথ্য প্রদত্ত লিঙ্কে উপলব্ধ।<br />
<br />
|-<br />
| | 01:09<br />
| | Chimera উইন্ডো শুরু করতে, ডেস্কটপে Chimera আইকনে ডাবল ক্লিক করুন। <br />
<br />
|-<br />
| | 01:16<br />
| | একটি Rapid access ইন্টারফেস খোলে।<br />
<br />
|-<br />
| |01:20<br />
| | Rapid access উইন্ডো আপনার ঘন ঘন ব্যবহৃত ডেটা এবং টুল অ্যাক্সেস করতে দেয়।<br />
<br />
|-<br />
| | 01:27<br />
| | উইন্ডোর নীচে ডান কোণে lightning bolt আইকনে ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 01:32<br />
| |এটি গ্রাফিক্স উইন্ডো দেখাবে। 3D structures এবং অন্যান্য তথ্য এই উইন্ডোতে দেখায়।<br />
<br />
|-<br />
| | 01:40<br />
| | lightning bolt আইকনে ক্লিক করে দুটি উইন্ডোর মাঝে টগল করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 01:45<br />
| |এখন graphics উইন্ডোতে ফিরে যাই।<br />
<br />
|-<br />
| | 01:48<br />
| | Chimera তে অনেক কাজ দুটি উপায়ে সম্পন্ন করা হয়।<br />
<br />
|-<br />
| | 01:53<br />
| |প্রথমে menu bar দ্বারা যা Chimera উইন্ডোর উপরের অংশে স্থিত।<br />
<br />
|-<br />
| | 01:59<br />
| |দ্বিতীয়ত command line এ কমান্ড লিখে।<br />
<br />
|-<br />
| | 02:03<br />
| | command line দেখাতে Favorites মেনুতে ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 02:06<br />
| |নীচে স্ক্রোল করুন এবং command line বিকল্পে ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 02:10<br />
| |একটি command ডায়লগ বাক্স উইন্ডোর নীচের অংশে দেখায়।<br />
<br />
|-<br />
| | 02:15<br />
| | একটি নির্দিষ্ট কাজের জন্য command টেক্সট বাক্সে লেখা হবে।<br />
<br />
|-<br />
| | 02:21<br />
| |আমরা এই বৈশিষ্ট্য সম্পর্কে পরবর্তী টিউটোরিয়ালে আরও শিখব।<br />
<br />
|-<br />
| |02:25<br />
| | উইন্ডোর আকার বদলাতে, উইন্ডোর যে কোনো একটি কোণা টানুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 02:30<br />
| | এখন দেখি যে protein কাঠামো কিভাবে খোলে।<br />
<br />
|-<br />
| | 02:34<br />
| |এটি 3 টি উপায়ে করতে পারেন। ইন্টারনেটের সাথে যুক্ত থাকলে File মেনুতে ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 02:40<br />
| | নীচে স্ক্রোল করুন এবং Fetch by ID বিকল্পে ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 02:45<br />
| |স্ক্রীনে একটি ডায়ালগ বাক্স খোলে।<br />
<br />
|-<br />
| | 02:48<br />
| |কাঠামোটি আনয়ন করতে আপনি বিভিন্ন ডেটাবেসে জুড়তে পারেন।<br />
<br />
|-<br />
| | 02:53<br />
| | প্রদর্শন করতে, আমি একটি protein কাঠামো দেখাতে চাই।<br />
<br />
|-<br />
| | 02:58<br />
| | আমি বিকল্প থেকে PDB চয়ন করব. আপনি যে protein অণু দেখাতে চান তার 4 অক্ষরের PDB code লিখুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 03:08<br />
| | আমি 1zik (one z i k) লিখব।<br />
<br />
|-<br />
| | 03:12<br />
| |এটি Leucine zipper প্রোটিনের জন্য pdb কোড। Fetch বোতামে ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| |03:19<br />
| | ডিফল্টভাবে, protein এর একটি রিবন প্রদর্শন ডিসপ্লে উইন্ডোতে দেখাবে।<br />
<br />
|-<br />
| | 03:25<br />
| | আমরা কাঠামো আনতে একটি command ও লিখতে পারি।<br />
<br />
|-<br />
| | 03:29<br />
| |command line টেক্সট বাক্সে open 1zik লিখুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 03:35<br />
| |ডিসপ্লে উইন্ডোতে কাঠামো খুলতে এন্টার টিপুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 03:40<br />
| | ইন্টারনেটের সাথে যুক্ত না থাকায় আপনি ইতিমধ্যে ডাউনলোড করা pdb ফাইল খুলতে পারেন।<br />
<br />
|-<br />
| | 03:46<br />
| |স্ক্রীনে স্থিত কাঠামো মুছে ফেলতে Favorites মেনু নীচে স্ক্রোল করুন এবং Model Panel বিকল্পে ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 03:55<br />
| |Model Panel ডায়লগ বাক্স খোলে।<br />
<br />
|-<br />
| | 03:58<br />
| |model id তে ক্লিক করুন, তারপর Close বিকল্পে ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 04:04<br />
| |model panel উইন্ডোটি বন্ধ করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 04:07<br />
| | এখন আমি একটি PDB ফাইল ডাউনলোড করা দেখাবো।<br />
<br />
|-<br />
| | 04:12<br />
| | PDB ফাইল ডাউনলোড করতে একটি ইন্টারনেট সংযোগ প্রয়োজন।<br />
<br />
|-<br />
| | 04:17<br />
| |File মেনুতে নীচে স্ক্রোল করুন এবং Fetch by ID বিকল্পে ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 04:23<br />
| |একটি ডায়ালগ বাক্স খোলে।<br />
<br />
|-<br />
| | 04:26<br />
| |ডায়লগ বাক্সের নীচে স্ক্রোল করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 04:30<br />
| |web page বোতামে ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 04:33<br />
| | PDB database ওয়েব পেজ ব্রাউজারে খোলে।<br />
<br />
|-<br />
| | 04:37<br />
| |আপনি protein এর জন্য pdb কোড জানলে এটি প্রদত্ত টেক্সট বাক্সে লিখুন বা protein এর নাম লিখুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 04:46<br />
| |আমি leucine zipper এর জন্য pdb কোড জানি, তাই আমি টেক্সট বাক্সে 1zik লিখব।<br />
<br />
|-<br />
| | 04:54<br />
| |Go বোতামে ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 04:57<br />
| | পৃষ্ঠাটি স্ক্রোল করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 04:59<br />
| |পৃষ্ঠার ডানদিকে স্থিত Download files বোতামে ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 05:06<br />
| |ড্রপ-ডাউন মেনু থেকে PDB-file-text বিকল্পে ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 05:12<br />
| | একটি ডায়লগ বাক্স দেখায়।<br />
<br />
|-<br />
| | 05:14<br />
| |Save File বিকল্পে ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 05:17<br />
| |Ok বোতামে ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 05:20<br />
| |ডাউনলোড করা pdb ফাইল এখন Downloads ফোল্ডারে সংরক্ষিত হবে।<br />
<br />
|-<br />
| | 05:25<br />
| | Chimera উইন্ডোতে ফিরে যান।<br />
<br />
|-<br />
| | 05:27<br />
| |ডায়ালগ বাক্সটি বন্ধ করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 05:30<br />
| |ইতিমধ্যে ডাউনলোড করা pdb ফাইল খুলতে File এ Open বিকল্পে ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 05:37<br />
| |Downloads ফোল্ডারে যান। 1zik.pdb ফাইল চয়ন করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 05:44<br />
| |Open বোতামে ক্লিক করুন।<br />
|-<br />
| | 05:47<br />
| | প্যানেলে leucine zipper এর একটি মডেল দেখায়।<br />
<br />
|-<br />
| | 05:51<br />
| |ডিফল্টরূপে, দুটি peptide chains ধূসর ফিতা হিসাবে প্রদর্শিত হয়।<br />
<br />
|-<br />
| | 05:57<br />
| | প্যানেলে কাঠামো আনতে মাউস বোতাম ব্যবহার করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 06:01<br />
| |ঘূর্ণনের জন্য বাম মাউস বোতাম<br />
<br />
|-<br />
| | 06:04<br />
| |মাঝারি মাউস বোতাম xy translation নিয়ন্ত্রণ করে।<br />
<br />
|-<br />
| | 06:08<br />
| |ডান মাউস বোতাম বা মাউস হুইল জুম ইন বা জুম আউট করতে।<br />
<br />
|-<br />
| | 06:13<br />
| | কাঠামোর ইন্টারেক্টিভ স্কেলিং এবং ক্লিপিং এর জন্য: Favorites menu থেকে Side View বিকল্প ব্যবহার করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 06:20<br />
| | একটি viewing window খোলে। <br />
<br />
|-<br />
| | 06:22<br />
| |কাঠামোর একটি ছোট সংস্করণ উইন্ডোতে খোলে।<br />
<br />
|-<br />
| | 06:27<br />
| |বাম দিকের হলুদ বর্গ দর্শকের চোখের স্থিতি বোঝায়।<br />
<br />
|-<br />
| | 06:32<br />
| |বাম মাউস বোতাম দ্বারা ছোট বর্গ সরানোর চেষ্টা করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 06:36<br />
| |এটি অনুভূমিকভাবে টেনে এনে scale factor সমন্বয় করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 06:41<br />
| | চোখের স্থিতিতে ডাবল ক্লিক করলে ক্যামেরা মোড বদলানোর মেনু দেখায়।<br />
<br />
|-<br />
| | 06:46<br />
| |clipping planes অর্থাৎ দুটি উল্লম্ব লাইন বাম মাউস বোতাম ব্যবহার করে চালান।<br />
<br />
|-<br />
| | 06:53<br />
| | উইন্ডোতে আরো ভিউইং কন্ট্রোল রয়েছে যা আপনি যাচাই করতে পারেন।<br />
<br />
|-<br />
| | 06:58<br />
| |viewing window বন্ধ করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 07:01<br />
| | এখন এই কাঠামো বদলানো শিখব।<br />
<br />
|-<br />
| | 07:04<br />
| | প্রথম ধাপ হল আপনার সংশোধন করার কাঠামো চয়ন করা।<br />
<br />
|-<br />
| | 07:09<br />
| |এখন, আমি সম্পূর্ণ protein কাঠামো atoms হিসাবে দেখাতে চাই।<br />
<br />
|-<br />
| | 07:15<br />
| | মেনু বারে Select মেনুতে ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 07:19<br />
| |মেনু বারের Select মেনু আমাদের কাঠামোর ভিন্ন অংশ চয়নের অনুমতি দেয়।<br />
<br />
|-<br />
| | 07:25<br />
| |যেমন chain, element, residue, ligand ইত্যাদি।<br />
|-<br />
| | 07:31<br />
| | Select মেনু থেকে কিছু চয়ন করা না হলে এর মানে আমাদের সম্পূর্ণ কাঠামো সংশোধন করতে হবে।<br />
<br />
|-<br />
| | 07:39<br />
| |এখন Actions মেনুতে যান এবং বিকল্প থেকে atoms/bonds চয়ন করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 07:46<br />
| |সাব-মেনু থেকে show তে ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 07:49<br />
| | আমরা স্ক্রীনে পরমাণু এবং কাঠামোর অংশ ফিতা হিসাবে দেখি।<br />
<br />
|-<br />
| | 07:55<br />
| |এখন ফিতা সরাতে Action মেনু থেকে ফিতা চয়ন করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 08:00<br />
| |তারপর hide বিকল্পে ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 08:03<br />
| |এখন সম্পূর্ণ কাঠামো স্টিক ডিসপ্লে হিসাবে দেখায়।<br />
<br />
|-<br />
| | 08:08<br />
| | এখন কাঠামোর আরেকটু সংশোধন করি।<br />
<br />
|-<br />
| | 08:13<br />
| |নিম্ন ধাপ এটিকে ball and stick ডিসপ্লেতে বদলায়।<br />
<br />
|-<br />
| | 08:18<br />
| | Actions মেনুতে ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 08:21<br />
| |atoms/bonds এ স্ক্রোল করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 08:24<br />
| |সাব-মেনু থেকে ball and stick চয়ন করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 08:28<br />
| |লক্ষ্য করুন কাঠামো হাইড্রোজেন পরমাণু ছাড়া রয়েছে।<br />
<br />
|-<br />
| | 08:33<br />
| |হাইড্রোজেন পরমাণু জুড়তে, Tools মেনুতে স্ক্রোল করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 08:37<br />
| |Structure Editing এ ক্লিক করুন। <br />
<br />
|-<br />
| | 08:40<br />
| |সাব-মেনু থেকে Add hydrogens বিকল্প চয়ন করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 08:45<br />
| | ডায়লগ বাক্সে, প্রদর্শন হিসাবে চয়ন করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 08:49<br />
| |OK বোতামে ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 08:52<br />
| |এখন কাঠামো hydrogen পরমাণু সহ দেখাচ্ছে।<br />
<br />
|-<br />
| | 08:57<br />
| | সাধারণত protein এর কাঠমো জল অণুর সাথে যুক্ত হয়।<br />
<br />
|-<br />
| | 09:02<br />
| |জলের অণু লুকোতে Select মেনুতে যান, Residue তে স্ক্রোল করুন, HOH বিকল্পে ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| |09:13<br />
| | স্ক্রীনটি দেখুন; সকল জলের অণু এখন লক্ষণীয়।<br />
<br />
|-<br />
| | 09:18<br />
| |actions মেনুতে যান, Atoms\bonds তে স্ক্রোল করুন এবং hide বিকল্পে ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 09:26<br />
| |এটি কাঠামো থেকে জলের অণু লুকিয়ে রাখে।<br />
<br />
|-<br />
| | 09:30<br />
| | মেনু বারের Presets বিকল্পতে ডিসপ্লে বদলাতে আরো কিছু বিকল্প রয়েছে।<br />
<br />
|-<br />
| | 09:36<br />
| |আপনি Interactive 1 বিকল্পে ক্লিক করলে: কাঠামো ফিতা এবং বিভিন্ন peptide chains ভিন্ন রঙে দেখায়।<br />
<br />
|-<br />
| | 09:45<br />
| |Interactive 2 কাঠামো atoms ডিসপ্লেতে বদলাবে।<br />
<br />
|-<br />
| | 09:50<br />
| | Interactive 1 ডিসপ্লেতে ফিরে যান।<br />
<br />
|-<br />
| | 09:53<br />
| | আমরা নির্বাচনযোগ্যভাবে peptide chains এর রঙও বদলাতে পারি।<br />
<br />
|-<br />
| | 09:57<br />
| |Select নীচে স্ক্রোল করুন এবং সাব-মেনু থেকে chain A চয়ন করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 10:02<br />
| |chain A এখন লক্ষণীয় হয়।<br />
<br />
|-<br />
| | 10:05<br />
| |Actions মেনুতে যান তারপর কলরে স্ক্রোল করুন, হলুদ চয়ন করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 10:11<br />
| |Chain A এখন হলুদ রঙে দেখায়।<br />
<br />
|-<br />
| | 10:15<br />
| | চয়ন মুছে ফেলতে কীবোর্ডে CTRL কী ধরে থাকুন এবং Chimera উইন্ডোতে ফাঁকা স্থানে ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 10:23<br />
| | আমরা টিউটোরিয়ালের শেষে এসেছি।<br />
<br />
|-<br />
| | 10:26<br />
| |Chimera উইন্ডো থেকে প্রস্থান করতে File মেনুতে যান এবং Quit বিকল্পে ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 10:32<br />
| | সংক্ষিপ্তকরণ করি, এখানে Chimera উইন্ডোতে কাঠামো খোলা এবং প্রোটিন কাঠামোর জন্য পিডিবি ফাইল ডাউনলোড করা শিখেছি।<br />
<br />
|-<br />
| | 10:43<br />
| | কাঠামোটি সরানো, ঘোরানো এবং জুম করা। স্কেল এবং ক্লিপ করা।<br />
<br />
|-<br />
| |10:49<br />
| | মেনু বারে মেনু ব্যবহার করে ডিসপ্লে বদলানো।<br />
<br />
|-<br />
| | 10:53<br />
| |জলের অণু সরানো এবং hydrogens যোগ করা। <br />
<br />
|-<br />
| |10:57<br />
| | অনুশীলনীর জন্য PDB ডেটাবেস থেকে Leucine zipper এর pdb ফাইল ডাউনলোড করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 11:04<br />
| |File মেনুতে Open বিকল্প দ্বারা Chimera উইন্ডোতে pdb ফাইল খুলুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 11:10<br />
| |পরমাণুর ডিসপ্লে wire এ এবং সকল aromatic rings কে disks এ বদলান।<br />
<br />
|-<br />
| | 11:16<br />
| |আপনার সম্পন্ন কাজ নিম্নরূপ দেখাবে।<br />
<br />
|-<br />
| | 11:21<br />
| |নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়।<br />
<br />
|-<br />
| | 11:26<br />
| |এটি ডাউনলোড করে দেখুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 11:28<br />
| | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়।<br />
<br />
|-<br />
| | 11:34<br />
| |অধিক জানতে আমাদের লিখুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 11:38<br />
| | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা পরিচালিত।<br />
<br />
|-<br />
| | 11:44<br />
| | এই মিশনের সম্পর্কে আরো তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য।<br />
<br />
|-<br />
| |11:48<br />
| | আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ। <br />
<br />
|}</div>
Satarupadutta