Shivanigada at 14:28, 8 February 2018

2018-02-08T14:28:29Z

Shivanigada: Created page with "{| border=1 | Time | Narration |- | 00:01 | '''Attributes.''' પરના આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલમાં..."

2018-02-08T14:27:48Z

Created page with "{| border=1 | <center>Time</center> | <center>Narration</center> |- | 00:01 | '''Attributes.''' પરના આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલમાં..."

New page

{| border=1
| <center>Time</center>
| <center>Narration</center>

|-
| 00:01
| '''Attributes.''' પરના આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલમાં તમારું સ્વાગત છે.
|-
| 00:05
| આ ટ્યૂટોરિઅલમાં આપણે શીખીશું : એટમ્સ, રેસિડ્યુઝ અને મોડલ્સના '''attributes''' બદલવા.
|-
| 00:13
| '''B-factor''' મૂલ્યોને આધારે પ્રોટીનમાં એટમ્સને રંગ આપવા.
|-
| 00:18
| '''kdhydrophobicity''' મૂલ્યોને આધારે રેસિડયુઝને રંગ આપવા.
|-
| 00:24
| આ ટ્યૂટોરિઅલને અનુસરવા તમે '''Chimera''' ઇન્ટરફેઝના જાણકાર હોવા જરૂરી છો. જો તમે ન હોવ તો તે માટેના ટ્યૂટોરિઅલ્સ માટે અમારી વેબસાઈટની મુલાકાત લો.
|-
| 00:33
| આ ટ્યૂટોરિઅલને રેકોર્ડ કરવા હું વાપરી રહી છું : '''Ubuntu''' OS આવૃત્તિ 14.04 , '''Chimera''' આવૃત્તિ 1.10.2 , '''Mozilla Firefox''' બ્રાઉઝર 42.0 અને એક કાર્યરત ઇન્ટરનેટ કનેક્શન.
|-
| 00:50
| અહીં મેં એક '''Chimera''' વિન્ડો ખોલી છે.
|-
| 00:54
| કમાન્ડ લાઈન દ્વારા '''Leucine zipper'''નું સ્ટ્રક્ચર ખોલો.
|-
| 00:52
| કમાન્ડ લાઈન ટેક્સ્ટ બોકસ ઉપર ટાઈપ કરો '''open 1zik''' અને '''Enter''' દબાવો.

|-
| 01:05
| પેનલ ઉપર મોડેલ '''ribbons''' તરીકે દેખાય છે.

|-
| 01:10
| '''Presets''' મેનુના ઉપયોગથી , ડિસ્પ્લેને '''Interactive 2'''માં બદલો.

|-
| 01:14
| પાણીના અણુઓને છુપાવવા, '''command line''' ઉપર ટાઈપ કરો '''delete solvent''' અને '''Enter''' દબાવો.

|-
| 01:22
| ડિસ્પ્લેને સ્ટીક્સમાં બદલવા ટાઈપ કરો '''rep stick''' અને '''Enter''' દબાવો.

|-
| 01:30
| સ્ટ્રક્ચરમાં હાઇડ્રોજન્સ ઉમેરો, ટાઈપ કરો '''addh '''

|-
| 01:36
| હવે ચાલો આ સ્ટ્રક્ચર માટે '''atoms''' અને '''residues'''ના '''attributes ''' કેવી રીતે બદલી શકાય તે શીખીએ.

|-
| 01:43
| '''Attributes ''' એ નામો અને મૂલ્યો ધરાવતા ગુણધર્મો છે.

|-
| 01:47
| '''Chimera'''માં , આવી વસ્તુઓ જેવીકે '''atoms, bonds, residues''' અને '''molecule models''' વગેરે '''Attributes''' ધરાવે છે.

|-
| 01:54
| '''Attributes''' બદલવાના ઘણા જુદા-જુદા માર્ગો રહેલ છે.

|-
| 01:57
| '''Favorites''' મેનુ દ્વારા '''Model Panel'''ને ખોલો.

|-
| 02:01
| '''Model Panel''' ડાયલોગ બોક્સ સ્ક્રીન ઉપર ખુલે છે.

|-
| 02:05
| પેનલની જમણી બાજુએ આવેલા '''attributes''' બટન ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| 02:10
| '''1zik''' માટેનો '''Attributes''' ડાયલોગ બોક્સ સ્ક્રીન ઉપર ખુલે છે.

|-
| 02:15
| આ ડાયલોગ બોક્સ એક '''attribute''' લિસ્ટ ધરાવે છે.

|-
| 02:18
| લિસ્ટમાં આનો સમાવેશ થાય છે : '''Molecule Attributes''' અને તેના કમ્પોનંટ્સ , '''Atom, bond ''' અને ''' residue attributes.'''

|-
| 02:28
| ''' Molecule Attributes'''ને પસંદ કરો.

|-
| 02:31
| ઉપલબ્ધ '''attributes''' વિન્ડો ઉપર સૂચિત થાય છે.

|-
| 02:35
| દાખલા તરીકે - એરોમેટિક રિંગ્સનું ડિસ્પ્લે બદલવા , '''aromatic display''' પછી દેખાતા બટન ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| 02:42
| ડ્રોપ-ડાઉનમાંથી '''True'''ને સિલેક્ટ કરો.

|-
| 02:45
| '''Aromatic ring style''' ને '''disk''' તરીકે સિલેક્ટ કરો.

|-
| 02:49
| એરોમેટિક કલર પછી આવેલા '''color well''' ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| 02:53
| '''color editor'''માંથી રંગને સિલેક્ટ કરો.

|-
| 02:56
| ડાયલોગ બોક્સને બંધ કરો.

|-
| 02:59
| પેનલને ધ્યાનથી જુઓ. બધી '''aromatic rings''' તેના કેન્દ્રમાં ડિસ્ક સાથે દેખાય છે.

|-
| 03:06
| સ્ટ્રકચરના ડિસ્પ્લેને '''ball''' અને '''stick'''માં ફેરવો.

|-
| 03:10
| કમાન્ડ લાઈન ઉપર ટાઈપ કરો, '''rep bs'''

|-
| 03:16
| એટ્રીબ્યૂટ્સ ડાયલોગ બોક્સ ઉપર , એટમ્સના '''Van der Walls radii'''ને બદલો.

|-
| 03:22
| '''ball scale''' ની કિંમત બદલી 0.5 કરો.'''Enter''' પ્રેસ કરો.

|-
| 03:27
| પેનલને ધ્યાનથી જુઓ. એટમ્સ વિશાળ એટોમેટિક રેડી સાથે હવે દેખાય છે.

|-
| 03:33
| ફરી '''Molecular Attributes ''' ચેક બોક્સ ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| 03:38
| સૂચિ માંથી , '''Component Atom Attributes''' ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| 03:43
| તેની અનુરૂપ વિન્ડોમાં , '''atom style button''' ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| 03:48
| આ ડ્રોપ-ડાઉન મેનુમાં ઘણા વિકલ્પો રહેલા છે.

|-
| 03:51
| ડિસ્પ્લેને '''cpk'''માં બદલવા '''sphere''' ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| 03:55
| પેનલને ધ્યાનથી જુઓ.

|-
| 03:57
| '''sticks''' ડિસ્પ્લેને પાછું મેળવવા '''dot'''ને સિલેક્ટ કરો.

|-
| 04:02
| હવે '''Component Bond Attributes''' ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| 04:10
| અહીં, '''bond style'''ને '''stick''' અથવા '''wire'''માં બદલવાના વિકલ્પો રહેલ છે.

|-
| 04:13
| '''Component Residue Attributes''' ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| 04:17
| અહીં આપણી પાસે રીબન્સના સ્ટ્રીબ્યૂટ્સ બદલવાના વિકલ્પો રહેલ છે.

|-
| 04:22
| '''presets'''મેનુના ઉપયોગથી , પેનલ ઉપર સ્ટ્રકચરના ડિસ્પ્લેને '''ribbons'''માં બદલો.

|-
| 04:28
| હવે '''Attribute''' ડાયલોગ બોક્સને ક્લિક કરતા.

|-
| 04:32
| હવે '''Attribute''' ડાયલોગ બોક્સમાં , '''ribbon color'''ની બાજુમાં આવેલા '''color well ''' ઉપર ક્લિક કરો. રિબનનો રંગ સિલેક્ટ કરો.

|-
| 04:41
| અને '''close''' વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો '''color editor'''ને બંધ કરવા.

|-
| 04:46
| '''ribbon''' અને '''scaling'''ના ક્રોસ-સેક્શનને બદલવા વિકલ્પો રહેલ છે.

|-
| 04:52
| ડાયલોગ બોક્સને બંધ કરો.

|-
| 04:55
| ફરી , '''Presets ''' મેનુ દ્વારા ડિસ્પ્લેને '''atoms '''માં બદલો.

|-
| 05:00
| '''Tools''' મેનુ દ્વારા પણ '''Attributes''' બદલી શકાય છે.

|-
| 05:03
| '''Tools''' મેનુ ઉપર ક્લિક કરો , '''Structure Analysis''' સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો.

|-
| 05:09
| અને સબ-મેનુમાંથી '''Render by Attribute ''' વિકલ્પને સિલેક્ટ કરો.

|-
| 05:14
| '''Render by attribute''' ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.

|-
| 05:17
| અહીં આપણી પાસે '''atoms, residues, molecules, segmentation regions''' વગેરેના '''attributes ''' બદલવાના વિકલ્પ ઉપલબ્ધ છે.

|-
| 05:27
| '''atoms'''ને સિલેક્ટ કરો ''' Render.''' ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| 05:32
| ઉપલબ્ધ વિકલ્પો ચેક કરવા '''Attribute''' સૂચિ ઉપર ક્લિક કરો .

|-
| 05:37
| સૂચિ બે વિકલ્પો બતાવે છે : '''bfactor''' અને '''occupancy'''

|-
| 05:43
| આ બંને '''attributes''' ઇનપુટ '''PDB''' ફાઈલમાંથી વાંચી શકાય છે.

|-
| 05:48
| '''bfactor''' પસંદ કરો.

|-
| 05:50
| રંગીન ઉભા બાર્સ સાથેનું કિંમતો ધરાવતું એક '''histogram''' દ્રશ્યમાન થશે.

|-
| 05:55
| '''B-factor''' કિંમતો એ '''macromolecule'''માં રહેલ ગતિશીલતા(mobility)નું એક માપદંડ દર્શાવે છે.

|-
|06:01
| ઓછા '''B-factor''' મૂલ્યો ધરાવતા '''Atoms''' સ્ટ્રક્ચરના એ વિભાગને અનુલક્ષે છે જે વ્યવસ્થિત રીતે અનુક્રમિત છે.

|-
|06:08
| વિશાળ '''B-factor''' મૂલ્યો ધરાવતા '''Atoms''' સ્ટ્રકચરના એ વિભાગને અનુલક્ષે છે જે ઘણું પરિવર્તનક્ષમ છે.

|-
|06:15
| '''protein''' સ્ટ્રકચરની PDB ફાઈલ B-factor વિશેની માહિતી ધરાવે છે.

|-
|06:21
| પેનલ ઉપર પાછા જઈએ.

|-
|06:23
| માઉસ દ્વારા આ ઊભા બાર્સ '''histogram'''ની સાથે સાથે ડ્રેગ કરી શકાય છે.

|-
|06:29
| '''B-factor'''નું મૂલ્ય ''' Value ''' ટેક્સ્ટ બોક્સમાં પ્રદર્શિત થાય છે.

|-
|06:34
| ભૂરા ઊભા બારણે શૂન્ય તરફ ડ્રેગ કરો , લાલને 100 તરફ.

|-
|06:41
| ત્યારબાદ સફેદ બારને મૂલ્ય 50 ઉપર સ્થિર કરો.

|-
|06:45
| '''Colors''' બટન ઉપર કરો.

|-
|06:48
| આ વિકલ્પો માટે ચેક કરો '''color atoms''', '''keep opaque''' અને '''color surfaces.'''

|-
|06:55
| રંગનો મૂળભૂત '''palette''' ભૂરો અને લાલ છે.

|-
|06:59
| ડ્રોપ-ડાઉન મેનુ દ્વારા તમે રંગના આ '''palette'''ને બદલી શકો છો.

|-
|07:04
| '''Apply''' બટન ઉપર ક્લિક કરો.

|-
|07:07
| પેનલને ધ્યાનથી જુઓ. ઊંચા '''B-factor''' મૂલ્યો ધરાવતા '''Atoms''' લાલ રંગમાં અને બાકીના ભૂરા રંગમાં દેખાય છે.

|-
|07:16
| અપેક્ષા રાખી હતી તેમ,ઊંચા '''B-factor''' મૂલ્યો ધરાવતા '''atoms''' સ્ટ્રકચરની બહાર છે.

|-
|07:22
| હવે ચાલો '''Residues'''ના '''attributes''' બદલીએ.

|-
|07:26
| '''Select by Attribute''' ડાયલોગ બોક્સમાં , '''Attributes button''' ઉપર ક્લિક કરો.

|-
|07:32
| ડ્રોપ-ડાઉન મેનુમાંથી ,'''residues'''ને સિલેક્ટ કરો.

|-
|07:36
| '''Render''' ઉપર ક્લિક કરો.

|-
|07:38
| '''residues'''ના '''attributes''', '''kdHydrophobicity scale'''નો સમાવેશ કરે છે.

|-
|07:44
| ડ્રોપ-ડાઉન મેનુમાંથી '''kdHydrophobicity''' ઉપર ક્લિક કરો.

|-
|07:48
| આ મૂલ્યો એક હિસ્ટોગ્રામ તરીકે પ્રકાશિત થાય છે.

|-
|07:52
|'''kdHydrophobicity scales''' એ તે મૂલ્યો છે જેઓ '''amino acid residues'''ને સંબંધિત '''hydrophobicity'''ને સૂચવે છે.

|-
|08:00
| '''KdHydrophobicity''' મૂલ્યો '''hydrophobic residues''' માટે સકારાત્મક અને '''polar residues''' માટે નકારાત્મક મૂલ્યો હોય છે.

|-
|08:09
| '''residues'''ના '''Hydrophobicity''' રંગો અથવા વર્મ્સ દ્વારા બતાવી શકાય છે.

|-
|08:15
| '''Colors'''ને પસંદ કરો. મૂળભૂત રીતે કેટલાક પેરામીટર્સ અગાઉથી જ સિલેક્ટ કરેલા હશે.

|-
|08:21
| '''Apply''' બટન ઉપર ક્લિક કરો. પેનલને ધ્યાનથી જુઓ.

|-
|08:26
| '''hydrophobic residues''' લાલ રંગમાં છે , અને '''polar residues''' ભૂરા રંગમાં છે.

|-
|08:33
| '''Worms''' બટન ઉપર ક્લિક કરો. '''Apply''' ઉપર ક્લિક કરો.

|-
|08:38
| પેનલને ધ્યાનથી જુઓ.

|-
|08:41
| '''Worms''' એ ફેરફાર કરેલી રીબન્સ છે જેઓની ત્રિજ્યા(radius) બદલાય તેવી હોય છે.
|-
| 08:47
| મોટા ભાગના '''hydrophobic residues''' સ્ટ્રકચરના અંદરના ભાગ તરફ હોય છે.

|-
|08:52
| મૂળભૂત રીતે ,વધારે પડતા '''hydrophobic residues''' વિશાળ ત્રિજ્યા ધરાવતા બતાવવામાં આવશે.

|-
|09:00
| સ્ટ્રકચરને અસલના સામાન્ય '''ribbon'''માં પાછું લાવવા :

|-
|09:03
| '''worm-style''' બટનને ક્લિક કરો અને વિકલ્પ '''non-worm'''ને પસંદ કરો.

|-
|09:09
| '''OK ''' બટન ઉપર ક્લિક કરો.

|-
|09:12
| '''Chimera''' સેશનને '''File''' મેનુ દ્વારા બંધ કરો.

|-
|09:16
| ચાલો સારાંશ જોઈએ , આ ટ્યુટોરીઅલમાં આપણે શીખ્યા કે ,'''atoms, residues ''' અને ''' models'''ના '''attributes''' કેવી રીતે બદલવા.

|-
|09:25
| '''protein'''માં '''B-factor'''મૂલ્યોને અનુરૂપ '''atoms'''ને રંગ આપવા.

|-
|09:30
| '''residues'''ને '''kdHydrophobicity ''' મૂલ્યોને અનુરૂપ રંગ આપવા.

|-
|09:35
| અભ્યાસ માટે પેનલમાં '''hemoglobin (PDB code: 2HCO)'''નું મોડલ ખોલો. એટમ્સને '''B-factor''' મૂલ્યોને અનુરૂપ રંગ આપો.

|-
|09:44
| રેસિડયુઝને '''kdHydrophobicity '''મૂલ્યોને અનુરૂપ રંગ આપો.

|-
|09:49
| આ નીચેની લિંક ઉપરનો વિડીયો સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે જો તમારું બેન્ડવિથ સારું ન હોય તો તમે તેને ડાઉલોડ કરી નિહાળી શકો છો.

|-
|09:56
| અમે સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ્સ દ્વારા વર્કશોપ્સનું સંચાલન કરીએ છીએ અને સર્ટિફિકેટ્સ પણ આપીએ છીએ. વધુ માહિતી માટે અમને સંપર્ક કરો.

|-
|10:04
| સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટને NMEICT, MHRD, ભારત સરકાર તરફથી ભંડોળ પૂરું પાડવામાં આવે છે.

|-
|10:10
| ભાષાંતર કરનાર હું શિવાની ગડા વિદાય લઉં છું. અમારી સાથે જોડાવા આભાર.

|}

@@ Line 122: / Line 122: @@
 | 02:56
 | ડાયલોગ બોક્સને બંધ કરો.
 |-

UCSF-Chimera/C4/Attributes/Gujarati - Revision history

Shivanigada at 14:28, 8 February 2018

Shivanigada: Created page with "{| border=1 | Time | Narration |- | 00:01 | '''Attributes.''' પરના આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલમાં..."