Difference between revisions of "UCSF-Chimera/C3/Build-Structures/Bengali"

From Script | Spoken-Tutorial
Jump to: navigation, search
(Created page with " {| border=1 || '''Time''' || '''Narration''' |- | | 00:01 | | Build Structures এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত। |- |...")
 
 
Line 1: Line 1:
 
 
{| border=1
 
{| border=1
|| '''Time'''
+
! <center>Time</center>
|| '''Narration'''
+
! <center>Narration</center>
  
 
|-
 
|-
| | 00:01
+
| 00:01
 
| | Build Structures এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।
 
| | Build Structures এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।
  
 
|-
 
|-
| | 00:05
+
| |00:05
| | এখানে আমরা শিখব: কাঠামোতে পরমাণুর মাঝের দূরত্ব পরিমাপ করা। হাইড্রোজেন বন্ড দেখানো, নন-পোলার ইন্টারঅ্যাকশন সনাক্ত করা।
+
| | এখানে আমরা শিখব: ছোট অণুর কাঠামো, পেপটাইড এবং DNA বানানো।
  
 
|-
 
|-
| | 00:16
+
| |00:13
| বিভিন্ন rotamers পেতে রেসিডিউতে বন্ড ঘোরানো।
+
| | কাঠামো সংশোধন, শক্তির হ্রাস এবং মডেল যুক্ত করা।
  
 
|-
 
|-
| | 00:21
+
| |00:19
| | টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে Chimera ইন্টারফেস সম্পর্কে জানতে হবে। না হলে প্রাসঙ্গিক টিউটোরিয়ালের জন্য আমাদের ওয়েবসাইটে যান।
+
| | টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে, Chimera ইন্টারফেস সম্পর্কে জানতে হবে। না হলে, প্রাসঙ্গিক টিউটোরিয়ালের জন্য, আমাদের ওয়েবসাইট যান।
  
 
|-
 
|-
 
| |00:30
 
| |00:30
| | এখানে ব্যবহার করছি উবুন্টু OS সংস্করণ 14.04, Chimera সংস্করণ 1.10.2, Mozilla Firefox ব্রাউজার 42.0 এবং একটি কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ।
+
| | টিউটোরিয়ালটি রেকর্ড করতে ব্যবহার করছি: Ubuntu OS সংস্করণ 14.04, Chimera সংস্করণ 1.10.2, মজিলা ফায়ারফক্স ব্রাউজার 42.0 এবং একটি কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ।
  
 
|-
 
|-
| | 00:46
+
| |00:48
 
| | এখানে আমি একটি Chimera উইন্ডো খুলেছি।
 
| | এখানে আমি একটি Chimera উইন্ডো খুলেছি।
  
 
|-
 
|-
| | 00:49
+
| |00:52
| | কমান্ড লাইন দ্বারা Squalene Synthase এর একটি কাঠামো খুলুন। এটি pdb কোড 3w7f সহ একটি Transferace এনজাইম।
+
| | এখন Build Structure টুল দ্বারা রাসায়নিক কাঠামো বানানো শুরু করি।
  
 
|-
 
|-
| | 01:00
+
| |00:58
| |কমান্ড লাইনে লিখুন, Open space 3w7f, Enter টিপুন।
+
| | Tools মেনুতে ক্লিক করুন, Structure editing বিকল্পে স্ক্রোল করুন।
  
 
|-
 
|-
| | 01:09
+
| |01:04
| | এনজাইমের একটি মডেল প্যানেলে দেখায়।
+
| | সাব-মেনু থেকে Build Structure এ ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
| | 01:12
+
| |01:08
| |Presets মেনু দ্বারা ডিসপ্লে Interactive 1 এ বদলান।
+
| | স্ক্রিনে একটি Build Structure ডায়লগ বাক্স খোলে।
  
 
|-
 
|-
| | 01:18
+
| |01:12
| |প্রোটিন দুটি কপি হিসাবে দেখায়।
+
| | ডায়ালগ বাক্সের উপরে স্থিত Start Structure বোতামে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
| | 01:21
+
| |01:18
| |যে কোনো একটি কপি মুছে ফেলতে লিখুন delete colon dot a, এন্টার টিপুন।
+
| | এখানে স্ক্র্যাচ থেকে কাঠামো বানানোর বিকল্প রয়েছে।
  
 
|-
 
|-
| | 01:29
+
| |01:23
| | কাঠামো থেকে দ্রাবক অণু মুছে ফেলতে লিখুন delete solvent, এন্টার টিপুন।
+
| | আমরা বিদ্যমান কাঠামোর সংশোধন, বন্ড সমন্বয়, টর্সন সমন্বয়, মডেল জোড়া ইত্যাদিও করতে পারি।
  
 
|-
 
|-
| | 01:37
+
| |01:33
| | এই কাঠামোতে, ligand হল farnesyl thiopyrophosphate.
+
| | Start Structure বিকল্প চয়ন করি।
  
 
|-
 
|-
| | 01:43
+
| |01:37
| | কমান্ড দ্বারা ligand রেসিডিউ লেবেল করুন। লিখুন rlabel স্পেস ligand, এন্টার টিপুন।
+
| | এখানে, কাঠামো শুরু করার অনেক বিকল্প রয়েছে।
  
 
|-
 
|-
| | 01:53
+
| |01:41
| | দুটি farnesyl thiopyrophosphate রয়েছে যা এই কাঠামোতে শর্টে FPS.
+
| | আমরা পরমাণু, ফ্রাগমেন্ট জোড়া, Pubchem ডেটাবেস থেকে কাঠামো আনতে পারি।
  
 
|-
 
|-
| | 02:01
+
| |01:48
| |কাঠামো sticks ডিসপ্লেতে দেখায়।
+
| | পেপটাইড, DNA, RNA ইত্যাদি বানান।
  
 
|-
 
|-
| | 02:05
+
| |01:53
| |কাঠামোটি ঘোরান এবং জুম ইন করুন।
+
| | ছোট অণু বানাতে, atom radio বোতামে ক্লিক করুন। Atom parameters বিভাগ খোলে।
  
 
|-
 
|-
| | 02:08
+
| |02:01
| | অনেক সাইড চেন রয়েছে যা হাইড্রোজেন বন্ড FPS এর phosphate oxygens এ দান করতে পারে।
+
| | ডিফল্টরূপে, কাঠামো হিলিয়াম পরমাণু সহ শুরু হয়।
  
 
|-
 
|-
| | 02:15
+
| | 02:05
| |কার্সারকে সাইড চেন রেসিডিউতে পরমাণুতে রাখুন।
+
| | প্যানেলের কেন্দ্রে হিলিয়াম পরমাণু স্থাপন করতে Center of the view রেডিও বোতামে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
| | 02:21
+
| |02:12
| | Serine 21 রেসিডিউতে যান।
+
| | আমাদের X, Y এবং Z স্থানাঙ্ক ইনপুট করার বিকল্প রয়েছে।
  
 
|-
 
|-
| | 02:23
+
| |02:17
| |এখন, Serine 21 এর অক্সিজেন এবং নিকটতম FPS এর phosphate oxygen এর দূরত্ব পরিমাপ করি।
+
| | Select placed atom এ ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
| | 02:32
+
| |02:21
| | দূরত্ব পরিমাপ করতে Serine 21 রেসিডিউয়ের অক্সিজেন চয়ন করুন।
+
| | named টেক্সট বাক্সে, সেশনের নাম হিসাবে Sample1 লিখুন।
  
 
|-
 
|-
| | 02:37
+
| | 02:26
| | CTRL কী টিপে Serine 21 এর সাইড চেন অক্সিজেনে ক্লিক করুন।
+
| | Color new atoms by element এ ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
| | 02:43
+
| | 02:30
| | CTRL এবং Shift কী একসাথে টিপে, FPS এর নিকটবর্তী ফসফেট অক্সিজেনে ডাবল ক্লিক করুন।
+
| | Apply বোতামে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
| | 02:52
+
| | 02:33
| | কনটেক্সট মেনু থেকে Show Distance চয়ন করুন।
+
| | প্যানেলে একটি হিলিয়াম পরমাণু দেখায়।
  
 
|-
 
|-
| | 02:56
+
| | 02:37
| | প্যানেলটি দেখুন। দুটি পরমাণুর মাঝের দূরত্ব দেখায়। চয়ন মুছে ফেলুন।
+
| | এখন Modify Structure বিকল্প দ্বারা এই পরমাণু অন্য কোন অণুতে বদলাতে পারি।
  
 
|-
 
|-
| | 03:04
+
| | 02:44
| | একইভাবে, Tyrosine এর সাইড চেন অক্সিজেন এবং FPS এর একই ফসফেট অক্সিজেনের মাঝের দূরত্ব পরিমাপ করুন।
+
| | মেন ড্রপ ডাউন মেনু থেকে Modify Structure বিকল্প চয়ন করুন।
  
 
|-
 
|-
| | 03:15
+
| | 02:49
| | হাইড্রোজেন বন্ড সহ দূরত্ব একই রকম দেখায়।
+
| | হিলিয়াম অণু মিথেন অণুতে বদলানোর চেষ্টা করি।
  
 
|-
 
|-
| | 03:20
+
| | 02:53
| | হাইড্রোজেন বন্ড ডোনার এবং এক্সেপ্টার দূরত্বের ভিত্তিতে শ্রেণীবদ্ধ করা হয়: 2.2 থেকে Angstroms হলে শক্তিশালী, 2.5 থেকে 3.2 মধ্যম, 3.2 থেকে 4.0 দুর্বল।
+
| | হিলিয়াম পরমাণুকে selection মোডে রাখি।
  
 
|-
 
|-
| | 03:36
+
| | 02:57
| | এখন, Select  মেনু দ্বারা ligand চয়ন করুন।
+
| | Build Structure ডায়ালগ বাক্সে,
  
 
|-
 
|-
| | 03:40
+
| | 03:00
| |রেসিডিউ বিকল্পে স্ক্রোল করুন, সাব-মেনু থেকে FPS ক্লিক করুন।
+
| | Element কে Carbon, Bonds কে 4 এবং Geometry কে tetrahedral বদলান।
  
 
|-
 
|-
| | 03:46
+
| | 03:08
| | FPS দ্বারা গঠিত হাইড্রোজেন বন্ড খোঁজার সহজ উপায় হল Tools মেনু থেকে Find Hydrogen bond বিশেষতা ব্যবহার করা।
+
| | যোজ্যতা সমন্বয়ের জন্য হাইড্রোজেন পরমাণু জুড়িত।
  
 
|-
 
|-
| | 03:55
+
| | 03:13
| |Structure Analysis বিকল্পে FindHbond এ ক্লিক করুন।
+
| | ডিফল্টরূপে, কিছু প্যারামিটার ইতিমধ্যেই চয়নিত, এটি এভাবে ছেড়ে দিন।
  
 
|-
 
|-
| |04:01
+
| |03:20
| | H-Bond Parameters ডায়ালগ খোলে।
+
| | Apply বোতামে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
| | 04:05
+
| | 03:23
| |রঙিন বাক্সে ক্লিক করে হাইড্রোজেন বন্ডের রঙ নিশ্চিত করুন।
+
| | প্যানেল লক্ষ্য করুন। হিলিয়াম এখন মিথেন দ্বারা প্রতিস্থাপিত হয়।
  
 
|-
 
|-
| | 04:09
+
| | 03:29
| |লাইনের প্রস্থ মোটা লাইনের জন্য 3.0 করুন।
+
| | Select মেনু ব্যবহার করে চয়ন মুছে ফেলুন।
  
 
|-
 
|-
| | 04:13
+
| | 03:33
| | Label Hydrogen bond with distance এর সামনের চেক বাক্সে ক্লিক করুন।
+
| | এই অণু মিথাইল অ্যামিনে আরো সংশোধন করতে, যে কোনো হাইড্রোজেন পরমাণু চয়ন করুন।
  
 
|-
 
|-
| | 04:21
+
| | 03:39
| | Only find H-bonds with at least one end selected এ ক্লিক করুন।
+
| | CTRL কী ধরে রেখে মিথেন কাঠামোতে যে কোনো হাইড্রোজেন পরমাণুতে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
| | 04:26
+
| | 03:46
| | Write information to reply log এ ক্লিক করুন।
+
| | হাইড্রোজেন পরমাণু এখন চয়নিত।
  
 
|-
 
|-
| | 04:31
+
| | 03:49
| | OK বোতামে ক্লিক করুন।
+
| | Modify Structure ডায়ালগ বাক্সে, Element কে nitrogen, Bonds কে 3, Geometry কে trigonal এ বদলান।
  
 
|-
 
|-
| | 04:33
+
| | 03:59
| | প্যানেলটি দেখুন। হাইড্রোজেন বন্ড নির্দিষ্ট রঙ এবং লাইনের প্রস্থ সহ pseudo বন্ড হিসাবে দেখায়।
+
| | Apply বোতামে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
| | 04:42
+
| | 04:02
| | বন্ডের বিবরণ Reply log এ দেখা যাবে।
+
| | প্যানেল লক্ষ্য করুন। অ্যামিনো গ্রুপ এখন মিথেন অণুতে জুড়িত।
  
 
|-
 
|-
| | 04:45
+
| | 04:07
| |Favorites মেনু ব্যবহার করে Reply log খুলুন।
+
| | Select মেনু দ্বারা চয়ন মুছে ফেলুন।
  
 
|-
 
|-
| | 04:49
+
| | 04:10
| | প্রতিটি হাইড্রোজেন বন্ড সম্পর্কে তথ্য এখানে দেওয়া হয়েছে।
+
| | আপনি কাঠামো থেকে কোনো পরমাণু বা বন্ড মুছতে চাইলে- পরমাণু বা বন্ড চয়ন করুন, Build Structure ডায়ালগ বাক্সে delete বোতামে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
| | 04:53
+
| |04:22
| |ডায়লগ বাক্স বন্ধ করুন।
+
| | মূল কাঠামোতে ফিরতে, Tools মেনু দ্বারা হাইড্রোজেন যুক্ত করুন।
 +
|-
 +
| | 04:28
 +
| | কেন্দ্র মাউস বোতাম দ্বারা, মডেলটি ড্রেগ করে প্যানেলের কোণায় রাখুন।
  
 
|-
 
|-
| |04:55
+
| | 04:35
| |আপনি কাঠামো থেকে হাইড্রোজেন বন্ধ সরাতে চাইলে, কমান্ড লাইনে লিখুন: Tilda চিহ্নের পর hbond, এন্টার টিপুন।
+
| | Build Structure ডায়ালগ বাক্সে, ড্রপ ডাউন মেনুতে ক্লিক করুন এবং Start Structure বিকল্প চয়ন করুন।
  
 
|-
 
|-
| |05:07
+
| | 04:43
| | Structure Analysis বিকল্পে Tools মেনুতে আরেকটি বৈশিষ্ট্য রয়েছে।
+
| | এখন fragment রেডিও বোতামে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
| | 05:13
+
| | 04:47
| |এটি হল Findclashes/contacts. একটি ডায়ালগ বাক্স খোলে।
+
| | বিভিন্ন সাইক্লিক যৌগের একটি ফ্র্যাগমেন্ট লাইব্রেরী এখানে তালিকাভুক্ত।
  
 
|-
 
|-
| | 05:19
+
| | 04:52
| |এই বৈশিষ্ট্য নন-পোলার ইন্টারঅ্যাকশন যেমন Clashes এবং Contacts সনাক্ত করে।
+
| | 5-membere rings এ ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
| | 05:26
+
| | 04:55
| | Clashes প্রতিকূল ইন্টারঅ্যাকশন হয় যেখানে পরমাণু একে অপরের খুব কাছাকাছি হয়।
+
| | তালিকা থেকে ফ্র্যাগমেন্ট চয়ন করুন।
  
 
|-
 
|-
| | 05:33
+
| | 04:58
| |Contacts সকল সরাসরি ইন্টারঅ্যাকশন হয়: পোলার এবং নন-পোলার, অনুকূল এবং প্রতিকূল (clashes সহ)
+
| | আমি imidazole চয়ন করব।
  
 
|-
 
|-
| | 05:43
+
| | 05:01
| | এখন সকল অন্যান্য পরমাণু সহ FPS রেসিডিউয়ের contacts সনাক্ত করুন।
+
| | Apply বোতামে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
| | 05:48
+
| | 05:04
| |মেনু ব্যবহার করে FPS রেসিডিউ চয়ন করুন।
+
| | Imidazole অণু পর্দায় দেখায়।
  
 
|-
 
|-
| | 05:52
+
| | 05:09
| |Find Clashes/Contacts ডায়লগ বাক্সে Designate এ ক্লিক করুন।
+
| | imidazole অণু methyl amine মডেলের কাছাকাছি সরান।
  
 
|-
 
|-
| |05:58
+
| | 05:13
| | এটি 48 atoms designated দেখায়।
+
| | Active model status বারে, মডেল সংখ্যা শূন্যের জন্য বাক্সটি আনচেক করুন।
  
 
|-
 
|-
| | 06:02
+
| | 05:19
| | All other atoms এর সামনের রেডিও বোতামে ক্লিক করুন।
+
| | এটি অ্যামাইন মডেলকে স্ক্রীনে নিষ্ক্রিয় করবে।
  
 
|-
 
|-
| |06:06
+
| | 05:23
| | Clash/Contact Parameters প্যারামিটার ডিফল্ট Contact এ নির্ধারণ করুন।
+
| | কেন্দ্রের মাউস বোতাম দ্বারা imidazole কে অ্যামাইন মডেলের কাছাকাছি সরান।
  
 
|-
 
|-
| | 06:11
+
| |05:29
| | Treatment of Clash/Contact Atoms এ, নিম্ন চেক বাক্সে ক্লিক করুন: Select, Draw pseudo-bonds, If endpoint atom hidden এবং Write information to reply log.
+
| আমরা Build structure ডায়ালগ বাক্সে Join Models বিকল্প দ্বারা প্যানেলে দুটি মডেল জুড়তে পারি।
  
 
|-
 
|-
| |06:27
+
| | 05:37
| | OK বোতামে ক্লিক করুন। প্যানেলটি দেখুন।
+
| | প্রতিটি মডেল থেকে একটি হাইড্রোজেন পরমাণু চয়ন করুন যেখানে বন্ড বানাতে চান।
  
 
|-
 
|-
| | 06:32
+
| |05:44
| |FPS এর সকল কন্টাক্ট দেখায়।
+
| | একই সময়ে CTRL এবং Shift কী ধরে রাখুন, হাইড্রোজেনে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
| |06:37
+
| | 05:52
| | Reply Log খুলুন। Atom-atom contacts এখানে তালিকাভুক্ত।
+
| | এখন হাইড্রোজেন চয়নিত।
  
 
|-
 
|-
| | 06:44
+
| | 05:55
| |ডায়ালগ বাক্স বন্ধ করুন।
+
| | other bond বিকল্পে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
| | 06:46
+
| | 05:58
| | এখন কিছু clashes দেখাই।
+
| | বন্ড সম্পর্কিত তথ্য ডায়ালগ বাক্সে দেখায়।
  
 
|-
 
|-
| | 06:49
+
| | 06:03
| |এখন Tyrosine 248 রেসিডিউতে ফোকাস করুন।
+
| |Apply বোতামে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
| | 06:54
+
| | 06:05
| | কমান্ড লাইনে লিখুন: focus space colon 248 এন্টার টিপুন।
+
| | প্যানেল লক্ষ্য করুন, দুটি মডেল জুড়ে গেছে।
  
 
|-
 
|-
| | 07:03
+
| |06:10
| | চয়ন clear করুন।
+
| | File মেনু দ্বারা সেশন বন্ধ করুন।
  
 
|-
 
|-
| | 07:06
+
| | 06:15
| | এখন Tyrosine 248 রেসিডিউ চয়ন করুন।
+
| | graphics উইন্ডোতে ফিরে যেতে উইন্ডোর নীচে lighting bolt আইকনে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
| | 07:10
+
| | 06:22
| | CTRL কী টিপে থেকে Tyrosine 248 এ যে কোনো একটি পরমাণুতে ক্লিক করুন।
+
| | এরপর, একটি পেপটাইড চেন বানাই।
  
 
|-
 
|-
| | 07:15
+
| | 06:25
| |সমগ্র অণু চয়ন করতে কীবোর্ডে আপ অ্যারো কী টিপুন।
+
| | Build Structure ডায়ালগ বাক্সে Start Structure চয়ন করুন।
  
 
|-
 
|-
| | 07:20
+
| | 06:30
| | এখন আমরা সাইড চেন Tyrosine 248 ইন্টারঅ্যাক্টিভভাবে ঘোরাবো এবং Clashes এর জন্য চেক করব।
+
| | peptide radio বোতামে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
| | 07:27
+
| | 06:33
| | Tyrosine 248 এর 4 Angstroms এর ভিতরে রেসিডিউ দেখান।
+
| | Peptide Sequence টেক্সট বক্সে, অ্যামিনো অ্যাসিডের জন্য একক অক্ষরের কোড লিখুন।
  
 
|-
 
|-
| | 07:32
+
| | 06:39
| |কমান্ড লাইনে লিখুন ডিসপ্লে disp স্পেস কোলন 248 স্পেস z less than four(disp :248 z<4) Enter টিপুন।
+
| | এখন কিছু এলোমেলো অ্যামিনো অ্যাসিড ক্রম লিখি।
  
 
|-
 
|-
| | 07:45
+
| | 06:43
| | clashes দেখাতে, Tools মেনু থেকে FindClashes/Contacts বিকল্প চয়ন করুন।
+
| | লিখুন: ACDEFGH। রেসিডিউ N থেকে C টার্মিনাসে জুড়ে গেছে।
  
 
|-
 
|-
| | 07:53
+
| | 06:52
| | Designate এ ক্লিক করুন।
+
| | স্যাম্পলের নাম হিসাবে Sample2 লিখুন।
  
 
|-
 
|-
| | 07:55
+
| | 06:56
| |All other atoms এর সামনের বোতামে ক্লিক করুন।
+
| | Apply বোতামে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
| | 07:59
+
| | 06:59
| | Clash এর জন্য Clash/Contact Parameters সেট করুন। Treatment of Clash/Contact Atoms কে Select, Draw pseudobonds, If end point atom hidden সৎ করুন।
+
| | Peptide Sequence ডায়লগ বাক্স খুলুন।
  
 
|-
 
|-
| | 08:11
+
| | 07:03
| |Frequency of Checking কে Continuously সেট করুন।
+
| | এই ডায়লগ বাক্স phi এবং psi কোণ নির্দিষ্ট করতে।
  
 
|-
 
|-
| |08:15
+
| | 07:08
| | ডায়ালগ বাক্স সরান।
+
| | ডিফল্টরূপে, -57 এবং -47 এর phi এবং psi কোণ দেখায়।
  
 
|-
 
|-
| | 08:18
+
| | 07:15
| | ইন্টারেক্টিভভাবে Tyrosine 248 এর সাইড চেন ঘোরাতে।
+
| | এই ভ্যালু পেপটাইড ফ্র্যাগমেন্টের জন্য আলফা-হেলিক্স কাঠামো ভিত্তিক।
  
 
|-
 
|-
| | 08:22
+
| | 07:21
| |CTRL কী টিপে থেকে ribbon এর সাথে যুক্ত বন্ডে ডাবল ক্লিক করুন।
+
| | আপনি ভ্যালু সেট করতে চাইলে এটি নিজে নিজে করতে পারেন।
  
 
|-
 
|-
| | 08:29
+
| | 07:26
| | কনটেক্সট মেনু থেকে rotate bond বিকল্প চয়ন করুন।
+
| | এখনকার জন্য, আমরা phi\psi ভ্যালু অপরিবর্তিত রেখেছি।
  
 
|-
 
|-
| | 08:33
+
| | 07:30
| |Build structure ডায়ালগ খোলে।
+
| | OK বোতামে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
| | 08:36
+
| | 07:33
| |ডায়ালে পয়েন্টার ড্রেগ করে বন্ড ঘোরান।
+
| | প্যানেল লক্ষ্য করুন। আমাদের পেপটাইড চেন হিসাবে helix রয়েছে।
  
 
|-
 
|-
| | 08:41
+
| |07:39
| |বিকল্পভাবে, এঙ্গেল ভ্যালু এডিট করতে কালো অ্যারো হেডে ক্লিক করুন।
+
| | কাঠামোর শক্তি হ্রাস করতে, command টেক্সট বাক্সে লিখুন minimize. এন্টার টিপুন।
  
 
|-
 
|-
| | 08:47
+
| | 07:48
| | প্যানেলটি দেখুন। যেই সাইড চেন ঘোরে নতুন pseudo-bonds তৈরী হয় বা অদৃশ্য হয়ে যায়।
+
| | মডেলের নাম সহ একটি Dock Prep ডায়লগ বাক্স দেখায়।
  
 
|-
 
|-
| | 08:55
+
| | 07:53
| |বন্ডকে মূল স্থানে ফিরিয়ে আনতে Bond এ এন্ট্রিতে ক্লিক করুন। Revert চয়ন করুন।
+
| | ডিফল্টরূপে, কিছু প্যারামিটার চয়নিত।
  
 
|-
 
|-
| | 09:03
+
| | 07:57
| |বন্ড অধিক সময় পর্যন্ত না ঘোরাতে আবার bond এ ক্লিক করুন এবং তারপর Deactivate এ ক্লিক করুন।
+
| | এখন, আমরা কোনো পরিবর্তন করব না। OK বোতামে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
| | 09:09
+
| | 08:02
| |ডায়ালগ বাক্স বন্ধ করুন।
+
| | এটি কাঠামোতে হাইড্রোজেন জুড়তে আরেকটি ডায়লগ বাক্স খোলে।
  
 
|-
 
|-
| | 09:11
+
| | 08:07
| |Tools মেনুতে বিকল্প দ্বারা Tyrosine 248 এর সকল rotamers তুলনা করতে পারি।
+
| | কয়েকটি প্যারামিটার ইতিমধ্যে চয়নিত। OK বোতামে ক্লিক করুন।
 +
|-
 +
| | 08:13
 +
| | প্যানেল লক্ষ্য করুন। কাঠমোতে হাইড্রোজেন জুড়ে গেছে।
  
 
|-
 
|-
| | 09:18
+
| | 08:18
| |প্রথমে Tryrosine 248 চয়ন করুন।
+
| | আরেকটি ডায়ালগ বাক্স খোলে। force field প্যাকেজ চয়ন করুন।
  
 
|-
 
|-
| | 09:22
+
| | 08:24
| |Tools মেনুতে ক্লিক করুন, Structure editing এ স্ক্রোল করুন।
+
| | ডিফল্টরূপে, স্ট্যান্ডার্ড রেসিডিউয়ের জন্য AMBER ff14SB চয়নিত।
  
 
|-
 
|-
| | 09:26
+
| | 08:31
| |Rotamers বিকল্পে ক্লিক করুন।
+
| | OK বোতামে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
| | 09:29
+
| | 08:34
| |Rotamer ডায়ালগ বাক্সে, rotamer library থেকে Dunbrack চয়ন করুন।
+
| | কাঠামো হ্রাস করতে কিছু সময় লাগবে।
  
 
|-
 
|-
| | 09:36
+
| | 08:38
| |OK বোতামে ক্লিক করুন।
+
| | এখন, প্যানেলে, সবচেয়ে পছন্দসই কনফিগারেশন সহ একটি কাঠামো রয়েছে।
  
 
|-
 
|-
| | 09:38
+
| | 08:45
| |প্যানেলে rotamers, wire এর মত দেখায়।
+
| | File মেনু দ্বারা সেশন বন্ধ করুন এবং Graphics উইন্ডো খোলে।
  
 
|-
 
|-
| | 09:43
+
| | 08:51
| | আরেকটি ডায়ালগ খোলে। rotamer দেখাতে ডায়ালগ বাক্সে লাইনে ক্লিক করুন। প্যানেলটি দেখুন।
+
| | Build stucture টুল দ্বারা, আমরা একটি ডবল হেলিকাল DNA/RNA বানাতে পারি।
  
 
|-
 
|-
| | 09:52
+
| | 08:57
| | আমরা rotamers এর জন্য Clash এবং hydrogen bonds ও সনাক্ত করতে পারি।
+
| | helical DNA/RNA রেডিও বোতামে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
| | 09:58
+
| |09:01
| | Columns এ ক্লিক করুন তারপর Add. Clashes চয়ন করুন।
+
| | Sequence টেক্সট বাক্সে, DNA ফ্যাগমেন্টের জন্য এক অক্ষরের নিউক্লিওটাইড কোড লিখুন।
  
 
|-
 
|-
| | 10:03
+
| | 09:08
| | ডায়ালগ বাক্সে OK তে টিপুন।
+
| | বর্ণনের জন্য আমি লিখব ATGCATGC.
  
 
|-
 
|-
| | 10:06
+
| | 09:16
| | এখন হাইড্রোজেন বন্ড জুড়তে Columns এ ক্লিক করুন, Add স্ক্রোল করুন এবং hydrogen bonds চয়ন করুন।
+
| | DNA তে ক্লিক করুন, B-form ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
| | 10:15
+
| | 09:22
| |Hydrogen bonds ডায়লগ বাক্সে OK তে ক্লিক করুন।
+
| | নামটি Sample3 হিসাবে এডিট করুন।
 +
 
 
|-
 
|-
| | 10:19
+
| | 09:25
| | ডায়ালগটি দেখুন, দুটি নতুন কলাম জুড়েছে।
+
| | Apply বোতামে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
| | 10:24
+
| | 09:28
| |প্রতিটি rotamer কিছু Clashes বানায় কিন্তু hydrogen bonds বানায় না।
+
| | DNA এর একটি মডেল প্যানেলে double helix হিসাবে প্রদর্শিত।
  
 
|-
 
|-
| | 10:30
+
| | 09:34
| |ভিন্ন ভিন্ন রেসিডিউতে বন্ড ঘুরিয়ে rotamers খোঁজার চেষ্টা করুন।
+
| | Presets মেনু দ্বারা পরমাণুর প্রদর্শন বদলান।
  
 
|-
 
|-
| | 10:35
+
| | 09:39
| | সংক্ষিপ্তকরণ করি. এখানে আমরা শিখেছি- কাঠামোতে পরমাণুর মাঝের দূরত্ব পরিমাপ করা।
+
| | সংক্ষিপ্তকরণ করি। এখানে আমরা শিখেছি: ছোট অণুর কাঠামো, পেপটাইড এবং DNA বানানো।
 +
|-
 +
| | 09:49
 +
| | কাঠামো সংশোধন,
  
 
|-
 
|-
| | 10:43
+
| | 09:51
| |Hydrogen bonds দেখানো। নন-পোলার ইন্টারঅ্যাকশন সনাক্ত করা.
+
| | শক্তির হ্রাস এবং মডেল যুক্ত করা।
  
 
|-
 
|-
| | 10:48
+
| | 09:55
| |clashes এবং contacts খুঁজতে রেসিডিউতে বন্ড ঘোরানো এবং ভিন্ন rotamers তুলনা করা।
+
| | অনুশীলনী হিসাবে biphenyl অণু বানাতে দুটি বেঞ্জিন অণু যোগ করুন।
  
 
|-
 
|-
| |10:56
+
| | 10:02
| | অনুশীলনীর জন্য Squalene Synthasepdb code 3w7f এর একটি কাঠামো খুলুন।
+
| | পছন্দের অ্যামিনো অ্যাসিড ক্রম সহ একটি পেপটাইড ফ্রাগমেন্ট বানান।
  
 
|-
 
|-
| | 11:03
+
| | 10:08
| |Clashes এবং Contacts নির্ধারণ করতে Tyrosine 41 রেসিডিউতে বন্ড ঘোরানো এবং rotamers তুলনা করা।
+
| | একটি রেন্ডম নিউক্লিওটাইড ক্রম সহ একটি RNA ফ্রাগমেন্ট বানান।
  
 
|-
 
|-
| | 11:11
+
| | 10:13
| | নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়। এটি ডাউনলোড করে দেখুন।  
+
| | নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়। এটি ডাউনলোড করে দেখুন।
  
 
|-
 
|-
| |11:17
+
| | 10:21
| | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়। অধিক জানতে আমাদের লিখুন।  
+
| | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং প্রশংসাপত্র দেয়। অধিক জানতে আমাদের লিখুন।
  
 
|-
 
|-
| |11:27
+
| |10:28
| | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা পরিচালিত। এই মিশনের সম্পর্কে আরো তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য।
+
| | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা পরিচালিত।
  
 
|-
 
|-
| | 11:37
+
| | 10:35
 
| | আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ।
 
| | আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ।
  
 
|}
 
|}

Latest revision as of 15:18, 31 October 2018

Time
Narration
00:01 Build Structures এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।
00:05 এখানে আমরা শিখব: ছোট অণুর কাঠামো, পেপটাইড এবং DNA বানানো।
00:13 কাঠামো সংশোধন, শক্তির হ্রাস এবং মডেল যুক্ত করা।
00:19 টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে, Chimera ইন্টারফেস সম্পর্কে জানতে হবে। না হলে, প্রাসঙ্গিক টিউটোরিয়ালের জন্য, আমাদের ওয়েবসাইট যান।
00:30 টিউটোরিয়ালটি রেকর্ড করতে ব্যবহার করছি: Ubuntu OS সংস্করণ 14.04, Chimera সংস্করণ 1.10.2, মজিলা ফায়ারফক্স ব্রাউজার 42.0 এবং একটি কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ।
00:48 এখানে আমি একটি Chimera উইন্ডো খুলেছি।
00:52 এখন Build Structure টুল দ্বারা রাসায়নিক কাঠামো বানানো শুরু করি।
00:58 Tools মেনুতে ক্লিক করুন, Structure editing বিকল্পে স্ক্রোল করুন।
01:04 সাব-মেনু থেকে Build Structure এ ক্লিক করুন।
01:08 স্ক্রিনে একটি Build Structure ডায়লগ বাক্স খোলে।
01:12 ডায়ালগ বাক্সের উপরে স্থিত Start Structure বোতামে ক্লিক করুন।
01:18 এখানে স্ক্র্যাচ থেকে কাঠামো বানানোর বিকল্প রয়েছে।
01:23 আমরা বিদ্যমান কাঠামোর সংশোধন, বন্ড সমন্বয়, টর্সন সমন্বয়, মডেল জোড়া ইত্যাদিও করতে পারি।
01:33 Start Structure বিকল্প চয়ন করি।
01:37 এখানে, কাঠামো শুরু করার অনেক বিকল্প রয়েছে।
01:41 আমরা পরমাণু, ফ্রাগমেন্ট জোড়া, Pubchem ডেটাবেস থেকে কাঠামো আনতে পারি।
01:48 পেপটাইড, DNA, RNA ইত্যাদি বানান।
01:53 ছোট অণু বানাতে, atom radio বোতামে ক্লিক করুন। Atom parameters বিভাগ খোলে।
02:01 ডিফল্টরূপে, কাঠামো হিলিয়াম পরমাণু সহ শুরু হয়।
02:05 প্যানেলের কেন্দ্রে হিলিয়াম পরমাণু স্থাপন করতে Center of the view রেডিও বোতামে ক্লিক করুন।
02:12 আমাদের X, Y এবং Z স্থানাঙ্ক ইনপুট করার বিকল্প রয়েছে।
02:17 Select placed atom এ ক্লিক করুন।
02:21 named টেক্সট বাক্সে, সেশনের নাম হিসাবে Sample1 লিখুন।
02:26 Color new atoms by element এ ক্লিক করুন।
02:30 Apply বোতামে ক্লিক করুন।
02:33 প্যানেলে একটি হিলিয়াম পরমাণু দেখায়।
02:37 এখন Modify Structure বিকল্প দ্বারা এই পরমাণু অন্য কোন অণুতে বদলাতে পারি।
02:44 মেন ড্রপ ডাউন মেনু থেকে Modify Structure বিকল্প চয়ন করুন।
02:49 হিলিয়াম অণু মিথেন অণুতে বদলানোর চেষ্টা করি।
02:53 হিলিয়াম পরমাণুকে selection মোডে রাখি।
02:57 Build Structure ডায়ালগ বাক্সে,
03:00 Element কে Carbon, Bonds কে 4 এবং Geometry কে tetrahedral এ বদলান।
03:08 যোজ্যতা সমন্বয়ের জন্য হাইড্রোজেন পরমাণু জুড়িত।
03:13 ডিফল্টরূপে, কিছু প্যারামিটার ইতিমধ্যেই চয়নিত, এটি এভাবে ছেড়ে দিন।
03:20 Apply বোতামে ক্লিক করুন।
03:23 প্যানেল লক্ষ্য করুন। হিলিয়াম এখন মিথেন দ্বারা প্রতিস্থাপিত হয়।
03:29 Select মেনু ব্যবহার করে চয়ন মুছে ফেলুন।
03:33 এই অণু মিথাইল অ্যামিনে আরো সংশোধন করতে, যে কোনো হাইড্রোজেন পরমাণু চয়ন করুন।
03:39 CTRL কী ধরে রেখে মিথেন কাঠামোতে যে কোনো হাইড্রোজেন পরমাণুতে ক্লিক করুন।
03:46 হাইড্রোজেন পরমাণু এখন চয়নিত।
03:49 Modify Structure ডায়ালগ বাক্সে, Element কে nitrogen, Bonds কে 3, Geometry কে trigonal এ বদলান।
03:59 Apply বোতামে ক্লিক করুন।
04:02 প্যানেল লক্ষ্য করুন। অ্যামিনো গ্রুপ এখন মিথেন অণুতে জুড়িত।
04:07 Select মেনু দ্বারা চয়ন মুছে ফেলুন।
04:10 আপনি কাঠামো থেকে কোনো পরমাণু বা বন্ড মুছতে চাইলে- পরমাণু বা বন্ড চয়ন করুন, Build Structure ডায়ালগ বাক্সে delete বোতামে ক্লিক করুন।
04:22 মূল কাঠামোতে ফিরতে, Tools মেনু দ্বারা হাইড্রোজেন যুক্ত করুন।
04:28 কেন্দ্র মাউস বোতাম দ্বারা, মডেলটি ড্রেগ করে প্যানেলের কোণায় রাখুন।
04:35 Build Structure ডায়ালগ বাক্সে, ড্রপ ডাউন মেনুতে ক্লিক করুন এবং Start Structure বিকল্প চয়ন করুন।
04:43 এখন fragment রেডিও বোতামে ক্লিক করুন।
04:47 বিভিন্ন সাইক্লিক যৌগের একটি ফ্র্যাগমেন্ট লাইব্রেরী এখানে তালিকাভুক্ত।
04:52 5-membere rings এ ক্লিক করুন।
04:55 তালিকা থেকে ফ্র্যাগমেন্ট চয়ন করুন।
04:58 আমি imidazole চয়ন করব।
05:01 Apply বোতামে ক্লিক করুন।
05:04 Imidazole অণু পর্দায় দেখায়।
05:09 imidazole অণু methyl amine মডেলের কাছাকাছি সরান।
05:13 Active model status বারে, মডেল সংখ্যা শূন্যের জন্য বাক্সটি আনচেক করুন।
05:19 এটি অ্যামাইন মডেলকে স্ক্রীনে নিষ্ক্রিয় করবে।
05:23 কেন্দ্রের মাউস বোতাম দ্বারা imidazole কে অ্যামাইন মডেলের কাছাকাছি সরান।
05:29 আমরা Build structure ডায়ালগ বাক্সে Join Models বিকল্প দ্বারা প্যানেলে দুটি মডেল জুড়তে পারি।
05:37 প্রতিটি মডেল থেকে একটি হাইড্রোজেন পরমাণু চয়ন করুন যেখানে বন্ড বানাতে চান।
05:44 একই সময়ে CTRL এবং Shift কী ধরে রাখুন, হাইড্রোজেনে ক্লিক করুন।
05:52 এখন হাইড্রোজেন চয়নিত।
05:55 other bond বিকল্পে ক্লিক করুন।
05:58 বন্ড সম্পর্কিত তথ্য ডায়ালগ বাক্সে দেখায়।
06:03 Apply বোতামে ক্লিক করুন।
06:05 প্যানেল লক্ষ্য করুন, দুটি মডেল জুড়ে গেছে।
06:10 File মেনু দ্বারা সেশন বন্ধ করুন।
06:15 graphics উইন্ডোতে ফিরে যেতে উইন্ডোর নীচে lighting bolt আইকনে ক্লিক করুন।
06:22 এরপর, একটি পেপটাইড চেন বানাই।
06:25 Build Structure ডায়ালগ বাক্সে Start Structure চয়ন করুন।
06:30 peptide radio বোতামে ক্লিক করুন।
06:33 Peptide Sequence টেক্সট বক্সে, অ্যামিনো অ্যাসিডের জন্য একক অক্ষরের কোড লিখুন।
06:39 এখন কিছু এলোমেলো অ্যামিনো অ্যাসিড ক্রম লিখি।
06:43 লিখুন: ACDEFGH। রেসিডিউ N থেকে C টার্মিনাসে জুড়ে গেছে।
06:52 স্যাম্পলের নাম হিসাবে Sample2 লিখুন।
06:56 Apply বোতামে ক্লিক করুন।
06:59 Peptide Sequence ডায়লগ বাক্স খুলুন।
07:03 এই ডায়লগ বাক্স phi এবং psi কোণ নির্দিষ্ট করতে।
07:08 ডিফল্টরূপে, -57 এবং -47 এর phi এবং psi কোণ দেখায়।
07:15 এই ভ্যালু পেপটাইড ফ্র্যাগমেন্টের জন্য আলফা-হেলিক্স কাঠামো ভিত্তিক।
07:21 আপনি ভ্যালু সেট করতে চাইলে এটি নিজে নিজে করতে পারেন।
07:26 এখনকার জন্য, আমরা phi\psi ভ্যালু অপরিবর্তিত রেখেছি।
07:30 OK বোতামে ক্লিক করুন।
07:33 প্যানেল লক্ষ্য করুন। আমাদের পেপটাইড চেন হিসাবে helix রয়েছে।
07:39 কাঠামোর শক্তি হ্রাস করতে, command টেক্সট বাক্সে লিখুন minimize. এন্টার টিপুন।
07:48 মডেলের নাম সহ একটি Dock Prep ডায়লগ বাক্স দেখায়।
07:53 ডিফল্টরূপে, কিছু প্যারামিটার চয়নিত।
07:57 এখন, আমরা কোনো পরিবর্তন করব না। OK বোতামে ক্লিক করুন।
08:02 এটি কাঠামোতে হাইড্রোজেন জুড়তে আরেকটি ডায়লগ বাক্স খোলে।
08:07 কয়েকটি প্যারামিটার ইতিমধ্যে চয়নিত। OK বোতামে ক্লিক করুন।
08:13 প্যানেল লক্ষ্য করুন। কাঠমোতে হাইড্রোজেন জুড়ে গেছে।
08:18 আরেকটি ডায়ালগ বাক্স খোলে। force field প্যাকেজ চয়ন করুন।
08:24 ডিফল্টরূপে, স্ট্যান্ডার্ড রেসিডিউয়ের জন্য AMBER ff14SB চয়নিত।
08:31 OK বোতামে ক্লিক করুন।
08:34 কাঠামো হ্রাস করতে কিছু সময় লাগবে।
08:38 এখন, প্যানেলে, সবচেয়ে পছন্দসই কনফিগারেশন সহ একটি কাঠামো রয়েছে।
08:45 File মেনু দ্বারা সেশন বন্ধ করুন এবং Graphics উইন্ডো খোলে।
08:51 Build stucture টুল দ্বারা, আমরা একটি ডবল হেলিকাল DNA/RNA বানাতে পারি।
08:57 helical DNA/RNA রেডিও বোতামে ক্লিক করুন।
09:01 Sequence টেক্সট বাক্সে, DNA ফ্যাগমেন্টের জন্য এক অক্ষরের নিউক্লিওটাইড কোড লিখুন।
09:08 বর্ণনের জন্য আমি লিখব ATGCATGC.
09:16 DNA তে ক্লিক করুন, B-form এ ক্লিক করুন।
09:22 নামটি Sample3 হিসাবে এডিট করুন।
09:25 Apply বোতামে ক্লিক করুন।
09:28 DNA এর একটি মডেল প্যানেলে double helix হিসাবে প্রদর্শিত।
09:34 Presets মেনু দ্বারা পরমাণুর প্রদর্শন বদলান।
09:39 সংক্ষিপ্তকরণ করি। এখানে আমরা শিখেছি: ছোট অণুর কাঠামো, পেপটাইড এবং DNA বানানো।
09:49 কাঠামো সংশোধন,
09:51 শক্তির হ্রাস এবং মডেল যুক্ত করা।
09:55 অনুশীলনী হিসাবে biphenyl অণু বানাতে দুটি বেঞ্জিন অণু যোগ করুন।
10:02 পছন্দের অ্যামিনো অ্যাসিড ক্রম সহ একটি পেপটাইড ফ্রাগমেন্ট বানান।
10:08 একটি রেন্ডম নিউক্লিওটাইড ক্রম সহ একটি RNA ফ্রাগমেন্ট বানান।
10:13 নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়। এটি ডাউনলোড করে দেখুন।
10:21 স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং প্রশংসাপত্র দেয়। অধিক জানতে আমাদের লিখুন।
10:28 স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা পরিচালিত।
10:35 আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ।

Contributors and Content Editors

Kaushik Datta, Satarupadutta