Priyacst at 10:59, 15 January 2018

2018-01-15T10:59:47Z

Venuspriya at 12:14, 12 January 2018

2018-01-12T12:14:44Z

Jayashree: Created page with "{| border=1 ! Time ! Narration |- | 00:01 | '''Chimera'''வில், '''Surface Property'''கள், குறித்த இந்த..."

2017-12-07T04:16:08Z

Created page with "{| border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- | 00:01 | '''Chimera'''வில், '''Surface Property'''கள், குறித்த இந்த..."

New page

{| border=1
! <center>Time</center>
! <center>Narration</center>

|-
| 00:01
| '''Chimera'''வில், '''Surface Property'''கள், குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு.

|-
| 00:06
| இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்கப்போவது, protein மற்றும் '''DNA''' structureகளுக்கு, surfaceகளை காட்டுவது.

|-
|00:12
| '''Amino acid hydrophobicity''' மற்றும்'''Electrostatic Potential'''ஆல், வண்ணம் பூசப்பட்ட, protein surface ன் imageகளை உருவாக்குவது.

|-
|00:22
| இந்த டுடோரியலை பின்பற்ற, உங்களுக்கு, '''Chimera interface''' பரீட்சயமாக இருக்க வேண்டும். இல்லையெனில், அதற்கான டுடோரியல்களுக்கு, எங்கள் வலைத்தளத்தை பார்க்கவும்.

|-
| 00:33
| இங்கு, நான், '''Ubuntu OS பதிப்பு''' 14.04, '''Chimera பதிப்பு''' 1.10.2,

|-
|00:42
| '''Mozilla firefox browser''' 42.0, மற்றும், ஒரு இணைய இணைப்பை பயன்படுத்துகிறேன்.

|-
| 00:49
| இங்கு, ஒரு '''Chimera''' windowஐ நான் திறந்துள்ளேன்.

|-
| 00:52
| Command lineஐ பயன்படுத்தி, '''RTX CPD''' toxinன் ஒரு structureஐ திறக்கவும்.

|-
|00:58
| '''Favorites''' menuஐ பயன்படுத்தி, '''Command Line'''ஐ திறக்கவும்.

|-
|01:02
| '''Command line''' text boxல், டைப் செய்க: '''Open space 3eeb'''.

|-
|01:10
| '''3eeb ''', ''' RTX CPD toxin.'''க்கான, ''' pdb code ''' ஆகும். Enterஐ அழுத்தவும்.

|-
| 01:18
| Protein structure, panelலில் காட்டப்படுகிறது. அது, proteinனின் இரண்டு பிரதிகளைக் கொண்டிருக்கிறது.

|-
| 01:26
| பிரதிகளின் ஒன்றான, அதாவது, chain A ஐ நீக்க, '''command line'''ல், '''command'''களை டைப் செய்யவும்.

|-
| 01:33
| Command line text boxல், டைப் செய்க: '''delete colon dot a.'''. Enterஐ அழுத்தவும்.

|-
| 01:43
| Panelஐ கவனிக்கவும். '''Enzyme'''ன் பிரதிகளில் ஒன்று, நீக்கப்பட்டுவிட்டது.

|-
| 01:48
| Protease domain , ligand '''inositol hexakisphosphate. '''உடன் பிணைக்கப்படுகிறது. சுருக்கமாக,''' IHP ''' மற்றும்'''Sodium ion.'''

|-
| 01:58
| அடுத்து, ligandக்கு அருகே, சிவப்பு புள்ளிகளாக இருக்கின்ற, solvent moleculeகளை நீக்கவும். டைப் செய்க: '''delete space solvent'''. Enterஐ அழுத்தவும்.

|-
| 02:09
| Ligandஉடன் இருக்கின்ற, sodium ionஐ நீக்க, டைப் செய்க: '''delete ions'''. Enterஐ அழுத்தவும்.

|-
| 02:19
| இப்போது, '''Presets '''optionஐ பயன்படுத்தி, proteinனின் structureஐ நாம் காட்டலாம்.

|-
| 02:25
| Menu barல் இருக்கின்ற, ''' Presets''' optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
|02:29
| '''Interactive 3''', hydrophobicity surfaceஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.

|-
| 02:34
| இது, '''amino acid hydrophobicity. '''ஆல், color-code செய்யப்பட்ட, ஒரு molecular surfaceஐ காட்டும்.

|-
|02:41
| பெரும்பாலான '''polar residue'''களுக்கு, நீல நிறம்.

|-
|02:45
| பெரும்பாலான'''hydrophobic.'''க்கு, செம்மஞ்சள் சிவப்பு. '''Neutral residue'''களுக்கு, வெள்ளை.

|-
|02:52
| வழக்கமாக, தங்கள் surface பகுதிகள் மூலம், proteinகள், மற்ற proteinகள் மற்றும் moleculeகளுடன் தொடர்பு கொள்கின்றன.

|-
|02:59
| ஒரு proteinஐ , அதன் molecular surfaceன் மூலம் வர்ணிப்பது, பின்வருவனவற்றிற்கு உதவுகிறது: Protein folding பற்றிய ஆய்வு.

|-
| 03:06
| ''' Biomolecular recognition'''ன் கணிப்பு.

|-
|03:09
| '''drug binding cavity'''களை துப்பறிதல், மற்றும், '''Molecular Graphics'''.

|-
| 03:15
| '''Chimera '''windowக்கு திரும்பவும்.

|-
|03:18
| அடுத்து, proteinக்கான, '''electrostatic potential surface'''ஐ காட்ட:

|-
| 03:24
| Tools menuஐ க்ளிக் செய்யவும். '''Surface\Binding Analysis. '''க்கு scroll செய்யவும்.

|-
| 03:30
| Sub-menuவில் இருந்து, '''coulombic surface coloring'''ஐ தேர்வு செய்யவும்.

|-
| 03:36
| ஒரு '''Coulombic Surface''' ''''Coloring''' dialog box திறக்கிறது.

|-
| 03:41
| நிறங்கள், மற்றும், அதற்கு தொடர்புடைய மதிப்புகளை மாற்றலாம்.

|-
| 03:45
| பெரும்பாலான சமயம், default settingகள், சிறப்பாக வேலை செய்கின்றன. '''OK''' பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| 03:51
| Panelலில், '''electrostatic potential surface.'''ஐ காட்டுகின்ற proteinஐ நாம் கொண்டிருக்கிறோம்.

|-
|03:57
| Negative '''potential'''க்கு, சிவப்பு நிறம். Positive '''potential'''க்கு, நீலம். Neutralக்கு, வெள்ளை.

|-
| 04:07
| இப்போது, வெளியீடு, விளக்கக்காட்சிகளுக்கு, உயர் தர imageகளை எப்படி உருவாக்குவதென காண்போம்:

|-
|04:14
| Command Set attributeஐ பயன்படுத்தி, '''inositol''' ligandன் stickகளை சிறிது தடிப்பாக்கவும்: '''setattr space m space stickScale 2'''. Enterஐ அழுத்தவும்.

|-
| 04:35
| நல்ல image settingகளுக்கு, publication presetஐ பயன்படுத்தவும்.

|-
|04:40
| மீண்டும், '''Presets''' menuவில் கீழே scroll செய்து, '''Publication 1'''ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.

|-
| 04:45
| வெள்ளை பின்னணி, கருப்பு outlineகள், அதிக மென்மையுடைய முனைகளைக் கொண்ட, ஒரு imageஐ இது உருவாக்கும்.

|-
| 04:54
| வரியின் தடிப்பு, lightning போன்ற மற்ற parameterகளை, இவ்விடத்தில் நாம் சரிசெய்யலாம்.

|-
| 05:02
| '''Tools menu'''ஐ க்ளிக் செய்யவும். கீழே scroll செய்து, '''Viewing Controls.'''ஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| 05:08
| '''Sub-menu'''வில் இருந்து, '''lighting'''ஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| 05:11
| வெவ்வேறு viewing settingகளை மாற்ற, tabகளுடன் கூடிய ஒரு '''Viewing''' window, திறக்கிறது:

|-
| 05:16
| '''Camera, Sideview, Rotation, Effects, Lighting''', போன்றவை.

|-
| 05:23
| '''Lightings''' optionனின் கீழ்: ஒரு எளிய '''line drawing ''' தோற்றத்தை காண, '''mode''' பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். பட்டியலில் இருந்து, '''ambient'''ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.

|-
| 05:34
| Panelஐ கவனிக்கவும்.

|-
| 05:36
| முன்னிருப்பான lighting mode ஐ திருப்பிக்கொடுக்க: '''Two-point '''optionஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.

|-
| 05:42
| Windowஐ மூட, ''' close ''' பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| 05:46
| '''File '''menuவில் இருக்கின்ற, '''Save image''' optionஐ பயன்படுத்தி, imageஐ சேமிக்கவும்.

|-
| 05:51
| இப்போது, ஒரு DNA structure க்கான, surface representationஐ காண்போம்.

|-
| 05:56
| தற்போதைய அமர்வை மூடவும். '''File '''menuஐ க்ளிக் செய்யவும். கீழே scroll செய்து, '''Close Session '''optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| 06:04
| Graphics windowஐ திறக்கவும். '''Command line'''ஐ பயன்படுத்தி, '''DNA'''ன் structureஐ பெறவும்.

|-
| 06:11
| Command line text boxல், டைப் செய்க: '''open 1d86 '''. Enterஐ அழுத்தவும்.

|-
| 06:20
| ஒரு molecule, '''netropsin '''உடன் பிணைக்கப்பட்ட, ஒரு '''double helical DNA '''னின் structure தெரிகிறது.

|-
| 06:27
| '''Netropsin''', '''antibiotic''' மற்றும்'''antiviral''' propertyகளை கொண்ட, ஒரு '''polyamide''' ஆகும்.

|-
| 06:34
| தொடக்கத்தில், இந்த structure, '''ribbon'''களாக காட்டப்படுகிறது.

|-
| 06:39
| '''Nucleic acid sugar'''கள் மற்றும்'''base'''கள், '''tube and slab representation'''களாக காட்டப்படுகின்றன.

|-
| 06:46
| '''Presets menu '''வில், கீழே scroll செய்து, '''interactive 2''' optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| 06:53
| இது, '''DNA'''ஐ wireஆகவும், '''netropsin'''ஐ '''sphere'''களாகவும் காட்டுகிறது.

|-
| 06:59
| Solventஐ நீக்க, commandஐ டைப் செய்யவும். '''delete space solvent''' . Enterஐ அழுத்தவும்.

|-
| 07:09
| இந்த structureக்கான, surfaceஐ காட்ட, '''Actions menu'''வில், கீழே scroll செய்து, '''surface'''ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். Sub-menuவில் இருந்து, '''show'''ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.

|-
| 07:20
| Panelஐ கவனிக்கவும். '''DNA''' structure, இப்போது, '''surface.'''உடன் காட்டப்படுகிறது.

|-
| 07:27
| இப்படத்தில், '''Major groove''' மற்றும் '''minor groove''', தெளிவாகத் தெரிகிறது.

|-
| 07:33
| '''ligand, netropsin''', '''minor groove'''உடன் பிணைக்கப்பட்டிருப்பது தெரிகிறது.

|-
|07:38
| Surfaceகளைக் காட்ட, 3 வெவ்வேறு வழிகள் இருக்கின்றன.

|-
| 07:41
| '''Actions menu'''வில், கீழே scroll செய்து, '''surface'''ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.Sub-menu, 3 optionகளைக் கொண்டிருக்கிறது: '''Solid, mesh மற்றும்dot.'''

|-
| 07:52
| முன்னிருப்பாக, surface, solidஆக காட்டப்படுகிறது.

|-
| 07:57
| Mesh surfaceஐ காட்ட, '''mesh'''ஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| 08:02
| Dot surfaceஐ காட்ட, '''dot'''ஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| 08:07
| Solid surfaceக்கு திரும்பி வர, '''solid'''ஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| 08:11
| Solid surfaceக்கான, transparencyன் degreeஐ நாம் சரிசெய்யலாம்.

|-
| 08:16
| மீண்டும், '''Actions''' menuக்கு சென்று, '''Surface'''ஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| 08:20
| '''Transparency''' optionஐ தேர்ந்தெடுத்து, percentage option ஐ தேர்வு செய்யவும்.

|-
| 08:25
| விளக்கத்திற்கு, நான் 50%ஐ தேர்வு செய்கிறேன்.

|-
| 08:29
| Panelஐ கவனிக்கவும்.

|-
| 08:31
| Surfaceக்கு, ஒரு வேறுபட்ட நிறத்தை கொடுக்க: '''Actions''' menuவில் இருக்கின்ற, ''' Color '''optionஐ க்ளிக் செய்யவும். கீழே scroll செய்து, '''all options'''ஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| 08:41
| ஒரு '''color Actions''' dialog box திறக்கிறது.

|-
| 08:45
| “'''coloring applies to'''” settingஐ , '''surfaces.'''க்கு மாற்றவும்.

|-
| 08:51
| ''surfaces'''க்கு அடுத்து இருக்கின்ற, radio பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| 08:55
| Color panelல் இருந்து, உங்களுக்கு விருப்பமான நிறத்தை க்ளிக் செய்யவும். நான் '''dim gray'''ஐ தேர்வு செய்கிறேன்.

|-
| 09:02
| Panelஐ கவனிக்கவும். Surfaceன் நிறம், இப்போது, '''dim gray.'''க்கு மாறியிருப்பதை கவனிக்கவும். Dialog boxஐ மூடவும்.

|-
| 09:11
| '''File '''menuவில் இருக்கின்ற, '''Save image''' optionஐ பயன்படுத்தி, imageஐ சேமிக்கவும்.

|-
| 09:16
| சுருங்கச் சொல்ல, இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது, protein மற்றும்DNA structureகளுக்கு,'''Amino acid hydrophobicity ''' surface மற்றும்'''Electrostatic Potential '''surfaceஐ காட்டுவது.

|-
| 09:30
| வெவ்வேறு viewing settingகளை பயன்படுத்தி, வெளியிடுவதற்கு, உயர் தர imageகளை உருவாக்குவது.

|-
| 09:37
| இப்போது, பயிற்சியாக, '''human hemoglobin''' ('''pdb code: 2dn1''')ன் structureக்கு, ''' amino acid hydrophobicity surface''' மற்றும்'''electrostatic potential surface'''ஐ காட்டவும்.

|-
| 09:51
| '''hem ligand'''ஐ பச்சை நிறமாக்கவும். நிறைவுபெற்ற உங்கள் பயிற்சி, பின்வருமாறு காணப்பட வேண்டும்.

|-
| 10:11
| பின்வரும் இணைப்பில் உள்ள வீடியோ, ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது. அதை தரவிறக்கிக் காணவும்.

|-
| 10:18
| ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டக்குழு, செய்முறை வகுப்புகள் நடத்தி, இணையத்தில் பரீட்சை எழுதி தேர்வோருக்கு சான்றிதழ்கள் தருகிறது. மேலும் விவரங்களுக்கு, எங்களுக்கு மின்னஞ்சல் செய்யவும்.

|-
| 10:28
| ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்திற்கு ஆதரவு, இந்திய அரசாங்கத்தின், NMEICT, MHRD மூலம் கிடைக்கிறது. மேலும் விவரங்களுக்கு, கீழ்கண்ட இணைப்பை பார்க்கவும்.

|-
| 10:39
| இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ.
|-
|}

@@ Line 241: / Line 241: @@
 |-
 | 06:39
-| '''Nucleic acid sugar'''கள் மற்றும்'''base'''கள், '''tube and slab representation'''களாக காட்டப்படுகின்றன.
+| '''Nucleic acid sugar'''கள் மற்றும்'''base'''கள், '''tube மற்றும் slab representation'''களாக காட்டப்படுகின்றன.
 |-

@@ Line 373: / Line 373: @@
 |-
 | 10:39
-| இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ.
+| இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ. குரல் கொடுத்தது சண்முகபிரியா.
 |-
 |}

UCSF-Chimera/C2/Surface-Properties/Tamil - Revision history

Priyacst at 10:59, 15 January 2018

Venuspriya at 12:14, 12 January 2018

Jayashree: Created page with "{| border=1 ! Time ! Narration |- | 00:01 | '''Chimera'''வில், '''Surface Property'''கள், குறித்த இந்த..."