Shivanigada: Created page with "{| border=1 || '''Time''' || '''Narration''' |- | | 00:01 | | '''Structure Analysis''' પરના આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલમાં તમાર..."

2018-01-17T14:04:55Z

Created page with "{| border=1 || '''Time''' || '''Narration''' |- | | 00:01 | | '''Structure Analysis''' પરના આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલમાં તમાર..."

New page

{| border=1
|| '''Time'''
|| '''Narration'''
|-
| | 00:01
| | '''Structure Analysis''' પરના આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલમાં તમારું સ્વાગત છે.
|-
| | 00:05
| | આ ટ્યૂટોરિઅલમાં આપણે શીખીશું કે કેવી રીતે સ્ટ્રક્ચરમાં એટમ્સ વચ્ચેનું અંતર માપવું. હાઇડ્રોજન બોન્ડ્સને બતાવવા, નોન-પોલર ઈન્ટરેક્શન્સને ઓળખવા.
|-
| | 00:16
| | અને જુદા જુદા '''rotamers''' મેળવવા '''residues'''માં બોન્ડ્સને રોટેટ કરવા.
|-
| | 00:21
| | આ ટ્યૂટોરિઅલને અનુસરવા તમે '''Chimera ''' ઇન્ટરફેઝના જાણકાર હોવા જોઈએ. જો તેમ નથી , તેના સંબંધિત ટ્યૂટોરિઅલ્સ માટે , અમારા વેબસાઈટની મુલાકાત લો.
|-
| | 00:30
| | અહીં હું વાપરી રહી છું : '''Ubuntu''' OS આવૃત્તિ 14.04 ,'''Chimera''' આવૃત્તિ 1.10.2 , '''Mozilla firefox''' બ્રાઉઝર 42.0 , અને એક કાર્યરત ઇન્ટરનેટ કનેક્શન.
|-
| | 00:46
| | અહીં મેં એક '''Chimera''' વિન્ડો ખોલી છે.
|-
| | 00:49
| | '''command line''' દ્વારા , '''Squalene Synthase.'''નું સ્ટ્રક્ચર ખોલો. તે એક '''Transferace''' '''enzyme''' જેનું '''pdb code''' છે '''3w7f'''.
|-
| | 01:00
| | '''command line''' ઉપર , ટાઈપ કરો ''' Open space 3w7f'''. '''Enter''' દબાવો.
|-
| | 01:09
| | '''panel''' ઉપર '''enzyme'''નું મોડેલ દ્રશ્યમાન થાય છે.
|-
| | 01:12
| | '''Presets menu''' દ્વારા ડિસ્પ્લેને '''Interactive 1'''માં બદલો.
|-
| | 01:18
| | પ્રોટીન બે નકલો રૂપે દ્રશ્યમાન થાય છે.
|-
| | 01:21
| | બંને નકલોમાંથી કોઈ એકને નાબૂદ કરવા , ટાઈપ કરો '''delete colon dot a''' , '''Enter''' દબાવો.
|-
| | 01:29
| | સોલ્વન્ટ(દ્રાવક) મોલેક્યુલ્સને સ્ટ્રક્ચરમાંથી નાબૂદ કરવા , ટાઈપ કરો '''delete solvent''' , '''Enter''' દબાવો.
|-
| | 01:37
| | આ સ્ટ્રક્ચરમાં , '''ligand''' છે '''farnesyl thiopyrophosphate. '''
|-
| | 01:43
| | Label the '''ligand residues'''ને '''commands''' દ્વારા લેબલ આપો. ટાઈપ કરો '''rlabel '''space''' ligand''' , '''Enter''' દબાવો.
|-
| | 01:53
| | અહીં બે ''' farnesyl thiopyrophosphate:''' છે જેઓ સ્ટ્રક્ચરમાં ટુકાં રીતે '''FPS ''' તરીકે છે.
|-
| | 02:01
| | સ્ટ્રક્ચર્સ '''sticks''' ડિસ્પ્લેમાં દેખાય છે.
|-
| | 02:05
| | સ્ટ્રક્ચરને રોટેટ કરો અને ઝૂમ-ઈન કરો.
|-
| | 02:08
| | એવી કેટલીક સાઈડ-ચેઇન્સ છે, જે '''FPS''' ના '''phosphate oxygens'''ને '''hydrogen bonds'''નું દાન કરે છે.
|-
| | 02:15
| | સાઈડ-ચેઇન રેસિડ્યુઝમાં એટમ્સ ઉપર કર્સર મુકો.
|-
| | 02:21
| | '''Serine 21''' રેસિડ્યુનું સ્થાન મેળવો .
|-
| | 02:23
| | હવે, ચાલો '''Serine 21'''ના '''oxygen ''' અને સૌથી નજીકના '''FPS.'''ના '''phosphate oxygen''' વચ્ચેનું અંતર માપીએ.
|-
| | 02:32
| | અંતર માપવા ,'''Serine 21''' રેસિડયુના '''oxygen '''ને સિલેક્ટ કરો.
|-
| | 02:37
| | '''CTRL''' કીને દબાવી રાખો તે દરમ્યાન '''Serine 21.'''ની સાઈડ ચેઇન '''oxygen'''ને ક્લિક કરો.
|-
| | 02:43
| | '''CTRL''' અને '''Shift''' કીઝને એકસાથે દબાવી રાખો તે દરમ્યાન , '''FPS'''ના સૌથી નજીકના '''phosphate oxygen ''' ઉપર બે વાર ક્લિક કરો.
|-
| | 02:52
| | '''context menu''' માંના '''Show Distance ''' ને સિલેક્ટ કરો.
|-
| | 02:56
| | પેનલને ધ્યાનથી જુઓ. બંને એટમ્સ વચ્ચેનું અંતર દ્રશ્યમાન થયું છે. હવે પસંદગીને સાફ કરો.
|-
| | 03:04
| | આજ પ્રમાણે , '''Tyrosine '''ની સાઈડ ચેઇન '''oxygen''' અને તે જ '''FPS.'''ના '''phosphate oxygen ''' વચ્ચેનું પણ અંતર માપો.
|-
| | 03:15
| | '''hydrogen bonds''' સાથે અંતર એકધારું જ રહે છે.
|-
| | 03:20
| | દાતા અને સ્વીકારનાર સાથેના '''Hydrogen bonds''' ના અંતરો જે 2.2 to 2.5 '''Angstroms''' હોય તેને મજબૂત તરીકે , 2.5 to 3.2 ને મધ્યમ અને 3.2 to 4.0ને નબળા તરીકે વર્ગીકૃત કરવામાં આવેલ છે.
|-
| | 03:36
| | હવે , '''Select''' મેનુ દ્વારા '''ligand'''ને સિલેક્ટ કરો.
|-
| | 03:40
| | રેસિડયુ વિકલ્પ સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો , સબ-મેનુમાંથી '''FPS''' ઉપર ક્લિક કરો.
|-
| | 03:46
| | '''FPS''' દ્વારા બનતા '''hydrogen bonds''' ને શોધવાનો સૌથી સરળ માર્ગ છે :'''Tools''' મેનુમાંથી '''Find Hydrogen bond''' વિશેષતાનો ઉપયોગ કરવો .
|-
| | 03:55
| | ''' Structure Analysis''' વિકલ્પમાં '''FindHbond''' ઉપર ક્લિક કરો.
|-
| | 04:01
| | એક ''' H-Bond Parameters''' ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.
|-
| | 04:05
| | '''colored box''' ઉપર ક્લિક કરી '''hydrogen bond'''નો રંગ નક્કી કરો.
|-
| | 04:09
| | થોડી જાડી લાઈન માટે લાઈનની પહોળાઈ 3.0 નક્કી કરો.
|-
| | 04:13
| | '''Label Hydrogen bond with distance'''ની સામે રહેલ ચેક બોક્સ ઉપર ક્લિક કરો.
|-
| | 04:21
| | '''Only find H-bonds with at least one end selected.''' ઉપર ક્લિક કરો.
|-
| | 04:26
| | અને '''Write information to reply log''' ઉપર ક્લિક કરો.
|-
| | 04:31
| | '''OK''' બટન ઉપર ક્લિક કરો.
|-
| | 04:33
| | પેનલને ધ્યાનથી જુઓ . '''Hydrogen bonds''' હવે '''pseudo bonds''' તરીકે આપણે દર્શાવેલ રંગ અને લાઈનની પહોળાઈ સાથે દેખાય છે.
|-
| | 04:42
| | આ બોન્ડ્સ વિશેની માહિતીઓ '''Reply log''' ઉપર જોઈ શકાય છે.
|-
| | 04:45
| | ''' Favorites menu''' દ્વારા '''Reply log '''ને ખોલો.
|-
| | 04:49
| | પ્રત્યેક '''hydrogen bond''' વિશેની માહિતી અહીં આપેલ છે.
|-
| | 04:53
| | ડાયલોગ બોક્સ બંધ કરો.
|-
| |04:55
| | જો તમે સ્ટ્રક્ચરમાંથી '''hydrogen bonds''' ને કાઢી નાખવા માનતા હોવ તો ,કમાન્ડ લાઈન ઉપર ટાઈપ કરો : '''The Tilda symbol ''' તે પછી '' hbond ''' '''Enter''' દબાવો.
|-
| | 05:07
| | વિકલ્પની નીચે આવેલા ''' Tools''' મેનુમાં બીજી અન્ય વિશેષતા રહેલ છે .
|-
| | 05:13
| | તે છે '''Findclashes/contacts'''.એક '''dialog box''' ખુલે છે.
|-
| | 05:19
| | આ વિશેષતા નોન-પોલર ઈન્ટરેક્શન્સ(ક્રિયા-પ્રતિક્રિયાઓ) જેવી કે '''Clashes''' અને '''Contacts'''ને ઓળખી આપે છે.
|-
| | 05:26
| | '''''Clashes''''' એવા પ્રતિકૂળ ઈન્ટરેક્શન્સ છે જ્યાં એટમ્સ એકબીજાની ખુબ જ નજીક હોય છે.
|-
| | 05:33
| | '''''Contacts''''' સીધા ઈન્ટરેક્શન્સ છે : પોલર અને નોન-પોલર , અનુકૂળ અને પ્રતિકૂળ(કલેશીસને સમાવતા)
|-
| | 05:43
| | ચાલો બીજા બધા એટમ્સ સાથે '''FPS ''' રેસિડયુઝના '''contacts'''ને ઓળખીએ.
|-
| | 05:48
| | '''FPS''' રેસિડયુને '''Select''' મેનુ દ્વારા સિલેક્ટ કરીએ.
|-
| | 05:52
| | '''Find Clashes/Contacts''' ડાયલોગ બોક્સમાં '''Designate''' ઉપર ક્લિક કરો.
|-
| | 05:58
| | તે '''48 atoms designated.'''બતાવે છે.
|-
| | 06:02
| | “'''All other atoms'''”ની સામે આવેલા રેડિયો બટન ઉપર ક્લિક કરો.
|-
| | 06:06
| | '''Clash/Contact Parameters''' ને ડિફોલ્ટ '''Contact.'''માં સેટ કરો.
|-
| | 06:11
| | '''Treatment of Clash/Contact Atoms,''' ની નીચે આવેલા ચેક બોક્સમાંથી આ મુજબ ક્લિક કરો : '''Select''' '''Draw pseudo-bonds''' '''If endpoint atom hidden''' '''And Write information to reply log'''
|-
| | 06:27
| | '''OK''' બટન ઉપર ક્લિક કરો. પેનલને ધ્યાનથી જુઓ.
|-
| | 06:32
| | ''' FPS ''' રેસિડ્યુઝના બધા જ કોન્ટેક્ટ્સ દેખાય છે.
|-
| | 06:37
| | '''Reply Log.'''ને ખોલો. '''Atom-atom contacts''' અહીં સૂચિત થાય છે.
|-
| | 06:44
| | '''dialog box'''ને બંધ કરો.
|-
| | 06:46
| | હવે ચાલો થોડા '''clashes.'''ને દ્રશ્યમાન કરીએ.
|-
| | 06:49
| | ચાલો આ રેસિડયુ '''Tyrosine 248''' ઉપર ધ્યાન કેન્દ્રિત કરીએ.
|-
| | 06:54
| | '''command line''' ઉપર ટાઈપ કરો : '''focus space colon 248''', '''Enter''' દબાવો.
|-
| | 07:03
| | પસંદગીને સાફ કરો.
|-
| | 07:06
| | હવે '''Tyrosine 248 residue.'''ને સિલેક્ટ કરો.
|-
| | 07:10
| | '''CTRL''' કી ને પકડી રાખી હોય તે દરમ્યાન,'''Tyrosine 248.'''માં કોઈ પણ એટમને ક્લિક કરો.
|-
| | 07:15
| | સંપૂર્ણ મોલેક્યુલને સિલેક્ટ કરવા '''keyboard''' ઉપર '''up arrow '''ને દબાવો.
|-
| | 07:20
| | હવે આપણે સાઈડ-ચેઇન '''Tyrosine 248'''ને ઈન્ટરેક્ટીવલી રોટેટ કરીશું અને '''Clashes''' માટે ચેક કરીશું.
|-
| | 07:27
| | '''Tyrosine 248'''ના રેસિડ્યુઝને 4 '''Angstroms'''ની અંદર દ્રશ્યમાન કરો.
|-
| | 07:32
| | તે દ્રશ્યમાન કરવા '''command line''' ઉપર ટાઈપ કરો :'''disp space colon 248 space z less than four. ''' (disp :248 z<4) , '''Enter''' દબાવો.
|-
| | 07:45
| | '''clashes'''ને દ્રશ્યમાન કરવા , '''Tools''' મેનુમાંથી '''FindClashes/Contacts''' વિકલ્પને સિલેક્ટ કરો.
|-
| | 07:53
| | '''Designate''' ઉપર ક્લિક કરો.
|-
| | 07:55
| | “'''All other atoms'''”ની સામે આવેલા બટન ઉપર ક્લિક કરો.
|-
| | 07:59
| | '''Clash/Contact Parameters''' ને '''Clash'''માં સેટ કરો. '''Treatment of Clash/Contact Atoms''' ને '''Select''' , '''Draw pseudobonds''' , '''If end point atom hidden'''.
|-
| | 08:11
| | અને '''Frequency of Checking''' ને '''Continuously'''માં સેટ કરો.
|-
| | 08:15
| | ડાયલોગ બોક્સને છુપાવી દો.
|-
| | 08:18
| | '''Tyrosine 248'''ની સાઈડ-ચેઇનને ઈન્ટરેક્ટીવલી રોટેટ કરવા;
|-
| | 08:22
| | '''CTRL''' કી દબાવી રાખી હોય ત્યારે આ '''ribbon''' સાથે જોડાયેલ બોન્ડ ઉપર બે વાર ક્લિક કરો.
|-
| | 08:29
| | '''context menu'''માંથી '''rotate bond ''' વિકલ્પને પસંદ કરો.
|-
| | 08:33
| | એક '''Build structure''' ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.
|-
| | 08:36
| | પોઇન્ટરને '''dial''' ઉપર ડ્રેગ કરી બોન્ડને રોટેટ કરો.
|-
| | 08:41
| | વૈકલ્પિક રીતે , કાળા એરોહેડસને ખૂણાના માપ બદલવા ક્લિક કરો.
|-
| | 08:47
| | '''panel'''ને ધ્યાનથી જુઓ. જેવી સાઈડ-ચેઇન ખસે છે , નવા '''pseudo-bonds''' બને છે અથવા અદ્રશ્ય થાય છે.
|-
| | 08:55
| | બોન્ડને તેની અસલ જગ્યાએ પાછું રાખવા : '''Bond''' નીચેની ઇન્ટરી ઉપર ક્લિક કરો. '''Revert'''ને પસંદ કરો.
|-
| | 09:03
| | ફરી વખત બોન્ડ ઉપર ક્લિક કરો પછી બોન્ડ રોટેટ ન થઇ શકે તે કરવા તેને '''Deactivate''' કરો.
|-
| | 09:09
| | '''dialog box'''ને બંધ કરો.
|-
| | 09:11
| | '''Tools''' મનુમાં રહેલ વિકલ્પોનો ઉપયોગ કરી આપણે '''Tyrosine 248'''ના બધા ''' rotamers'''ને સરખાવી શકીએ.
|-
| | 09:18
| | પ્રથમ તો '''Tryrosine 248.'''ને સિલેક્ટ કરો.
|-
| | 09:22
| | '''Tools''' મેનુ ઉપર ક્લિક કરો , '''Structure editing''' સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો.
|-
| | 09:26
| | '''Rotamers''' વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો.
|-
| | 09:29
| | ''' Rotamer''' ડાયલોગ બોક્સમાં , '''rotamer library'''માંથી '''Dunbrack'''ને સિલેક્ટ કરો.
|-
| | 09:36
| | '''OK''' બટન ઉપર ક્લિક કરો.
|-
| | 09:38
| | પેનલ ઉપર '''rotamers''', ''' wire ''' તરીકે પ્રસ્તુત થાય છે.
|-
| | 09:43
| | અન્ય બીજો ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે. '''rotamer'''ને દ્રશ્યમાન કરવા ડાયલોગ બોક્સમાં લાઇન્સ ઉપર ક્લિક કરો. '''panel'''ને ધ્યાનથી જુઓ.
|-
| | 09:52
| | આપણે '''rotamers''' માટે '''Clash''' અને '''hydrogen bonds'''ને પણ શોધી શકીએ છીએ.
|-
| | 09:58
| | '''Columns''' ઉપર ક્લિક કરો ,પછી '''Add'''. '''Clashes''' સિલેક્ટ કરો.
|-
| | 10:03
| | ડાયલોગ બોક્સમાં '''OK''' બટન ઉપર ક્લિક કરો.
|-
| | 10:06
| | હવે હાઇડ્રોજન બોન્ડ્સને ઉમેરવા : '''Columns''' ઉપર ક્લિક કરો , '''Add, and select hydrogen bonds''' સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો.
|-
| | 10:15
| | '''Hydrogen bonds''' ડાયલોગ બોક્સમાં '''OK''' ઉપર ક્લિક કરો.
|-
| | 10:19
| | ડાયલોગ બોક્સને ધ્યાનથી જુઓ , બે નવી કૉલમ્સ ઉમેરાયેલી છે.
|-
| | 10:24
| | હવે પ્રત્યેક '''rotamer ''' કેટલાક '''Clashes''' બનાવે છે પણ '''hydrogen bonds''' નથી બનાવતા.
|-
| | 10:30
| | જુદા-જુદા રેસિડયુમાં બોન્ડ્સને રોટેટ કરી '''rotamers'''ને શોધવાનો પ્રયત્ન કરો.
|-
| | 10:35
| | ચાલો સારાંશ જોઈએ . આ ટ્યૂટોરિઅલમાં આપણે શીખ્યા - સ્ટ્રક્ચરમાં એટમ્સ વચ્ચેનું અંતર માપવું.
|-
| | 10:43
| | હાઇડ્રોજન બોન્ડ્સને બતાવવા, નોન-પોલર ઈન્ટરેક્શન્સને ઓળખવા.
|-
| | 10:48
| | '''clashes''' અને '''contacts'''ને મેળવવા રેસિડ્યુઝમાં બોન્ડ્સને રોટેટ કરવા અને જુદા જુદા '''rotamers'''ની સરખામણી કરી.
|-
| | 10:56
| | અભ્યાસ માટે , '''Squalene Synthase''' ખોલો , '''pdb code 3w7f .'''
|-
| | 11:03
| | '''Tyrosine 41''' રેસિડયુમાં '''Clashes''' અને '''Contacts'''ને મેળવવા બોન્ડ્સને રોટેટ કરો. અને '''rotamers'''ને સરખાવો.
|-
| | 11:11
| | આ નીચેની લિંક ઉપરનો વિડીયો સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે. તેને ડાઉલોડ કરો અને નિહાળો.
|-
| |11:17
| | અમે સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ્સ દ્વારા વર્કશોપ્સનું સંચાલન કરીએ છીએ અને સર્ટિફિકેટ્સ પણ આપીએ છીએ. વધુ માહિતી માટે અમને સંપર્ક કરો.
|-
| |11:27
| | સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટને NMEICT, MHRD, ભારત સરકાર તરફથી ભંડોળ પૂરું પાડવામાં આવે છે.
આ યોજના માટે વધુ માહિતી આ આપેલ લિંક ઉપર ઉપલબ્ધ છે.
|-
| | 11:37
| | ભાષાંતર કરનાર હું શિવાની ગડા વિદાય લઉં છું. અમારી સાથે જોડાવા આભાર.
|}

UCSF-Chimera/C3/Structure-Analysis/Gujarati - Revision history

Shivanigada: Created page with "{| border=1 || '''Time''' || '''Narration''' |- | | 00:01 | | '''Structure Analysis''' પરના આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલમાં તમાર..."