Kaushik Datta at 05:47, 18 September 2018

2018-09-18T05:47:51Z

Satarupadutta: Created page with "{| border=1 ! Time ! Narration |- | 00:01 | Attributes এর এই টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্ব..."

2018-02-16T06:36:46Z

Created page with "{| border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- | 00:01 | Attributes এর এই টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্ব..."

New page

{| border=1
! <center>Time</center>
! <center>Narration</center>

|-
| 00:01
| Attributes এর এই টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।

|-
| 00:06
| এখানে আমরা শিখব পরমাণু এবং residues এর জন্য লেবেল দেখানো।

|-
| 00:12
| Select menu দ্বারা বা Picking দ্বারা পরমাণু এবং residues চয়ন করা।

|-
| 00:17
| residues এর রঙ এবং প্রদর্শন বদলানো।

|-
| 00:21
| পরমাণু যুক্ত করা, মোছা বা বদলানো, বন্ড ঘোরানো।

|-
| 00:27
| ডিসপ্লে উইন্ডোতে একাধিক মডেল খুলুন। মডেল চয়ন করে স্থানান্তর করুন।

|-
| 00:34
| টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে আপনার স্নাতক স্তরের Biochemistry সম্পর্কে জানতে হবে।

|-
| 00:40
| বা structural biology জানতে হবে। প্রাসঙ্গিক টিউটোরিয়ালের জন্য, আমাদের ওয়েবসাইটে যান।

|-
| 00:47
| টিউটোরিয়ালটি রেকর্ড করতে ব্যবহার করছি Ubuntu Operating System সংস্করণ 14.04.

|-
| 00:52
|Chimera সংস্করণ 1.10.2

|-
| 00:57
| Mozilla Firefox ব্রাউজার 35.0

|-
| 01:01
| এবং একটি কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ।

|-
| 01:04
| এখানে আমি একটি Chimera উইন্ডো খুলেছি।

|-
| 01:07
| rapid access window তে, এখন ব্যবহৃত ডেটার সূচী থেকে 1zik এ ক্লিক করুন।

|-
| 01:15
| graphics window তে Leucine zipper এর একটি মডেল খোলে।

|-
| 01:20
| কাঠামোর ভিন্ন ভিন্ন উপাদান যেমন: রেসিডিউ, পরমাণু, বন্ড ইত্যাদি Chimera তে উপলব্ধ টুল দ্বারা সংশোধন করা যেতে পারে।

|-
| 01:31
| প্রথম ধাপ হল চয়ন করা।

|-
| 01:34
| চয়ন করার বিভিন্ন উপায় রয়েছে: মেনু বারে Select মেনু ব্যবহার করে।

|-
| 01:40
| graphics উইন্ডো থেকে Picking

|-
| 01:43
| কমান্ড লাইনে কমান্ড লিখে বা Favorites মেনুতে স্থিত Model Panel এবং Sequence বিকল্প চয়ন করে

|-
| 01:53
| chimera উইন্ডোতে ফিরে যান।

|-
| 01:55
| Leucine zipper মোটিফ leucine রেসিডিউয়ের পর্যায়ক্রমিক পুনরাবৃত্তি দ্বারা হয়।

|-
| 02:02
| এখন দেখাই যে এই কাঠামোতে স্থিত leucine কিভাবে লক্ষণীয় করে।

|-
| 02:08
| প্রিসেট মেনু থেকে interactive 2 বিকল্প চয়ন করুন।

|-
| 02:12
| এটি কাঠামোকে পরমাণু ডিসপ্লেতে দেখাবে। Select মেনু থেকে Residue বিকল্প চয়ন করুন।

|-
| 02:20
| সাব-মেনুতে অনেক বিকল্প রয়েছে।

|-
| 02:23
| অ্যামিনো অ্যাসিড ক্যাটাগরী মেনুতে এই অ্যামিনো অ্যাসিড গ্রুপ রয়েছে: aliphatic, aromatic, hydrophobic, polar ইত্যাদি।

|-
| 02:34
| এই কাঠামোতে স্থিত অ্যামিনো অ্যাসিড রেসিডিউয়ের সূচী স্ট্যান্ডার্ড অ্যামিনো অ্যাসিড মেনুতে উপলব্ধ।

leucine এ ক্লিক করুন।

|-
| 02:42
| সকল leucine রেসিডিউ এখন লক্ষণীয় হয়।

|-
| 02:46
| actions মেনুতে ক্লিক করুন এবং color চয়ন করুন।

|-
| 02:49
|আমি রঙের সূচী থেকে হলুদ চয়ন করব। সকল leucines এখন হলুদ রঙে দেখায়।

|-
| 02:57
| চয়ন মুছে ফেলতে, Select মেনুতে ক্লিক করুন। তারপর Clear selection বিকল্পে ক্লিক করুন।

|-
| 03:03
| Leucine, hydrophobic হওয়ায় এটি প্রোটিনের hydrophobic কোষে আবদ্ধ।

|-
| 03:09
| Presets বিকল্প দ্বারা প্রদর্শন রিবনসে বদলান। Interactive 1 এ ক্লিক করুন।

|-
| 03:17
| স্ক্রীন থেকে রেসিডিউ চয়ন করতে কার্সার কাঠামোর উপর রাখুন।

|-
| 03:22
| সনাক্তকরণ তথ্য সহ একটি pop-up balloon দেখায়।

|-
| 03:26
|এতে residue এর নাম, নম্বর এবং চেনের মত তথ্য রয়েছে।

|-
| 03:32
| আপনি কার্সার সরালে balloon অদৃশ্য হয়ে যায়।

|-
| 03:36
| কার্সার চেন A এর প্রথম residue তে নিয়ে আসুন, যা হল arginine.

|-
| 03:41
| কীবোর্ডের CTRL কী টিপে ধরে থাকুন এবং মাউসের বাম বোতামে ক্লিক করুন। CTRL কী ছেড়ে দিন।

|-
| 03:49
| রেসিডিউয়ের আউটলাইন লক্ষণীয় হয়। ডিফল্টরূপে চয়ন সবুজ রঙে থাকে।

|-
| 03:57
| আপনি একাধিক চয়ন করতে চাইলে; কীবোর্ডে CTRL এবং Shift উভয় কী টিপে ধরে থাকুন।

|-
| 04:04
| মাউস পেপটাইড চেনের উপর রাখুন। আপনার পছন্দের residues তে ক্লিক করুন।

|-
| 04:10
| কীবোর্ড থেকে CTRL এবং Shift উভয় কী ছেড়ে দিন।

|-
| 04:14
| এখন আপনি সংশোধনের জন্য রেসিডিউ চয়ন করেছেন।

|-
| 04:18
| Actions মেনু থেকে একটি বিকল্প চয়ন করুন। Actions মেনুতে ক্লিক করুন।

|-
| 04:23
| উদাহরণস্বরূপ পরমাণু প্রদর্শন করতে, atoms/bonds চয়ন করুন।

Show তে ক্লিক করুন।

|-
| 04:30
| চয়নিত রেসিডিউ এখন পরমাণুর প্রদর্শনে দেখায়। চয়ন মুছে ফেলুন।

|-
| 04:36
| আমরা Picking এর কাঠামোতে স্থিত পরমাণু বা বন্ডে পরিবর্তন করতে পারি।

|-
| 04:42
| কার্সারকে একটি অবজেক্ট যেমন একটি পরমাণু বা বন্ডে রাখুন।

|-
| 04:47
| এটি তার লেবেলের তথ্য একটি atomspec balloon এ দেখাবে।

|-
| 04:52
| পরমাণুর জন্য Atomspec balloon এ এমন তথ্য রয়েছে যেমন: Residue এর নাম, নম্বর, চেইন এবং পরমাণুর নাম।

|-
| 05:01
| পরমাণু চয়ন করতে, কীবোর্ডে CTRL কী টিপে ধরে থাকুন।

|-
| 05:06
| CTRL কী টিপে থাকার সময় সেই পরমাণুতে ক্লিক করুন যা বদলাতে চান।

|-
| 05:11
| পরমাণুটি এখন লক্ষণীয়। পরমাণুতে সংশোধন করতে CTRL কী ধরে রেখে পরমাণুতে ডাবল ক্লিক করুন।

|-
| 05:20
| context menu বিকল্প সহ খোলে।

|-
| 05:24
| Modify-atom বিকল্পে ক্লিক করুন। CTRL কী ছেড়ে দিন।

|-
| 05:30
| Build Structure উইন্ডো খোলে।

|-
| 05:33
| চয়নিত পরমাণু বদলাই যা হল মিথাইল গ্রুপে নাইট্রোজেন।

|-
| 05:38
| Build Structure উইন্ডোতে, ‘element এ carbon, bonds এ 4 এবং Apply বোতামে ক্লিক করুন।

|-
| 05:49
| প্যানেলটি দেখুন।

|-
| 05:51
|মিথাইল গ্রুপ এখন বিদ্যমান কাঠামোতে জুড়ে গেছে। উইন্ডো বন্ধ করুন।

|-
| 05:57
| বন্ড ঘোরানোরও একটি বিকল্প রয়েছে।

|-
| 06:00
|যে বন্ড আপনি ঘোরাতে চান তার উপর কার্সর রাখুন।

|-
| 06:04
|বন্ড সম্পর্কিত তথ্য atomspec balloon এ দেখায়।

|-
| 06:09
| বন্ড চয়ন করতে, কার্সার বন্ডের উপর রাখুন।

|-
| 06:13
| CTRL কী টিপে ধরে থাকুন। বাম মাউস বোতামে ক্লিক করুন।

|-
| 06:18
| চয়নিত বন্ড এখন লক্ষণীয় হয়েছে। CTRL কী টিপে থেকে বন্ডে ডবল ক্লিক করুন।

|-
| 06:26
| কীবোর্ডে CTRL কী ছেড়ে দিন।

|-
| 06:29
| context-menu খোলে। rotate bond বিকল্পে ক্লিক করুন।

|-
| 06:35
|স্ক্রীনে Build Structure ডায়লগ বাক্স দেখায়।

|-
| 06:39
| ডায়ালগ বাক্সে স্থিত রোটেটিং টুলে ক্লিক করুন এবং ঘোরান।

|-
| 06:46
| প্যানেলটি দেখুন। চয়নিত বন্ড এখন ঘুরছে।

|-
| 06:51
| আপনি কাঙ্ক্ষিত কোণে পৌঁছে গেলে ঘোরানো বন্ধ করুন। ডায়ালগ বাক্স বন্ধ করুন।

|-
| 06:57
| চয়ন মুছে ফেলুন। আমরা চেন লক্ষণীয় করতে টুল মেনু থেকে Sequence বিকল্প ব্যবহার করতে পারি।

|-
| 07:05
| টুলস মেনুর নীচে যান এবং Sequence বিকল্পে ক্লিক করুন।

|-
| 07:10
| সাব-মেনু থেকে Sequence চয়ন করুন।

|-
| 07:13
| Show model sequence ডায়লগ বাক্স দেখায়।

|-
| 07:17
| আপনি Chain A চয়ন করতে চাইলে Chain A তে ক্লিক করুন। তারপর show তে ক্লিক করুন।

|-
| 07:23
| স্ক্রীনে অ্যামিনো অ্যাসিড ক্রম সহ আরেকটি ডায়ালগ বাক্স দেখায়।

|-
| 07:28
| amino acid residues একক অক্ষর সমাহার দ্বারা প্রদর্শিত হয়।

|-
| 07:34
|চয়ন করতে ক্রমে ক্লিক করুন।

|-
| 07:37
| প্যানেল লক্ষ্য করুন, Chain A এখন লক্ষণীয় হয়।

|-
| 07:41
| উইন্ডো বন্ধ করতে Quit এ ক্লিক করুন।

|-
| 07:44
| Actions মেনুতে যান, Color এ স্ক্রোল করুন। হলুদ বিকল্পে ক্লিক করুন।

|-
| 07:50
| Chain A এখন হলুদ রঙে দেখায়। চয়ন মুছে ফেলুন।

|-
| 07:55
| আমরা Chimera window তে একাধিক কাঠামো খুলতে পারি।

|-
| 07:59
| দ্বিতীয় কাঠামো খুলতে ফাইল মেনু নীচে স্ক্রোল করুন।

|-
| 08:03
| Fetch by ID তে ক্লিক করুন।

|-
| 08:06
| Fetch structure by ID ডায়ালগ বাক্স খোলে।

|-
| 08:11
| PDB বিকল্প চয়ন করুন। তারপর 4 অক্ষরের PDB code লিখুন। উদাহরণস্বরুপ human insulin এর জন্য 4ex1 লিখুন।
|-
| 08:23
| fetch বোতামে ক্লিক করুন।

|-
| 08:25
| প্যানেলে দুটি প্রোটিন কাঠামো অপরের একে উপরে আসে।

|-
| 08:29
| দুটি ওভারল্যাপিং কাঠামো আলাদা করতে: আমাদের একটি মডেল চয়ন করে প্যানেলে আনতে হবে।

|-
| 08:36
| favorites মেনু দ্বারা Command line খুলুন।

|-
| 08:39
|Command line উইন্ডোর নীচের অংশে দেখায়।

|-
| 08:43
|মডেল জিরো আনচেক করতে ক্লিক করুন, যা leucine zipper দেখায়।

|-
| 08:48
| কার্সারটি insulin কাঠামোতে আনুন: মাউসের মাঝের বোতাম টিপুন।

|-
| 08:54
| তারপর মডেলটি প্যানেলের পছন্দসই স্থানে সরানোর জন্য টানুন। মাউস বোতামে ছেড়ে দিন।

|-
| 09:01
| মডেলটি চয়নপূর্বক স্ক্রীন থেকে সরাতে Favorites মেনু দ্বারা মডেল প্যানেল খুলুন।
|-
| 09:08
|Model Panel ডায়লগ বাক্স দেখায়।

|-
| 09:11
| যে মডেল আপনি সরাতে চান সেই model ID তে ক্লিক করে তা চয়ন করুন।

|-
| 09:16
|উদাহরণস্বরূপ আমি স্ক্রীন থেকে insulin মডেল সরাতে চাই।

|-
| 09:21
|model ID তে ক্লিক করুন। Close বিকল্পে ক্লিক করুন।

|-
| 09:26
| প্যানেলটি দেখুন। insulin এর মডেল এখন স্ক্রীন থেকে সরে গেছে।

|-
| 09:32
|মডেল প্যানেল উইন্ডো বন্ধ করুন।

|-
| 09:34
| আমরা এই টিউটোরিয়ালের শেষে এসেছি।

|-
| 09:37
| আমরা যা শিখেছি তা সংক্ষিপ্তকরণ করি।
|-
| 09:40
| এখানে আমরা পরমাণু এবং residues এর লেবেল করা শিখেছি।

|-
| 09:46
| Select menu দ্বারা বা Picking দ্বারা পরমাণু এবং residues চয়ন করা।

|-
| 09:51
| residues এর রঙ এবং প্রদর্শন বদলানো।

|-
| 09:55
| পরমাণু যোগ করা, মোছা বা বদলানো, বন্ড ঘোরানো।

|-
| 10:00
| ডিসপ্লে উইন্ডোতে একাধিক মডেল খোলা। মডেল চয়ন করা এবং সরানো।

|-
| 10:06
| অনুশীলনীর জন্য chimera উইন্ডোতে human insulin, pdb code 4ex1 এর কাঠামো খুলুন।

|-
| 10:14
|সকল hydrophobic অ্যামিনো অ্যাসিড residues কে নীল রঙ করুন।
|-
| 10:19
|সকল polar residues কে লাল রঙ করুন।

|-
| 10:23
|আপনার সম্পন্ন কাজ নিম্নরূপ হওয়া উচিত।

|-
| 10:29
| নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়।

এটি ডাউনলোড করে দেখুন।

|-
| 10:36
| স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়।

অধিক জানতে আমাদের লিখুন।

|-
| 10:45
| স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা পরিচালিত।

এই মিশনের সম্পর্কে আরো তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য।

|-
| 10:55
| আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ।

|}

UCSF-Chimera/C4/Attributes/Bengali - Revision history

Kaushik Datta at 05:47, 18 September 2018

Satarupadutta: Created page with "{| border=1 ! Time ! Narration |- | 00:01 | Attributes এর এই টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্ব..."