Difference between revisions of "Jmol-Application/C4/3D-Models-of-Enzymes/Bengali"
From Script | Spoken-Tutorial
| Line 347: | Line 347: | ||
|- | |- | ||
||10:30 | ||10:30 | ||
| − | ||আমি | + | ||আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। ধন্যবাদ। |
Latest revision as of 12:43, 16 August 2016
| Time | Narration |
| 00:01 | Jmol এ 3D Models of Enzymes এর এই টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত। |
| 00:08 | এই টিউটোরিয়ালে আমরা Jmol প্যানেলে Human Pancreatic Hexokinase এর কাঠামো লোড করা সম্পর্কে শিখব। |
| 00:16 | সেকেন্ডারি কাঠামোর ডিসপ্লে পরিবর্তন করা। |
| 00:20 | সক্রিয় সাইটে অ্যামিনো অ্যাসিডের অবশিষ্ট হাইলাইট করা। |
| 00:25 | এনজাইমের স্তর এবং সহ উত্পাদক হাইলাইট করা। |
| 00:30 | প্রোটিনের জন্য Ramachandran প্লট দেখানো। |
| 00:35 | টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে মৌলিক বায়ো-কেমিস্ট্রি সম্পর্কে জানতে হবে। |
| 00:41 | Jmol অ্যাপ্লিকেশন উইন্ডো থেকে মৌলিক অপারেশনের সাথে পরিচিত থাকতে হবে। |
| 00:46 | Jmol এপ্লিকেশন শৃঙ্খলায় Proteins and Macromolecules টিউটোরিয়ালটি দেখুন। |
| 00:53 | এটি নিম্নলিখিত লিঙ্কে উপলব্ধ। |
| 00:57 | টিউটোরিয়ালটি রেকর্ড করতে ব্যবহার করছি, উবুন্টু অপারেটিং সিস্টেম সংস্করণ 12.04. |
| 01:05 | Jmol সংস্করণ 12.2.2. |
| 01:08 | জাভা সংস্করণ 7 এবং মোজিলা ফায়ারফক্স ব্রাউজার 22.0. |
| 01:16 | Jmol উইন্ডো খুলুন এবং hexokinase এনজাইমের কাঠামো লোড করুন। |
| 01:22 | আমি ইন্টারনেটের সাথে সংযুক্ত, তাই আমি PDB ওয়েবসাইট থেকে সরাসরি কাঠামো লোড করব। |
| 01:28 | এটি করতে, File মেনু খুলুন, নীচে স্ক্রোল করুন এবং Get PDB বিকল্পে টিপুন। |
| 01:37 | স্ক্রিনে একটি ইনপুট ডায়ালগ বাক্স দেখায়। hexokinase এর জন্য চার অক্ষরের PDB কোড লিখুন, যা হল টেক্সট বাক্সে 3IDH. |
| 01:50 | এই কোড Protein Data Bank ওয়েবসাইট থেকে উপলব্ধ। |
| 01:55 | আপনার কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ না থাকলে টুল বারে open a file আইকন ব্যবহার করে বিদ্যমান pdb ফাইল খুলুন। |
| 02:06 | OK বোতামে টিপুন। |
| 02:09 | পর্দায় প্রদর্শিত hexokinase এর 3D কাঠামো glucokinase হিসাবেও পরিচিত। |
| 02:16 | File মেনু থেকে কনসোল উইন্ডো খুলুন। |
| 02:21 | কনসোলে দেখানো, প্যানেলের কাঠামো Glucose সাব্সট্রেটের সাথে Human Pancreatic Glucokinase এর জন্য। |
| 02:31 | কনসোল বন্ধ করুন। |
| 02:34 | প্যানেলে hexokinase এর ball and stick মডেল রয়েছে। |
| 02:40 | প্যানেলে protein মডেল থেকে জলের অনু সরিয়ে দিন। |
| 02:44 | এই প্রক্রিয়া Jmol এর Proteins and macromolecules টিউটোরিয়ালে বিস্তারিতভাবে আলোচনা করা হয়েছে। |
| 02:53 | Hexokinase এনজাইম সম্পর্কে। |
| 02:56 | Hexokinase হল 465 অ্যামিনো অ্যাসিডের একটি মনোমেরিক প্রোটিন। |
| 03:02 | এর দুটি ডোমেন রয়েছে, একটি বড় ডোমেন এবং একটি ছোট ডোমেন। |
| 03:07 | এই এনজাইমের জন্য সক্রিয় সাইট দুটি ডোমেনের মাঝের ছিদ্রে স্থিত। |
| 03:14 | hexokinase এর জন্য সক্রিয় সাইটে 3 টি অ্যামিনো অ্যাসিডের অবশিষ্টাংশ রয়েছে। 204 এ Aspergine, 231 এ Aspergine এবং 256 এ Glutamic অ্যাসিড। |
| 03:30 | Alpha-D-Glucose এই এনজাইমের জন্য সাব্সট্রেটস। |
| 03:34 | এখন আমাদের Jmol প্যানেলে ফিরে যাই। |
| 03:38 | আমরা এইরকম এনজাইমের কম্পোনেন্ট নির্বাচন এবং হাইলাইট করতে পারি: সক্রিয় সাইটে Substrate, Cofactors বা Amino acid রেসিডিউ। |
| 03:49 | একটি নির্দিষ্ট কম্পোনেন্ট নির্বাচন করতে ডান ক্লিক ব্যবহার করে পপ-আপ মেনু খুলুন। |
| 03:55 | Select বিকল্পে স্নীচে স্ক্রোল করুন। |
| 03:57 | সাব-মেনু থেকে Proteins এবং By Residue name নির্বাচন করুন। |
| 04:04 | এখানে পৃথক অ্যামিনো অ্যাসিডের রেসিডিউ তালিকাভুক্ত রয়েছে। |
| 04:10 | এটি নির্বাচন করতে অ্যামিনো অ্যাসিডের নামে টিপুন। |
| 04:14 | এছাড়াও অ্যামাইনো অ্যাসিড এইরকম হেডিং এর নীচে সারিবদ্ধ রয়েছে: Polar, Non-polar, Basic, Acidic, Uncharged ইত্যাদি। |
| 04:26 | Hetero মেনুতে তালিকাভুক্ত রয়েছে মেটাল আয়ন পটাসিয়াম এবং গ্লুকোজ সাব্সট্রেট। |
| 04:34 | সাব্সট্রেট বাইন্ডিং সাইট সহজে সনাক্ত করতে এনজাইমের ডিসপ্লে পরিবর্তন করতে পারি। |
| 04:41 | প্রোটিনের পরমাণুর ডিসপ্লে এবং রঙ পরিবর্তন করি। |
| 04:46 | পপ-আপ মেনু খুলুন, Select এ যান এবং Protein বিকল্পে স্ক্রোল করুন। All এ টিপুন। |
| 04:55 | আবার পপ-আপ মেনু খুলুন, Style এ স্ক্রোল করুন এবং তারপর Scheme এ। Sticks বিকল্পে টিপুন। |
| 05:05 | এখন আমরা প্যানেলে রয়েছি, প্রোটিন sticks ডিসপ্লেতে রয়েছে। |
| 05:11 | এখন রঙ পরিবর্তন করতে আবার পপ-আপ মেনু খুলুন। Color, Atoms এ যান, এবং Blue বিকল্পে টিপুন। |
| 05:23 | আমাদের স্ক্রিনে নীল রঙের hexokinase এর মডেল sticks ডিসপ্লেতে রয়েছে। |
| 05:30 | ক্লেফ্টে ball and stick ডিসপ্লেতে Alfa-D-Glucose সাব্সট্রেট লক্ষ্য করুন। |
| 05:38 | সাব্সট্রেট লক্ষনীয় করতে, পপ-আপ মেনু খুলুন, Select এ যান এবং তারপর Hetero এবং GLC-ALFA-D-GLUCOSE এ টিপুন। |
| 05:52 | আবার পপ-আপ মেনু খুলুন, Style এবং Scheme এ স্ক্রল করুন এবং Sticks বিকল্পে টিপুন। |
| 06:00 | রঙ পরিবর্তন করতে আবার পপ-আপ মেনু খুলুন, Color এবং Atoms এ যান এবং White বিকল্পে টিপুন। |
| 06:12 | প্যানেলে এটি সাব্সট্রেটের সাথে পরিষ্কারভাবে লক্ষনীয় করা hexokinase এর মডেল। |
| 06:20 | আমরা এগুলি লক্ষনীয় করতে সক্রিয় সাইটে অ্যামাইনো অ্যাসিডের রঙ পরিবর্তন করতে পারি। |
| 06:26 | এটি করতে, আমাদের কনসোল উইন্ডোতে কমান্ড লিখতে হবে। |
| 06:32 | আগে উল্লিখিত সক্রিয় সাইটে জড়িত অ্যামিনো অ্যাসিড Aspergine, 204 এ, Aspergine, 231 এ এবং Glutamic acid, 256 এ রয়েছে। |
| 06:50 | File মেনু থেকে কনসোল উইন্ডো খুলুন। Console এ টিপুন। |
| 06:57 | আমি কনসোল উইন্ডো বড় করতে Kmag স্ক্রীন ম্যাগনিফায়ার ব্যবহার করছি। |
| 07:03 | $ প্রম্পটে লিখুন: select বর্গাকার বন্ধনীতে aspergine এর জন্য Asn বন্ধনী বন্ধ করুন 204 অর্থাৎ স্থান সেমিকোলন color atoms orange. |
| 07:25 | এন্টার টিপুন। |
| 07:27 | লক্ষ্য করুন যে aspargine রেসিডিউয়ের পরমাণু এখন কমলা রঙে রয়েছে। |
| 07:33 | কী বোর্ডে আপ অ্যারো বোতাম টিপুন এবং কমান্ড এডিট করুন। |
| 07:39 | অ্যামাইনো অ্যাসিডের স্থান 231 এ এডিট করুন এবং পরমাণুর রঙ লালে বদলান। |
| 07:48 | এন্টার টিপুন। |
| 07:51 | আপ অ্যারো কী টিপুন এবং আবার এবং অ্যামাইনো অ্যাসিডের নাম GLU তে বদলান যা হল গ্লুটামিক অ্যাসিড এবং তার স্থান 256 এ। |
| 08:06 | পরমাণুর রঙ সবুজে এবং এন্টার টিপুন। |
| 08:13 | প্যানেলে লক্ষনীয় সক্রিয় সাইট এবং সাব্সট্রেটের সাথে hexokinase একটি 3D মডেল রয়েছে। |
| 08:23 | এছাড়াও এখানে মডেলে লক্ষ্যনীয় বেগুনী রঙে থাকা পটাসিয়াম পরমাণু রয়েছে। |
| 08:30 | এছাড়াও আমরা jmol এ একটি বিশেষ প্রোটিনের জন্য ramachandran প্লট দেখাতে পারি। |
| 08:36 | কনসোলে, $ প্রম্পটে লিখুন plot ramachandran |
| 08:45 | এন্টার টিপুন। |
| 08:47 | স্ক্রিনে hexokinase এর জন্য ramachandran প্লট রয়েছে। |
| 08:54 | ডাটাবেস থেকে পিডিবি ফাইল দ্বারা বিভিন্ন এনজাইম লোড করার চেষ্টা করুন। |
| 09:00 | সেকেন্ডারি স্ট্রাকচারের ডিসপ্লে পরিবর্তন করুন। |
| 09:04 | সংক্ষিপ্তকরণ করি। এই টিউটোরিয়ালে শিখেছি পিডিবি কোড ব্যবহার করে Human Pancreatic Hexokinase এর লোড স্ট্রাকচার। |
| 09:14 | সেকেন্ডারি স্ট্রাকচারের ডিসপ্লে পরিবর্তন করা। |
| 09:17 | সক্রিয় সাইটে অ্যামাইনো অ্যাসিডের রেসিডিউ লক্ষনীয় করা। |
| 09:21 | এনজাইমের সাব্সট্রেট এবং কো-ফ্যাক্টর লক্ষনীয় করা। |
| 09:25 | এবং প্রোটিনের জন্য ramachandran plot দেখা। |
| 09:30 | নির্দেশিত কাজ হিসাবে Jmol প্যানেলে Lysozyme এনজাইমের ডট পিডিবি ফাইল লোড করুন। |
| 09:38 | এনজাইমে আবদ্ধ সাব্সট্রেট লক্ষনীয় করুন। |
| 09:42 | সক্রিয় সাইটে অ্যামাইনো অ্যাসিড লক্ষনীয় করুন। |
| 09:46 | ইঙ্গিত: পিডিবি ডাটাবেস থেকে Lysozyme এর পিডিবি ফাইল প্রাপ্ত করুন। |
| 09:52 | এই URL এ উপলব্ধ ভিডিওটি দেখুন। |
| 09:56 | এটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে বোঝায়। |
| 10:00 | ভাল ব্যান্ডউইডথ না থাকলে ভিডিওটি ডাউনলোড করে দেখুন। |
| 10:04 | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল |
| 10:07 | কর্মশালার আয়োজন করে এবং প্রশংসাপত্র দেয়। |
| 10:10 | বিস্তারিত তথ্যের জন্য আমাদের কাছে লিখুন। |
| 10:14 | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প Talk to a Teacher প্রকল্পের অংশবিশেষ। |
| 10:19 | এটি ভারত সরকারের ICT, MHRD এর জাতীয় শিক্ষা মিশন দ্বারা সমর্থিত। |
| 10:25 | এই বিষয়ে বিস্তারিত তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য। |
| 10:30 | আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। ধন্যবাদ। |
