Shivanigada: Created page with "{| border=1 ! Time ! Narration |- | | 00:01 | | કાઇમેરાનાં આ '''Build Structures''' પરના ટ્યુટોર..."

2018-01-04T12:37:59Z

Created page with "{| border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- | | 00:01 | | કાઇમેરાનાં આ '''Build Structures''' પરના ટ્યુટોર..."

New page

{| border=1
! <center>Time</center>
! <center>Narration</center>

|-
| | 00:01
| | કાઇમેરાનાં આ '''Build Structures''' પરના ટ્યુટોરીઅલમાં તમારું સ્વાગત છે.

|-
| | 00:05
| | આ ટ્યુટોરીઅલમાં આપણે શીખીશું : નાના મોલેક્યુલ્સના સ્ટ્રક્ચર્સ બનાવવાનું ,'''peptides'''અને '''DNA''' ફ્રેગમેન્ટ્સ વિષે જોઈશું.

|-
| | 00:13
| | સ્ટ્રકચરમાં સુધારા કરવાનું, ઊર્જાને મિનિમાઈઝ કરવી અને મોડેલ્સને જોડવાનું.

|-
| | 00:19
| | આ ટ્યુટોરીઅલને અનુસરવા તમે '''Chimera Interface''' ના જાણકાર હોવા જરૂરી છો, જો ન હોવ તો અમારા વેબસાઈટની મુલાકાત લો.

|-
| | 00:30
| | આ ટ્યુટોરીઅલને રેકોર્ડ કરવા હું '''Ubuntu''' OS version. 14.04 ,'''Chimera''' version 1.10.2 ,'''Mozilla firefox''' browser 42.0 . અને એક કાર્યરત '''Internet ''' કનેક્શનનો ઉપયોગ કરી રહી છું.

|-
| | 00:48
| | અહીં મેં એક '''Chimera graphics window''' ખોલી છે.

|-
| | 00:52
| | ચાલો હવે '''Build Structure''' નો ઉપયોગ કરી એક કેમિકલ સ્ટ્રકચરની રચના કરવાનું શરુ કરીએ.

|-
| | 00:58
| | '''Tools''' મેનુ ઉપર ક્લિક કરો , '''Structure editing''' વિકલ્પ સુધી સ્ક્રોલ કરો.

|-
| | 01:04
| | સબ-મેનુમાંથી, '''Build Structure''' ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| | 01:08
| | સ્ક્રીન ઉપર એક '''Build Structure''' ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.

|-
| | 01:12
| | ડાયલોગ બોક્સમાં ટોચ ઉપર આવેલ '''Start Structure''' બટન ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| | 01:18
| | અહીં આપણી પાસે એકદમ શરૂઆતથી સ્ટ્રક્ચર બનાવવાના વિકલ્પો રહેલ છે.

|-
| | 01:23
| | આપણે અગાઉથી ઉપલબ્ધ રહેલ સ્ટ્રકચરમાં ફેરફારો પણ કરી શકીએ, ટોર્શન્સ(મૃદુતા) એડજસ્ટ કરી શકીએ, મોડેલ્સ જોઈન કરી શકીએ વગેરે..

|-
| | 01:33
| | ચાલો તો '''Start Structure''' વિકલ્પને પસંદ કરીએ.

|-
| | 01:37
| | અહીં, સ્ટ્રકચરને શરુ કરવાના ઘણા વિકલ્પો રહેલ છે.

|-
| | 01:41
| | આપણે '''atom''', '''fragment'''ને ઉમેરી શકીએ, '''Pubchem''' ડેટાબેઝમાંથી સ્ટ્રક્ચરને મેળવી શકીએ.

|-
| | 01:48
| | '''peptide''', '''DNA''', '''RNA''' વગેરેને બનાવો.

|-
| | 01:53
| | નાના મોલેક્યુલ્સને બનાવવા, '''atom ''' રેડિયો બટનને ક્લિક કરો. '''Atom parameters''' વિભાગ ખુલે છે.

|-
| | 02:01
| | મૂળભૂત રીતે સ્ટ્રક્ચર '''helium''' એટમ તરીકે શરુ થાય છે.

|-
| | 02:05
| | '''helium''' એટમને પેનલના કેન્દ્રમાં રાખવા માટે, '''Center of the view''' રેડિયો બટન ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| | 02:12
| | આપણી પાસે '''X , Y ''' અને ''' Z''' કોઓર્ડિનેટસને ઇનપુટ કરવાના પણ વિકલ્પો રહેલ છે.

|-
| | 02:17
| | '''Select placed atom''' ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| | 02:21
| | '''named''' ટેક્સ્ટ બોક્સમાં સેશનનું નામ '''Sample1''' ટાઈપ કરો.

|-
| | 02:26
| | '''Color new atoms by element''' ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| | 02:30
| | '''Apply''' બટન ઉપર ક્લિક કરો .

|-
| | 02:33
| | પેનલ ઉપર એક માત્ર '''Helium''' એટમ દૃશ્યમાન થશે.

|-
| | 02:37
| | હવે આપણે આ એટમને બીજા અન્ય મોલેક્યુલમાં '''Modify Structure''' વિકલ્પનો ઉપયોગ કરી ફેરવી શકીએ.

|-
| | 02:44
| | મૈન ડ્રોપ-ડાઉન મેનુમાંથી '''Modify Structure''' વિકલ્પને સિલેક્ટ કરો.

|-
| | 02:49
| | ચાલો હવે '''helium'''ને '''methane''' મોલેક્યુલમાં ફેરવવાનો પ્રયત્ન કરીએ.

|-
| | 02:53
| | ચાલો હવે '''selection''' માં helium એટમને રાખીએ.

|-
| | 02:57
| | '''Build Structure''' ડાયલોગ બોક્સમાં;

|-
| | 03:00
| | એલિમેન્ટને '''carbon'''માં બદલો , '''bonds''' ને 4 અને જીઓમેટ્રીને '''tetrahedral'''માં બદલો.

|-
| | 03:08
| | સંતુલન(valency) જાળવવા હાઇડ્રોજન્સને જરૂરત મુજબ જોડવામાં આવે છે.

|-
| | 03:13
| | મૂળભૂત રીતે પેરામિટર્સમાંના કેટલાક પહેલેથી જ સિલેક્ટ કરેલા હોય છે, તેને તેમજ જ છોડી દો.

|-
| | 03:20
| | '''Apply button''' ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| | 03:23
| | પેનલને ધ્યાનથી જુઓ. '''Helium''' એટમ બદલાયને હવે '''Methane''' મોલેક્યુલ થઇ ગયું છે.

|-
| | 03:29
| | '''Select''' મેનુનો ઉપયોગ કરી પસંદગીને નાબૂદ કરો.

|-
| | 03:33
| | આ મોલેક્યુલને હજી આગળ '''Methyl amine'''માં બદલવા , કોઈ પણ હાઇડ્રોજન એટમને સિલેક્ટ કરો.

|-
| | 03:39
| | '''CTRL''' કીને પકડી રાખો અને '''methane''' સ્ટ્રક્ચર પરના કોઈ એક હાઇડ્રોજન ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| | 03:46
| | '''Hydrogen''' એટમ હવે સિલેક્ટ થયું છે.

|-
| | 03:49
| | '''Modify Structure''' ડાયલોગ બોક્સમાં ; એલિમેન્ટને બદલી '''nitrogen''', '''bonds''' ને 3 , જીઓમેટ્રીને '''trigonal''' કરો.

|-
| | 03:59
| | '''Apply button''' બટન ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| | 04:02
| | પેનલને ધ્યાનથી જુઓ. અમીનો એસિડ હવે '''methane''' મોલેક્યુલમાં ઉમેરાયું છે.

|-
| | 04:07
| | '''Select''' મેનુ દ્વારા આ પસંદગીને નાબૂદ કરો.

|-
| | 04:10
| | જો તમે સ્ટ્રક્ચરમાંથી કોઈ પણ એટમ અથવા બોન્ડને ડીલીટ કરવા ઇચ્છતા હોવ તો ; તે એટમ અથવા બોન્ડને સિલેક્ટ કરો , '''Build Structure''' ડાયલોગ બોક્સમાંના '''delete''' બટન ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| | 04:22
| | સ્ટ્રકચરને મૂળ સ્વરૂપમાં પાછું ફેરવવા , '''Tools''' મેનુ દ્વારા હાઇડ્રોજન્સને ઉમેરો.

|-
| | 04:28
| | માઉસના વચ્ચેના બટન દ્વારા આ મોડેલને ડ્રેગ કરી તેને પેનલના ખૂણે રાખો.

|-
| | 04:35
| | '''Build Structure''' ડાયલોગ બોક્સમાં; ડ્રોપ-ડાઉન મેનુ ઉપર ક્લિક કરો અને '''Start Structure option'''ને સિલેક્ટ કરો.

|-
| | 04:43
| | હવે '''fragment radio button''' ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| | 04:47
| | વિવિધ '''cyclic ''' કમ્પાઉન્ડ્સ(સંયોજનો)ની એક ફ્રેગમેન્ટ લાઈબ્રેરી અહીં સૂચિત થાય છે.

|-
| | 04:52
| | '''5-membered rings''' ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| | 04:55
| | સુચીમાંથી ફ્રેગમેન્ટને પસંદ કરો.

|-
| | 04:58
| | હું '''imidazole'''ને પસંદ કરીશ .

|-
| | 05:01
| | '''Apply button''' ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| | 05:04
| | સ્ક્રીન ઉપર '''Imidazole''' મોલેક્યુલ દૃશ્યમાન થાય છે.

|-
| | 05:09
| | ''' imidazole''' મોલેક્યુલને '''methyl amine''' મોડેલની નજીક ખસેડો.

|-
| | 05:13
| | '''Active model''' સ્ટેટસ બાર ઉપરના '''model number zero''' માટેના બોક્સને અનચેક કરો.

|-
| | 05:19
| | આ '''amine model'''ને સ્ક્રીન ઉપર ઇનએક્ટિવ કરી દેશે.

|-
| | 05:23
| | માઉસના વચ્ચેના બટન દ્વારા '''imidazole'''ને '''amine model'''ના નજીક ખસેડો.

|-
| | 05:29
| | '''Build structure''' ડાયલોગ બોક્સમાંના '''Join Models''' વિકલ્પના ઉપયોગથી આપણે બે મોડેલ્સને પેનલ ઉપર જોડી પણ શકીએ.

|-
| | 05:37
| | જ્યાં તમે બોન્ડને ઘાટ આપવા માંગતા હોવ તે પ્રત્યેક મોડેલમાંથી એક '''hydrogen''' એટમને સિલેક્ટ કરો.

|-
| |05:44
| | Hold''' CTRL''' અને '''Shift''' કીને પકડી રાખો અને તે જ સમયે હાઇડ્રોજન ઉપર કોઈક કરો.

|-
| | 05:52
| | હવે '''hydrogens''' સિલેક્ટ થયા છે.

|-
| | 05:55
| | '''other bond''' વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| | 05:58
| | બોન્ડ્સને સંબંધિત માહિતી આ ડાયલોગ બોક્સ ઉપર દૃશ્યમાન થાય છે.

|-
| | 06:03
| | '''Apply button''' ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| | 06:05
| | પેનલને ધ્યાનથી જુઓ , બંને મોડલ્સ જોડાઈ ગયા છે.

|-
| | 06:10
| | આ '''session '''ને ''' File menu''' દ્વારા બંધ કરો.

|-
| | 06:15
| | '''graphics''' વિન્ડોને પાછું મેળવવા માટે વિન્ડોમાં નીચે આવેલ '''lighting bolt icon''' ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| | 06:22
| | ત્યારબાદ ચાલો હવે '''peptide''' ચૈન બનાવીએ.

|-
| | 06:25
| | '''Build Structure''' ડાયલોગ બોક્સમાં , '''Start Structure.'''ને સિલેક્ટ કરો.

|-
| | 06:30
| | '''peptide ''' રેડિયો બટનને ક્લિક કરો.

|-
| | 06:33
| | '''Peptide''' '''Sequence''' ટેક્સ્ટ બોક્સમાં , અમીનો એસિડ્સ માટેનો એક અક્ષરનો કોડ ટાઈપ કરો.

|-
| | 06:39
| | ચાલો કોઈ પણ એક અમીનો એસિડ સિક્વન્સને ટાઈપ કરીએ.

|-
| | 06:43
| | ટાઈપ કરો '''ACDEFGH''' .N થી C ટર્મિનસ સુધી રેસિડ્યુઝ ઉમેરાઈ ગયા છે.

|-
| | 06:52
| | સેશન નેમ તરીકે '''Sample2.''' ટાઈપ કરો.

|-
| | 06:56
| | '''Apply''' બટન ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| | 06:59
| | '''Add Peptide Sequence ''' ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.

|-
| | 07:03
| | આ ડાયલોગ બોક્સ '''phi ''' અને '''psi''' ખૂણાઓને સ્પષ્ટ કરવા માટે છે.

|-
| | 07:08
| | મૂળભૂત રીતે '''phi''' અને '''psi''' ખૂણાઓ -57 અને -47 દૃશ્યમાન થયેલ હોય છે.

|-
| | 07:15
| | આ મૂલ્યો '''peptide fragment''' માટે '''alpha-helix structure'''ને સુસંગત રહેલ છે.

|-
| | 07:21
| | જો તમે આ મૂલ્યો સેટ કરવા માંગતા હોવ તો તમે તે જાતે કરી શકો છો.

|-
| | 07:29
| | હાલ પૂરતું આપણે phi\psi મૂલ્યોને બદલ્યા વગર જ છોડી દઈશું.

|-
| | 07:30
| | OK બટન ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| | 07:33
| | પેનલને ધ્યાનથી જુઓ. તો હવે આપણી પાસે '''helix''' તરીકે દૃશ્યમાન થતી '''peptide''' ચૈન છે.

|-
| |07:39
| | સ્ટ્રકચરની એનર્જી ન્યુનત્તમ કરવા , '''command text box''' ઉપર ટાઈપ કરો '''minimize'''.એન્ટર દબાવો.

|-
| | 07:48
| | મોડલના નામ સાથેનો એક '''Dock Prep''' ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.

|-
| | 07:53
| | મૂળભૂત રીતે કેટલાક પેરામીટર્સ પહેલેથી જ સિલેક્ટ થયેલા હોય છે.

|-
| | 07:57
| | હાલ પૂરતું આપણે કશું પણ બદલીશું નહીં. '''OK''' બટન ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| | 08:02
| | આ સ્ટ્રક્ચરમાં હાઇડ્રોજન્સ ઉમેરવા માટે બીજું અન્ય ડાયલોગ બોક્સ ખોલે છે.

|-
| | 08:07
| | કેટલાક પેરામીટર્સ પગાઉથી સિલેક્ટ થયેલ છે. '''OK''' બટન ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| | 08:13
| | પેનલને ધ્યાનથી જુઓ , સ્ટ્રક્ચરમાં હાઇડ્રોજન્સ ઉમેરાઈ ગયા છે.

|-
| | 08:18
| | અન્ય ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે, '''force field package'''ને પસંદ કરો.

|-
| | 08:24
| | મૂળભૂત રીતે સ્ટાન્ડર્ડ રેસિડ્યુઝ માટે '''AMBER ff14SB''' સિલેક્ટ થયેલું હોય છે.

|-
| | 08:31
| | '''OK ''' બટન ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| | 08:34
| | તે સ્ટ્રકચરને ન્યુનત્તમ કરવા થોડીક જ મિનિટો લેશે.

|-
| | 08:38
| | હવે આપણી પાસે સ્ક્રીન ઉપર સૌથી વધારેલ પસંદ થયેલ બનાવટ સાથેનું સ્ટ્રક્ચર રહેલ છે.

|-
| | 08:45
| | '''File '''મેનુ દ્વારા આ સેશનને બંધ કરો અને '''Graphics''' વિન્ડોને ખોલો.

|-
| | 08:51
| | '''Build stucture''' ટૂલ દ્વારા, આપણે બે પેચવાળું (double helical) DNA/RNA બનાવી શકીએ.

|-
| | 08:57
| | '''helical DNA/RNA''' રેડિયો બટન ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| |09:01
| | '''Sequence''' ટેક્સ્ટ બોક્સમાં , '''DNA fragment''' માટેનો એક અક્ષરનો '''nucleotide code''' ટાઈપ કરો.

|-
| | 09:08
| | તેને પ્રદર્શિત કરવા હું ટાઈપ કરીશ : '''ATGCATGC'''.

|-
| | 09:16
| | ''' DNA''' ઉપર ક્લિક કરો , '''B-form''' ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| | 09:22
| | '''Sample3''' તરીકે નામને એડિટ કરો.

|-
| | 09:25
| | '''Apply''' બટન ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| | 09:28
| | '''double helix''' તરીકે પ્રદર્શિત થતું '''DNA'''નું મોડલ પેનલ ઉપર દેખાય છે.

|-
| | 09:34
| | તેને '''presets''' મેનુ દ્વારા એટમ્સ ડિસ્પ્લેમાં બદલો.

|-
| | 09:39
| | સારાંશ જોઈએ , આ ટ્યૂટોરિઅલમાં આપણે શીખ્યા નાના મોલેક્યુલ્સના સ્ટ્રક્ચર્સ કેવી રીતે બનાવવા ,'''peptides'''અને '''DNA''' ફ્રેગમેન્ટ્સ વિષે જોયું.

|-
| | 09:49
| | સ્ટ્રકચરને બદલ્યું.

|-
| | 09:51
| | એનર્જી ને ન્યુનત્તમ કર્યું અને મોડલ્સને જોડ્યા.
|-
| | 09:55
| | અભ્યાસ માટે , '''biphenyl molecule'''ને રચવા બે '''benzene''' મોલેક્યુલ્સને જોડો.

|-
| | 10:02
| | તમારી પોતાની પસંદગી પ્રમાણેના '''amino acid sequence'''સાથેના '''peptide''' ફ્રેગમેન્ટની રચના કરો .

|-
| | 10:08
| | કોઈ પણ '''nucleotide sequence''' ધરાવતા '''RNA fragment'''ની રચના કરો.

|-
| | 10:13
| | આ નીચેની લિંક ઉપરનો વિડીયો સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે. તેને ડાઉલોડ કરો અને નિહાળો.

|-
| | 10:21
| | અમે સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ્સ દ્વારા વર્કશોપ્સનું સંચાલન કરીએ છીએ અને સર્ટિફિકેટ્સ પણ આપીએ છીએ. અમને સંપર્ક કરો.

|-
| | 10:28
| | સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટને NMEICT, MHRD, ભારત સરકાર તરફથી ભંડોળ પૂરું પાડવામાં આવે છે.

|-
| | 10:35
| | ભાષાંતર કરનાર હું શિવાની ગડા વિદાય લઉં છું. અમારી સાથે જોડાવા આભાર.

|}

UCSF-Chimera/C3/Build-Structures/Gujarati - Revision history

Shivanigada: Created page with "{| border=1 ! Time ! Narration |- | | 00:01 | | કાઇમેરાનાં આ '''Build Structures''' પરના ટ્યુટોર..."