UCSF-Chimera/C2/Writing-Commands/Bengali

From Script | Spoken-Tutorial
Revision as of 11:40, 14 February 2018 by Satarupadutta (Talk | contribs)

(diff) ← Older revision | Latest revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search
Time
Narration
00:01 Chimera তে Writing Commands এই টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।
00:06 এখানে আমরা শিখব ডিসপ্লেকে পরমাণুতে বদলাতে কমান্ড লেখা।
00:12 ribbons দেখা এবং লুকোনো।
00:14 amino acid residues এর রঙ বদলানো।
00:18 এক এক residues লেবেল করা।
00:21 solvent অণু সরানো এবং ইমেজ বিভিন্ন ফাইল ফরম্যাটে সংরক্ষণ করা।
00:28 টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে স্নাতক স্তরের Biochemistry সম্পর্কে জানতে হবে।
00:34 Structural Biology এবং Chimera interface এর সাথে পরিচিত হতে হবে।
00:40 প্রাসঙ্গিক টিউটোরিয়ালের জন্য আমাদের ওয়েবসাইটে যান।
00:44 টিউটোরিয়ালটি রেকর্ড করতে ব্যবহার করছি উবুন্টু OS সংস্করণ 14.04 chimera সংস্করণ 1.10.2.
00:53 Mozilla Firefox ব্রাউজার 42.0 এবং একটি কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ।
01:00 Chimera উইন্ডো খুলতে Chimera আইকনে ডাবল ক্লিক করুন।
01:06 graphics window খুলতে lightning bolt আইকনে ক্লিক করুন।
01:10 এখানে আমি দেখাবো যে কাঠামোতে পরিবর্তন আনতে commands কিভাবে প্রয়োগ করে।
01:16 Favorites মেনু ব্যবহার করে Command Line খুলুন।
01:20 Chimera উইন্ডোর নীচের অংশে একটি command text box দেখায়।
01:25 menus ব্যবহার করে কাজগুলি commands দ্বারা সম্পন্ন করা যায়।
01:31 Chimera Commands সম্পর্কে।
01:34 Chimera commands, Command line এ প্রবিষ্ট করা হয়।
01:38 semicolon সেপারেটর দ্বারা একাধিক commands একই লাইনে মিলিত হতে পারে।
01:43 command নিষ্পাদিত করতে Enter কী টিপুন।
01:47 পূর্ববর্তী commands এ command History থেকে অ্যাক্সেস করা যায়।
01:51 commands সম্পর্কে আরো তথ্য প্রদত্ত লিঙ্কে দেওয়া হয়েছে।
01:56 Chimera উইন্ডোতে ফিরে আসুন। একটি কমান্ড লিখে leucine zipper এর একটি মডেল খুলি।
02:03 command একটি command শব্দ দিয়ে শুরু হয়।
02:06 command line টেক্সট বাক্সে open space 1zik লিখুন।
02:13 আপনার একটি কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ প্রয়োজন।
02:17 command নিষ্পাদিত করতে Enter টিপুন।
02:20 কাঠামো পর্দায় দেখায়।
02:23 ribbons ডিসপ্লেকে atoms এ বদলাতে command line text box এ লিখুন: The command word display এবং এন্টার টিপুন।
02:34 এখন atoms display তে protein এর কাঠামো রয়েছে।
02:38 এই কাঠামো আংশিকভাবে ribbons হিসাবে দেখায়।
02:42 ribbons লুকোতে লিখুন wave symbol যা tilda নামেও পরিচিত, তারপর command শব্দ ribbon লিখুন।
02:51 tilda সহ কমান্ড রিভার্স ফাংশন নির্দেশ করে।
02:55 এখানে, এরপর ribbon keyword দ্বারা tilda চিহ্ন ribbons লুকোয়। এন্টার টিপুন।
03:03 আমরা atoms, bonds, surfaces ইত্যাদি রঙ্গিন করতে color command ব্যবহার করতে পারি।
03:10 উদাহরণস্বরূপ, সকল leucines এর রঙ বদলাতে লিখুন:

Color space yellow space colon এবং তারপর amino acid এর জন্য তিনটি অক্ষরের ছোট রূপ।

03:24 leucine এর জন্য, আমি লিখব leu.
03:28 এখানে color yellow argument সহ command word রয়েছে এবং লক্ষ্য হল কাঠামোর সকল leucines.
03:37 আপনি লক্ষ্য নির্দিষ্ট না করলে সম্পূর্ণ কাঠামো হলুদ রঙের হবে। এন্টার টিপুন।
03:45 panel টি দেখুন। সকল leucines এখন হলুদ রঙে রয়েছে।
03:51 আমরা একটি বিশেষ স্থানের amino acid কে বিশেষ রঙ দ্বারা রঙ করতে পারি।
03:56 উদাহরণস্বরূপ histidine এর রঙ বদলাতে, যা chain B তে স্থান 18 এ উপস্থিত, লিখুন color space red space colon18.B এবং এন্টার টিপুন।
04:13 প্যানেলটি দেখুন। histidine এখন লাল হয়ে গেছে।
04:19 সম্পূর্ণ কাঠামোর ডিসপ্লে CPK spacefill এ বদলাতে, rep লিখুন।
04:26 rep কীওয়ার্ড represent এর সংক্ষিপ্ত রূপ। rep space sphere; এন্টার টিপুন।
04:37 প্যানেলটি দেখুন।
04:39 কাঠামো stick ডিসপ্লেতে ফিরিয়ে আনতে, আবার লিখুন rep space stick এবং এন্টার টিপুন।
04:50 solvent অণুর কাঠামো লুকোতে লিখুন del (মুছে ফেলতে), space solvent. এন্টার টিপুন।
05:02 চয়নের জন্য residues সক্রিয় করতে, select command শব্দ চয়ন করুন।
05:08 command line টেক্সট বাক্সে লিখুন, select space colon তারপর রেসিডিউ এর সংখ্যা এবং chain.
05:18 উদাহরণস্বরূপ chain B এর স্থানে 28 এ উপস্থিত lysine সক্রিয় করতে লিখুন select space colon তারপর 28 dot B. এন্টার টিপুন।
05:34 এখন চয়নিত residue এর label দেখাতে লিখুন rlabel space sel. এন্টার টিপুন।
05:44 প্যানেলটি দেখুন। চয়নিত residue এর residue label প্রদর্শিত হয়।
05:51 পূর্বে চয়নিত residue অচয়নিত করতে, select command পেতে আপ অ্যারো কী টিপুন।
05:59 command এর প্রারম্ভে tilda চিহ্ন লিখুন। এন্টার টিপুন।
06:05 Help menu তে keywords এবং command index এর একটি তালিকা উপলব্ধ।
06:09 Help menu তে ক্লিক করুন, স্নীচে ক্রোল করুন এবং Commands index এ ক্লিক করুন।
06:16 commands লিখতে keywords এর সূচী সহ একটি web-page খোলে।
06:22 Chimera উইন্ডোতে ফিরে আসুন।
06:25 আপনি ব্যাকগ্রাউন্ডের রঙ কালো থেকে নীলে বদলাতে চাইলে লিখুন: background space solid space blue. এন্টার টিপুন।
06:38 প্যানেল এখন নীল রঙে রয়েছে।
06:41 Command এর হিস্ট্রি দেখতে, Command line এর ডান পাশে স্থিত কালো ত্রিভুজে ক্লিক করুন।
06:48 Command history পূর্বে ব্যবহৃত কমান্ড তালিকাভুক্ত করে।
06:53 Commands, Command এ ক্লিক করে আবার নিষ্পাদিত করা যায়।
06:57 Command line লুকোতে, ড্রপ ডাউন মেনুতে Hide command line বিকল্পে ক্লিক করুন।
07:03 আপনার নির্মিত কাঠামো save করার অনেক বিকল্প রয়েছে। File menu খুলুন।
07:09 আপনি এটি করতে পারেন: Restore a Session, Save a Session
07:14 ইমেজ JPEG বা PNG ফরম্যাটে সংরক্ষণ করুন।
07:19 ইমেজ PDB বা Mol2 ফাইল হিসাবে সংরক্ষণ করুন, দৃশ্য Export করুন ইত্যাদি।
07:27 প্রদর্শন করতে, ইমেজে JPEG ফরম্যাটে সংরক্ষণ করি।
07:33 Save image বিকল্পে ক্লিক করুন। একটি Save image ডায়লগ বাক্স খোলে।
07:40 ফাইলের স্থান হিসাবে ডেস্কটপ চয়ন করুন।
07:44 File name কে 1zik লিখুন। File name কে JPEG হিসাবে লিখুন।
07:52 আপনার প্রয়োজন অনুযায়ী ইমেজের আকার নিশ্চিত করুন।
07:56 প্রদর্শন করতে, আমি প্রস্থ হিসাবে 800 এবং উচ্চতা হিসাবে 600 লিখব।
08:05 Save বোতামে ক্লিক করুন। ইমেজ ডেস্কটপে 1zik.jpg হিসাবে সংরক্ষণ হয়।
08:15 সংক্ষিপ্তকরণ করি যে এখানে আমরা শিখেছি।
08:17 এখানে আমরা কমান্ড লিখেছি, display কে atoms এ বদলানো।
08:22 ribbons দেখানো এবং লুকোনো।
08:25 amino acid residues এর রঙ বদলানো।
08:28 আলাদা আলাদা residues লেবেল করা.
08:31 solvent molecules মুছে ফেলা। ইমেজ ভিন্ন ভিন্ন ফাইল ফরম্যাটে সংরক্ষণ করা।
08:38 অনুশীলনী হিসাবে Human oxy-hemoglobin (PDB code: 2dn1) এর কাঠামো লোড করতে কম্যান্ড লিখুন।
08:48 ডিসপ্লে atoms এ বদলান এবং ribbons লুকোন।
08:52 সকল histidine residues কে সবুজ রঙ করুন।
08:56 solvent molecules সরান এবং ইমেজ JPEG ফরম্যাটে সংরক্ষণ করুন।
09:03 আপনার সম্পন্ন কাজ নিম্নরূপ হওয়া উচিত।
09:12 নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়।

এটি ডাউনলোড করে দেখুন।

09:19 স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়।

অধিক জানতে আমাদের লিখুন।

09:29 স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা পরিচালিত।
09:35 এই মিশনের সম্পর্কে আরো তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য।
09:40 আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ।

Contributors and Content Editors

Kaushik Datta, Satarupadutta