UCSF-Chimera/C3/Superimposing-and-Morphing/Bengali

From Script | Spoken-Tutorial
Revision as of 11:33, 18 September 2018 by Kaushik Datta (Talk | contribs)

(diff) ← Older revision | Latest revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search
Time Narration
00:01 Superimposing এবং Morphing এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।
00:06 এখানে আমরা শিখব: একই প্রোটিনের ভিন্ন ভিন্ন কাঠামো তুলনা এবং সুপারইম্পোজ করা।
00:13 conformations মর্ফ করা এবং ট্রাজেক্টরী বানানো।
00:17 টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে Chimera ইন্টারফেস সম্পর্কে জানতে হবে।
00:22 না হলে, প্রাসঙ্গিক টিউটোরিয়ালের জন্য, আমাদের ওয়েবসাইটে যান।
00:27 এখানে ব্যবহার করছি: Ubuntu OS সংস্করণ 14.04, Chimera সংস্করণ 1.10.2, Mozilla Firefox ব্রাউজার 42.0 এবং একটি কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ।
00:43 এখানে, আমি একটি Chimera উইন্ডো খুলেছি।
00:46 graphic access ইন্টারফেস থেকে, 3w7f ফাইলে ক্লিক করুন।
00:53 স্ক্রিনে Squalin Synthase স্ট্রাকচার খোলে।
00:57 এখন, superimposing এর জন্য এই স্ট্রাকচার বানাই।
01:01 এটি একই প্রোটিনের দুটি কপি রাখে।
01:05 কমান্ড লাইন দ্বারা তাদের একটি চেন মুছে দিন।
01:09 আমি কমান্ড হিস্ট্রিতে ক্লিক করে কমান্ডটি আবার কল করব।
01:14 কমান্ড হিস্ট্রি ডায়লগ বাক্স থেকে delete:.a কমান্ড চয়ন করুন।
01:20 এন্টার টিপুন।
01:22 এরপর স্ট্রাকচার থেকে solvent অণু সরাতে, আমি কমান্ড লিখব del solvent, এন্টার টিপুন।
01:32 এই স্ট্রাকচার সাবস্ট্রেট এনালগ Farnesyl thiopyrophosphate, সংক্ষেপে FPS এ আবদ্ধ।
01:40 আমরা দুটি অনুরূপ প্রোটিনকে তাদের সেকেন্ডারি স্ট্রাকচারের সাথে তুলনা করতে সুপারইম্পোজ করব।
01:46 এর জন্য, আমরা সাবস্ট্রট ছাড়া একই এনজাইমের স্ট্রাকচার খুঁজবো।
01:52 কমান্ড লাইনে লিখুন open 2zco, এন্টার টিপুন।
02:02 নতুন স্ট্রাকচার নীল রঙে রয়েছে।
02:05 এখন, এই দুটি স্ট্রাকচার সুপারইম্পোজ হতে প্রস্তুত।
02:10 Superimposition বা Structural alignment দুই বা অধিক প্রোটিন স্ট্রাকচার তুলনা করার একটি টুল।
02:18 অ্যালাইনমেন্ট তাদের আকৃতি এবং ত্রিমাত্রিক conformation ভিত্তিক।
02:24 superimposing শুরু করার আগে, আমরা টুলবারে কিছু আইকন রাখি।
02:30 Favorites মেনুতে ক্লিক করুন।
02:32 Add to favorites/Tool bar বিকল্পে স্ক্রোল করুন।
02:37 Preferences ডায়লগ বাক্স খোলে।
02:40 Category ড্রপ ডাউন থেকে, Tools চয়ন করুন।
02:44 Settings শিরোনামে, On Tool bar কলামে বাক্স চেক করুন।
02:53 নিম্নের জন্য বাক্স চেক করুন Command line , Model Panel, Side View
02:59 নীচে স্ক্রোল করুন এবং MatchMaker এবং Match-Align এ ক্লিক করুন।
03:05 আপনি আপনার নিজস্ব টুলবার কাস্টমাইজ করতে পারেন।
03:08 আপনার প্রয়োজন অনুসারে টুল চয়ন করুন।
03:12 প্যানেলটি দেখুন।
03:14 প্যানেলের উপরে Tool bar আইকন জুড়ে গেছে।
03:19 Tool bar এর স্থিতি বদলাতে, Toolbar placement বোতামে ক্লিক করুন।
03:25 ড্রপ ডাউন মেনু থেকে বিকল্প চয়ন করুন।
03:29 টুল বারে সকল আইকন জুড়ে নিলে, Save বোতামে ক্লিক করুন।
03:35 ডায়ালগ বক্স বন্ধ করতে Close এ ক্লিক করুন।
03:39 কাঠামো এখন বিভিন্ন স্থিতিতে রয়েছে।
03:43 এখন, MatchMaker ফাংশন ব্যবহার করে স্ট্রাকচার সুপারইম্পোজ করি।
03:48 Tool bar এ MatchMaker টুলে ক্লিক করুন।
03:53 MatchMaker ডায়ালগ বাক্স খোলে।
03:56 Reference structure হিসাবে 3w7f এ ক্লিক করুন।
04:01 এখন, ডিফল্ট সেটিংস রেখেই এগোই । OK বোতামে টিপুন।
04:07 প্যানেলটি দেখুন।
04:09 দুটি কাঠামো একে অপরের উপর সুপারইম্পোজ হয়।
04:13 দুটি কাঠামো একে অপরের উপর প্রায় পুরোপুরি সুপারইম্পোজ।
04:19 একটি ছোট অংশ বাদ দিয়ে যা অপ্রাসঙ্গিক।
04:23 এই নন-সুপারইম্পোজেবল অংশে জড়িত ফ্রাগমেন্ট অ্যামিনো অ্যাসিড সংখ্যা 53 থেকে শুরু হয়ে অ্যামিনো অ্যাসিড সংখ্যা 57 পর্যন্ত হয়।
04:34 MatchMaker, রেসিডিউয়ের ধরন এবং সেকেন্ডারি স্ট্রাকচার দ্বারা সিকোয়েন্স এলাইনমেন্ট করে।
04:40 তারপর সিকোয়েন্স এলাইনড রেসিডিউ 3D তে ফিট করে।
04:44 এখন Match-Align টুল যাচাই করি।
04:48 টুলবার থেকে Match-Align টুলে ক্লিক করুন। একটি ডায়লগ বাক্স খোলে।
04:55 চেন চয়ন করতে, তাদের pdb Ids এ ক্লিক করুন।
04:59 OK বোতামে ক্লিক করুন।
05:03 sequence alignment ডায়লগ বাক্স খোলে।
05:05 এই বাক্সে, অন্তিম ফিটে ব্যবহৃত অ্যামিনো অ্যাসিড জোড়া হালকা কমলা বাক্স সমেত দেখায়।
05:13 রেসিডিউ 52-54 এ লুপ বাদে স্ট্রাকচার প্রায়ই একই রকম।
05:21 কার্সার সংশ্লিষ্ট এক অক্ষর কোডের উপর রাখুন।
05:25 52 থেকে 54 পর্যন্ত রেসিডিউ, সিকোয়েয়েন্সের অন্তরালের কারণে স্থানান্তরিত হয়।
05:33 কার্সার ব্যবহার করে এই অংশটি চয়ন করুন।
05:38 প্যানেল পর্যবেক্ষণ করুন।
05:41 সিকোয়েন্সের সেই চয়নিত অংশ লক্ষণীয় হয়।
05:45 এটি কাঠামোর নন-সুপারইম্পোজেবল অংশের সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ।
05:50 আপনি Actions মেনু দ্বারা এই নন-সুপারইম্পোজেবল অংশের রঙ বদলাতে পারেন।
05:55 Actions মেনুতে ক্লিক করুন।
05:57 Color এ স্ক্রোল করুন, orange-red বিকল্পে ক্লিক করুন।
06:02 এখন এই অংশটি লক্ষণীয় হয়েছে।
06:05 চয়ন মুছে দিন এবং ডায়লগ বাক্স বন্ধ করুন।
06:10 এখন, দেখি যে conformations কিভাবে মর্ফ করে এবং ট্রাজেক্টরী বানায়।
06:15 Morphing, মূল ইনপুট স্ট্রাকচারের মাঝে মধ্যবর্তী স্ট্রাকচারের শৃঙ্খলা গনণা করতে জড়িত।
06:23 নির্মিত অন্তর্বর্তী স্ট্রাকচারের শৃঙ্খলা Molecular Dynamics Movie শর্টে MD Movie এর মত সংরক্ষণ করা যেতে পারে।
06:32 প্যানেলে ফিরে যান।
06:34 Tools মেনু থেকে morphing টুল শুরু করুন।
06:37 Tools মেনুতে ক্লিক করুন, Structure Comparison এ স্ক্রোল করুন।
06:42 Morph conformations বিকল্পে ক্লিক করুন।
06:46 Morph conformations ডায়লগ বাক্স খোলে।
06:50 Add এ ক্লিক করুন।
06:52 Models ডায়লগ বাক্সের ফলিত তালিকাতে confirmations এ জুড়তে মডেল সংখ্যা জিরো অর্থাৎ, 3w7f এ ডাবল ক্লিক করুন।
07:03 পরের মডেল সংখ্যা 1 অর্থাৎ 2zco তে ক্লিক করুন।
07:10 তারপর 3w7f অর্থাৎ মডেল সংখ্যা জিরোতে আবার ক্লিক করুন।
07:16 এই সিকোয়েন্স লিগ্যান্ড এর মর্ফ ট্রাজেক্টরী সম্পর্কিত, যা স্ট্রাকচার থেকে খালি স্ট্রাকচার পর্যন্ত এবং আবার ফিরতে আবদ্ধ।
07:26 model list ডায়ালগ বন্ধ করুন।
07:29 Morph conformations ডায়লগ বাক্সে Create এ ক্লিক করুন।
07:34 কয়েক সেকেন্ড পর, একটি MD Movie তৈরী হয়।
07:39 স্ক্রিনে ডায়লগ বাক্স দেখায়।
07:42 ডায়লগ বাক্সে মুভি চালাতে প্লে বা পজ বোতাম রয়েছে।
07:46 প্লে করতে অ্যারো বোতামে ক্লিক করুন।
07:50 প্যানেলটি দেখুন।
07:52 কনফার্মেশনের মর্ফিং একটি মুভি হিসাবে প্লে করা হচ্ছে।
07:57 মুভি থামান এবং MD movie ডায়ালগ বাক্স বন্ধ করুন।
08:02 সংক্ষিপ্তকরণ করি যে এখানে কি শিখেছি।
08:05 এখানে আমরা শিখেছি: একই প্রোটিনের ভিন্ন ভিন্ন কাঠামো তুলনা এবং সুপারইম্পোজ করা।
08:12 conformations মর্ফ করা এবং ট্রাজেক্টরী বানানো।
08:16 ট্রাজেক্টরী Molecular Dynamics Movie হিসাবে সংরক্ষণ করা।
08:20 অনুশীলনী হিসাবে, PDB কোড 1TAG এবং 1TND সহ GTP বাইন্ডিং প্রোটিনের স্ট্রাকচার খুলুন।
08:31 MatchMaker টুল দ্বারা স্ট্রাকচার সুপারইম্পোজ করুন।
08:34 Sequence Alignment টুল দ্বারা, অসমান ক্ষেত্র সনাক্ত করুন।
08:41 নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়। এটি ডাউনলোড করে দেখুন।
08:48 স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়। অধিক জানতে আমাদের লিখুন।
08:57 স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা পরিচালিত। এই মিশনের সম্পর্কে আরো তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য।
09:09 আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ।

Contributors and Content Editors

Kaushik Datta, Satarupadutta