Jayashree at 04:14, 15 January 2018

2018-01-15T04:14:49Z

Jayashree at 04:13, 15 January 2018

2018-01-15T04:13:14Z

Venuspriya at 06:35, 9 January 2018

2018-01-09T06:35:26Z

Jayashree: Created page with "{| border=1 ! Time ! Narration |- | 00:01 | '''Structureகளை உருவாக்குவது''', குறித்த இந்..."

2017-12-08T06:35:32Z

Created page with "{| border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- | 00:01 | '''Structureகளை உருவாக்குவது''', குறித்த இந்..."

New page

{| border=1
! <center>Time</center>
! <center>Narration</center>

|-
| 00:01
| '''Structureகளை உருவாக்குவது''', குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு.

|-
| |00:05
| இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்கப்போவது: சிறிய moleculeகளின் structureகளை உருவாக்குவது, '''peptide'''கள் <br/> மற்றும்'''DNA''' fragmentகள்.

|-
| |00:13
| Structureஐ மாற்றுவது. Energyஐ குறைப்பது, மற்றும், modelகளை சேர்ப்பது.

|-
| |00:19
| இந்த டுடோரியலை பின்பற்ற, உங்களுக்கு, '''Chimera interface''' பரீட்சயமாக இருக்க வேண்டும். இல்லையெனில், அதற்கான டுடோரியல்களுக்கு, எங்கள் வலைத்தளத்தை பார்க்கவும்.

|-
| |00:30
| இந்த டுடோரியலை பதிவு செய்வதற்கு நான்: '''Ubuntu''' OS பதிப்பு14.04 ,'''Chimera''' பதிப்பு 1.10.2 ,'''Mozilla firefox''' browser 42.0, மற்றும், ஒரு '''Internet''' இணைப்பை பயன்படுத்துகிறேன்.

|-
| |00:48
| இங்கு, ஒரு '''Chimera graphics window.'''ஐ நான் திறந்துள்ளேன்.

|-
| |00:52
| இப்போது, '''Build Structure''' toolஐ பயன்படுத்தி, ஒரு chemical structureஐ உருவாக்கத் தொடங்குவோம்.

|-
| |00:58
| '''Tools''' menuஐ க்ளிக் செய்யவும். '''Structure editing''' optionக்கு scroll செய்யவும்.

|-
| |01:04
| Sub-menuவில் , '''Build Structure'''ஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| |01:08
| ஒரு '''Build Structure''' dialog box திரையில் திறக்கிறது.

|-
| |01:12
| Dialog boxன் மேல் இருக்கின்ற, '''Start Structure''' பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| |01:18
| இங்கு, structureஐ புதிதாக உருவாக்குவதற்கு, optionகளை நாம் கொண்டுள்ளோம்.

|-
| |01:23
| இருக்கின்ற structureஐ மாற்றுவது, bondகளை சரிசெய்வது, torsionகளை சரிசெய்வது, modelகளை சேர்ப்பது, போன்றவற்றையும் நாம் செய்யலாம்.

|-
| |01:33
| '''Start Structure''' optionஐ தேர்வு செய்வோம்.

|-
| |01:37
| இங்கு, ஒரு structureஐ தொடங்க, பல optionகள் இருக்கின்றன.

|-
| |01:41
| '''atom'''ஐ சேர்ப்பது, '''fragment'''ஐ சேர்ப்பது, '''Pubchem''' data baseல் இருந்து, structureஐ பெறுவது.

|-
| |01:48
| '''peptide''', '''DNA''', '''RNA'''ஐ உருவாக்குவது, போன்ற பல.

|-
| |01:53
| சிறிய moleculeகளை உருவாக்க, '''atom''' radio பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். '''Atom parameters''' பிரிவு திறக்கிறது.

|-
| |02:01
| முன்னிருப்பாக, structure, ஒரு '''helium''' atomஉடன், தொடங்குகிறது.

|-
| | 02:05
| Panelன் நடுவில், '''helium''' atomஐ வைக்க,'''Center of the view''' radio பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| |02:12
| '''X , Y ''' மற்றும்''' Z''' coordinateகளை input செய்யவும், நாம் optionகளை கொண்டிருக்கிறோம்.

|-
| |02:17
| '''Select placed atom.'''ஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| |02:21
| '''Named''' text boxல், sessionன் பெயரை, '''Sample1''' என டைப் செய்யவும்.

|-
| | 02:26
| '''Color new atoms by element'''ஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 02:30
| '''Apply''' பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 02:33
| Panelலில், ஒரு ஒற்றை '''Helium''' atom தோன்றுகிறது.

|-
| | 02:37
| இப்போது, '''Modify Structure''' optionஐ பயன்படுத்தி, இந்த atomஐ , எந்த moleculeஆகவும் நாம் மாற்ற முடியும்.

|-
| | 02:44
| Main drop-down menuவில் இருந்து, '''Modify Structure''' optionஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.

|-
| | 02:49
| '''helium'''ஐ ஒரு, '''methane''' moleculeஆக மாற்ற முயற்சிப்போம்.

|-
| | 02:53
| Helium atom, '''selection''' modeல் இருக்கட்டும்.

|-
| | 02:57
| '''Build Structure''' dialog boxல்;

|-
| | 03:00
| Elementஐ , '''carbon'''க்கும், '''bonds'''ஐ , 4க்கும், geometryஐ '''tetrahedral'''க்கும் மாற்றவும்.

|-
| | 03:08
| Valencyஐ சரிக்கட்ட, தேவையான hydrogenகள் இணைக்கப்படுகின்றன.

|-
| | 03:13
| முன்னிருப்பாக, சில parameterகள், ஏற்கனவே தேர்ந்தெடுக்கப்பட்டு இருக்கின்றன. அவற்றை அப்படியே விடவும்.

|-
| |03:20
| '''Apply''' பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 03:23
| Panelஐ கவனிக்கவும். '''Methane''' moleculeக்கு பதிலாக, இப்போது, '''Helium''' atom, வைக்கப்பட்டுள்ளது.

|-
| | 03:29
| '''Select''' menuஐ பயன்படுத்தி, தேர்ந்தெடுப்பைclear செய்யவும்.

|-
| | 03:33
| இந்த moleculeஐ , '''Methyl amine'''க்கு மேலும் மாற்ற, ஏதேனும் hydrogen atom ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.

|-
| | 03:39
| '''CTRL''' keyஐ அழுத்திக்கொண்டே, '''methane''' structureல் இருக்கும், ஏதேனும் hydrogen atom ஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 03:46
| '''Hydrogen''' atom, இப்போது தேர்ந்தெடுக்கப்பட்டுவிட்டது.

|-
| | 03:49
| '''Modify Structure''' dialog boxல்; Elementஐ , '''nitrogen'''க்கும், '''bonds'''ஐ , 3க்கும், geometryஐ '''trigonal'''க்கும் மாற்றவும்.

|-
| | 03:59
| '''Apply''' பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 04:02
| Panelஐ கவனிக்கவும். Amino group, இப்போது, '''methane''' moleculeக்கு சேர்க்கப்பட்டுவிட்டது.

|-
| | 04:07
| '''Select''' menuஐ பயன்படுத்தி, தேர்ந்தெடுப்பைclear செய்யவும்.

|-
| | 04:10
| Structureல் இருந்து, ஏதேனும்bond அல்லது atomஐ நீக்கவேண்டுமெனில்; bond அல்லது atomஐ , தேர்ந்தெடுக்கவும். '''Build Structure''' dialog boxல் இருக்கின்ற, '''delete''' பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| |04:22
| அசல் structureக்கு திரும்பிச் செல்ல, '''Tools''' menuஐ பயன்படுத்தி, hydrogenகளை சேர்க்கவும்.

|-
| | 04:28
| நடு mouse பட்டனை பயன்படுத்தி, இந்த modelஐ இழுத்து, panelன் மூலையில் வைக்கவும்.

|-
| | 04:35
| Build Structure dialog boxல்; drop-down menuஐ க்ளிக் செய்து, '''Start Structure option.'''ஐ , தேர்ந்தெடுக்கவும்.

|-
| | 04:43
| இப்போது, '''fragment '''radio''' '''button'''.'''ஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 04:47
| பல '''cyclic '''compoundகளின், ஒரு fragment library, இங்கு பட்டியலிடப்படுகிறது.

|-
| | 04:52
| 5-membered ringகளை க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 04:55
| பட்டியலில் இருந்து, fragmentஐ தேர்வு செய்யவும்.

|-
| | 04:58
| நான், '''imidazole'''ஐ தேர்வு செய்கிறேன்.

|-
| | 05:01
| '''Apply''' பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 05:04
| '''Imidazole''' molecule, திரையில் காட்டப்படுகிறது.

|-
| | 05:09
| ''' imidazole''' moleculeஐ , '''methyl amine''' modelக்கு அருகே நகர்த்தவும்.

|-
| | 05:13
| '''Active model''' status barல், '''model number zero'''க்கான, boxஐ uncheck செய்யவும்.

|-
| | 05:19
| இது, amine model ஐ , திரையில், inactiveஆக வைத்திருக்கும்.

|-
| | 05:23
| நடு mouse பட்டனை பயன்படுத்தி, '''imidazole'''ஐ , '''amine model'''க்கு அருகே நகர்த்தவும்.

|-
| |05:29
| Build structure dialog boxல் இருக்கின்ற, '''Join Models''' optionஐ பயன்படுத்தி, panelலில் இருக்கின்ற, இரண்டு modelகளை, நாம் இணைக்கலாம்.

|-
| | 05:37
| நீங்கள் ஒரு bondஐ உருவாக்க உத்தேசிக்கின்ற ஒவ்வொரு modelலில் இருந்தும், ஒரு '''hydrogen''' atomஐ , தேர்ந்தெடுக்கவும்.

|-
| |05:44
| ''' CTRL''' மற்றும்'''Shift''' keyகளை, ஒரே நேரத்தில் அழுத்திக்கொண்டே, hydrogenஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 05:52
| இப்போது, '''hydrogen'''கள், தேர்ந்தெடுக்கப்பட்டுவிட்டன.

|-
| | 05:55
| '''Other bond''' optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 05:58
| Bondகளுக்கு, தொடர்புடைய தகவல்கள், dialog boxல் காட்டப்படுகின்றன.

|-
| | 06:03
| '''Apply''' பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 06:05
| Panelஐ கவனிக்கவும். இரண்டு modelகளும் இணைக்கப்படுகின்றன.

|-
| |06:10
| ''' File '''menu'''.'''ஐ பயன்படுத்தி, '''session '''ஐ மூடவும்.

|-
| | 06:15
| '''graphics''' windowக்கு திரும்ப, windowவின் கீழ் இருக்கின்ற, '''lighting bolt icon'''ஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 06:22
| அடுத்து, ஒரு '''peptide''' chainஐ உருவாக்குவோம்.

|-
| | 06:25
| ''' Build Structure''' dialog boxல், '''Start Structure.'''ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.

|-
| | 06:30
| '''peptide '''radio button'''.'''ஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 06:33
| '''Peptide''' '''Sequence''' text boxல், amino acidகளுக்கான, ஒற்றை எழுத்து codeஐ டைப் செய்யவும்.

|-
| | 06:39
| ஏதேனும், random acid sequenceஐ , டைப் செய்வோம்.

|-
| | 06:43
| டைப் செய்க: '''ACDEFGH'''. Residueக்கள், Nல் இருந்து, C terminusக்கு சேர்க்கப்படுகின்றன.

|-
| | 06:52
| Sessionன் பெயரை, '''Sample2.''' என டைப் செய்யவும்.

|-
| | 06:56
| '''Apply''' பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 06:59
| '''Add Peptide Sequence '''dialog-box''' ''' திறக்கிறது.

|-
| | 07:03
| இந்த dialog box, '''phi ''' மற்றும் '''psi''' angleகளை குறிப்படுவதற்காகும்.

|-
| | 07:08
| முன்னிருப்பாக, -57 மற்றும் -47னின், '''phi''' மற்றும் '''psi''' angleகள், காட்டப்படுகின்றன.

|-
| | 07:15
| இந்த மதிப்புகள், ஒரு '''alpha-helix '''structure''' '''for the peptide fragment'''.'''க்கு தொடர்புடையதாகும்.

|-
| | 07:21
| நீங்கள் மதிப்புகளை set செய்யவேண்டுமெனில், அதை manual ஆக செய்யலாம்.

|-
| | 07:29
| இப்போதைக்கு, phi\psi மதிப்புகளை, மாற்றாமல் விடுவோம்.

|-
| | 07:30
| OK பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 07:33
| Panelஐ கவனிக்கவும். ஒரு '''peptide''' chain, '''helix'''ஆக காட்டப்படுகிறது.

|-
| |07:39
| Structureன் energyஐ குறைக்க, '''command text box'''ல், டைப் செய்க: '''minimize'''.

|-
| | 07:48
| Modelன் பெயருடன், ஒரு '''Dock Prep''' dialog box தோன்றுகிறது.

|-
| | 07:53
| முன்னிருப்பாக, சில parameterகள் தேர்ந்தெடுக்கப்படுகின்றன.

|-
| | 07:57
| இப்போதைக்கு, நாம் எந்த மாற்றமும் செய்யப்போவதில்லை. '''OK''' பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 08:02
| Structureக்கு, hydrogenகளை சேர்க்க, இது மற்றொரு dialog boxஐ திறக்கிறது.

|-
| | 08:07
| சில parameterகள், ஏற்கனவே தேர்ந்தெடுக்கப்பட்டுவிட்டன. '''OK''' பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 08:13
| Panelஐ கவனிக்கவும். Hydrogenகள், structureக்கு சேர்க்கப்படுகின்றன.

|-
| | 08:18
| மற்றொரு dialog boxஐ திறக்கிறது. Force field packageஐ தேர்வு செய்யவும்.

|-
| | 08:24
| முன்னிருப்பாக, standard residueகளுக்கு, '''AMBER ff14SB''' தேர்ந்தெடுக்கப்படுகிறது.

|-
| | 08:31
| '''OK''' பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 08:34
| Structureஐ சிறிதாக்க, அது, சில நொடிகள் எடுத்துக்கொள்ளும்.

|-
| | 08:38
| இப்போது, panelலில், மிகவும் விருப்பமான இணக்கத்துடன் கூடிய ஒரு structureஐ நாம் கொண்டுள்ளோம்.

|-
| | 08:45
| '''File '''menuஐ பயன்படுத்தி, sessionஐ மூடவும். '''Graphics''' windowஐ திறக்கவும்.

|-
| | 08:51
| '''Build stucture''' toolஐ பயன்படுத்தி, ஒரு double helical DNA/RNA ஐ நாம் உருவாக்கலாம்.

|-
| | 08:57
| '''helical DNA/RNA.''' radio பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| |09:01
| '''Sequence''' text boxல், ஒற்றை எழுத்து '''nucleotide code for a DNA fragment.''' ஐ டைப் செய்யவும்.

|-
| | 09:08
| விளக்கத்திற்கு, நான், '''ATGCATGC''' என டைப் செய்கிறேன்.

|-
| | 09:16
| ''' DNA'''ஐ க்ளிக் செய்யவும். '''B-form'''ஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 09:22
| பெயரை, '''Sample3''' என மாற்றவும்.

|-
| | 09:25
| '''Apply''' பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 09:28
| '''double helix'''ஆக, '''DNA'''ன் ஒரு model, panelலில் காட்டப்படுகிறது.

|-
| | 09:34
| Presets menuஐ பயன்படுத்தி, atoms displayக்கு மாற்றவும்.

|-
| | 09:39
| சுருங்கச் சொல்ல, இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது, சிறிய moleculeகளின் structureகளை உருவாக்குவது, '''peptide'''கள் <br/> மற்றும்'''DNA''' fragmentகள்.

|-
| | 09:49
| Structureஐ மாற்றுவது.

|-
| | 09:51
| Energyஐ குறைப்பது, மற்றும், modelகளை சேர்ப்பது.

|-
| | 09:55
| பயிற்சியாக, ஒரு '''biphenyl molecule'''ஐ உருவாக்க, இரண்டு '''benzene''' moleculeகளை சேர்க்கவும்.

|-
| | 10:02
| உங்களுக்கு விருப்பமான, ஒரு '''amino acid''' sequenceஐ வைத்து, ஒரு '''peptide''' fragmentஐ உருவாக்கவும்.

|-
| | 10:08
| ஒரு random '''nucleotide''' sequenceஐ வைத்து, ஒரு '''RNA''' fragmentஐ உருவாக்கவும்.

|-
| | 10:13
| இந்த வீடியோ, ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது. அதை தரவிறக்கிக் காணவும்.

|-
| | 10:21
| நாங்கள், ஸ்போகன் டுடோரியல்களை பயன்படுத்தி, செய்முறை வகுப்புகள் நடத்தி, சான்றிதழ்கள் தருகிறோம். எங்களுக்கு மின்னஞ்சல் செய்யவும்.

|-
| |10:28
| ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்திற்கு ஆதரவு, இந்திய அரசாங்கத்தின், '''NMEICT, MHRD''' மூலம் கிடைக்கிறது.

|-
| | 10:35
| இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ.
|-
|}

@@ Line 325: / Line 325: @@
 |-
 | | 07:15
-| இந்த மதிப்புகள், '''peptide fragment'''க்கான, ஒரு '''alpha-helix '''structure'''க்கு தொடர்புடையதாகும்.
+| இந்த மதிப்புகள், '''peptide fragment'''க்கான, ஒரு '''alpha-helix '''structure'''க்கு  தொடர்புடையதாகும்.
 |-

@@ Line 9: / Line 9: @@
 |-
 | |00:05
-| இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்கப்போவது: சிறிய moleculeகளின் structureகளை உருவாக்குவது, '''peptide'''கள் <br/> மற்றும்'''DNA''' fragmentகள்.
+| இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்கப்போவது: சிறிய moleculeகளின் structureகள்,  '''peptide'''கள் , மற்றும்'''DNA''' fragmentகளை, உருவாக்குவது.
 |-
@@ Line 325: / Line 325: @@
 |-
 | | 07:15
-| இந்த மதிப்புகள், ஒரு '''alpha-helix '''structure''' '''for the peptide fragment'''.'''க்கு தொடர்புடையதாகும்.
+| இந்த மதிப்புகள், '''peptide fragment'''க்கான, ஒரு '''alpha-helix '''structure'''க்கு தொடர்புடையதாகும்.
 |-

@@ Line 469: / Line 469: @@
 |-
 | | 10:35
-| இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ.
+| இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ.குரல்கொடுத்தது IIT Bombayஇல் இருந்து சண்முகப் பிரியா , நன்றி .
 |-
 |}

UCSF-Chimera/C3/Build-Structures/Tamil - Revision history

Jayashree at 04:14, 15 January 2018

Jayashree at 04:13, 15 January 2018

Venuspriya at 06:35, 9 January 2018

Jayashree: Created page with "{| border=1 ! Time ! Narration |- | 00:01 | '''Structureகளை உருவாக்குவது''', குறித்த இந்..."