Jmol-Application/C2/Structures-from-Database/Bengali

From Script | Spoken-Tutorial
Revision as of 14:12, 25 February 2017 by Kaushik Datta (Talk | contribs)

(diff) ← Older revision | Latest revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search
Time Narration
00:01 JmolStructures from Database এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।
00:07 এই টিউটোরিয়ালে আমরা শিখব:
00:10 PubChem ডাটাবেস থেকে রাসায়নিক কাঠামো আঁকা এবং
00:14 GChemPaint এ আঁকা 2D কাঠামো Jmol3D মডেলে রূপান্তর করা।
00:21 টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে Jmol অ্যাপ্লিকেশন সম্পর্কে জানতে হবে।
00:27 না হলে, নিম্নলিখিত লিঙ্ক থেকে প্রাসঙ্গিক টিউটোরিয়াল দেখুন।
00:33 টিউটোরিয়ালটি রেকর্ড করতে
00:35 উবুন্টু OS সংস্করণ 12.04,
00:40 Jmol সংস্করণ 12.2.2
00:44 জাভা সংস্করণ 7
00:46 GChemPaint সংস্করণ 0.12.10
00:51 মোজিলা ফায়ারফক্স ব্রাউজার 22.0 ব্যবহার করছি।
00:56 আমি একটি নতুন Jmol এপ্লিকেশন খুলেছি।
01:00 Jmol এর ডাটাবেসে তালিকাভুক্ত যৌগের কাঠামো আঁকার বৈশিষ্ট্য রয়েছে।
01:07 মেনু বারে 'File' মেনুতে একটি বিকল্প 'Get MOL' রয়েছে।
01:12 এটি 'PubChem' ডাটাবেস রাসায়নিক কাঠামো থেকে অণু লোড করে।
01:17 এতে আরেকটি বিকল্প 'Get PDB' রয়েছে যা প্রোটিন ডেটা ব্যাংক থেকে প্রোটিন কাঠামো লোড করে।
01:26 এই বৈশিষ্ট্য অন্য টিউটোরিয়ালে ব্যাখ্যা করা হবে।
01:31 প্যানেলে রাসায়নিক কাঠামো লোড করতে 'Get Mol' এ টিপুন।
01:36 পর্দায় 'Input' নামক ডায়লগ বাক্স খোলে।
01:40 ডাটাবেসে তালিকাভুক্ত যে কোনো অণু টেক্সট বাক্সে লোড করতে লিখুন:
01:48 Common name বা IUPAC name
01:51 CAS number
01:54 CID number
01:56 InChi identifier বা
01:58 SMILES identifier
02:01 একটি বিশেষ রাসায়নিক যৌগের identification নম্বর জানতে PubChem ডাটাবেস ওয়েবসাইটে যান।
02:09 পর্দায় Phenol (ফেনল) প্রদর্শন করি।
02:13 এখন ইনপুট টেক্সট বাক্সে 'phenol' লিখুন।
02:16 OK বোতামে টিপুন।
02:20 প্যানেলে ফেনলের মডেল প্রদর্শিত হয়েছে।
02:24 আমরা বিভিন্ন রেন্ডারিং বিকল্প ব্যবহার করে ফেনলের প্রদর্শনী বদলাতে পারি।
02:30 এই বিকল্প মেনু বার এবং পপ আপ মেনুতে তালিকাভুক্ত রয়েছে।
02:36 আমরা ফেনলের বেঞ্জিন চক্রে প্রতিস্থাপী জুড়তে পারি।
02:41 প্রথমে মডেলে পরমাণু লেবেল করি।
02:45 Display মেনুতে টিপে Label নির্বাচন করুন। Number বিকল্পে টিপুন।
02:52 এখন, সংযুক্ত হাইড্রোজেন (H) সংখ্যা 10 কে কার্বন (C) সংখ্যা 4 এর সাথে একটি অ্যামিনো (amino) গ্রুপ দ্বারা প্রতিস্থাপিত করি।
03:00 model kit মেনু খুলে বিকল্প থেকে নাইট্রোজেন (N) নির্বাচন করুন।
03:06 হাইড্রোজেন সংখ্যা 10 এ টিপুন।
03:09 প্যানেলে এটি হল Para-Amino (প্যারা-অ্যামিনো) ফেনলের অণু।
03:14 আমরা ডিসপ্লে Sticks ডিসপ্লে তে বদলাবো।
03:18 model kit মেনু থেকে প্রস্থান করুন।
03:21 পপ আপ মেনু খুলুন, নীচে Style এ গিয়ে Scheme নির্বাচন করে Sticks বিকল্পে টিপুন।
03:30 প্যানেলে ডিসপ্লে তে এটি হল Para-Amino (প্যারা-অ্যামিনো) ফেনলের মডেল।
03:36 তৈরি করা কঠিন জটিল কাঠামো, প্যানেলে সহজে লোড করা যাবে।
03:42 উদাহরণস্বরূপ Cholesterol (কোলেস্টেরল)
03:45 File মেনুতে টিপুন।
03:47 Get Mol বিকল্পে টিপুন। টেক্সট বাক্সে লিখুন Cholesterol.
03:54 OK বোতামে টিপুন।
03:57 কোলেস্টেরলের একটি অণু প্যানেলে প্রদর্শিত হয়েছে।
04:02 আমরা অণুতে দ্বি-বন্ধন এবং পার্শ্ব চেনের মত বৈশিষ্ট্য লক্ষ্য করতে পারি।
04:08 দ্বি-বন্ধন লক্ষনীয় করতে, প্রথমে কার্বন পরমাণুর দ্বি-বন্ধনের রঙ পরিবর্তন করি।
04:15 টুল বারে 'Select atoms' আইকনে টিপুন।
04:19 তারপরে দ্বি-বন্ধনে জড়িত কার্বন পরমাণুর উপর টিপুন।
04:24 পরমাণুর চারপাশে হলুদ বর্ণবলয় দেখায়।
04:28 পপ আপ মেনু খুলুন।
04:30 Color এ স্ক্রোল করে Atoms নির্বাচন করে Orange বিকল্পে টিপুন।
04:37 টুল বারে “Rotate molecule” বিকল্পে টিপুন।
04:42 আপনি দেখবেন যে মডেলে দ্বি-বন্ধন এখন কমলা রঙে রয়েছে।
04:49 একইভাবে, আমরা পার্শ্ব চেনে কার্বন লক্ষনীয় করতে পারি।
04:54 আবার পপ আপ মেনুতে গিয়ে Violet নির্বাচন করুন।
04:59 প্যানেলে, লক্ষনীয় গুরুত্বপূর্ণ বৈশিষ্ট্য-এর সাথে কোলেস্টেরলের মডেল রয়েছে।
05:06 এখন
05:08 PubChem ডাটাবেস থেকে caffeine (ক্যাফিন) কাঠামো লোড করুন।
05:11 অণুতে গুরুত্বপূর্ণ বৈশিষ্ট্য লক্ষনীয় করুন।
05:15 ডিসপ্লে wireframe এ পরিবর্তন করুন।
05:19 এখন Jmol এর আরেকটি গুরুত্বপূর্ণ বৈশিষ্ট্য ব্যাখ্যা করব।
05:24 আমরা অন্য সফ্টওয়্যারে আঁকা অণুর 2D কাঠামো 3D মডেলে রূপান্তর করতে পারি।
05:31 এখানে প্যানেলে অ্যামিনো অ্যাসিড Alanine এর মডেল রয়েছে।
05:36 এই অণুর 2D কাঠামো আঁকার সফ্টওয়্যার হল GChemPaint.
05:42 কাঠামো .mol ফাইল হিসাবে সংরক্ষিত হয়েছে।
05:46 GChemPaint 2D কাঠামো আঁকার একটি ওপেন সোর্স সফটওয়্যার।
05:51 এই সম্বন্ধীয় টিউটোরিয়াল নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ।
05:56 কাঠামো এঁকে তা .mol ফরম্যাটে সংরক্ষণ করতে Analysis of Compounds টিউটোরিয়াল দেখুন।
06:05 GChempaint ডিসপ্লে এরিয়াতে প্রদর্শিত 2D কাঠামোগুলি হল:
06:10 Amino acid -Alanine
06:12 Nuclioside -Adenosine
06:14 Saccharide -Alpha-D glucopyranose
06:19 আমি এগুলি ডেস্কটপে .mol ফরম্যাটে সংরক্ষণ করেছি।
06:24 প্রথমে, Jmol অ্যাপ্লিকেশনে Alanine এর 2D কাঠামো 3D মডেল হিসাবে দেখি।
06:32 তাই আমি একটি নতুন Jmol উইন্ডো খুলবো।
06:36 টুল বারে 'Open a file' আইকনে টিপুন।
06:40 আমি Desktop ফোল্ডার নির্বাচন করে Open এ টিপব। Alanine.mol ফাইলে টিপে Open বোতামে টিপুন।
06:51 পর্দায় 'Alanine' এর 3D মডেল খোলে।
06:55 model kit মেনু খুলুন এবং 'fix hydrogens and minimize' বিকল্পে টিপুন।
07:03 কাঠামোতে হাইড্রোজেন যুক্ত এবং শক্তি ও নুন্যতম হয়েছে।
07:08 আমরা মেনু বার এবং পপ আপ মেনু ব্যবহার করেও প্রদর্শনী বদলাতে পারি।
07:15 এখানে এটি হল Adenosine এর 3D মডেল
07:19 এবং এটি হল Alpha-D-glucopyranose এর 3D মডেল।
07:25 সংক্ষেপে,
07:27 এই টিউটোরিয়ালে শিখেছি:
07:32 PubChem ডাটাবেস থেকে রাসায়নিক কাঠামো লোড করা।
07:34 ফেনল (Phenol) এবং কোলেস্টেরল (Cholesterol) এর ডিসপ্লে পরিবর্তন করা।
07:38 GChemPaint এ আঁকা 2D কাঠামো Jmol3D মডেলে রূপান্তর করা।
07:44 Alanine, Adenosine এবং Alpha-D-glucopyranose এর 2D কাঠামো 3D মডেলে রূপান্তর করা।
07:53 এখন
07:56 GChemPaint এ নিম্নলিখিত অ্যামিনো অ্যাসিডের 2D কাঠামো আঁকুন।
08:01 Cysteine (সিস্টিন)
08:03 Histidine (হিস্টিডিন), Phenylalanine (ফিনাইলঅ্যালানিন)
08:06 .mol ফাইল হিসাবে এটি সংরক্ষণ করুন।
08:09 Jmol এ ফাইলগুলি খুলে ডিসপ্লে পরিবর্তন করুন।
08:12 এই লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি দেখুন, http://spoken-tutorial.org/What_is_a_Spoken_ Tutorial
08:16 এটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে বোঝায়।
08:19 ভাল ব্যান্ডউইডথ না থাকলে ভিডিওটি ডাউনলোড করে দেখুন।
08:23 স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল
08:26 কর্মশালার আয়োজন করে।
08:29 অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়।
08:33 বিস্তারিত তথ্যের জন্য contact@spoken-tutorial.org তে ইমেল করুন।
08:40 স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প Talk to a Teacher প্রকল্পের অংশবিশেষ।
08:45 এটি ভারত সরকারের ICT, MHRD এর জাতীয় শিক্ষা মিশন দ্বারা সমর্থিত।
08:52 এই বিষয়ে বিস্তারিত তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য, http://spoken-tutorial.org/NMEICT-Intro
08:57 আমি কৌশিক দত্ত এই টিউটোরিয়ালটি অনুবাদ করেছি। ধন্যবাদ।

Contributors and Content Editors

Kaushik Datta