https://script.spoken-tutorial.org/index.php?title=Biopython/C2/Parsing-Data/Bengali&feed=atom&action=history
Biopython/C2/Parsing-Data/Bengali - Revision history
2024-03-29T10:21:56Z
Revision history for this page on the wiki
MediaWiki 1.23.17
https://script.spoken-tutorial.org/index.php?title=Biopython/C2/Parsing-Data/Bengali&diff=37149&oldid=prev
Kaushik Datta at 10:20, 24 May 2017
2017-05-24T10:20:07Z
<p></p>
<table class='diff diff-contentalign-left'>
<col class='diff-marker' />
<col class='diff-content' />
<col class='diff-marker' />
<col class='diff-content' />
<tr style='vertical-align: top;'>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black; text-align: center;">Revision as of 10:20, 24 May 2017</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 45:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 45:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background-color: #f9f9f9; color: #333333; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #e6e6e6; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>|-</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background-color: #f9f9f9; color: #333333; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #e6e6e6; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>|-</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background-color: #f9f9f9; color: #333333; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #e6e6e6; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>| 00:56</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background-color: #f9f9f9; color: #333333; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #e6e6e6; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>| 00:56</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>−</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>| বায়োলজিতে বৈজ্ঞানিক তথ্য সাধারণত টেক্সট ফাইল যেমন FASTA, GenBank<del class="diffchange diffchange-inline">, EMBL</del>, Swiss-Prot ইত্যাদিতে সংরক্ষিত হয়।</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>| বায়োলজিতে বৈজ্ঞানিক তথ্য সাধারণত টেক্সট ফাইল যেমন FASTA, GenBank, Swiss-Prot<ins class="diffchange diffchange-inline">, EMBL </ins>ইত্যাদিতে সংরক্ষিত হয়।</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background-color: #f9f9f9; color: #333333; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #e6e6e6; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background-color: #f9f9f9; color: #333333; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #e6e6e6; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background-color: #f9f9f9; color: #333333; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #e6e6e6; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>|-</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background-color: #f9f9f9; color: #333333; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #e6e6e6; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>|-</div></td></tr>
</table>
Kaushik Datta
https://script.spoken-tutorial.org/index.php?title=Biopython/C2/Parsing-Data/Bengali&diff=37122&oldid=prev
Satarupadutta: Created page with "{| Border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- | 00:01 |Parsing Data এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত..."
2017-05-22T16:14:14Z
<p>Created page with "{| Border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- | 00:01 |Parsing Data এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত..."</p>
<p><b>New page</b></p><div>{| Border=1<br />
! <center>Time</center><br />
! <center>Narration</center><br />
<br />
|-<br />
| 00:01<br />
|Parsing Data এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।<br />
<br />
|-<br />
| 00:06<br />
| এখানে শিখব NCBI ডাটাবেস ওয়েবসাইট থেকে FASTA এবং GenBank ফাইল ডাউনলোড করা এবং<br />
<br />
|-<br />
| 00:14<br />
| Sequence Input/Output মডিউলে ফাংশন দ্বারা ডেটা ফাইল Parse করা।<br />
<br />
|-<br />
| 00:19<br />
| টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে স্নাতক স্তরের বায়োকেমিস্ট্রি বা বায়োইনফরমেটিক্স<br />
<br />
|-<br />
| 00:26<br />
| এবং মৌলিক Python প্রোগ্রামিং সম্পর্কে জানতে হবে। <br />
<br />
|-<br />
| 00:30<br />
| প্রদত্ত লিঙ্কে Python টিউটোরিয়াল দেখুন।<br />
<br />
|-<br />
| 00:34<br />
| টিউটোরিয়ালটি রেকর্ড করতে ব্যবহার করছি: উবুন্টু OS সংস্করণ 14.10<br />
<br />
|-<br />
| 00:40<br />
| Python সংস্করণ 2.7.8<br />
<br />
|-<br />
| 00:44<br />
| Ipython interpretor সংস্করণ 2.3.0<br />
<br />
|-<br />
| 00:48<br />
|Biopython সংস্করণ 1.64 এবং Mozilla Firefox ব্রাউজার 35.0.<br />
<br />
|-<br />
| 00:56<br />
| বায়োলজিতে বৈজ্ঞানিক তথ্য সাধারণত টেক্সট ফাইল যেমন FASTA, GenBank, EMBL, Swiss-Prot ইত্যাদিতে সংরক্ষিত হয়।<br />
<br />
|-<br />
| 01:07<br />
|ডেটা ফাইল ডাটাবেস ওয়েবসাইট থেকে ডাউনলোড করা যাবে।<br />
<br />
|-<br />
| 01:12<br />
|যে কোনো ওয়েব ব্রাউজারে নীচের দেওয়া ওয়েবসাইটের লিঙ্কটি খুলুন।<br />
<br />
|-<br />
| 01:17<br />
| একটি ওয়েব পৃষ্ঠা খোলে।<br />
|-<br />
| 01:19<br />
|এখন মানুষের insulin gene এর জন্য FASTA এবং GenBank ফাইল ডাউনলোড করি।<br />
<br />
|-<br />
| 01:25<br />
|সার্চ বাক্সে লিখুন: human insulin, Search বোতামে ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| 01:31<br />
| ওয়েব পৃষ্ঠা মানুষের insulin gene এর অনেক ফাইল দেখায়।<br />
<br />
|-<br />
| 01:35<br />
| প্রদর্শন করতে আমি Homo sapiens Insulin mRNA নামে 4টি ফাইল চয়ন করব।<br />
<br />
|-<br />
| 01:43<br />
|আমি 500 এর কম বেস পেয়ার্স রাখা ফাইলগুলি চয়ন করব।<br />
<br />
|-<br />
| 01:48<br />
|ডাউনলোডের জন্য ফাইল চয়ন করতে চেক-বাক্সে ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| 01:56<br />
| কার্সার Send to বিকল্পতে নিয়ে যান যা পৃষ্ঠার উপরে ডানদিকে রয়েছে।<br />
<br />
|-<br />
| 02:02<br />
|ডাউন অ্যারোর সাথে ছোট চয়নিত বোতামে ক্লিক করুন যা Send To বোতামের পাশে আছে।<br />
<br />
|-<br />
| 02:09<br />
| Choose destination এ, File বিকল্পে ক্লিক করুন।<br />
|-<br />
| 02:13<br />
|আপনি এই ফাইল যে কোনো ফাইল ফরম্যাটে সংরক্ষণ করতে পারেন, যা format ড্রপ-ডাউন তালিকা বাক্সে সূচীবদ্ধ।<br />
<br />
|-<br />
| 02:21<br />
|প্রদত্ত বিকল্প থেকে FASTA চয়ন করুন।<br />
<br />
|-<br />
| 02:25<br />
|তারপর Create File বিকল্পে ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| 02:29<br />
| স্ক্রীনে একটি ডায়ালগ বাক্স দেখায়।<br />
<br />
|-<br />
|02:32 <br />
|Open with চয়ন করুন, OK তে লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| 02:36<br />
| টেক্সট এডিটরে একটি ফাইল খোলে।<br />
<br />
|-<br />
| 02:39<br />
|ফাইলটি 4টি রেকর্ড দেখায়, কারণ ডাউনলোড করতে আমরা চারটি ফাইল চয়ন করেছি।<br />
<br />
|-<br />
| 02:46<br />
|প্রত্যেক রেকর্ডের প্রথম লাইন হল identifier লাইন।<br />
<br />
|-<br />
| 02:50<br />
|এটি (>) চিহ্ন দিয়ে শুরু হয়।<br />
<br />
|-<br />
| 02:53<br />
|এরপর sequence আসে।<br />
<br />
|-<br />
| 02:56<br />
|ফাইলটি হোম ফোল্ডারে sequence.fasta হিসাবে সংরক্ষণ করুন।<br />
<br />
|-<br />
| 03:01<br />
| টেক্সট এডিটর বন্ধ করুন।<br />
<br />
|-<br />
| 03:03<br />
| পূর্বে চয়নিত একই ফাইলসের জন্য GenBank ফরম্যাটে ফাইল ডাউনলোড করতে উপরের মত ধাপগুলি অনুসরণ করুন।<br />
<br />
|-<br />
| 03:12<br />
|file format এ GenBank চয়ন করুন।<br />
<br />
|-<br />
| 03:16<br />
|একটি ফাইল বানান। টেক্সট এডিটরের সাথে খুলুন। <br />
<br />
|-<br />
| 03:21<br />
| লক্ষ্য করুন GenBank ফরম্যাটে সিকোয়েন্স ফাইলটি FASTA ফাইলের তুলনায় অধিক বৈশিষ্ট্য রাখে।<br />
<br />
|-<br />
| 03:27<br />
|ফাইল home ফোল্ডারে sequence.gb হিসাবে সংরক্ষণ করুন। টেক্সট এডিটর বন্ধ করুন।<br />
<br />
|-<br />
| 03:34<br />
| প্রদর্শন করতে একক রেকর্ড সহ একটি FASTA ফাইলের প্রয়োজন।<br />
<br />
|-<br />
| 03:39<br />
| এর জন্য চেক বাক্সে আবার ক্লিক করে আগের চয়নটি মুছে ফেলুন।<br />
|-<br />
| 03:48<br />
|এখন Human insulin gene complete cds ফাইলটি চয়ন করুন।<br />
<br />
|-<br />
| 03:54<br />
|চেক-বক্সে ক্লিক করুন।<br />
<br />
|-<br />
| 03:57<br />
| home ফোল্ডারে ফাইল সংরক্ষণ করার আগে দেখানো একই ধাপ অনুসরণ করুন।<br />
<br />
|-<br />
| 04:01<br />
|ফাইলটি insulin.fasta হিসাবে সংরক্ষণ করুন।<br />
<br />
|-<br />
| 04:08<br />
| এই ফাইলে সংরক্ষিত বায়োলজিকাল ডেটা Biopython লাইব্রেরীর মাধ্যমে এক্সট্র্যাক্ট এবং সংশোধন করা যায়।<br />
<br />
|-<br />
| 04:16<br />
|টেক্সট এডিটর বন্ধ করুন।<br />
<br />
|-<br />
| 04:19<br />
| ডেটা ফাইল থেকে ডেটা এক্সট্র্যাক্টকে Parsing বলে।<br />
<br />
|-<br />
| 04:23<br />
|অধিকতর ফাইল ফরম্যাট SeqIO মডিউলে উপলব্ধ ফাংশন দ্বারা পার্স করা যায়।<br />
<br />
|-<br />
| 04:30<br />
|SeqIO মডিউলের অধিকতর ব্যবহৃত ফাংশন হল: parse, read, write এবং convert<br />
<br />
|-<br />
| 04:38<br />
| Ctrl, Alt এবং T কী একসাথে টিপে টার্মিনাল খুলুন।<br />
<br />
|-<br />
| 04:44<br />
| প্রম্পটে ipython লিখে Ipython শুরু করুন। এন্টার টিপুন।<br />
<br />
|-<br />
| 04:51<br />
| এরপর, Bio প্যাকেজ থেকে SeqIO মডিউল ইম্পোর্ট করুন।<br />
<br />
|-<br />
| 04:56<br />
| প্রম্পটে লিখুন: from Bio import SeqIO, এন্টার টিপুন।<br />
<br />
|-<br />
| 05:04<br />
| আমরা সবচেয়ে গুরুত্বপূর্ণ ফাংশন parse দিয়ে শুরু করব।<br />
<br />
|-<br />
|05:07<br />
|প্রদর্শন করতে সেই FASTA ফাইল ব্যবহার করব যা অনেক রেকর্ড রাখে যা ডেটাবেস থেকে আগেই ডাউনলোড করেছি।<br />
<br />
|-<br />
| 05:17<br />
| সহজ FASTA পার্সিংয়ের জন্য প্রম্পটে নিম্ন লিখুন।<br />
<br />
|-<br />
| 05:22<br />
|এখানে sequence.fasta ফাইলের বিষয় বস্তু পড়তে parse ফাংশন ব্যবহার করছি।<br />
<br />
|-<br />
| 05:30<br />
|আউটপুটের জন্য record id, রেকর্ডে উপস্থিত সিকোয়েন্স এবং সিকোয়েন্সের দৈর্ঘ্য প্রিন্ট করে।<br />
|-<br />
| 05:41<br />
|এও লক্ষ্য করুন, সিকোয়েন্স ডেটাকে Sequence record objects হিসাবে পড়তে parse ফাংশন ব্যবহৃত হয়।<br />
<br />
|-<br />
| 05:48<br />
|এটি সাধারণ for লুপের জন্য ব্যবহৃত হয়।<br />
<br />
|-<br />
| 05:52<br />
|এটি দুটি আর্গুমেন্ট গ্রহণ করতে পারে, প্রথমটি হল ডেটা পড়তে ফাইলের নাম।<br />
<br />
|-<br />
| 05:59<br />
|দ্বিতীয়টি ফাইল ফরম্যাট নির্দিষ্ট করে।<br />
<br />
|-<br />
| 06:02<br />
|আউটপুট পেতে এন্টার কী দুইবার টিপুন।<br />
<br />
|-<br />
| 06:07<br />
|আউটপুটে identifier line এর পরে ফাইলে অন্তর্ভুক্ত সিকোয়েন্স এবং ফাইলে সকল রেকর্ডের জন্য সিকোয়েন্স দৈর্ঘ্যও দেখায়।<br />
<br />
|-<br />
| 06:21<br />
|লক্ষ্য করুন যে FASTA ফরম্যাট অক্ষর নির্দিষ্ট করে না। <br />
<br />
|-<br />
| 06:26<br />
|তাই আউটপুট এটিকে DNA সিকোয়েন্স হিসাবে নির্দিষ্ট করে না।<br />
<br />
|-<br />
| 06:31<br />
| একই ধাপগুলি GenBank ফাইল পার্সিং করতে পুনরাবৃত্তি করা যায়।<br />
<br />
|-<br />
| 06:36<br />
|প্রদর্শন করতে GenBank ফাইল ব্যবহার করব যা আগেই ডাটাবেস থেকে ডাউনলোড করেছি।<br />
<br />
|-<br />
| 06:43<br />
|কোডের লাইন যা আগে ব্যবহার করেছি তা পেতে আপ অ্যারো কী টিপুন।<br />
<br />
|-<br />
| 06:49<br />
|ফাইলের নাম বদলে sequence.gb করুন।<br />
|-<br />
| 06:53<br />
|ফাইল ফরম্যাট বলে genbank করুন।<br />
<br />
|-<br />
| 06:56<br />
|বাকি কোড একই থাকে। <br />
<br />
|-<br />
| 06:58<br />
| আউটপুট পেতে এন্টার কী দুইবার টিপুন।<br />
<br />
|-<br />
| 07:03<br />
|এখানেও আউটপুট ফাইলে সকল রেকর্ডের জন্য record id, sequence এবং সিকোয়েন্স এর দৈর্ঘ্য দেখায়।<br />
<br />
|-<br />
| 07:12<br />
| লক্ষ্য করুন GenBank ফরম্যাট সিকোয়েন্সকে DNA সিকোয়েন্সের মত নির্দিষ্ট করে।<br />
<br />
|-<br />
| 07:19<br />
| একইভাবে, Swiss-prot এবং EMBL ফাইল উপরের মত একই কোড ব্যবহার করে পার্স করা যায়।<br />
<br />
|-<br />
| 07:27<br />
| আপনার ফাইল একক রেকর্ড রাখলে parsing এর জন্য নিম্নোক্ত কোড লিখুন।<br />
<br />
|-<br />
| 07:34<br />
| এখানে, আমরা একক রেকর্ড সহ পূর্বে সংরক্ষিত FASTA ফাইল ব্যবহার করব, যা উদাহরণস্বরূপ insulin.fasta.<br />
<br />
|-<br />
| 07:43<br />
| লক্ষ্য করুন আমরা parse ফাংশনের বদলে read ফাংশন ব্যবহার করেছি। এন্টার টিপুন।<br />
<br />
|-<br />
| 07:50<br />
| আউটপুট insulin.fasta ফাইলের জন্য কন্টেন্ট দেখায়।<br />
<br />
|-<br />
| 07:55<br />
|এটি sequence record object এর মত সিকোয়েন্স<br />
<br />
|-<br />
| 07:59<br />
|এবং অন্যান্য এট্রিবিউট যেমন GI, accession number এবং description দেখায়।<br />
<br />
|-<br />
| 08:06<br />
| আমরা নিম্নের মত এই রেকর্ডের স্বতন্ত্র এট্রিবিউট দেখতে পারেন।<br />
<br />
|-<br />
| 08:11<br />
|প্রম্পটে লিখুন: record dot seq এন্টার টিপুন।<br />
<br />
|-<br />
| 08:18<br />
| আউটপুট ফাইলে উপস্থিত সিকোয়েন্স দেখায়।<br />
<br />
|-<br />
| 08:22<br />
| এই রেকর্ডের জন্য আইডেন্টিফায়ার্স দেখতে লিখুন: record dot id এন্টার টিপুন।<br />
<br />
|-<br />
| 08:29<br />
|আউটপুট GI নম্বর এবং এক্সেশন নম্বর ইত্যাদি দেখায়।<br />
<br />
|-<br />
| 08:34<br />
|আপনি পছন্দের ডেটা ফাইল parse করতে উপরে বর্ণিত ফাংশন ব্যবহার করতে পারেন।<br />
<br />
|-<br />
| 08:40<br />
| এখন, সংক্ষিপ্তকরণ করি।<br />
<br />
|-<br />
| 08:42<br />
|এখানে NCBI ডেটাবেস ওয়েবসাইট থেকে FASTA এবং GenBank ফাইল ডাউনলোড করা এবং SeqIO মডিউল থেকে parse এবং read ফাংশন ব্যবহার করা শিখেছি।<br />
<br />
|-<br />
| 08:55<br />
| FASTA এবং GenBank ফাইল থেকে ডেটা যেমন record ids, ডিস্ক্রিপশন এবং সিকোয়েন্স এক্সট্র্যাক্ট করা।<br />
|-<br />
| 09:03<br />
| অনুশীলনী হিসাবে-<br />
<br />
|-<br />
| 09:06<br />
|NCBI ডেটাবেস থেকে পছন্দের নিউক্লিওটাইড সিকোয়েন্সের জন্য FASTA ফাইল ডাউনলোড করুন।<br />
<br />
|-<br />
| 09:13<br />
|সিকোয়েন্সের ফাইল তাদের reverse complements এ বদলান।<br />
<br />
|-<br />
| 09:17<br />
| আপনার সম্পন্ন কাজটির কোড নিম্নোক্ত লাইন রাখবে।<br />
<br />
|-<br />
| 09:22<br />
| FASTA ফাইল থেকে নিউক্লিওটাইড সিকোয়েন্স লোড করতে parse ফাংশন ব্যবহার করুন।<br />
<br />
|-<br />
| 09:28<br />
|এরপর, reverse complement মেথডে নির্মিত সিকোয়েন্স অবজেক্ট দ্বারা রিভার্স কমপ্লিমেন্ট প্রিন্ট করুন।<br />
<br />
|-<br />
| 09:37<br />
| এই লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে বোঝায়।<br />
<br />
|-<br />
| 09:42<br />
|এটি ডাউনলোড করে দেখুন। <br />
<br />
|-<br />
| 09:44<br />
| স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়।<br />
<br />
|-<br />
| 09:51<br />
|অধিক জানতে আমাদের সাথে যোগাযোগ করুন।<br />
<br />
|-<br />
| 09:55<br />
| স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা সমর্থিত।<br />
<br />
|-<br />
| 10:01<br />
| এই বিষয়ে বিস্তারিত তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য।<br />
<br />
|-<br />
| 10:06<br />
|আইআইটি বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহণের জন্য ধন্যবাদ। <br />
<br />
|}</div>
Satarupadutta