UCSF-Chimera/C3/Structure-Analysis/Tamil - Revision history

Venuspriya at 10:22, 12 January 2018

2018-01-12T10:22:49Z

Venuspriya at 13:04, 10 January 2018

2018-01-10T13:04:44Z

Venuspriya at 13:04, 10 January 2018

2018-01-10T13:04:02Z

Jayashree: Created page with "{| border=1 || '''Time''' || '''Narration''' |- | | 00:01 | '''Structureன் ஆய்வு''' குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு..."

2017-12-11T12:04:39Z

Created page with "{| border=1 || '''Time''' || '''Narration''' |- | | 00:01 | '''Structureன் ஆய்வு''' குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு..."

New page

{| border=1
|| '''Time'''
|| '''Narration'''

|-
| | 00:01
| '''Structureன் ஆய்வு''' குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு.

|-
| | 00:05
| இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்கப்போவது: Structureல் இருக்கின்ற, atomகளுக்கு இடையே உள்ள தூரத்தை கணக்கிடுவது, Hydrogen bondகளை காட்டுவது, non-polar interactionகளை அடையாளம் காட்டுவது.

|-
| | 00:16
| வெவ்வேறு '''rotamer'''களைப் பெற, '''residue'''க்களில் இருக்கின்ற, bondகளை சுழற்றுவது.

|-
| | 00:21
| இந்த டுடோரியலை பின்பற்ற, உங்களுக்கு, '''Chimera''' interface பரீட்சயமாக இருக்க வேண்டும். இல்லையெனில், அதற்கான டுடோரியல்களுக்கு, எங்கள் வலைத்தளத்தை பார்க்கவும்.

|-
| |00:30
| இங்கு நான்: '''Ubuntu''' OS பதிப்பு14.04 ,'''Chimera''' பதிப்பு 1.10.2 ,'''Mozilla firefox''' browser 42.0, மற்றும், ஒரு இணைய இணைப்பை பயன்படுத்துகிறேன்.

|-
| | 00:46
| இங்கு, ஒரு '''Chimera''' windowஐ நான் திறந்துள்ளேன்.

|-
| | 00:49
| '''Command line'''ஐ பயன்படுத்தி, '''Squalene Synthase.'''ன் ஒரு structureஐ திறக்கவும். அது, ஒரு, '''pdb code 3w7f'''உடன் கூடிய, ஒரு '''Transferace''' '''enzyme''' ஆகும்.

|-
| | 01:00
| '''Command line'''ல் டைப் செய்க: ''' Open space 3w7f'''. '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.

|-
| | 01:09
| '''Enzyme'''ன் ஒரு model, '''panel'''லில் காட்டப்படுகிறது.

|-
| | 01:12
| '''Presets menu'''ஐ பயன்படுத்தி, displayஐ , '''Interactive 1, '''க்கு மாற்றவும்.

|-
| | 01:18
| Protein, இரண்டு பிரதிகளாக காட்டப்படுகிறது.

|-
| | 01:21
| பிரதிகளில் ஒன்றை நீக்க, டைப் செய்க: '''delete colon dot a'''. '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.

|-
| | 01:29
| Structureல் இருந்து, solvent moleculeகளை நீக்க, டைப் செய்க: '''delete solvent'''. '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.

|-
| | 01:37
| இந்த structureல், '''ligand''', '''farnesyl thiopyrophosphate. '''ஆகும்.

|-
| | 01:43
| '''Command'''களை பயன்படுத்தி, '''ligand residue''' label செய்யவும். டைப் செய்க: '''rlabel '''space''' ligand'''. '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.

|-
| | 01:53
| இந்த structureல், இரண்டு ''' farnesyl thiopyrophosphate''' இருக்கின்றன: அதாவது, சுருக்கமாக, ''' FPS '''.

|-
| | 02:01
| Structureகள், '''sticks''' displayல் காட்டப்பட்டுள்ளன.

|-
| | 02:05
| Structureஐ சுழற்றி, பெரிதாக்கவும்.

|-
| | 02:08
| '''FPS'''ன், '''phosphate oxygen'''களுக்கு, '''hydrogen bond'''களை கொடையளிக்கக் கூடிய, பல side chainகள் உள்ளன.

|-
| | 02:15
| Side-chain residueக்களில் இருக்கின்ற atomகளின் மீது, cursorஐ வைக்கவும்.

|-
| | 02:21
| '''Serine 21''' residueஐ கண்டுபிடிக்கவும்.

|-
| | 02:23
| இப்போது, '''Serine 21'''னின் '''oxygen''', மற்றும், '''FPS.'''ன், மிக அருகில் இருக்கின்ற, '''phosphate oxygen'''க்கும் இடையே உள்ள தூரத்தை அளவிடுவோம்.

|-
| | 02:32
| தூரத்தை அளவிட, '''Serine 21''' residueன் '''oxygen'''ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.

|-
| | 02:37
| '''CTRL''' keyஐ அழுத்திக்கொண்டே, '''Serine 21.'''ன் side chain '''oxygen'''ஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 02:43
| '''CTRL '''மற்றும்'''Shift''' keyகளை அழுத்திக்கொண்டே, '''FPS.'''ன், மிக அருகில் இருக்கின்ற, '''phosphate oxygen'''ஐ டபுள்-க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 02:52
| '''Context menu.'''வில் இருந்து, '''Show Distance '''ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.

|-
| | 02:56
| Panelஐ கவனிக்கவும். இரண்டு atomகளுக்கும் இடையே உள்ள தூரம், காட்டப்படுகிறது. தேர்ந்தெடுப்பைclear செய்யவும்.

|-
| | 03:04
| இவ்வாறே, '''Tyrosine 21'''னின் side chain '''oxygen''', மற்றும், '''FPS.'''ன், அதே '''phosphate oxygen'''க்கும் இடையே உள்ள தூரத்தை அளவிடவும்.

|-
| | 03:15
| தூரங்கள், '''hydrogen bond'''களுடன், ஒரே சீராகத் தெரிகிறது.

|-
| | 03:20
| 2.2ல் இருந்து, 2.5 '''Angstrom'''கள் வரை , donor மற்றும் acceptor துரங்களைக் கொண்ட '''Hydrogen bond'''கள், strong என வகைப்படுத்தப்படுகின்றன. 2.5ல் இருந்து 3.2, moderate. 3.2ல் இருந்து 4.0, weak.

|-
| | 03:36
| இப்போது, '''Select''' menuஐ பயன்படுத்தி, '''ligand'''ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.

|-
| | 03:40
| Residue optionக்கு scroll செய்யவும். Sub-menuவில் இருந்து, '''FPS'''ஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 03:46
| '''FPS'''ஆல் உருவாக்கப்பட்ட, '''hydrogen''' bondகளை, கண்டுபிடிப்பதற்கான, எளிய வழி, ''' Tools''' menuவில் இருந்து, '''Find Hydrogen bond''' அம்சத்தை பயன்படுத்துவதாகும்.

|-
| | 03:55
| ''' Structure Analysis option.'''ல், '''FindHbond'''ஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| |04:01
| ஒரு ''' H-Bond Parameters''' dialog திறக்கிறது.

|-
| | 04:05
| வண்ணம் பூசப்பட்ட boxஐ , க்ளிக் செய்து, '''hydrogen bond'''ன் நிறத்தை பொருத்தவும்.

|-
| | 04:09
| தடியான வரிக்கு, line widthஐ , 3.0க்கு பொருத்தவும்.

|-
| | 04:13
| '''Label Hydrogen bond with distance'''க்கு எதிரே உள்ள check boxஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 04:21
| '''Only find H-bonds with at least one end selected.'''ஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 04:26
| பின், '''Write information to reply log'''ஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 04:31
| '''OK''' பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 04:33
| Panelஐ கவனிக்கவும். குறிப்பிட்ட நிறம், மற்றும் வரியின் அகலத்தை கொண்ட, '''pseudo'''-bondகளாக, '''Hydrogen bond'''கள் காட்டப்படுகின்றன.

|-
| | 04:42
| Bondன் விவரங்களை, '''Reply log'''ல் காணலாம்.

|-
| | 04:45
| ''' Favorites menu.'''ஐ பயன்படுத்தி, '''Reply log '''ஐ திறக்கவும்.

|-
| | 04:49
| ஒவ்வொரு'''hydrogen bond''' பற்றிய தகவலும், இங்கு கொடுக்கப்பட்டுள்ளது.

|-
| | 04:53
| Dialog boxஐ மூடவும்.

|-
| |04:55
| Structureல் இருந்து, '''hydrogen bond'''களை நீக்க வேண்டுமெனில், command lineல் டைப் செய்க: '''The Tilda symbol ''', தொடர்ந்து, ''' hbond '''. '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.

|-
| |05:07
| '''Structure Analysis''' optionனின் கீழ், ''' Tools''' menuவில், மற்றொரு feature உள்ளது.

|-
| | 05:13
| அது, '''Findclashes/contacts''' ஆகும். ஒரு '''dialog box''' திறக்கிறது.

|-
| | 05:19
| '''Clash'''கள், மற்றும்'''Contact'''கள், போன்ற, non-polar interactionகளை, இந்த feature, அடையாளம் காண்கிறது.

|-
| | 05:26
| '''''Clash'''''கள் என்பன, atomகள் மிகவும் நெருக்கமாக இருக்கின்ற, சாதகமற்ற interactionகள் ஆகும்.

|-
| | 05:33
| '''''Contact'''''கள் அனைத்தும், நேரடி interactionகளாகும்: polar மற்றும்non-polar, favorable மற்றும்unfavorable ( Clashகளையும் சேர்த்து).

|-
| | 05:43
| '''FPS '''residueக்களின், '''contacts'''ஐ , மற்ற atomகளுடன், அடையாளம் காண்போம்.

|-
| | 05:48
| '''Select''' menuஐ பயன்படுத்தி, '''FPS''' residueஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.

|-
| | 05:52
| '''Find Clashes/Contacts dialog box.'''ல், '''Designate'''ஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| |05:58
| அது, '''48 atoms designated.''' என்று காட்டுகிறது.

|-
| | 06:02
| “'''All other atoms'''”க்கு எதிரே இருக்கின்ற, radio பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| |06:06
| '''Clash/Contact Parameters'''ஐ , முன்னிருப்பான'''Contact.'''க்கு set செய்யவும்.

|-
| | 06:11
| '''Treatment of Clash/Contact Atoms,'''ன் கீழ், பின்வரும் check boxகளை க்ளிக் செய்யவும். '''Select''' '''Draw pseudo-bonds''' '''If endpoint atom hidden''' '''And Write information to reply log'''

|-
| |06:27
| '''OK''' பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். Panelஐ கவனிக்கவும்.

|-
| | 06:32
| ''' FPS '''residueக்களின், எல்லா contactகளும் காட்டப்படுகின்றன.

|-
| |06:37
| '''Reply Log.'''ஐ திறக்கவும். '''Atom-atom contacts''', இங்கு பட்டிலிடப்பட்டுள்ளது.

|-
| | 06:44
| '''Dialog box'''ஐ மூடவும்.

|-
| | 06:46
| இப்போது, சில, '''clash'''களை காட்டுவோம்.

|-
| | 06:49
| Residue '''Tyrosine 248'''ன் மீது, கவனம் செலுத்துவோம்.

|-
| | 06:54
| '''Command line'''ல், டைப் செய்க: '''focus space colon 248'''. '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.

|-
| | 07:03
| தேர்ந்தெடுப்பைclear செய்யவும்.

|-
| | 07:06
| இப்போது, '''Tyrosine 248 residue.'''ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.

|-
| | 07:10
| '''CTRL''' keyஐ அழுத்திக்கொண்டே, '''Tyrosine 248.'''ல், எந்த atomஐயும் க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 07:15
| முழு moleculeஐயும் தேர்ந்தெடுக்க, '''keyboard'''ல், up arrow keyஐ அழுத்தவும்.

|-
| | 07:20
| இப்போது, '''Tyrosine 248'''ஐ , interactiveஆக சுழற்றி, '''Clash'''களை தேடுவோம்.

|-
| | 07:27
| '''Tyrosine 248'''னின், 4 '''Angstrom'''களினுள் உள்ள residueக்களை காட்டுவோம்.

|-
| | 07:32
| '''Command line'''ல், டைப் செய்க: display, '''disp space colon 248 space z less than four. ''' (disp :248 z<4). '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.

|-
| | 07:45
| '''Clash'''களை காட்ட, '''Tools''' menuவில் இருந்து, '''FindClashes/Contacts''' optionஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.

|-
| | 07:53
| '''Designate'''ஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 07:55
| “'''All other atoms'''”க்கு எதிரே இருக்கின்ற, பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 07:59
| '''Clash/Contact Parameters''' ஐ , '''Clash. '''க்கு set செய்யவும். ''' Treatment of Clash/Contact Atoms''' ஐ , '''Select'''க்கு set செய்யவும். '''Draw pseudobonds''' , '''If end point atom hidden'''.

|-
| | 08:11
| '''Frequency of Checking''' ஐ , '''Continuously'''க்கு set செய்யவும்.

|-
| |08:15
| Dialog boxஐ மறைக்கவும்.

|-
| | 08:18
| '''Tyrosine 248'''னின், side chainஐ interactiveஆக சுழற்ற;

|-
| | 08:22
| '''CTRL''' keyஐ அழுத்திக்கொண்டே, '''ribbon'''உடன் இணைக்கப்பட்டுள்ள, bondஐ டபுள்-க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 08:29
| '''context menu.'''வில் இருந்து, '''rotate bond '''optionஐ தேர்வு செய்யவும்.

|-
| | 08:33
| ஒரு '''Build structure''' dialog திறக்கிறது.

|-
| | 08:36
| '''Dial'''லில் இருக்கின்ற, pointerஐ இழுத்து, bondஐ சுழற்றவும்.

|-
| | 08:41
| மாறாக, angle மதிப்புகளை மாற்ற, கருப்பு arrow headகளை, க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 08:47
| '''Panel'''ஐ கவனிக்கவும். Side-chain நகருகையில், புது '''pseudo-bond'''கள், உருவாக்கப்படுகின்றன, அல்லது, மறைகின்றன.

|-
| | 08:55
| Bond, அதன், அசல் இடத்தை மீண்டும் வந்தடைய: '''Bond'''க்கு கீழ் இருக்கின்ற entryஐ க்ளிக் செய்யவும். '''Revert'''ஐ தேர்வு செய்யவும்.

|-
| | 09:03
| மீண்டும், bondஐ க்ளிக் செய்யவும். பின், bond, என்றும் சுழலாமல் இருக்க, '''Deactivate''' செய்யவும்.

|-
| | 09:09
| '''Dialog box'''ஐ மூடவும்.

|-
| | 09:11
| '''Tools''' menuவில் இருக்கின்ற optionஐ பயன்படுத்தி, '''Tyrosine 248'''ன், எல்லா ''' rotamer'''களையும் நாம் ஒப்பிடலாம்.

|-
| | 09:18
| முதலில், '''Tryrosine 248.'''ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.

|-
| | 09:22
| '''Tools''' menuஐ க்ளிக் செய்யவும். '''Structure editing.'''க்கு scroll செய்யவும்.

|-
| | 09:26
| '''Rotamers''' optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 09:29
| ''' Rotamer''' dialog boxல், '''rotamer library'''ல் இருந்து, '''Dunbrack'''ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.

|-
| | 09:36
| '''OK''' பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 09:38
| Panelலில், '''rotamer'''கள், ''' wire '''representationஆக காட்டப்படுகின்றன.

|-
| | 09:43
| மற்றொரு '''dialog''', திறக்கிறது. '''rotamer.'''ஐ காட்ட, dialog boxல் இருக்கின்ற வரிகளை க்ளிக் செய்யவும். '''Panel'''ஐ கவனிக்கவும்.

|-
| | 09:52
| '''rotamer.'''களுக்கு, '''Clash''' மற்றும், '''hydrogen bond'''களையும், நாம் கண்டறியலாம்.

|-
| | 09:58
| முதலில், '''Columns''', பின், '''Add'''ஐ க்ளிக் செய்யவும். '''Clashes'''ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.

|-
| | 10:03
| Dialog-boxல், '''OK''' ஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 10:06
| இப்போது, hydrogen bondகளை சேர்க்க: '''Columns'''ஐ க்ளிக் செய்யவும். '''Add, and select hydrogen bonds.'''க்கு scroll செய்யவும்.

|-
| | 10:15
| '''Hydrogen''' bonds dialog boxல், '''OK''' ஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 10:19
| Dialogஐ கவனிக்கவும். இரண்டு புது columnகள் சேர்க்கப்படுகின்றன.

|-
| | 10:24
| இப்போது, ஒவ்வொரு, '''rotamer '''உம், பல '''Clash'''களை உருவாக்குகின்றன, ஆனால், '''hydrogen bond'''களை உருவாக்கவில்லை.

|-
| | 10:30
| ஒரு வேறுபட்ட residueல், bondகளை சுழற்றி, '''rotamer'''களை கண்டுபிடிக்க, முயற்சிக்கவும்.

|-
| | 10:35
| சுருங்கச் சொல்ல, இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது- Structureல் இருக்கின்ற, atomகளுக்கு இடையே உள்ள தூரத்தை கணக்கிடுவது.

|-
| | 10:43
| '''Hydrogen bond'''களை காட்டுவது, non-polar interactionகளை அடையாளம் காட்டுவது.

|-
| | 10:48
| '''Clash'''கள், மற்றும்,'''contact'''களை கண்டுபிடிக்க, bondகளை சுழற்றுவது. வெவ்வேறு '''rotamer'''களை ஒப்பிடுவது.

|-
| |10:56
| பயிற்சியாக, '''Squalene Synthase'''ன் ஒரு , '''pdb code 3w7f .'''ஐ திறக்கவும்.

|-
| | 11:03
| '''Clash'''கள், மற்றும்,'''contact'''களை தீர்மானிக்க, '''Tyrosine 41'''ல் இருக்கும், bondகளை சுழற்றவும். பின், '''rotamer'''களை சாப்பிடவும்.

|-
| | 11:11
| பின்வரும் இணைப்பில் உள்ள வீடியோ, ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது. அதை தரவிறக்கிக் காணவும்.

|-
| |11:17
| ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டக்குழு, செய்முறை வகுப்புகள் நடத்தி, இணையத்தில் பரீட்சை எழுதி தேர்வோருக்கு சான்றிதழ்கள் தருகிறது. மேலும் விவரங்களுக்கு, எங்களுக்கு மின்னஞ்சல் செய்யவும்.

|-
| |11:27
| ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்திற்கு ஆதரவு, இந்திய அரசாங்கத்தின், NMEICT, MHRD மூலம் கிடைக்கிறது. மேலும் விவரங்களுக்கு, கீழ்கண்ட இணைப்பை பார்க்கவும்.

|-
| | 11:37
| இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ.
|-
|}

@@ Line 189: / Line 189: @@
 |-
 | |04:55
-| Structureல் இருந்து,  '''hydrogen bond'''களை நீக்க வேண்டுமெனில்,  command lineல் டைப் செய்க: '''The Tilda symbol ''', தொடர்ந்து, ''' hbond '''.  '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.
+| Structureல் இருந்து,  '''hydrogen bond'''களை நீக்க வேண்டுமெனில்,  command lineல் டைப் செய்க: ''' Tilda symbol ''', தொடர்ந்து, ''' hbond '''.  '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.
 |-
@@ Line 237: / Line 237: @@
 |-
 | | 06:11
-| '''Treatment of Clash/Contact Atoms,'''ன் கீழ், பின்வரும் check boxகளை க்ளிக் செய்யவும்.  '''Select''' '''Draw pseudo-bonds'''  '''If endpoint atom hidden'''  '''And Write information to reply log'''
+| '''Treatment of Clash/Contact Atoms,'''ன் கீழ், பின்வரும் check boxகளை க்ளிக் செய்யவும்.  '''Select''' '''Draw pseudo-bonds'''  '''If endpoint atom hidden''' மற்றும் ''' Write information to reply log'''
 |-

@@ Line 457: / Line 457: @@
 |-
 | | 11:37
-| இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ.
+| இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ.குரல்கொடுத்தது IIT Bombayஇல் இருந்து சண்முகப் பிரியா , நன்றி
 |-
 |}

@@ Line 89: / Line 89: @@
 |-
 | | 02:23
-| இப்போது,  '''Serine 21'''னின் '''oxygen''', மற்றும்,  '''FPS.'''ன், மிக அருகில் இருக்கின்ற, '''phosphate oxygen'''க்கும் இடையே உள்ள தூரத்தை அளவிடுவோம்.
+| இப்போது,  '''Serine 21'''னின் '''oxygen''', மற்றும்,  '''FPS.'''ன், மிக அருகில் இருக்கின்ற, '''phosphate oxygen'''க்கும் இடையே உள்ள தூரத்தை அளவிடவும்.
 |-
@@ Line 125: / Line 125: @@
 |-
 | | 03:36
-| இப்போது,  '''Select''' menuஐ பயன்படுத்தி, '''ligand'''ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
+|   '''Select''' menuஐ பயன்படுத்தி, '''ligand'''ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
 |-
@@ Line 389: / Line 389: @@
 |-
 | | 09:43
-| மற்றொரு '''dialog''', திறக்கிறது. '''rotamer.'''ஐ காட்ட,  dialog boxல் இருக்கின்ற வரிகளை க்ளிக் செய்யவும்.  '''Panel'''ஐ கவனிக்கவும்.
+| மற்றொரு '''dialog box''', திறக்கிறது. '''rotamer.'''ஐ காட்ட,  dialog boxல் இருக்கின்ற வரிகளை க்ளிக் செய்யவும்.  '''Panel'''ஐ கவனிக்கவும்.
 |-
 | | 09:52
-| '''rotamer.'''களுக்கு,  '''Clash'''  மற்றும்,  '''hydrogen bond'''களையும், நாம் கண்டறியலாம்.
+| '''rotamer.'''களுக்கு,  '''Clash'''  மற்றும்,  '''hydrogen bond'''களையும்,  கண்டறியலாம்.
 |-
@@ Line 441: / Line 441: @@
 |-
 | | 11:03
-| '''Clash'''கள், மற்றும்,'''contact'''களை தீர்மானிக்க,  '''Tyrosine 41'''ல் இருக்கும், bondகளை சுழற்றவும்.  பின்,  '''rotamer'''களை சாப்பிடவும்.
+| '''Clash'''கள், மற்றும்,'''contact'''களை தீர்மானிக்க,  '''Tyrosine 41'''ல் இருக்கும், bondகளை சுழற்றவும்.  பின்,  '''rotamer'''களை ஒப்பிடவும்.
 |-