Kaushik Datta at 08:01, 31 August 2018

2018-08-31T08:01:31Z

Satarupadutta: Created page with " {| border=1 || '''Time''' || '''Narration''' |- | | 00:01 | | Structure Analysis এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত। |-..."

2018-02-14T05:44:38Z

Created page with " {| border=1 || '''Time''' || '''Narration''' |- | | 00:01 | | Structure Analysis এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত। |-..."

New page

{| border=1
|| '''Time'''
|| '''Narration'''

|-
| | 00:01
| | Structure Analysis এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।

|-
| | 00:05
| | এখানে আমরা শিখব: কাঠামোতে পরমাণুর মাঝের দূরত্ব পরিমাপ করা। হাইড্রোজেন বন্ড দেখানো, নন-পোলার ইন্টারঅ্যাকশন সনাক্ত করা।

|-
| | 00:16
| বিভিন্ন rotamers পেতে রেসিডিউতে বন্ড ঘোরানো।

|-
| | 00:21
| | টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে Chimera ইন্টারফেস সম্পর্কে জানতে হবে। না হলে প্রাসঙ্গিক টিউটোরিয়ালের জন্য আমাদের ওয়েবসাইটে যান।

|-
| |00:30
| | এখানে ব্যবহার করছি উবুন্টু OS সংস্করণ 14.04, Chimera সংস্করণ 1.10.2, Mozilla Firefox ব্রাউজার 42.0 এবং একটি কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ।

|-
| | 00:46
| | এখানে আমি একটি Chimera উইন্ডো খুলেছি।

|-
| | 00:49
| | কমান্ড লাইন দ্বারা Squalene Synthase এর একটি কাঠামো খুলুন। এটি pdb কোড 3w7f সহ একটি Transferace এনজাইম।

|-
| | 01:00
| |কমান্ড লাইনে লিখুন, Open space 3w7f, Enter টিপুন।

|-
| | 01:09
| | এনজাইমের একটি মডেল প্যানেলে দেখায়।

|-
| | 01:12
| |Presets মেনু দ্বারা ডিসপ্লে Interactive 1 এ বদলান।

|-
| | 01:18
| |প্রোটিন দুটি কপি হিসাবে দেখায়।

|-
| | 01:21
| |যে কোনো একটি কপি মুছে ফেলতে লিখুন delete colon dot a, এন্টার টিপুন।

|-
| | 01:29
| | কাঠামো থেকে দ্রাবক অণু মুছে ফেলতে লিখুন delete solvent, এন্টার টিপুন।

|-
| | 01:37
| | এই কাঠামোতে, ligand হল farnesyl thiopyrophosphate.

|-
| | 01:43
| | কমান্ড দ্বারা ligand রেসিডিউ লেবেল করুন। লিখুন rlabel স্পেস ligand, এন্টার টিপুন।

|-
| | 01:53
| | দুটি farnesyl thiopyrophosphate রয়েছে যা এই কাঠামোতে শর্টে FPS.

|-
| | 02:01
| |কাঠামো sticks ডিসপ্লেতে দেখায়।

|-
| | 02:05
| |কাঠামোটি ঘোরান এবং জুম ইন করুন।

|-
| | 02:08
| | অনেক সাইড চেন রয়েছে যা হাইড্রোজেন বন্ড FPS এর phosphate oxygens এ দান করতে পারে।

|-
| | 02:15
| |কার্সারকে সাইড চেন রেসিডিউতে পরমাণুতে রাখুন।

|-
| | 02:21
| | Serine 21 রেসিডিউতে যান।

|-
| | 02:23
| |এখন, Serine 21 এর অক্সিজেন এবং নিকটতম FPS এর phosphate oxygen এর দূরত্ব পরিমাপ করি।

|-
| | 02:32
| | দূরত্ব পরিমাপ করতে Serine 21 রেসিডিউয়ের অক্সিজেন চয়ন করুন।

|-
| | 02:37
| | CTRL কী টিপে Serine 21 এর সাইড চেন অক্সিজেনে ক্লিক করুন।

|-
| | 02:43
| | CTRL এবং Shift কী একসাথে টিপে, FPS এর নিকটবর্তী ফসফেট অক্সিজেনে ডাবল ক্লিক করুন।

|-
| | 02:52
| | কনটেক্সট মেনু থেকে Show Distance চয়ন করুন।

|-
| | 02:56
| | প্যানেলটি দেখুন। দুটি পরমাণুর মাঝের দূরত্ব দেখায়। চয়ন মুছে ফেলুন।

|-
| | 03:04
| | একইভাবে, Tyrosine এর সাইড চেন অক্সিজেন এবং FPS এর একই ফসফেট অক্সিজেনের মাঝের দূরত্ব পরিমাপ করুন।

|-
| | 03:15
| | হাইড্রোজেন বন্ড সহ দূরত্ব একই রকম দেখায়।

|-
| | 03:20
| | হাইড্রোজেন বন্ড ডোনার এবং এক্সেপ্টার দূরত্বের ভিত্তিতে শ্রেণীবদ্ধ করা হয়: 2.2 থেকে Angstroms হলে শক্তিশালী, 2.5 থেকে 3.2 মধ্যম, 3.2 থেকে 4.0 দুর্বল।

|-
| | 03:36
| | এখন, Select মেনু দ্বারা ligand চয়ন করুন।

|-
| | 03:40
| |রেসিডিউ বিকল্পে স্ক্রোল করুন, সাব-মেনু থেকে FPS এ ক্লিক করুন।

|-
| | 03:46
| | FPS দ্বারা গঠিত হাইড্রোজেন বন্ড খোঁজার সহজ উপায় হল Tools মেনু থেকে Find Hydrogen bond বিশেষতা ব্যবহার করা।

|-
| | 03:55
| |Structure Analysis বিকল্পে FindHbond এ ক্লিক করুন।

|-
| |04:01
| | H-Bond Parameters ডায়ালগ খোলে।

|-
| | 04:05
| |রঙিন বাক্সে ক্লিক করে হাইড্রোজেন বন্ডের রঙ নিশ্চিত করুন।

|-
| | 04:09
| |লাইনের প্রস্থ মোটা লাইনের জন্য 3.0 করুন।

|-
| | 04:13
| | Label Hydrogen bond with distance এর সামনের চেক বাক্সে ক্লিক করুন।

|-
| | 04:21
| | Only find H-bonds with at least one end selected এ ক্লিক করুন।

|-
| | 04:26
| | Write information to reply log এ ক্লিক করুন।

|-
| | 04:31
| | OK বোতামে ক্লিক করুন।

|-
| | 04:33
| | প্যানেলটি দেখুন। হাইড্রোজেন বন্ড নির্দিষ্ট রঙ এবং লাইনের প্রস্থ সহ pseudo বন্ড হিসাবে দেখায়।

|-
| | 04:42
| | বন্ডের বিবরণ Reply log এ দেখা যাবে।

|-
| | 04:45
| |Favorites মেনু ব্যবহার করে Reply log খুলুন।

|-
| | 04:49
| | প্রতিটি হাইড্রোজেন বন্ড সম্পর্কে তথ্য এখানে দেওয়া হয়েছে।

|-
| | 04:53
| |ডায়লগ বাক্স বন্ধ করুন।

|-
| |04:55
| |আপনি কাঠামো থেকে হাইড্রোজেন বন্ধ সরাতে চাইলে, কমান্ড লাইনে লিখুন: Tilda চিহ্নের পর hbond, এন্টার টিপুন।

|-
| |05:07
| | Structure Analysis বিকল্পে Tools মেনুতে আরেকটি বৈশিষ্ট্য রয়েছে।

|-
| | 05:13
| |এটি হল Findclashes/contacts. একটি ডায়ালগ বাক্স খোলে।

|-
| | 05:19
| |এই বৈশিষ্ট্য নন-পোলার ইন্টারঅ্যাকশন যেমন Clashes এবং Contacts সনাক্ত করে।

|-
| | 05:26
| | Clashes প্রতিকূল ইন্টারঅ্যাকশন হয় যেখানে পরমাণু একে অপরের খুব কাছাকাছি হয়।

|-
| | 05:33
| |Contacts সকল সরাসরি ইন্টারঅ্যাকশন হয়: পোলার এবং নন-পোলার, অনুকূল এবং প্রতিকূল (clashes সহ)

|-
| | 05:43
| | এখন সকল অন্যান্য পরমাণু সহ FPS রেসিডিউয়ের contacts সনাক্ত করুন।

|-
| | 05:48
| |মেনু ব্যবহার করে FPS রেসিডিউ চয়ন করুন।

|-
| | 05:52
| |Find Clashes/Contacts ডায়লগ বাক্সে Designate এ ক্লিক করুন।

|-
| |05:58
| | এটি 48 atoms designated দেখায়।

|-
| | 06:02
| | All other atoms এর সামনের রেডিও বোতামে ক্লিক করুন।

|-
| |06:06
| | Clash/Contact Parameters প্যারামিটার ডিফল্ট Contact এ নির্ধারণ করুন।

|-
| | 06:11
| | Treatment of Clash/Contact Atoms এ, নিম্ন চেক বাক্সে ক্লিক করুন: Select, Draw pseudo-bonds, If endpoint atom hidden এবং Write information to reply log.

|-
| |06:27
| | OK বোতামে ক্লিক করুন। প্যানেলটি দেখুন।

|-
| | 06:32
| |FPS এর সকল কন্টাক্ট দেখায়।

|-
| |06:37
| | Reply Log খুলুন। Atom-atom contacts এখানে তালিকাভুক্ত।

|-
| | 06:44
| |ডায়ালগ বাক্স বন্ধ করুন।

|-
| | 06:46
| | এখন কিছু clashes দেখাই।

|-
| | 06:49
| |এখন Tyrosine 248 রেসিডিউতে ফোকাস করুন।

|-
| | 06:54
| | কমান্ড লাইনে লিখুন: focus space colon 248 এন্টার টিপুন।

|-
| | 07:03
| | চয়ন clear করুন।

|-
| | 07:06
| | এখন Tyrosine 248 রেসিডিউ চয়ন করুন।

|-
| | 07:10
| | CTRL কী টিপে থেকে Tyrosine 248 এ যে কোনো একটি পরমাণুতে ক্লিক করুন।

|-
| | 07:15
| |সমগ্র অণু চয়ন করতে কীবোর্ডে আপ অ্যারো কী টিপুন।

|-
| | 07:20
| | এখন আমরা সাইড চেন Tyrosine 248 ইন্টারঅ্যাক্টিভভাবে ঘোরাবো এবং Clashes এর জন্য চেক করব।

|-
| | 07:27
| | Tyrosine 248 এর 4 Angstroms এর ভিতরে রেসিডিউ দেখান।

|-
| | 07:32
| |কমান্ড লাইনে লিখুন ডিসপ্লে disp স্পেস কোলন 248 স্পেস z less than four(disp :248 z<4) Enter টিপুন।

|-
| | 07:45
| | clashes দেখাতে, Tools মেনু থেকে FindClashes/Contacts বিকল্প চয়ন করুন।

|-
| | 07:53
| | Designate এ ক্লিক করুন।

|-
| | 07:55
| |All other atoms এর সামনের বোতামে ক্লিক করুন।

|-
| | 07:59
| | Clash এর জন্য Clash/Contact Parameters সেট করুন। Treatment of Clash/Contact Atoms কে Select, Draw pseudobonds, If end point atom hidden সৎ করুন।

|-
| | 08:11
| |Frequency of Checking কে Continuously সেট করুন।

|-
| |08:15
| | ডায়ালগ বাক্স সরান।

|-
| | 08:18
| | ইন্টারেক্টিভভাবে Tyrosine 248 এর সাইড চেন ঘোরাতে।

|-
| | 08:22
| |CTRL কী টিপে থেকে ribbon এর সাথে যুক্ত বন্ডে ডাবল ক্লিক করুন।

|-
| | 08:29
| | কনটেক্সট মেনু থেকে rotate bond বিকল্প চয়ন করুন।

|-
| | 08:33
| |Build structure ডায়ালগ খোলে।

|-
| | 08:36
| |ডায়ালে পয়েন্টার ড্রেগ করে বন্ড ঘোরান।

|-
| | 08:41
| |বিকল্পভাবে, এঙ্গেল ভ্যালু এডিট করতে কালো অ্যারো হেডে ক্লিক করুন।

|-
| | 08:47
| | প্যানেলটি দেখুন। যেই সাইড চেন ঘোরে নতুন pseudo-bonds তৈরী হয় বা অদৃশ্য হয়ে যায়।

|-
| | 08:55
| |বন্ডকে মূল স্থানে ফিরিয়ে আনতে Bond এ এন্ট্রিতে ক্লিক করুন। Revert চয়ন করুন।

|-
| | 09:03
| |বন্ড অধিক সময় পর্যন্ত না ঘোরাতে আবার bond এ ক্লিক করুন এবং তারপর Deactivate এ ক্লিক করুন।

|-
| | 09:09
| |ডায়ালগ বাক্স বন্ধ করুন।

|-
| | 09:11
| |Tools মেনুতে বিকল্প দ্বারা Tyrosine 248 এর সকল rotamers তুলনা করতে পারি।

|-
| | 09:18
| |প্রথমে Tryrosine 248 চয়ন করুন।

|-
| | 09:22
| |Tools মেনুতে ক্লিক করুন, Structure editing এ স্ক্রোল করুন।

|-
| | 09:26
| |Rotamers বিকল্পে ক্লিক করুন।

|-
| | 09:29
| |Rotamer ডায়ালগ বাক্সে, rotamer library থেকে Dunbrack চয়ন করুন।

|-
| | 09:36
| |OK বোতামে ক্লিক করুন।

|-
| | 09:38
| |প্যানেলে rotamers, wire এর মত দেখায়।

|-
| | 09:43
| | আরেকটি ডায়ালগ খোলে। rotamer দেখাতে ডায়ালগ বাক্সে লাইনে ক্লিক করুন। প্যানেলটি দেখুন।

|-
| | 09:52
| | আমরা rotamers এর জন্য Clash এবং hydrogen bonds ও সনাক্ত করতে পারি।

|-
| | 09:58
| | Columns এ ক্লিক করুন তারপর Add. Clashes চয়ন করুন।

|-
| | 10:03
| | ডায়ালগ বাক্সে OK তে টিপুন।

|-
| | 10:06
| | এখন হাইড্রোজেন বন্ড জুড়তে Columns এ ক্লিক করুন, Add এ স্ক্রোল করুন এবং hydrogen bonds চয়ন করুন।

|-
| | 10:15
| |Hydrogen bonds ডায়লগ বাক্সে OK তে ক্লিক করুন।
|-
| | 10:19
| | ডায়ালগটি দেখুন, দুটি নতুন কলাম জুড়েছে।

|-
| | 10:24
| |প্রতিটি rotamer কিছু Clashes বানায় কিন্তু hydrogen bonds বানায় না।

|-
| | 10:30
| |ভিন্ন ভিন্ন রেসিডিউতে বন্ড ঘুরিয়ে rotamers খোঁজার চেষ্টা করুন।

|-
| | 10:35
| | সংক্ষিপ্তকরণ করি. এখানে আমরা শিখেছি- কাঠামোতে পরমাণুর মাঝের দূরত্ব পরিমাপ করা।

|-
| | 10:43
| |Hydrogen bonds দেখানো। নন-পোলার ইন্টারঅ্যাকশন সনাক্ত করা.

|-
| | 10:48
| |clashes এবং contacts খুঁজতে রেসিডিউতে বন্ড ঘোরানো এবং ভিন্ন rotamers তুলনা করা।

|-
| |10:56
| | অনুশীলনীর জন্য Squalene Synthasepdb code 3w7f এর একটি কাঠামো খুলুন।

|-
| | 11:03
| |Clashes এবং Contacts নির্ধারণ করতে Tyrosine 41 রেসিডিউতে বন্ড ঘোরানো এবং rotamers তুলনা করা।

|-
| | 11:11
| | নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়। এটি ডাউনলোড করে দেখুন।

|-
| |11:17
| | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়। অধিক জানতে আমাদের লিখুন।

|-
| |11:27
| | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা পরিচালিত। এই মিশনের সম্পর্কে আরো তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য।

|-
| | 11:37
| | আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ।

|}

@@ Line 218: / Line 218: @@
 |-
 | | 05:48
-| |মেনু ব্যবহার করে FPS রেসিডিউ চয়ন করুন।
+| |Select মেনু ব্যবহার করে FPS রেসিডিউ চয়ন করুন।
 |-

UCSF-Chimera/C3/Structure-Analysis/Bengali - Revision history

Kaushik Datta at 08:01, 31 August 2018

Satarupadutta: Created page with " {| border=1 || '''Time''' || '''Narration''' |- | | 00:01 | | Structure Analysis এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত। |-..."