CellDesigner/C2/Getting-Started-with-CellDesigner/Hindi

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Time Narration
00:01 Getting started with CellDesigner के स्पोकन ट्यूटोरियल में आपका स्वागत है।
00:05 इस ट्यूटोरियल में हम सीखेंगे : सेलडिज़ाइनर के बारे में, सेलडिज़ाइनर में “मेनू” एवं “टूल” बार्स के बारे में।
00:13 सेलडिज़ाइनर वर्कस्पेस में विभिन्न क्षेत्रों के बारे में।
00:17 सेलडिज़ाइनर के “कम्पोनेंट्स” के बारे में, जिसमें Species एवं Reactions शामिल हैं
00:23 हम यह भी सीखेंगे कि एक सरल नेटवर्क कैसे बनाते हैं
00:27 नेटवर्क को सेव करना
00:29 इमेज एक्सपोर्ट करना
00:30 नेटवर्क को जूम करना
00:33 “सेलडिज़ाइनर” जीन रेगुलेटरी एवं बायोकेमिकल नेटवर्क बनाने के लिए एक प्रोसेस डायग्राम एडिटर है।
00:40 प्रोसेस डाईग्राम कीटानो द्वारा प्रस्तावित किया गया था, ये डायग्राम Systems Biology Markup Language (SBML) का उपयोग करके संग्रहित किए गए हैं।


00:50 मैं विंडोज XP एवं सेलडिज़ाइनर वर्जन 4.2 का प्रयोग कर रहा हूँ। सेलडिज़ाइनर लिनक्स एवं मैक OS X पर भी काम करता है।
01:00 सेलडिज़ाइनर खोलने के लिए, डेस्कटॉप पर सेलडिज़ाइनर के शार्टकट आइकॉन पर डबल क्लिक करें। 01:07 इससे सेलडिज़ाइनर खुल जायेगा, अब इसके बारे में जानते हैं।
01:12 Menu बार में आपको विभिन्न मेनू विकल्प जैसे - File, Edit, Component ,View, Database एवं अन्य मिलेंगे।
01:24 Main Menu में आपको विभिन्न Toolbars दिखाई देंगे।
01:30 यहाँ पर एडिटिंग, स्पीशीज़, रिएक्शन, कम्पोनेंट आदि के लिए Toolbars हैं।
01:38 आगे बढ़ते हुए हम इनमें से कुछ के बारे में सीखेंगे।
01:42 आइए सेलडिज़ाइनर वर्कस्पेस के विभिन्न क्षेत्रों के बारे में सीखते हैं।
01:48 जैसा कि आप देख सकते हैं, यहाँ 5 क्षेत्र हैं।
01:52 दाहिनी तरफ Draw क्षेत्र है।
01:55 यही वह जगह है, जहाँ हम नेटवर्क ड्रा करेंगें।
01:58 Draw क्षेत्र में आपको जो भी आकृतियाँ दिखाई देती हैं, उदाहरणार्थ - आयत, एक ओवल या एक रेखाखंड, “कम्पोनेंट” कहलाती हैं।
02:08 कम्पोनेंट species, reactions या compartment के लिए एक सामान्य शब्द है।
02:14 आप सेलडिज़ाइनर की वेबसाइट - www.celldesigner.org पर इन सभी संकेतो एवं उनके अर्थों की सूची देख सकते हैं।
02:29 मैं Documents पर क्लिक करूंगा।
02:33 अब स्टार्टअप गाइड पर क्लिक करते हैं। जो एक अन्य टैब पर भी है,
02:40 मैं सीधे पृष्ठ संख्या 82 पर जाऊँगा।
02:45 यहाँ आप विभिन्न संकेत व उनके अर्थ देख सकते हैं।
02:51 अब सेलडिज़ाइनर विंडो पर वापस आते हैं।
02:55 Draw क्षेत्र के नीचे ही List क्षेत्र है।
02:59 यहां आप किसी मॉडल के कम्पोनेंट्स एवं फंक्शन्स की सूची प्रदर्शित एवं संपादित कर सकते हैं।


03:06 “नोट्स” क्षेत्र का प्रयोग कम्पोनेंट के नोट्स प्रदर्शित एवं संपादित करने के लिए किया जाता है।
03:12 बाईं ओर, एक Tree क्षेत्र है, जो एक “ट्री स्ट्रक्चर” में शामिल कम्पोनेंट्स को सूचीबद्ध करता है।
03:21 इसके नीचे Layer क्षेत्र है, जो मॉडल की लेयरों को प्रदर्शित करता है।
03:27 बॉर्डरलाइनों को खिसका कर क्षेत्रों के आकार को बदला जा सकता है।
03:33 मैं कर्सर को बॉर्डरलाइन पर रखूँगा। आपको डबल हेडेड एरो दिखेगा। क्षेत्र को बढ़ाने या घटाने के लिए इसे खींचे।
03:45 “लिस्ट” एवं “नोट्स” क्षेत्र की स्थिति बदलने की लिए
03:50 View ऑप्शन पर जाकर List पर क्लिक करें और Right चुनें।
03:56 यह लिस्ट को बदलकर दाहिनी ओर कर देता है। डाउन डिफाल्ट है।
04:00 अब स्लाइड पर वापस चलते हैं।
04:05 यह एक साधारण नेटवर्क है, जिसे हम बनायेंगे।
04:10 इस नेटवर्क में प्रोटीन A, प्रोटीन C के उत्प्रेरण के अंतर्गत प्रोटीन B के state transition से होकर गुजरता है।
04:21 इसके बदले में प्रोटीन B प्रोटीन D के state transition से होकर गुजरता है।
04:27 यह ट्रांजीशन प्रोटीन E द्वारा बाधित होता है।
04:32 अब एक नेटवर्क बनाते हैं।
04:34 मैं सेलडिज़ाइनर विंडो पर वापस जाऊंगा।
04:39 अब फाइल पर और फिर न्यू पर क्लिक करें।
04:43 “न्यू डॉक्यूमेंट” नामक एक छोटा डायलॉग बॉक्स खुलेगा।
04:48 यह name फ़ील्ड है।
04:50 मैं “simple network”टाइप करूंगा।
04:53 यहां आवश्यकतानुसार ऊंचाई एवं चौड़ाई को बदल सकते हैं। हालांकि, मैं डिफ़ॉल्ट ऊंचाई और चौड़ाई रखूंगा।


05:03 OK पर क्लिक करें। आप Draw क्षेत्र के ऊपरी बाएं कोने पर प्रदर्शित नाम देख सकते हैं।
05:12 अब, एडिट पर जाएं और Grid snap एवं Grid visible को इनेबल करें।
05:21 “ड्रॉ” क्षेत्र में एक ग्रिड दिखाई देगा।
05:25 Grid snap कम्पोनेंट्स को ग्रिड के साथ ठीक से संरेखित कर देगा।
05:29 नेटवर्क पूर्ण हो जाने पर आप Grid visible को डी-सेलेक्ट कर सकते हैं।
05:34 कम्पोनेंट्स को जोड़ना शुरु करने से पहले, मैं आपको “स्पीशीज़” एवं “रिएक्शन” के कुछ उदाहरण दिखाता हूँ।
05:42 पहले हम “स्पीशीज़” को देखते हैं।
05:45 यहाँ दिए गए संकेत जेनेरिक प्रोटीन,रिसेप्टर, आयन चैनल, truncated प्रोटीन, जीन, RNA आदि हैं।
05:58 अब सर्वप्रथम हम State transition, Heterodimer association, Dissociation, Catalysis, Inhibition आदि रिएक्शन देखते है ।
06:11 हम Species टूल बार में पहले आइकॉन पर क्लिक करेंगे। यह आइकॉन प्रोटीन के लिए है।
06:22 Draw area में कहीं भी क्लिक करें, जहां आप इस “species” को रखना चाहते हों।
06:28 मैं इसे Draw area के बाईं ओर रखूँगा।
06:33 एक छोटा डायलॉग बॉक्स खुलेगा और “species” का नाम पूछेगा।
06:39 मैं नई “species” का नाम “A” रखूँगा तथा ओके पर क्लिक करूँगा।
06:46 लिस्ट एरिया में बदलाव को भी देखें।
06:50 जैसाकि आप देख सकते हैं कि हमने Draw area में एक नई स्पीशीज़ जोड़ दी है। इसी तरह मैं “B” जोड़ूँगा।
06:58 किसी भी कम्पोनेंट को एडिट या मूव करने से पहले आपको इसे सेलेक्ट करना होगा।
07:03 कंपोनेंट को सेलेक्ट करने के लिए उस पर क्लिक करें। सुनिश्चित करें कि ऐसा करने से पहले सेलेक्ट आइकॉन ऑन हो।
07:12 मैं “A” के बग़ल में “B” को लाना चाहता हूँ। तो B क्लिक करें और इसे सेलेक्ट करें।
07:17 इसे खिसकाकर “A” के बगल में रखें।
07:21 अब हम देखेंगे कि कंपोनेंट का आकर कैसे बदलते हैं।
07:24 मैं “A” पर क्लिक करुँगा। हमें उस पर छोटे वर्ग दिखाई देते हैं।
07:29 ये आकार परिवर्तित करने के लिए हैंडल हैं।
07:32 मैं इस किनारे पर कर्सर रख कर खींचता हूँ।
07:36 हम देखते हैं कि “A” का आकार बदल गया है।
07:39 कम्पोनेंट के आकार को बदलने का एक और तरीका है, जिसे हम अगले ट्यूटोरियल में सीखेंगे।
07:46 आप Ctrl-Z दबाकर पिछले कार्यों को “undo" कर सकते हैं।
07:52 यदि आप “re-do” करना चाहते हैं तो Ctrl-Y दबायें।
07:54 आप सीधे undo और redo के आइकॉन पर क्लिक करके भी यह कर सकते हैं।
08:03 अब reactions को जोड़ते हैं।
08:06 एक रिएक्शन दो ऑब्जेक्ट्स के बीच का इंटरेक्शन है।
08:09 यह एक स्टेट ट्रांजीशन रिएक्शन है।
08:12 अतः मैं Reaction टूलबार में State transition आइकॉन पर क्लिक करूंगा। 08:18 A के किसी भी किनारे पर और फिर B पर क्लिक करें।
08:23 इस प्रकार, आप देख सकते हैं कि रिएक्शन एरो अब A और B को जोड़ती है।
08:30 पहले चुने गए कंपोनेंट को रिएक्टेंट के रूप में माना जाता है।
08:35 तो हमेशा पहले रिएक्टेंट को सेलेक्ट करना याद रखें।
08:39 डिफ़ॉल्ट रिएक्शन आईडी re1 के रूप में आती है।
08:43 अब स्पीशीज़ C जोड़ते है और पिछली स्लाइड में दिखाए गए अनुसार उचित स्थिति में रखते हैं।
08:54 मैं Reaction टूलबार से इस आइकन का चयन कर रहा हूं। यह Catalysis के लिए है।
09:00 मैं C के किनारे पर और State transition रिएक्शन के square symbol पर क्लिक करूँगा। 09:08 अब मैं स्पीशीज़ D जोड़ूँगा और इसे B के बगल में रखूंगा।
09:15 अब B से D तक एक State transition रिएक्शन जोड़ें। डिफ़ॉल्ट प्रतिक्रिया आईडी re2 है।
09:26 मैं स्पीशीज़ E जोड़ूंगा और पिछली स्लाइड में दिखाए गए अनुसार उचित स्थिति में रखूंगा।
09:35 अब मैं Reaction टूलबार से इस आइकन को सेलेक्ट कर लूंगा, जो Inhibition reaction को प्रदर्शित करता है।
09:44 मैं E के किनारे पर और “State transition” रिएक्शन के इस वर्गाकार संकेत पर क्लिक करूंगा। यह दो बिंदुओं को जोड़ेगा।
09:54 अब हम एक सरल नेटवर्क देख सकते हैं।
09:57 अब अपने काम को सुरक्षित करें।
10:00 File पर जायें। Save as पर क्लिक करें।
10:04 मैं इसे “Simple Network” नाम दूँगा।
10:06 यह हमारे काम को .xml प्रारूप में सुरक्षित करेगा। Save पर क्लिक करें।


10:12 अब हम सीखेंगे कि एक इमेज को कैसे एक्सपोर्ट करते हैं। ऐसा करने के लिए, File>Export Image पर जाएँ।
10:22 आप इमेज को पीडीएफ, पीएनजी, जेपीईजी आदि जैसे विभिन्न प्रारूपों में सेव सकते हैं।
10:29 मैं इसे jpeg इमेज के रूप में सेव करुँगा। Save पर क्लिक करें।
10:35 आइए देखते हैं कि नेटवर्क को ज़ूम कैसे करते हैं।


10:38 हमारे पास ज़ूम के 4 विकल्प हैं - ज़ूम इन, ज़ूम आउट, ज़ूम फ़िट, ज़ूम रीसेट।
10:47 मैं दो बार Zoom In आइकन पर क्लिक करूँगा। हम मैग्नीफाइड इमेज देख सकते हैं।
10:54 अब मैं Zoom Reset पर क्लिक करूँगा। नेटवर्क वास्तविक आकार में वापस आ जाता है।
11:02 Getting started with CellDesigner का यह स्पोकन ट्यूटोरियल यहीं समाप्त होता है।
11:08 संक्षेप में, हमने सेलडिज़ाइनर में मेनू एवं टूल बार के बारे में सीखा।
11:14 सेलडिज़ाइनर के विभिन्न क्षेत्र के बारे में। स्पीशीज़ एवं रिएक्शंस जैसे कम्पोनेंट्स के बारे में।
11:20 हमने स्पीशीज़ एवं रिएक्शन कम्पोनेंट्स की मदद से सरल नेटवर्क बनाना सीखा।
11:26 इसके अलावा हमने ज़ूम करना, नेटवर्क को सुरक्षित करना तथा एक इमेज को एक्सपोर्ट करना भी सीखा।
11:32 एक असाइनमेंट के रूप में, सेलडिज़ाइनर 4.2 की मदद से एक नेटवर्क बनाएँ।
11:39 इस नेटवर्क में, A और B प्रोटीन, उत्प्रेरक प्रोटीन C की उपस्थिति में एक यौगिक ( यौगिक1) बनाने के लिए जुड़ते हैं।
11:51 यह यौगिक उत्प्रेरक D के उपस्थित होने पर डिग्रेड हो जाता है।
11:58 आपको ऐसा एक नेटवर्क प्राप्त होगा।
12:01 दिए गए लिंक पर जाकर वीडियो देखें। यह वीडियो स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट को सारांशित करता है। अच्छी बैंडविड्थ न मिलने पर आप इसे डाउनलोड करके भी देख सकते हैं।
12:13 स्पोकन ट्यूटोरियल्स प्रोजेक्ट टीम कार्यशालाएं आयोजित करती है तथा ऑनलाइन टेस्ट पास करने वालों को प्रमाण पत्र प्रदान करती है, अधिक जानकारी के लिए, कृपया contact@spoken-tutorial.org पर संपर्क करें।
12:28 स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट टॉक टू अ टीचर प्रोजेक्ट का एक भाग है, यह NMEICT, MHRD भारत सरकार द्वारा समर्थित है।
12:41 इस “मिशन” से संबंधित अधिक जानकारी http://spoken-tutorial.org/NMEICT-Intro पर उपलब्ध है।
12:53 यह ट्यूटोरियल अमित कुमार द्वारा अनूदित है। आईआईटी बॉम्बे से मैं_____आपसे विदा लेता हूँ। हमसे जुड़ने के लिए धन्यवाद।

Contributors and Content Editors

Indiantranslators2012, Shruti arya