CellDesigner/C3/Customizing-Diagram-Layout/Bengali

From Script | Spoken-Tutorial
Revision as of 11:17, 11 December 2017 by Satarupadutta (Talk | contribs)

(diff) ← Older revision | Latest revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search
Time Narration
00:01 নমস্কার। Customizing Diagram Layout এর এই টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।
00:08 এখানে আমরা শিখব: Reaction লাইনের রঙ, আকৃতি এবং প্রস্থ বদলানো।
00:19 Anchor points কে Reaction লাইনের সাথে জোড়া, Components সারিবদ্ধ করা, Reaction ids দেখানো / লুকানো।
00:30 আমরা এও শিখব: Components এ নোট যোগ করা, প্রোটিন এডিট করা, তথ্য এডিট করা এবং
00:39 ডায়াগ্রামের একটি bird’s eye view পাওয়া।
00:44 টিউটোরিয়ালটি রেকর্ড করতে ব্যবহার করছি, উবুন্টু লিনাক্স অপারেটিং সিস্টেম 14.04, CellDesigner সংস্করণ 4.3, Java সংস্করণ 1.7.
01:01 টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে, শিক্ষার্থীদের স্নাতক স্তরের Biochemistry এবং CellDesigner ইন্টারফেস সম্পর্কে জানা উচিত।
01:12 না হলে, প্রাসঙ্গিক CellDesigner টিউটোরিয়ালের জন্য, Spoken Tutorial ওয়েবসাইটে যান।
01:20 এখন শুরু করি।
01:22 পূর্ববর্তী টিউটোরিয়ালের একটি অনুশীলনী ছিল- Methionine Biosynthesis এর জন্য প্রসেস ডায়াগ্রাম বানানো।
01:32 আমি এই টিউটোরিয়ালের উদাহরণ হিসাবে একই ডায়াগ্রাম ব্যবহার করছি। আমি এটি কাস্টমাইজ করা দেখাবো।
01:43 CellDesigner ইন্টারফেসে যাই।
01:47 আপনি এখানে Methionine Biosynthesis এর প্রসেস ডায়াগ্রাম দেখছেন।
01:53 টিউটোরিয়ালটি এখানে থামান এবং আপনার বানানো Methionine Biosynthesis প্রসেস ডায়াগ্রাম খুলুন।
02:01 আপনার কোনো সংরক্ষিত ফাইল না থাকলে আপনাকে দেওয়া কোড ফাইল থেকে খুলতে পারেন।
02:08 এখন ডায়াগ্রামটি কাস্টমাইজ করা শুরু করি।
02:12 CellDesigner ইন্টারফেসে ফিরে যাই।
02:16 শুরু করতে, আমি Reaction লাইনের প্রস্থ এবং রঙ বদলাবো।
02:22 এটি করতে, Homoserine এবং Succinylhomoserine এর মাঝে State Transition চয়ন করছি।
02:30 এখন, মেন মেনুবারে Component এ যান।
02:35 Change color & shape বিকল্পে ক্লিক করুন।
02:39 বিকল্পরূপে, আপনি Reaction লাইনে ডান ক্লিক করে Change color & shape বিকল্প চয়ন করতে পারেন।
02:47 Change color & shape নামে ডায়ালগ বাক্স দেখায়।
02:53 একটি পুরু Reaction লাইনের জন্য, Line Width কে 1.0 এর থেকে উচ্চতর মানে বদলান।
03:02 আমি এটি বদলে 3.0 করব।
03:06 Reaction লাইনের রঙ বদলাতে, Color panel এ যান।
03:12 Color panel এ হ্যান্ডেল যেমন একটি পয়েন্টার যুক্ত কলর wheel দেখতে পারি।
03:19 পয়েন্টারে ক্লিক করে ধরে রাখুন এবং পছন্দসই রঙ চয়ন করতে এটি ঘোরান।
03:25 আমি নীল রঙের ছায়াছবি চয়ন করব।
03:28 এরপর, রঙিন ত্রিভুজের যে কোনো জায়গায় ক্লিক করুন।
03:34 এখন, পয়েন্টারে ছোট বৃত্তে ক্লিক করুন এবং ছেড়ে দিন।
03:40 সকল পরিবর্তন করার পর Apply এবং তারপর Ok তে ক্লিক করুন।
03:48 লক্ষ্য করুন Reaction লাইন এখন পুরু এবং নীল রঙের দেখায়।
03:55 এরপর আমরা শিখব Reaction লাইনে Anchor points যোগ করা
04:01 এবং Anchor points, Reaction lines এর চারপাশে ঘোরাতে কেন উপযোগী।
04:09 এদের উপযুক্ত আকৃতি দিন এবং তাদের draw area তে সঠিক স্থানে রাখুন।
04:16 CellDesigner ইন্টারফেসে ফিরে আসি।
04:20 যে কোনো Reaction লাইন চয়ন করুন।
04:23 আমি Homoserine এবং SuccinylHomoserine এর মাঝে একই State Transition reaction line চয়ন করব।
04:31 এই লাইনে, কার্সার দ্বারা সঠিক স্থান চয়ন করুন যেখানে Anchor point রাখতে হবে।
04:39 একবার সঠিক বিন্দু চয়নের পর, ডান ক্লিক করুন এবং Add Anchor Point চয়ন করুন।
04:47 আপনি Reaction লাইনে চয়নিত সঠিক স্থানে নতুন যোগ করা Anchor point দেখবেন।
04:55 আমি দেখাবো যে Anchor Points একটি Reaction লাইন সংশোধন করতে কিভাবে সাহায্য করে।
05:03 একটি নতুন উইন্ডো খুলুন এবং এটিকে Anchor নাম দিন। Ok তে ক্লিক করুন।
05:11 এখন GTP / GDP এর আইকনে ক্লিক করুন।
05:18 ড্র এরিয়াতে যে কোনো স্থানে ক্লিক করুন।
05:22 Reaction line এ ডান ক্লিক করুন এবং Add Anchor Point এ ক্লিক করুন।
05:29 Reaction line ড্রেগ করুন এবং ড্র এরিয়াতে যে কোনো স্থানে ড্রপ করুন।
05:37 এরপর আমরা শিখব draw area তে কম্পোনেন্ট সারিবদ্ধ করা।
05:44 Methionine biosynthesis প্রসেস ডায়াগ্রাম উইন্ডোতে ফিরে আসি।
05:50 লক্ষণীয় Reaction লাইন আনচেক করতে ড্র এরিয়াতে যে কোনো স্থানে ক্লিক করুন।
05:56 এখন, Shift কী টিপে রাখুন এবং ড্র এরিয়াতে একাধিক Species এ ক্লিক করুন।
06:04 Edit মেনুতে যান, নীচে স্ক্রোল করুন, Alignment চয়ন করুন এবং Alignment type এ ক্লিক করুন।
06:15 বিকল্পরূপে, টুলবারে Alignment এর জন্য আইকনে ক্লিক করুন।
06:21 স্বয়ংক্রিয়ভাবে টুলবারে অন্যান্য Alignment বিকল্প সন্ধান করুন।
06:27 Alignment আন্ডু করুন এবং এগিয়ে যান।
06:31 Reaction এ কাজ করার সময়, আমরা প্রসেস ডায়াগ্রামে Reaction ids দেখাতে বা লুকোতে পারি?
06:39 এখন সেটি শিখি।
06:41 View তে যান, নীচে স্ক্রোল করুন এবং Show Reaction Id আনচেক করুন।
06:48 draw area তে সংশ্লিষ্ট রিঅ্যাকশনে Reaction ids আর দেখায় না।
06:55 আপনি Reaction Id দেখতে চাইলে নিম্ন করুন।
07:01 View তে যান, নীচে স্ক্রোল করুন এবং Show Reaction Id তে ক্লিক করুন।
07:08 Reaction ids, draw area তে সম্পর্কিত reactions এ দেখাবে।
07:15 আমরা draw area তে সকল কম্পোনেন্টে (Compartment, Species বা Reaction) নোট জুড়তে পারি।
07:21 এটি করা শিখি।
07:24 draw area তে একটি Species এ ডান ক্লিক করুন।
07:28 আমি CoA তে ক্লিক করব।
07:32 নীচে স্ক্রোল করুন এবং Species Notes এ ক্লিক করুন।
07:35 একটি পপ আপ মেনু দেখায়।
07:38 Species Notes নামে ডায়লগ বাক্স খোলে। Species এর সম্পর্কিত টেক্সট লিখুন।
07:46 আমি নিম্ন লিখব।
07:49 Ok তে ক্লিক করুন।
07:51 লক্ষ্য করুন নোটস সম্পর্কিত তথ্য Notes Area তে দেখানো হয়েছে।
07:58 বিকল্পরূপে, Species এ নোট জুড়তে, draw area তে Species এ ক্লিক করুন।
08:06 আমি Succinate এ ক্লিক করব।
08:09 এরপর, CellDesigner উইন্ডোর নীচে ডানদিকে স্থিত Edit Notes ট্যাবে ক্লিক করুন।
08:18 একটি পপ আপ উইন্ডো দেখাবে।
08:21 Species এর সম্পর্কিত টেক্সট লিখুন-
08:25 আমি লিখব এবং Ok তে ক্লিক করব।
08:30 একইভাবে আমরা একটি Protein এডিট করতে পারি।
08:35 এটি করতে, draw area তে কম্পোনেন্টে ডান ক্লিক করুন।
08:40 আমি Homoserine succinyl transferase এ ক্লিক করব।
08:46 নীচে স্ক্রোল করুন এবং Edit Protein এ ক্লিক করুন।
08:51 স্ক্রিনে Protein নামে একটি ডায়লগ বাক্স দেখায়।
08:55 name বাক্সে Protein এর নাম লিখুন।
09:00 আমি name বাক্সে O-succinyltransferase লিখব।
09:06 Update এ ক্লিক করুন এবং ডায়লগ বাক্স বন্ধ করুন।
09:11 আমরা Protein এ ক্ষেত্রও জুড়তে পারি।
09:15 draw area তে Protein এ ডান ক্লিক করুন।
09:19 আমি O- succinyltransferase এ ডান ক্লিক করব।
09:24 নীচে স্ক্রোল করুন এবং Edit Protein এ ক্লিক করুন।
09:29 স্ক্রিনে Protein নামে একটি ডায়ালগ বাক্স দেখায়।
09:33 residues/regions ট্যাবে Add বোতামে ক্লিক করুন।
09:40 ModificationResidue/Bindingregion ডায়ালগ বাক্সে:
09:46 ড্রপ ডাউন মেনু থেকে Type এ Binding region চয়ন করুন।
09:52 কার্সার আবশ্যক ভ্যালুতে সরিয়ে আকার এবং কোণ বদলান।
09:59 এই ডেমো জন্য, Size 15 এবং Angle 38 চয়ন করব।
10:09 তারপর Close এ ক্লিক করুন।
10:12 Update এ ক্লিক করুন
10:14 এবং বক্স বন্ধ করুন।
10:17 Methionine Biosynthesis এ ক্ষেত্র জোড়ার প্রয়োজন নেই, তাই আমি এই পরিবর্তন আন্ডু করব।
10:25 তারপর, আমরা তথ্য এডিট করা শিখি।
10:30 draw area তে component এ ডান ক্লিক করুন।
10:33 আমি Homoserine এ ক্লিক করব।
10:37 নীচে স্ক্রোল করুন এবং Edit Information এ ক্লিক করুন।
10:41 স্ক্রিনে Edit Information নামে ডায়লগ বাক্স দেখায়।
10:46 ডায়ালগ বাক্সে নিম্ন করুন - state ট্যাবে Open চয়ন করুন।
10:54 prefix ট্যাবে mt চয়ন করুন।
10:59 Label ট্যাবে dna চয়ন করুন।
11:04 Ok তে ক্লিক করুন।
11:07 আপনি ড্র এরিয়াতে প্রদর্শিত তথ্য mt:dna দেখতে পারেন।
11:15 আমি Edit Information আন্ডু করব, যেহেতু Methionine Biosynthesis এ এর প্রয়োজন নেই।
11:23 কিছু ক্ষেত্রে, process diagram জটিল হতে পারে।
11:28 এই ধরনের ক্ষেত্রে, Bird's eye view সাহায্য করতে পারে কারণ একটি বড় মডেলে নেভিগেট করা সুবিধাজনক।
11:37 Bird's eye view আইকনে ক্লিক করুন।
11:41 Bird’s Eye View রেড স্কোয়ার টানুন।
11:46 লক্ষ্য করুন draw area তে দৃশ্য সেই অনুযায়ী চলছে।
11:52 এই টিউটোরিয়াল এখানেই শেষ হয়।
11:56 সংক্ষিপ্তকরণ করি। এখানে আমরা শিখেছি: Reaction লাইনের রঙ, আকৃতি এবং প্রস্থ বদলানো।
12:07 Anchor points কে Reaction লাইনে যোগ করা, Components সারিবদ্ধ করা এবং Reaction ids দেখানো / লুকানো
12:18 আমরা এও শিখেছি- Components এ নোট যোগ করা.
12:23 Protein এডিট করা, তথ্য এডিট করা,
12:27 এবং ডায়াগ্রামের Bird’s Eye View পাওয়া।
12:32 অনুশীলনী হিসাবে, CellDesigner এ টুলস দ্বারা একটি গ্লাইকোসিসিস প্রসেস ডায়াগ্রাম বানান।
12:41 Reaction লাইনের বিভিন্ন আকৃতি সন্ধান করুন।
12:47 প্রদত্ত লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি দেখুন, এটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়।
12:52 ভালো ব্যান্ডউইডথ না থাকলে ভিডিওটি ডাউনলোড করে দেখুন।
12:57 স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে। অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়।
13:06 অধিক জানতে contact@spoken-tutorial.org তে লিখুন।
13:13 স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প Talk to a Teacher প্রকল্পের অংশবিশেষ। এটি ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা সমর্থিত। এই মিশন সম্পর্কে আরো তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য।
13:29 আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ।

Contributors and Content Editors

Satarupadutta