Difference between revisions of "UCSF-Chimera/C2/Surface-Properties/Bengali"

From Script | Spoken-Tutorial
Jump to: navigation, search
(Created page with "{| border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- | 00:01 |Chimera তে Surface Properties এর এই টিউটোরিয়ালে আপনা...")
 
 
Line 1: Line 1:
 
{| border=1
 
{| border=1
−
! <center>Time</center>
+
| <center>Time</center>
−
! <center>Narration</center>
+
| <center>Narration</center>
  
 
|-
 
|-
 
| 00:01
 
| 00:01
−
|Chimera তে Surface Properties এর এই টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।
+
| Chimera তে Surface Properties এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।
  
 
|-
 
|-
 
| 00:06
 
| 00:06
−
|এখানে আমরা শিখব ডিসপ্লেকে পরমাণুতে বদলাতে কমান্ড লেখা।
+
| এখানে আমরা শিখব: প্রোটিন এবং DNA স্ট্রাকচারের জন্য সার্ফেস দেখানো।
  
 
|-
 
|-
−
| 00:12
+
|00:12
−
|   ribbons দেখা এবং লুকোনো।
+
| অ্যামিনো অ্যাসিড হাইড্রোফোবিসিটি এবং ইলেক্ট্রস্ট্যাটিক পোটেনশিয়াল দ্বারা রঙ করা প্রোটিন সার্ফেসের ইমেজ বানানো।
  
 
|-
 
|-
−
| 00:14
+
|00:22
−
| amino acid residues এর রঙ বদলানো।
+
| টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে, Chimera ইন্টারফেসের সাথে পরিচিত হতে হবে।
  
−
|-
+
না হলে, প্রাসঙ্গিক টিউটোরিয়ালের জন্য, আমাদের ওয়েবসাইটে যান।
−
| 00:18
+
−
| এক এক residues লেবেল করা।
+
  
 
|-
 
|-
−
| 00:21
+
| 00:33
−
| solvent অণু সরানো এবং ইমেজ বিভিন্ন ফাইল ফরম্যাটে সংরক্ষণ করা।
+
| এখানে ব্যবহার করছি: Ubuntu OS সংস্করণ 14.04, Chimera সংস্করণ 1.10.2
  
 
|-
 
|-
−
| 00:28
+
|00:42
−
|টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে স্নাতক স্তরের Biochemistry সম্পর্কে জানতে হবে।
+
| মজিলা ফায়ারফক্স ব্রাউজার 42.0 এবং একটি কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ।
  
 
|-
 
|-
−
| 00:34
+
| 00:49
−
| Structural Biology এবং Chimera interface এর সাথে পরিচিত হতে হবে।
+
| এখানে আমি Chimera উইন্ডো খুলেছি।
  
 
|-
 
|-
−
| 00:40
+
| 00:52
−
| প্রাসঙ্গিক টিউটোরিয়ালের জন্য আমাদের ওয়েবসাইটে যান।
+
| কমান্ড লাইন দ্বারা RTX CPD টক্সিনের একটি স্ট্রাকচার খুলুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 00:44
+
|00:58
−
|টিউটোরিয়ালটি রেকর্ড করতে ব্যবহার করছি উবুন্টু OS সংস্করণ 14.04 chimera সংস্করণ 1.10.2.
+
| Favorites মেনু দ্বারা কমান্ড লাইন খুলুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 00:53
+
|01:02
−
| Mozilla Firefox ব্রাউজার 42.0 এবং একটি কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ।
+
| কমান্ড লাইন টেক্সট বাক্সে, লিখুন: Open space 3eeb
  
 
|-
 
|-
−
| 01:00
+
|01:10
−
| Chimera উইন্ডো খুলতে Chimera আইকনে ডাবল ক্লিক করুন।
+
| 3eeb হল RTX CPD টক্সিনের pdb কোড। এন্টার টিপুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 01:06
+
| 01:18
−
|graphics window খুলতে lightning bolt আইকনে ক্লিক করুন।
+
| প্রোটিন স্ট্রাকচারটি প্যানেলে দেখায়। এতে প্রোটিনের দুটি কপি রয়েছে।
  
 
|-
 
|-
−
| 01:10
+
| 01:26
−
|এখানে আমি দেখাবো যে কাঠামোতে পরিবর্তন আনতে commands কিভাবে প্রয়োগ করে।
+
| কপিগুলির একটি মুছে ফেলতে কমান্ড লাইনে কমান্ডস লিখুন, যা হল chain A.
  
 
|-
 
|-
−
| 01:16
+
| 01:33
−
| Favorites মেনু ব্যবহার করে Command Line খুলুন।
+
| কমান্ড লাইন টেক্সট বাক্সে, লিখুন: delete colon dot a. এন্টার টিপুন।
−
|-
+
−
| 01:20
+
−
|Chimera উইন্ডোর নীচের অংশে একটি command text box দেখায়।
+
  
 
|-
 
|-
−
| 01:25
+
| 01:43
−
|menus ব্যবহার করে কাজগুলি commands দ্বারা সম্পন্ন করা যায়।
+
| প্যানেলটি দেখুন, এনজাইমের একটি কপি মুছে ফেলা হয়েছে।
  
 
|-
 
|-
−
| 01:31
+
| 01:48
−
|Chimera Commands সম্পর্কে।
+
| Protease ডোমেন ligand inositol hexakisphosphate এ আবদ্ধ।
  
−
|-
+
সংক্ষেপে, IHP এবং Sodium আয়ন।
−
| 01:34
+
−
|Chimera commands, Command line এ প্রবিষ্ট করা হয়।
+
  
 
|-
 
|-
−
| 01:38
+
| 01:58
−
|semicolon সেপারেটর দ্বারা একাধিক commands একই লাইনে মিলিত হতে পারে।
+
| এরপর, সলভেন্ট অণু মুছে ফেলুন, যা লিগ্যান্ডের কাছে লাল ডটস হিসাবে উপস্থিত।
  
−
|-
+
লিখুন: delete space solvent. এন্টার টিপুন।
−
| 01:43
+
−
|command নিষ্পাদিত করতে Enter কী টিপুন।
+
  
 
|-
 
|-
−
| 01:47
+
| 02:09
−
|পূর্ববর্তী commands এ command History থেকে অ্যাক্সেস করা যায়।
+
| সোডিয়াম আয়ন মুছতে যা Ligand এর সাথে উপস্থিত,
  
 +
লিখুন: delete ions. এন্টার টিপুন।
 
|-
 
|-
−
| 01:51
+
| 02:19
−
|commands সম্পর্কে আরো তথ্য প্রদত্ত লিঙ্কে দেওয়া হয়েছে।
+
| এখন Presets বিকল্প দ্বারা প্রোটিনের স্ট্রাকচার দেখাতে পারি।
  
 
|-
 
|-
−
| 01:56
+
| 02:25
−
|Chimera উইন্ডোতে ফিরে আসুন। একটি কমান্ড লিখে leucine zipper এর একটি মডেল খুলি।
+
| মেনু বারে Presets বিকল্পে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 02:03
+
|02:29
−
|command একটি command শব্দ দিয়ে শুরু হয়।
+
| Interactive 3, hydrophobicity surface চয়ন করুন।
−
 
+
 
|-
 
|-
−
| 02:06
+
| 02:34
−
|command line টেক্সট বাক্সে open space 1zik লিখুন।
+
| এটি amino acid hydrophobicity দ্বারা কলর করা মলিকিউল সার্ফেস দেখাবে।
  
 
|-
 
|-
−
| 02:13
+
|02:41
−
|আপনার একটি কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ প্রয়োজন।
+
| সর্বাধিক পোলার রেসিডিউয়ের জন্য নীল।
  
 
|-
 
|-
−
| 02:17
+
|02:45
−
|command নিষ্পাদিত করতে Enter টিপুন।
+
| সবচেয়ে হাইড্রোফোবিকের জন্য কমলা লাল এবং নিউট্রাল রেসিডিউয়ের জন্য সাদা।
  
 
|-
 
|-
−
| 02:20
+
|02:52
−
|কাঠামো পর্দায় দেখায়।
+
| প্রোটিন সাধারণত তাদের সার্ফেস রিজিয়ন দ্বারা অন্যান্য প্রোটিন এবং অণুর সাথে যোগাযোগ করে।
  
 
|-
 
|-
−
| 02:23
+
| 02:59
−
|ribbons ডিসপ্লেকে atoms এ বদলাতে command line text box এ লিখুন: The command word display এবং এন্টার টিপুন।
+
| আণবিক সার্ফেস দ্বারা প্রোটিনের প্রতিনিধিত্ব প্রোটিন ফোল্ডিং এর অধ্যয়নে সাহায্য করে।
  
 
|-
 
|-
−
| 02:34
+
| 03:06
−
|এখন atoms display তে protein এর কাঠামো রয়েছে।
+
| জৈব মলিকিউল স্বীকৃতির পূর্বাভাস।
  
 
|-
 
|-
−
| 02:38
+
|03:09
−
|এই কাঠামো আংশিকভাবে ribbons হিসাবে দেখায়।
+
| drug binding cavities এবং Molecular Graphics সনাক্তকরণ।
  
 
|-
 
|-
−
| 02:42
+
| 03:15
−
|ribbons লুকোতে লিখুন wave symbol যা tilda নামেও পরিচিত, তারপর command শব্দ ribbon লিখুন।
+
| Chimera উইন্ডোতে ফিরে যাওয়া।
  
 
|-
 
|-
−
| 02:51
+
|03:18
−
|tilda সহ কমান্ড রিভার্স ফাংশন নির্দেশ করে।
+
| এরপর, প্রোটিনের জন্য ইলেকট্রস্ট্যাটিক পোটেনশিয়াল সার্ফেস দেখানো।
  
 
|-
 
|-
−
| 02:55
+
| 03:24
−
|এখানে, এরপর ribbon keyword দ্বারা tilda চিহ্ন ribbons লুকোয়। এন্টার টিপুন।
+
| Tools মেনুতে ক্লিক করুন, Surface\Binding Analysis এ স্ক্রোল করুন।
  
 
|-
 
|-
−
|03:03
+
| 03:30
−
| আমরা atoms, bonds, surfaces ইত্যাদি রঙ্গিন করতে color command ব্যবহার করতে পারি।
+
| সাব-মেনু থেকে, coulombic surface coloring চয়ন করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 03:10
+
| 03:36
−
|উদাহরণস্বরূপ, সকল leucines এর রঙ বদলাতে লিখুন:
+
| Coulombic Surface Coloring ডায়লগ বাক্স খোলে।
−
 
+
−
Color space yellow space colon এবং তারপর amino acid এর জন্য তিনটি অক্ষরের ছোট রূপ।
+
−
 
+
 
|-
 
|-
−
| 03:24
+
| 03:41
−
| leucine এর জন্য, আমি লিখব leu.
+
| রঙ এবং সংশ্লিষ্ট ভ্যালু বদলাতে  পারে।
−
 
+
−
|-
+
−
| 03:28
+
−
|এখানে color yellow argument সহ command word রয়েছে এবং লক্ষ্য হল কাঠামোর সকল leucines.
+
−
 
+
−
|-
+
−
| 03:37
+
−
|আপনি লক্ষ্য নির্দিষ্ট না করলে সম্পূর্ণ কাঠামো হলুদ রঙের হবে। এন্টার টিপুন।
+
  
 
|-
 
|-
 
| 03:45
 
| 03:45
−
|panel টি দেখুন। সকল leucines এখন হলুদ রঙে রয়েছে।
+
| ডিফল্ট সেটিংস বেশিরভাগ সময় ভাল কাজ করে। OK বোতামে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
 
| 03:51
 
| 03:51
−
| আমরা একটি বিশেষ স্থানের amino acid কে বিশেষ রঙ দ্বারা রঙ করতে পারি।
+
| প্যানেলে, প্রোটিন electrostatic potential surface দেখাচ্ছে।
  
 
|-
 
|-
−
| 03:56
+
|03:57
−
|উদাহরণস্বরূপ histidine এর রঙ বদলাতে, যা chain B তে স্থান 18 এ উপস্থিত, লিখুন color space red space colon18.B এবং এন্টার টিপুন।
+
| নেগেটিভ পোটেনশিয়ালের জন্য লাল রঙ, পজিটিভ পোটেনশিয়ালের জন্য নীল এবং নিউট্রালের জন্য সাদা।
  
 
|-
 
|-
−
| 04:13
+
| 04:07
−
|প্যানেলটি দেখুন। histidine এখন লাল হয়ে গেছে।
+
| এখন প্রকাশনা, উপস্থাপনা ইত্যাদির জন্য উচ্চমানের ইমেজ বানানো দেখি।
  
 
|-
 
|-
−
| 04:19
+
|04:14
−
| সম্পূর্ণ কাঠামোর ডিসপ্লে CPK spacefill এ বদলাতে, rep লিখুন।
+
| Set attribute কমান্ড ব্যবহার করে inositol ligand এর স্টিক একটু পুরু করুন।
 +
 
 +
setattr space m space stickScale 2. Enter টিপুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 04:26
+
| 04:35
−
|rep কীওয়ার্ড represent এর সংক্ষিপ্ত রূপ। rep space sphere; এন্টার টিপুন।
+
|ভালো ইমেজ সেটিংসের জন্য publication preset ব্যবহার করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 04:37
+
|04:40
−
|প্যানেলটি দেখুন।
+
| আবার Presets মেনু স্ক্রোল করুন, Publication 1 চয়ন করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 04:39
+
| 04:45
−
|কাঠামো stick ডিসপ্লেতে ফিরিয়ে আনতে, আবার লিখুন rep space stick এবং এন্টার টিপুন।
+
| এটি সাদা ব্যাকগ্রাউন্ড, কালো আউটলাইন এবং বর্ধিত প্রান্তের মসৃণতা সহ একটি ইমেজ বানাবে।
  
 
|-
 
|-
−
| 04:50
+
| 04:54
−
|solvent অণুর কাঠামো লুকোতে লিখুন del (মুছে ফেলতে), space solvent. এন্টার টিপুন।
+
| এই সময়ে, আমরা অন্যান্য প্যারামিটার যেমন লাইনের বেধ, লাইটিং ইত্যাদি সমন্বয় করতে পারি।
  
 
|-
 
|-
 
| 05:02
 
| 05:02
−
|চয়নের জন্য residues সক্রিয় করতে, select command শব্দ চয়ন করুন।
+
| Tools মেনুতে ক্লিক করুন, স্ক্রোল করুন এবং Viewing Controls এ ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
 
| 05:08
 
| 05:08
−
|command line টেক্সট বাক্সে লিখুন, select space colon তারপর রেসিডিউ এর সংখ্যা এবং chain.
+
| সাব-মেনু থেকে lighting এ ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 05:18
+
| 05:11
−
| উদাহরণস্বরূপ chain B এর স্থানে 28 এ উপস্থিত  lysine সক্রিয় করতে লিখুন select space colon তারপর 28 dot B. এন্টার টিপুন।
+
| ভিন্ন ভিউ সেটিংস বদলাতে ট্যাব সহ একটি Viewing উইন্ডো খোলে:
  
 
|-
 
|-
−
| 05:34
+
| 05:16
−
|এখন চয়নিত residue এর label দেখাতে লিখুন rlabel space sel. এন্টার টিপুন।
+
| যেমন Camera, Sideview, Rotation, Effects, Lighting.
  
 
|-
 
|-
−
| 05:44
+
| 05:23
−
|প্যানেলটি দেখুন। চয়নিত residue এর residue label প্রদর্শিত হয়।
+
| lightings বিকল্পে, একটি সহজ লাইনের অঙ্কন দেখতে, mode বোতামে ক্লিক করুন, তালিকা থেকে ambient চয়ন করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 05:51
+
| 05:34
−
|পূর্বে চয়নিত residue অচয়নিত করতে, select command পেতে আপ অ্যারো কী টিপুন।
+
| প্যানেলটি দেখুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 05:59
+
| 05:36
−
|command এর প্রারম্ভে tilda চিহ্ন লিখুন। এন্টার টিপুন।
+
| ডিফল্ট লাইটিং মোড পুনরুদ্ধার করতে, Two-point বিকল্প চয়ন করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 06:05
+
| 05:42
−
|Help menu তে keywords এবং command index এর একটি তালিকা উপলব্ধ।
+
| উইন্ডো বন্ধ করতে close বোতামে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 06:09
+
| 05:46
−
|Help menu তে ক্লিক করুন, স্নীচে ক্রোল করুন এবং  Commands index এ ক্লিক করুন।
+
| File মেনুতে Save image বিকল্প দ্বারা ইমেজ সংরক্ষণ করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 06:16
+
| 05:51
−
| commands লিখতে keywords এর সূচী সহ একটি web-page খোলে।
+
| এখন DNA স্ট্রাকচারের জন্য সার্ফেস উপস্থাপনা দেখি।
  
 
|-
 
|-
−
| 06:22
+
| 05:56
−
|Chimera উইন্ডোতে ফিরে আসুন।
+
| বর্তমান সেশন বন্ধ করুন। File মেনুতে ক্লিক করুন। নীচে স্ক্রোল করুন এবং Close Session বিকল্পে ক্লিক করুন।
 +
|-
 +
| 06:04
 +
| গ্রাফিক্স উইন্ডো খুলুন। কমান্ড লাইন দ্বারা DNA স্ট্রাকচার আনয়ন করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 06:25
+
| 06:11
−
|আপনি ব্যাকগ্রাউন্ডের রঙ কালো থেকে নীলে বদলাতে চাইলে লিখুন: background space solid space blue. এন্টার টিপুন।
+
| কমান্ড লাইন টেক্সট বাক্সে, লিখুন: open 1d86, এন্টার টিপুন।
 +
 
 
|-
 
|-
−
| 06:38
+
| 06:20
−
|প্যানেল এখন নীল রঙে রয়েছে।
+
| স্ট্রাকচারটি netropsin অণুর সাথে আবদ্ধ ডাবল হেলিকাল DNA.
  
 
|-
 
|-
−
| 06:41
+
| 06:27
−
|Command এর হিস্ট্রি দেখতে, Command line এর ডান পাশে স্থিত কালো ত্রিভুজে ক্লিক করুন।
+
|Netropsin হল antibiotic এবং antiviral বৈশিষ্ট্যের সাথে একটি polyamide.
  
 
|-
 
|-
−
| 06:48
+
| 06:34
−
|Command history পূর্বে ব্যবহৃত কমান্ড তালিকাভুক্ত করে।
+
| প্রাথমিকভাবে এই স্ট্রাকচার ribbons হিসাবে দেখায়।
  
 
|-
 
|-
−
| 06:53
+
| 06:39
−
|Commands, Command এ ক্লিক করে আবার নিষ্পাদিত করা যায়।
+
| nucleic acid sugars এবং bases, tube এবং slab উপস্থাপনা হিসাবে দেখায়।
  
 
|-
 
|-
−
| 06:57
+
| 06:46
−
|Command line লুকোতে, ড্রপ ডাউন মেনুতে Hide command line বিকল্পে ক্লিক করুন।
+
| presets মেনুটি স্ক্রোল করুন এবং interactive 2 বিকল্পে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 07:03
+
| 06:53
−
|আপনার নির্মিত কাঠামো save করার অনেক বিকল্প রয়েছে। File menu খুলুন।
+
| এটি DNA কে wire এবং netropsin কে spheres হিসাবে দেখাবে।
  
 
|-
 
|-
−
| 07:09
+
| 06:59
−
|আপনি এটি করতে পারেন: Restore a Session, Save a Session
+
| সলভেন্ট  মুছে ফেলতে কমান্ড লিখুন: delete space solvent. এন্টার টিপুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 07:14
+
| 07:09
−
|ইমেজ JPEG বা PNG ফরম্যাটে সংরক্ষণ করুন।
+
| এই স্ট্রাকচারের জন্য সার্ফেস দেখাতে, Actions মেনুতে স্ক্রোল করুন, surface চয়ন করুন।
 +
 
 +
সাব-মেনু থেকে, show চয়ন করুন।  
  
 
|-
 
|-
−
| 07:19
+
| 07:20
−
|ইমেজ PDB বা Mol2 ফাইল হিসাবে সংরক্ষণ করুন, দৃশ্য Export করুন ইত্যাদি।
+
| প্যানেলটি দেখুন। DNA স্ট্রাকচার এখন সার্ফেসের সাথে দেখায়।
  
 
|-
 
|-
 
| 07:27
 
| 07:27
−
|প্রদর্শন করতে, ইমেজে JPEG ফরম্যাটে সংরক্ষণ করি।
+
| মেজর groove এবং মাইনর groove স্পষ্টরূপে ছবিতে দেখায়।
  
 
|-
 
|-
−
|07:33
+
| 07:33
−
|Save image বিকল্পে ক্লিক করুন। একটি Save image ডায়লগ বাক্স খোলে।
+
| ligand, nitropsin মাইনর groove এ আবদ্ধ দেখায়।
  
 
|-
 
|-
−
| 07:40
+
|07:38
−
|ফাইলের স্থান হিসাবে ডেস্কটপ চয়ন করুন।
+
| সার্ফেস দেখানোর 3 টি ভিন্ন উপায় রয়েছে।
  
 
|-
 
|-
−
| 07:44
+
| 07:41
−
| File name কে 1zik লিখুন। File name কে JPEG হিসাবে লিখুন।
+
| Actions মেনুতে স্ক্রোল করুন, surface চয়ন করুন। সাব-মেনুতে 3 টি বিকল্প রয়েছে: Solid, mesh এবং dot.
  
 
|-
 
|-
 
| 07:52
 
| 07:52
−
|আপনার প্রয়োজন অনুযায়ী ইমেজের আকার নিশ্চিত করুন।
+
| ডিফল্টরূপে, সার্ফেস solid হিসাবে দেখায়।
  
 
|-
 
|-
−
| 07:56
+
| 07:57
−
|প্রদর্শন করতে, আমি প্রস্থ হিসাবে 800 এবং উচ্চতা হিসাবে 600 লিখব।
+
| মেশ সার্ফেস দেখতে mesh এ ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 08:05
+
| 08:02
−
|Save বোতামে ক্লিক করুন। ইমেজ ডেস্কটপে 1zik.jpg হিসাবে সংরক্ষণ হয়।
+
| ডট সার্ফেস দেখতে dot এ ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 08:15
+
| 08:07
−
|সংক্ষিপ্তকরণ করি যে এখানে আমরা শিখেছি।
+
| সলিড সার্ফেসে ফিরে ফিরে solid এ ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
|08:17
+
| 08:11
−
|এখানে আমরা কমান্ড লিখেছি,  display কে atoms এ বদলানো।
+
| আমরা সলিড সার্ফেসের জন্য স্বচ্ছতার মাত্রা সামঞ্জস্য করতে পারি।
  
 
|-
 
|-
−
| 08:22
+
| 08:16
−
| ribbons দেখানো এবং লুকোনো।
+
| আবার Actions মেনুতে যান, Surface এ ক্লিক করুন।
 +
 
 +
|-
 +
| 08:20
 +
| Transparency বিকল্প চয়ন করুন এবং percentage বিকল্প চয়ন করুন।
  
 
|-
 
|-
 
| 08:25
 
| 08:25
−
| amino acid residues এর রঙ বদলানো।
+
| বর্ণনের জন্য জন্য, আমি 50% চয়ন করব।
  
 
|-
 
|-
−
| 08:28
+
| 08:29
−
|আলাদা আলাদা residues লেবেল করা.
+
| প্যানেলটি দেখুন।
  
 
|-
 
|-
 
| 08:31
 
| 08:31
−
|solvent molecules মুছে ফেলা। ইমেজ ভিন্ন ভিন্ন ফাইল ফরম্যাটে সংরক্ষণ করা।
+
| সার্ফেসে একটি ভিন্ন রঙ দিতে: Actions মেনুতে Color বিকল্পে ক্লিক করুন, স্ক্রোল করুন এবং all options এ ক্লিক করুন।
 +
 
 
|-
 
|-
−
|08:38
+
| 08:41
−
|অনুশীলনী হিসাবে Human oxy-hemoglobin (PDB code: 2dn1) এর কাঠামো লোড করতে কম্যান্ড লিখুন।
+
| একটি color Actions ডায়ালগ বাক্স খোলে।
  
 
|-
 
|-
−
| 08:48
+
| 08:45
−
| ডিসপ্লে atoms এ বদলান এবং ribbons লুকোন।
+
| coloring applies to সেটিংকে surfaces এ বদলান।
  
 
|-
 
|-
−
| 08:52
+
| 08:51
−
| সকল histidine residues কে সবুজ রঙ করুন।
+
| surfaces এর পাশে রেডিও বোতামে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 08:56
+
| 08:55
−
|solvent molecules সরান এবং ইমেজ JPEG ফরম্যাটে সংরক্ষণ করুন।
+
| কলর প্যানেল থেকে যে কোনো রঙে ক্লিক করুন। আমি dim gray চয়ন করব।
  
 
|-
 
|-
−
| 09:03
+
| 09:02
−
|আপনার সম্পন্ন কাজ নিম্নরূপ হওয়া উচিত।
+
| প্যানেলটি দেখুন। পৃষ্ঠের রঙ এখন dim gray তে বদলে গেছে।
 +
 
 +
ডায়লগ বাক্স বন্ধ করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 09:12
+
| 09:11
−
|নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়।
+
| File মেনুতে Save Image বিকল্প দ্বারা ইমেজ সংরক্ষণ করুন।
  
−
এটি ডাউনলোড করে দেখুন।
 
 
|-
 
|-
−
| 09:19
+
| 09:16
−
|স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়।
+
| সংক্ষিপ্তকরণ করি। এখানে আমরা প্রোটিন এবং DNA স্ট্রাকচারের জন্য অ্যামিনো অ্যাসিড হাইড্রোফোবিসিটি এবং ইলেক্ট্রস্ট্যাটিক পোটেনশিয়াল সার্ফেস দেখানো শিখেছি।
  
−
অধিক জানতে আমাদের লিখুন।
+
|-
 +
| 09:30
 +
|  ভিন্ন ভিউইং সেটিংস দ্বারা প্রকাশনার জন্য উচ্চ মানের ইমেজ বানানো।
  
 
|-
 
|-
−
|09:29
+
| 09:37
−
|স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা পরিচালিত।
+
| এখন, অনুশীলনী হিসাবে: human hemoglobin (pdb code: 2dn1) স্ট্রাকটারের জন্য অ্যামিনো অ্যাসিড হাইড্রোফোবিসিটি সার্ফেস এবং  ইলেক্ট্রস্ট্যাটিক পোটেনশিয়াল সার্ফেস দেখান।
  
 
|-
 
|-
−
| 09:35
+
| 09:51
−
|এই মিশনের সম্পর্কে আরো তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য।
+
|hem ligand কে সবুজ রঙ করুন। আপনার সম্পন্ন কাজ এইরকম হওয়া উচিত।
  
 
|-
 
|-
−
| 09:40
+
| 10:11
−
|আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ।
+
| নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়। এটি ডাউনলোড করে দেখুন।
  
 +
|-
 +
| 10:18
 +
| স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়। অধিক জানতে আমাদের লিখুন।
 +
|-
 +
| 10:28
 +
| স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা পরিচালিত। এই মিশনের সম্পর্কে আরো তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য।
 +
 +
|-
 +
| 10:39
 +
| আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ।
 
|}
 
|}

Latest revision as of 16:40, 31 October 2018

Time
Narration
00:01 Chimera তে Surface Properties এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।
00:06 এখানে আমরা শিখব: প্রোটিন এবং DNA স্ট্রাকচারের জন্য সার্ফেস দেখানো।
00:12 অ্যামিনো অ্যাসিড হাইড্রোফোবিসিটি এবং ইলেক্ট্রস্ট্যাটিক পোটেনশিয়াল দ্বারা রঙ করা প্রোটিন সার্ফেসের ইমেজ বানানো।
00:22 টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে, Chimera ইন্টারফেসের সাথে পরিচিত হতে হবে।

না হলে, প্রাসঙ্গিক টিউটোরিয়ালের জন্য, আমাদের ওয়েবসাইটে যান।

00:33 এখানে ব্যবহার করছি: Ubuntu OS সংস্করণ 14.04, Chimera সংস্করণ 1.10.2
00:42 মজিলা ফায়ারফক্স ব্রাউজার 42.0 এবং একটি কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ।
00:49 এখানে আমি Chimera উইন্ডো খুলেছি।
00:52 কমান্ড লাইন দ্বারা RTX CPD টক্সিনের একটি স্ট্রাকচার খুলুন।
00:58 Favorites মেনু দ্বারা কমান্ড লাইন খুলুন।
01:02 কমান্ড লাইন টেক্সট বাক্সে, লিখুন: Open space 3eeb
01:10 3eeb হল RTX CPD টক্সিনের pdb কোড। এন্টার টিপুন।
01:18 প্রোটিন স্ট্রাকচারটি প্যানেলে দেখায়। এতে প্রোটিনের দুটি কপি রয়েছে।
01:26 কপিগুলির একটি মুছে ফেলতে কমান্ড লাইনে কমান্ডস লিখুন, যা হল chain A.
01:33 কমান্ড লাইন টেক্সট বাক্সে, লিখুন: delete colon dot a. এন্টার টিপুন।
01:43 প্যানেলটি দেখুন, এনজাইমের একটি কপি মুছে ফেলা হয়েছে।
01:48 Protease ডোমেন ligand inositol hexakisphosphate এ আবদ্ধ।

সংক্ষেপে, IHP এবং Sodium আয়ন।

01:58 এরপর, সলভেন্ট অণু মুছে ফেলুন, যা লিগ্যান্ডের কাছে লাল ডটস হিসাবে উপস্থিত।

লিখুন: delete space solvent. এন্টার টিপুন।

02:09 সোডিয়াম আয়ন মুছতে যা Ligand এর সাথে উপস্থিত,

লিখুন: delete ions. এন্টার টিপুন।

02:19 এখন Presets বিকল্প দ্বারা প্রোটিনের স্ট্রাকচার দেখাতে পারি।
02:25 মেনু বারে Presets বিকল্পে ক্লিক করুন।
02:29 Interactive 3, hydrophobicity surface চয়ন করুন।
02:34 এটি amino acid hydrophobicity দ্বারা কলর করা মলিকিউল সার্ফেস দেখাবে।
02:41 সর্বাধিক পোলার রেসিডিউয়ের জন্য নীল।
02:45 সবচেয়ে হাইড্রোফোবিকের জন্য কমলা লাল এবং নিউট্রাল রেসিডিউয়ের জন্য সাদা।
02:52 প্রোটিন সাধারণত তাদের সার্ফেস রিজিয়ন দ্বারা অন্যান্য প্রোটিন এবং অণুর সাথে যোগাযোগ করে।
02:59 আণবিক সার্ফেস দ্বারা প্রোটিনের প্রতিনিধিত্ব প্রোটিন ফোল্ডিং এর অধ্যয়নে সাহায্য করে।
03:06 জৈব মলিকিউল স্বীকৃতির পূর্বাভাস।
03:09 drug binding cavities এবং Molecular Graphics সনাক্তকরণ।
03:15 Chimera উইন্ডোতে ফিরে যাওয়া।
03:18 এরপর, প্রোটিনের জন্য ইলেকট্রস্ট্যাটিক পোটেনশিয়াল সার্ফেস দেখানো।
03:24 Tools মেনুতে ক্লিক করুন, Surface\Binding Analysis এ স্ক্রোল করুন।
03:30 সাব-মেনু থেকে, coulombic surface coloring চয়ন করুন।
03:36 Coulombic Surface Coloring ডায়লগ বাক্স খোলে।
03:41 রঙ এবং সংশ্লিষ্ট ভ্যালু বদলাতে পারে।
03:45 ডিফল্ট সেটিংস বেশিরভাগ সময় ভাল কাজ করে। OK বোতামে ক্লিক করুন।
03:51 প্যানেলে, প্রোটিন electrostatic potential surface দেখাচ্ছে।
03:57 নেগেটিভ পোটেনশিয়ালের জন্য লাল রঙ, পজিটিভ পোটেনশিয়ালের জন্য নীল এবং নিউট্রালের জন্য সাদা।
04:07 এখন প্রকাশনা, উপস্থাপনা ইত্যাদির জন্য উচ্চমানের ইমেজ বানানো দেখি।
04:14 Set attribute কমান্ড ব্যবহার করে inositol ligand এর স্টিক একটু পুরু করুন।

setattr space m space stickScale 2. Enter টিপুন।

04:35 ভালো ইমেজ সেটিংসের জন্য publication preset ব্যবহার করুন।
04:40 আবার Presets মেনু স্ক্রোল করুন, Publication 1 চয়ন করুন।
04:45 এটি সাদা ব্যাকগ্রাউন্ড, কালো আউটলাইন এবং বর্ধিত প্রান্তের মসৃণতা সহ একটি ইমেজ বানাবে।
04:54 এই সময়ে, আমরা অন্যান্য প্যারামিটার যেমন লাইনের বেধ, লাইটিং ইত্যাদি সমন্বয় করতে পারি।
05:02 Tools মেনুতে ক্লিক করুন, স্ক্রোল করুন এবং Viewing Controls এ ক্লিক করুন।
05:08 সাব-মেনু থেকে lighting এ ক্লিক করুন।
05:11 ভিন্ন ভিউ সেটিংস বদলাতে ট্যাব সহ একটি Viewing উইন্ডো খোলে:
05:16 যেমন Camera, Sideview, Rotation, Effects, Lighting.
05:23 lightings বিকল্পে, একটি সহজ লাইনের অঙ্কন দেখতে, mode বোতামে ক্লিক করুন, তালিকা থেকে ambient চয়ন করুন।
05:34 প্যানেলটি দেখুন।
05:36 ডিফল্ট লাইটিং মোড পুনরুদ্ধার করতে, Two-point বিকল্প চয়ন করুন।
05:42 উইন্ডো বন্ধ করতে close বোতামে ক্লিক করুন।
05:46 File মেনুতে Save image বিকল্প দ্বারা ইমেজ সংরক্ষণ করুন।
05:51 এখন DNA স্ট্রাকচারের জন্য সার্ফেস উপস্থাপনা দেখি।
05:56 বর্তমান সেশন বন্ধ করুন। File মেনুতে ক্লিক করুন। নীচে স্ক্রোল করুন এবং Close Session বিকল্পে ক্লিক করুন।
06:04 গ্রাফিক্স উইন্ডো খুলুন। কমান্ড লাইন দ্বারা DNA স্ট্রাকচার আনয়ন করুন।
06:11 কমান্ড লাইন টেক্সট বাক্সে, লিখুন: open 1d86, এন্টার টিপুন।
06:20 স্ট্রাকচারটি netropsin অণুর সাথে আবদ্ধ ডাবল হেলিকাল DNA.
06:27 Netropsin হল antibiotic এবং antiviral বৈশিষ্ট্যের সাথে একটি polyamide.
06:34 প্রাথমিকভাবে এই স্ট্রাকচার ribbons হিসাবে দেখায়।
06:39 nucleic acid sugars এবং bases, tube এবং slab উপস্থাপনা হিসাবে দেখায়।
06:46 presets মেনুটি স্ক্রোল করুন এবং interactive 2 বিকল্পে ক্লিক করুন।
06:53 এটি DNA কে wire এবং netropsin কে spheres হিসাবে দেখাবে।
06:59 সলভেন্ট মুছে ফেলতে কমান্ড লিখুন: delete space solvent. এন্টার টিপুন।
07:09 এই স্ট্রাকচারের জন্য সার্ফেস দেখাতে, Actions মেনুতে স্ক্রোল করুন, surface চয়ন করুন।

সাব-মেনু থেকে, show চয়ন করুন।

07:20 প্যানেলটি দেখুন। DNA স্ট্রাকচার এখন সার্ফেসের সাথে দেখায়।
07:27 মেজর groove এবং মাইনর groove স্পষ্টরূপে ছবিতে দেখায়।
07:33 ligand, nitropsin মাইনর groove এ আবদ্ধ দেখায়।
07:38 সার্ফেস দেখানোর 3 টি ভিন্ন উপায় রয়েছে।
07:41 Actions মেনুতে স্ক্রোল করুন, surface চয়ন করুন। সাব-মেনুতে 3 টি বিকল্প রয়েছে: Solid, mesh এবং dot.
07:52 ডিফল্টরূপে, সার্ফেস solid হিসাবে দেখায়।
07:57 মেশ সার্ফেস দেখতে mesh এ ক্লিক করুন।
08:02 ডট সার্ফেস দেখতে dot এ ক্লিক করুন।
08:07 সলিড সার্ফেসে ফিরে ফিরে solid এ ক্লিক করুন।
08:11 আমরা সলিড সার্ফেসের জন্য স্বচ্ছতার মাত্রা সামঞ্জস্য করতে পারি।
08:16 আবার Actions মেনুতে যান, Surface এ ক্লিক করুন।
08:20 Transparency বিকল্প চয়ন করুন এবং percentage বিকল্প চয়ন করুন।
08:25 বর্ণনের জন্য জন্য, আমি 50% চয়ন করব।
08:29 প্যানেলটি দেখুন।
08:31 সার্ফেসে একটি ভিন্ন রঙ দিতে: Actions মেনুতে Color বিকল্পে ক্লিক করুন, স্ক্রোল করুন এবং all options এ ক্লিক করুন।
08:41 একটি color Actions ডায়ালগ বাক্স খোলে।
08:45 coloring applies to সেটিংকে surfaces এ বদলান।
08:51 surfaces এর পাশে রেডিও বোতামে ক্লিক করুন।
08:55 কলর প্যানেল থেকে যে কোনো রঙে ক্লিক করুন। আমি dim gray চয়ন করব।
09:02 প্যানেলটি দেখুন। পৃষ্ঠের রঙ এখন dim gray তে বদলে গেছে।

ডায়লগ বাক্স বন্ধ করুন।

09:11 File মেনুতে Save Image বিকল্প দ্বারা ইমেজ সংরক্ষণ করুন।
09:16 সংক্ষিপ্তকরণ করি। এখানে আমরা প্রোটিন এবং DNA স্ট্রাকচারের জন্য অ্যামিনো অ্যাসিড হাইড্রোফোবিসিটি এবং ইলেক্ট্রস্ট্যাটিক পোটেনশিয়াল সার্ফেস দেখানো শিখেছি।
09:30 ভিন্ন ভিউইং সেটিংস দ্বারা প্রকাশনার জন্য উচ্চ মানের ইমেজ বানানো।
09:37 এখন, অনুশীলনী হিসাবে: human hemoglobin (pdb code: 2dn1) স্ট্রাকটারের জন্য অ্যামিনো অ্যাসিড হাইড্রোফোবিসিটি সার্ফেস এবং ইলেক্ট্রস্ট্যাটিক পোটেনশিয়াল সার্ফেস দেখান।
09:51 hem ligand কে সবুজ রঙ করুন। আপনার সম্পন্ন কাজ এইরকম হওয়া উচিত।
10:11 নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়। এটি ডাউনলোড করে দেখুন।
10:18 স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়। অধিক জানতে আমাদের লিখুন।
10:28 স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা পরিচালিত। এই মিশনের সম্পর্কে আরো তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য।
10:39 আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ।

Contributors and Content Editors

Kaushik Datta, Satarupadutta

Retrieved from "https://script.spoken-tutorial.org/index.php?title=UCSF-Chimera/C2/Surface-Properties/Bengali&oldid=45012"