UCSF-Chimera/C3/Build-Structures/Bengali

From Script | Spoken-Tutorial
Revision as of 15:18, 31 October 2018 by Kaushik Datta (Talk | contribs)

(diff) ← Older revision | Latest revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search
Time
Narration
00:01 Build Structures এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।
00:05 এখানে আমরা শিখব: ছোট অণুর কাঠামো, পেপটাইড এবং DNA বানানো।
00:13 কাঠামো সংশোধন, শক্তির হ্রাস এবং মডেল যুক্ত করা।
00:19 টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে, Chimera ইন্টারফেস সম্পর্কে জানতে হবে। না হলে, প্রাসঙ্গিক টিউটোরিয়ালের জন্য, আমাদের ওয়েবসাইট যান।
00:30 টিউটোরিয়ালটি রেকর্ড করতে ব্যবহার করছি: Ubuntu OS সংস্করণ 14.04, Chimera সংস্করণ 1.10.2, মজিলা ফায়ারফক্স ব্রাউজার 42.0 এবং একটি কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ।
00:48 এখানে আমি একটি Chimera উইন্ডো খুলেছি।
00:52 এখন Build Structure টুল দ্বারা রাসায়নিক কাঠামো বানানো শুরু করি।
00:58 Tools মেনুতে ক্লিক করুন, Structure editing বিকল্পে স্ক্রোল করুন।
01:04 সাব-মেনু থেকে Build Structure এ ক্লিক করুন।
01:08 স্ক্রিনে একটি Build Structure ডায়লগ বাক্স খোলে।
01:12 ডায়ালগ বাক্সের উপরে স্থিত Start Structure বোতামে ক্লিক করুন।
01:18 এখানে স্ক্র্যাচ থেকে কাঠামো বানানোর বিকল্প রয়েছে।
01:23 আমরা বিদ্যমান কাঠামোর সংশোধন, বন্ড সমন্বয়, টর্সন সমন্বয়, মডেল জোড়া ইত্যাদিও করতে পারি।
01:33 Start Structure বিকল্প চয়ন করি।
01:37 এখানে, কাঠামো শুরু করার অনেক বিকল্প রয়েছে।
01:41 আমরা পরমাণু, ফ্রাগমেন্ট জোড়া, Pubchem ডেটাবেস থেকে কাঠামো আনতে পারি।
01:48 পেপটাইড, DNA, RNA ইত্যাদি বানান।
01:53 ছোট অণু বানাতে, atom radio বোতামে ক্লিক করুন। Atom parameters বিভাগ খোলে।
02:01 ডিফল্টরূপে, কাঠামো হিলিয়াম পরমাণু সহ শুরু হয়।
02:05 প্যানেলের কেন্দ্রে হিলিয়াম পরমাণু স্থাপন করতে Center of the view রেডিও বোতামে ক্লিক করুন।
02:12 আমাদের X, Y এবং Z স্থানাঙ্ক ইনপুট করার বিকল্প রয়েছে।
02:17 Select placed atom এ ক্লিক করুন।
02:21 named টেক্সট বাক্সে, সেশনের নাম হিসাবে Sample1 লিখুন।
02:26 Color new atoms by element এ ক্লিক করুন।
02:30 Apply বোতামে ক্লিক করুন।
02:33 প্যানেলে একটি হিলিয়াম পরমাণু দেখায়।
02:37 এখন Modify Structure বিকল্প দ্বারা এই পরমাণু অন্য কোন অণুতে বদলাতে পারি।
02:44 মেন ড্রপ ডাউন মেনু থেকে Modify Structure বিকল্প চয়ন করুন।
02:49 হিলিয়াম অণু মিথেন অণুতে বদলানোর চেষ্টা করি।
02:53 হিলিয়াম পরমাণুকে selection মোডে রাখি।
02:57 Build Structure ডায়ালগ বাক্সে,
03:00 Element কে Carbon, Bonds কে 4 এবং Geometry কে tetrahedral এ বদলান।
03:08 যোজ্যতা সমন্বয়ের জন্য হাইড্রোজেন পরমাণু জুড়িত।
03:13 ডিফল্টরূপে, কিছু প্যারামিটার ইতিমধ্যেই চয়নিত, এটি এভাবে ছেড়ে দিন।
03:20 Apply বোতামে ক্লিক করুন।
03:23 প্যানেল লক্ষ্য করুন। হিলিয়াম এখন মিথেন দ্বারা প্রতিস্থাপিত হয়।
03:29 Select মেনু ব্যবহার করে চয়ন মুছে ফেলুন।
03:33 এই অণু মিথাইল অ্যামিনে আরো সংশোধন করতে, যে কোনো হাইড্রোজেন পরমাণু চয়ন করুন।
03:39 CTRL কী ধরে রেখে মিথেন কাঠামোতে যে কোনো হাইড্রোজেন পরমাণুতে ক্লিক করুন।
03:46 হাইড্রোজেন পরমাণু এখন চয়নিত।
03:49 Modify Structure ডায়ালগ বাক্সে, Element কে nitrogen, Bonds কে 3, Geometry কে trigonal এ বদলান।
03:59 Apply বোতামে ক্লিক করুন।
04:02 প্যানেল লক্ষ্য করুন। অ্যামিনো গ্রুপ এখন মিথেন অণুতে জুড়িত।
04:07 Select মেনু দ্বারা চয়ন মুছে ফেলুন।
04:10 আপনি কাঠামো থেকে কোনো পরমাণু বা বন্ড মুছতে চাইলে- পরমাণু বা বন্ড চয়ন করুন, Build Structure ডায়ালগ বাক্সে delete বোতামে ক্লিক করুন।
04:22 মূল কাঠামোতে ফিরতে, Tools মেনু দ্বারা হাইড্রোজেন যুক্ত করুন।
04:28 কেন্দ্র মাউস বোতাম দ্বারা, মডেলটি ড্রেগ করে প্যানেলের কোণায় রাখুন।
04:35 Build Structure ডায়ালগ বাক্সে, ড্রপ ডাউন মেনুতে ক্লিক করুন এবং Start Structure বিকল্প চয়ন করুন।
04:43 এখন fragment রেডিও বোতামে ক্লিক করুন।
04:47 বিভিন্ন সাইক্লিক যৌগের একটি ফ্র্যাগমেন্ট লাইব্রেরী এখানে তালিকাভুক্ত।
04:52 5-membere rings এ ক্লিক করুন।
04:55 তালিকা থেকে ফ্র্যাগমেন্ট চয়ন করুন।
04:58 আমি imidazole চয়ন করব।
05:01 Apply বোতামে ক্লিক করুন।
05:04 Imidazole অণু পর্দায় দেখায়।
05:09 imidazole অণু methyl amine মডেলের কাছাকাছি সরান।
05:13 Active model status বারে, মডেল সংখ্যা শূন্যের জন্য বাক্সটি আনচেক করুন।
05:19 এটি অ্যামাইন মডেলকে স্ক্রীনে নিষ্ক্রিয় করবে।
05:23 কেন্দ্রের মাউস বোতাম দ্বারা imidazole কে অ্যামাইন মডেলের কাছাকাছি সরান।
05:29 আমরা Build structure ডায়ালগ বাক্সে Join Models বিকল্প দ্বারা প্যানেলে দুটি মডেল জুড়তে পারি।
05:37 প্রতিটি মডেল থেকে একটি হাইড্রোজেন পরমাণু চয়ন করুন যেখানে বন্ড বানাতে চান।
05:44 একই সময়ে CTRL এবং Shift কী ধরে রাখুন, হাইড্রোজেনে ক্লিক করুন।
05:52 এখন হাইড্রোজেন চয়নিত।
05:55 other bond বিকল্পে ক্লিক করুন।
05:58 বন্ড সম্পর্কিত তথ্য ডায়ালগ বাক্সে দেখায়।
06:03 Apply বোতামে ক্লিক করুন।
06:05 প্যানেল লক্ষ্য করুন, দুটি মডেল জুড়ে গেছে।
06:10 File মেনু দ্বারা সেশন বন্ধ করুন।
06:15 graphics উইন্ডোতে ফিরে যেতে উইন্ডোর নীচে lighting bolt আইকনে ক্লিক করুন।
06:22 এরপর, একটি পেপটাইড চেন বানাই।
06:25 Build Structure ডায়ালগ বাক্সে Start Structure চয়ন করুন।
06:30 peptide radio বোতামে ক্লিক করুন।
06:33 Peptide Sequence টেক্সট বক্সে, অ্যামিনো অ্যাসিডের জন্য একক অক্ষরের কোড লিখুন।
06:39 এখন কিছু এলোমেলো অ্যামিনো অ্যাসিড ক্রম লিখি।
06:43 লিখুন: ACDEFGH। রেসিডিউ N থেকে C টার্মিনাসে জুড়ে গেছে।
06:52 স্যাম্পলের নাম হিসাবে Sample2 লিখুন।
06:56 Apply বোতামে ক্লিক করুন।
06:59 Peptide Sequence ডায়লগ বাক্স খুলুন।
07:03 এই ডায়লগ বাক্স phi এবং psi কোণ নির্দিষ্ট করতে।
07:08 ডিফল্টরূপে, -57 এবং -47 এর phi এবং psi কোণ দেখায়।
07:15 এই ভ্যালু পেপটাইড ফ্র্যাগমেন্টের জন্য আলফা-হেলিক্স কাঠামো ভিত্তিক।
07:21 আপনি ভ্যালু সেট করতে চাইলে এটি নিজে নিজে করতে পারেন।
07:26 এখনকার জন্য, আমরা phi\psi ভ্যালু অপরিবর্তিত রেখেছি।
07:30 OK বোতামে ক্লিক করুন।
07:33 প্যানেল লক্ষ্য করুন। আমাদের পেপটাইড চেন হিসাবে helix রয়েছে।
07:39 কাঠামোর শক্তি হ্রাস করতে, command টেক্সট বাক্সে লিখুন minimize. এন্টার টিপুন।
07:48 মডেলের নাম সহ একটি Dock Prep ডায়লগ বাক্স দেখায়।
07:53 ডিফল্টরূপে, কিছু প্যারামিটার চয়নিত।
07:57 এখন, আমরা কোনো পরিবর্তন করব না। OK বোতামে ক্লিক করুন।
08:02 এটি কাঠামোতে হাইড্রোজেন জুড়তে আরেকটি ডায়লগ বাক্স খোলে।
08:07 কয়েকটি প্যারামিটার ইতিমধ্যে চয়নিত। OK বোতামে ক্লিক করুন।
08:13 প্যানেল লক্ষ্য করুন। কাঠমোতে হাইড্রোজেন জুড়ে গেছে।
08:18 আরেকটি ডায়ালগ বাক্স খোলে। force field প্যাকেজ চয়ন করুন।
08:24 ডিফল্টরূপে, স্ট্যান্ডার্ড রেসিডিউয়ের জন্য AMBER ff14SB চয়নিত।
08:31 OK বোতামে ক্লিক করুন।
08:34 কাঠামো হ্রাস করতে কিছু সময় লাগবে।
08:38 এখন, প্যানেলে, সবচেয়ে পছন্দসই কনফিগারেশন সহ একটি কাঠামো রয়েছে।
08:45 File মেনু দ্বারা সেশন বন্ধ করুন এবং Graphics উইন্ডো খোলে।
08:51 Build stucture টুল দ্বারা, আমরা একটি ডবল হেলিকাল DNA/RNA বানাতে পারি।
08:57 helical DNA/RNA রেডিও বোতামে ক্লিক করুন।
09:01 Sequence টেক্সট বাক্সে, DNA ফ্যাগমেন্টের জন্য এক অক্ষরের নিউক্লিওটাইড কোড লিখুন।
09:08 বর্ণনের জন্য আমি লিখব ATGCATGC.
09:16 DNA তে ক্লিক করুন, B-form এ ক্লিক করুন।
09:22 নামটি Sample3 হিসাবে এডিট করুন।
09:25 Apply বোতামে ক্লিক করুন।
09:28 DNA এর একটি মডেল প্যানেলে double helix হিসাবে প্রদর্শিত।
09:34 Presets মেনু দ্বারা পরমাণুর প্রদর্শন বদলান।
09:39 সংক্ষিপ্তকরণ করি। এখানে আমরা শিখেছি: ছোট অণুর কাঠামো, পেপটাইড এবং DNA বানানো।
09:49 কাঠামো সংশোধন,
09:51 শক্তির হ্রাস এবং মডেল যুক্ত করা।
09:55 অনুশীলনী হিসাবে biphenyl অণু বানাতে দুটি বেঞ্জিন অণু যোগ করুন।
10:02 পছন্দের অ্যামিনো অ্যাসিড ক্রম সহ একটি পেপটাইড ফ্রাগমেন্ট বানান।
10:08 একটি রেন্ডম নিউক্লিওটাইড ক্রম সহ একটি RNA ফ্রাগমেন্ট বানান।
10:13 নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়। এটি ডাউনলোড করে দেখুন।
10:21 স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং প্রশংসাপত্র দেয়। অধিক জানতে আমাদের লিখুন।
10:28 স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা পরিচালিত।
10:35 আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ।

Contributors and Content Editors

Kaushik Datta, Satarupadutta