Jayarastogi at 05:38, 4 July 2018

2018-07-04T05:38:29Z

Shruti arya at 20:27, 26 February 2018

2018-02-26T20:27:56Z

Shruti arya: Created page with " {| border=1 ||''' Time ''' ||'''Narration''' |- |00:01 | Superimposing and Morphing पर इस ट्यूटोरियल में आपका स्वागत..."

2018-02-26T20:26:18Z

Created page with " {| border=1 ||''' Time ''' ||'''Narration''' |- |00:01 | Superimposing and Morphing पर इस ट्यूटोरियल में आपका स्वागत..."

New page

{| border=1
||''' Time '''
||'''Narration'''

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|00:01
| Superimposing and Morphing पर इस ट्यूटोरियल में आपका स्वागत है।

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| 00:06
| इस ट्यूटोरियल में हम सीखेंगे: एक ही प्रोटीन के भिन्न-भिन्न स्ट्रक्चर्स की तुलना और सुपरइम्पोज़ करना।

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| 00:13
| कॉनफॉरमेशन को मॉर्फ़ (रूप) करना और ट्रेजेक्ट्री (वक्र-पाथ) बनाना।

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| 00:17
| इस ट्यूटोरियल के अनुसरण के लिए आपको Chimera इंटरफ़ेस से परिचित होना चाहिए।

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| 00:22
| यदि नहीं तो सम्बंधित ट्यूटोरियल्स के लिए हमारी वेबसाइट पर जाएँ।

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| 00:27
| यहाँ मैं उपयोग कर रही हूँ Ubuntu OS वर्जन 14.04, Chimera वर्जन 1.10.2, Mozilla firefox ब्राउज़र 42.0 और एक कार्यकारी इन्टरनेट कनेक्शन।

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| 00:43
| यहाँ मैंने Chimera विंडो खोल ली है।

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| 00:46
| graphic access इंटरफ़ेस से, 3w7f फाइल पर क्लिक करें।

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| 00:53
| स्क्रीन पर Squalin Synthase का स्ट्रक्चर खुलता है।

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| 00:57
| अब superimposing के लिए इस स्ट्रक्चर को तैयार करते हैं।

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| 01:01
| यह एक ही प्रोटीन के लिए दो कॉपीज़ रखता है।

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| 01:05
| कमांड लाइन उपयोग करके उन में से एक चेन को डिलीट करें।

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| 01:09
| मैं कमांड हिस्ट्री पर क्लिक करके उस कमांड को दोबारा कॉल करुँगी।

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| 01:14
| कमांड हिस्ट्री डायलॉग बॉक्स से “delete:.a” कमांड चुनें।

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| 01:20
|एंटर दबाएँ।

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| 01:22
| आगे स्ट्रक्चर से solvent अणुओं को हटाने के लिए मैं टाइप करुँगी कमांड “del solvent”. एंटर दबाएँ।

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| 01:32
| यह स्ट्रक्चर सब्सट्रेट एनालॉग Farnesyl thiopyrophosphate, शोर्ट में FPS तक सिमित होता है।

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| 01:40
| हम दो समान प्रोटीन्स को उनके सेकेंडरी स्ट्रक्चर्स की तुलना करने के लिए सुपरइम्पोज़ करेंगे।

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| 01:46
| इसके लिए हम बिना ससब्सट्रेट के समान एंजाइम का स्ट्रक्चर ढूँढेंगे।

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| 01:52
| कमांड लाइन पर टाइप करें “open 2zco”, एंटर दबाएँ।

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| 02:02
| नया स्ट्रक्चर नीले रंग में है।

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| 02:05
| अब ये दोनों स्ट्रक्चर्स सुपरइम्पोज़ होने के लिए तैयार हैं।

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| 02:10
| Superimposition या Structural alignment दो या अधिक प्रोटीन स्ट्रक्चर्स के लिए तुलना करने वाला टूल हैं।

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| 02:18
| वह अलाइनमेंट उनकी आकृति और तीन-डाईमेन्शनल कोन्फोरमेशन पर आधारित है।

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| 02:24
| सुपरइम्पोज़िंग शुरू करने से पहले हम टूल बार में कुछ आइकन्स रखते हैं।

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| 02:30
| Favorites मेन्यू पर क्लिक करें।

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| 02:32
| Add to favorites/Tool bar विकल्प तक नीचे जाएँ।

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|02:37
| Preferences डायलॉग बॉक्स खुलता है।

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| 02:40
| Category ड्राप-डाउन से Tools चुनें।

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| 02:44
| Settings शीर्षक में On Tool bar कॉलम में बॉक्सेस चेक करें।

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| 02:53
| निम्न के लिए बॉक्सेस चेक करें Command line , Model Panel, Side View

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| 02:59
| नीचे जाएँ और MatchMaker और Match-Align पर क्लिक करें।

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| 03:05
| आप अपनी ख़ुद की टूलबार कस्टमाइज़ कर सकते हैं।

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| 03:08
| अपनी ज़रुरत के अनुसार टूल्स चुनें।

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| 03:12
| पैनल का निरिक्षण करें।

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| 03:14
| पैनल में सबसे ऊपर Tool bar पर आइकन्स जुड़ गए हैं।

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| 03:19
| Tool bar की स्थिति बदलने के लिए Toolbar placement बटन पर क्लिक करें।

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| 03:25
| और ड्राप-डाउन मेन्यू से विकल्प चुनें।

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|03:29
| जब आप टूल बार पर सभी आइकन्स जोड़ लें तो Save बटन पर क्लिक करें।

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| 03:35
| और डायलॉग बॉक्स को बंद करने के लिए Close पर क्लिक करें।

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| 03:39
| अब स्ट्रक्चर्स विभिन्न स्थितियों में हैं।

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| 03:43
| अब हम MatchMaker फंक्शन उपयोग करके उन स्ट्रक्चर्स को सुपरइम्पोज़ करते हैं।

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| 03:48
| Tool bar पर MatchMaker टूल पर क्लिक करें।

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| 03:53
| MatchMaker डायलॉग बॉक्स खुलता है।

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|03:56
| Reference structure में 3w7f पर क्लिक करें।

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|04:01
| अभी के लिए डिफ़ॉल्ट सेटिंग्स के साथ जारी रखें। OK बटन दबाएँ।

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| 04:07
| पैनल का निरिक्षण करें।

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| 04:09
| दो स्ट्रक्चर्स एक दूसरे पर सुपरइम्पोज़ होते हैं।

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|04:13
| दो स्ट्रक्चर्स एक दूसरे पर करीब-करीब पूरी तरह से सुपरइम्पोज़ेबल हैं।

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|04:19
| एक छोटे से भाग को छोड़कर जो नॉन- सुपरइम्पोज़ेबल है।

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|04:23
| इस नॉन- सुपरइम्पोज़ेबल भाग में शामिल फ्रेग्मेंट एमिनो एसिड नंबर 53 से एमिनो एसिड नंबर 57 तक शुरू होता है।

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|04:34
| MatchMaker, रेसीड्यू टाइप्स और सेकेंड्री स्ट्रक्चर उपयोग करके सीक्वेंस अलाइनमेंट बनाता है।

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|04:40
| और फिर सीक्वेंस-अलाइंड रेसीड्यूज़ को 3D में फिट करता है।

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|04:44
| अब Match-Align टूल को जाँचें।

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|04:48
| टूल बार से Match-Align टूल पर क्लिक करें। एक डायलॉग बॉक्स खुलता है।

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|04:55
| चेन्स को चुनने के लिए उनके pdb Ids पर क्लिक करें।

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|04:59
| OK बटन पर क्लिक करें।

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|05:03
| sequence alignment डायलॉग बॉक्स खुलता है।

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|05:05
| इस बॉक्स में अंतिम बॉक्स में फिट हुए एमिनो एसिड युग्म हलके नारंगी बॉक्सेस जैसे दिखते हैं।

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|05:13
| रेसीड्यू 52-54 पर लूप को छोड़कर स्ट्रक्चर्स लगभग समान हैं।

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|05:21
| कर्सर को सम्बंधित एक अक्षर कोड पर रखें।

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|05:25
| 52 से 54 तक रेसीड्यूज़ सीक्वेंस में अन्तराल होने के कारण शिफ्ट होते हैं।

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|05:33
| कर्सर उपयोग करके इस भाग को चुनें।

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|05:38
| पैनल का निरिक्षण करें।

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| 05:41
| सीक्वेंस का वह चयनित भाग हाईलाइट होता है।

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|05:45
| यह उस संरचना के नॉन-सुपरइम्पोज़ेबल भाग से मेल खाता है।

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|05:50
| आप Actions मेन्यू उपयोग करके इस नॉन-सुपरइम्पोज़िंग भागों के रंग बदल सकते हैं।

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| 05:55
| Actions मेन्यू पर क्लिक करें।

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|05:57
| Color तक स्क्रॉल करें। orange-red विकल्प पर क्लिक करें।

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|06:02
| अब यह भाग हाईलाइट हो गया है।

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|06:05
| सिलेक्शन को क्लियर करें और डायलॉग बॉक्स बंद करें।

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| 06:10
| अब दिखाते हैं कि कॉनफॉरमेशन को कैसे मॉर्फ़ (रूप) करते हैं और ट्रेजेक्ट्री (वक्र-पाथ) कैसे बनाते हैं।

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|06:15
| मॉर्फिंग, वास्तविक इनपुट स्ट्रक्चर्स के बीच इंटरमीडिएट स्ट्रक्चर्स की श्रंखला की गणना करने में शामिल होता है।

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|06:23
| बने हुए इंटरमीडिएट स्ट्रक्चर्स की श्रंखला को Molecular Dynamics Movie शार्ट में MD Movie की तरह सेव किया जा सकता है।

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| 06:32
| पैनल पर वापस जाएँ।

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| 06:34
| Tools मेन्यू से मॉर्फिंग टूल शुरू करें।

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|06:37
| Tools मेन्यू पर क्लिक करें। Structure Comparison तक स्क्रॉल करें।

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|06:42
| Morph conformations विकल्प पर क्लिक करें।

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| 06:46
| Morph conformations डायलॉग बॉक्स खुलता है।

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| 06:50
| Add पर क्लिक करें।

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|06:52
| Models डायलॉग बॉक्स की परिणामी सूची में कॉन्फोरमेशन्स में जोड़ने के लिए मॉडल नंबर ज़ीरो यानि 3w7f पर डबल क्लिक करें।

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|07:03
| अगला मॉडल नंबर 1 यानि 2zco पर क्लिक करें।

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| 07:10
| फिर 3w7f यानि मॉडल नंबर ज़ीरो पर दोबारा क्लिक करें।

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|07:16
| यह सीक्वेंस एक लिगेंड के मॉर्फ़ ट्रेजेक्ट्री से सम्बंधित है जो स्ट्रक्चर से खोखले स्ट्रक्चर तक और फिर वापस, से जुड़ा है|

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| 07:26
| model list डायलॉग बंद करें।

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|07:29
| Morph conformations डायलॉग बॉक्स में Create पर क्लिक करें।

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|07:34
|कुछ सेकेंड बाद एक MD Movie बनती है।

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|07:39
| स्क्रीन पर डायलॉग बॉक्स दिखता है।

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|07:42
| डायलॉग बॉक्स में मूवी को चलाने के लिए प्ले या पॉज़ बटन्स हैं।

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|07:42
| प्ले करने के लिए एरो पर क्लिक करें।

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|07:50
| पैनल का निरिक्षण करें।

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|07:52
| कॉनफोर्मेशन्स की मॉर्फिंग मूवी की तरह प्ले की जा रही है।

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|07:57
| मूवी को पॉज़ करें और MD movie डायलॉग बॉक्स बंद करें।

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|08:02
| अब सारांशित करते हैं कि हमने क्या सीखा

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|08:05
| इस ट्यूटोरियल में हमने सीखा एक ही प्रोटीन के लिए भिन्न-भिन्न स्ट्रक्चर्स को सुपरइम्पोज़ और तुलना करना।

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|08:12
|कॉनफॉरमेशन को मॉर्फ़ (रूप) करना और ट्रेजेक्ट्री (वक्र-पाथ) बनाना।

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|08:16
| ट्रेजेक्ट्री को Molecular Dynamics Movie की तरह सेव करना।

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|08:20
| नियत कार्य में PDB कोड 1TAG और 1TND के साथ GTP बाईंडिंग प्रोटीन्स के स्ट्रक्चर्स खोलें।

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|08:31
| MatchMaker टूल उपयोग करके स्ट्रक्चर्स को सुपरइम्पोज़ करना।

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|08:34
| Sequence Alignment टूल उपयोग करके असमान क्षेत्रों का पता लगाएँ।

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|08:41
| निम्न लिंक पर उपलब्ध विडियो स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट को सारांशित करता है। इसे डाउनलोड करके देखें।

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|08:48
| स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट टीम कार्यशालाएं आयोजित करती है और ऑनलाइन टेस्ट पास करने वालों को प्रमाणपत्र देती है। अधिक जानकारी के लिए हमें लिखें।

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| 08:57
| स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट NMEICT, MHRD भारत सरकार द्वारा निधिबद्ध है। इस मिशन पर अधिक जानकारी दर्शाए लिंक पर उपलब्ध है।

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|09:09
| आई आई टी बॉम्बे से मैं श्रुति आर्य आपसे विदा लेती हूँ। हमसे जुड़ने के लिए धन्यवाद।

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 |09:09
-| आई आई टी बॉम्बे से मैं श्रुति आर्य आपसे विदा लेती हूँ। हमसे जुड़ने के लिए धन्यवाद।
+| यह स्क्रिप्ट श्रुति आर्य द्वारा अनुवादित है। मैं जया आपसे विदा लेती हूँ। धन्यवाद।
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 |07:16
-| यह सीक्वेंस एक लिगेंड के मॉर्फ़ ट्रेजेक्ट्री से सम्बंधित है जो स्ट्रक्चर से खोखले स्ट्रक्चर तक और फिर वापस, से जुड़ा है|
+| यह सीक्वेंस एक लिगेंड के मॉर्फ़ ट्रेजेक्ट्री से सम्बंधित है जो स्ट्रक्चर से खोखले स्ट्रक्चर तक और फिर वापस, से जुड़ा है।
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UCSF-Chimera/C3/Superimposing-and-Morphing/Hindi - Revision history

Jayarastogi at 05:38, 4 July 2018

Shruti arya at 20:27, 26 February 2018

Shruti arya: Created page with " {| border=1 ||''' Time ''' ||'''Narration''' |- |00:01 | Superimposing and Morphing पर इस ट्यूटोरियल में आपका स्वागत..."