Jyotisolanki at 09:20, 2 January 2018

2018-01-02T09:20:53Z

Shivanigada at 11:54, 29 November 2017

2017-11-29T11:54:50Z

Shivanigada at 11:54, 29 November 2017

2017-11-29T11:54:13Z

Shivanigada: Created page with "{| border=1 ! Time ! Narration |- | 00:01 | '''Chimera'''માં '''Surface Properties''' પરના આ સ્પોકન ટ્યુ..."

2017-11-29T11:52:48Z

Created page with "{| border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- | 00:01 | '''Chimera'''માં '''Surface Properties''' પરના આ સ્પોકન ટ્યુ..."

New page

{| border=1
! <center>Time</center>
! <center>Narration</center>

|-
| 00:01
| '''Chimera'''માં '''Surface Properties''' પરના આ સ્પોકન ટ્યુટોરીઅલમાં તમારું સ્વાગત છે.

|-
| 00:06
| આ ટ્યુટોરીઅલમાં,આપણે શીખીશું કે પ્રોટીન અને '''DNA''' સ્ટ્રક્ચર્સ માટેના સરફેસિસ(સપાટીઓ) કેવી રીતે બતાવાય.

|-
| 00:12
| પ્રોટીન સરફેસની ઈમેજીસ બનાવો જે '''Amino acid hydrophobicity''' અને '''Electrostatic Potential''' દ્વારા રંગેલા હોય.

|-
| 00:22
| આ ટ્યુટોરીઅલને અનુસરવા તમે '''Chimera interface'''ના જાણકાર હોવા જરૂરી છો. જો તમે ન હોવ,તો તેને લગતા ટ્યૂટોરિઅલ્સ માટે અમારા વેબસાઈટની મુલાકાત લો.

|-
| 00:33
| અહીં હું ઉપયોગમાં લઇ રહી છું : '''Ubuntu OS version ''' 14.04, '''Chimera''' 1.10.2

|-
| 00:42
| '''Mozilla firefox browser''' 42.0 અને કાર્યરત ઇન્ટરનેટ કનેક્શન.

|-
| 00:49
| અહીં મેં '''Chimera''' વિન્ડો ખોલી રાખી છે.

|-
| 00:52
| કમાન્ડ લાઈનના ઉપયોગથી '''RTX CPD toxin''' નું સ્ટ્રક્ચર ખોલો.

|-
| 00:58
| '''Favorites''' મેનુ દ્વારા '''command line''' ખોલો.

|-
|01:02
| On the '''command line''' ટેક્સ્ટ બોક્સ ઉપર ટાઈપ કરો : '''Open space 3eeb'''

|-
| 01:10
| '''3eeb ''' એ ''' RTX CPD toxin''' માટેનો ''' pdb code ''' છે. એન્ટર દબાવો.

|-
| 01:18
| પેનલ ઉપર તેનું પ્રોટીન સ્ટ્રક્ચર દૃશ્યમાન થાય છે. તે પ્રોટીનની બે કોપીઝ ધરાવે છે.

|-
| 01:26
| Type on the બંને કોપિઝમાંથી એક, જે છે '''chain A''',એ ને નાબૂદ(ડીલીટ) કરવા '''command line''' ઉપર ''' commands''' દાખલ કરો.

|-
| 01:33
| કમાન્ડ લાઈન ટેક્સ્ટ બોક્સમાં ટાઈપ કરો '''delete colon dot a''' અને એન્ટર દબાવો.

|-
| 01:43
| પેનલને ધ્યાનથી જુઓ , '''enzyme'''ની બંને માંથી એક કોપી નાબૂદ થઇ ગઈ છે.

|-
| 01:48
| પ્રોટીએઝ ડોમેઈન લીગૅન્ડ '''inositol hexakisphosphate'''ને બાઉન્ડ થયેલ છે
ટુંકાણમાં ''' IHP ''' અને '''Sodium ion.'''

|-
| 01:58
| તે પછી સોલ્વન્ટ મોલેક્યુલ્સને નાબૂદ કરીએ, જે લીગૅન્ડની નજીક લાલ ટપકા તરીકે પ્રસ્તુત થયેલ છે. ટાઈપ કરો : '''delete space solvent'''. એન્ટર દબાવો.

|-
| 02:09
| લીગૅન્ડ સાથે હાજર રહેલ સોડિયમ આયર્નને નાબૂદ કરવા, ટાઈપ કરો : '''delete ions'''. એન્ટર દબાવો.

|-
| 02:19
| હવે આપણે પ્રોટીનના સ્ટ્રકચરને '''Presets ''' વિકલ્પના ઉપયોગથી દૃશ્યમાન કરી શકીએ.

|-
| 02:25
| મેનુ બારમાંના ''' Presets''' વિકલ્પને ક્લિક કરો.

|-
|02:29
| '''Interactive 3'''સિલેક્ટ કરો, hydrophobicity surface.

|-
| 02:34
| આ મોલેક્યુલર સરફેસને '''amino acid hydrophobicity'''ના કલર-કોડ દ્વારા દૃશ્યમાન કરશે. // Daubt

|-
| 02:41
| મોટા ભાગના '''polar residues''' માટે ભૂરો રંગ.

|-
| 02:45
| મોટા ભાગના '''hydrophobic''' માટે કેસરી-લાલ અને '''neutral residues''' માટે સફેદ.

|-
| 02:52
| પ્રોટીન્સ સામાન્ય રીતે અન્ય પ્રોટીન્સ અને મોલેક્યુલ સાથે તેમના સરફેસ રિજિયન્સ દ્વારા પરસ્પર પ્રક્રિયા કરે છે.

|-
| 02:59
| પ્રોટીનને તેમના મોલેક્યુલર સરફેસ દ્વારા પ્રસ્તુત કરવું એ પ્રોટીન ફોલ્ડિંગના અભ્યાસ માટે
|-
| 03:06
| '''biomolecular recognition'''ના અનુમાન માટે,

|-
| 03:09
| '''drug binding cavities''' અને '''Molecular Graphics'''ની તપાસ કરવા માટે મદદરૂપ થાય છે.

|-
| 03:15
| '''Chimera ''' વિન્ડો ઉપર પાછા જઈએ.

|-
| 03:18
| ત્યાર બાદ પ્રોટીનના '''electrostatic potential surface'''ને દૃશ્યમાન કરવા :

|-
| 03:24
| ટૂલ્સ મેનુ ઉપર ક્લિક કરો , '''Surface\Binding Analysis''' સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો

|-
| 03:30
| સબ-મેનુ માંથી , '''coulombic surface coloring''ને પસંદ કરો .

|-
| 03:36
| '''Coulombic Surface Coloring''' ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.

|-
| 03:41
| રંગો અને તેની સાથે સંક્યાયેલ કિંમતો બદલી શકાય છે.

|-
| 03:45
| સામાન્ય રીતે ડિફોલ્ટ સેટિંગ જ કામ આવી જાય છે. '''OK''' બટન ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| 03:51
| પેનલ ઉપર આપણી પાસે પ્રોટીન છે જે '''electrostatic potential surface'''બતાવી રહેલ છે.

|-
| 03:57
| '''negative potential''' માટે લાલ રંગ. '''positive potential''' માટે ભૂરો રંગ. અને સફેદ ન્યુટ્રલ માટે.

|-
| 04:07
| ચાલો હવે જોઈએ કે પબ્લિકેશન, પ્રેઝંટેશન્સ વગેરે માટે ઉચ્ચત્તમ ગુણવત્તાવાળી ઈમેજીસ કેવી રીતે બનાવી શકાય.

|-
| 04:14
| '''inositol''' લીગૅન્ડની સ્ટીક્સને થોડી જાડી બનાવો તે માટે આ કમાન્ડ સેટ એટ્રિબ્યુટનો ઉપયોગ કરો : '''setattr space m space stickScale 2''' અને '''Press enter''' દબાવો.

|-
| 04:35
| ઈમેજના સારા સેટિંગ માટે પબ્લિકેશન પ્રિસેટનો ઉપયોગ કરો.

|-
| 04:40
| ફરી નીચે '''Presets''' મેનુ સુધી સ્ક્રોલ કરો , '''Publication 1'''ને સિલેક્ટ કરો.

|-
| 04:45
| તે એક સફેદ બેકગ્રાઉન્ડ સાથેની ઇમેજ બનાવશે , તેની આઉટલાઇન્સ કાળી અને ખૂણાઓ વધુ સ્મૂધ થયેલ દેખાશે.

|-
| 04:54
| આ ક્ષણે આપણે બીજા અન્ય પેરામીટર્સ જેવાકે લાઈનની જાડાઈ, લાઇટિંગ વગેરે પણ વ્યવસ્થિત કરી શકીએ છીએ.

|-
| 05:02
| '''Tools menu''' ઉપર ક્લિક કરો , નીચે સ્ક્રોલ કરો અને '''Viewing Controls''' ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| 05:08
| સબ-મેનુમાંથી '''lighting''' ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| 05:11
| એક '''Viewing''' વિન્ડો વ્યૂઇંગ સેટિંગ્સને અલગ-અલગ રીતે બદલવાના ટેબ્સ સાથે ખુલે છે :

|-
| 05:16
| જેવાકે '''Camera, Sideview, Rotation, Effects, Lighting'''.

|-
| 05:23
| '''lightings''' વિકલ્પની નીચે : એક સરળ '''line drawing ''' દૃશ્યને જોવા ,'''mode''' બટન ઉપર ક્લિક કરો ,સુચીમાંથી '''ambient'''ને સિલેક્ટ કરો.

|-
| 05:34
| પેનલને ધ્યાનથી જુઓ.

|-
| 05:36
| ડિફોલ્ટ લાઇટિંગ મોડને પુનઃસ્થાપિત કરવા : '''Two-point ''' વિકલ્પને સિલેક્ટ કરો.

|-
| 05:42
| વિન્ડોને બંધ કરવા ''' close ''' બટન ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| 05:46
| ઇમેજને સેવ કરવા '''File ''' મેનુમાંના '''Save image''' વિકલ્પનો ઉપયોગ કરો.

|-
| 05:51
| ચાલો હવે એક DNA સ્ટ્રકચરના સરફેસ રિપ્રેઝન્ટેશનને જોઈએ.

|-
| 05:56
| વર્તમાનના સેશનને બંધ કરો. '''File menu''' ઉપર ક્લિક કરો નીચે સ્ક્રોલ કરો અને '''Close Session ''' વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| 06:04
| ગ્રાફિક્સ વિન્ડોને ખોલો . '''DNA'''ના સ્ટ્રકચરને '''command line'''નો ઉપયોગ કરી મેળવો.

|-
| 06:11
| કમાન્ડ લાઈન ટેક્સ્ટ બોક્સ ઉપર ટાઈપ કરો : '''open 1d86 '''. એન્ટર દબાવો.

|-
| 06:20
| આ સ્ટ્રક્ચર '''double helical DNA''', મોલેક્યુઅલ '''netropsin '''થી બાઉન્ડ થયેલ છે.

|-
| 06:27
| '''Netropsin''' એ '''antibiotic''' અને '''antiviral''' જેવા ગુણધર્મો ધરાવતું એક '''polyamide''' છે.

|-
| 06:34
| શરૂઆતમાં આ સ્ટ્રક્ચર '''ribbons''' તરીકે બતાવાય છે.

|-
| 06:39
| '''nucleic acid sugars''' અને '''bases''', '''tube and slab representations''' તરીકે બતાવાય છે.

|-
| 06:46
| ''' presets menu '''માં નીચે સ્ક્રોલ કરો અને '''interactive 2''' વિકલ્પને ક્લિક કરો.

|-
| 06:53
| આ '''DNA''' ને '''wire''' તરીકે અને '''netropsin''' ને '''spheres''' તરીકે દેખાડે છે.

|-
| 06:59
| સોલ્વન્ટને નાબૂદ કરવા કમાન્ડ ટાઈપ કરો :'''delete space solvent''' અને એન્ટર દબાવો.

|-
| 07:09
| આ સ્ટ્રક્ચર માટેની સરફેસ બતાવવા , '''Actions menu''' સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો , સબ-મેનુમાંથી '''surface'''ને સિલેક્ટ કરો,
'''show'''ને સિલેક્ટ કરો.

|-
| 07:20
| પેનલને ધ્યાનથી જુઓ. The '''DNA''' સ્ટ્રક્ચર હવે '''surface''' સાથેનું દેખાય છે.

|-
| 07:27
| '''Major groove''' અને '''minor groove''' ચિત્રમાં ચોખ્ખા દેખાય છે.

|-
| 07:33
| '''ligand, netropsin''' એ '''minor groove'''માં બાઉન્ડ થેયલ દેખાય છે.

|-
| 07:38
| સરફેસિસને દેખાડવાના 3 જુદા-જુદા માર્ગો રહેલ છે.

|-
| 07:41
| '''Action menu'''માં નીચે સ્ક્રોલ કરો , '''Surface'''ને સિલેક્ટ કરો. સબ-મેનુ 3 વિકલ્પો ધરાવે છે : '''Solid''', '''mesh''' અને '''dot'''.

|-
| 07:52
| મૂળભૂત રીતે સરફેસ '''solid''' તરીકે દૃશ્યમાન થાય છે.

|-
| 07:57
| મેષ સરફેસ બતાવવા '''mesh''' ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| 08:02
| ડોટ સરફેસ બતાવવા '''dot''' ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| 08:07
| સોલિડ સરફેસ પાછી મેળવવા '''solid''' ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| 08:11
| આપણે સોલિડ સરફેસ માટે પારદર્શિતાનું પ્રમાણ પણ ગોઠવી શકીએ.

|-
| 08:16
| '''Actions''' મેનુ ઉપર પાછા જાઓ અને '''Surface''' ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| 08:20
| '''Transparency''' વિકલ્પને સિલેક્ટ કરો અને '''percentage'''વિકલ્પને પસંદ કરો.

|-
| 08:25
| તે પ્રદર્શિત કરવા હું 50% પસંદ કરીશ.

|-
| 08:29
| પેનલને ધ્યાનથી જુઓ.

|-
| 08:31
| સરફેસને જુદો રંગ આપવા : '''Actions''' મેનુમાં '''Color ''' વિકલ્પને ક્લિક કરો,નીચે સ્ક્રોલ કરો અને '''all options''' ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| 08:41
| એક '''color Actions''' ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.

|-
| 08:45
| “'''coloring applies to'''” સેટિંગને '''surfaces.'''માં બદલો.

|-
| 08:51
| '''surfaces''' પછીના રેડીઓ બટન ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| 08:55
| કલર પેનલમાંના તમને ગમતા કોઈ પણ રંગ ઉપર ક્લિક કરો. હું પસંદ કરીશ '''dim gray'''.

|-
| 09:02
| પેનલને ધ્યાનથી જુઓ . સરફેસનો રંગ હવે '''dim gray.'''માં બદલાય ગયો છે. ડાયલોગ બોક્સને બંધ કરો.

|-
| 09:11
| '''File '''મેનુમાંના '''Save Image''' વિકલ્પનો ઉપયોગ કરી ઇમેજને સેવ કરો.

|-
| 09:16
| ચાલો હવે સારાંશ જોઈએ . આ ટ્યુટોરીઅલમાં આપણે પ્રોટીન અને DNA સ્ટ્રક્ચર્સ માટેના '''Amino acid hydrophobicity ''' સરફેસ અને '''Electrostatic Potential ''' સરફેસને બતાવતા શીખ્યા.

|-
| 09:30
| વિભિન્ન વ્યૂઇંગ સેટિંગ્સનો ઉપયોગ કરી પબ્લિકેશન માટે ઉચ્ચત્તમ ગુણવત્તાવાળી ઈમેજીસ બનાવતા શીખ્યા.

|-
| 09:37
| હવે અભ્યાસ માટે : '''human hemoglobin''' ('''pdb code: 2dn1''') સ્ટ્રક્ચર માટે ''' amino acid hydrophobicity surface''' અને '''electrostatic potential surface''' બતાવો.

|-
| 09:51
| '''hem ligand''' ને લીલા રંગમાં ફેરવો. તમારો પૂર્ણ થયેલ અભ્યાસ આ મુજબ દેખાશે.

|-
| 10:11
| આ નીચેની લિંક ઉપરનો વિડિઓ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે.તેને ડાઉલોડ કરો અને નિહાળો.

|-
| 10:18
| સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલની ટીમ આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ્સ દ્વારા વર્કશોપ્સનું સંચાલન કરે છે અને જેઓ આ ઓનલાઇન પરીક્ષા પાસ કરે છે તેઓને સર્ટિફિકેટ્સ પણ આપે છે.વધુ માહિતી માટે, આ લિંક ''contact@spoken-tutorial.org'' ઉપર લખો.

|-
| 10:28
| સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટને NMEICT, MHRD, ભારત સરકાર તરફથી ભંડોળ પૂરું પાડવામાં આવે છે. આ પ્રોજેક્ટ માટેની વધુ માહિતી આ લિંક "સ્પોકન હાઈફન ટ્યુટોરીયલ ડોટ ઓઆરજી સ્લેશ NMEICT હાઈફન ઇનટ્રો" ઉપર ઉપલબ્ધ છે.

|-
| 10:39
| ભાષાંતર કરનાર હું શિવાની ગડા વિદાય લઉં છું.અમારી સાથે જોડાવા આભાર.

|}

@@ Line 5: / Line 5: @@
 |-
 | 00:01
-| '''Chimera'''માં '''Surface Properties''' પરના આ સ્પોકન ટ્યુટોરીઅલમાં તમારું સ્વાગત છે.
+| '''Chimera''' માં '''Surface Properties''' પરના આ સ્પોકન ટ્યુટોરીઅલમાં તમારું સ્વાગત છે.
 |-
@@ Line 17: / Line 17: @@
 |-
 | 00:22
-| આ ટ્યુટોરીઅલને અનુસરવા તમે '''Chimera interface'''ના જાણકાર હોવા જરૂરી છો. જો તમે ન હોવ,તો તેને લગતા ટ્યૂટોરિઅલ્સ માટે અમારા વેબસાઈટની મુલાકાત લો.
+| આ ટ્યુટોરીઅલને અનુસરવા તમે '''Chimera interface'''ના જાણકાર હોવા જરૂરી છો. જો તમે ન હોવ, તો તેને લગતા ટ્યુટોરિયલ્સ માટે અમારા વેબસાઈટની મુલાકાત લો.
 |-
@@ Line 33: / Line 33: @@
 |-
 | 00:52
-| કમાન્ડ લાઈનના ઉપયોગથી '''RTX CPD toxin''' નું સ્ટ્રક્ચર ખોલો.
+| કમાંડ લાઈનના ઉપયોગથી '''RTX CPD toxin''' નું સ્ટ્રક્ચર ખોલો.
 |-
@@ Line 53: / Line 53: @@
 |-
 | 01:26
-| Type on the બંને કોપિઝમાંથી એક, જે છે '''chain A''',એ ને નાબૂદ(ડીલીટ) કરવા '''command line''' ઉપર ''' commands''' દાખલ કરો.
+| બંને કોપિઝમાંથી એક, જે છે '''chain A''',એ ને નાબૂદ(ડીલીટ) કરવા '''command line''' ઉપર ''' commands''' દાખલ કરો.
 |-
@@ Line 258: / Line 258: @@
 |-
 | 07:09
-| આ સ્ટ્રક્ચર માટેની સરફેસ બતાવવા , '''Actions menu''' સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો , સબ-મેનુમાંથી '''surface'''ને સિલેક્ટ કરો,
+| આ સ્ટ્રક્ચર માટેની સરફેસ બતાવવા , '''Actions menu''' સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો , સબ-મેનુમાંથી '''surface'''ને સિલેક્ટ કરો,'''show'''ને સિલેક્ટ કરો.
 '''show'''ને સિલેક્ટ કરો.
 |-

@@ Line 115: / Line 115: @@
 | 03:09
 | '''drug binding cavities''' અને '''Molecular Graphics'''ની તપાસ કરવા માટે મદદરૂપ થાય છે.
 |-

@@ Line 107: / Line 107: @@
 | 02:59
 | પ્રોટીનને તેમના મોલેક્યુલર સરફેસ દ્વારા પ્રસ્તુત કરવું એ પ્રોટીન ફોલ્ડિંગના અભ્યાસ માટે
 |-
 | 03:06
@@ Line 150: / Line 151: @@
 |-
 | 03:57
-|  '''negative potential''' માટે લાલ રંગ. '''positive potential''' માટે ભૂરો રંગ. અને સફેદ ન્યુટ્રલ માટે.
+| '''negative potential''' માટે લાલ રંગ. '''positive potential''' માટે ભૂરો રંગ. અને સફેદ ન્યુટ્રલ માટે.
 |-

UCSF-Chimera/C2/Surface-Properties/Gujarati - Revision history

Jyotisolanki at 09:20, 2 January 2018

Shivanigada at 11:54, 29 November 2017

Shivanigada at 11:54, 29 November 2017

Shivanigada: Created page with "{| border=1 ! Time ! Narration |- | 00:01 | '''Chimera'''માં '''Surface Properties''' પરના આ સ્પોકન ટ્યુ..."