https://script.spoken-tutorial.org/index.php?title=UCSF-Chimera/C3/Build-Structures/Bengali&feed=atom&action=history
UCSF-Chimera/C3/Build-Structures/Bengali - Revision history
2024-03-29T00:08:30Z
Revision history for this page on the wiki
MediaWiki 1.23.17
https://script.spoken-tutorial.org/index.php?title=UCSF-Chimera/C3/Build-Structures/Bengali&diff=45009&oldid=prev
Kaushik Datta at 09:48, 31 October 2018
2018-10-31T09:48:05Z
<p></p>
<a href="https://script.spoken-tutorial.org/index.php?title=UCSF-Chimera/C3/Build-Structures/Bengali&diff=45009&oldid=42396">Show changes</a>
Kaushik Datta
https://script.spoken-tutorial.org/index.php?title=UCSF-Chimera/C3/Build-Structures/Bengali&diff=42396&oldid=prev
Satarupadutta: Created page with " {| border=1 || '''Time''' || '''Narration''' |- | | 00:01 | | Build Structures এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত। |- |..."
2018-02-16T06:35:28Z
<p>Created page with " {| border=1 || '''Time''' || '''Narration''' |- | | 00:01 | | Build Structures এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত। |- |..."</p>
<p><b>New page</b></p><div><br />
{| border=1<br />
|| '''Time'''<br />
|| '''Narration'''<br />
<br />
|-<br />
| | 00:01<br />
| | Build Structures এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।<br />
<br />
|-<br />
| | 00:05<br />
| | এখানে আমরা শিখব: কাঠামোতে পরমাণুর মাঝের দূরত্ব পরিমাপ করা। হাইড্রোজেন বন্ড দেখানো, নন-পোলার ইন্টারঅ্যাকশন সনাক্ত করা।<br />
<br />
|-<br />
| | 00:16<br />
| বিভিন্ন rotamers পেতে রেসিডিউতে বন্ড ঘোরানো।<br />
<br />
|-<br />
| | 00:21<br />
| | টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে Chimera ইন্টারফেস সম্পর্কে জানতে হবে। না হলে প্রাসঙ্গিক টিউটোরিয়ালের জন্য আমাদের ওয়েবসাইটে যান।<br />
<br />
|-<br />
| |00:30<br />
| | এখানে ব্যবহার করছি উবুন্টু OS সংস্করণ 14.04, Chimera সংস্করণ 1.10.2, Mozilla Firefox ব্রাউজার 42.0 এবং একটি কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ।<br />
<br />
|-<br />
| | 00:46<br />
| | এখানে আমি একটি Chimera উইন্ডো খুলেছি।<br />
<br />
|-<br />
| | 00:49<br />
| | কমান্ড লাইন দ্বারা Squalene Synthase এর একটি কাঠামো খুলুন। এটি pdb কোড 3w7f সহ একটি Transferace এনজাইম।<br />
<br />
|-<br />
| | 01:00<br />
| |কমান্ড লাইনে লিখুন, Open space 3w7f, Enter টিপুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 01:09<br />
| | এনজাইমের একটি মডেল প্যানেলে দেখায়।<br />
<br />
|-<br />
| | 01:12<br />
| |Presets মেনু দ্বারা ডিসপ্লে Interactive 1 এ বদলান।<br />
<br />
|-<br />
| | 01:18<br />
| |প্রোটিন দুটি কপি হিসাবে দেখায়।<br />
<br />
|-<br />
| | 01:21<br />
| |যে কোনো একটি কপি মুছে ফেলতে লিখুন delete colon dot a, এন্টার টিপুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 01:29<br />
| | কাঠামো থেকে দ্রাবক অণু মুছে ফেলতে লিখুন delete solvent, এন্টার টিপুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 01:37<br />
| | এই কাঠামোতে, ligand হল farnesyl thiopyrophosphate.<br />
<br />
|-<br />
| | 01:43<br />
| | কমান্ড দ্বারা ligand রেসিডিউ লেবেল করুন। লিখুন rlabel স্পেস ligand, এন্টার টিপুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 01:53<br />
| | দুটি farnesyl thiopyrophosphate রয়েছে যা এই কাঠামোতে শর্টে FPS.<br />
<br />
|-<br />
| | 02:01<br />
| |কাঠামো sticks ডিসপ্লেতে দেখায়।<br />
<br />
|-<br />
| | 02:05<br />
| |কাঠামোটি ঘোরান এবং জুম ইন করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 02:08<br />
| | অনেক সাইড চেন রয়েছে যা হাইড্রোজেন বন্ড FPS এর phosphate oxygens এ দান করতে পারে।<br />
<br />
|-<br />
| | 02:15<br />
| |কার্সারকে সাইড চেন রেসিডিউতে পরমাণুতে রাখুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 02:21<br />
| | Serine 21 রেসিডিউতে যান।<br />
<br />
|-<br />
| | 02:23<br />
| |এখন, Serine 21 এর অক্সিজেন এবং নিকটতম FPS এর phosphate oxygen এর দূরত্ব পরিমাপ করি।<br />
<br />
|-<br />
| | 02:32<br />
| | দূরত্ব পরিমাপ করতে Serine 21 রেসিডিউয়ের অক্সিজেন চয়ন করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 02:37<br />
| | CTRL কী টিপে Serine 21 এর সাইড চেন অক্সিজেনে ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 02:43<br />
| | CTRL এবং Shift কী একসাথে টিপে, FPS এর নিকটবর্তী ফসফেট অক্সিজেনে ডাবল ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 02:52<br />
| | কনটেক্সট মেনু থেকে Show Distance চয়ন করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 02:56<br />
| | প্যানেলটি দেখুন। দুটি পরমাণুর মাঝের দূরত্ব দেখায়। চয়ন মুছে ফেলুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 03:04<br />
| | একইভাবে, Tyrosine এর সাইড চেন অক্সিজেন এবং FPS এর একই ফসফেট অক্সিজেনের মাঝের দূরত্ব পরিমাপ করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 03:15<br />
| | হাইড্রোজেন বন্ড সহ দূরত্ব একই রকম দেখায়।<br />
<br />
|-<br />
| | 03:20<br />
| | হাইড্রোজেন বন্ড ডোনার এবং এক্সেপ্টার দূরত্বের ভিত্তিতে শ্রেণীবদ্ধ করা হয়: 2.2 থেকে Angstroms হলে শক্তিশালী, 2.5 থেকে 3.2 মধ্যম, 3.2 থেকে 4.0 দুর্বল।<br />
<br />
|-<br />
| | 03:36<br />
| | এখন, Select মেনু দ্বারা ligand চয়ন করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 03:40<br />
| |রেসিডিউ বিকল্পে স্ক্রোল করুন, সাব-মেনু থেকে FPS এ ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 03:46<br />
| | FPS দ্বারা গঠিত হাইড্রোজেন বন্ড খোঁজার সহজ উপায় হল Tools মেনু থেকে Find Hydrogen bond বিশেষতা ব্যবহার করা।<br />
<br />
|-<br />
| | 03:55<br />
| |Structure Analysis বিকল্পে FindHbond এ ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| |04:01<br />
| | H-Bond Parameters ডায়ালগ খোলে।<br />
<br />
|-<br />
| | 04:05<br />
| |রঙিন বাক্সে ক্লিক করে হাইড্রোজেন বন্ডের রঙ নিশ্চিত করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 04:09<br />
| |লাইনের প্রস্থ মোটা লাইনের জন্য 3.0 করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 04:13<br />
| | Label Hydrogen bond with distance এর সামনের চেক বাক্সে ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 04:21<br />
| | Only find H-bonds with at least one end selected এ ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 04:26<br />
| | Write information to reply log এ ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 04:31<br />
| | OK বোতামে ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 04:33<br />
| | প্যানেলটি দেখুন। হাইড্রোজেন বন্ড নির্দিষ্ট রঙ এবং লাইনের প্রস্থ সহ pseudo বন্ড হিসাবে দেখায়।<br />
<br />
|-<br />
| | 04:42<br />
| | বন্ডের বিবরণ Reply log এ দেখা যাবে।<br />
<br />
|-<br />
| | 04:45<br />
| |Favorites মেনু ব্যবহার করে Reply log খুলুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 04:49<br />
| | প্রতিটি হাইড্রোজেন বন্ড সম্পর্কে তথ্য এখানে দেওয়া হয়েছে।<br />
<br />
|-<br />
| | 04:53<br />
| |ডায়লগ বাক্স বন্ধ করুন।<br />
<br />
|-<br />
| |04:55<br />
| |আপনি কাঠামো থেকে হাইড্রোজেন বন্ধ সরাতে চাইলে, কমান্ড লাইনে লিখুন: Tilda চিহ্নের পর hbond, এন্টার টিপুন।<br />
<br />
|-<br />
| |05:07<br />
| | Structure Analysis বিকল্পে Tools মেনুতে আরেকটি বৈশিষ্ট্য রয়েছে।<br />
<br />
|-<br />
| | 05:13<br />
| |এটি হল Findclashes/contacts. একটি ডায়ালগ বাক্স খোলে।<br />
<br />
|-<br />
| | 05:19<br />
| |এই বৈশিষ্ট্য নন-পোলার ইন্টারঅ্যাকশন যেমন Clashes এবং Contacts সনাক্ত করে।<br />
<br />
|-<br />
| | 05:26<br />
| | Clashes প্রতিকূল ইন্টারঅ্যাকশন হয় যেখানে পরমাণু একে অপরের খুব কাছাকাছি হয়।<br />
<br />
|-<br />
| | 05:33<br />
| |Contacts সকল সরাসরি ইন্টারঅ্যাকশন হয়: পোলার এবং নন-পোলার, অনুকূল এবং প্রতিকূল (clashes সহ)<br />
<br />
|-<br />
| | 05:43<br />
| | এখন সকল অন্যান্য পরমাণু সহ FPS রেসিডিউয়ের contacts সনাক্ত করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 05:48<br />
| |মেনু ব্যবহার করে FPS রেসিডিউ চয়ন করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 05:52<br />
| |Find Clashes/Contacts ডায়লগ বাক্সে Designate এ ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| |05:58<br />
| | এটি 48 atoms designated দেখায়।<br />
<br />
|-<br />
| | 06:02<br />
| | All other atoms এর সামনের রেডিও বোতামে ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| |06:06<br />
| | Clash/Contact Parameters প্যারামিটার ডিফল্ট Contact এ নির্ধারণ করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 06:11<br />
| | Treatment of Clash/Contact Atoms এ, নিম্ন চেক বাক্সে ক্লিক করুন: Select, Draw pseudo-bonds, If endpoint atom hidden এবং Write information to reply log.<br />
<br />
|-<br />
| |06:27<br />
| | OK বোতামে ক্লিক করুন। প্যানেলটি দেখুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 06:32<br />
| |FPS এর সকল কন্টাক্ট দেখায়।<br />
<br />
|-<br />
| |06:37<br />
| | Reply Log খুলুন। Atom-atom contacts এখানে তালিকাভুক্ত।<br />
<br />
|-<br />
| | 06:44<br />
| |ডায়ালগ বাক্স বন্ধ করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 06:46<br />
| | এখন কিছু clashes দেখাই।<br />
<br />
|-<br />
| | 06:49<br />
| |এখন Tyrosine 248 রেসিডিউতে ফোকাস করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 06:54<br />
| | কমান্ড লাইনে লিখুন: focus space colon 248 এন্টার টিপুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 07:03<br />
| | চয়ন clear করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 07:06<br />
| | এখন Tyrosine 248 রেসিডিউ চয়ন করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 07:10<br />
| | CTRL কী টিপে থেকে Tyrosine 248 এ যে কোনো একটি পরমাণুতে ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 07:15<br />
| |সমগ্র অণু চয়ন করতে কীবোর্ডে আপ অ্যারো কী টিপুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 07:20<br />
| | এখন আমরা সাইড চেন Tyrosine 248 ইন্টারঅ্যাক্টিভভাবে ঘোরাবো এবং Clashes এর জন্য চেক করব।<br />
<br />
|-<br />
| | 07:27<br />
| | Tyrosine 248 এর 4 Angstroms এর ভিতরে রেসিডিউ দেখান। <br />
<br />
|-<br />
| | 07:32<br />
| |কমান্ড লাইনে লিখুন ডিসপ্লে disp স্পেস কোলন 248 স্পেস z less than four(disp :248 z<4) Enter টিপুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 07:45<br />
| | clashes দেখাতে, Tools মেনু থেকে FindClashes/Contacts বিকল্প চয়ন করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 07:53<br />
| | Designate এ ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 07:55<br />
| |All other atoms এর সামনের বোতামে ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 07:59<br />
| | Clash এর জন্য Clash/Contact Parameters সেট করুন। Treatment of Clash/Contact Atoms কে Select, Draw pseudobonds, If end point atom hidden সৎ করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 08:11<br />
| |Frequency of Checking কে Continuously সেট করুন।<br />
<br />
|-<br />
| |08:15<br />
| | ডায়ালগ বাক্স সরান।<br />
<br />
|-<br />
| | 08:18<br />
| | ইন্টারেক্টিভভাবে Tyrosine 248 এর সাইড চেন ঘোরাতে।<br />
<br />
|-<br />
| | 08:22<br />
| |CTRL কী টিপে থেকে ribbon এর সাথে যুক্ত বন্ডে ডাবল ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 08:29<br />
| | কনটেক্সট মেনু থেকে rotate bond বিকল্প চয়ন করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 08:33<br />
| |Build structure ডায়ালগ খোলে।<br />
<br />
|-<br />
| | 08:36<br />
| |ডায়ালে পয়েন্টার ড্রেগ করে বন্ড ঘোরান।<br />
<br />
|-<br />
| | 08:41<br />
| |বিকল্পভাবে, এঙ্গেল ভ্যালু এডিট করতে কালো অ্যারো হেডে ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 08:47<br />
| | প্যানেলটি দেখুন। যেই সাইড চেন ঘোরে নতুন pseudo-bonds তৈরী হয় বা অদৃশ্য হয়ে যায়।<br />
<br />
|-<br />
| | 08:55<br />
| |বন্ডকে মূল স্থানে ফিরিয়ে আনতে Bond এ এন্ট্রিতে ক্লিক করুন। Revert চয়ন করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 09:03<br />
| |বন্ড অধিক সময় পর্যন্ত না ঘোরাতে আবার bond এ ক্লিক করুন এবং তারপর Deactivate এ ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 09:09<br />
| |ডায়ালগ বাক্স বন্ধ করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 09:11<br />
| |Tools মেনুতে বিকল্প দ্বারা Tyrosine 248 এর সকল rotamers তুলনা করতে পারি।<br />
<br />
|-<br />
| | 09:18<br />
| |প্রথমে Tryrosine 248 চয়ন করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 09:22<br />
| |Tools মেনুতে ক্লিক করুন, Structure editing এ স্ক্রোল করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 09:26<br />
| |Rotamers বিকল্পে ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 09:29<br />
| |Rotamer ডায়ালগ বাক্সে, rotamer library থেকে Dunbrack চয়ন করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 09:36<br />
| |OK বোতামে ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 09:38<br />
| |প্যানেলে rotamers, wire এর মত দেখায়।<br />
<br />
|-<br />
| | 09:43<br />
| | আরেকটি ডায়ালগ খোলে। rotamer দেখাতে ডায়ালগ বাক্সে লাইনে ক্লিক করুন। প্যানেলটি দেখুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 09:52<br />
| | আমরা rotamers এর জন্য Clash এবং hydrogen bonds ও সনাক্ত করতে পারি।<br />
<br />
|-<br />
| | 09:58<br />
| | Columns এ ক্লিক করুন তারপর Add. Clashes চয়ন করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 10:03<br />
| | ডায়ালগ বাক্সে OK তে টিপুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 10:06<br />
| | এখন হাইড্রোজেন বন্ড জুড়তে Columns এ ক্লিক করুন, Add এ স্ক্রোল করুন এবং hydrogen bonds চয়ন করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 10:15<br />
| |Hydrogen bonds ডায়লগ বাক্সে OK তে ক্লিক করুন।<br />
|-<br />
| | 10:19<br />
| | ডায়ালগটি দেখুন, দুটি নতুন কলাম জুড়েছে।<br />
<br />
|-<br />
| | 10:24<br />
| |প্রতিটি rotamer কিছু Clashes বানায় কিন্তু hydrogen bonds বানায় না।<br />
<br />
|-<br />
| | 10:30<br />
| |ভিন্ন ভিন্ন রেসিডিউতে বন্ড ঘুরিয়ে rotamers খোঁজার চেষ্টা করুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 10:35<br />
| | সংক্ষিপ্তকরণ করি. এখানে আমরা শিখেছি- কাঠামোতে পরমাণুর মাঝের দূরত্ব পরিমাপ করা।<br />
<br />
|-<br />
| | 10:43<br />
| |Hydrogen bonds দেখানো। নন-পোলার ইন্টারঅ্যাকশন সনাক্ত করা.<br />
<br />
|-<br />
| | 10:48<br />
| |clashes এবং contacts খুঁজতে রেসিডিউতে বন্ড ঘোরানো এবং ভিন্ন rotamers তুলনা করা।<br />
<br />
|-<br />
| |10:56<br />
| | অনুশীলনীর জন্য Squalene Synthasepdb code 3w7f এর একটি কাঠামো খুলুন।<br />
<br />
|-<br />
| | 11:03<br />
| |Clashes এবং Contacts নির্ধারণ করতে Tyrosine 41 রেসিডিউতে বন্ড ঘোরানো এবং rotamers তুলনা করা।<br />
<br />
|-<br />
| | 11:11<br />
| | নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়। এটি ডাউনলোড করে দেখুন। <br />
<br />
|-<br />
| |11:17<br />
| | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়। অধিক জানতে আমাদের লিখুন। <br />
<br />
|-<br />
| |11:27<br />
| | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা পরিচালিত। এই মিশনের সম্পর্কে আরো তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য।<br />
<br />
|-<br />
| | 11:37<br />
| | আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ।<br />
<br />
|}</div>
Satarupadutta