Priyacst at 10:37, 12 January 2018

2018-01-12T10:37:09Z

Venuspriya at 13:05, 10 January 2018

2018-01-10T13:05:28Z

Venuspriya at 13:00, 10 January 2018

2018-01-10T13:00:27Z

Jayashree: Created page with " {| border=1 ||''' Time ''' ||'''Narration''' |- |00:01 | '''Superimposing மற்றும், Morphing''', குறித்த இந்த டுடோரியலு..."

2017-12-13T08:32:14Z

Created page with " {| border=1 ||''' Time ''' ||'''Narration''' |- |00:01 | '''Superimposing மற்றும், Morphing''', குறித்த இந்த டுடோரியலு..."

New page

{| border=1
||''' Time '''
||'''Narration'''

|-
|00:01
| '''Superimposing மற்றும், Morphing''', குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு.

|-
| 00:06
| இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்கப்போவது: ஒரே proteinனின், வெவ்வேறு structureகளை, '''Superimpose''' செய்து, ஒப்பிடுவது.

|-
| 00:13
| '''Conformation'''களை morph செய்வது, மற்றும், ஒரு '''trajectory'''ஐ உருவாக்குவது.

|-
| 00:17
| இந்த டுடோரியலை பின்பற்ற, உங்களுக்கு, '''Chimera''' interface பரீட்சயமாக இருக்க வேண்டும்.

|-
| 00:22
| இல்லையெனில், அதற்கான டுடோரியல்களுக்கு, எங்கள் வலைத்தளத்தை பார்க்கவும்.

|-
| 00:27
| இங்கு நான்: '''Ubuntu''' OS பதிப்பு14.04 ,'''Chimera''' பதிப்பு 1.10.2 ,'''Mozilla firefox''' browser 42.0, மற்றும், ஒரு இணைய இணைப்பை பயன்படுத்துகிறேன்.

|-
| 00:43
| இங்கு, ஒரு '''Chimera''' windowஐ நான் திறந்துள்ளேன்.

|-
| 00:46
| '''graphic access''' interfaceல் இருந்து, file '''3w7f'''ஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| 00:53
| '''Squalin Synthase'''ன் structure, திரையில் திறக்கிறது.

|-
| 00:57
| இப்போது, இந்த structureஐ , '''superimposing'''க்கு தயாராக்குவோம்.

|-
| 01:01
| அது, ஒரே '''protein'''னின், இரண்டு பிரதிகளைக் கொண்டிருக்கிறது.

|-
| 01:05
| '''command line'''ஐ பயன்படுத்தி, chainகளில் ஒன்றை நீக்கவும்.

|-
| 01:09
| Command historyஐ க்ளிக் செய்து, commandஐ recall நான் செய்கிறேன்.

|-
| 01:14
| Command history dialog boxல் இருந்து, '''“delete:.a”'''ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.

|-
| 01:20
| '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.

|-
| 01:22
| அடுத்து, Structureல் இருந்து, '''solvent molecule'''களை நீக்க, command “'''del solvent'''”ஐ நான் தேர்ந்தெடுக்கிறேன். '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.

|-
| 01:32
| இந்த structure, substrate analog '''Farnesyl thiopyrophosphate'''உடன் பின்னப்பட்டுள்ளது. சுருக்கமாக, ''' FPS '''.

|-
| 01:40
| அதன் secondary structureகளை ஒப்பிட, இரண்டு ஒரே மாதிரியான proteinகளை, நாம் '''superimpose''' செய்வோம்.

|-
| 01:46
| இதற்கு, substrate இல்லாமல், அதே enzymeன், ஒரு structureஐ நாம் எடுப்போம்.

|-
| 01:52
| '''command line'''ல், டைப் செய்க: “'''open 2zco'''”. Enterஐ அழுத்தவும்.

|-
| 02:02
| புது structure, நீல நிறத்தில் இருக்கிறது.

|-
| 02:05
| இப்போது, இந்த இரண்டு structureகளும், '''superimpose''' செய்யப்பட தயாராக உள்ளன.

|-
| 02:10
| '''Superimposition or Structural alignment''', இரண்டு அல்லது அதற்கும் மேற்பட்ட, '''protein''' structureகளை, ஒப்பிடுவதற்கான ஒரு tool ஆகும்.

|-
| 02:18
| அவற்றின் வடிவம், மற்றும், three-dimensional conformation ஐ பொறுத்து, சீரமைப்பு, அமைகிறது.

|-
| 02:24
| '''Superimposing''' செய்வதற்கு முன்பு, toolbarல் சில iconகளை வைப்போம்.

|-
| 02:30
| '''Favorites menu.'''ஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| 02:32
| ''' Add to favorites/Tool bar '''optionக்கு scroll செய்யவும்.

|-
|02:37
| ஒரு ''' Preferences''' dialog box திறக்கிறது.

|-
| 02:40
| '''Category''' drop-downல் இருந்து, '''Tools'''ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.

|-
| 02:44
| “'''Settings'''” தலைப்பின் கீழ், “'''On Tool bar'''” columnக்கு, கீழே இருக்கின்ற, boxகளை check செய்யவும்.

|-
| 02:53
| '''Command line''' , '''Model Panel''' , '''Side View'''க்கான, boxகளை check செய்யவும்.

|-
| 02:59
| கீழே scroll செய்து, '''MatchMaker ''' மற்றும் '''Match-Align'''ஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| 03:05
| உங்கள் சொந்த toolboxஐ , நீங்கள் திருத்தியமைக்கலாம்.

|-
| 03:08
| உங்கள் தேவைக்கேற்ப, toolகளை தேர்ந்தெடுக்கவும்.

|-
| 03:12
| Panelஐ கவனிக்கவும்.

|-
| 03:14
| Panelலின் மேல், '''Tool bar'''ல், iconகள் சேர்க்கப்பட்டுள்ளன.

|-
| 03:19
| '''Tool bar'''ன் இடத்தை மாற்ற, '''Toolbar placement''' பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| 03:25
| பின், drop-down menu ல் இருந்து, optionஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.

|-
|03:29
| Tool barக்கு, எல்லா, iconகளையும் சேர்த்து முடித்தபிறகு, '''Save''' பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| 03:35
| பின், '''dialog box'''ஐ மூட, '''Close'''ஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| 03:39
| Structureகள், இப்போது, வெவ்வேறு இடங்களில் இருக்கின்றன.

|-
| 03:43
| இப்போது, '''MatchMaker''' functionஐ பயன்படுத்தி, structureகளை '''superimpose''' செய்வோம்.

|-
| 03:48
| ''' Tool bar'''ல், '''MatchMaker '''toolஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| 03:53
| ஒரு '''MatchMaker''' dialog box திறக்கிறது.

|-
|03:56
| '''Reference structure'''ல், ''' 3w7f '''ஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
|04:01
| இப்போதைக்கு, முன்னிருப்பான settingகளை கொண்டே தொடருவோம். '''OK''' பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| 04:07
| '''Panel'''ஐ கவனிக்கவும்.

|-
| 04:09
| இரண்டு structureகளும், ஒன்றன் மீது ஒன்று, '''superimpose''' செய்யப்படுகின்றன.

|-
|04:13
| இரண்டு structureகளும், ஒன்றுடன் ஒன்று, பெரும்பாலும் முழுவதுமாக, '''superimposable'''ஆக இருக்கின்றன.

|-
|04:19
| '''non-superimposable'''ஆக இருக்கின்ற, ஒரு பகுதியை தவிர.

|-
|04:23
| இந்த '''non-superimposable''' பகுதியுடன் தொடர்பு கொண்டிருக்கும் துண்டு, '''amino acid''' எண் 53ல் இருந்து தொடங்கி, '''amino acid''' எண், 57 வரையுள்ளது.

|-
|04:34
| '''residue type'''கள், மற்றும்secondary structureஐ பயன்படுத்தி, '''The MatchMaker''', ஒரு '''sequence alignment''' ஐ உருவாக்குகிறது.

|-
|04:40
| பின், '''sequence-aligned''' residueக்களை, 3Dல் பொருந்துகிறது.

|-
|04:44
| இப்போது, '''Match-Align''' toolஐ சரி பார்ப்போம்.

|-
|04:48
| Tool barல் இருந்து, ''' Match-Align''' toolஐ க்ளிக் செய்யவும். ஒரு dialog box திறக்கிறது.

|-
|04:55
| Chainகளை தேர்ந்தெடுக்க, அவற்றின், '''pdb Id'''க்களை க்ளிக் செய்யவும்.

|-
|04:59
| '''OK''' பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.

|-
|05:03
| ஒரு '''sequence alignment''' dialog box திறக்கிறது.

|-
|05:05
| இந்த boxல், இறுதி fitல், பயன்படுத்தப்பட்ட'''amino acid ''' ஜோடிகள், லேசான செம்மஞ்சள் boxகளால் காட்டப்படுகின்றன.

|-
|05:13
| 52-54 residueக்களில், இருக்கின்ற loopஐ தவிர, structureகள் பெரும்பாலும் ஒரே மாதிரியாகவே இருக்கின்றன.

|-
|05:21
| அதற்குரிய, ஓரெழுத்து codeன் மீது, cursorஐ வைக்கவும்.

|-
|05:25
| Sequenceல் இருக்கின்ற, இடைவெளிகளினால், '''52ல் இருந்து, 54''' வரையுள்ள residueக்கள், இடம் பெயர்க்கப்படுகின்றன.

|-
|05:33
| இந்தப் பகுதியை, cursorஐ பயன்படுத்தி, தேர்ந்தெடுக்கவும்.

|-
|05:38
| Panelஐ கவனிக்கவும்.

|-
| 05:41
| தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட, sequenceன் பகுதி, முன்னிலைப்படுத்தப்படுகிறது.

|-
|05:45
| இது, structureன், '''non-superimposable''' பகுதிக்கு தொடர்புடையதாகும்.

|-
|05:50
| '''Actions''' menuஐ பயன்படுத்தி, இந்த '''non-superimposing''' பகுதிகளின் நிறத்தை நீங்கள் மாற்றலாம்.

|-
| 05:55
| '''Actions''' menuஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
|05:57
| '''Color'''க்கு scroll செய்து, '''orange-red '''optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
|06:02
| இப்போது, இந்த பகுதி, முன்னிலைப்படுத்தப்படுகிறது.

|-
|06:05
| தேர்ந்தெடுப்பைclear செய்து, dialog boxஐ மூடவும்.

|-
| 06:10
| இப்போது, '''conformation'''களை எப்படி செய்வது, மற்றும், ஒரு trajectoryஐ உருவாக்குவது என்று நான் உங்களுக்கு விளக்குகிறேன்.

|-
|06:15
| '''Morphing''', அசல் structureகளுக்கு இடையே உள்ள, இடைப்பட்ட structureகளின் தொடரை, கணக்கிடுதலை ஈடுபடுத்துகிறது.

|-
|06:23
| உருவாக்கப்படுகின்ற, இடைப்பட்ட structureகளின் தொடர், '''Molecular Dynamics Movie.'''- சுருக்கமாக, ''' MD Movie.''' என்று சேமிக்கப்படலாம்.

|-
| 06:32
| '''Panel'''க்கு திரும்பவும்.

|-
| 06:34
| '''Tools''' menuல் இருந்து, morphing toolஐ தொடங்கவும்.

|-
|06:37
| '''Tools menuஐ க்ளிக் செய்யவும். '''Structure Comparison.'''க்கு scroll செய்யவும்.

|-
|06:42
| ''' Morph conformations '''optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| 06:46
| ஒரு '''Morph conformations''' dialog box திறக்கிறது.

|-
| 06:50
| '''Add.'''ஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
|06:52
| Models dialog boxல் பெறப்படுகின்ற பட்டியலில்; conformationகளுக்கு சேர்க்க, model எண் பூஜ்யம், அதாவது, '''3w7f'''ஐ டபுள்-க்ளிக் செய்யவும்.

|-
|07:03
| அடுத்து, model எண் 1, அதாவது, '''2zco'''ஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| 07:10
| பின், மீண்டும், model எண் பூஜ்யம், அதாவது, '''3w7f'''ஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
|07:16
| இந்த sequence, இதை ஒத்திருக்கிறது: Ligandல் இருந்து, structure, காலியான structure, பின் திரும்ப, அதற்கே பிணைக்கப்பட்டுள்ள, ஒரு morph '''trajectory'''.

|-
| 07:26
| '''Model list''' dialogஐ மூடவும்.

|-
|07:29
| '''Morph conformations''' dialog boxல், '''Create'''ஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
|07:34
| சிறிது நொடிகளுக்கு பிறகு, ஒரு ''' MD Movie''' உருவாக்கப்படுகிறது.

|-
|07:39
| Dialog box, திரையில் தோன்றிகிறது.

|-
|07:42
| திரைப்படத்தை, play செய்ய, அல்லது இடைநிறுத்த, dialog box, பட்டன்களை கொண்டிருக்கிறது.

|-
|07:42
| Play செய்ய, arrow பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.

|-
|07:50
| Panelஐ கவனிக்கவும்.

|-
|07:52
| '''Conformation'''களின் morphing, ஒரு திரைப்படமாகplay செய்யப்படுகிறது.

|-
|07:57
| திரைப்படத்தை இடைநிறுத்தி, '''MD movie''' dialog boxஐ மூடவும்.

|-
|08:02
| இப்போது, நாம் கற்றதை சுருங்கச் சொல்ல.

|-
|08:05
| இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது, ஒரே proteinனின், வெவ்வேறு structureகளை, '''Superimpose''' செய்து, ஒப்பிடுவது.

|-
|08:12
| '''Conformation'''களை morph செய்து, ஒரு '''trajectory'''ஐ உருவாக்குவது.

|-
|08:16
| Trajectoryஐ , '''Molecular Dynamics Movie.'''ஆக சேமிப்பது.

|-
|08:20
| பயிற்சியாக, '''PDB code'''உடன் கூடிய, '''GTP binding '''proteinகளின் structureகளை திறக்கவும்: '''1TAG''' and '''1TND'''.

|-
|08:31
| '''MatchMaker''' toolஐ பயன்படுத்தி, structureகளை superimpose செய்யவும்.

|-
|08:34
| '''Sequence Alignment''' toolஐ பயன்படுத்தி, ஒரே மாதிரி இல்லாத பகுதிகளை கண்டுபிடிக்கவும்.

|-
|08:41
| பின்வரும் இணைப்பில் உள்ள வீடியோ, '''Spoken Tutorial project. '''ஐ சுருங்க சொல்கிறது. அதை தரவிறக்கிக் காணவும்.

|-
|08:48
| '''Spoken Tutorial Project''' குழு, செய்முறை வகுப்புகள் நடத்தி, இணையத்தில் பரீட்சை எழுதி தேர்வோருக்கு சான்றிதழ்கள் தருகிறது. மேலும் விவரங்களுக்கு, எங்களுக்கு மின்னஞ்சல் செய்யவும்.

|-
| 08:57
| '''Spoken Tutorial Project'''க்கு ஆதரவு, இந்திய அரசாங்கத்தின், '''NMEICT, MHRD''' மூலம் கிடைக்கிறது. மேலும் விவரங்களுக்கு, கீழ்கண்ட இணைப்பை பார்க்கவும்.

|-
|09:09
| இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ.
|-
|}

@@ Line 66: / Line 66: @@
 |-
 | 01:22
-| அடுத்து, Structureல் இருந்து, '''solvent molecule'''களை நீக்க, command “'''del solvent'''”ஐ நான் தேர்ந்தெடுக்கிறேன்.  '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.
+| அடுத்து, Structureல் இருந்து, '''solvent molecule'''களை நீக்க, command “'''delete solvent'''”ஐ நான் தேர்ந்தெடுக்கிறேன்.  '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.
 |-

@@ Line 418: / Line 418: @@
 |-
 |09:09
-| இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ.
+| இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ.குரல்கொடுத்தது IIT Bombayஇல் இருந்து சண்முகப் பிரியா , நன்றி
 |-
 |}

@@ Line 342: / Line 342: @@
 |-
 | 07:26
-| '''Model list''' dialogஐ மூடவும்.
+| '''Model list''' dialog box ஐ மூடவும்.
 |-
@@ Line 361: / Line 361: @@
 |-
-|07:42
+|07:47
 | Play  செய்ய, arrow  பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
@@ Line 394: / Line 394: @@
 |-
 |08:20
-| பயிற்சியாக, '''PDB code'''உடன் கூடிய,  '''GTP binding '''proteinகளின் structureகளை திறக்கவும்: '''1TAG''' and '''1TND'''.
+| பயிற்சியாக, '''PDB code'''உடன் கூடிய,  '''GTP binding '''proteinகளின் structureகளை திறக்கவும்: '''1TAG''' மற்றும் '''1TND'''.
 |-

UCSF-Chimera/C3/Superimposing-and-Morphing/Tamil - Revision history

Priyacst at 10:37, 12 January 2018

Venuspriya at 13:05, 10 January 2018

Venuspriya at 13:00, 10 January 2018

Jayashree: Created page with " {| border=1 ||''' Time ''' ||'''Narration''' |- |00:01 | '''Superimposing மற்றும், Morphing''', குறித்த இந்த டுடோரியலு..."