UCSF-Chimera/C2/Picking-and-Selection/Bengali

From Script | Spoken-Tutorial
Revision as of 12:27, 14 February 2018 by Satarupadutta (Talk | contribs)

(diff) ← Older revision | Latest revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search
Time
Narration
00:01 Chimera দ্বারা Picking এবং Selection এর এই টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।
00:06 এখানে আমরা শিখব পরমাণু এবং residues এর জন্য লেবেল দেখানো।
00:12 Select menu দ্বারা বা Picking দ্বারা পরমাণু এবং residues চয়ন করা।
00:17 residues এর রঙ এবং প্রদর্শন বদলানো।
00:21 পরমাণু যুক্ত করা, মোছা বা বদলানো, বন্ড ঘোরানো।
00:27 ডিসপ্লে উইন্ডোতে একাধিক মডেল খুলুন। মডেল চয়ন করে স্থানান্তর করুন।
00:34 টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে আপনার স্নাতক স্তরের Biochemistry সম্পর্কে জানতে হবে।
00:40 বা structural biology জানতে হবে। প্রাসঙ্গিক টিউটোরিয়ালের জন্য, আমাদের ওয়েবসাইটে যান।
00:47 টিউটোরিয়ালটি রেকর্ড করতে ব্যবহার করছি Ubuntu Operating System সংস্করণ 14.04.
00:52 Chimera সংস্করণ 1.10.2
00:57 Mozilla Firefox ব্রাউজার 35.0
01:01 এবং একটি কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ।
01:04 এখানে আমি একটি Chimera উইন্ডো খুলেছি।
01:07 rapid access window তে, এখন ব্যবহৃত ডেটার সূচী থেকে 1zik এ ক্লিক করুন।
01:15 graphics window তে Leucine zipper এর একটি মডেল খোলে।
01:20 কাঠামোর ভিন্ন ভিন্ন উপাদান যেমন: রেসিডিউ, পরমাণু, বন্ড ইত্যাদি Chimera তে উপলব্ধ টুল দ্বারা সংশোধন করা যেতে পারে।
01:31 প্রথম ধাপ হল চয়ন করা।
01:34 চয়ন করার বিভিন্ন উপায় রয়েছে: মেনু বারে Select মেনু ব্যবহার করে।
01:40 graphics উইন্ডো থেকে Picking
01:43 কমান্ড লাইনে কমান্ড লিখে বা Favorites মেনুতে স্থিত Model Panel এবং Sequence বিকল্প চয়ন করে
01:53 chimera উইন্ডোতে ফিরে যান।
01:55 Leucine zipper মোটিফ leucine রেসিডিউয়ের পর্যায়ক্রমিক পুনরাবৃত্তি দ্বারা হয়।
02:02 এখন দেখাই যে এই কাঠামোতে স্থিত leucine কিভাবে লক্ষণীয় করে।
02:08 প্রিসেট মেনু থেকে interactive 2 বিকল্প চয়ন করুন।
02:12 এটি কাঠামোকে পরমাণু ডিসপ্লেতে দেখাবে। Select মেনু থেকে Residue বিকল্প চয়ন করুন।
02:20 সাব-মেনুতে অনেক বিকল্প রয়েছে।
02:23 অ্যামিনো অ্যাসিড ক্যাটাগরী মেনুতে এই অ্যামিনো অ্যাসিড গ্রুপ রয়েছে: aliphatic, aromatic, hydrophobic, polar ইত্যাদি।
02:34 এই কাঠামোতে স্থিত অ্যামিনো অ্যাসিড রেসিডিউয়ের সূচী স্ট্যান্ডার্ড অ্যামিনো অ্যাসিড মেনুতে উপলব্ধ।

leucine এ ক্লিক করুন।

02:42 সকল leucine রেসিডিউ এখন লক্ষণীয় হয়।
02:46 actions মেনুতে ক্লিক করুন এবং color চয়ন করুন।
02:49 আমি রঙের সূচী থেকে হলুদ চয়ন করব। সকল leucines এখন হলুদ রঙে দেখায়।
02:57 চয়ন মুছে ফেলতে, Select মেনুতে ক্লিক করুন। তারপর Clear selection বিকল্পে ক্লিক করুন।
03:03 Leucine, hydrophobic হওয়ায় এটি প্রোটিনের hydrophobic কোষে আবদ্ধ।
03:09 Presets বিকল্প দ্বারা প্রদর্শন রিবনসে বদলান। Interactive 1 এ ক্লিক করুন।
03:17 স্ক্রীন থেকে রেসিডিউ চয়ন করতে কার্সার কাঠামোর উপর রাখুন।
03:22 সনাক্তকরণ তথ্য সহ একটি pop-up balloon দেখায়।
03:26 এতে residue এর নাম, নম্বর এবং চেনের মত তথ্য রয়েছে।
03:32 আপনি কার্সার সরালে balloon অদৃশ্য হয়ে যায়।
03:36 কার্সার চেন A এর প্রথম residue তে নিয়ে আসুন, যা হল arginine.
03:41 কীবোর্ডের CTRL কী টিপে ধরে থাকুন এবং মাউসের বাম বোতামে ক্লিক করুন। CTRL কী ছেড়ে দিন।
03:49 রেসিডিউয়ের আউটলাইন লক্ষণীয় হয়। ডিফল্টরূপে চয়ন সবুজ রঙে থাকে।
03:57 আপনি একাধিক চয়ন করতে চাইলে; কীবোর্ডে CTRL এবং Shift উভয় কী টিপে ধরে থাকুন।
04:04 মাউস পেপটাইড চেনের উপর রাখুন। আপনার পছন্দের residues তে ক্লিক করুন।
04:10 কীবোর্ড থেকে CTRL এবং Shift উভয় কী ছেড়ে দিন।
04:14 এখন আপনি সংশোধনের জন্য রেসিডিউ চয়ন করেছেন।
04:18 Actions মেনু থেকে একটি বিকল্প চয়ন করুন। Actions মেনুতে ক্লিক করুন।
04:23 উদাহরণস্বরূপ পরমাণু প্রদর্শন করতে, atoms/bonds চয়ন করুন।

Show তে ক্লিক করুন।

04:30 চয়নিত রেসিডিউ এখন পরমাণুর প্রদর্শনে দেখায়। চয়ন মুছে ফেলুন।
04:36 আমরা Picking এর কাঠামোতে স্থিত পরমাণু বা বন্ডে পরিবর্তন করতে পারি।
04:42 কার্সারকে একটি অবজেক্ট যেমন একটি পরমাণু বা বন্ডে রাখুন।
04:47 এটি তার লেবেলের তথ্য একটি atomspec balloon এ দেখাবে।
04:52 পরমাণুর জন্য Atomspec balloon এ এমন তথ্য রয়েছে যেমন: Residue এর নাম, নম্বর, চেইন এবং পরমাণুর নাম।
05:01 পরমাণু চয়ন করতে, কীবোর্ডে CTRL কী টিপে ধরে থাকুন।
05:06 CTRL কী টিপে থাকার সময় সেই পরমাণুতে ক্লিক করুন যা বদলাতে চান।
05:11 পরমাণুটি এখন লক্ষণীয়। পরমাণুতে সংশোধন করতে CTRL কী ধরে রেখে পরমাণুতে ডাবল ক্লিক করুন।
05:20 context menu বিকল্প সহ খোলে।
05:24 Modify-atom বিকল্পে ক্লিক করুন। CTRL কী ছেড়ে দিন।
05:30 Build Structure উইন্ডো খোলে।
05:33 চয়নিত পরমাণু বদলাই যা হল মিথাইল গ্রুপে নাইট্রোজেন।
05:38 Build Structure উইন্ডোতে, ‘element এ carbon, bonds এ 4 এবং Apply বোতামে ক্লিক করুন।
05:49 প্যানেলটি দেখুন।
05:51 মিথাইল গ্রুপ এখন বিদ্যমান কাঠামোতে জুড়ে গেছে। উইন্ডো বন্ধ করুন।
05:57 বন্ড ঘোরানোরও একটি বিকল্প রয়েছে।
06:00 যে বন্ড আপনি ঘোরাতে চান তার উপর কার্সর রাখুন।
06:04 বন্ড সম্পর্কিত তথ্য atomspec balloon এ দেখায়।
06:09 বন্ড চয়ন করতে, কার্সার বন্ডের উপর রাখুন।
06:13 CTRL কী টিপে ধরে থাকুন। বাম মাউস বোতামে ক্লিক করুন।
06:18 চয়নিত বন্ড এখন লক্ষণীয় হয়েছে। CTRL কী টিপে থেকে বন্ডে ডবল ক্লিক করুন।
06:26 কীবোর্ডে CTRL কী ছেড়ে দিন।
06:29 context-menu খোলে। rotate bond বিকল্পে ক্লিক করুন।
06:35 স্ক্রীনে Build Structure ডায়লগ বাক্স দেখায়।
06:39 ডায়ালগ বাক্সে স্থিত রোটেটিং টুলে ক্লিক করুন এবং ঘোরান।
06:46 প্যানেলটি দেখুন। চয়নিত বন্ড এখন ঘুরছে।
06:51 আপনি কাঙ্ক্ষিত কোণে পৌঁছে গেলে ঘোরানো বন্ধ করুন। ডায়ালগ বাক্স বন্ধ করুন।
06:57 চয়ন মুছে ফেলুন। আমরা চেন লক্ষণীয় করতে টুল মেনু থেকে Sequence বিকল্প ব্যবহার করতে পারি।
07:05 টুলস মেনুর নীচে যান এবং Sequence বিকল্পে ক্লিক করুন।
07:10 সাব-মেনু থেকে Sequence চয়ন করুন।
07:13 Show model sequence ডায়লগ বাক্স দেখায়।
07:17 আপনি Chain A চয়ন করতে চাইলে Chain A তে ক্লিক করুন। তারপর show তে ক্লিক করুন।
07:23 স্ক্রীনে অ্যামিনো অ্যাসিড ক্রম সহ আরেকটি ডায়ালগ বাক্স দেখায়।
07:28 amino acid residues একক অক্ষর সমাহার দ্বারা প্রদর্শিত হয়।
07:34 চয়ন করতে ক্রমে ক্লিক করুন।
07:37 প্যানেল লক্ষ্য করুন, Chain A এখন লক্ষণীয় হয়।
07:41 উইন্ডো বন্ধ করতে Quit এ ক্লিক করুন।
07:44 Actions মেনুতে যান, Color এ স্ক্রোল করুন। হলুদ বিকল্পে ক্লিক করুন।
07:50 Chain A এখন হলুদ রঙে দেখায়। চয়ন মুছে ফেলুন।
07:55 আমরা Chimera window তে একাধিক কাঠামো খুলতে পারি।
07:59 দ্বিতীয় কাঠামো খুলতে ফাইল মেনু নীচে স্ক্রোল করুন।
08:03 Fetch by ID তে ক্লিক করুন।
08:06 Fetch structure by ID ডায়ালগ বাক্স খোলে।
08:11 PDB বিকল্প চয়ন করুন। তারপর 4 অক্ষরের PDB code লিখুন। উদাহরণস্বরুপ human insulin এর জন্য 4ex1 লিখুন।
08:23 fetch বোতামে ক্লিক করুন।
08:25 প্যানেলে দুটি প্রোটিন কাঠামো অপরের একে উপরে আসে।
08:29 দুটি ওভারল্যাপিং কাঠামো আলাদা করতে: আমাদের একটি মডেল চয়ন করে প্যানেলে আনতে হবে।
08:36 favorites মেনু দ্বারা Command line খুলুন।
08:39 Command line উইন্ডোর নীচের অংশে দেখায়।
08:43 মডেল জিরো আনচেক করতে ক্লিক করুন, যা leucine zipper দেখায়।
08:48 কার্সারটি insulin কাঠামোতে আনুন: মাউসের মাঝের বোতাম টিপুন।
08:54 তারপর মডেলটি প্যানেলের পছন্দসই স্থানে সরানোর জন্য টানুন। মাউস বোতামে ছেড়ে দিন।
09:01 মডেলটি চয়নপূর্বক স্ক্রীন থেকে সরাতে Favorites মেনু দ্বারা মডেল প্যানেল খুলুন।
09:08 Model Panel ডায়লগ বাক্স দেখায়।
09:11 যে মডেল আপনি সরাতে চান সেই model ID তে ক্লিক করে তা চয়ন করুন।
09:16 উদাহরণস্বরূপ আমি স্ক্রীন থেকে insulin মডেল সরাতে চাই।
09:21 model ID তে ক্লিক করুন। Close বিকল্পে ক্লিক করুন।
09:26 প্যানেলটি দেখুন। insulin এর মডেল এখন স্ক্রীন থেকে সরে গেছে।
09:32 মডেল প্যানেল উইন্ডো বন্ধ করুন।
09:34 আমরা এই টিউটোরিয়ালের শেষে এসেছি।
09:37 আমরা যা শিখেছি তা সংক্ষিপ্তকরণ করি।
09:40 এখানে আমরা পরমাণু এবং residues এর লেবেল করা শিখেছি।
09:46 Select menu দ্বারা বা Picking দ্বারা পরমাণু এবং residues চয়ন করা।
09:51 residues এর রঙ এবং প্রদর্শন বদলানো।
09:55 পরমাণু যোগ করা, মোছা বা বদলানো, বন্ড ঘোরানো।
10:00 ডিসপ্লে উইন্ডোতে একাধিক মডেল খোলা। মডেল চয়ন করা এবং সরানো।
10:06 অনুশীলনীর জন্য chimera উইন্ডোতে human insulin, pdb code 4ex1 এর কাঠামো খুলুন।
10:14 সকল hydrophobic অ্যামিনো অ্যাসিড residues কে নীল রঙ করুন।
10:19 সকল polar residues কে লাল রঙ করুন।
10:23 আপনার সম্পন্ন কাজ নিম্নরূপ হওয়া উচিত।
10:29 নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়।

এটি ডাউনলোড করে দেখুন।

10:36 স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়।

অধিক জানতে আমাদের লিখুন।

10:45 স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা পরিচালিত।

এই মিশনের সম্পর্কে আরো তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য।

10:55 আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ।

Contributors and Content Editors

Satarupadutta